정부출연금은 수입과 무관하게 각 사업에서 발생하는 손실을 보전하기 위하여 지급하는 금액이고 원고의 사업 중 수입이 전혀 발생하지 않은 사업에 대하여 그 수입액과 지출액의 차액을 보전하는 방식으로 사용되었다고 봄이 상당함 판결내용

사 건 서울고등법원2024누74788 법인세등부과처분취소 원고, 피항소인 AAAAAA 피고, 항소인 ㅇㅇㅇ세무서장 제1심판결 인천지방법원 2024. 11. 22. 선고 2017구합54467 판결 판결선고 2025.10.24

1. 피고의 항소를 기각한다.

2. 항소비용은 피고가 부담한다.

3. 제1심판결의 주문 제1항은 이 법원에서의 청구 감축에 따라 다음과 같이 변경되었다. 피고가 원고에 대하여 한 별지1 표 기재 각 법인세 부과처분(본세 및 가산세)을 취소한다. 청구취지 및 항소취지

피고가 원고에 대하여 한 별지1 표 기재 각 법인세 부과처분(본세 및 가산세)을 취소한다[원고는 이 법원에서 별지2 표 ‘부과처분’란 기재 각 부가가치세 부과처분(본세 및 가산세)의 취소 청구 부분을 취하함으로써 청구취지를 감축하였다].

제1심판결을 취소한다. 원고의 청구를 기각한다.

1. 제1심판결의 인용 피고가 이 법원에서 주장하는 사유는 제1심에서 주장한 내용과 크게 다르지 아니하고, 제1심과 이 법원에 제출된 증거들을 관련 법리에 비추어 다시 살펴보더라도 제1심의 사실인정과 판단은 정당한 것으로 인정된다. 이에 이 법원이 이 사건에 관하여 설시할 이유는, 아래 제2항과 같이 고쳐 쓰는 외에는 제1심판결 해당 부분 이유 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 약어 및 별지를 포함하여 이를 그대로 인용한다.

○ 제1심판결문 제3면 아래에서 제1~2행의 “2009년 2기분가지”를 “2009년 2기분까지”로 고쳐 쓴다.

○ 제1심판결문 제5면 제5행의 “환경시실설치지원”을 “환경시설설치지원”으로 고쳐쓴다.

○ 제1심판결문 제5면 제16행의 “피기 환송전”를 “파기 환송전”으로 고쳐 쓴다.

○ 제1심판결문 제14면 표 아래 제1행부터 제18면 제7행까지를 아래와 같이 고쳐 쓴다. 『 3) 이 사건 회계자료의 세항명 ‘정부출연금’ 기재 내역의 의미

• 가) 앞서 본 바와 같이 피고의 이 사건 법인세 부과처분은 이 사건 회계자료의 ‘세항명’ 란에 ‘정부출연금’으로 기재된 내역이 정부출연금의 실제 집행내역을 반영한 것임을 전제로 하고 있으므로, 위 회계자료가 정부출연금의 실제 집행내역을 반영한 것인지 여부가 이 사건 법인세 부과처분의 적법 여부의 전제가 된다고 할 것이다.
• 나) 그런데 앞서 든 증거와 갑 제25, 26, 29, 32 내지 34호증, 을 제6, 13호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정들을 모두 종합하여 보면, 이 사건 회계자료의 ‘세항명’ 란에 ‘정부출연금’, ‘정부출연인건비’로 기재된 내역이 정부출연금의 실제 집행내역을 의미한다고 보기 어렵고, 달리 이를 인정할 증거가 없다. 따라서 이 사건 회계자료가 정부출연금의 실제 집행 내역임을 전제로 각 사업연도별 수익사업의 익금(또는 손금)을 산입하는 방식으로 이루어진 이 사건 법인세 부과처분은 그 기초가 되는 전제사실에 오류가 있고 실질과세원칙에 위배되어 위법하다고 봄이 상당하므로, 이를 지적하는 원고의 주장은 이유 있다.

