공동수급체의 세금계산서 발행 의무 및 차명계좌 사용에 따른 매출 누락

사 건 서울고등법원 2025누6540 법인세등 부과처분취소 원고, 항소인

○○○○ 주식회사 피고, 피항소인

○○세무서장 변 론 종 결

2025. 9. 17. 판 결 선 고

2025. 10. 29.

1. 원고의 항소를 기각한다.

2. 항소비용은 원고가 부담한다. 청구취지 및 항소취지 제1심 판결을 취소한다. 피고가 2018. 1. 8. 원고에 대하여 한 2015 사업연도 법인세 145,589,554원의, 2016 사업연도 법인세 310,985,933원의, 2015년 제1기분 부가가치세 20,997,580원의, 2015년 제2기분 부가가치세 62,032,928원의, 2016년 제1기분 부가가치세 82,074,962원의, 2016년 제2기분 부가가치세 96,936,517원의 각 부과처분 및 소득자를

○○○ 으로 한 1,133,275,900원의 소득금액변동통지를 모두 취소한다.

1. 정당한 제1심 판결 인용과 추가 등 원고 항소이유는 제1심에서 한 주장과 크게 다르지 아니하고, 이 사건 변론에 제출된 모든 증거와 소송자료(항소심에 추가로 제출된 서증인 갑 제12 내지 26호증 포함)를 원고 주장과 함께 다시 살펴보더라도 제1심의 사실인정과 판단[① 공동수급체의 대표사가 도급인에게 세금계산서를 일괄하여 발급한 경우, 공동수급체의 구성원은 각자 공급한 용역에 대하여 공동수급체의 대표사에게 세금계산서를 별도로 발급하여야 하므로 AAAA(주) 가 세금계산서를 발급하였다고 하더라도 원고가 부가가치세법상 세금계산서 발급의무를 이행한 것이라고 할 수 없고, ② 원고가 직원 명의의 계좌(이 사건 차명계좌)를 이용하여 지급받은 수입금 중 1,133,275,900원이 매출 신고 누락액에 해당한다는 판단]은 정당한 것으로 인정된다. 이에 항소심인 이 법원이 이 사건에 관하여 적을 이유는, 원고가 이 법원에서 강조하거나 추가하는 주장 등에 관하여 제1심 판결 이유 중 해당 부분을 아래 제2항 기재와 같이 일부 고쳐 쓰거나 추가하는 것 외에는 제1심 판결 이유 부분 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 따라 약어를 포함하여 이를 인용한다[다만, 제1심 약어인 AAAA는 AAAA(주) 로 고친다].

2. 일부 고쳐 쓰거나 추가하는 부분

○ 제1심 판결문 제5면 제10행과 제11행 사이에 다음 내용을 추가한다. 『1) 쟁점 정리 원고는 도급인, AAAA(주) 는 하도급인으로서 대외적으로는 폐기물운송용역 등 업무를 공동수급체 방식으로 수행하였음은 앞의 판결 이유 기재와 같으므로, 부가가치세법 제32조 제6항 과 그 위임에 따른 구 부가가치세법 시행령 제69조 제14, 15항 규정에 따라 원고와 AAAA(주) 사이에는 별도로 세금계산서를 발급할 의무가 면제되는지가 문제된다.』

○ 제1심 판결문 제5면 제11행의 “1)”을 “2)”로 고쳐 쓴다.

○ 제1심 판결문 제6면 제5행부터 제9행까지의 부분 “위 각 규정의 … 타당하다”을 다음과 같이 고쳐 쓴다. 『즉, 구 부가가치세법 시행령 제69조 제15항 에 의하면, ① 조합관계 또는 이와 유사한 관계에 있는 공동수급체의 대표사가 도급인으로부터 그 대가를 지급받는 경우로서 ② 대표사가 도급인에게 세금계산서를 일괄하여 발급하고, ③ 공동수급체 구성원이 각자 도급인에게 공급한 용역에 대하여 공동수급체의 대표사에게 세금계산서를 발급한 경우에는, 그 구성원이 도급인을 공급받는 자로 하여 세금계산서를 발급한 것으로 간주된다. 위 각 규정의 문언과 그 체계를 종합하여 보면, 부가가치세법과 그 시행령이 민사적인 권리의무주체의 법률관계, 법률행위 등을 재구성하여 단일의 인격과 거래만을 인정하는 것이 아니라 민사적인 권리의무주체의 법률관계, 법률행위 등을 그대로 존중하면서 개별적으로 그 특성에 맞는 세금계산서 발급의 편의 등을 보충적으로 인정하고 있다고 보아야 한다.』

○ 제1심 판결문 제7면 제3, 4행의 “봄이 타당하다”를 삭제한다.

