이 사건 양도에 장기보유특별공제를 적용할 수 있는 특별한 사정이 있었다고 인정하기에 부족함

사 건 2024누66718 양도소득세경정거부처분취소 원 고

1. AAA 2. BBB 피 고

○○세무서장 변 론 종 결

2025. 7. 18. 판 결 선 고

2025. 10. 31.

1. 원고들의 항소를 모두 기각한다.

2. 항소비용은 원고들이 부담한다. 청 구 취 지 제1심판결을 취소한다. 피고가 0000. 00. 00. 원고들에 대하여 한 각 2021년 귀속 양도소득세 00,000,000원(가산세 포함)에 관한 각 경정거부처분을 취소한다.

1. 제1심판결의 인용 이 법원이 이 사건에 관하여 적을 이유는 아래와 같이 고쳐 쓰거나 추가하고, 원고들이 이 법원에서 추가하거나 강조하는 주장에 관하여‘2. 추가 판단’을 기재하는 것 외에는 제1심판결 이유 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 따라 약어와 별지를 포함하여 이를 그대로 인용한다.

○ 제1심판결 제4면 제11행의 “원고 BBB은”을 “원고 AAA은”으로 고쳐 쓴다1).

○ 제1심판결 제8면 제6행과 제7행 사이에 아래와 같은 내용을 추가한다. 『⑤ 원고들은 구 소득세법 제95조 제2항 및 제104조 제7항은 불로소득 환수, 투기수요 차단, 세입자 보호 등을 위하여 마련된 조항이므로 투기 목적이 없는 원고들에 대하여 위 각 조항을 적용하는 것은 해당 조항의 합목적성에 어긋난다고 주장하나, 구 소득세법 제95조 제2항 은 같은 법 제104조 제7항 각 호의 경우에 거주자에게 투기 목적이 있는지 여부를 묻지 않고 장기보유특별공제를 배제할 것을 정하고 있고, 관계 법령의 적용․해석에 있어서 개별 납세의무자의 주관적 의사는 원칙적으로 고려 요소가 되지 않는바, 원고들의 이 부분 주장은 받아들일 수 없다.』

○ 제1심판결 제12면 제14행의 “제95(양도소득금액)”를 “제95조(양도소득금액)”로 고쳐 쓴다.

