이 사건 세무조사는 중복조사가 아니며 이 사건 분할은 비적격분할로서 분할신설법의 사업개시일은 분할신설법인의 사업개시일로부터 기산함이 타당함

사 건 2024 누 56063 종합소득세부과처분취소 원 고

1. AAA

2. BBB 피 고 OO세무서장 변 론 종 결

2025. 3. 20. 판 결 선 고

2025. 5. 15.

1. 원고들의 항소를 모두 기각한다.

.

AA 과 피고 사이에 생긴 부분은 원고 AA 이 부담하고, 원고 BBB 와 피고 사이에 생긴 부분의 55% 는 원고 BBB 가, 나머지는 피고가 각 부담한다. 청 구 취 지 및 항 소 취 지 제 1 심판결을 취소한다. 피고가

2022. 5. 1. 원고 AAA 에게 한 2016 년 귀속 종합소득세 576,369,720 원 (가산세 포함) 의 부과처분 및 같은 날 원고 BBB 에게 한 2016 년 귀속 종합소득세 38,524,580 원 (가산세 포함) 의 부과처분을 각 취소한다.

1 심판결의 인용 원고들의 항소이유는 제 1 심에서의 주장과 다르지 않고, 제출된 증거들을 다시 살펴보더라도 제 1 심의 사실인정과 판단은 정당한 것으로 인정된다. 이에 이 법원이 이 사건에 관하여 적을 이유는, 아래와 같이 일부 고치거나 제2항과 같이 원고들이 이 법원에서 특히 강조하는 주장에 관한 판단을 추가하는 것 외에는 제 1 심판결 이유 기재 (별지 포함) 와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 그대로 인용한다.

○ 10 쪽 3 줄의 “ 상증세법 시행령 ” 을 “ 구 상증세법 시행령 ” 으로 고친다.

○ 11 쪽 3 줄의 “1995. 6. 16.” 를 “ 대법원

1995. 6. 16.” 로, 4 줄의 “1995. 9. 29.” 를 “ 대법원

1995. 9. 29.” 로 각 고친다.

가. 원고들의 주장

1. OO 지방국세청장은 이 사건 조사를 하는 과정에서 이 사건 법인에 사전조사통지를 하지 않은 채 이 사건 법인의 주식평가 관련 사항에 관한 조사 등 이 사건 법인에 대한 세무조사를 실시하고 그 조사 결과도 이 사건 법인에 통지하지 않았다. 이후 OO지방국세청장은

2021. 5. 경 이 사건 조사 당시 이미 제출받은 자료를 기초로 하여 이 사건 법인에 대한 조사를 실시하고 이 사건 조사 당시 이 사건 법인과 관련하여 지적한 사항을 그대로 지적사항으로 하여 처분을 하였다. 이 사건 조사는 구 국세기본법 제81조의 7(2021. 12. 21. 법률 제18586호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제1항에 따른 사전통지 의무 1) 와 구 국세기본법 제81조의 12 제1항에 따른 세무조사 결과통지 의무 2) 를 위반하고, 구 국세기본법 제81조의 4 제2항 3) 을 위반하여 재조사한 것으로 위법하다 (이하 ‘ 제 1 주장 ’ 이라 한다). 2) 상법 제530조의 10,4) 구 법인세법 (2016. 12. 20. 법률 제14386호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제46조 제1항 5) 및

2017. 2. 7. 대통령령 제27835호로 구 상증세법 시행령 제54조 제4항 제2호 후단이 신설되기 전 기존의 예규들은 ‘ 적격분할 또는 비적격분할 여부와 관계없이 인적분할된 분할신설법인의 사업영위기간은 분할 전 분할법인의 사업개시일부터 기산한다 ’ 고 해석함이 타당하다. 따라서 비적격 인적분할된 이 사건 법인의 경우에도 사업영위기간이 분할법인의 사업개시일인

1986. 10. 1. 부터 기산하는 것으로 보아야 하고, 그 경우 이 사건 법인은 구 상증세법 시행령 제54조 제4항 제2호의 ‘ 사업개시 후 3 년 미만의 법인 ’ 에 해당하지 않는다 (이하 ‘ 제 2 주장 ’ 이라 한다).

3. 2017. 2. 7. 대통령령 제27835호로 신설된 구 상증세법 시행령 제54조 제4항 제2호 후단은

2017. 2. 7. 이후 상속이 개시되거나 증여받는 분부터 적용되는데, 이 사건 법인의 주식평가 기준일은

2016. 4. 30. 이므로 위 규정이 적용될 수 없다. 그럼에도 위 규정을 적용하여 이 사건 법인의 사업영위기간이 3 년 미만에 해당한다는 전제하에 이루어진 이 사건 처분은 구 국세기본법 제18조 제2항의 소급과세의 원칙 6) 을 위반하여 위법하다 (이하 ‘ 제 3 주장 ’ 이라 한다). 나. 제 1 주장에 관한 판단 제 1 심의 인정 사실, 제 1 심이 든 증거들에 변론 전체의 취지를 더하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정 등을 종합하면, 이 사건 조사가 이 사건 법인에 대한 통지의무를 위반하거나 재조사를 실시한 것으로서 위법한 세무조사에 해당한다고 볼 수 없다. 원고들의 제 1 주장은 받아들일 수 없다.