○ 제1심 판결문 제7면 제4행 뒤에 다음 내용을 추가한다. 『위 조항은 그 문언 자체로 공동수급체의 구성원들이 대표사를 공급받는 주체로 하여 세금계산서를 발급한다면 실제 공급받는 주체인 도급인을 공급받는 주체로 하여 발급한 세금계산서와 같은 것으로 간주한다는 내용에 불과하므로, 이를 대표사가 도급인을 공급받는 주체로 하여 세금계산서를 발급하는 것만으로 공동수급체 대표사 및 구성원의 세금계산서 발급의무가 모두 이행되었다고 간주된다고 해석할 수 없다.』

○ 제1심 판결문 제7면 제12행부터 제14행까지 부분 “따라서 … 뿐이다.” 을 다음과 같이 고쳐 쓴다. 『따라서 부가가치세법 제32조 제6항 이 ‘… 발급할 수 있다’고 규정하고 있다고 하더라도 공동수급체 구성원들은 여전히 자신이 공급한 용역에 대해 세금계산서를 발급하여야 한다. 다만, 위 규정에 의하여 대표사를 공급받는 주체로 하여 세금계산서를 발급할 수 있을 뿐이다.』

○ 제1심 판결문 제7면 제19행과 제20행 사이에 다음 내용을 추가한다. 『④ 원고는 항소심인 이 법원에서 공동수급체 구성원이 공동수급체 대표사에게 세금계산서를 발행할 의무가 있다고 볼 경우, 과세표준 중복에 따른 이중과세 문제가 발생한다고 주장한다. 우리나라 부가가치세는 다단계 거래세로서의 특성을 가지며 이른바 ‘전단계세액공제법’을 취하고 있으므로, 각 거래별 세금계산서 발급이 원칙이며 이러한 원칙이 면제되려면 그 근거가 법령상 분명하여야 한다. 또한, 원고 주장과 같은 사정만으로는 다단계 거래세로서의 특성에서 오는 조세 부담을 경감하는 매입세액 공제 등을 받을 수 없다고 볼 근거가 부족하여 공동수급체 구성원이 발행한 세금계산서에 따라 각 거래단계별 매입세액이 공제될 수 있는 점 등을 고려하면, 원고 주장과 같이 거래단계별로 부가가치세가 과도하게 징수된다고 보기도 어렵다.』

○ 제1심 판결문 제7면 제20행부터 제8면 제3행까지 부분을 다음과 같이 고쳐 쓴다. 『나. 원고의 매출 누락 또는 과소신고 여부

1. 근거 규정 및 법리 가) 부가가치세법 제34조 제3항 제1호 및 제2호는 사업자가 거래처별로 달의1일부터 말일까지의 기간 또는 그 이내의 기간의 공급가액을 합계하여 해당 월의 말일 자를 발행일자로 하는 세금계산서를 발급할 수 있다고 규정하고 있다.

• 나) 한편, 일반적으로 과세처분 취소소송에서 과세요건사실에 관한 증명책임 은 과세권자에게 있으나, 구체적인 소송과정에서 경험칙에 비추어 과세요건사실을 추단할 수 있는 사실이 밝혀진 경우에는 과세처분의 상대방이 문제가 된 당해 사실이 경험칙의 적용대상이 되지 못한다거나 당해 사건에서는 그와 같은 경험칙의 적용을 배제하여야 할 만한 특별한 사정이 있다는 점을 증명하지 않는 한, 당해 과세처분을 과세요건을 충족시키지 못한 위법한 처분이라고 단정할 수 없다(대법원 2006. 9. 22. 선고 2006두6383 판결, 대법원 2008. 5. 29. 선고 2006두13831 판결 등 참조).

