주식의 포괄적 교환이전에 대한 과세특례 적용 후 증여를 한 경우에는 과세이연중단 사유인 처분에 포함되는 것임

사 건 2024누59307 양도소득세경정거부처분취소 원 고 이AA 피 고

○○세무서장 변 론 종 결

2025. 12. 11. 판 결 선 고

2026. 1. 22.

1. 원고의 항소를 기각한다.

2. 항소비용은 원고가 부담한다. 청구취지 및 항소취지 제1심판결을 취소한다. 피고가 2022. 10. 17. 원고에게 한 2020년 귀속 양도소득세 895,654,970원의 경정청구거부처분을 취소한다.

1. 제1심판결의 인용 원고의 항소이유는 제1심에서의 주장과 크게 다르지 않고, 제1심법원이 적법하게 채 택하여 조사한 증거들과 이 법원이 추가로 조사한 증거들을 원고의 주장에 비추어 다 시 살펴보더라도 제1심의 사실인정과 판단은 정당한 것으로 인정된다. 이 법원이 이 사건에 관하여 적을 이유는, 제1심판결의 이유 중 일부를 아래와 같이 고쳐 쓰거나 추 가․삭제하고, 원고가 이 법원에서 강조하는 주장에 대한 판단을 제2항에서 추가하는 외에는 제1심판결의 이유와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 따라 별지와 약어를 포함하여 이를 그대로 인용한다.

○ 4면 10행의 “경우에는 양도소득세를 과세하지 않는 것”을 “경우에도 증여자에 대 하여 양도소득세를, 수증자에 대하여 증여세를 각각 부과하는 것은 이중과세에 해당하 므로 양도소득세를 과세하지 않는 것”으로 고쳐 쓴다.

○ 11면 16행의 “무관하다.”를 “무관하므로, 이는 이중과세에 해당하지 않는다.”로 고 쳐 쓴다.

○ 12면 6행의 “구 조특법 제35조의2 제4항”을 “구 조특법 시행령 제35조의2 제4항” 으로 고쳐 쓴다.

○ 12면 8~11행의 “② 완전모회사 주식을 … 보이는 점”을 삭제한다.

○ 12면 11행의 “③”을 “②”로, 16행의 “④”를 “③”으로 각 고쳐 쓴다.

○ 12면 20행의 “않았던 점” 다음에 “[원고가 들고 있는 구 조세특례제한법 시행령 (2010. 12. 30. 대통령령 제22583호로 개정되기 전의 것) 제35조의41) 제2항은 ‘구 조세 특례제한법(2010. 12. 27. 법률 제10406호로 개정되기 전의 것) 제38조의2 제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 경우’의 양도소득세 계산 방식에 관한 규 정일 뿐 특별히 ‘증여’의 경우를 대상으로 한 규정으로 볼 수 없다]”를 추가한다.

○ 13면 2행부터 18행까지를 삭제한다.

• 가. 구 조특법 제38조 제3항의 ‘부득이한 사유’ 인정 여부

1. 원고의 주장 요지 이 사건 주식교환 당시 △△△이 소유하고 있던 ▲▲▲의 주식 4,896,045주에 대하여 별도로 신주를 배정하지 않았다고 하더라도 구 조특법 제38조 제3항, 구 조특법 시행 령 제35조의2 제13항 제1호, 구 법인세법 시행령(2023. 2. 28. 대통령령 제33265호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제80조의2 제1항 제1호 (가)목에 따라 ‘주식의 포괄적 교환 등으로 취득한 전체 주식 등의 2분의 1 미만을 처분하는 경우’에 해당하는지 여 부를 판단할 때는 완전모회사가 보유하고 있던 완전자회사의 주식에도 신주가 배정되 었다고 보아야 한다. 그와 같은 전제에서 이 사건 주식교환으로 △△△에는 신주 10,809,584주가 배정된 것으로 계산할 경우 원고와 DDD가 처분한 4,549,381주가 이 사건 주식교환으로 취득한 전체 주식 15,358,965주에서 차지하는 비율은 약 29.6%이므 로 구 조특법 제38조 제3항의 ‘부득이한 사유’가 인정된다.

