공제대상 기부금에 해당하는지 여부

사 건 2025누6432 종합소득세부과처분취소 원 고 염○○ 외 74명 피 고

○○세무서장 외 33명 변 론 종 결

2025. 11. 21. 판 결 선 고

2026. 1. 16.

1. 원고들의 항소를 모두 기각한다.

2. 항소비용은 원고들이 부담한다. 청구취지 및 항소취지 제1심판결을 취소한다. 피고들이 별지3 부과처분 내역 ‘처분일’란 기재 각 일자에 ‘처분상대방’란 기재 각 원고들에게 한 각 종합소득세 부과처분을 모두 취소한다.

1. 제1심판결의 인용 원고들이 이 법원에서 주장하는 내용은 제1심에서 주장한 내용과 크게 다르지 아니한바, 원고들의 주장을 제1심에 제출된 증거들 및 관련 법리에 비추어 다시 살펴보아도 제1심의 사실인정과 판단은 정당하다. 따라서 이 법원이 이 판결에 기재할 이유는, 아래와 같이 추가하거나 고쳐 쓰고, 제1심판결의 별지들을 이 법원의 별지들로 교체하며, 원고들이 이 법원에서 강조하거나 추가하는 주장에 대하여 아래 제2항과 같은 추가 판단을 하는 외에는 제1심판결의 이유 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 그대로 인용한다(이 법원에서 항소취하를 한 원고 윤○○, 이○○에 대한 부분은 제외한다).

○ 제1심판결문 제2면 제19행 다음에 아래 내용을 추가한다. 『 마. 원고들은 이에 불복하여 2023. 4. 26. 및 2023. 5. 3. 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나, 조세심판원은 2023. 9. 5. 원고들의 위 심판청구를 모두 기각하였다. 』

