대법원 판례 양도소득세

신축주택 양도소득세 감면 규정의 해석

사건번호 서울고등법원-2024-누-70748 선고일 2025.08.20

요 지

나. 판단

1. 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하 고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 합리적 이유 없 이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데 에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에 도 부합한다(대법원 2010. 4. 29. 선고 2009두18325 판결 등 참조).

2. 다음 사정에 비추어 보면, 이 사건 시행령 조항을 무효라고 볼 수 없고, 이 사건 처분은 이 사건 법률 조항과 이 사건 시행령 조항에 근거한 것으로서 적법하다.

가) 이 사건 법률조항은, 거주자가 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택(제1항 제1호) 또는 자기가 건설한 신축주택(도시 및 주거환경정비법에 따른 정비사업조합을 통하여 조합원이 취득하는 주택 포함, 제1항 제2호)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도하는 경우에는 그 신축주택을 취득한 날부터 양도일까지 발생한 양도소득금액을, 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 그 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 각 양도소득세 과세대상소득금액에서 뺀다고 규정하면서, 감면대상 양도소득금액의 계산에 대하여는 대통령령으로 정한다(제4항)고 규정한다. 그 위임을 받은 이 사건 시행령 조항은 취득일부터 5년 후에 양도하는 경우 양도소득금액의 계산에 관하여, (i) 일반적인 신축주택의 경우에는 계산식의 분모 공제항목을 ‘신축주택 취득 당시 기준시가’로 규정하여, 양도소득금액에 ‘신축주택의 취득일부터 5년이 되는 날까지의 기준시가 상승분’(신축주택 취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 – 신축주택 취득 당시 기준시가)이 ‘신축주택의 취득일부터 양도 당시까지의 기준시가 상승분’(양도 당시 기준시가 – 신축주택 취득 당시 기준시가)에서 차지하는 비율을 곱하여 계산하도록 하면서, (ii) 재개발·재건축에 따른 신축주택의 경우에는 계산식의 분모 공제항목을 ‘종전주택 취득 당시 기준시가’로 규정하여, 양도소득금액에 ‘신축주택의 취득일부터 5년이 되는 날까지의 기준시가 상승분’(신축주택 취득일부터 5년이되는 날의 기준시가 – 신축주택 취득 당시 기준시가)이 ‘종전주택의 취득일부터 신축주택의 양도 당시까지의 기준시가 상승분’(양도 당시 기준시가 – 종전주택 취득 당시 기준시가)에서 차지하는 비율을 곱하여 계산하도록 한다.
나) 이 사건 법률 조항은 주택의 신축과 분양 및 거래를 장려하여 침체된 건설경기와 부동산시장을 활성화하려는 입법 취지를 갖고 있다(2001. 8. 14. 법률 제6501호로개정된 조세특례제한법의 개정이유 및 이 사건 관련 판결 참조). 또한 이 사건 법률 조항은 신축주택 취득일부터 5년 이내에 양도하는 경우에는 그 신축주택을 취득한 날부터 양도일까지 발생한 양도소득금액을, 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 그 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 각 양도소득세 과세대상소득금액에서 빼도록 규정하여, 감면대상이 되는 양도소득의 발생 기산일을 ‘신축주택을 취득한날’로 제한한다. 한편, 2015. 12. 15. 법률 제13560호로 개정되기 전 구 조세특례제한법 제99조의3 제1항은 신축주택 취득일부터 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 마찬가지로 양도소득 발생 기산일을 ‘신축주택의 취득일’로 제한하면서도, 5년 이내에 양도하는 경우에는 ‘5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득’이라고 규정하여 발생 기산일을 제한하는 내용을 규정하지 않았으나 2015. 12. 15. 개정으로 위와 같이 발생 기산일을 신축주택을 취득한 날로 명시하였다. 이러한 개정 과정에 비추어도 이 사건 법률 조항은 신축주택 취득일 이후 일정 기간(5년 이내 양도 시에는 양도 시까지의 기간, 5년후 양도 시에는 5년) 동안 발생한 양도소득금액을 감면대상으로 정하고 있다고 볼 수 있다. 그런데 재개발·재건축을 통하여 취득하는 주택의 경우에는 신축주택 취득일 전까지의 양도소득금액이 발생할 수 있고 이는 신축주택에 대한 수요 진작이나 부동산경기활성화와는 무관하기 때문에 일반적인 신축주택과 동일하게 볼 수 없다. 더욱이 이 사건 계산식은 감면대상 양도소득금액을 소득세법 제95조 제1항에 따라 계산한 양도소득금액으로서 종전주택 취득 시와 신축주택 양도 시 사이의 양도차익을 기준으로 일정비율을 곱하여 산정하도록 규정하고 있기 때문에, 일반적인 신축주택과 동일하게 재건축·재개발의 경우에도 ‘소득세법 제95조 제1항에 따라 계산한 양도소득금액 × (신축주택 취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 – 신축주택 취득 당시 기준시가 / (양도 당시 기준시가 – 신축주택 취득 당시 기준시가)’로 계산할 경우에는 감면대상 양도소득금액이 과다하게 산정될 수 있다. 따라서 이 사건 시행령 조항이 일반적인 신축주택과재개발·재건축에 따른 신축주택을 달리 취급하는 데에는 합리적인 이유가 있다.
