분할신설법인의 사업개시일을 분할법인의 사업개시일부터 기산하는 것은 법인세법상 적격분할일 경우에만 가능함

사 건 서울고등법원2025누5894 법인세등부과처분취소 원고, 항소인 AAAAAA 주식회사 피고, 피항소인 ㅇㅇㅇ세무서장 제1심판결 의정부지방법원 2025. 1. 14. 선고 2023구합10469 판결 판결선고 2025.12.12

1. 원고의 항소를 기각한다.

2. 항소비용은 원고가 부담한다. 청구취지 및 항소취지 제1심판결을 취소한다. 피고가 2021. 1. 4. 원고에 대하여 한 2017 사업연도 귀속 법인세 153,034,140원(가산세 0원), 2018 사업연도 귀속 법인세 220,757,890원(가산세 23,186,377원 포함)의 부과처분 및 2021. 2. 1. 원고에 대하여 한 2016. 4. 귀속 증권거래세 15,345,420원(가산세 5,435,240원 포함)의 부과처분을 각 취소한다.

1. 제1심판결의 인용 원고의 항소이유는 제1심에서의 주장과 크게 다르지 아니하고, 이 사건 변론에 제출된 모든 증거와 소송자료를 원고의 주장과 함께 다시 살펴보더라도 제1심의 사실인정과 판단은 정당한 것으로 인정된다. 이에 항소심인 이 법원이 이 사건에 관하여 적을 이유는, 아래와 같이 고쳐 쓰거나 추가하고 원고가 이 법원에서 추가하거나 강조하는 주장에 관하여 제2항 기재 판단을 추가하는 것 외에는 제1심판결 이유 부분 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 따라 약어와 별지를 포함하여 이를 그대로 인용한다.

○ 제1심판결 제4면 제8행의 “가산세 22,601,638원”을 “가산세 23,186,377원”으로 고쳐 쓴다.

○ 제1심판결 제8면 제19행의 “않는다” 다음에 “(원고는 ㅇㅇ지방국세청장이 이 사건 조사 당시 원고를 조사하면서 BBBBBBB를 사실상 같이 조사하였다고 주장할 뿐 BBBBBBB에 대한 조사 내용, 방법, 담당자 등에 관하여 구체적인 주장을 하지않고 있다)”를 추가한다.

○ 제1심판결 제10면 제11행 “것)”을 “것, 이하 같다)”로 고쳐 쓴다.

○ 제1심판결 제12면 제7행의 “하였다.” 다음에 “또한 상증세법 시행령 제54조 제4항 제2호의 개정 전·후의 문언이나 앞서 본 개정 취지 등을 고려할 때 2017. 2. 7.자 개정으로 추가된 ‘적격분할 또는 적격물적분할로 신설된 법인의 사업기간은 분할 전 동일 사업부분의 사업개시일부터 기산한다‘ 부분(이하 ’이 사건 추가조항‘이라 한다)은 창설적 규정이 아니라 확인적 규정으로 봄이 상당하다.”를 추가한다.