○ 제1심판결문 제3면 제12행 다음에 아래 내용을 추가한다. 『 구 소득세법 제34조 제3항 은 ‘사업자가 해당 과세기간에 지출한 기부금 중 제1호에 따른 기부금은 필요경비 산입한도액 내에서 해당 과세기간의 사업소득금액을 계산할 때 필요경비에 산입한다’고 규정하면서, 제1호에서 ‘사회복지ㆍ문화ㆍ예술ㆍ교육ㆍ종교ㆍ자선ㆍ학술 등 공익성을 고려하여 대통령령으로 정하는 기부금’을 규정하고 있고, 구 소득세법 제59조의4 제4항 은 ‘거주자가 해당 과세기간에 지급한 기부금이 있는 경우 다음 각 호의 기부금 중 일정한 금액을 해당 과세기간의 합산과세되는 종합소득 산출세액에서 공제한다’고 규정하면서, 제2호에서 ‘제34조 제3항 제1호의 기부금’을 규정하고 있다. 구 소득세법 제34조 제3항 제1호 의 위임에 따른 구 소득세법 시행령(2021. 11. 9. 대통령령 제32104호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제80조 제1항은 ‘법 제34조 제3항 제1호에서 대통령령으로 정하는 기부금이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다’고 규정하면서, 제1호에서 ‘ 법인세법 시행령 제39조 제1항 각 호의 것’이라고 규정하고 있고, 구 법인세법 시행령(2021. 12. 28. 대통령령 제32274호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제39조 제1항 제1호는 ‘다음 각 목의 비영리법인에 대하여 해당 비영리법인의 고유목적사업비로 지출하는 기부금’을 규정하면서, 마목에서 ‘종교의 보급, 그 밖에 교화를 목적으로 민법 제32조 에 따라 문화체육관광부장관 또는 지방자치단체의 장의 허가를 받아 설립한 비영리법인(그 소속 단체를 포함한다)’을 규정하고 있다. 위 각 규정에 의하면, 종교의 보급, 그 밖에 교화를 목적으로 민법 제32조 에 따라 문화체육관광부 장관 또는 지방자치단체의 장의 허가를 받아 설립한 비영리법인 내지 그 소속 단체의 고유목적사업비로 지출하는 기부금, 즉 구 법인세법 시행령 제39조 제1항 제1호 (마)목에 따른 기부금은 구 소득세법 제34조 제3항, 제59조의4 제4항, 구 소득세법 시행령 제80조 제1항 제1호 에 따라 필요경비 산입 및 특별세액공제 대상이 되며, 여기에서 ‘고유목적사업비’란 해당 비영리법인 또는 단체에 관한 법령 또는 정관에 규정된 설립목적을 수행하는 사업으로서 수입사업 외의 사업에 사용하기 위한 금액을 말한다(구 법인세법 시행령 제39조 제3항). 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하고, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 2007. 10. 26. 선고 2007두9884 판결 등 참조). 과세처분 취소소송에서 비과세요건이나 감면요건, 공제요건 등에 대한 증명책임은 원칙적으로 납세의무자에게 있다(대법원 2009. 7. 9. 선고 2007두4049 판결 참조). 종합소득세과세처분 취소소송에서 과세근거로 되는 과세표준에 대한 증명책임은과세관청에 있는 것이고, 과세표준은 수입으로부터 필요경비를 공제한 것이므로 수입 및 필요경비의 증명책임도 원칙적으로 과세관청에 있다 할 것이나, 필요경비는 납세의무자에게 유리한 것일 뿐 아니라 필요경비를 발생시키는 사실관계의 대부분은 납세의무자가 지배하는 영역 안에 있는 것이어서 과세관청으로서는 그 증명이 곤란한 경우가 있으므로, 그 증명의 곤란이나 당사자 사이의 형평 등을 고려하여 납세의무자로 하여금 증명하게 하는 것이 합리적인 경우에는 납세의무자에게 증명의 필요성을 인정하는 것이 공평의 관념에 부합한다(대법원 2007. 10. 26. 선고 2006두16137 판결 등 참조). 구 소득세법 제59조의4 제4항 에서 정한 특별세액공제도 그 제도의 취지 등에 비추어 볼 때, 필요경비에 관한 위 법리가 동일하게 적용된다고 할 것이다. 』

○ 제1심판결문 제3면 아래에서 제3행의 “사문서를 위조하고 이를 600여 명의 기부자에게 교부하여 행사하였다”를 “사문서를 위조하고 이를 600여 명의 기부자들을 통하여 이들이 근무하는 회사의 연말정산 담당자에게 제출하게 하여 행사하였다”로 고쳐 쓴다.

○ 제1심판결문 제5면 제2행의 “판단하였다.” 다음에 아래 내용을 추가한다. 『 위 두 판결에 대하여 항소심 법원은 동일한 취지로 판단하였고, 해당 항소심 판결들은 이 사건 교회의 상고가 모두 기각되면서 확정되었다. 』

○ 제1심판결 제6면 제19행의 “타당하다.” 다음에 아래 내용을 추가한다. 『 따라서 이 사건 헌금이 이 사건 재단 또는 이 사건 교회의 고유목적사업비로 지출하는 기부금에 해당한다고 볼 수도 없다. 』