다) 이 사건 법률 조항은 ‘신축주택’에 ‘도시 및 주거환경정비법에 따른 정비사업 조합을 통하여 취득하는 주택을 포함’한다고 규정하고, 원고는 이를 근거로 이 사건 법률 조항이 일반적인 신축주택과 재개발·재건축에 따른 신축주택을 똑같이 취급하도록 규정하도록 규정한다고 주장한다. 그러나 위에서 본 것처럼 이 사건 법률 조항은 감면대상이 되는 양도소득의 발생 기산일을 ‘신축주택을 취득한 날’로 제한하고 있고, 재개발·재건축을 통하여 취득하는 주택의 경우에는 신축주택 취득일 전까지의 양도소득금액이 발생할 수 있는 점을 고려하면, 위와 같은 규정 내용이 일반적인 신축주택과 재개발·재건축에 따른 신축주택을 동일하게 취급하도록 하는 취지로 볼 수는 없다. 그 밖에 이 사건 법률 조항은 감면대상이 되는 양도소득금액의 구체적인 계산방법을 정하지않고 대통령령에 위임하고 있다. 따라서 원고 주장과 같이 이 사건 시행령 조항이 이 사건 법률 조항의 위임 범위를 벗어났다고 볼 수도 없다.
라) 이 사건 관련 판결은 구 조세특례제한법(2015. 12. 15. 법률 제13560호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제99조의3 제1항 후단에 따라 양도소득세 과세대상 소득금액에서 차감하는 ‘신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액’에 관하여 “‘전체 양도소득금액 × (신축주택 취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 － 신축주택 취득 당시의 기준시가) / (신축주택 양도 당시의 기준시가 － 신축주택 취득 당시의 기준시가)’의 산식에 따라 계산하여야 한다.”라고 설시하기는 하였다. 그러나 이 사건 관련판결은 구 조세특례제한법 제99조의3 제1항, 제4항의 위임을 받은 구 조세특례제한법 시행령(2016. 2. 5. 대통령령 제26959호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제99조의3 제2항이 ‘신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다’고 규정하여 감면대상 양도소득금액을 제40조 제1항이 구조조정대상부동산의 양도소득세 감면에 관하여 정하는 산식인 ‘양도소득금액 × (취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 – 취득 당시 기준시가) / (양도 당시 기준시가 –취득 당시 기준시가)’에 의하도록 하고 있어, 위 산식의 해석에 관하여 위와 같이 설시한 것일 뿐이다. 이후 구 조세특례제한법 제99조의3 제1항, 제4항은 이 사건 법률 조항과 같이 개정되었고, 그 위임을 받은 조세특례제한법 시행령 역시 이 사건 시행령조항과 같이 개정되었다. 그 개정에 따른 이 사건 계산식은 위 구 조세특례제한법 시행령 제40조 제1항이 규정한 산식과 명백히 다르고, 명시적으로 이 사건 계산식의 분모 중 양도 당시 기준시가에서 공제되는 항목을 ‘신축주택 취득 당시 기준시가’가 아니라 ‘종전주택 취득 당시 기준시가’로 정하고 있다. 따라서 이 사건 관련 판결을 이 사건에 그대로 원용할 수 없다. 한편, 이 사건 법률 조항의 경우 앞서 본 것처럼 신축주택 취득일부터 5년 이내에 양도한 경우에 있어 감면대상 양도소득금액을 2015. 12. 15. 개정 전에는 ‘5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득’이라고 규정하였다가 개정 후에는 ‘신축주택을 취득한날부터 양도일까지 발생한 양도소득금액’으로 규정하여 발생 기산일을 달리 규정하는반면, 신축주택 취득일부터 5년 후에 양도한 경우에 있어서는 ‘신축주택의 취득일부터5년간 발생한 양도소득금액’에서 ‘신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액’으로 개정되어 개정 전후 내용에 차이가 없다. 그렇다 하더라도 이 사건 관련 판결은 5년 후 양도 시 감면대상 양도소득금액의 구체적인 계산 방법을 대통령령에 위임할수 있음을 전제로 판단하면서 다만 당시 적용되던 구 조세특례제한법 시행령 제99조의3 제2항, 제40조 제1항상 위와 같이 해석하는 것이 타당하다고 판단하고 있을 뿐이다. 따라서 이 사건 시행령 조항이 이 사건 관련 판결의 취지에 반한다고 볼 수도 없다.

