1. 처분의 경위, 2. 관계 법령 이 법원이 이 부분에 관하여 설시할 이유는, 제1심판결 이유 중 해당 부분 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 약어와 별지를 포함하여 이를 그대로 인용한다.
3. 이 사건 거부처분의 적법 여부
- 가. 원고 주장의 요지 구 법인세법 제29조 제1항 에 따르면, 비영리내국법인이 각 사업연도에 그 법인의 고유목적사업 등에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우에는 일정 한도액 범위 안에서 이를 손금에 산입할 수 있는데, 원고와 같은 학교법인은 구 조세특례제한법 제74조 제1항 에 따라 구 법인세법 제29조 제1항 제4호 에 따른 한도율 제한을 받지 않게 되어 결국 수익사업에서 발생한 소득금액 전액이 고유목적사업준비금 법정 한도액으로 인정받게 된다. 그런데 이 사건 부동산의 양도에 따른 처분금의 용도가 ‘수익용 기본재산의 대체 취득’으로 제한되어 있다고 하더라도, 기본적으로 이 사건 부동산 양도차익은 구 법인세법 제3조 에 따른 수익사업에서 발생한 소득에 해당하므로, 이를 이 사건 준비금 한도액에서 제외할 법적인 근거가 전혀 없다. 그럼에도 불구하고 피고는 아무런 법적 근거도 없이 이 사건 준비금 한도액에서 이 사건 부동산 양도차익은 제외되어야 한다는 잘못된 전제에서 원고의 경정청구를 거부하는 이 사건 거부처분을 하였다. 따라서 조세법률주의를 위반하여 이루어진 피고의 이 사건 거부처분은 위법하여 취소되어야 한다.
- 나. 판단
1. 관련 규정 및 법리
- 가) 구 법인세법 제29조 제1항 은 ‘비영리내국법인이 각 사업연도에 그 법인의 고유목적사업 등에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우에는 다음 각호의 금액을 합한 금액의 범위에서 그 사업연도의 소득금액을 계산할 때 이를 손금에 산입한다.’고 규정하면서, 제4호에서 ‘제1호부터 제3호까지에 규정된 것 외의 수익사업에서 발생한 소득에 100분의 50을 곱하여 산출한 금액’을 합산하도록 정하고 있는데, 고유목적사업준비금의 손금산입 특례규정인 구 조세특례제한법 제74조 제1항 제1호 는 ‘사립학교법에 따른 학교법인에 대해서는 구 법인세법 제29조 제1항 제4호 에도 불구하고 해당 법인의 수익사업에서 발생한 소득을 고유목적사업준비금으로 손금에 산입할 수 있다.’고 규정하고 있다.
- 나) 또한 구 법인세법 제29조 제8항 은 ‘수익사업에서 발생한 소득의 계산 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.’고 규정하고 있고, 그 위임에 따른 구 법인세법 시행령(2019. 2. 12. 대통령령 제29529호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제56조 제3항은 “법 제29조 제1항 제4호에서 ‘수익사업에서 발생한 소득’이란 해당 사업연도의 수익사업에서 발생한 소득금액(고유목적사업준비금과 법 제24조 제2항에 따른 기부금을 손금에 산입하기 전의 소득금액을 말한다)에서 법 제29조 제1항 제1호부터 제3호까지의 규정에 따른 금액 및 법 제13조 제1호에 따른 결손금과 법 제24조 제2항에 따른 기부금을 뺀 금액을 말한다.”라고 규정하고 있다.
- 다) 한편 구 법인세법 제29조 제4항 제4호 는 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 사업연도의 종료일 이후 5년이 되는 날까지 고유목적사업 등에 사용하지 아니한 경우에는 그 잔액을 해당 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입하도록 규정하고 있다. 이는 비영리내국법인이 고유목적사업준비금으로 계상한 부분에 대하여 고유목적사업 등에 지출하기 전이라도 미리 손금에 산입할 수 있도록 허용하는 대신 고유목적사업준비금을 손금에 계상한 사업연도의 종료일 이후 5년이 되는 날까지는 고유목적사업 등에 지출이 이루어져야 한다는 점을 전제로 하여 위 기간 동안 과세를 이연함으로써 비영리내국법인이 공익사업을 원활하게 수행할 수 있도록 하기 위한 것이다(대법원 2017. 3. 9. 선고 2016두59249 판결 등 참조).