• 가. 대법원 2010두27806 판결의 ‘특별한 사정’ 구 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 은 일괄적으로 중과세 대상을 규정하는 경우의 불합리를 방지하기 위하여 1세대 3주택 이상에서 제외되는 주택에 대하여 상세히 규정하고 있는 점, 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건을 막론하고 조세법규의 해석은 엄격히 하여야 하며 확장해석이나 유추해석은 허용되지 않는 점을 고려하면, 구 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 에서 규정하는 예외에 해당되지 않는 한 원칙적으로 모두 중과세 대상에 포함하려는 것이 당초의 입법의도라고 봄이 상당하다. 그렇다면 위 대법원 2010두27806 판결에서의‘특별한 사정’은 구 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 에서 규정하는 예외에 해당하지 아니함에도 양도소득세 중과세 적용이 배제되는 예외적이고 특별한 경우에 해당한다고 할 것이므로, 이를 인정하기 위한 요건은 엄격하게 해석함이 타당하다. 그리고 이러한 특별한 사정에 대한 증명책임은 원고에게 있다. 원고들은 투기 목적 없이 주거를 이전하기 위하여 대체주택을 취득하는 과정에서 일시적으로 4주택을 보유하게 되었을 뿐이므로 이는 위 대법원 판결의 ‘특별한 사정’에 해당하고, 이 사건 처분에 위 판례 법리를 적용하지 아니함은 과세의 형평 내지는 원고들의 재산권을 침해하는 것으로서 국세기본법 제18조 제1항 에 어긋난다고 주장한다. 그러나 앞서 본 증거와 변론 전체의 취지에 따라 인정되는 이 사건 주택의 양도 및 대체주택의 취득에 관한 사정들, 즉 ① 원고들은 2019. 12. 00. 대체주택에 대한 매매계약을 체결하고 2020. 5. 00. 그 명의로 이전등기를 마쳤으며, 2020. 11. 0. 이 사건 주택에 대한 매매계약을 체결하고 2021. 0. 00. 양수인들 명의로 이전등기를 마쳐준 점(각 계약일 사이에는 327일, 각 등기일 사이에는 252일의 간격이 있다), ② 대체주택에 대한 부동산매매계약서의 특약사항 란에는 “잔금과 동시에 매도인은 본 부동산에서 전세금 금 00억 원으로 만기 2020년 11월 0일까지 임차하기로 하며 만기 시 매수인은 전세보증금을 매도인에게 반환한다”라고 기재되어 있고, 원고들은 그에 따라 대체주택을 취득함과 동시에 매도인들에게 대체주택을 임대하고 이 사건 주택에 약 8개월 더 거주한 점, ③ 원고들로서는 이 사건 주택을 먼저 양도한 후에 즉시 입주가 가능한 다른 대체주택을 취득함으로써 총 4주택을 보유하지 않을 수 있었고, 원고들이 대체주택을 먼저 취득한 후에 이 사건 주택을 양도한 것은 원고들 스스로의 선택에 따른 것으 로 보이며, 대체주택 취득 후 이 사건 주택을 양도하게 된 것이 불가피하였다고 볼만한 특별한 사정을 찾을 수 없는 점 등을 종합하여 보면, 원고들이 기존에 거주하던 이 사건 주택을 보유하고 있는 상태에서 즉시 입주가 불가능한 대체주택을 추가로 취득한 것이 주거 이전을 직접 목적으로 한 것이라고 볼 수 없고, 대체주택 취득 후 이 사건 주택 양도 시까지 소요된 기간이 사회통념상 일시적인 수준에 불과하다고 보기도 어렵다. 결국 원고들이 제출한 증거들만으로는 이 사건 양도에 장기보유특별공제를 적용할 수 있는 특별한 사정이 있었다고 인정하기에 부족하고 달리 인정할 증거가 없다. 또한, 이 사건 처분은 구 소득세법 제95조 제2항, 제104조 제7항 제3호, 구 소득세법 시행령 167조의3 제1항 에 근거하여 이루어졌고 그 법령 자체에 어떠한 위헌성도 확인되지 아니하므로 이 사건에 위 판례 법리를 적용하지 아니함이 과세의 형평에 어긋나거나 원고들의 재산권을 침해한다고 볼 수 없다. 원고들의 이 부분 주장은 받아들일 수 없다.
• 나. 거주 이전의 자유 원고들은 이사 목적의 주택 양도에 대하여 막대한 세금을 부과할 경우 이사가 제약되므로 이 사건 처분이 실질적으로 원고들의 거주 이전의 자유를 침해한다고 주장한다. 그러나 구 소득세법령이 투기목적의 주택 소유를 억제하여 주택 가격의 안정과 주거생활의 안정을 도모하려는 취지에서 1세대 3주택 이상에 해당하는 경우 장기보유특별공제를 배제하도록 한 것 자체에 어떠한 위헌성을 찾아볼 수 없고, 이 사건에서 원고들이 상당한 액수의 양도소득세를 부담하게 된 것은 3주택 이상을 보유한 상태에서 이 사건 주택의 양도로 인하여 9억 원을 초과하는 양도차익을 얻었기 때문인바[원고들은 당초 이 사건 주택을 0억 원에 매입하였다가 00억 원에 처분하였고, 이 사건 주택의 양도차익을 산정함에 있어서 대체주택의 매입 가격(00억 원)은 고려 대상이 되지 않는다], 구 소득세법령에 따라 원고들에 대하여 장기보유특별공제가 배제된 결과 원고들이 결과적으로 이사 과정에서 적지 않은 세금을 부담하게 된 사정만으로 이 사건 처분이 원고들의 거주 이전의 자유를 침해하였다고 볼 수는 없다. 원고들의 이 부분 주장도 받아들일 수 없다.
• 다. 과세의 형평 원고들은, 원고들이 보유한 4개의 주택 중 2개는 안정적인 주택 공급을 위한 장기임대주택으로 투기와는 무관하고 원고들이 직접 거주할 수 없는 것이었던 점, 이 사건 주택과 대체주택을 동시에 거주할 수도 없었던 점, 원고들은 이사 과정에서 일시적으로 1세대 4주택을 보유하게 되었을 뿐인 점 등을 이유로 아무런 제약 없이 1세대 4주택을 보유한 세대들과 원고들을 같이 취급하는 것은 과세의 형평에 어긋난다고도 주장한다. 그러나 ① 원고들은 대체주택이 즉시 입주가 불가능하다는 것을 잘 알면서 이를 매수하였으므로 원고들이 이 사건 주택과 대체주택에 동시에 거주할 수 없었던 것은 원고들의 선택에 따른 것으로 볼 수 있는 점, ② 주택 수 산정 시 장기임대주택을 포함시키거나 제외하는 등으로 장기보유특별공제 적용 시 임대사업자에게 혜택을 부여할 것인지 여부는 입법자의 입법재량에 속한다고 볼 수 있는 점, ③ 임대사업자는 직접 거주할 의사 없이 장기임대주택을 구입하여 보유하면서 장기간 안정적인 임대수익을 확보하는 동시에 다양한 세제 혜택을 받을 수 있고, 특히 도심에 위치한 장기임대주택의 경우에는 시가 상승도 함께 기대할 수 있으므로, 임대료 증액 또는 임대의무기간 내 처분이 제한된다는 등의 사정만으로 그 구입동기가 오로지 무주택자에 대한 안정적인 주택 공급에만 있다고 보기 어려우며, 특히 장기임대주택을 여럿 보유하고 있는 경우에는 더욱 그러한 점 등에 비추어, 원고들의 이 부분 주장도 받아들일 수 없다.

그렇다면 원고들의 청구는 이유 없어 이를 모두 기각하여야 한다. 제1심판결은 이와 결론을 같이하여 정당하므로, 원고들의 항소는 이유 없어 이를 모두 기각한다