적격합병으로 피합병법인으로부터 승계한 이월결손금은 피합병법인으로부터 승계받은 사업부문의 소득금액에 이월결손금 공제한도 비율 적용함이 타당

사 건 2024누71161 법인세경정거부처분취소 원 고

○○○○○○ 주식회사 피 고

○○세무서장 변 론 종 결

2025. 9. 19. 판 결 선 고

2025. 10. 24.

1. 원고의 항소를 기각한다.

2. 항소비용은 원고가 부담한다. 청구취지 및 항소취지 제1심판결을 취소한다. 피고가 2022. 10. 4. 원고에 대하여 한 2018 사업연도 법인세 0,000,000,000원 및 2019 사업연도 법인세 0,000,000,000원의 경정청구 거부처분을 각 취소한다.

1. 제1심판결의 인용 이 법원이 이 사건에 관하여 적을 이유는 아래와 같이 고쳐 쓰거나 추가·삭제하고 원고가 이 법원에서 추가하거나 강조하는 주장에 관하여 ‘2. 추가 판단’을 기재하는 것 외에는 제1심판결 이유 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 따라 약어와 별지를 포함하여 이를 그대로 인용한다. 〇 제1심판결 제6면 각주의 “1998, 12, 28,”을 “1998. 12. 28.”로 고쳐 쓴다. 〇 제1심판결 제9면 제4행과 제5행 사이에 아래와 같은 내용을 추가한다. 『원고는, 1998. 12. 28. 법률 제5581호로 개정되기 전의 법인세법은 제8조 제1항 단서에서 조세회피 목적이 있는 합병법인의 결손금 공제 불가 요건만을 규정하고 있었으므로 적격합병을 한 합병법인은 별도의 규정이 없는 한 피합병법인의 이월결손금을 포괄승계하고 이는 당연히 합병법인 자신의 결손금이 되는 것이었다가, 1998. 12. 28.자 개정으로 구분공제 조항이 신설됨에 따라 공제 범위가 제한되었을 뿐이라고 주장한다. 그러나 1998. 12. 28.자 개정 이전의 법인세법 제8조 제1항 단서는 그 문언에 의하더라도 ‘조세회피 목적이 없는 합병의 경우, 합병법인이 피합병법인으로부터 승계한 이월결손금을 제한 없이 공제할 수 있다’는 취지가 아님이 명백한 점, 합병법인이 합병에 의하여 피합병법인의 결손금을 당연 승계하는지 여부에 관하여 상법과 세법은 입장을 달리하고 있는 점, 종래 법인세법은 합병법인이 피합병법인으로부터 승계한 이월결손금을 공제하는 것을 일절 허용하지 않다가 1998. 12. 28.자 개정으로 구분공제 조항을 신설하면서 비로소 일정한 요건을 갖춘 이른바 적격합병의 경우 일정한 한도 내에서 승계 및 공제를 허용하기 시작한 점, 위 1998. 12. 28.자 개정의 개정이유에는 합병법인이 피합병법인의 이월결손금을 승계하여 공제받을 수 있도록 한다는 점이 명시되어 있는 점, 위와 같이 개정된 법인세법은 부칙 제3조에서 구분공제 조항은 이 법 시행 후 최초로 합병하는 분부터 적용한다고 정할 뿐 개정 전의 합병에 대한 경과규정을 두지 아니한 점 등을 비추어 볼 때, 원고의 위 주장은 받아들이기 어렵다.』 〇 제1심판결 제11면 아래에서 제4 내지 3행의 “공제한도비율을 적용하는 방식을 적용하겠다는 방식의 정책적 의도가”를 “공제한도비율을 적용하겠다는 정책적 의도가”로 고쳐 쓴다. 〇 제1심판결 제12면 제7행과 제8행 사이에 아래와 같은 내용을 추가한다. 『원고는 자신이 피합병법인을 흡수합병한 데에는 조세회피 목적이 없었고 이 사건 단서 조항 역시 조세회피 문제와 무관하므로 ‘조세회피 목적의 합병 방지’를 이유로 원고의 주장을 배척하는 것은 부당하다는 취지로도 주장하나, 법인세법령은 조세회피를 목적으로 하지 않는 일정한 요건을 갖춘 적격합병의 경우에만 예외적으로 결손금의 승계를 인정하고 있으므로 만약 원고에게 조세회피 목적이 있었다면 승계한 결손금의 공제 한도에 관한 다툼에 나아갈 것 없이 결손금의 승계 자체가 불가능하였을 것인 점, 구분공제 조항 또한 합병법인에게 조세회피 목적이 있었는지 여부를 묻지 않고 합병법인이 피합병법인으로부터 승계한 이월결손금의 공제 범위를 일괄적으로 제한하고 있는 점, 관계 법령의 적용·해석에서 개별 납세의무자의 주관적 의사는 고려 요소가 되지 않는 점 등에 비추어 보면, 원고의 위 주장은 받아들일 수 없다.』