• 가. 원고들은, 구 법인세법 시행령 제39조 제1항 제1호 (마)목에서 정한 지정기부금 단체의 하나인 ‘비영리법인의 소속 단체‘는 반드시 법인격이나 법인격 없는 사단의 성격을 요구하지 아니하므로, 이 사건 교회의 내부단체인 aa협을 지정기부금단체로 보아야 한다는 취지로 주장한다. 그러나 앞선 증거들 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정들, 즉 ① 위 시행령 조항은 그 문언에 비추어 볼 때 지정기부금단체인 비영리법인과 그 소속 단체의 고유목적사업비로 지출된 기부금만을 필요경비나 특별세액 공제 대상으로 삼고 있음이 명백한 점, ② 이 사건에서 지정기부금단체는 이 사건 교회가 아니라 이 사건 재단이고, 이 사건 교회는 이 사건 재단에 소속된 단체이므로, aa협에게 지급한 기부금이 필요경비나 특별세액 공제 대상이 되기 위하여는 aa협이 이 사건 재단의 소속 단체이어야 하는 점, ③ 그러나 앞서 본 바와 같이 aa협은 이 사건 교회 내 일부 교인들이 위 교회의 개혁이라는 일정 목적을 위해 임시적으로 결성한 내부모임 정도에 불과하여 이를 공ㆍ사법상 단체법적 행위를 할 수 있는 단체로 볼 수는 없을 뿐 만 아니라, 위와 같은 성립 경위, 활동 내용 등에 비추어 이 사건 재단의 ’소속 단체‘로 평가하기는 어려운 점, ④ 위 시행령 조항에 따르면 지정기부금단체 외에 그 소속 단체가 지정기부금단체에 준하여 기부금 공제 대상이 되는바, “이 사건 교회는 지정기부금단체인 이 사건 재단의 소속 단체로 볼 수 있는데, aa협은 이 사건 교회와 구분될 수 없는 내부 단체 내지는 그 소속 단체에 준하는 성질을 갖는 단체이므로, aa협 또한 이 사건 재단의 소속 단체로 볼 수 있다”라는 취지의 원고들의 주장은, 지정기부금단체의 소속 단체의 소속 단체를 지정기부금단체의 소속 단체로 보아 기부금 공제 대상으로 삼자는 취지여서 조세법률주의에서 원칙적으로 금지하는 유추해석 내지 확장해석으로서 특별한 사정이 없는 한 받아들이기 어려운 점, ⑤ 원고들이 원용하는 조세심판결정례(조심2017증0641) 등의 사안은 ’종교단체의 총회나 중앙회‘ 등이 지정기부금단체로 등기 내지 등록되어 있어 그 소속 단체에 대한 기부금을 ’지정기부금단체 소속 단체에 대한 기부금‘으로서 특별세액공제대상으로 본 경우로서, 사안을 달리하는 이 사건에 그대로 적용하기 어려운 점 등을 종합하여 보면, 원고들이 강조하는 위 사정만으로는 앞선 판단과 달리 aa협을 지정기부금단체의 소속 단체로 보기는 어렵다. 따라서 원고들의 위 주장은 이유 없다.
• 나. 원고들은, 사업자의 지정기부금 필요경비 공제와 관련하여 구 소득세법 시행령 제79조 제2항 은 사업자가 기부금 지출시 제출하여야 하는 증빙서류로 기획재정부령이 정하는 기부금명세서만을 요구하고 있는 점 등을 고려하면, 당초부터 제출대상이 아닌 기부금영수증에 다소 흠결이 있다고 하더라도 이를 구 소득세법 제80조 제2항 제1호 에서 정한 ‘신고 내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우’에 해당한다고 볼 수 없다고 주장한다. 그러나 ① 이 사건 처분은 단순히 원고들이 제출한 기부금영수증에 흠결이 있다는 이유로 이루어진 것이 아니라, aa협이 구 법인세법 시행령 제39조 제1항 제1호 마목에서 정한 지정기부금단체나 그 소속 단체에 해당하지 않아 원고들이 aa협에 지급한 이 사건 헌금은 구 소득세법 제34조 제3항 등에서 정한 필요경비 산입 대상이 아니라는 이유에서 이루어진 것인데, 앞서 본 바와 같이 aa협은 이 사건 교회의 일부 신도들이 위 교회의 개혁을 위해 임시적으로 결성한 내부모임에 불과하여 구 법인세법 시행령 제39조 제1항 제1호 마목에서 정한 지정기부금단체나 그 소속 단체에 해당한다고 볼 수 없는 점, ② aa협의 활동을 지지하는 원고들은 이 사건 교회의 개혁이 이루어지기 전에는 이 사건 교회에 헌금을 귀속시키지 않을 의사로 aa협이 지정한 계좌로 헌금을 지급하였는바(을 제4호증, 16면), 이 사건 헌금은 