2. 판단

• 가) 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막 론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이 유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니한다(대법원 2004. 3. 12. 선 고 2003두7200 판결 등 참조). 구 조특법 제38조 제2항 제2호에 의하면, 완전모회사 또는 대통령령으로 정하는 완전자회사의 주주가 주식의 포괄적 교환 등으로 취득한 주 식을 처분하는 경우 과세이연이 중단되어 완전자회사의 주주는 이연받은 양도소득세를 납부하여야 한다. 구 조특법 제38조 제3항과 그 위임에 따른 구 조특법 시행령 제35조 의2 제13항 제1호 및 구 법인세법 시행령 제80조의2 제1항 제1호 (가)목에 의하면, 구 조특법 제38조 제2항 제2호를 적용할 때 완전모회사 및 구 조특법 시행령 제35조의2 제6항에 따른 주주가 주식의 포괄적 교환 등으로 취득한 전체 주식의 2분의 1 미만을 처분한 경우 부득이한 사유가 인정되어 주식을 보유하는 것으로 보아 과세이연이 중단 되지 아니한다. 한편, 구 조특법 시행령 제35조의2 제6항은 ‘구 조특법 제38조 제2항 제2호에서 "대통령령으로 정하는 완전자회사의 주주"란 완전자회사의 법인세법 시행 령 제43조 제3항에 따른 지배주주 중 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자를 제외 한 주주를 말한다.’고 규정하고 있다. 구 법인세법 시행령 제43조 제7항 은 같은 조 제3 항의 지배주주 등을 ‘법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 1 이상의 주식 또 는 출자지분을 소유한 주주 등으로서 그와 특수관계에 있는 자와의 소유 주식 또는 출 자지분의 합계가 해당 법인의 주주 등 중 가장 많은 경우의 해당주주 등’으로 정의하 고 있다.
• 나) 원고가 구 조특법 시행령 제35조의2 제6항에 따른 주주에 해당한다는 점은 앞서 본 바와 같다. 구 조특법 제38조 제1항의 과세이연은 지주회사의 설립을 촉진하 여 기업구조조정의 활성화를 유도하는 데 취지가 있다. 그런데 구 조특법 시행령 제35 조의2 제6항에 따른 주주가 자기가 취득한 전체 주식의 2분의 1 이상을 처분하는 경 우, 기업 지배구조에 변동이 발생함에 따라 기업구조조정 촉진이라는 목적이 상실되어 양도소득세에 대한 과세이연의 혜택을 지속시킬 필요가 없다고 할 것이므로, ‘주식의 포괄적 교환 등으로 취득한 전체 주식’은 결국 주식의 포괄적 교환으로 완전모회사의 주식을 취득한 당̇ 해̇ 주̇ 주̇ 를 기준으로 산정한다고 보아야 한다. 구 조특법 시행령 제35 조의2 제6항의 위임을 받은 구 법인세법 시행령 제43조 제3항, 제7항에서도 지배주주 등을 ‘100분의 1 이상의 주식 또는 출자지분을 소유한 주주 등으로서 그와 특수관계에 있는 자와의 소유 주식 또는 출자지분의 합계가 해당 법인의 주주 등 중 가장 많은 경 우의 해̇ 당̇ 주̇ 주̇ 등’으로 정의하여 실제 신주를 배정받아 소유하는 것을 전제로 규정하 고 있다. 이와 달리 주식의 포괄적 교환 당시 별도로 신주가 배정되지 않은 완전모회 사의 주식에 대하여도 신주가 배정된 것으로 보고 전체 주식의 수를 산정하여야 한다 는 원고의 주장은 관련 법령의 문언에 반하여 받아들일 수 없다.
• 다) 원고가 2020. 2. 5. 주식회사 □□□에 이 사건 주식교환으로 배정받은 이 사건 주식 2,993,999주 중 1,726,455주를 양도한 사실, 원고는 2020. 10. 12. BBB과 CCC에게 각 △△△ 주식 713,000주를 증여한 사실은 앞서 본 바와 같다. 이와 같이 원고는 이 사건 주식교환으로 취득한 이 사건 주식 전부를 처분하였으므로 구 조특법 제38조 제3항의 ‘부득이한 사유’가 인정되지 않는다(설령 주식의 포괄적 교환으로 완전 모회사의 주식을 취득한 모든 주주를 기준으로 ‘전체 주식’의 수를 산정한다고 하여도, 이 사건 주식교환으로 실제 배정된 주식 수는 총 4,549,381주인 사실은 당사자 사이에 다툼이 없으므로 원고가 처분한 2,993,999주는 여전히 전체 주식의 1/2 이상에 해당하 여 결론에 영향이 없다).
• 라) 원고의 이 부분 주장은 받아들일 수 없다.
• 나. 과세형평의 원칙 위반 여부