• 가. 관련 법리 조세법률주의의 원칙상 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않지만, 법규 상호 간의 해석을 통하여 그 의미를 명백히 할 필요가 있는 경우에는 조세법률주의가 지향하는 법적 안정성 및 예측가능성을 해치지 않는 범위 내에서 입법 취지 및 목적 등을 고려한 합목적적 해석을 하는 것은 불가피하다(대법원 2008. 2. 15. 선고 2007두4438 판결 등 참조).
• 나. 구체적 판단

1. 원고는 합병법인의 경우에 이 사건 단서 조항 중 ‘(내국법인의) 각 사업연도의 소득’의 의미는 합병법인 고유의 사업에서 발생한 소득(이하 ‘고유사업소득’이라고 한다)과 합병법인이 피합병법인으로부터 승계한 사업에서 발생한 소득(이하 ’승계사업소득’이라고 한다)의 구분 없이 합병법인의 전체 소득금액으로 보아야 한다고 주장하나(결국 합병법인의 ‘각 사업연도의 소득’은 고유사업소득과 승계사업소득의 합계액이 되어야 한다는 주장이다), 관계 법령의 내용, 체계, 연혁 등에 의하여 인정되는 다음 사정들을 종합하면, 원고의 위 주장은 받아들이기 어렵다.

① 이 사건 단서 조항은 이월결손금의 공제 ‘한도’를 정함으로써 과거에 발생한 결손으로 인하여 대규모의 이월결손금이 형성된 법인이라도 당해 사업연도에 이익이 발생하였다면 최소한의 법인세를 부담하도록 할 목적에서 도입되었다. 그런데 원고의 주장과 같이 해석할 경우, 합병법인이 승계사업소득의 100%에 대하여 이월결손금 공제를 받아 피합병법인으로부터 승계한 사업에서 발생한 이익에 대한 법인세를 전혀 납부하지 않게 는 결과가 초래될 수 있는바, 이는 이 사건 단서 조항의 도입 취지에 반하는 결과가 된다.

② 이 사건 단서 조항이 ‘각 사업연도 소득’의 의미나 범위를 정한 것이 아니고, 합병법인에서 고유사업소득과 승계사업소득이 발생한 경우에 ‘각 사업연도 소득’의 의미나 범위를 정하고자 한 것도 아니다. 이 사건 단서 조항은 각 사업연도 소득의 60%를 한도로 이월결손금을 공제할 수 있다는 것을 규정하고 있을 뿐이다.

③ 구 법인세법 제13조 의 위임을 받은 구 법인세법 시행령 제10조 는 내국법인의 각 사업연도의 소득에 관한 언급 없이 결손금의 공제에 관한 내용만을 정하고 있는 한편, 내국법인의 과세표준 신고 의무에 관한 같은 법 제60조의 위임을 받은 같은 시행령 제97조 제1항은 “법 제60조 제1항 및 제2항의 규정에 의한 신고를 함에 있어서 그 신고서에는 법 제112조의 규정에 의한 기장에 따라 법 제14조 내지 제54조의 규정에 의하여 계산한 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액(법 제55조의2의 규정에 의한 토지등양도소득에 대한 법인세를 포함한다) 기타 필요한 사항을 기재하여야 한다”고 정하고 있다. 그렇다면 합병법인의 ‘각 사업연도의 소득’을 어떻게 볼 것인지 는 같은 법 제13조보다는 제14조 내지 제54조, 그 중에서도 특히 합병법인의 경우에 관하여 정한 제45조 등에 의함이 타당하다.

