2. 추가 판단
- 가. (1) 피고는, 당심에서 원고가 과세사업, 비과세사업 겸영사업자로서 각 사업에 매입가액이 공통으로 지출되어 실지귀속을 구분할 수 없다는 점에 관하여 원고에게 증명책임이 있다고 주장한다.
(2) 감액경정청구를 받은 과세관청으로서는, 과세표준신고서에 기재한 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 객관적으로 정당한 과세표준 및 세액을 초과하는지 조사․확인할 의무가 있으므로, 통상의 과세처분 취소소송과 마찬가지로, 감액경정청구에 대한 거부처분 취소소송 역시, 그 거부처분의 실체적․절차적 위법 사유를 취소원인으로 하는 것으로서, 그 심판의 대상은 과세표준신고서에 기재한 과세표준 및 세액의 객관적인 존부이다(대법원 2008. 12. 24. 선고 2006두13497 판결 등 참조). 신고납세방식의 조세에서, 납세의무자가, 이미 신고한 과세표준과 세액이 잘못되었다며 이를 감액 경정하여 달라고 과세관청에 청구하는 경우, 경정청구 과정에서 당초 과세표준과 세액의 신고를 잘못한 것임을 뒷받침할 자료를 제출해야 하는 책임은 납세의무자에게 있지만, 납세의무자가 당초 신고한 과세표준 및 세액에 오류가 있다는 사정을 일응 합리적으로 수긍할 수 있을 정도로 밝힌 경우에는 과세관청이 경정청구 사유가 없다는 점을 입증하여야 한다고 봄이 타당하다(대법원이 심리불속행 상고기각판결로써 확정한 서울고등법원 2020. 10. 23. 선고 2019누67519 판결 참조).
(3) 살피건대, 부가가치세법 제40조 는 ‘사업자가 과세사업과 면세사업등을 겸영하는 경우에 과세사업과 면세사업등에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속에 따라 하되, 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 “공통매입세액”이라 한다)은 … 안분하여 계산한다’고 정하고 있다. 피고는 ‘원고가 해당 금액이 과세사업에도 사용되었고, 비과세사업에도 사용되었다는 점을 입증해야 한다’고 주장하나, 법문상 공통매입세액이 과세사업 및 비과세사업에 공통으로 지출되었을 것을 요하는 것은 아니고, 과세사업에 관련된 것인지, 비과세사업에 관련된 것인지 실지귀속을 명확히 구분할 수 없으면 족하다. 위 규정은 사업자가 실지귀속을 명확히 구분할 수 없는 금액에 대하여도 부가가치세법 시행령 제81조 가 정한 기준에 따라 안분 계산된 부분을 제외한 나머지 부분에 관하여 세액 공제를 받을 수 있도록 함으로써 매입세액의 실지귀속에 관한 사업자의 증명책임을 완화하는 취지의 규정으로 해석할 수 있다. 이 사건의 경우, 앞서 본 바에 따르면, 원고가 당초 신고한 부가가치세 과세표준 및 세액에 오류가 있다는 사정을 일응 합리적으로 수긍할 수 있을 정도로 밝혔다고 볼 수 있으므로, 원고가 일정한 금액을 양 사업에 공통으로 지출한 사실까지 증명하지 못한다는 이유만으로 해당 금액이 모두 비과세사업에 지출된 것으로 볼 수는 없다. 이와 다른 전제의 피고의 주장은 받아들일 수 없다.
(4) 피고는, 원고의 공통매입가액 중 가장 큰 비중을 차지하는 용역비와 임차료의 대부분이 자회사의 경영관리업무 사업을 위한 것이라면 이와 관련한 매입세액은 비과세사업에 관련된 매입세액이므로 불공제대상이라고 주장하면서 @@@aaa와 @@@은행을 그 예로 들고 있다(을 제9, 10, 11호증 참조). 살피건대 원고는 ‘그룹공통업무시스템 유지보수계약’. ‘그룹공통업무 도급계약’, ‘@@@금융지주 SDII 용역 계약’ 등의 명목으로 @@@aaa(변경 전 명칭: @@@데이타시스템)에게 용역비 ##,###,##(원고가 주장하는 전체 공통매입가액의 AA%)을 지급하였는데, 피고는 그 대부분이 그룹공통의 경영관리업무에 관한 비용이므로 비과세사업에 실지귀속된다고 주장하는 것이다. 위 항목들 중 ‘그룹공통업무’ 관련 용역비 일부는 원고의 자회사 경영관리 업무(비과세사업)와 주로 관련이 있을 것으로 보이기는 한다. 그러나 이 사건 기록상 ‘그룹공통업무’의 의미와 범위를 특정할 수 있는 자료가 없고 ‘그룹공통업무’에 브랜드 관련 업무가 포함되어 있을 가능성도 배제할 수 없으므로, 위 비용 전체를 원고의 브랜드 수수료 사업(과세사업)과 무관하다고 단정하여 공통매입세액에서 제외하기는 어렵다고 할 것이다. 한편, 피고는 원고의 전체 브랜드 수수료 매출액 대비 @@@aaa로부터 받은 브랜드수수료(즉, 과세사업 관련 매출)가 0% 수준(##,###,## 중 ##,,000원)으로 미미하므로, 원고가 @@@aaa에 지급한 용역비 대부분이 비과세사업에 실지귀속된다는 취지로도 주장한다. 그러나 통상 자회사가 지주회사에게 지급하는 브랜드 수수료는 해당 자회사의 영업수익에 일정한 사용료율을 곱하는 방식으로 책정되므로, @@@aaa가 원고에게 지급한 수수료가 소액이었던 것은 @@@aaa의 영업수익이 적었기 때문이고 원고가 @@@aaa에 지급한 용역비의 용도 및 목적과는 직접적인 관련이 없어 보인다. 