구 소득세법 제95조 제2항, 제104조 제7항 제3호에 따라 1세대 3주택 이상의 양도에 대해 장기보유특별공제를 적용할 수 없어 원고 청구를 기각하며, 그 외 피고는 이 사건 부칙조항에 따라 일반세율을 적용하여 일부 세액을 이미 경정한바, 피고가 취소한 부분에 대한 원고 청구를 각하함
구 소득세법 제95조 제2항, 제104조 제7항 제3호에 따라 1세대 3주택 이상의 양도에 대해 장기보유특별공제를 적용할 수 없어 원고 청구를 기각하며, 그 외 피고는 이 사건 부칙조항에 따라 일반세율을 적용하여 일부 세액을 이미 경정한바, 피고가 취소한 부분에 대한 원고 청구를 각하함
사 건 2024누66657 양도소득세부과처분취소 원 고 박AA 피 고
○○세무서장 변 론 종 결
2025. 6. 20. 판 결 선 고
2025. 8. 22.
1. 제1심판결을 다음과 같이 변경한다.
2. 소송 총비용 중 3/5은 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다. 청 구 취 지
피고가 2022. 7. 1. 원고에 대하여 한 2020년 귀속 양도소득세 192,000,000원(가산세 포함)의 부과처분을 취소한다.
제1심판결 중 원고 패소 부분을 취소한다. 피고가 2022. 7. 1. 원고에 대하여 한 2020년 귀속 양도소득세 192,000,000원(가산세 포함)의 부과처분 중 114,000,000원 부분을 취소한다.
1. 이 사건 직권 취소 부분의 소의 적법 여부에 관한 직권 판단
2. 이 사건 소 중 이 사건 직권 취소 부분을 제외한 나머지 부분에 관한 판단
○ 제1심판결문 제2면 표 아래 제4행 다음에 아래 내용을 추가한다. 『 라. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2022. 9. 1. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2022. 12. 21. 원고의 심판청구를 기각하였다. 』
○ 제1심판결문 제3면 제2행의 “주위적으로”를 삭제한다.
○ 제1심판결문 제3면 제13행부터 제17행까지를 삭제한다.
○ 제1심판결문 제3면 아래에서 제2행을 “다. 판단”으로 고쳐 쓴다.
○ 제1심판결문 제6면 제5행부터 제14행까지를 아래와 같이 고쳐 쓴다. 『 2) 1세대 3주택의 경우에도 장기보유특별공제가 적용되는지 여부 장기보유특별공제제도는 자산의 보유기간이 3년 이상인 장기보유자산에 대한 양도소득금액 산정 시 일정액의 공제를 통하여 부동산의 건전한 투자 내지 소유를 유도하고, 물가상승에 따른 명목소득의 성격이 강한 양도소득에 대하여 물가상승분을 공제하여 주기 위한 취지에서 마련된 것이고, 1세대 1주택을 장기간 보유하는 경우 최대 100분의 80에 이르는 고율의 공제율을 적용하는 취지는 1세대 1주택이 국민의 주거생활 안정에 필수적인 요건임을 감안하여 1세대 1주택의 장기보유자에 대한 양도소득세의 부담을 해소하는 데에 있다(대법원 2015. 4. 23. 선고 2014두36921 판결 참조). 구 소득세법 제94조 제1항 제1호 는 양도소득을 과세기간에 발생한 토지 또는 건물의 양도로 발생하는 소득을 의미한다고 규정하고 있고, 구 소득세법 제95조 제2항 본문은 “제1항에서 장기보유 특별공제액이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제3항에 따른 미등기양도자산과 같은 조 제7항 각 호에 따른 자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 … 에 대하여 그 자산의 양도차익(…)에 다음 표 1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다”라고 규정하고 있다. 구 소득세법 제104조 제7항 제3호 는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택을 들고 있으므로, 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택은 구 소득세법 제95조 제2항 본문의 ‘제94조 제1항 제1호에 따른 자산’에서 제외된다. 