④ 이 사건 단서 조항이 구분공제 조항과 달리 고유사업소득과 승계사업소득을 구분하여 정하지 않은 것은, 합병으로 인하여 고유사업소득과 승계사업소득이 별개로 발생하고 합병법인이 피합병법인으로부터 승계한 결손금을 공제받고자 하는 특수한 상황을 전제하지 않은 일반 규정이기 때문인 것으로 보인다. 입법자가 이 사건 단서 조항에서 위 두 소득을 구분하여 정하지 않았다는 사정만으로 합병법인의 경우 위 두 소득의 합계액을 각 사업연도의 소득으로 보아야 한다는 결론이 일의적으로 도출된다고 볼 수는 없다.

2. 원고는 구분공제 조항(구 법인세법 제45조 제2항)이 합병에 의한 조세회피를 방지할 목적에서 도입된 것과는 달리 이 사건 단서 조항(구 법인세법 제13조 단서)은 순수한 조세정책상의 결단에 의한 것일 뿐 조세회피와는 아무런 관련이 없으므로 이 사건 단서 조항을 해석함에 있어서 구분공제 조항의 내용을 고려해서는 아니 된다는 취지로도 주장하나, 아래 사정들에 비추어, 이 사건 단서 조항을 포함하고 있는 구 법인세법 제13조 는 모든 내국법인의 과세표준에 관한 일반 규정인 반면, 구분공제 조항을 포함하고 있는 같은 법 제45조는 합병법인의 법인세 과세표준에 관한 특별 규정에 해당한다고 볼 수 있다. 따라서 합병법인에 대하여 일반규정인 구 법인세법 제13조 를 적용함에 있어서는 합병법인에 관한 특별 규정인 같은 법 제45조의 내용을 유기적으로 함께 고려하여야 하고, 같은 법 제45조의 내용을 도외시한 채 오로지 같은 법 제13조에만 천착하는 것은 합리적인 법령해석이라고 볼 수 없다.

① 구 법인세법은 ‘제2장 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세’ 아래 ‘제1절 과세표준과 그 계산’을 두고, 그 바로 아래 ‘제1관 통칙’에서 ‘과세표준’이라는 표제 아래 이 사건 단서 조항을 포함하고 있는 제13조를 두었으며, 제1절의 제6관 ‘합병 및 분할 등에 관한 특례’ 부분에서 비로소 합병 시 피합병법인에 대한 과세(제44조), 비적격 합병 시 합병법인에 대한 과세(제44조의2), 적격 합병 시 합병법인에 대한 과세특례(제44조의3), 합병 시 이월결손금 등 공제 제한(제45조) 등 합병에 관한 내용을 구체적으로 규정하고 있다. 그중 제45조는 “… 합병법인의 각 사업연도의 과세표준을 계산할 때 …(제1, 2항)”, “… 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 …(제3항)”, “… 제1항부터 제4항까지의 규정에 따른 각 사업연도의 과세표준을 계산할 때 …(제5항)” 등과 같이 과세표준 등을 상세하게 규정하고 있고, 그 위임을 받은 구 법인세법 시행령 제81조 제2항 도 “법 제45조 제2항에 따라 합병법인이 각 사업연도의 과세표준을 계산할 때”에 관한 사항을 구체적으로 규정하고 있다.

② 1998. 12. 28. 법률 제5581호로 개정되기 전의 법인세법은 제8조 제1항 제1문에서는 일반적인 경우의 과세표준을, 제2문에서는 조세를 부당하게 감소시키기 위한 목적으로 합병을 한 특수한 경우의 과세표준을 각 규정하였다. 그런데 법인세법은 1998.12. 28. 법률 제5581호로 전부개정되면서 그 체계를 전면 개편하였고, 종전에 제8조 제1항 제1문에 규정되었던 내용을 제13조 제1항(제1절의 제1관 통칙 부분)으로, 제8조 제1항 제2문에 규정되었던 내용을 제45조 제3항(제1절의 제6관 합병 및 분할 등에 관한 특례 부분)으로 각 이동하였으며, 제45조 제1항에 구분공제 조항을 신설하였다.

