양도소득세경정거부처분취소

사 건 2024누65609 양도소득세경정거부처분취소 원 고

○○○ 피 고

○○세무서장 변 론 종 결

2025. 8. 29. 판 결 선 고

2025. 9. 26.

1. 제1심판결을 취소한다.

2. 피고가 2023. 10. 27. 원고에게 한 2020년 귀속 양도소득세 56,593,217원(가산세 포함)의 경정거부처분을 취소한다.

3. 소송총비용은 피고가 부담한다. 청구취지 및 항소취지 주문과 같다.

이 부분에 기재할 이유는 아래와 같이 삭제하거나 고쳐 쓰는 외에는 제1심판결 이유의 해당 부분(제1심판결 제2면 제1행부터 제3면 제5행까지)과 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 약어를 포함하여 이를 인용한다.

○ 제1심판결 제2면 제3행의 “이 사건 주택을”을 삭제한다.

○ 제1심판결 제2면 아래에서 제4행의 “장기보유특별공제를”부터 제2면 아래에서 제2행까지를 “장기보유특별공제를 배제하고 중과세율(20%)을 적용하여 계산하면 가산세를 포함한 총 세금이 154,410,307원(가산세 20,734,456원 포함)에 이른다고 보아, 2022. 12. 1. 원고에게 2020년 귀속 양도소득세로 잔여 금액인 97,817,090원(=154,410,307원 –기납부세액 56,593,217원)을 증액 경정ㆍ고지하였다.”고 고쳐 쓴다.

별지 기재와 같다.

3. 피고의 본안전항변에 관한 판단 이 부분에 기재할 이유는 제1심판결 이유의 해당 부분(제1심판결 제3면 제8행부터 제4면 제17행까지)과 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 인용한다.

• 가. 원고의 주장

1. 1세대 3주택 중과세율 적용 관련 원고는 2년 넘게 거주한 이 사건 주택을 팔고 주거 이전을 위해 이 사건 대체주택을 취득하여 현재까지 그 대체주택에서 거주하고 있는바, 원고에게는 투기 목적이 없었고, 원고가 1세대 3주택 보유자였던 기간은 31일에 불과하여 이 사건 대체주택을 취득한 후 이 사건 주택을 양도하기까지 소요된 기간도 일시적이었다. 따라서 대법원 2014. 2. 27. 선고 2010두27806 판결의 법리에 따라 이 사건 양도는 구 소득세법 시행령(2020. 10. 7. 대통령령 제31083호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제167조의3 제1항이 정한 “대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택”의 양도에 해당하지 아니하므로, 이 사건 양도에 대하여 구 소득세법(2020. 8. 18. 법률 제17477호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제104조 제7항 제3호의 중과세율을 적용해서는 아니 된다. 설령 그렇지 않다고 하더라도 2021. 2. 17. 대통령령 제31442호로 소득세법 시행령이 개정되어 신설된 제167조의3 제1항 제13호는 위 중과세율 적용과 관련한 1가구 3주택에 해당되는지 여부를 판단함에 있어 ‘제155조에 따라 1세대가 국내에 1개의 주택을 보유하고 있는 것으로 보거나 1세대 1주택으로 보아 제154조 제1항이 적용되는 주택으로서 같은 항의 요건을 모두 충족하는 주택’에 대하여는 주택 수에서 제외하는 규정을 마련하였는바, 이는 기존의 1세대 3주택의 양도에 대한 양도소득세 중과제도에 대한 반성적 고려에 의한 것이므로, 이 사건 양도에 대하여도 위와 같이 신설된 시행령이 소급하여 적용되어야 한다. 게다가 원고가 이 사건 대체주택의 잔금 지급을 한 달 연체한 경우 또는 원고가 이 사건 주택의 잔금을 한 달 일찍 받은 경우와 이 사안을 달리 취급할 만한 이유가 없는바, 이 사건 처분은 과세의 형평에 반하고 합목적성도 인정되지 않아 원고의 재산권을 부당하게 침해하는 것으로서 국세기본법 제18조 제1항 에 위배된다. 따라서 피고가 이 사건 양도를 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 양도로 보아 양도소득세 중과세율을 적용한 것은 위법하다.