aa협에 별도로 증여된 것으로 보이고, 지정기부금단체인 이 사건 재단 또는 그 소속 단체인 이 사건 교회에 기부된 금원이라고 보기 어려운 점 등을 고려하면, 원고들이 aa협에 지급한 이 사건 헌금은 구 소득세법 제34조 제3항 등에서 정한 필요경비 산입 대상이 아니라고 할 것이므로, 원고들이 제출한 기부금영수증에 형식상 특별한 하자가 존재하지 않는다고 하더라도, 그러한 사정만으로는 구 소득세법 제80조 제2항 제1호 에서 정한 ‘신고 내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우’에 해당하지 않는다고 볼 수 없다. 따라서 원고들의 위 주장은 받아들일 수 없다.
• 다. 원고들은, 근로소득자의 지정기부금 특별세액 공제와 관련하여 이 사건 헌금 관련 기부금 영수증이 진정하게 성립되지 아니하였다는 사정을 전혀 알지 못하는 등 이 사건 헌금이 특별세액공제 대상이라고 믿었고 그와 같이 믿은 데에 과실이 없는 선의의 거래당사자이므로, 구 소득세법 제80조 제2항 제3호 에 따른 경정사유가 인정되지 아니한다는 취지로도 주장한다. 구 소득세법 제80조 제2항 은 각호에서 과세표준확정신고를 한 자에 대한 경정 사유를 규정하면서도, 괄호 안에서 “제2호 및 제3호의 경우에는 제73조에 따라 과세표준 확정신고를 아니한 자를 포함한다”라고 명시하고 있는바, 이는 제2호 및 제3호에 한정하여 무신고자도 경정 대상에 포함한다는 의미이다. 따라서 근로소득만 있는 자는 구 소득세법 제73조 제1항 제1호 에 따라 과세표준확정신고의무가 면제되므로, 해당 납세의무자가 과세표준확정신고를 하지 아니한 경우 구 소득세법 제80조 제2항 제1호 에서 정하는 “신고 내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우”에 해당할 여지가 없고, 나머지 경정사유 중 구 소득세법 제80조 제2항 제3호 의 경정 사유 인정 여부가 문제된다. 이와 관련하여 구 소득세법 제80조 제2항 제3호 는 과세관청이 소득세액을 경정 할 수 있는 사유로 “근로소득자 소득ㆍ세액 공제신고서를 제출한 자가 사실과 다르게 기재된 영수증을 받는 등 대통령령으로 정하는 부당한 방법으로 종합소득공제 및 세액공제를 받은 경우로서 원천징수의무자가 부당공제 여부를 확인하기 어렵다고 인정되는 경우”를 정하고 있고, 그 위임에 따른 구 소득세법 시행령 제142조 제3항 제2호 는 ‘부당한 방법’의 하나로 “허위증거자료 또는 허위문서의 수취(허위임을 알고 받는 경우에 한한다) 및 제출”을 명시하고 있다. 그런데 aa협의 재정팀장 이○○이 ‘기부금 영수증의 기부금단체란과 기부금수령인란에××××교회라고 기재한 후, 그 옆에××교회 aaaa협의회라는 직인을 찍어 이 사건 교회 명의의 사실증명에 관한 사문서를 위조하고 이를 600여 명의 기부자들을 통하여 이들이 근무하는 회사의 연말정산 담당자에게 제출하게 하여 행사하였다’는 등의 범죄사실에 관하여 사문서위조죄 및 위조사문서행사죄로 유죄판결을 선고받았다는 사실은 앞서 본 바와 같다. 그러나 행정소송에서 사실의 증명은 추호의 의혹도 없어야 한다는 자연과학적 증명이 아니고, 특별한 사정이 없는 한 경험칙에 비추어 모든 증거를 종합적으로 검토하여 볼 때 어떤 사실이 있었다는 점을 시인할 수 있는 고도의 개연성을 증명하는 것이면 충분하며, 나아가 민사책임과 형사책임은 지도이념과 증명책임, 증명의 정도 등에서 서로 다른 원리가 적용되므로, 관련 형사재판에서 합리적 의심을 배제할 정도로 확신하기 어렵다는 이유로 공소사실에 관하여 무죄가 선고되었다고 하여 그러한 사정만으로 행정소송에서 처분사유의 존재를 부정할 것은 아닌바(대법원 2018. 4. 12. 선고 2017두74702판결의 취지 등 참조), 앞선 증거들 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사실 내지 사정들을 위 법리에 비추어 살펴보면, 원고들 중 일부가 근로소득자라고하더라도 구 소득세법 제80조 제2항 제3호 에서 정한 경정사유가 넉넉히 인정된다.