③ 법인세법은 2008. 12. 26. 법률 제9267호로 일부개정되면서 조세회피 목적이 있는 경우에 합병법인의 결손금을 공제하지 않는다고 정하였던 제45조 제3항(1998. 12. 28. 법률 제5581호로 개정되기 전의 제8조 제1항 제2문)을 삭제하는 대신 제45조 제1항에 합병법인의 결손금은 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액의 범위에서는 공제하지 아니한다(즉, 합병법인의 결손금은 고유사업소득의 범위에서 공제한다는 취지)는 규정을 신설하였고, 제45조 제1항 자리에 있던 구분공제 조항(피합병법인으로부터 승계한 결손금은 승계사업소득의 범위에서 공제한다는 취지)은 같은 조 제2항으로 이동하였는데, 이러한 개정의 이유는, 흑자법인의 결손법인 합병, 결손법인의 흑자법인 합병 등 합병 형태에 관계없이 결손금 공제범위가 같도록 개선할 필요가 있다는 점, 결손금이 많은 법인이 합병법인이 되는 합병의 경우 합병법인의 결손금 공제를 제한하는 규정을 폐지하고, 합병시 합병법인과 피합병법인의 이월결손금을 합병 후 각각의 사업에서 발생한 소득금액에서 공제하도록 하는 것이 타당하다는 점, 합병방식간 과세형평이 제고되고 합병을 이용한 조세회피를 방지하고자 하는 점 등이었다(2008. 11. 법인세법 일부개정법률안 검토보고서 참조).

④ 위와 같은 입법 경과에 비추어 볼 때, 구 법인세법 제45조 제1항 (결손법인이 흑자법인을 합병한 경우)과 제2항(구분공제 조항, 흑자법인이 결손법인을 합병한 경우)은 합병의 형태를 불문하고 합병법인과 피합병법인의 각 이월결손금을 고유사업소득과 승계사업소득에서 각각 공제하도록 정한 규정으로서 서로 대칭을 이루고 있고, 2008. 12. 26. 개정으로 합병법인 고유의 결손금 공제 범위에 관한 법인세법 제45조 제1항 이 신설됨과 동시에 조세회피 목적이 있는 합병법인 고유의 결손금 공제를 금지하였던 제45조 제3항(1998. 12. 28. 개정되기 전의 법인세법 제8조 제1항 제2문)이 삭제되었는바, 결국 이 사건 단서 조항과 구분공제 조항은 모두 1998. 12. 28. 개정되기 전의 법인세법 제8조 제1항 에 근거한 것으로서 이들 규정이 서로 무관하다고 볼 수 없다. 이 사건 단서 조항과 구분공제 조항은 모두 내국법인 또는 합병법인에게 조세회피 목적이 있는지 불문하고 이월결손금의 공제를 일정한 비율 또는 범위에서 제한함으로써 법인세 납부를 확보하기 위한 규정으로 그 취지나 기능이 상호 연관되어 있다고 봄이 상당하다.

3. 원고는 이 사건 신설 조항(2019. 12. 31. 신설된 법인세법 제45조 제5항)이 창설적 규정으로, 이 사건 신설 조항의 도입 취지가 ‘원래는 이 사건 단서 조항에 따라 합병법인의 전체 소득에 관하여 공제한도비율을 적용해야 함에도 불구하고 이 사건 신설조항을 통하여 비로소 합병법인과 피합병법인의 각 소득에 공제한도비율을 적용한다’는 것이므로, 이 사건 신설 조항이 이 사건에 적용될 수 없다고 주장하나, 앞서 본 관련 법령 및 법리, 사실 및 사정 등에 의하여 인정할 수 있는 다음 사정들에 비추어 보면, 이 사건 신설 조항은 합병법인의 이월결손금 공제에 관한 창설적 규정이 아니라 기존 법인세법령 하에서도 관련 규정의 취지 및 체계에 비추어 합리적으로 예측할 수 있었던 사항을 보다 명확하게 확인하기 위한 규정이라고 해석함이 타당하다. 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