상세내용

이 유

1. 제1심판결의 인용 원고가 항소하면서 당심에서 주장하는 사유는 제1심에서 원고가 주장한 내용과 크게 다르지 않고, 제1심 및 당심에 제출된 증거를 다시 살펴보더라도 제1심의 사실인정과 판단은 정당한 것으로 인정된다. 이에 이 법원이 이 사건에 관하여 기재할 이유는 아 래와 같이 고쳐 쓰거나 추가하는 것 외에는 제1심판결의 이유 기재와 같으므로, 행정 소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 따라 약어 및 별지를 포함하여 이를 그대로 인용한다.

○ 제1심판결문 5쪽 8행부터 9행까지(원고의 주장 요지 부분)의 “조세법률주의에 반 하여 무효이다.”를 다음과 같이 고쳐 쓴다. 【조세법률주의에 반하며, 일반적인 신축주택과 재개발·재건축에 따른 신축주택을 합 리적인 이유 없이 차별 취급하고 있는 것이어서 평등원칙에 위배되어 무효이다.】

○ 제1심판결문 6쪽 17행부터 7쪽 마지막 행까지의 내용을 다음과 같이 고쳐 쓴다. 【나) 2015. 12. 15. 법률 제13560호로 개정되기 전 구 조세특례제한법 제99조의3 제1항은 ‘신축주택을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득 에 대하여는 양도소득세를 면제하고, 신축주택의 취득일부터 5년이 지난 후에 양도하 는 경우에는 그 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세 대상소득금액에서 뺀다.’고 정하고 있었다. 그런데 위 조항의 해석과 관련하여, 신축주택 취득일부터 5년 이내에 양도하는 경우 종전주택 및 신축주택의 양도소득 전부를 감 면하게 되는 반면 신축주택 취득일부터 5년 후에 양도하는 경우 신축주택의 취득 후 5 년 동안에 발생한 양도소득만을 공제하는 것으로 해석될 수 있어, 신축주택 취득일부 터 5년이 되는 시점에 세액이 면제되던 신축주택 취득 전의 양도소득이 갑자기 과세대 상으로 부활하게 된다는 문제가 제기되어 왔다. 뿐만 아니라, 신축주택 취득자에 대한 양도소득세 과세특례제도는 신축주택 취득 이후 일정기간 동안의 자산가치 증가분에 대해 과세특례를 부여함으로써 1997년 외환위기 이후 신축주택에 대한 신규수요 창출 을 통한 건설경기의 부양과 부동산시장의 활성화를 도모하기 위해 도입되었다는 점 등 에 비추어 볼 때, 재개발·재건축에 따른 신축주택의 경우 그 신축주택 취득 전 발생한 양도차익을 과세특례범위에 포함시키는 것이 타당한지에 관한 반론도 또한 있었다. 