2. 장기보유특별공제 배제 관련 위와 같은 이유로 이 사건 양도는 구 소득세법 제104조 제7항 제3호 에 따른 조정대상 지역 내에 있는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 양도에 해당하지 않으므로, 이 사건 양도를 위와 같은 주택의 양도로 보아 장기보유특별공제의 적용을 배제한 것 역시 위법하다.

• 나. 1세대 3주택의 양도로서 양도소득세 중과세율 적용 여부

1. 관련 법리

• 가) 양도소득에 대한 세율을 규정하고 있는 구 소득세법 제104조 는 제1항 제1호에서 건물(주택)의 경우에 원칙적으로 구 소득세법 제55조 제1항 에 따른 일반세율을 적용하도록 하면서도, 제7항 제3호에서 ‘조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택’의 양도에 대하여는 일반세율에 100분의 20을 더한 중과세율을 적용하도록 규정하고 있고, 위 법의 위임을 받아 제정된 구 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 은 ‘ 소득세법 제104조 제7항 제3호 에서 대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택’이란 ‘국내에 주택을 3개 이상(제1호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산할 때 산입하지 않는다) 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각호의 어느 하나에 해당하지 않는 주택을 말한다’고 규정하면서 그 제2호에서 ‘ 소득세법 제168조 에 의한 사업자등록과 임대 주택법 제6조 에 의한 임대사업자 등록을 한 거주자가 임대주택으로 등록하여 임대하는 다음 각목의 어느 하나에 해당하는 주택(이하 ’장기임대주택‘이라 한다)’을, 제10호에서 ‘1세대가 제1호부터 제8호까지 및 제8호의2에 해당하는 주택을 제외하고 1개의 주택만을 소유하고 있는 경우의 해당 주택(위 시행령에서는 “일반주택”으로 약칭하고 있으나 이하에서는 “종전주택”이라 한다)’을 규정함으로써, 장기임대주택과 종전주택에 대하여는 1세대 3주택의 양도에 대한 양도소득세 중과를 규정한 구 소득세법 제104조 제7항 제3호 의 적용을 배제하고 있다.
• 나) 위와 같이 양도소득세 중과세율 제도를 규정하고 있는 구 소득세법 제104조 제7항 제3호, 구 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 제2호, 제10호 등은, 투기목적의 주택 소유를 억제하여 주택 가격의 안정과 주거생활의 안정을 도모하려는 취지에서 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 양도에 대하여 원칙적으로 중과세율을 적용하도록 하면서도, 임대주택의 공급을 활성화함으로써 서민과 중산층의 주거안정을 지원하기 위하여 장기임대주택과 더불어 종전주택도 양도소득세 중과세율의 적용대상에서 제외하고 있는바, 이러한 입법 취지와 관련 규정의 체계 등에 비추어 보면, 장기임대주택과 종전주택을 소유한 거주자가 다른 주택(이하 ‘대체주택’이라 한다)을 취득함으로써 장기임대주택을 제외하고도 2주택을 소유하게 되었더라도, 주거를 이전하기 위하여 대체주택을 취득한 것으로서 거주자에게 투기목적이 없고 대체주택을 취득한 후 종전주택을 양도하기까지 소요된 기간이 주택거래의 현실 등에 비추어 사회통념상 일시적이라고 인정되는 특별한 사정이 있는 경우에는 종전주택의 양도를 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 양도로 보아 양도소득세를 중과할 수는 없다고 봄이 상당하다(대법원 2014. 2. 27. 선고 2010두27806 판결 참조).

2. 인정사실 앞서 채택한 증거와 갑 제10 내지 13, 15, 16, 19, 20호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면 다음과 같은 사실을 인정할 수 있다.