① 구 소득세법 시행령 제142조 제3항 제2호 의 허위증거자료 또는 허위문서는 구 소득세법 제80조 제2항 제3호 에 비추어 ‘사실과 다르게 기재된 증거자료 또는 문서’라고 보아야 하는데, 앞서 본 바와 같이 이 사건 헌금은 이 사건 교회 또는 이 사건 재단에 기부되었다고 볼 수 없음에도 불구하고, 원고들이 수취한 기부금영수증의 기부금 단체란 및 기부금 수령인란에는 이 사건 교회가 기재되어 있었던바, 해당 기부금영수증은 허위증거자료 또는 허위문서라고 보아야 한다.

② 앞서 본 바와 같이 원고들은 aa협이 정한 목적을 완료할 때까지 이 사건 교회에 헌금을 귀속시키지 않을 의사로 aa협이 지정한 계좌로 이 사건 헌금을 지급하였는바, 해당 헌금이 지정기부금단체인 이 사건 재단 내지 그 소속 단체인 이 사건 교회의 고유목적사업비 등으로 사용되지 아니할 것이라는 점에 대해서는 충분히 알았을 것으로 보인다. 그렇다면 aa협의 간부로부터 기부금 단체란과 기부금 수령인란에 이 사건 교회가 기재되어 있는 기부금영수증을 지급받을 당시 해당 영수증이 허위자료라는 점에 대해 충분히 인지하고 있었다고 봄이 상당하다.

③ 관련 형사판결의 취지는 이○○이 ‘(원천징수의무자 측인) 이 사건 교회 내지근로소득자가 근무하는 회사의 연말정산 담당자’에게 위조된 사문서(영수증)을 행사하였다‘는 것이지, 원고들이 ‘위조사문서행사의 상대방’으로서 위조의 정을 몰랐다는 것은 아니다. 해당 판결에서 ‘피고인이 위조의 정을 모르는 사람을 통하여 이 사건 교회 등에게 위조된 사문서(기부금영수증)를 행사하였다’라는 취지로 설시하였기는 하나, 원고들이 이○○과 공모 관계에 이르지 아니하였음을 인정할 수 있는지는 별론으로 하더라도 위 확정된 형사판결로부터 행정사건인 이 사건에 있어 원고들이 기부금영수증이 허위임을 알지 못하였다는 점까지 논리필연적으로 추단되는 것은 아니다. 따라서 원고들이 이 부분 주장도 받아들일 수 없다.