이 에 재정운용의 효율성을 높이기 위해 양도소득세 감면한도를 정비하고 비과세·감면제 도를 합리적으로 조정하고자1) 위 조항을 개정하여, 이 사건 법률 조항은 신축주택 취 득일부터 5년 이내에 양도하는 경우에는 그 신축주택을 취득한 날부터 양도일까지 발 생한 양도소득금액을, 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 그 신축주택을 취득한 날부 터 5년간 발생한 양도소득금액을 각 양도소득세 과세대상소득금액에서 빼도록 규정하 여, 감면대상이 되는 양도소득의 발생 기산일을 ‘신축주택을 취득한 날’로 명시적으로 제한하였다. 한편, 조세법규는 상호 유기적인 관계에 있으므로 이 사건 법률 조항을 해석할 때 에도 양도소득세에 관하여 규율하고 있는 소득세법의 기본원리 및 관련 조항2) 등을 함께 고려하여야 한다. 소득세법은 양도소득세 계산의 기본이 되는 ‘취득시기’를 정함에 있어 일반적인 신축주택과 재개발·재건축에 따른 신축주택을 구분하여 다르게 취급 하고 있다. 즉, 일반적인 신축주택의 경우 대금을 청산한 날(소득세법 제98조), 재개발·재건축에 따른 신축주택의 경우 종전주택의 취득일(소득세법 시행령 제162조 제1항 제9호 등 참조)3)이 각 신축주택의 취득일이 되는바, 이러한 취득시기의 차이로 인해 양 도소득세 계산의 대상이 되는 전체 양도소득금액의 범위도 달라질 수밖에 없고, 감면 대상 양도소득금액을 계산함에 있어서도 양자의 차이는 반영되어야 한다. 즉, 이 사건 법률 조항에서 과세대상금액에서 차감되도록 정하고 있는 ‘신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액’을 계산함에 있어 재개발·재건축에 따른 신축주택과 일반적 인 신축주택을 동일하게 취급하는 것은 오히려 실질과세원칙에 부합하지 않는 결과를 초래한다.4) 따라서 이 사건 법률 조항의 개정 연혁 및 개정 취지, 신축주택 취득자에 대한 양 도소득세 과세특례제도 도입 취지, 그리고 소득세법상 일반적인 신축주택과 재개발·재 건축에 따른 신축주택을 구분하여 달리 취급하고 있는 점 등을 종합하면, 이 사건 시 행령 조항이 일반적인 신축주택과 재개발·재건축에 따른 신축주택을 나누어 달리 취급 하는 것은 양자의 차이를 반영하여 이 사건 법률 조항의 취지를 합리적으로 구현하기 위한 것이고, 결국 이 사건 법률 조항인 모법의 위임 한계를 벗어났다고 볼 수 없다.】

3. 설명의 편의상, 환지처분으로 인한 재개발·재건축 사업을 통해 관리처분계획인가에 따라 원조합원이 신축주택을 취득한 경우 를 말하고, 이는 소득세법 제98조 의 위임에 따라 소득세법 시행령 제162조 제1항 제4호, 제9호 등을 통해서 구체화되고 있