(1) 2010~2012 사업연도 출연금 예산 설명자료(갑 제25호증의 1 내지 3)에 기재된 원고의 예산요구 내용을 살펴보면, 원고는 매년 예정된 사업내역과 전년도 사업내역을 기준으로 전체 사업의 총 수입액과 총 지출액(인건비, 경상경비, 사업비)을 산정한 후 그 차액을 정부출연금 예산으로 요구하였다고 보인다.

(2) 정부도 위와 같은 원고의 요구에 따라 예산상 수지차액에 해당하는 금원을 총액으로 원고에게 정부출연금으로 지급하였으며, 적어도 2019년 이전에는 정부출연금의 구체적인 용도를 특정하거나 구분하지 않은 채 원고에게 이를 지급하였던 것으로 보인다.

(3) 기획재정부는 2021. 7. 1.자 민원회신에서 ‘수지차 보전방식은 기관의 지출예산 총액에서 기관운영으로 발생하는 자체수입예산을 차감 후 부족재원을 정부출연금으로 지원하는 제도이다’라고 밝혔고(갑 제26호증), 감사원도 2008. 7. 원고에게 ‘정부출연금이 교부대상 사업이 구분되지 않은 상태로 원고의 전체 사업비와 운영비 부족분을 지원하는 방식으로 지급되어 원고가 이를 수익이 발생하지 않는 정부출연사업인 정부위탁사업과 기관운영비로 편성하였다가 집행되지 않은 잉여금을 이월결손금에 충당한 후 나머지를 기본재산에 편입함에 따라 국가예산이 비효율적으로 집행되고 있다’고하면서 그 시정을 요구하는 주의요구 공문을 보냈다(갑 제6호증).

(4) 원고가 정부출연금과 자체수입금을 재원으로 하여 이를 각 사업의 비용으로 지출하고 있다는 사실에 대해서는 당사자 사이에 다툼이 없다. 정부출연금의 구체적 용도가 특정되어 있지 않았던 이상 원고가 정부출연금과 자체수입금을 구분하여 지출하여야할 필요가 있다고 볼 수 없으며, 실제로도 원고는 정부출연금과 자체수입금을 하나의 통장으로 관리하며 집행하고 있어 정부출연사업의 집행금액의 재원이 정부출연금인지 자체수입금인지 구분하기 어려운 구조였던 것으로 보이는바, 원고가 각 개별 정부출연사업별로 정부출연금을 직접 사용한 규모를 파악하는 것은 어렵다고 봄이 상당하다.

(5) 피고는 제2차 세무조사 당시 원고 소속 전산실 직원으로부터 이 사건 회계자료를 입수하였고, 이 사건 회계자료에서 ‘세항명’ 란에 ‘정부출연금’이라는 기재가 있는 것이 정부출연금을 집행한 세부내역인 것으로 판단하였다. 그런데 피고가 위와 같이 추출하여 합산한 각 연도별 정부출연금 세부 집행내역 집계액(을 제6호증)은 아래 표 기재와 같이 원고의 실제 정부출연금 사용액과 차이가 있는바, 피고가 지목하는 항목이 원고의 정부출연금 사용내역을 정리한 것이라고 판단하기는 어렵다. <표 생략>

