별도의 채권과 상계된 이 사건 공사대금은 회수되지 않은 것을 전제로 하는 대손세액공제 대상에 해당하지 않음

사 건 2024누55503 대손세액공제신고부인처분취소 원 고 AA건설주식회사 피 고

○○세무서장 제1심판결 의정부지방법원 2024. 7. 23. 선고 2023구합127 판결 변 론 종 결

2025. 6. 5. 판 결 선 고

2025. 7. 17.

1. 원고의 항소를 기각한다.

2. 항소비용은 원고가 부담한다. 청구취지 및 항소취지 제1심판결을 취소한다. 피고가 2021. 6. 9. 원고에 대하여 한 대손세액 공제신고 부인처분을 취소한다.

1. 제1심판결의 인용 원고의 항소이유는 제1심에서의 주장과 크게 다르지 않고, 제1심에 제출된 증거들을 살펴보아도 제1심의 사실인정과 판단은 정당한 것으로 인정된다. 이에 이 법원의 판결 이유는, 아래와 같이 고쳐 쓰고, 원고가 이 법원에서 강조하거나 추가하는 주장에 관하여 아래 제2항과 같이 추가 판단하는 외에는 제1심판결의 이유 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 따라 약어 및 별지를 포함하여 이를 그대로 인용한다.

○ 제1심판결 제10쪽 4~5행, 제13쪽 2행의 각 "구 법인세법 시행령(2023. 12. 19. 대통령령 제34011호로 개정되기 전의 것)"을 "구 법인세법 시행령(2021. 2. 17. 대통령령 제31443호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)"으로 고쳐 쓴다. 1)

○ 제1심판결 제13쪽 15~17행 부분을 삭제한다.

• 가. 원고의 주장 요지

1. 구 법인세법 시행령 제19조의2 제1항 제10호, 부가가치세법 시행령 제87조 제2, 4항에 따르면 이 사건 미지급 공사대금은 대손금에 해당한다. 그럼에도 피고는 위 각 조항을 적용하지 않고 원고의 대손세액 공제신고를 부인하였고, 제1심판결에서도 위 각 조항을 적용하지 않고 원고의 청구를 기각하였다(이하 '제1주장'이라 한다).

2. BBB는 조세특례제한법 시행령 제121조의4 제2항 및 국세청 예규 등에 위반하여 관련 민사사건의 종결 전에 객관적 입증서류를 첨부하지 않고 ◇◇세무서에 허위의 거래사실확인 신청을 하였고, ◇◇세무서는 이에 대하여 보정요구 또는 거부 결정을 하지 않고 BBB의 거래사실확인 신청서 및 구비서류를 피고에 이관하였으며, 이를 이관받은 피고는 국세기본법 제18조 및 국세청 예규에 위반하여 원고에게 2012년 제2기 부가가치세 및 가산세를 경정·고지하였다. 제1심판결은 이와 같은 사정들을 고려하지 않고 원고의 청구를 기각하였으므로 위법하다(이하 '제2주장'이라 한다).

3. 피고는 원고가 대손세액 공제신고를 하였음에도 '부가가치세 환급신청에 대한 결과 통지'라는 제목으로 대손세액 공제신고를 부인한다는 결과를 통지하여, 마치 원고가 부가가치세 환급신청을 한 것처럼 사실을 호도하였다(이하 '제3주장'이라 한다). 2)

• 나. 구체적 판단

1. 제1주장에 대한 판단 가) 부가가치세법 제45조 제1항 본문 및 같은 법 시행령 제87조 제1항 제1호, 구 법인세법 시행령 제19조의2 제1항 제10호 에 따르면, 재판상 화해 등 확정판결과 같은 효력을 가지는 것으로서 기획재정부령으로 정하는 것에 따라 회수불능으로 확정된 채권은 대손금으로 인정되어 그에 관한 세액을 그 대손이 확정된 날이 속하는 과세기간의 매출세액에서 뺄 수 있다. 그러나 관련 민사사건에서 판단한 바와 같이, 이 사건 미지급 공사대금 채권은 BBB의 원고에 대한 별도의 채권과 대등액의 범위에서 상계되어 소멸하였다. 이와 같이 상계에 의해 이 사건 미지급 공사대금 채권이 실질적으로 회수되어 만족을 얻은 것으로 판단되는 이상 위 채권이 회수불능으로 확정되었다고 볼 수 없으므로, 이를 구 법인세법 시행령 제19조의2 제1항 제10호 에서 정한 대손금에 해당한다고 볼 수 없다. 나) 부가가치세법 시행령 제87조 제2항 에서는 부가가치세법 제57조 에 따른 결정 또는 경정으로 증가된 과세표준에 대하여 부가가치세액을 납부한 경우 해당 대손세액도 부가가치세법 제45조 에 따른 대손세액 공제의 범위에 포함된다는 취지로 정하고 있고, 같은 조 제4항에서는 대손세액 공제를 받고자 하는 사업자의 대손세액 공제신고방법을 정하고 있으나, 이는 모두 사업자가 공제받고자 하는 금액이 부가가치세법 제45조 제1항 본문 및 같은 법 시행령 제87조 제1항 각 호에 따른 대손세액에 해당함을 전제로 하는 것이다. 원고의 BBB에 대한 이 사건 미지급 공사대금 채권이 대손금에 해당하지 아니함은 앞서 본 바와 같으므로, 이 사건 처분에는 부가가치세법 시행령 제87조 제2항 및 제4항이 적용될 여지가 없다.

