피고가 제출한 증거만으로 ‘정당한 사유’가 증명되었다고 볼 수 없어, 과세전적부심사의 기회를 부여하지 아니한 채 이 사건 처분을 한 것은 위법함

사 건 2024누56391 양도소득세부과처분취소 원 고 허aa 피 고

○○세무서장 변 론 종 결

2025. 9. 18. 판 결 선 고

2025. 11. 20.

1. 제1심판결을 취소한다.

2. 피고가 2023. 4. 1. 원고에 대하여 한 2015년 귀속 양도소득세 xxx원(가산세 xxx원 포함)의 부과처분을 취소한다.

3. 소송 총비용은 피고가 부담한다. 청구취지 및 항소취지 주문과 같다.

• 가. 원고는 2007. 2. 14. □□ ◇◇구 △△동 xxx 대 xxx㎡ 중 1/7 지분(이하 ‘이 사건 부동산’이라 한다)의 소유권을 취득한 후 2010. 2. 17. 신탁을 원인으로 주식회사 AA 명의로 소유권이전등기를 마쳐 주었다. 주식회사 AA은 2015. 9. 23. bb에게 매매대금을 xxx원으로 하여 이 사건 부동산을 양도(이하 ‘이 사건 양도’라 한다)하였는데, 원고는 이에 대한 양도소득세를 신고하지 않았다.
• 나. 피고는 원고가 이 사건 양도에 관한 양도소득세를 신고하지 않은 것과 관련하여 원고에게 2023. 3. 14. 양도소득세 해명자료 제출 안내문을 통지하고, 2023. 3. 28. 과세예고통지를 하였다.
• 다. 이후 피고는 2023. 4. 1. 원고에 대하여 2015년 귀속 양도소득세 xxx원(가산세 xxx원 포함)을 결정․고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).
• 라. 원고는 이에 불복하여 2023. 5. 23. 국세청장에게 심사청구를 하였으나, 2023. 8. 16. 심사청구가 기각되었다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 3호증, 을 제1 내지 5, 8호증의 각 기재, 변 론 전체의 취지

피고는 2016. 9. 9.경 ●●세무서장으로부터 이 사건 양도에 관한 과세자료를 통보받았음에도 정당한 사유 없이 장기간 과세권을 행사하지 않다가, 국세부과제척기간 만료일이 임박한 2023. 3. 28.에서야 원고에게 과세예고통지를 함으로써 원고가 과세전적부 심사를 청구할 권리를 침해하였다. 따라서 이 사건 처분에는 중대한 절차상 하자가 있으므로 취소되어야 한다.

별지 기재와 같다.

• 가. 관련 규정 및 법리

1. 구 국세기본법(2023. 12. 31. 법률 제19926호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제81조의15 제1항은 “세무서장 또는 지방국세청장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 미리 납세자에게 그 내용을 서면으로 통지(이하 ‘과세예고통지’라 한다)하여야 한다.”라고 규정하면서, ‘납부고지하려는 세액이 100만 원 이상인 경우’(제3호 본 문) 등을 과세예고통지를 하여야 할 사유로 들고 있고, 같은 조 제2항 본문 및 그 제2호는 “과세예고통지를 받은 자는 통지를 받은 날부터 30일 이내에 통지를 한 세무서장이나 지방국세청장에게 통지 내용의 적법성에 관한 심사(이하 ‘과세전적부심사’라 한다)를 청구할 수 있다.”라고 규정하고 있다. 또한 같은 조 제3항은 “다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제2항을 적용하지 아니한다.”라고 하면서, ‘ 국세징수법 제9조 에 규정된 납부기한 전 징수의 사유가 있거나 세법에서 규정하는 수시부과의 사유가 있는 경우’(제1호), ‘조세범 처벌법위반으로 고발 또는 통고처분하는 경우’(제2호), ‘세무조사 결과 통지 및 과세예고통지를 하는 날부터 국세부과 제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우’(제3호), ‘그 밖에 대통령령으로 정하는 경우’(제4호)를 들고 있다.