(6) 한편 이 사건 회계자료에 기재된 각 항목별 분류와 그에 부여된 예산코드는 다음과 같다. 이 사건 회계자료의 ‘세항명’ 란에는 ‘국제협력사업, 소각시설유해물질검사, 수질개선정책지원, 영농폐기물처리, 폐기물처리시설검사, 환경측정기기검사’ 등의 사업명칭이 기재되어 있는바, 해당 ‘세항명’ 란은 원고가 운영하는 구체적인 사업명칭을 표기하는 분류에 해당하고 이를 정부출연금의 지출내역을 특정하여 표기한 분류라고 보기는 어렵다. 이와 관련하여 원고는, ‘세항’에 해당하는 예산코드는 전체 23자리 숫자 중 8번째부터 15번째까지의 8자리에 해당하는데, 정부출연사업에 대한 인건비 지출내역은 세항 예산코드로 3101(또는 3501)을 먼저 적고 구체적 사업별로 정해진 숫자 4자리를 부여하고[예컨대 정부출연사업인 ‘영농폐기물수거’ 사업의 인건비로 지출된 내역은 세항 예산코드로 ‘3101(또는 3501)-3523’을 부여함] ‘세항명’ 란에도 ‘정부출연금’이라고 기재하였던 반면, 정부출연사업 외의 사업에 대한 인건비 지출내역은 세항 예산코드로 4자리만 부여하고[예컨대 정부대행사업인 ‘대기총량관리’ 사업의 인건비로 지출된 내역은 세항 예산코드로 ‘1302-0000’을 부여함] ‘세항명’ 란에도 해당 사업명칭을 기재하였다고 설명하는바, 이러한 원고의 설명은 충분히 합리적일 뿐 아니라 이 사건 회계자료의 기재내역에도 잘 부합하는 것으로 판단되어 이를 쉽게 배척할 수 없다. 결국 이 사건 회계자료의 ‘세항명’ 란에 ‘정부출연금’ 또는 ‘정부출연인건비’라고 기재된 내역은 정부출연사업(정부위탁사업과 같은 의미이다, 항 예산코드 1003)에 관한 비용으로서 세항 예산코드로 사업명칭별 예산코드 앞에 ‘3101’ 또는 ‘3501’을 추가해 놓은 지출내역들에 불과하고, 이는 실제 정부출연금의 집행내역과는 무관하다고 봄이 상당하다.

(7) 한편, 피고는 이 사건 회계자료를 통해 정부출연금의 실제 집행내역을 알 수 없다면, 정부출연금 전부가 수익사업과 비수익사업의 공통익금에 해당한다고 보아야 한다면서 구 법인세법 시행규칙 제76조 제6항 제1호 에 따라 정부출연금을 수익사업과 비수익사업의 수입액에 안분하여 배분해야 한다고 주장하고 있으나, 앞서 본 바와 같이 정부출연금은 원고의 수지 차이로 인한 손실을 메꾸기 위해서 원고에게 지급되는 것으로 각 사업별 수지차이 부족액을 산정할 수 있는 이상 정부출연금 전부가 수익사업과 비수익사업의 공통익금이라고 볼 수 없으며, 종전 법인세 부과처분 당시 피고도 원고에게 지급된 정부출연금 전부가 공통익금에 해당한다고 보지는 않았다. 더구나, 을 제5호증의 기재에 의하면, 원고는 각 정부출연사업의 결산상 수지차 부족액에비례하여 이 사건 정부출연금이 사용된 것으로 배분하고, 수익‧비수익사업에 공통으로사용된 비용에 대하여 배분된 정부출연금은 수익·비수익사업의 매출액에 위와 같은 방식으로 배분된 정부출연금을 합산한 금액을 기준으로 안분하여 수익사업과 비수익사업의 익금으로 계상하였음을 알 수 있는바, 공통익금을 구분계산한 방식도 구 법인세법시행규칙 제76조 제6항 제1호 의 규정에 비추어 부당하다고 판단되지 않는다. 따라서 피고의 위 주장은 받아들이지 않는다. 』

○ 제1심판결문 제22면 제2행의 “(갑 제13호증)”을 “(갑 제10호증)”으로 고쳐 쓴다.

○ 제1심판결문 제22면 제12행의 “(갑 제14 내지 16호증)”을 “(갑 제13 내지 15호증)”으로 고쳐 쓴다.

○ 제1심판결문 제27면 하단 각주 4) 제1행의 “29,936,980원”을 “24,936,980원”으로고쳐 쓴다.

그렇다면 원고의 청구는 이유 있어 이를 인용하여야 한다. 제1심판결은 이와 결론을 같이 하여 정당하므로(다만 원고가 이 법원에서 청구취지를 일부 감축하였으므로, 위와 같이 일부 감축되어 취하된 부분에 대한 제1심판결은 실효되었다), 피고의 항소는 이유 없어 이를 기각한다. 한편 제1심판결의 주문 제1항은 이 법원에서 원고의 청구감축에 의하여 주문 제3항과 같이 변경되었으므로, 이를 표시하여 주문과 같이 판결한다.