수지차 보전 목적의 정부출연금은 결산상 수지차 부족액에 따라 정부출연금이 사용된 것으로 봄이 합리적임

사 건 서울고등법원2025누4410 법인세등부과처분취소 원고, 피항소인 AAAAAA 피고, 항소인 ㅇㅇㅇ세무서장 제1심판결 인천지방법원 2024. 12. 26. 선고 2022구합56306 판결 판결선고 2025.10.31

1. 피고의 항소를 기각한다.

2. 항소비용은 피고가 부담한다. 청구취지 및 항소취지

피고가 2020. 10. 5. 원고에 대하여 한 2017 사업연도 법인세 2,327,718,170원(가산세 646,301,800원 포함), 2018 사업연도 법인세 751,209,490원(가산세 144,539,199원 포함)의 부과처분을 각 취소한다.

제1심판결을 취소한다. 원고의 청구를 기각한다.

1. 제1심판결의 인용 피고가 이 법원에서 주장하는 사유는 제1심에서 주장한 내용과 크게 다르지 아니한 바, 피고의 주장을 제1심과 이 법원에 제출된 증거들 및 관련 법리에 비추어 다시 살펴보더라도 제1심의 사실인정과 판단은 정당한 것으로 인정된다. 이에 이 법원이 이 사건에 관하여 설시할 이유는, 아래 제2항과 같이 고쳐 쓰거나 추가하는 외에는 제1심판결 이유 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 약어 및 별지를 포함하여 이를 그대로 인용한다.

○ 제1심판결문 제9면 아래에서 제1행의 “1,890억 원”을 “1,870억 원”으로 고쳐 쓴다.

○ 제1심판결문 제12면 제9행의 “봄이 상당하다.” 다음에 아래 내용을 추가한다. 『 기획재정부도 2021. 7. 1.자 민원회신에서 ‘수지차 보전방식은 기관의 지출예산 총액에서 기관운영으로 발생하는 자체수입예산을 차감 후 부족재원을 정부출연금으로 지원하는 제도이다’라고 밝혔다(갑 제6호증, 갑 제11호증). 』

○ 제1심판결문 제12면 제13행의 “보인다.” 다음에 아래의 내용을 추가한다. 『 원고의 정부출연사업은 원고의 인건비, 운영비, 사업비의 자체 수입 대비 부족분을 중앙정부 재정으로 출연하는 사업인바(갑 제8호증 및 을 제4호증의 1, 274면), 용도를 구분하지 않고 총액으로 지급되는 정부출연금의 특성상 정부출연금으로 보전되는 개별 사업의 비용은 자체 수입으로는 충당되지 않는 사업비일수도 있으며, 인건비 또는 경상경비일 수도 있는 것이다. 이에 대하여 피고는, 국회 환경노동위원회 2018년 결산보고서(갑 제8호증 및을 제4호증의 1)에 의하면, 국회 환경노동위원회가 2019년 예산안 심의과정에서 원고 소속 직원들에 대한 인건비 마련을 위해 노력하여 실제 25억 원이 증액되었다고 밝히고 있는데, 이는 정부출연금의 용도와 취지가 뚜렷하다는 근거이므로, 정부출연금의 용도가 정해지지 않았다는 원고의 주장은 사실과는 다르다는 취지로도 주장한다. 그러나 국회환경노동위원회가 원고 소속 직원들의 인건비 마련을 위해 노력한 결과 이 사건 정부출연금이 증액 배정된다고 하더라도, 수지 차이로 인해 발생하는 손실을 보전하려는 정부출연금의 특성상 곧바로 증액된 정부출연금이 인건비 명목으로 용도가 정해진 것으로 볼 수는 없다. 그리고 위와 같이 증액된 정부출연금이 인건비 명목으로 지출되었음을 인정할 객관적인 증거도 없다. 따라서 피고의 이 부분 주장은 받아들일 수 없다. 또한 피고는, 갑 제4호증의 작성 경위와 관련하여, ‘원고가 갑 제4호증과 같이 개별 사업별로 정부출연인건비가 기재된 문서를 작성하였다는 것은, 그 자체로 개별 사업별로 정부출연인건비가 구분되어 있으며, 이에 따르면 정부출연금이 인건비로 사용되었음이 분명하다’는 취지로도 주장한다. 그러나 갑 제4호증은 2017 사업연도의 정부출연금 배분에 관한 객관적인 자료가 아니라 전심절차에서 조세심판원의 이해를 돕기위해 원고가 새롭게 작성한 문서에 불과하므로, 피고의 위 주장은 갑 제4호증의 작성 경위 및 성격을 오해한 것으로 보여 받아들일 수 없다. 』