2. 과세예고통지는 과세관청이 조사한 사실 등의 정보를 미리 납세자에게 알려줌으로써 납세자가 충분한 시간을 가지고 준비하여 과세전적부심사와 같은 의견청취절차에서 의견을 진술할 기회를 가짐으로써 자신의 권익을 보호할 수 있도록 하기 위한 처분의 사전통지로서의 실질을 가진다. 또한 과세처분 이후에 행하여지는 심사․심판청구나 행정소송은 시간과 비용이 많이 소요되어 효율적인 구제수단으로 미흡한 측면이 있다는 점과 대비하여 볼 때, 과세전적부심사 제도는 과세관청이 위법․부당한 처분을 행할 가능성을 줄이고 납세자도 과세처분 이전에 자신의 주장을 반영할 수 있도록 하는 예방적 구제제도의 성질을 가질 뿐만 아니라, 위법한 처분은 물론 부당한 처분도 심사대상으로 삼고 있어 행정소송과 같은 사후적 구제절차에 비하여 그 권리구제의 폭이 넓다. 이와 같이 사전구제절차로서 과세예고통지와 과세전적부심사 제도가 가지는 기능과 이를 통해 권리구제가 가능한 범위, 이러한 제도가 도입된 경위와 취지, 납세자의 절차적 권리 침해를 효율적으로 방지하기 위한 통제방법과 더불어, 헌법 제12조 제1항에서 규정하고 있는 적법절차의 원칙은 세무공무원이 과세권을 행사하는 경우에도 마찬가지로 준수하여야 하는 점 등을 종합적으로 고려하여 보면, 국세기본법 및 국세기본법 시행령이 과세예고통지의 대상으로 삼고 있지 않다거나 과세전적부심사를 거치지 않고 곧바로 과세처분을 할 수 있는 예외사유로 정하고 있는 등의 특별한 사정이 없음에도 불구하고, 과세관청이 과세처분에 앞서 필수적으로 행하여야 할 과세예고통지를 하지 않거나 과세예고통지 후 과세전적부심사 청구나 그에 대한 결정이 있기도 전에 과세처분을 함으로써 납세자에게 과세전적부심사의 기회를 부여하지 아니한 채 과세처분을 하였다면, 이는 납세자의 절차적 권리를 침해한 것으로서 과세처분의 효력을 부정하는 방법으로 통제할 수밖에 없는 중대한 절차적 하자가 존재하는 경우에 해당하므 로, 그 과세처분은 위법하다(대법원 2016. 4. 15. 선고 2015두52326 판결, 대법원 2016. 12. 27. 선고 2016두49228 판결 등 참조).

3. 구 국세기본법 제81조의15 제3항 각 호는 긴급한 과세처분의 필요가 있거나 형사절차상 과세관청이 반드시 과세처분을 할 수밖에 없는 등의 일정한 사유가 있는 경우에는 과세전적부심사를 거치지 않아도 된다고 규정하면서, 이러한 예외사유 가운데 하나로 ‘과세예고통지를 하는 날부터 국세부과 제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우’(제3호)를 들고 있다. 그러나 과세관청이 정당한 사유 없이 스스로 과세행정을 장기간 해태하여 부과제척기간 만료일이 임박한 시점에야 뒤늦게 과세예고통지를 함으로써 납세자로부터 과세전적부심사의 기회를 박탈하기에 이른 경우에는, 과세관청 이 납세자에게 과세전적부심사의 기회를 부여하지 아니한 채 과세처분을 할 수 있는 예외사유에 해당한다고 할 수 없다. 과세예고통지가 부과제척기간 만료일부터 3개월이 남지 않은 시점에 이루어지기만 하면 아무런 제한 없이 과세전적부심사를 생략할 수 있다고 볼 경우, 과세관청이 임의로 부과제척기간 만료일이 임박한 시점에 과세예고통지를 함으로써 과세전적부심사를 회피할 수 있을 뿐 아니라, 과세전적부심사에 관한 납세자의 절차적 권리가 과세관청의 선택에 의하여 좌우되는 부당한 결과를 초래하기 때문이다. 따라서 과세관청이 구 국세기본법 제81조의15 제3항 제3호 의 사유를 들어 납세자에게 과세전적부심사의 기회를 부여하지 아니한 채 과세처분으로 나아간 것이 절차상 정당성을 갖추었다고 보기 위해서는, 과세관청의 귀책사유 없이 부득이한 사정으로 부과제척기간의 만료일이 임박하게 되었고 이로 인하여 부과제척기간의 만료 전까지 과세전적부심사를 거칠 시간적 여유가 없게 되었다는 등의 정당한 사유가 추가로 인정되어야 하고, 이에 관하여는 과세관청이 증명하여야 한다(대법원 2025. 6. 5. 선고 2025 두33014 판결 참조).

• 나. 구체적 판단 앞서 든 증거들, 갑 제7호증, 을 제9호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들을 위 관련 법리에 비추어 살펴보면, 피고가 제출한 증거들만으로는 피고의 귀책사유 없이 부득이한 사정으로 부과제척기간의 만료일이 임박하게 되었고 이로 인하여 부과제척기간의 만료 전까지 과세전적부심사를 거칠 시간적 여유가 없게 되었다는 등의 정당한 사유가 증명되었다고 볼 수 없다. 따라서 피고가 구 국세기본법 제81조의15 제3항 제3호 의 사유를 들어 원고에게 과세전적부심사의 기회를 부여하지 아니한 채 이 사건 처분을 한 것은 위법하므로, 원고의 주장은 이유 있다.