2. 구체적 판단
- 가) 위에서 본 법리와 관련 규정의 문언 내용 및 체계, 구 법인세법은 고유목적 사업준비금을 일정 한도액의 범위 안에서 수익사업의 손금에 산입할 수 있도록 한 취지를 관철하기 위한 원칙적인 수단으로 과세관청의 사후관리 제도를 마련하고 있는 점, 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하는 점(대법원 2017. 9. 7. 선고 2016두35083 판결 등 참조) 등을 종합하면, 고유목적사업준비금 손금산입한도액에 포함되는 ‘수익사업에서 발생한 소득’은 구 법인세법 시행령 제56조 제3항 에 따라 ‘해당 사업연도의 수익사업에서 발생한 소득금액’에서 ‘구 법인세법 제29조 제1항 제1호 부터 제3호까지의 규정에 따른 금액, 구 법인세법 제13조 제1호 에 따른 결손금 및 구 법인세법 제24조 제2항 에 따른 기부금’을 각각 차감하여 계산하여야 하고, 그 문언과 달리 어떠한 소득금액이 해당 사업연도의 수익사업에서 발생한 것임에도 장차 고유목적사업 등에 지출될 가능성이 없다는 이유로 고유목적사업준비금 손금산입한도액에서 제외되어야 한다고 볼 수는 없다.
- 나) 앞서 본 사실관계를 위 법리 등에 비추어 살펴보면, 이 사건 부동산 양도차익은 20xx 사업연도의 수익사업에서 발생한 소득금액으로서 구 법인세법 시행령 제56조 제3항 에 따른 차감대상 금액에 해당하지 않으므로, 구 법인세법 제29조 제1항 제4호 의 ‘수익사업에서 발생한 소득’으로서 20xx 사업연도의 고유목적사업준비금 손금산입한도액에 포함된다고 보아야 한다. 따라서 피고가 이 사건 부동산 양도차익이 구 법인세법 제29조 제1항 제4호 에서 규정하는 기타수익사업소득에 해당할 수 없어 20xx 사업연도의 고유목적사업준비금 손금산입한도액에서 제외되어야 한다는 이유로 이 사건 거부처분을 한 것은 구 법인세법 제29조 제1항 에 따른 고유목적사업준비금 손금산입한도액 산정 등에 관한 법리를 오해한 것으로서 위법하므로, 원고의 주장은 이유 있다.
- 다) 이에 대하여 피고는, 구 법인세법 제29조 제1항 의 고유목적사업준비금 손금산입 규정은 고유목적사업에 지출할 계획을 갖고 있는 경우, 즉 지출계획을 전제로 하여 고유목적사업에 지출하기 전에 미리 손금으로 인정해주는 예외적인 규정에 해당한다는 취지로 주장한다. 그러나 행정소송법 제8조 제2항, 법원조직법 제8조, 민사소송법 제436조 제2항 후문을 종합하면, 상고심으로부터 사건을 환송받은 법원은 그 사건을 재판할 때 상고법원이 파기의 이유로 삼은 사실상 및 법률상 판단에 대하여 환송후 심리과정에서 새로운 증거가 제시되어 기속적 판단의 기초가 된 증거관계에 변동이 생기지 않는 한 이에 기속된다고 보아야 한다(대법원 1997. 2. 28. 선고 95다49233 판결, 대법원 1997.7. 11. 선고 97다14934 판결 등 참조). 위 법리에 비추어 보건대, 이 사건 환송판결의 파기이유는 “고유목적사업준비금 손금산입한도액에 포함되는 ‘수익사업에서 발생한 소득’은 구 법인세법 시행령 제56조 제3항 에 따라 ‘해당 사업연도의 수익사업에서 발생한 소득금액’에서 ‘구 법인세법 제29조 제1항 제1호 부터 제3호까지의 규정에 따른 금액, 구 법인세법 제13조 제1호 에 따른 결손금 및 구 법인세법 제24조 제2항 에 따른 기부금’을 각각 차감하여 계산하여야 하고, 그 문언과 달리 어떠한 소득금액이 해당 사업연도의 수익사업에서 발생한 것임에도 장차 고유목적사업 등에 지출될 가능성이 없다는 이유로 고유목적사업준비금 손금산입한도액에서 제외되어야 한다고 볼 수는 없다”는 것으로, 이는 상고심 법원의 법률상 판단에 해당하는데, 환송 후 이 법원의 심리과정에서 이에 관하여 새로운 주장이나증거가 제출되어 상고심 법원의 기속적 판단의 기초가 된 사실관계에 변동이 생겼다고볼 수 없는 이 사건에서, 환송후 당심으로서는 파기환송 판결의 기속력에 따라 이에 배치되는 판단을 할 수 없으므로, 피고의 위 주장은 이유 없다.