그리고 구 소득세법 제95조 제3항 은 고가주택에 해당하는 자산의 ‘장기보유 특별공제액’의 계산을 구 소득세법 시행령 제160조 제1항 제2호 로 위임하며, 같은 호는 위 장기보유 특별공제액의 계산방법을 ‘구 소득세법 제95조 제2항 에 따른 장기보유 특별공제액 × (양도가액 –9억 원) / 양도가액’으로 규정하고 있다. 이러한 관계 법령의 문언 및 체계, 장기보유 특별공제제도의 입법취지에 비추어 볼 때, 구 소득세법 제95조 제2항 단서의 ‘대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)’은 구 소득세법 제94조 제1항 제1호 에 따른 자산으로서 구 소득세법 제95조 제2항 조항 본문 괄호에서 정한 제104조 제7항 각 호에 따른 자산 등을 제외한 자산일 것을 당연한 전제로 한다고 봄이 상당하므로, 구 소득세법 제95조 제2항 은 장기보유 특별공제액(단, 구 소득세법 제95조 제3항 에서 규정한 고가주택에 해당하는 자산의 장기보유 특별공제액은 제외한다)을 양도차익에 보유기간별 공제율을 곱하여 계산하는 것으로 정하되, 보유기간별 공제율을 본문과 단서로 나누어 다르게 규정하면서, 본문에서는 ‘구 소득세법 제94조 제1항 제1호 에 따른 자산(제104조 제3항에 따른 미등기양도자산과 같은 조 제7항 각 호에 따른 자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것’ 등에 대한 보유기간별 공제율을, 단서에서는 ‘구 소득세법 제94조 제1항 제1호 에 따른 자산(제104조 제3항에 따른 미등기양도자산과 같은 조 제7항 각 호에 따른 자산은 제외한다)으로서 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)’에 대한 보유기간별 공제율을 각 정하고 있다고 해석함이 상당하다. 즉 구 소득세법 제95조 제2항 본문의 괄호 부분은 구 소득세법 제95조 제2항 단서 규정에 우선하여 적용된다고 보아야 하고, 구 소득세법 제104조 제7항 각 호에 따른 자산의 범위와 구 소득세법 제95조 제2항 단서의 ‘대통령령으로 정하는 1세대 1주택’의 범위가 다르다는 이유로 달리 해석할 것은 아니다. 그렇다면 구 소득세법 제95조 제2항 단서 규정은 같은 항 본문에서 정한 자산이 장기보유 특별공제 적용제외 자산이 아님을 전제로 하는 것이어서, 해당 자산이 구 소득세법 제95조 제2항 본문 괄호의 ‘ 소득세법 제104조 제7항 각 호에 따른 자산’으로 장기보유 특별공제 적용대상에서 제외될 경우, 단서 규정이 적용될 여지가 없어 고가주택의 장기보유 특별공제액 계산방법인 구 소득세법 시행령 제160조 제1항 제2호 가 적용될 수도 없다. 결국 원고의 이 부분 주장은 받아들일 수 없다. 』
○ 제1심판결문 제6면 제21행의 “마련하지 않았는바” 다음에 아래 내용을 추가한다. 『 [위 소득세법 시행령 부칙 제1조는 ‘이 영은 공포한 날부터 시행한다’고 규정하고 있고, 같은 부칙 제2조는 ‘이 영은 이 영 시행일이 속하는 과세기간에 발생하는 소득분부터 적용한다(제1항)’, ‘이 영 중 양도소득세에 관한 개정규정은 이 영 시행 이후 양도하는 분부터 적용한다(제2항)’고 규정하고 있다], 』
○ 제1심판결문 제7면 제1행의 “없다는 점” 다음에 아래 내용을 추가한다. 『, 조세는 국가의 재정수요를 충족시킨다고 하는 본래의 기능 외에도 소득의 재분배, 자원의 적정배분, 경기의 조절 등 여러 가지 기능을 가지고 있으므로, 국민의 조세부담을 정함에 있어서 재정ㆍ경제ㆍ사회정책 등 국정 전반에 걸친 종합적인 정책판단을 필요로 하는 것이어서, 조세법규를 어떠한 내용으로 규정할 것인지는 입법자의 입법 형성적 재량에 기초한 정책적·기술적 판단에 맡겨져 있는 점(헌법재판소 2010. 10. 28. 선고 2009헌바67 전원재판부 결정 참조), 조세법규는 그것이 과세요건이든 면세요건이든 엄격하게 해석하여야 하는 것이 원칙이고, 개정법 부칙에서 개정 규정을 소급적으로 적용한다는 명백한 규정을 두지 아니한 이상, 관련 부칙의 해석에 있어 그 범위를 함부로 확장해석할 수 없는 점(대법원 2002. 7. 26. 선고 2001두11168 판결의 취지 등 참조) 등 』
○ 제1심판결문 제8면 제21행부터 제9면 제21행까지를 삭제한다.