• 가. 원고는 이 사건 조사(2020. 7. 6. ~ 2020. 9. 17.) 이전에 실시된 대구지방국세청의 ㅇㅇㅇ세무서 감사(2017. 4.경), ㅇㅇ세무서의 CCC에 대한 양도소득세조사(2017.6.경), ㅇㅇ지방국세청의 ㅇㅇㅇ세무서에 대한 감사(2019. 2.)가 이미 이루어졌으므로 이 사건 조사는 구 국세기본법 제81조의4 제2항 을 위반한 재조사에 해당한다고 주장한다. 살피건대, ① ㅇㅇ지방국세청과 ㅇㅇ지방국세청의 위 각 감사는 ㅇㅇㅇ세무서에 대하여 이루어진 것으로서 각 지방국세청이 원고의 주소지 등에서 원고의 대표자, 임직원 등을 직접 접촉하여 과세표준이나 세액 결정에 관련된 질문을 한 사실은 없는 것으로 보이는 점, ② 원고의 자료 제출도 감사주체인 ㅇㅇ지방국세청, ㅇㅇ지방국세청이 아니라 피감사기관인 ㅇㅇㅇ세무서의 요청에 의하여 이루어진 점, ③ 위 각 감사 과정에서 원고가 제출한 각 자료(갑 제8 내지 10, 20호증)의 내용에 비추어 그 제출에 따른 부담이 원고의 영업의 자유를 실질적으로 제한할 정도에 이르렀을 것으로 보이지 않는 점, ④ 용산세무서의 양도소득세조사는 CCC의 2015년 양도소득세에 관한 것으로 이 사건 조사와는 납세의무자 및 세목이 상이한 점 등을 제1심이 설시한 관련 법리에 비추어 볼 때, 위 각 감사 및 양도소득세조사를 원고에 대한 재조사가 금지되는 원고에 대한 세무조사로 보기 어렵다. 따라서 이 사건 조사는 위 각 감사 및 양도소득세조사와의 관계에서 구 국세기본법 제81조의4 제2항 에 따라 금지되는 재조사에 해당하지 않는다고 할 것이다. 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.
• 나. 원고는 2021. 5.경 BBBBBBB에 대하여 이루어진 세무조사에 구 국세기본법 제81조의7 제1항, 같은 법 시행령 제63조의6 등을 위반한 절차상 하자가 있다고 주장하나, 위 세무조사는 이 사건 처분 이후에 이루어진 것이어서 이 사건 처분의 적법 여부와 관련이 없으므로, 원고의 이 부분 주장에 관하여는 나아가 판단하지 않는다.
• 다. 원고는 상법 제530조의10, 구 법인세법 제46조 제1항, 관련 예규 등에 의하면 인적분할된 분할신설법인의 사업영위기간은 적격분할 또는 비적격분할 여부와 관계없이 분할 전 분할법인의 사업개시일부터 기산하여야 하므로 BBBBBBB의 사업영위기간은 원고의 사업개시일인 1986. 10. 1.부터 기산하여야 하고, BBBBBBB는 사업개시 후 3년 미만의 법인이 아니므로 BBBBBBB의 1주당 가액 산정 시 구 상증세 법 시행령 제54조 제4항 제2호가 아닌 같은 조 제1항이 적용된다고 주장한다. 살피건대, ① 상법 제530조의10 이나 구 법인세법 제46조 제1항 은 분할신설법인의 사업개시일을 분할법인의 사업개시일부터 기산한다는 내용의 법 조항이 아닌 점, ② 법인세 및 증권거래세 부과에 관한 이 사건에서 상법 조항에 따라 과세가 이루어져야 한다고 볼 근거가 없는 점, ③ 구 법인세법은 과세이연과 관련하여 적격분할과 비적격분할을 구분하고 있는 점, ④ 구 상증세법 시행령 제54조 제4항 제2호가 사업 개시 후 3년 미만의 법인 등이 발행한 비상장주식의 1주당 가액의 산정방법을 정하고 있을 뿐 사업개시일의 기산점에 관하여 명시적으로 규정한 바 없으나, 신설법인의 사업개시일은 해당 법인의 사업개시일부터 기산함이 원칙이라 할 것이고, 따라서 위 조항에 2017. 2. 7.자 개정으로 이 사건 추가조항이 더해진 것은 이에 대한 예외를 명확히 규정한 것으로 볼 수 있는 점, ⑤ 원고가 이 사건 추가조항이 생기기 전 적용되었다고 주장하는 기존 예규는 구 법인세법상 적격분할의 요건을 갖춘 법인을 전제로 적용되어 온 것으로 보이고, 설령 그렇지 않다고 하더라도 기존 예규가 원고에 대한 과세관청의 공적인 견해표명에 해당한다고 볼 수 없는 점, ⑥ 원고가 원용하고 있는 서면 상속증여 2015-1201(2015. 8. 10.)의 경우 그 말미에 기존 해석사례인 기획재정부 재산세제과-118, 2009. 1. 21.를 참고하라고 되어있는데, 이는 2009. 12. 31. 법률 제9898호로 개정되기 전의 법인세법 제46조 제1항 이 적용되는 인적 분할(적격분할)의 경우에만 분할신설법인의 사업영위기간을 분할법인의 사업개시일부터 기산한다고 되어 있는 점 등을 종합하면, 원고가 원용하는 상법 또는 구 법인세법 조항이나 예규들을 근거로 비적격분할된 분할신설법인의 사업개시일을 분할법인의 사업개시일부터 기산하여야 한다고 해석할 수는 없다[서울고등법원 2025. 5. 15. 선고 2024누56063 판결(대법원 심리불속행 기각) 참조]. 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

그렇다면 원고의 청구는 이유 없어 이를 기각하여야 한다. 제1심판결은 이와 결론을 같이하여 정당하므로, 원고의 항소는 이유 없어 이를 기각한다.