이 사건 전산시스템의 위탁개발은 구 조특법 제9조 제5항에서 정한 과학기술활동에 해당하지 않음

[ 세 목 ] 법인 [ 판결유형 ] 국승 [ 사건번호 ] 서울고등법원-2024-누-75132(2025.04.16) [직전소송사건번호 ] 대법원-2021-두-55203(2024.12.24) [심판청구 사건번호 ] 조심-2015-서-5654 (2018.07.27) [ 제 목 ] 이 사건 전산시스템의 위탁개발은 구 조특법 제9조 제5항에서 정한 과학기술활동에 해당하지 않음 [ 요 지 ] 이 사건 전산시스템은 기존의 업무를 효율적으로 운영하고 더 나은 고객 서비스를 제공하기 위하여 그 당시의 정보기술 등을 활용하여 위탁개발한 것인바, 이 사건 전산시스템의 위탁개발은 과학적 또는 기술적 불확실성을 체계적으로 해소하여 정보기술 등 과학기술 분야의 진전을 이루기 위한 활동으로 볼 수 없으므로 구 조특법 제9조 제5항에서 정한 과학기술활동에 해당하지 않음 [ 판결내용 ] 판결 내용은 붙임과 같습니다. [

] 구 조세특례제한법 제10조 【연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제】 사 건 2024누75132 법인세경정청구거부처분취소 원 고

○○○○○○ 주식회사 피 고

○○○세무서장 변 론 종 결

2025. 3. 19. 판 결 선 고

2025. 4. 16.

1. 피고가 2015. 12. 10. 원고에게 한 2013 사업연도 법인세 345,377,810원 경정거부처분 취소청구에 관한 원고의 항소를 기각한다.

2. 항소제기 이후의 소송총비용은 원고가 부담한다. 청구취지 및 항소취지 제1심 판결 중 아래에서 취소를 명하는 부분에 해당하는 원고 패소 부분을 취소한다. 피고가 2015. 12. 10. 원고에게 한 2013 사업연도 법인세 345,377,810원 경정거부처분을 취소한다.

1. 정당한 제1심 판결 인용과 추가 등 원고 항소이유는 제1심 주장과 크게 다르지 아니하고, 이 사건 변론에 제출된 모든 증거와 소송자료(항소심에 추가로 제출된 서증인 갑 제37 내지 48호증 포함)를 원고 주장과 함께 다시 살펴보더라도 제1심의 사실인정과 판단은 정당한 것으로 인정된다(대법원 판결2)로 확정된 사건들과 같이 판단한 것은 정당하다). 이에 항소심인 이 법원이 이 사건에 관하여 적을 이유는, 원고가 이 법원에서 강조하거나 추가하는 주장 등에 관하여 아래 제2항 기재 보충 판단을 추가하는 것 외에는 제1심 판결 이유 부분 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 따라 약어, 별지를 포함하여 이를 인용한다[다만 제1심 약어 ‘aaaa’는 ‘bbbbbb㈜’으로, ‘이 사건 시스템’은 ‘이 사건 전산시스템’으로, ‘쟁점 금원’은 ‘쟁점 비용’으로 각 고친다].