- 나. 추가판단
1. 조세법률주의 위반 여부
- 가) 원고는, 구 소득세법 시행령 제160조 제1항 은 1세대 1주택에 해당하는 고가주택의 양도차익을 산정하기 위한 규정으로 이를 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 양도에 대하여는 적용할 수 없고, 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 양도에 적용되는 중과대상 양도차익 산정에 대한 규정이 존재하지 않음에도, 이 사건 처분은 1세대 3주택으로서 고가주택인 이 사건 주택의 양도차익을 구 소득세법 시행령 제160조 제1항 에 따라 산정하였는바, 이는 조세법률주의에 반하여 위법하다고 주장한다.
- 나) 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석 하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 2009. 8. 20. 선고 2008두11372 판결 등 참조). 소득세법상 양도소득세의 세율은 원칙적으로 일반세율이고, 예외적으로 구 소득세법 제89조 제1항 제3호, 구 소득세법 시행령 제154조, 제155조의 비과세 특례규정에 따라 비과세되는데, 구 소득세법 제89조 제1항 제3호, 구 소득세법 시행령 제156조 에 의하면, 주택의 실지거래가액이 9억 원을 초과하는 고가주택에 해당하는 경우에는 비과세 대상에서 제외되므로, 양도가액이 17억 원인 이 사건 주택은 고가주택으로 비세 대상에서 제외된다. 이와 같이 1세대 1주택 비과세 특례에 관하여는 구 소득세법 제89조 제1항 제3호 와 구 소득세법 시행령 제154조, 제155조에서 규정하고 있고, 1세대 2주택에 해당하는 주택에 대한 중과세에 관하여는 구 소득세법 제104조 제7항 제1호 와 구 소득세법 시행령 제167조의10 제1항 에서 규정하고 있으며, 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택에 대한 중과세에 관하여는 구 소득세법 제104조 제7항 제3호 와 구 소득세법 시행령 제167조의3 제1항에서 규정하고 있다. 이처럼 소득세 관련 법령은 1세대 1주택 비과세 특례 규정, 1세대 2주택 중과세 규정 및 1세대 3주택 이상 중과세 규정을 별도로 두어, 그 적용 대상 및 주택 수 계산에 관한 규정을 독립적으로 마련하여 두었으므로, 원칙적으로 각 비과세 또는 중과세사유는 개별적으로 검토하여 그에 해당하는 규정을 적용하여야 하고, 이와 같은 적용이 구 소득세법령의 입법 취지나 체계에 위반된다고 볼 수 없다. 그리고 구 소득세법 제89조 제1항 제3호, 구 소득세법 시행령 제156조 제1항 은 주택의 실지거래가액이 9억 원을 초과하는 고가주택은 비과세 대상에서 제외하되, 9억 원 이하 주택의 경우에 양도소득세가 비과세되는 경우와의 형평을 고려하여 구 소득세법 시행령 제160조 제1항 제1호 는 고가주택의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 9억 원을 공제한 금액을 양도가액으로 나눈 금액에 양도차익을 곱하여 산정하도록 규정함으로써 고가주택 기준가액 범위 내에서 경감하여 주는 방식을 취하고 있다. 그러므로 이 사건 주택과 같이 1세대 3주택에 해당하는 경우로서 양도가액이 기준가액을 초과하는 고가주택인 경우 양도가액에서 9억 원을 공제하여 그 양도차익을 산정하는 것은 구 소득세법 시행령 제160조 제1항 제1호 에 따른 것으로서 적법하다. (설령 원고의 주장과 같이 구 소득세법 시행령 제160조 제1항 제1호 가 1세대 1주택인 고가주택에 한해 적용되는 조항이라고 하더라도, 피고가 위와 같은 조항을 적용하여 양도차익을 산정한 것은 원고에게 유리한 것으로서 결과적으로 이 사건 처분이 이 사건 주택의 양도가액 전액을 양도가액으로 인정하여 양도차익 등을 산정하여 계산한 정당세액의 범위 내에 있다고 할 것이므로, 원고의 위 주장은 이 사건 처분의 적법성에 영향을 미치지 못한다) 따라서 이와 다른 전제에 선 원고의 위 주장은 받아들일 수 없다.
2. 1세대 1주택 의제에 따른 장기보유특별공제 적용 여부
- 가) 한편 원고는, 이 사건 주택이 구 소득세법 시행령 제155조 제1항, 제20항의 중첩 적용에 의하여 1세대 1주택으로 의제된 주택에 해당하므로, 장기보유특별공제가 배제되는 구 소득세법 제104조 제7항 제3호, 구 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 의 1세대 3주택으로 볼 수는 없다는 취지로 주장한다.