• 라. 한편 원고들은, 피고들이 2017년부터 2021년까지 5년간 이 사건 헌금을 기부금으로 인정해왔음에도 불구하고, 2023. 3. 1. ~ 2023. 8. 2.경에 이르러서 뒤늦게 이 사건 헌금에 관한 기부금 영수증의 명의나 작성 과정에서의 형식상 흠결 등을 이유로 aa협에 대한 위 기부금이 사업자의 필요경비 또는 근로소득자의 특별세액 공제요건을 갖추지 못하였다고 보아 위 5년간의 귀속 종합소득세 증액경정처분을 한 것은 신뢰보호원칙을 위반하여 위법하다는 취지로 주장한다. 일반적으로 행정상의 법률관계에 있어서 행정청의 행위에 대하여 신뢰보호의 원칙이 적용되기 위하여는, 첫째 행정청이 개인에 대하여 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명을 하여야 하고, 둘째 행정청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데에 대하여 그 개인에게 귀책사유가 없어야 하며, 셋째 그 개인이 그 견해표명을 신뢰하고 이에 기초하여 어떠한 행위를 하였어야 하고, 넷째 행정청이 위 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 그 견해표명을 신뢰한 개인의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 하는바, 어떠한 행정처분이 이러한 요건을 충족하는 때에는 공익 또는 제3자의 정당한 이익을 현저히 해할 우려가 있는 경우가 아닌 한 신뢰보호의 원칙에 반하는 행위로서 위법하다(대법원 2006. 6. 9. 선고 2004두46 판결, 대법원 2024. 3. 12. 선고 2022두60011 판결 등 참조). 그리고 조세법률관계에 있어서 신의성실의 원칙이나 신뢰보호의 원칙은 합법성의원칙을 희생하여서라도 납세자의 신뢰를 보호함이 정의에 부합하는 것으로 인정되는 특별한 사정이 있을 경우에 한하여 적용되는 예외적인 법 원칙이므로, 과세관청의 행위에 대하여 신의성실의 원칙 또는 신뢰보호의 원칙을 적용하기 위해서는, 과세관청이 공적인 견해표명 등을 통하여 부여한 신뢰가 평균적인 납세자로 하여금 합리적이고 정당한 기대를 가지게 할 만한 것이어야 한다(대법원 2013. 12. 26. 선고 2011두5940 판결 등 참조). 그런데 위 인정사실 및 앞서 든 증거들에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들, 즉 ① 종합소득세는 신고납부방식의 조세로서 납세의무자가 과세표준과 세액을 신고함으로써 구체적인 납세의무가 확정되는 것이므로, 납세의무자로서는 자신의 책임 하에 종합소득세의 과세표준과 세액을 계산하여 신고·납부하여야 하고, 과세관청으로서는 신고 내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우 등 구 소득세법 제80조 제2항 각 호에 열거된 경정사유에 해당하면 당연히 경정이 가능한 점, ② 이 사건 처분은 원고들이 2017년부터 2021년까지 5년간의 귀속 종합소득세와 관련하여 지정기부금으로 공제한 이 사건 헌금이 지정기부금단체 또는 그 소속 단체에 지출한 기부금으로 보기 어렵다는 이유로 사업자의 필요경비 또는 근로소득자의 특별세액 공제에서 배제하여 종합소득세를 증액경정 한 것인 점, ③ 피고들이 2017년부터 2021년까지 5년간 이 사건 헌금을 지정기부금으로 공제한 원고들의 종합소득세 신고에 대하여 별다른 조치를 취하지 아니하였다고 하더라도, 그러한 사정만으로 위 기간 동안의 원고들의 귀속 종합소득세에 대하여 세액의 오류나 누락된 내용이 발견되더라도 다시 부과처분을 하지 아니할 것이라는 피고들의 공적인 견해표명이 있었다거나, 원고들이 이에 대하여 보호가치 있는 신뢰를 형성하였다고 보기는 어려운 점 등에 비추어 보면, 피고들의 이 사건 처분이 신뢰보호의 원칙에 위반된다고 볼 수 없다. 따라서 원고들의 위 주장도 받아들일 수 없다.

그렇다면 원고들의 피고들에 대한 청구는 이유 없어 이를 모두 기각하여야 한다. 제1심판결은 이와 결론을 같이하여 정당하므로, 원고들의 항소는 이유 없어 이를 모두 기각한다.