다. 4) 원고는 취득일부터 5년 후에 양도하는 경우 감면대상 양도소득금액은 “양도소득금액 × (신축주택 취득일부터 5년이 되는 날 의 기준시가 – 신축주택 취득 당시 기준시가) / (양도 당시 기준시가 – 신축주택 취득 당시 기준시가)”가 되어야 한다고 주장 한다(갑 제6호증 10쪽 참조). 그러나 재개발·재건축에 따른 신축주택의 경우 양도소득세의 과세대상이 되는 ‘전체 양도소득금 액’은 종전주택의 취득일부터 신축주택의 양도일까지 발생한 소득이 되는데, 원고의 주장처럼 신축 후 양도시까지의 가치상 승분(즉, 양도 당시 기준시가 – 신축주택 취득 당시 기준시가)만을 그 분모로 하여 ‘신축주택을 취득한 날부터 5년간 양도소 득금액’을 계산하게 되면 감면대상 양도소득금액이 과다하게 산정될 수 있다. 나아가, 원고가 주장하는 계산식은 신축주택 취 득일 전 발생한 양도소득금액도 과세대상 소득금액에서 차감하게 되어, ‘신축주택에 대한 신규수요 창출을 통한 건설경기 부 양과 부동산 시장의 활성화 도모’라는 이 사건 법률 조항의 취지에도 맞지 않게 된다.

○ 제1심판결문 8쪽 8행의 “그 밖에”부터 11행의 “볼 수도 없다.”까지의 내용을 다음 과 같이 고쳐 쓴다. 【나아가 이 사건 법률 조항은 양도소득세 과세대상소득금액에서 빼는 양도소득금액 의 계산 및 그 밖에 필요한 사항을 대통령령으로 정하도록 위임하였고, 이 사건 법률 조항의 취지는 ‘신축주택 취득일부터 양도일까지 발생한 양도소득금액’만을 감면대상으 로 하는 것임은 앞서 본 바와 같다. 재개발·재건축을 통하여 취득하는 신축주택은 신축 주택 취득일 전까지의 양도소득 금액이 발생할 수 있어 일반적인 신축주택과는 다르다 는 것은 일반 국민의 입장에서도 충분히 알 수 있는바, 납세자로서는 이 사건 시행령 조항에서 감면대상 양도소득금액을 계산함에 있어 양자를 달리 취급할 수 있다는 것을 충분히 예상할 수 있다. 따라서 이 사건 시행령 조항은 이 사건 법률 조항의 취지에 부합하고,5) 모법의 위임 한계를 벗어나 예측 불가능한 내용을 규정한 것으로 볼 수도 없다.】

2. 결론

원고의 청구는 이유 없어 이를 기각하여야 한다. 제1심판결은 이와 결론을 같이하여 정당하므로, 원고의 항소는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다