- 나) 앞서 본 바와 같이 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 납세자에게 유리하다고 하여 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 가운데 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다. 그런데 구 소득세법 제95조 제2항 본문은 구 소득세법 제104조 제7항 제3호 소정의 1세대 3주택에 대하여 장기보유특별공제를 배제하도록 규정하고 있고, 구 소득세법 제104조 제7항 제3호 의 위임에 따라 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 범위를 규정한 구 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 은 장기임대주택을 제외한 1개의 주택을 소유하고 있던 자가 대체주택을 취득하여 일시적으로 2주택에 해당하게 되는 경우 1개의 주택으로 보도록 하는 특례규정을 두고 있지 않으므로, 원고가 구 소득세법 시행령 제155조 제1항, 제20항에 따라 일시적으로 2주택을 보유하게 된 경우에 해당한다거나, 장기임대주택 외에 1주택을 보유하던 경우에 해당하여 1세대 3주택에서 제외된다고 볼 수는 없다. 나아가 구 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 은 그 규정의 내용 및 모법인 구 소득세법과의 관계 등에 비추어 볼 때 ‘1세대 3주택 이상에 해당하는 주택’의 양도소득세율에 관한 규정인 구 소득세법 제104조 제7항 제3호 에 관한 것으로서 위 법률조항이 위임한 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 범위를 구체화한 것일 뿐이고, 여기서 더 나아가 구 소득세법 제95조 제2항 단서에서 정한 장기보유특별공제율이 적용되는 ‘1세대 1주택으로 보는 경우’에 관한 규정이라고 볼 수는 없으므로(대법원 2012. 4. 26. 선고 2011두32874 판결 참조), 양도인이 양도한 주택이 구 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 각 호에 해당한다면 1세대 3주택 이상의 주택으로 보지 아니하게 되어 구 소득세법 제104조 제7항 제3호 에 따른 중과세율의 적용을 면하게 되는 것일 뿐이고, 그 규정의 적용이 있다고 하여서 그 주택이 위와 같은 장기보유특별공제율이 적용되는 ‘1세대 1주택으로 보는 주택’에 해당하게 되는 것은 아니다. 따라서 이와 다른 전제에 선 원고의 위 주장은 받아들일 수 없다.
3. 주택의 개념에 위반하는지 여부
- 가) 나아가 원고는, 하나의 주택 중 일부에 대하여는 1세대 1주택으로 보아 비과세를 적용하고, 나머지에 대하여는 1세대 3주택으로 보아 중과세율을 적용하는 것은 하나의 주택을 2개의 주택으로 취급하는 것이어서 구 소득세법 제88조 제7호 의 주택의 정의 규정에 위배된다는 취지로 주장한다.
- 나) 그러나 이 사건 주택은 그 양도가액이 9억 원을 초과하는 고가주택에 해당하므로, 구 소득세법 시행령 제160조 제1항 제1호 에 따라 양도가액에서 9억 원을 공제한 금액을 양도가액으로 나눈 금액에 양도차익을 곱하여 양도차익을 산정하여야 하는바, 이는 양도소득세 과세표준 산정과 관련된 것으로서, 양도소득세 과세 내지 비과세 요건과 관련하여 허가 여부나 공부상의 용도 구분에 관계없이 사실상 주거용으로 사용하는 건물로서 한 가구가 독립하여 거주할 수 있도록 구획된 부분을 하나의 주택으로 보도록 한 구 소득세법 제88조 제7호, 같은 법 시행령 제155조 제15항과는 직접 관련이 없으므로, 이와 다른 전제에 선 원고의 위 주장은 이유 없다.
4. 신의성실원칙 내지 신뢰보호원칙 위반 여부
- 가) 또한 원고는, 피고가 과거 수년간 이 사건 주택의 양도와 같이 장기임대주택과 종전주택을 보유한 상태에서 대체주택을 먼저 취득하고 이후 종전주택을 매각한 사례에 대해 1세대 1주택에 해당한다는 취지의 유권해석을 하여 왔으므로, 기존 유권해석에 반하는 이 사건 처분은 신의성실의 원칙 또는 신뢰보호원칙에 반한다고 주장한다.