• 가. 이 사건 핵심 쟁점 구 조세특례제한법 제9조 제2항 제1호 에서는 ’새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 연구개발의 경우 “자체” 연구개발에 필요한 비용 중 대통령령으로 정하는 비용만 연구･인력개발비에 해당한다‘고 규정하고 있으므로, 서비스 활동(‘새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 활동’의 약어이다)의 “위탁” 연구개발비는 쟁점 세액공제의 적용대상이 아니다. 그런데 bbbbbb㈜이 ㈜ccccccc 등 제1심 판결 별지1 표 ‘수탁업체’란 기재 각 수탁업체에 이 사건 전산시스템을 위탁하여 개발하였음은 앞서 인정한 것과 같으므로, 원고는 이 사건 전산시스템의 위탁 개발이 과학기술 활동(‘과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동’의 약어이다)에 해당하는 경우에 한하여 쟁점 비용에 대해 쟁점 세액공제를 적용받을 수 있다. 따라서 이 사건 핵심 쟁점은 ’이 사건 전산시스템의 위탁 개발이 구 조세특례제한법 제9조 제5항 에서 정한 “과학기술 활동”에 해당하는지‘이다.
• 나. 관련 법리 앞서 인용한 구 조세특례제한법 제10조 제1항, 제9조 제2항 제1호, 구 조세특례제한법 시행령 제8조 제1항, [별표 6] 제1호와 구 조세특례제한법 시행규칙(2015. 3. 13. 기획재정부령 제478호로 개정되기 전의 것) 제7조 제1항 제1호3) 등 쟁점 세액공제 관련 규정의 문언과 체계, 즉 구 조세특례제한법에서는 위탁 연구개발의 경우 과학기술분야의 연구개발용역 등을 전담부서 등 일정한 요건을 갖춘 기관에 위탁한 때에 한하여 그 연구개발에 따른 비용을 쟁점 세액공제의 적용대상인 연구개발비로 인정하는데, 연구개발을 위한 전담부서 등의 인정기준은 구 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 시행령(2016. 9. 22. 대통령령 제27506호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 기초연구법 시행령’이라 한다)에서 규정하고 있는 점 등을 고려하면, 구 조세특례제한법 제9조 제5항 에서 정한 ‘연구개발’의 의미는 구 기초연구법 시행령 제2조 제5호 에서 정한 ‘연구개발활동’의 의미와 연계하여 이해할 필요가 있다. 종래 조세특례제한법은 쟁점 세액공제에 관하여 규정하면서도 연구개발의 의미에 관하여 별도의 정의규정을 두지 아니하다가, 2008. 12. 26. 법률 제9272호로 개정되면서 연구개발에 관한 정의규정인 제9조 제5항을 신설하였는데, 당시 개정이유는 연구개발의 정의 및 쟁점 세액공제의 적용대상 비용의 범위를 국제적인 기준, 즉 OECD의 연구개발조사를 위한 표준지침인 프라스카티 매뉴얼(Frascati Manual)의 연구개발 개념에 맞게 정비하기 위한 것이었고, 프라스카티 매뉴얼에서 정한 연구개발의 정의가 구 기초연구법 시행령 제2조 제5호 의 내용과 매우 유사한 점도 이를 뒷받침한다. 따라서 구 조세특례제한법 제9조 제5항 에서 정한 ‘과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동’이란 ‘과학기술 분야의 지식을 축적하거나 새로운 응용방법을 찾아내기 위하여, 축적된 창의적 지식을 활용하는 체계적이고 창조적인 활동으로서 새로운 제품 및 공정을 개발하기 위한 시제품의 설계･제작 및 시험 등 사업화 전까지의 모든 과정’을 의미한다고 보아야 한다. 구 조세특례제한법이나 구 기초연구법 시행령에서는 ‘과학기술’에 관하여 별도 정의규정을 두고 있지 아니하므로, 원칙적으로 사전적인 정의 등 일반적으로 받아들여지는 의미를 존중하여야 한다. 