• 가) 원고는 2016. 10. 28. 이 사건 주택을 취득한 후 이 사건 주택에서 거주하다가 2019. 1. 15. 배우자의 직장에서 가깝고 단지 내에 초등학교가 있는 OO OO구 OO동 xx OOOO xxx동 2001호(이하 ‘AA동 주택’이라 한다)를 임차하여 이사하면서 이 사건 주택은 제3자에게 임대하였다.
• 나) 원고에 대한 임대인의 지위를 승계한 AA동 주택의 매수인이 원고와의 임대차를 종료하고 자신이 AA동 주택에 직접 입주하기를 희망하면서 AA동 주택에서 나가줄 것을 요구하자, 원고는 배우자 직장과 자녀 취학을 고려하여 종전에 보유하던 이 사건 주택을 매도한 후 대체주택을 구매하는 방식으로 주거지를 이전하고자 하였다.
• 다) 이러한 계획에 따라 원고는 2020. 6. 22. 오CC, 권DD에게 이 사건 주택을 13억 7,000만 원에 매도하는 계약을 체결하면서 2020. 9. 28.에 잔금지급과 동시에 소유권을 이전해주기로 약정하였다. 이후 원고는 계약금 1억 4,000만 원은 계약 당일에, 중도금 3억 6,000만 원은 2020. 7. 23.에, 잔금 8억 7,000만 원은 2020. 9. 28.에 지급받고 같은 날 이 사건 주택의 소유권을 이전해주었다(잔금 중 6억 원은 이 사건 주택에 관한 임대차계약을 매수인이 승계하기로 하면서 그 지급에 갈음하였다).
• 라) 원고는 이 사건 주택에 관한 매매계약을 체결한 날로부터 1주일 후인 2020. 6. 29. 김BB과 이 사건 대체주택을 15억 1,500만 원에 매수하는 계약을 체결하면서 계약금 1억 5,0000만 원은 계약 당일에, 중도금 4억 원은 2020. 7. 24.에, 잔금 9억 6,500만 원은 2020. 8. 28. 지급하기로 하였다. 위 매매계약 체결 당시 원고는 이 사건 대체주택의 잔금을 지급하고 소유권을 이전받는 시기를 이 사건 주택에 관한 매매계약상 잔금일인 2020. 9. 28. 이후로 정하고자 하였으나, 이 사건 대체주택의 매도인이 가능한 빨리 자신의 주택을 매도하고 이사하기를 희망하여 부득이 잔금일을 위와 같이 이 사건 주택 매매의 잔금지급일보다 앞당기게 되었다. 이에 따라 원고는 위 계약대로 매매대금을 지급하고 잔금지급일인 2020. 8. 28. 이 사건 대체주택에 대한 소유권이전등기를 마쳤다.
• 마) 원고가 이 사건 대체주택을 매수한 직후인 2020. 8. 31. 원고의 배우자와 자녀는 이 사건 대체주택에 전입신고를 한 다음 거주를 시작하였고, 원고는 AA동 주택의 임대인으로부터 임대보증금을 지급받은 2020. 12. 10. 이 사건 대체주택으로 전입신고를 마쳤다. 이후 원고와 그 가족들은 현재까지 이 사건 대체주택에 거주하고 있다.

3. 판단 위와 같은 사실에 의하면, 원고가 이 사건 주택을 양도하고 이 사건 대체주택을 취득하는 과정에서 2020. 8. 28.부터 2020. 9. 28.까지 사이에 일시적으로 이 사건 주택과 이 사건 대체주택의 소유권을 모두 보유하는 결과가 되어, 이 사건 주택의 소유권이전일인 2020. 9. 28.을 기준으로 보면 당시 보유하고 있던 장기임대주택인 이 사건 임대주택과 합하여 총 3주택을 소유하게 되었음을 알 수 있다. 그러나 앞서 인정한 바와 같이 원고가 이 사건 양도 당시 장기임대주택을 제외하고도 종전주택인 이 사건 주택과 이 사건 대체주택을 소유하게 되어 2주택자가 된 것은 배우자의 직장과 자녀의 취학을 위해 본인의 주거를 이전하기 위해 종전주택인 이 사건 주택을 양도하고 새로 거주할 이 사건 대체주택을 취득하는 과정에서 이 사건 대체주택 매도인의 요구 때문에 부득이 발생한 것이었지 투기 목적에 기한 것이 아니었고, 이 사건 대체주택을 취득하기 전에 종전주택에 대한 이 사건 양도계약이 체결된 바 있으며, 이 사건 대체주택의 소유권 취득 시부터 종전주택의 소유권이전 시까지 기간이 불과 1개월에 불과하다. 이러한 사정을 앞서 본 법리에 비추어 살펴보면, 원고의 이 사건 주택의 양도를 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 양도로 보아 양도소득세를 중과할 수는 없다고 보아야 한다. 비록 원고가 이 사건 주택을 양도할 당시에 이사건 주택에 직접 거주하지 않고 있었기는 하나, 위와 같은 양도소득세 중과세율 제도의 도입취지, 구 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 제10호 에 의하여 양도소득세 중과세율 적용대상이 되는 1세대 3주택의 양도에서 제외되는 종전주택은 양도인이 소유하고 있던 주택이면 족하고 직접 거주하고 있던 주택일 것이 요구되지 않는 점, 위와 같은 종전주택의 임대라는 사정만으로 원고의 종전주택의 보유나 양도를 투기 목적으로 이루어진 것과 동일시하기 어려운 점 등을 고려하여 보면, 위와 같은 사정을 이유로 달리 볼 것이 아니다(2021. 2. 17. 대통령령 제31442호로 개정된 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 제13호 는 제155조 제1항이 규정하고 있는 1세대 1주택 소유자가 종전에 소유하고 있던 주택을 양도하기 전에 다른 주택을 취득함으로써 일시적으로 2주택이 된 후 일정 기간 내에 종전의 주택을 양도하여 1세대 1주택으로 보아 제154조 제1항이 적용되는 주택으로서 같은 항의 요건을 모두 충족하는 주택의 양도에 대하여 양도소득세 중과세율 적용대상이 되는 1세대 3주택의 양도에서 제외하고 있는바, 위와 같은 개정 규정이 이 사건에 소급하여 적용되는 것은 아니지만, 그 취지는 이 사건 관련 법령의 해석에도 참고가 될 수 있을 것이다).