1. OO 지방국세청장은 이 사건 조사를 하면서 분할법인과 원고 AAA 을 조사대상으로 하였고, 이 사건 법인을 조사대상으로 삼지 않았다. OO 지방국세청장이 이 사건 조사 과정에서 분할법인으로부터 이 사건 주식의 평가 및 이 사건 법인의 분할 관련 자료를 제출받은 것으로 보이나, 이를 이 사건 법인에 대한 세무조사를 실시한 것으로 볼 수는 없다. 따라서 OO지방국세청장이 이 사건 조사 이후

2021. 5. 경 이 사건 법인에 대한 세무조사를 실시한 것이 구 국세기본법 제81조의 4 제2항을 위반한 재조사에 해당한다고 볼 수 없다. 2) 구 국세기본법 제81조의 7 제1항에 따르면 세무공무원은 ‘ 세무조사 ’ 를 하는 경우 ‘ 납세자 또는 납세관리인 ’ 에게 사전통지를 하여야 하고, 구 국세기본법 제81조의 12 제1항에 따르면 세무공무원은 ‘ 세무조사 ’ 를 마쳤을 때 ‘ 납세자 또는 납세관리인 ’ 에게 세무조사 결과를 통지하여야 하는데, OO 지방국세청장은 이 사건 조사를 하면서 조사대상이자 납세자인 분할법인과 원고 AAA 에게 위 각 규정에 따른 사전통지 및 결과통지를 하였다. 한편 앞서 본 것과 같이 이 사건 조사를 이 사건 법인에 대한 세무조사라고 볼 수 없으므로, OO 지방국세청장이 이 사건 조사 과정에서 이 사건 법인에는 사전통지 및 결과통지를 하지 않은 것이 위 각 규정을 위반하여 위법하다고 볼 수 없다. 다. 제 2 주장에 관한 판단 제 1 심의 인정 사실, 제 1 심이 든 증거들에 변론 전체의 취지를 더하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정 등을 종합하면, 이 사건 법인의 사업영위기간이 분할법인의 사업개시일인

1986. 10. 1. 부터 기산하여야 한다는 전제하에 이 사건 법인이 구 상증세법 시행령 제54조 제4항 제2호의 ‘ 사업개시 후 3 년 미만의 법인 ’ 에 해당하지 않는다고 볼 수는 없다. 원고들의 제 2 주장도 받아들이기 어렵다. 1) 상법 제530조의 10, 구 법인세법 제46조 제1항은 ‘ 분할신설법인의 사업개시일이 분할법인의 사업개시일부터 기산한다 ’ 는 것을 그 내용으로 하지 않는다. 또한 상법에서는 법인의 분할과 관련하여 적격분할과 비적격분할의 경우를 구분하여 규정하고 있지 않으나, 구 법인세법에서는 적격분할과 비적격분할의 경우를 구분하여 적격분할에 대하여는 과세이연의 혜택을 부여하고 있는바, 이 사건 주식에 관한 과세가 문제되는 이 사건에서 구 법인세법이 아닌 상법에 따라 적격분할과 비적격분할의 경우를 구분하지 않고 판단하는 것은 적절하지 않다. 따라서 위 각 규정을 근거로 ‘ 적격분할 또는 비적격분할 여부와 관계없이 인적분할된 분할신설법인의 사업영위기간은 분할법인의 사업개시일부터 기산한다 ’ 고 해석할 수는 없다. 2) 원고들이 구 상증세법 시행령 제54조 제4항 제2호 후단이 신설되기 전 적용되었다고 주장하는 기존의 예규들은 대부분 구 법인세법상 적격분할의 요건을 갖춘 법인을 전제로 적용해온 것으로 보이므로, 비적격분할된 분할법인의 분할에 적용할 수 있는 예규라고 보기 어렵다. 또한, 설령 위 예규들이 비적격분할된 분할법인의 분할에 적용된다고 하더라도, 위 예규들은 원고들에 대한 과세관청의 공적인 견해표명에 해당한다고 볼 수 없으므로, 피고가 위 예규들과 다르게 세법을 해석하여 이 사건 주식의 가액을 평가하였다고 하더라도 신의성실의 원칙에 위배된다고 볼 수도 없다. 구 상증세법 시행령 제54조 제4항 제2호 후단의 문언과 그 개정 이유에 비추어 볼 때, 분할신설법인의 사업개시일을 분할법인의 사업개시일부터 기산하는 것은 구 법인세법상 적격분할일 경우에만 가능하다고 해석함이 타당하고, 위 예규들을 근거로 이와 달리 구 법인세법상 비적격분할인 경우에도 분할신설법인의 사업개시일이 분할법인의 사업개시일부터 기산하는 것으로 해석함은 타당하지 않다. 라. 제 3 주장에 관한 판단 구 상증세법 시행령 부칙 제1조는 “ 이 영은 공포한 날부터 시행한다 ” 고 규정하고, 제2조는 “ 이 영은 이 영 시행 이후 상속이 개시되거나 증여받는 분부터 적용한다 ” 고 규정하였다. 이 사건 주식의 주식평가 기준일은

2016. 4. 30. 이므로

2017. 2. 7. 신설된 구 상증세법 시행령 제54조 제4항 제2호 후단은 적용될 수 없다. 이에 따라 OO지방국세청장은 구 상증세법 시행령 제54조 제4항 제2호의 후단을 적용하지 않고 전단만을 적용하여 ‘ 이 사건 법인의 사업영위기간은 이 사건 법인의 사업개시일부터 기산하므로, 이 사건 법인은 사업개시 후 3 년 미만의 법인에 해당한다 ’ 는 전제 하에 이 사건 주식의 1 주당 가액을 평가하였고, 피고는 이를 바탕으로 이 사건 처분을 하였다. 따라서 이 사건에서는 구 상증세법 시행령 제54조 제2항 제2호 후단의 적용과 관련한 소급과세금지의 원칙이 문제될 여지가 없다. 원고들의 제 3 주장 역시 받아들일 수 없다.

원고들의 청구는 이유 없어 모두 기각하여야 한다. 제 1 심판결은 이와 결론을 같이하여 정당하므로 원고들의 항소를 모두 기각한다.