• 다) 따라서 이 사건 처분에 구 법인세법 시행령 제19조의2 제1항 제10호 및 부가가치세법 시행령 제87조 제2, 4항을 적용하지 않은 위법이 있다는 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

2. 제2주장에 대한 판단

• 가) 원고의 이 부분 주장은, 위법한 BBB의 거래사실확인 신청 및 ◇◇세무서와 피고의 업무 처리 등으로 말미암아 피고가 원고에게 2012년 제2기 부가가치세 및 가산세를 부과하였고, 그와 같은 위법·부당한 업무 처리의 결과로써 피고가 원고의 대손세액 공제신고를 부인하는 이 사건 처분을 하게 되었다는 취지로 해석된다.
• 나) 그러나 갑 제22호증의 기재에 의하면 피고는 결과적으로 BBB의 거래사실확인신청을 거부한 것으로 보이고, 원고가 제출한 증거들을 살펴보더라도 BBB의 ◇◇세무서에 대한 거래사실확인 신청 및 그에 관한 ◇◇세무서와 피고의 업무 처리가 이 사건 처분의 절차적·실체적 적법성에 어떠한 영향을 미쳤다고 보기 어렵다.
• 다) 원고는 이 부분 주장을 통해 피고의 원고에 대한 2012년 제2기 부가가치세및 가산세 부과처분이 위법하다고 주장하고 있는 것으로 보이나, 위 처분은 이미 관련 제1 행정사건에서 적법한 처분으로 판단되어 그 판결이 확정되었을 뿐 아니라, 원고의 주장만으로는 이 사건 미지급 공사대금이 대손금에 해당하는지 여부가 쟁점이 되는 이 사건이 위 부가가치세 부과처분의 적법성과 어떠한 연관성을 갖는 것인지 불분명하다. 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

3. 제3주장에 대한 판단

• 가) 앞서 든 증거들 및 변론 전체의 취지에 의하면, 원고는 매출세액을 대손세액 공제분인 -23,699,363원으로, 매입세액을 1,165,264원으로, 환급세액을 위 대손세액과 매입세액을 합한 24,864,627원으로 하여 2020년 제2기 부가가치세 확정신고를 하면서 (갑 제4호증) 부가가치세 확정신고서에 대손세액 23,699,363원의 공제를 신고하는 취지의 대손세액공제신고서를 첨부하여 피고에게 제출한 사실(갑 제3호증), 피고는 "부가가치세 환급신청에 대한 결과 통지"라는 제목으로 원고의 위와 같은 대손세액 공제신고를 부인하고 2020년 제2기 부가가치세 1,165,264원을 환급 결정하였다는 점을 원고에게 통지한 사실(갑 제6호증)을 인정할 수 있다.
• 나) 위 인정사실에 의하면, 원고가 2020년 제2기 매출세액에서 대손세액을 공제할 경우 부가가치세가 환급되어야 한다는 취지로 부가가치세 확정신고 및 대손세액 공제신고를 하였고, 이에 대하여 피고는 원고가 신고한 대손세액이 인정될 수 없다는 전제하에 원고에 대한 부가가치세 환급세액을 결정하여 이 사건 처분을 한 것인바, 피고가 원고의 대손세액 공제신고를 부인함에 있어 취한 위와 같은 형식에 어떠한 위법이 있다고 보기 어렵다. 원고의 이 부분 주장도 받아들일 수 없다.

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없어 기각하여야 한다. 제1심판결은 이와 결론을 같이하여 정당하므로, 원고의 항소는 이유 없어 기각한다. 1) 이 사건 처분이 2020년 제2기 부가가치세에 관한 대손세액 공제신고 부인처분이므로, 그 납세의무의 성립시기인 2020. 12. 31. 당시 시행 중인 법령으로 적용법령을 고쳐 쓴다. 2) 그 외에도 원고는 이 사건 미지급 공사대금 채권의 채권자가 원고임에도 제1심판결에서 원고를 채무 자로 기재하는 등 제1심판결에 사실과 달리 기재되거나 그 기재가 누락된 내용이 있다고도 주장한다. 그러나 원고가 주장하는 사정들이 이 사건의 결론에 영향을 미칠 수 있는 사유라고 볼 수 없고, 제1심판결이 사실과 다른 내용을 기재하거나 판단에 필요한 사실의 기재를 누락한 바도 없다고 판단되므로, 원고의 위와 같은 주장에 대해서는 따로 판단하지 아니한다.