1. 원고의 주장 요지 구 조특법 시행령 제35조의2 제4항에 의하면, 양도소득세는 주식의 포괄적 교환 으로 취득한 완전모회사 주식을 양도한 가격을 양도가액으로 하여 산정하게 된다. 따 라서 완전모회사 주식을 증여하여 교환일 당시의 시가를 기준으로 양도소득세를 산정 할 경우, 완전모회사의 주식을 그보다 낮은 가격에 양도하는 경우의 양도소득세가 증 여의 경우에 산출되는 양도소득세액보다 오히려 낮아지는 결과가 발생한다. 또한 증여 자는 완전모회사 주식을 증여함에 따라 최종적으로 실현된 이익이 존재하지 않으며, 수증자는 증여세까지 납부하여야 한다. 그러므로 증여의 경우에도 이연된 양도소득세 를 과세하는 것은 과세형평의 원칙에 위반된다.

2. 판단

• 가) 살피건대, ① 구 조특법 시행령 제35조의2 제4항은 완전모회사등 주식의 전 부 또는 일부 양도하여 양도소득세를 납부하여야 하는 경우 취득가액을 규정하고 있는 데, 그 계산 방식에 비추어, 이는 같은 조 제3항에서 과세를 이연받는 경우에도 양도소 득세가 일정한 경우 과세될 수 있음을 고려하여 ‘이연된 양도소득세의 취득가액’ 산정 을 위한 규정으로 보이는 점, ② 구 조특법 시행령 제35조의2 제12항 제1호에 의하면, 구 조특법 제38조 제2항의 과세이연 중단 사유가 발생하는 경우 거주자등에 해당하는 완전자회사의 주주는 이연된 양도소득세를 납부하여야 하며, 완전모회사등 주식을 양 도하는 경우에는 그 주식의 취득가액을 주식의 포괄적 교환․이전일 현재 완전모회사 등 주식의 시가로 한다고 규정하여 주식의 포괄적 교환과 그 이후에 발생한 양도를 명 백히 분리하여 규정하고 있는 점, ③ 구 조특법 제38조 제2항은 완전자회사의 주주가 제1항에 따라 과세를 이연받은 경우 완전모회사는 완전자회사 주식을 법인세법 제52조 제2항2)에 따른 시가로 취득한다고 규정하고 있는 점 등을 고려하면, 포괄적 주식교환 으로 취득한 완전모회사의 주식을 교환 당시의 가격보다 낮은 가격에 양도하는 경우에 도 여전히 주식의 포괄적 교환․이전일 현재 완전모회사 주식의 시가를 기준으로 이연 된 양도소득세액을 산정한다고 할 것이므로 증여의 경우 산출되는 양도소득세액과 달 라진다고 할 수 없다.
• 나) 나아가 완전모회사의 주식을 증여하여 증여자가 종국적으로 주식의 포괄적 교환에 따른 양도차익을 실현하지 못하였다고 하더라도, 이는 과세이연 중단 사유의 발생에 따라 이연된 양도소득세를 과세하는 것에 지나지 않고, 수증자에게 부과되는 증여세와는 무관하다. 원고가 들고 있는 사정만으로 이 사건 증여에 따라 이연된 양도 소득세를 과세하는 것이 과세형평의 원칙에 어긋난다고 할 수 없다.
• 다) 원고의 이 부분 주장 역시 받아들일 수 없다.

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하여야 한다. 제1심판결은 이와 결 론을 같이 하여 정당하므로, 원고의 항소를 기각하기로 한다.