2. 구체적 판단 을 제1, 2, 13호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음의 사실 및 사정들을 위 근거 법리에 따라 판단하면, 원고와 AAAA(주) 가 매월 정산을 하고 원고를 공급받는 주체로 하여 발급한 세금계산서(을 제1, 13호증, 이하 ‘이 사건 정산세금계산서’라 한다)를 부가가치세법 제32조 에서 정한 세금계산서라고 볼 수 없다. 뿐만 아니라 원고가 공동수급체 대표사인 AAAA(주) 에 세금계산서를 발행하지 않은 점을 감안하면 원고가 제출한 증거들만으로 원고의 매출 신고에 누락이 없었음을 인정하기 부족하고, 달리 이를 인정할 만한 증거가 없다. 따라서 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

① 부가가치세법 제34조 제3항 제1호 및 제2호에 의한 세금계산서 제도, 이른바 월 합계 세금계산서 제도는 개별 거래마다 각각의 세금계산서를 발행하여야 하는 원칙에 대한 예외로서 사업자의 편의를 위하여 1개월의 범위 내에서 동일한 거래처에 대한 여러 거래의 공급가액의 합계액만을 그 공급가액으로 기재하고 기간 말일을 발행일자로 하여 1장의 세금계산서로 발행할 수 있도록 하는 특례이다(대법원 2016. 11. 10. 선고 2016두31920 판결 등 참조). 그러나 원고 주장이 사실이라고 하더라도, 이 사건 정산세금계산서는 원고와 AAAA(주) 사이에 정산기간동안 발생한 모든 거래를 상계한 값을 공급가액으로 하여 발행한 것이므로, AAAA(주) 가 원고에 대한 공급가액의 합계액을 공급가액으로 하는 세금계산서라고 할 수 없다. 따라서 이 사건 정산세금계산서를 부가가치세법 제32조 에서 정한 세금계산서로 보기는 어렵다.

② 원고 주장과 같이 상계 처리한 후 AAAA(주) 가 원고를 공급받는 주체로 하여 세금계산서를 발행하고, 매출신고를 한다면 상계처리 후 순액의 매출만으로 신고하는 것이 되어 결과적으로 원고가 공동수급체 구성원으로 수행한 용역에 대한 매출이 누락될 수밖에 없다.

③ 피고는 원고가 작성한 수입지출현황(을 제2호증) 및 AAAA(주) 의 세금계산서 발급내역(을 제1, 13호증) 등을 확보하여 이를 근거로 원고가 공동수급체 대표사인 AAAA(주) 에 대하여 세금계산서 발급하지 않은 부분을 매출 신고 누락액이라고 판단하였다. 반면, 원고는 AAAA(주) 와 사전에 합의된 정산절차에 따라 상계정산하고 AAAA(주) 가 원고를 공급받는 자로 정산세금계산서를 별도로 발행하였으므로 매출 신고 누락이 없다고 주장할 뿐 구체적인 정산비율이나 상계정산 내역에 관해서도 주장·증명하지 못하고 있다.』

○ 제1심 판결문 제8면 제4행의 “나.”를 “다.”로 고쳐 쓴다.

○ 제1심 판결문 제13면 제19행과 제20행 사이에 다음 내용을 추가한다. 『⑦ 피고는 차명계좌 입금 금액을 조사하는 방법으로 이 사건 매출누락금액을 산정하였다. 이러한 조사 방법은 객관성 있는, 적법한 실지조사방법으로 볼 수 있고, 앞의 판결이유 기재와 같이 당시 원고의 대표이사이던

○○○ 이 작성한 소명서에 의하더라도 세금계산서 미발행이 있었음을 인정할 수 있으므로, 피고가 주장하는 1,133,275,900원(부가가치세 포함)에 관해서는 경험칙 등에 비추어 일응 과세요건사실을 추단할 수 있는 사실이 밝혀졌다고 할 것이다.』

원고의 청구는 이유 없어 이를 기각하여야 하고, 제1심 판결은 이와 결론이 같아 정당하다. 원고의 항소는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.