공통매입세액이 전체 사업장에 실지 귀속된다고 보기 위해서는 해당 재화․용역이 본점 사업장뿐만 아니라 전체 사업장을 유지하고 운영하기 위한 것으로서 다른 사업장에도 실질적으로 사용되었다는 점이 구체적으로 증명되어야 함

사 건 2025누4991 부가가치세경정거부처분취소 원 고 주식회사 MMM 피 고

○○세무서장 변 론 종 결

2025. 10. 30. 판 결 선 고

2025. 12. 4.

1. 피고의 항소를 기각한다.

2. 항소비용은 피고가 부담한다. 청 구 취 지 및 항 소 취 지

피고가 2021. 12. 27. 원고에게 한 [별지] 표 ‘감액경정 거부세액’란 기재 각 부가가치세의 감액경정청구에 대한 거부처분을 취소한다.

제1심판결을 취소한다. 원고의 청구를 기각한다.

1. 제1심판결의 인용 피고의 항소이유는 제1심에서의 주장과 크게 다르지 않고, 제출된 증거들을 다시 살펴보아도 제1심의 사실인정과 판단은 정당한 것으로 인정된다. 이에 이 법원이 이 사건에 관하여 적을 이유는, 아래와 같이 고치거나 피고가 이 법원에서 특히 강조하는 주장에 관하여 ‘2. 보충판단’을 기재하는 부분 외에는 제1심판결의 이유 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 그대로 인용한다.

○ 6쪽 16줄의 “실질귀속”을 “실지 귀속”으로 고친다.