사전적 의미에 따르면 ‘과학’은 보편적인 진리나 법칙의 발견을 목적으로 한 체계적인 지식으로서 넓은 뜻으로는 학(學)을 이르고, 좁은 뜻으로는 자연과학을 의미한다. 자연과학은 좁게는 자연현상 그 자체의 법칙을 탐구하는 수 학･물리학･화학･생물학･지구과학을 이르고, 넓게는 자연현상을 실생활에 응용함을 목적으로 하는 공학･농학･의학을 포함한다. 그리고 ‘기술’의 사전적인 의미는 ‘과학 이론을 실제로 적용하여 사물을 인간 생활에 유용하도록 가공하는 수단’이다. 위와 같은 ‘과학’ 및 ‘기술’의 사전적 의미와 앞서 인용한 관련 규정의 내용 등을 종합하면, 구 조세특례제한법 제9조 제5항 및 구 기초연구법 시행령 제2조 제5호 에서 정한 ‘과학기술’이란 ‘자연과학 및 이를 실제로 적용하여 사물을 인간 생활에 유용하도록 가공하는 수단’을 의미한다고 보아야 한다. 연구개발은 그 속성상 기업의 수익 발생과 곧바로 이어지지 아니하는 경우가 많고 시행착오나 실패의 위험이 따르므로 결과의 불확실성이 내재되어 있다. 기업의 연구개발에 소요된 비용을 손금에 산입하는 것에서 더 나아가 구 조세특례제한법에서 쟁점세액공제 제도를 둔 것은, 연구개발의 불확실성에 따른 시행착오나 실패로 인해 기업이 부담하게 되는 손실에 대하여 세제 지원이라는 안전장치 또는 보상책을 마련하여 연구개발에 대한 기업의 투자를 독려하고, 국민경제의 건전한 발전에 이바지함을 목적으로 한다. 따라서 연구개발, 그중 과학기술 활동에 해당하기 위해서는 그것이 과학적 또는 기술적 불확실성을 체계적으로 해소하기 위한 활동이어야 한다. 결과의 불확실성은 연구개발활동 자체에 내재된 속성이므로 위탁 연구개발의 경우 위탁자뿐만 아니라 연구개발활동을 실제로 수행하는 수탁자의 입장에서도 결과의 불확실성이 있어야 연구개발로 인정될 수 있다(환송 판결인 대법원 2024. 12. 24. 선고 2021두55203 판결 등 참조).
• 다. 구체적 판단 위와 같이 구 조세특례제한법 제9조 제5항 에서 정한 ‘과학기술 활동’은 ‘과학적 또는 기술적 불확실성을 체계적으로 해소하여 과학기술 분야(자연과학 및 그 적용 기술)의 진전을 이루기 위한 활동’을 의미하므로, 과학기술 활동에 해당하는지는 해당 연구개발활동의 목표와 결과 등을 종합적으로 고려하여 판단하여야 한다. 그런데 앞서 인정한 것처럼 이 사건 전산시스템은 기존의 업무를 효율적으로 운영하고 더 나은 고객서비스를 제공하기 위하여 그 당시의 정보기술 등을 활용하여 위탁 개발한 것이고, 그 목표와 결과, 위탁 비용 등을 고려할 때 이 사건 전산시스템의 위탁 개발은 과학적 또는 기술적 불확실성을 체계적으로 해소하여 정보기술 등 과학기술 분야의 진전을 이루기 위한 활동으로 볼 수 없으므로 구 조세특례제한법 제9조 제5항 에서 정한 ‘과학기술활동’에 해당하지 아니한다. 설령 이 사건 전산시스템의 위탁 개발로 인하여 기존에 수립된 bbbbbb㈜의 업무 절차, 시스템 및 서비스의 주요한 개선이 이루어졌다고 하더라도, 이는 bbbbbb㈜이 영위하는 금융보험서비스 분야에서 새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 활동에 해당할 여지가 있을 뿐인데, 앞서 판단한 것처럼 서비스 활동의 위탁 연구개발비는 쟁점 세액공제의 적용대상이 아니다. 이와 달리 이 사건 전산시스템의 위탁 개발이 구 조세특례제한법 제9조 제5항 에서 정한 “과학기술 활동”에 해당한다는 전제에 선 원고 항소이유 주장은 나머지 점에 관하여 더 나아가 판단할 필요 없이 모두 받아들이지 아니한다.

환송 후 항소심 심판 대상인 원고의 청구는 이유 없어 이를 기각하여야 하고, 제1심 판결 중 해당 부분은 이와 결론이 같아 정당하다. 해당 부분에 관한 원고의 항소는 이 유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.