○ 제1심판결문 제13면 제7행 다음에 아래 내용을 추가한다. 『 한편 이 사건 회계자료의 ‘세항명’ 란에는 ‘국제협력사업, 소각시설유해물질검사, 수질개선정책지원, 영농폐기물처리, 폐기물처리시설검사, 환경측정기기검사’ 등의 사업명칭이 기재되어 있는바, 해당 ‘세항명’ 란은 원고가 운영하는 구체적인 사업명칭을 표기하는 분류에 해당하고 이를 정부출연금의 지출내역을 특정하여 표기한 분류라고 보기는 어렵다. 이와 관련하여 원고는, ‘세항’에 해당하는 예산코드는 전체 23자리 숫자 중 8번째부터 15번째까지의 8자리에 해당하는데, 정부출연사업에 대한 인건비 지출내역은 세항예산코드로 3101(또는 3501)을 먼저 적고 구체적 사업별로 정해진 숫자 4자리를 부여하고[예컨대 정부출연사업인 ‘영농폐기물수거’ 사업의 인건비로 지출된 내역은 세항 예산코드로 ‘3101(또는 3501)-3523’을 부여함] ‘세항명’ 란에도 ‘정부출연금’이라고 기재하였던 반면, 정부출연사업 외의 사업에 대한 인건비 지출내역은 세항 예산코드로 4자리만 부여하고[예컨대 정부대행사업인 ‘대기총량관리’ 사업의 인건비로 지출된 내역은 세항 예산코드로 ‘1302-0000’을 부여함] ‘세항명’ 란에도 해당 사업명칭을 기재하였다고 설명하는바, 이러한 원고의 설명은 충분히 합리적일 뿐 아니라 이 사건 회계자료의 기재내역에도 잘 부합하는 것으로 판단되어 이를 쉽게 배척할 수 없다. 결국 이 사건 회계자료의 ‘세항명’ 란에 ‘정부출연금’ 또는 ‘정부출연인건비’라고 기재된 내역은 정부출연사업(정부위탁사업과 같은 의미이다, 항 예산코드 1003)에 대한 인건비 지출내역으로서 세항 예산코드로 사업명칭별 예산코드 앞에 ‘3101’ 또는 ‘3501’을 추가해 놓은 지출내역들에 불과하다고 보인다. 』

○ 제1심판결문 제13면 제16행의 “충당하고 있는바,” 다음에 아래 내용을 추가한다. 『 [기획재정부 또한 정부출연금의 사용구조와 관련한 원고의 질의에 대하여, ‘수지차 보전기관에 지원하는 정부출연금은 사업비를 우선 충당한 후 기관운영비(인건비 및 경상비)를 충당하는 것‘이라고 회신하였다(갑 제6, 11호증)], 』

○ 제1심판결문 제14면 제5행의 “드러난다” 다음에 아래 내용을 추가한다. 『 [세항명란의 ‘정부출연금’(예산코드 3101)은 환경관리공단에서, ‘정부출연금인건비’(예산코드 3501)는 환경자원공사에서 각 관리하던 예산코드 기입방식으로, BBBBBB과 CCCCCC가 원고로 통합된 이후에도 이전부터 관리해오던 예산코드 방식을 그대로 사용하면서 예산코드 명칭상 차이가 발생하게 되었을 뿐이다]. 』

그렇다면 원고의 청구는 이유 있어 이를 인용하여야 한다. 제1심판결은 이와 결론을 같이 하여 정당하므로, 피고의 항소는 이유 없어 이를 기각한다.