• 가. 피고는, 이 사건 공통매입세액이 원고의 전체 사업장에 실지 귀속된다는 점에 대한 증명책임이 피고에게 있다고 하더라도, 부가가치세법 제40조 가 공통매입세액을 안분하여 계산하도록 정하는 이유는 추계과세의 성격을 갖기 때문인 점, 공통매입세액의 실지 귀속의 핵심은 ‘사업장’이 아닌 ‘사업자가 행하는 사업의 성격’인 점 등을 고려하면, 이 사건 공통매입세액 중 어느 사업장과 어느 정도 관련이 있는지를 구체적으로 식별하기 어려운 부분은 모두 원고의 전체 사업장에 실지 귀속된 것으로 보아야 한다는 취지로 주장한다. 그러나 피고의 이러한 주장은 매입세액의 ‘과세․면세사업 간’ 실지 귀속 여부와 공통매입세액의 ‘사업장별’ 실지 귀속 여부라는 서로 다른 개념을 혼동한 데에서 비롯된 것으로 보인다. 부가가치세법 제40조 는, 매입세액이 과세사업과 면세사업 중 어느 사업에 관련된 것인지 구분할 수 없는 경우(‘공통매입세액’)에 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 등을 적용하여 안분 계산하도록 정한 규정일 뿐, 이를 공통매입세액이 어느 사업장에 실지 귀속되는지 여부를 판단하기 어려운 경우까지 당연히 ‘전체 사업장의 총공급가액’을 기준으로 안분 계산해야 한다는 근거로 삼을 수 없다. 따라서 공통매입세액의 사업장별 실지 귀속 여부를 판단할 때에는 부가가치세법의 사업장별 과세원칙으로 돌아가, 공통매입세액을 당연히 사업장별로 계산하고 그 안분도 사업장별 총 공급가액에서 면세공급가액 등의 비율에 의하여 안분계산하여야 함이 원칙이며, 그럼에도 다른 사업장에 실지 귀속된 사정이 있다면 결과적으로 이는 원칙에 대한 예외로서 피고가 증명책임을 져야 한다. 이와 다른 전제에 선 피고의 위 주장은 이유 없다.
• 나. 피고는, 원고 전체 매출 중 본점 사업장의 매출이 차지하는 비중이 매우 낮은 점, 이 사건 공통매입세액의 대부분이 원고의 운영․관리업무를 담당하는 부서에서 발생․지출된 점 등을 고려하면, 이 사건 공통매입세액은 대부분 본점으로서의 기능 및 역할 수행을 위해 사용된 것인바, 결과적으로는 전체 사업장에 실지 귀속되는 것이라고 주장한다. 그러나 피고의 이러한 주장은 특정 사업장의 재화․용역이 어떤 사업장에 실질적으로 사용되었는지에 관한 주장이 아니라 결국 본점 사업장이 다른 사업장에 미치는 ‘경제적 효과’를 전제로 한 주장인데, 한 사업자의 복수 사업장들이 행하는 경제적 거래는 어떤 식으로든 그 경제적 효과가 다른 사업장에 직․간접적으로 미칠 수밖에 없어 경제적 효과라는 개념을 도입하게 되면 사업장별 과세의 원칙이 무너질 수밖에 없으므로, 이와 같은 주장은 받아들이기 어렵다. 즉 이 사건 공통매입세액이 원고의 전체 사업장에 실지 귀속된다고 보기 위해서는 해당 재화․용역이 본점 사업장뿐만 아니라 전체 사업장을 유지하고 운영하기 위한 것으로서 다른 사업장과 연관되어 공급된 것일 뿐만 아니라 다른 사업장에서 실질적으로 사용되었다는 점이 구체적으로 증명되어야 한다. 그러나 본점 사업장에서 발생한 이 사건 공통매입세액에는 본점 사업장에서만 사용된 것으로 보이는 비용에 관한 부분이 다수 포함되어 있어 피고가 제출한 자료만으로는 이러한 비용들을 포함하여 이 사건 공통매입세액이 원고의 전체 사업장에 실지 귀속된다는 사실을 인정하기 어렵고, 달리 이를 인정할 증거가 없다.
• 다. 한편 피고는 이 사건 변론종결 이후 제출한 참고서면에서, 이 사건 공통매입세액 중 ‘서울 변압기 교체, 엘리베이터 교체, 리뉴얼 비용’ 등 ‘건물관련 비용’(을 제7호증의 1) 및 공통매입세액명세서(을 제7호증의 2 내지 8)상 ‘적요’에 ‘본사’라고 기재되어 있는 항목에 대해서는 본점 사업장만의 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율로 불공제 매입세액을 안분 재계산하고, 나머지 부분은 여전히 원고의 전체 사업장에 관련된 부분으로 보아 마찬가지로 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율을 적용하여 불공제 매입세액을 안분 계산함으로써 추가 감액한 ,973,531원을 제외한 뒤 남은, 적어도 ,561,890원은 정당한 세액에 해당한다고 주장한다. 그러나 피고의 이러한 계산 결과는 이 사건 공통매입세액의 각 내역 중 당해 재화나 용역이 전체 사업장에 실지 귀속된 것인지 여부를 개별적으로 검토하여 판단한 것이 아니라, 이 사건 공통매입세액 전체가 원고의 전체 사업장에 실지 귀속됨을 우선 전제하고, 공통매입세액명세서상 적요에 ‘본사’라고 기재되어 있는 경우 이를 본점 사업장에만 실지 귀속된 것으로 보아 소거해나가는 방식으로 도출된 것으로서 그 기준이 합리성을 갖추었다고 보기 어렵다. 나아가 위와 같이 소거되지 않은 나머지 부분에 대해서는 여전히 해당 내역이 원고의 전체 사업장과 관련된 공통매입세액이라는 점에 관한 증명이 전혀 이루어지지 않았으므로, 피고가 증명책임을 다하였다고 볼 수도 없다. 결국 피고가 제출한 자료만으로는 이 사건 거부처분 중 적법한 부분의 정당세액을 산출할 수 없는바, 이 사건 거부처분은 그 전부를 취소할 수밖에 없다(대법원 1995. 4.28. 선고 94누13527 판결 등 참조).

원고의 청구는 이유 있어 인용하여야 한다. 제1심판결은 이와 결론을 같이하여 정당하므로 피고의 항소를 기각한다.