한국표준산업분류상 주된 산업활동인지 여부는 재화 또는 서비스 산출물에 대한 부가가치의 크기에 따라 결정됨

사 건 서울고등법원2025누3554 법인세부과처분취소 원고, 항소인 농업회사법인AAAAAAAA 주식회사 피고, 피항소인 ㅇㅇ세무서장 제1심판결 인천지방법원 2024. 12. 6. 선고 2024구합51220 판결 판결선고 2025.10.30

1. 원고의 항소를 기각한다.

2. 항소비용은 원고가 부담한다. 청구취지 및 항소취지 제1심판결을 취소한다. 피고가 2023. 4. 18. 원고에 대하여 한 법인세 2018 사업연도분11,198,664원, 2019 사업연도분 58,831,524원, 2020 사업연도분 58,122,131원, 2021 사업연도분 38,641,111원의 부과처분(각 가산세 포함)을 각 취소한다.

1. 정당한 제1심 판결 인용 원고의 항소이유(① 원고의 영업은 ‘노지에서 약용작물 등 기타 작물을 재배하는 산업활동’으로서 기타 작물 재배업에 해당하므로, 이 사건 소득은 조세특례제한법 제68조 제1항 전단의 ‘식량작물재배업소득 외의 작물 재배업에서 발생하는 소득’에 해당한다는 주장, ② 원고에 대하여 이 사건 법인세 감면을 적용하는 것이, 원고와 같은 영세한 농업인들을 보호하고 작물 재배 산업을 격려하며 촉진하기 위한 조세특례제한법 제68조 제1항 의 입법취지에 부합한다는 주장, ③ 원고가 직접 약용재화를 혼합, 배합하여 BB건설과 CC산업개발공사에 공급한 것이 아니라, 약용재화의 혼합, 배합은 특허사용권한을 부여받은 BB건설과 CC산업개발공사가 직접 수행하였다는 주장, ④ 혼합된 약용재화와 개별 약용재화의 각 공급가액은 동등한 품목이 아닌 상이한 품목에 해당하는 여러 천연 재료들의 혼합 단가와 개별 단가의 차이에서 비롯된 것이므로, 혼합된 약용재화의 공급가액 중 일부 고가의 공급가액만 선별하여 이를 근거로 작물 재배업이 아니라고 보는 것은 조세법률주의 원칙에 부합하지 않는다는 주장)는 제1심에서의 주장과 크게 다르지 않다. 제1심에 제출된 증거에다가 이 법원에 제출된 증거를 보태어 원고의 주장과 함께 살펴보더라도 제1심의 사실인정과 판단은 정당한 것으로 인정된다. 이에 이 법원의 판결이유는 아래 2.항과 같이 고치거나 추가하는 부분 이외에는 제1심판결의 이유와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 약어와 별지를 포함하여 그대로 인용한다.

○ 제1심판결 제10면 제20행의 ‘약욕작물’을 ‘약용작물’로 고친다.

○ 제1심판결 제11면 제16행과 제17행 사이에 아래『 』부분을 추가한다. 『⑤ 원고는, 한국표준산업분류표에 따라 ‘산업’을 분류할 때에는 ‘주된 활동’을 기준으로 판단하여야 하는데, 이 사건 각 절단, 건조, 분쇄 등 가공행위는 작물재배업의 보조적 활동에 해당하고 이로써 이 사건 약용작물의 본질적 성질을 변화시켰다고 볼 수 없으므로, 단순히 1회의 절단·건조·분쇄만으로 제조업에 해당한다고 판단하여서는 안 된다는 취지로 주장한다. 또한, 설령 절단·건조·분쇄가 농산물의 가공행위에 해당한다고 보더라도, 원고가 발생한 세금계산서의 대부분 가액은 이 사건 약용작물의 재배·판매에서 비롯된 것이고 절단·건조·분쇄로 인한 소득은 극히 미미하므로, 피고가 이 사건 소득 중에서 ‘재배행위에서 발생한 소득’과 ‘가공행위에서 발생한 소득’을 구분하지 않은 채 그 전부에 대하여 과세한 것은 그 자체로 위법하다고 주장한다. 그러나 공급된 하나의 재화에 대하여 최종 산출물의 특성과 관계없이 그 산출물이 생산되기까지의 모든 과정마다 각각 업종을 구분해야 한다는 것은 쉽게 납득하기 어렵다. 한국표준산업분류 개요에 의하면, 산업분류는 생산단위가 수행하는 주된 산업활동을 경제적인 실질에 따라 객관적으로 파악하여 그 유사성을 기준으로 유형화 한 것으로 산출물(생산된 재화 또는 제공된 서비스)의 특성, 투입물의 특성(원재료, 생산공정, 생산기술 및 시설 등), 생산활동의 일반적인 결합형태, 곧 생산방법을 기준으로 분류하고, 통계단위가 분류되어야 할 산업의 결정은 그 생산단위가 수행하는 주된 산업활동인 판매 또는 제공되는 재화 및 서비스의 종류에 따라 결정하되, 주된 산업활동인지 여부는 재화 또는 서비스 산출물에 대한 부가가치의 크기에 따라, 부가가치의 측정이 어려운 경우에는 산출액 등에 의하여 결정한다(갑 제22호증 중 13/97~22/97면 참조).원고가 받은 이 사건 특허에 의한 임산물 가공은, 천연재료들을 저온(40~50°C) 및 고온(100~130°C)으로 순차 ‘건조’하는 공정, 건조된 천연재료들을 ‘분쇄’하는 공정, 분말로 분쇄된 천연재료들을 ‘혼합’하여 분말첨가제를 만드는 공정, 분말첨가제와 수액첨가제를 ‘혼합’하는 공정, 혼합된 분말첨가제와 수액첨가제를 황토와 ‘배합’하는 공정 등을 순차적으로 거쳐 이루어진다. 여기에, 앞서 본 바와 같이 원고의 대표자 스스로 10여년 간 약용재화의 연구결과를 토대로 원고를 설립하였고, 35년 이상 연구 개발한 노력으로 신약을 만들어냈으며, 이러한 신약은 각각의 재료를 단독으로 생산·판매하는 것이 아니라 이를 각 비율에 따라 혼합·배합하여 생산·판매하는 것이기에 부가가치가 높다는 취지로 진술한 점 등을 보태어 보면, 이 사건 가공행위가 작물재배업의 보조적 활동에 해당하는 것으로 볼 수 없고, 원고가 제조한 분말첨가제 또는 분말첨가제와 수액첨가제가 혼합된 물품이 ’원생산물 본래의 성상이 변하지 아니하는 정도의 원시가공을 거친 것‘이라고 보기도 어렵다.』

그렇다면 제1심 판결은 정당하므로, 원고의 항소는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.