1. 이 사건 양도는 2015. 9. 23. 이루어졌고 원고는 2015년 과세연도 양도소득세에 대하여 법정신고기한 내에 과세표준신고서를 제출하지 않았으므로, 그에 관한 양도소득세의 부과제척기간 만료일은 구 국세기본법 제26조의2 제1항 및 제2항 제1호, 국세기본법 시행령 제12조의3 제1항 제1호 에 따라, 구 소득세법(2017. 12. 19. 법률 제15225호로 개정되기 전의 것) 제110조 제1항에 따른 신고기한의 다음 날인 2016. 6. 1.부터 기산하여 7년이 되는 날인 2023. 5. 31.이다. 그런데 피고가 위 부과제척기간 만료일까지 3개월 이하의 기간이 남은 시점인 2023. 3. 28. 원고에게 과세예고통지를 하고 그로부터 4일 뒤인 2023. 4. 1. 이 사건 처분을 함으로써, 원고는 과세전적부심사를 청구할 수 없게 되었다.

2. 원고가 이 사건 양도에 관하여 양도소득세 과세표준 신고를 하지 않은 것은 사실이나, 2016. 9. 9. 국세청 전산시스템에 이 사건 양도에 관한 ‘양도소득세 부동산 처분신탁 확인자료’가 생성되고 그 무렵 남동세무서장으로부터 위 과세자료를 통보받음에 따라 피고는 원고의 양도소득세 과세표준 신고 여부와 무관하게 원고에 대한 양도소득세 과세 여부를 판단하고 과세표준 및 세액을 산정할 수 있었을 것으로 보인다. 또한 원고에 대한 양도소득세 부과와 관련하여 추가적인 사실관계를 조사ㆍ확인할 필요가 있었다거나 법령 해석상 의의(疑意)가 있었다고 볼 만한 사정도 확인되지 않는다.

3. 그럼에도 피고는 위 과세자료 생성 이후 6년 6개월가량 경과한 2023. 3. 28.이 되어서야 원고에게 과세예고통지를 하였는데, 그 사이에 원고에 대한 양도소득세 과세 여부를 검토하거나 추가적인 사실관계를 조사하는 등의 후속 절차를 진행하였다고 인정할 만한 근거가 없다(피고는 이 사건 부동산의 등기사항전부증명서에 기재된 거래가액을 각각 취득가액과 양도가액으로 적용하고 원고가 제출한 영수증에 기재된 취득세와 등록세 등을 필요경비에 반영하여 양도소득세 과세표준 및 세액을 산출한 것으로 보일 뿐이고, 그와 같은 과정에서 피고가 추가적인 조사ㆍ검토를 거쳤다고 볼 만한 증거가 없다). 과세관청의 양도소득세 관련 업무가 과중하였다거나 이 사건 부동산에 관한 신탁원부를 발급받는 데에 시간이 소요되었다는 등 피고가 주장하는 사정들만으로는 피고가 위와 같이 장기간 과세예고통지를 해태하다가 부과제척기간 만료일에 임박하여 과세예고통지를 한 것을 정당화하기 어렵다.

4. 원고는 2023. 3. 14. 피고로부터 양도소득세 해명자료 제출 안내문을 통지받고 피고에게 취득세 및 등록세 영수증(을 제9호증)을 제출하며 해당 영수증에 기재된 납부세액을 필요경비로 인정하여 줄 것을 요청한 것으로 보인다. 그러나 과세전적부심사 절차에서는 국세심사위원회의 심사ㆍ결정 및 결과 통지(구 국세기본법 제81조의15 제4항), 관계 서류의 열람 및 의견 진술(구 국세기본법 제81조의15 제6항, 제58조), 증거조사의 신청(구 국세기본법 제81조의15 제7항, 행정심판법 제36조 제1항), 구술심리의 신청(구 국세기본법 제81조의15 제7항, 행정심판법 제40조 제1항) 등 절차적 권리가 보장되므로, 원고가 피고의 과세예고통지 이전에 양도소득세 부과에 관한 의견을 개진하여 그 내용이 이 사건 처분에 일부 반영되었다고 하더라도, 그와 같은 사정만으로는 피고가 원고의 과세전적부심사 청구 기회를 박탈한 것이 정당화된다고 보기 어렵다.

그렇다면 원고의 청구는 이유 있어 인용하여야 한다. 제1심판결은 이와 결론을 달리 하여 부당하므로, 원고의 항소를 받아들여 제1심판결을 취소하고, 이 사건 처분을 취소하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.