전 문

나. 판단

가) 이 사건 법률조항은, 거주자가 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택(제1항 제1호) 또는 자기가 건설한 신축주택(도시 및 주거환경정비법에 따른 정비사업조합을 통하여 조합원이 취득하는 주택 포함, 제1항 제2호)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도하는 경우에는 그 신축주택을 취득한 날부터 양도일까지 발생한 양도소득금액을, 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 그 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 각 양도소득세 과세대상소득금액에서 뺀다고 규정하면서, 감면대상 양도소득금액의 계산에 대하여는 대통령령으로 정한다(제4항)고 규정한다. 그 위임을 받은 이 사건 시행령 조항은 취득일부터 5년 후에 양도하는 경우 양도소득금액의 계산에 관하여, (i) 일반적인 신축주택의 경우에는 계산식의 분모 공제항목을 ‘신축주택 취득 당시 기준시가’로 규정하여, 양도소득금액에 ‘신축주택의 취득일부터 5년이 되는 날까지의 기준시가 상승분’(신축주택 취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 – 신축주택 취득 당시 기준시가)이 ‘신축주택의 취득일부터 양도 당시까지의 기준시가 상승분’(양도 당시 기준시가 – 신축주택 취득 당시 기준시가)에서 차지하는 비율을 곱하여 계산하도록 하면서, (ii) 재개발·재건축에 따른 신축주택의 경우에는 계산식의 분모 공제항목을 ‘종전주택 취득 당시 기준시가’로 규정하여, 양도소득금액에 ‘신축주택의 취득일부터 5년이 되는 날까지의 기준시가 상승분’(신축주택 취득일부터 5년이되는 날의 기준시가 – 신축주택 취득 당시 기준시가)이 ‘종전주택의 취득일부터 신축주택의 양도 당시까지의 기준시가 상승분’(양도 당시 기준시가 – 종전주택 취득 당시 기준시가)에서 차지하는 비율을 곱하여 계산하도록 한다.
나) 이 사건 법률 조항은 주택의 신축과 분양 및 거래를 장려하여 침체된 건설경기와 부동산시장을 활성화하려는 입법 취지를 갖고 있다(2001. 8. 14. 법률 제6501호로개정된 조세특례제한법의 개정이유 및 이 사건 관련 판결 참조). 또한 이 사건 법률 조항은 신축주택 취득일부터 5년 이내에 양도하는 경우에는 그 신축주택을 취득한 날부터 양도일까지 발생한 양도소득금액을, 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 그 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 각 양도소득세 과세대상소득금액에서 빼도록 규정하여, 감면대상이 되는 양도소득의 발생 기산일을 ‘신축주택을 취득한날’로 제한한다. 한편, 2015. 12. 15. 법률 제13560호로 개정되기 전 구 조세특례제한법 제99조의3 제1항은 신축주택 취득일부터 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 마찬가지로 양도소득 발생 기산일을 ‘신축주택의 취득일’로 제한하면서도, 5년 이내에 양도하는 경우에는 ‘5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득’이라고 규정하여 발생 기산일을 제한하는 내용을 규정하지 않았으나 2015. 12. 15. 개정으로 위와 같이 발생 기산일을 신축주택을 취득한 날로 명시하였다. 이러한 개정 과정에 비추어도 이 사건 법률 조항은 신축주택 취득일 이후 일정 기간(5년 이내 양도 시에는 양도 시까지의 기간, 5년후 양도 시에는 5년) 동안 발생한 양도소득금액을 감면대상으로 정하고 있다고 볼 수 있다. 그런데 재개발·재건축을 통하여 취득하는 주택의 경우에는 신축주택 취득일 전까지의 양도소득금액이 발생할 수 있고 이는 신축주택에 대한 수요 진작이나 부동산경기활성화와는 무관하기 때문에 일반적인 신축주택과 동일하게 볼 수 없다. 더욱이 이 사건 계산식은 감면대상 양도소득금액을 소득세법 제95조 제1항에 따라 계산한 양도소득금액으로서 종전주택 취득 시와 신축주택 양도 시 사이의 양도차익을 기준으로 일정비율을 곱하여 산정하도록 규정하고 있기 때문에, 일반적인 신축주택과 동일하게 재건축·재개발의 경우에도 ‘소득세법 제95조 제1항에 따라 계산한 양도소득금액 × (신축주택 취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 – 신축주택 취득 당시 기준시가 / (양도 당시 기준시가 – 신축주택 취득 당시 기준시가)’로 계산할 경우에는 감면대상 양도소득금액이 과다하게 산정될 수 있다. 따라서 이 사건 시행령 조항이 일반적인 신축주택과재개발·재건축에 따른 신축주택을 달리 취급하는 데에는 합리적인 이유가 있다.