- 나) 살피건대, 조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 양도의 경우 장기보유특별공제를 배제하도록 규정한 구 소득세법 제95조 제2항 본문 괄호규정은 2012. 1. 1. 법률 제11146호로 개정되면서 삭제되었다가 2017. 12. 19. 법률 제15225호로 다시 개정되면서 신설되어 2018. 4. 1.부터 시행되었는데(법률 제15225호 부칙 제1조 제1호), 위 개정 법률 제15225호 부칙 제2조 제1항은 ‘이 법은 이 법 시행 이후 발생하는 소득분부터 적용한다’고 규정하고 있으며, 부칙 제2조 제2항은 ‘이 법 중 양도소득에 관한 개정규정은 이 법 시행 이후 양도하는 자산으로부터 발생하는 소득분부터 적용한다’고 규정하고 있는바, 위와 같은 소득세법의 개정 연혁에 비추어 보면, 원고가 주장하는 국세청의 질의회신 등은 위 규정이 신설되기 전의 사안에 관한 것으로서 2017. 12. 19. 법률 제15225호로 개정되어 2018. 4. 1.부터 시행된 소득세법 제95조 제2항 본문이 적용되는 이 사건 양도에 그대로 적용할 수는 없다고 보이므로, 이 사건 처분이 신의성실 또는 신뢰보호원칙에 반한다는 취지의 위 주장은 이유 없다.
5. 이 사건 부칙조항에 따른 장기보유특별공제 적용 여부
- 가) 그 외 원고는, 구 소득세법 제95조 제2항 본문에 의하면, 구 소득세법 제104조 제3항 의 미등기 자산 양도나 같은 조 제7항 각 호의 중과세율이 적용되는 1세대 2주택 이상의 다주택 양도만이 장기보유특별공제가 배제되는데, 이 사건 주택은 이 사건 부칙조항에 의하여 구 소득세법 제55조 제1항 의 일반세율이 적용되므로, 구 소득세법 제95조 제2항 단서의 장기보유특별공제율이 적용되어야 한다는 취지로 주장한다.
- 나) 구 소득세법 제95조 제3항, 구 소득세법 시행령 제160조 제1항 에서 고가주택에 해당하는 자산의 양도에 적용할 양도차익은 ‘구 소득세법 제95조 제1항 에 따른 양도차익’과 ‘양도가액에서 9억 원을 공제한 금액을 양도가액으로 나눈 비율’을 곱하여 계산하도록 정하고 있고, 고가주택에 해당하는 자산의 양도에 적용할 장기보유특별공제액은 ‘구 소득세법 제95조 제2항 에 따른 장기보유특별공제액’과 ‘양도가액에서 9억 원을 공제한 금액을 양도가액으로 나눈 비율’을 곱하여 계산하도록 정하고 있는데, 구 소득세법 제95조 제2항 본문은 ‘법 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제7항 각 호에 따른 자산은 제외된다)으로서 보유기간이 3년 이상인 자산의 양도차익에 대하여 해당 조항에서 정한 공제율을 곱하여 계산한 금액’을 ‘장기보유 특별공제액’이라고 규정하고 있다. 위 법령의 문언에 의하면, 구 소득세법 시행령 제155조 에 의하여 1세대 1주택으로 의제된다 하더라도, 구 소득세법 시행령 제89조 제1항 제3호, 구 소득세법 시행령 제156조 제1항 에 따라 고가주택으로 인정되어 비과세대상에서 제외된 이상 양도차익을 산정함에 있어서는 구 소득세법 제95조 제3항, 구 소득세법 시행령 제160조 제1항 에서 정한 바에 따라 계산하여야 한다. 이 사건에서 피고가 이 사건 주택의 양도차익 중 9억 원 초과분인 325,000,000원만을 양도차익으로 시인한 것은 위 관계법령에서 정한 바에 따른 것이므로, 장기보유특별공제 적용 여부도 위 관계법령에서 정한 바에 따라 이 사건 주택이 구 소득세법 제95조 제2항 본문 괄호 부분에서 정한 구 소득세법 제104조 제7항 각 호에 해당하는 자산인 경우에는 장기보유특별공제 대상에서 제외된다고 해석함이 타당하다. 따라서 이 사건 주택이 양도 당시 1세대 3주택에 해당하여 중과세율 적용대상이나 이 사건 부칙조항에 의하여 구 소득세법 제55조 제1항 의 일반세율이 적용되었다는 이유만으로 이러한 양도에 대하여 구 소득세법 제95조 제2항 단서 규정의 표2 장기보유특별공제율이 적용된다고 볼 수는 없다. 이와 다른 전제에 선 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.
그렇다면 이 사건 소 중 이 사건 직권 취소 부분에 대하여 취소를 구하는 부분은 부적법하여 이를 각하하고, 이 사건 처분 중 위 직권 취소 부분을 제외한 나머지 부분의 취소를 구하는 원고의 청구는 이유 없어 이를 기각하여야 한다. 따라서 제1심판결은 이와 결론을 일부 달리하여 부당하므로, 제1심판결을 위와 같이 변경하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.
판결 내용은 붙임과 같습니다.