① 이 사건 신설 조항이 창설적 규정에 해당한다고 보기 위하여는 입법자가 종전 법인세법령의 내용을 실질적으로 변경할 의사로 이 사건 신설 조항을 도입하였어야 할 것이다. 그런데 이 사건 신설 조항을 비롯하여 2019. 12. 31. 자 개정으로 변경된 조항들에 관한 기획재정위원회의 검토보고서 및 심사보고서(을 제3, 4호증)의 목차를 살펴보면 다른 개정 조항에 관한 표제에는 ‘추가’, ‘제외’, ‘조정’, ‘변경’ 등의 표현이 있어 개정 전후의 법령 내용에 차이가 있음이 드러나는 것과는 달리 이 사건 신설 조항은 ‘명확화’라는 표현을 사용하였고, 구체적인 검토 내용에 의하더라도 이 사건 신설 조항의 도입으로 인하여 개정 전과 실질적으로 달라지는 사항이 있다고 보이지 않는다.

② 앞서 본 바와 같이 합병법인이 승계한 피합병법인의 이월결손금은 승계사업소득에 대하여 이 사건 단서 조항이 정한 한도 내에서 공제할 수 있다고 봄이 타당하나, 법원 또는 과세관청이 법인세법령의 합목적적 해석을 통하여 위와 같은 결론에 이를 수 있는 것과는 별개로, 세법 전문가가 아닌 일반 납세의무자의 입장에서는 이 사건 단서 조항만을 놓고 볼 때에는 원고와 주장과 같이 오해할 소지가 있다. 조세법률주의의 내용인 과세요건 명확주의에 의하면 과세요건과 부과·징수절차를 규정한 법률 또는 그 위임에 따른 명령, 규칙은 그 내용이 일의적이고 명확하여야 하며 함부로 불확정개념이나 개괄조항을 사용하여서는 안 되는바, 법적 안정성과 국민의 예측가능성을 보장하기 위해서는 과세요건이 명확하게 규정될 것이 요구되고, 위와 같이 오해될 가능성을 내포한 세법 규정을 존치하는 것은 바람직하지 않다고 할 것이므로, 입법자는 납세의무자가 그 내용을 쉽고 명확하게 이해할 수 있도록 정비하는 차원에서 이 사건 신설조항을 도입하였다고 봄이 타당하다.

③ 과세관청은 이 사건 신설 조항이 도입되기 전부터 이 사건 신설 조항이 정한 바대로 과세처분을 하여 왔으므로(을 제4호증의 11 내지 12면 하단 각주 참조) 이 사건 신설 조항의 도입으로 인하여 새로운 제도가 창설되었다거나 법인세법의 내용이 실질적으로 변경된 것으로 볼 수 없다. 피고가 이 사건 신설 조항에 근거하여 이 사건 처분을 한 것도 아니므로, 이 사건에서 국세기본법 제18조 제2항 의 소급과세원칙이 문제될 여지는 없다.

④ 법률 조항에 사용된 ‘~에도 불구하고’라는 표현은 해당 조항이 앞선 조항보다 우선하여 적용된다는 의미일 뿐, 해당 조항이 확인적 규정인지 창설적 규정인지 여부와 는 필연적인 관련이 없다. 이 사건 신설 조항에서 ‘제13조 제1항 각 호 외의 부분 단서(이 사건 단서 조항)에도 불구하고’라고 한 것은, 이 사건 단서 조항은 합병법인의 상황을 전제로 한 규정이 아니고 이 사건 단서 조항에 의하면 원고의 주장과 같이 오해할 여지도 있으므로 합병법인의 경우에는 이 사건 신설 조항에 의하여야 함을 강조하기 위한 것으로 볼 수 있다.

⑤ 원고가 원용하는 서울고등법원 2012. 4. 20. 선고 2011누30856 판결은 개정 전 법령의 해석만으로는 개정 후 법령과 동일한 결론에 도달할 수 없었던 사건으로 이 사건과는 사안을 달리한다.

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하여야 한다. 제1심판결은 이와 결론을 같이하여 정당하므로, 원고의 항소는 이유 없어 이를 기각한다.