다) 이 사건 법률 조항은 ‘신축주택’에 ‘도시 및 주거환경정비법에 따른 정비사업 조합을 통하여 취득하는 주택을 포함’한다고 규정하고, 원고는 이를 근거로 이 사건 법률 조항이 일반적인 신축주택과 재개발·재건축에 따른 신축주택을 똑같이 취급하도록 규정하도록 규정한다고 주장한다. 그러나 위에서 본 것처럼 이 사건 법률 조항은 감면대상이 되는 양도소득의 발생 기산일을 ‘신축주택을 취득한 날’로 제한하고 있고, 재개발·재건축을 통하여 취득하는 주택의 경우에는 신축주택 취득일 전까지의 양도소득금액이 발생할 수 있는 점을 고려하면, 위와 같은 규정 내용이 일반적인 신축주택과 재개발·재건축에 따른 신축주택을 동일하게 취급하도록 하는 취지로 볼 수는 없다. 그 밖에 이 사건 법률 조항은 감면대상이 되는 양도소득금액의 구체적인 계산방법을 정하지않고 대통령령에 위임하고 있다. 따라서 원고 주장과 같이 이 사건 시행령 조항이 이 사건 법률 조항의 위임 범위를 벗어났다고 볼 수도 없다.
라) 이 사건 관련 판결은 구 조세특례제한법(2015. 12. 15. 법률 제13560호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제99조의3 제1항 후단에 따라 양도소득세 과세대상 소득금액에서 차감하는 ‘신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액’에 관하여 “‘전체 양도소득금액 × (신축주택 취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 － 신축주택 취득 당시의 기준시가) / (신축주택 양도 당시의 기준시가 － 신축주택 취득 당시의 기준시가)’의 산식에 따라 계산하여야 한다.”라고 설시하기는 하였다. 그러나 이 사건 관련판결은 구 조세특례제한법 제99조의3 제1항, 제4항의 위임을 받은 구 조세특례제한법 시행령(2016. 2. 5. 대통령령 제26959호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제99조의3 제2항이 ‘신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다’고 규정하여 감면대상 양도소득금액을 제40조 제1항이 구조조정대상부동산의 양도소득세 감면에 관하여 정하는 산식인 ‘양도소득금액 × (취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 – 취득 당시 기준시가) / (양도 당시 기준시가 –취득 당시 기준시가)’에 의하도록 하고 있어, 위 산식의 해석에 관하여 위와 같이 설시한 것일 뿐이다. 이후 구 조세특례제한법 제99조의3 제1항, 제4항은 이 사건 법률 조항과 같이 개정되었고, 그 위임을 받은 조세특례제한법 시행령 역시 이 사건 시행령조항과 같이 개정되었다. 그 개정에 따른 이 사건 계산식은 위 구 조세특례제한법 시행령 제40조 제1항이 규정한 산식과 명백히 다르고, 명시적으로 이 사건 계산식의 분모 중 양도 당시 기준시가에서 공제되는 항목을 ‘신축주택 취득 당시 기준시가’가 아니라 ‘종전주택 취득 당시 기준시가’로 정하고 있다. 따라서 이 사건 관련 판결을 이 사건에 그대로 원용할 수 없다. 한편, 이 사건 법률 조항의 경우 앞서 본 것처럼 신축주택 취득일부터 5년 이내에 양도한 경우에 있어 감면대상 양도소득금액을 2015. 12. 15. 개정 전에는 ‘5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득’이라고 규정하였다가 개정 후에는 ‘신축주택을 취득한날부터 양도일까지 발생한 양도소득금액’으로 규정하여 발생 기산일을 달리 규정하는반면, 신축주택 취득일부터 5년 후에 양도한 경우에 있어서는 ‘신축주택의 취득일부터5년간 발생한 양도소득금액’에서 ‘신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액’으로 개정되어 개정 전후 내용에 차이가 없다. 그렇다 하더라도 이 사건 관련 판결은 5년 후 양도 시 감면대상 양도소득금액의 구체적인 계산 방법을 대통령령에 위임할수 있음을 전제로 판단하면서 다만 당시 적용되던 구 조세특례제한법 시행령 제99조의3 제2항, 제40조 제1항상 위와 같이 해석하는 것이 타당하다고 판단하고 있을 뿐이다. 따라서 이 사건 시행령 조항이 이 사건 관련 판결의 취지에 반한다고 볼 수도 없다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)