4. 소결론 따라서 원고의 나머지 주장에 대하여 살필 필요 없이, 피고가 원고의 이 사건 양도를 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 양도로 보아 양도소득세 중과세율을 적용한 것은 위법하다고 할 것이다.

• 다. 장기보유특별공제 적용 여부 구 소득세법 제95조 제2항 은 같은 법 제104조 제7항 각호에 규정된 자산을 장기보유특별공제 적용대상에서 제외하고 있는데, 앞서 채택한 증거에 변론 전체의 취지를 종합하면, 피고가 이 사건 양도의 대상이 된 이 사건 주택이 구 소득세법 제104조 제7항 제3호 에 규정된 자산에 해당한다는 이유로 이 사건 양도에 대하여 장기보유특별공제를 적용하지 않고 있음을 알 수 있다. 그런데 이 사건 양도의 대상이 된 이 사건 주택의 경우 구 소득세법 제104조 제7항 제3호 에 규정된 자산에 해당하지 않음은 앞서 본 바와 같으므로, 이와 다른 전제에서 이루어진 피고의 장기보유특별공제 미적용은 위법하다고 보아야 한다.
• 라. 소결론 그렇다면, 당초 원고가 이 사건 양도에 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 양도가 아닌 1세대 1주택 특례가 적용된다고 보아 양도소득세 중과세율을 배제하고 장기보유특별공제를 적용해 산출ㆍ신고한 세액 56,593,217원을 정당한 세액이라고 봄이 타당하다. 그런데 피고가 2022. 12. 1. 원고에게 2020년 귀속 양도소득세를 154,410,307원(가산세 포함)으로 증액경정결정하고 그중 기납부세액을 공제한 나머지를 납부하도록 고지하였으며, 원고는 그중 증액경정처분에 대한 불복기간 90일을 도과하여 환급을 구할 수 없는 세액을 제외한 나머지 세액, 즉 원고가 당초 신고한 세액 56,593,217원을 한도로 하여서만 취소를 구할 수 있는 점은 앞서 본 바와 같다. 그러므로 위 증액경정처분으로 결정된 세액 중 정당한 세액을 초과하는 세액은 97,817,090원(= 154,410,307원 –정당세액 56,593,217원)이고, 그중 불복기간 90일을 도과하여 환급을 구할 수 없는 세액 부분(97,817,090원 중 56,593,217원을 초과한 41,223,873원)을 제외한 나머지 세액은 56,593,217원이라 할 것이다. 따라서 2020년 귀속 양도소득세 중 56,593,217원의 환급을 구하는 원고의 이 사건 경정청구는 적법하고, 이를 거부한 피고의 이 사건 처분은 위법하므로 취소되어야 한다.

그렇다면 피고의 이 사건 처분은 위법하여 취소되어야 하고, 원고의 이 사건 청구는 이유 있으므로 이를 인용하여야 한다. 제1심판결은 이와 결론을 달리하여 부당하므로 원고의 항소를 받아들여 제1심판결을 취소하고, 이 사건 처분을 취소하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.