원고가 공통매입세액으로 주장하는 용역비 중 @@@aaa에 지급한 것을 제외한 나머지는 대부분 회계‧법률‧세무 자문비용인데, 만약 원고가 하나의 법인에 과세사업에 관한 자문과 비과세사업에 관한 자문을 동시에 의뢰하면서 각 자문에 소요되는 비용을 구분하여 정하지 않았다면, 해당 자문비용의 실지귀속을 구분할 수 없는 것은 불가피하다. 나아가 원고가 @@@은행에 지급한 임차료 총 #,###,###,##(원고가 주장하는 공통매입가액의 7.4%)에 대해서도 보건대, 매입세금계산서 내역(을 제10호증) 중 ① 매월 ##,###,## 정기적으로 지급한 부분은 원고가 @@@은행 본점 건물을 사무실로 사용하면서 납부한 임차료로 보이고(기록상 원고의 주소가 @@@은행 본점으로 되어 있음), ② ‘연수원 임대료’ 명목으로 지급한 나머지 부분은 원고가 @@@은행 연수원에서 직원 워크숍 등 사내 행사를 하기 위하여 지급한 임차료로 보인다. 원고는 과세사업과 비과세사업을 겸영하고 있으므로 원고가 업무공간 또는 행사공간을 임차하기 위하여 지출한 임차료는 원고가 해당 공간에서 오로지 과세사업만 수행하였거나 비과세사업만 수행하였다고 볼 만한 정황이 없는 이상 실지귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액으로 봄이 상당하다. 피고의 이 부분 주장도 그대로 받아들일 수 없다.
- 나. 피고는, 부가가치세법 제71조 제2항 (사업자가 부가가치세가 과세되는 재화 또는 용역의 공급과 함께 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하거나 제42조 제1항을 적용받는 경우에는 과세되는 공급과 면세되는 공급 및 면세농산물등을 공급받은 사실을 각각 구분하여 장부에 기록하여야 한다)을 이유로 원고가 과세사업에 지출한 매입가액과 비과세사업에 지출한 매입가액을 구분한 자료를 제출해야 한다고 주장한다. 그러나 위 규정은 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 관한 것으로서 부가가치세 과세대상인 재화 등과 함께 면세대상인 재화 등을 공급하는 사업자에게 구분기장 의무를 부과할 뿐이고 과세대상 재화 등과 비과세대상 용역을 함께 공급한 자에 대하여는 구분기장의무를 부과하고 있지 않은바, 이 사건 원고는 과세사업과 비과세사업을 겸영하고 있으므로 원고에게 위 규정이 바로 적용된다고 보기 어렵다. 또한 원고가 성실하게 장부를 기록하였더라도 다수의 사업을 겸영하는 경우 실지귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액이 발생하는 것은 자연스럽고 불가피하며, 부가가치세법은 이와 같은 상황을 전제로 제40조에서 공통매입세액에 관한 안분에 관한 내용을 정하고 있는 것으로 보이므로, 피고의 이 부분 주장도 그대로 받아들일 수 없다. 피고는, 원고가 당초 과세․면세․비과세를 구분하여 기장하고 이를 기초로 부가가치세 신고와 법인세 신고를 하였으므로 이 사건 자금지원 용역의 대가를 충분히 특정할 수 있음에도 그에 관한 각종 서류를 1) 제출해달라는 피고의 석명요청에 응하지 않으므로 공통매입세액을 인정하기 어렵다는 취지로도 주장한다. 그런데 관련 판결의 취지는 ‘원고의 자회사 자금지원지침에서 조달금리, 조달부대비용, 대손충당금 적립비율,업무원가만을 더한 금액을 대출이자율로 정하고 있고, 거기에 별도의 수수료 명목의 금전이 포함되어 있지 않으므로 원고가 받은 이 사건 대여이자 전부를 곧바로 비과세 사업에 해당하는 용역의 공급에 대한 대가로 볼 수 없다’는 것인바, 이 사건 자금지원 용역의 대가를 특정할 수 없는 것은 그 대가가 이 사건 대여이자에 녹아 있기 때문으로 보인다. 원고는 당초 이 사건 대여이자 전부를 면세공급가액으로 보아 부가가치세를 신고 및 납부하였을 뿐 이 사건 대여이자 중 이 사건 자금지원 용역의 대가에 해당하는 부분을 특정하여 면세공급가액을 산정하였던 것으로 보이지는 않는다. 부가가치세법은 은행업자 등이 자금을 융통하는 등의 용역을 제공하고 그에 따라 이자 명목으로 받은 돈에는 위와 같은 용역의 대가 이외에도 다른 요소들이 섞여 있으므로 받은 돈 전부를 곧바로 용역 공급에 대한 대가로 볼 수 없고 용역 공급의 대가만을 구분해 내기도 어려운 사정 등을 고려하여 부가가치세를 면제하고 있는바, 이와 같이 구분이 어려운 사정은 원고와 같이 자회사에게 자금을 지원하고 이자를 받는 금융지주회사의 경우에도 다르지 않다고 할 것이다. 따라서 위와 같은 요청에 제대로 응하지 않았다고 해서 공통매입세액이 전액 불공제되어야 한다는 취지의 주장을 받아들이기는 어렵다.
- 다. 피고는, 이 사건 대여이자에 이 사건 자금지원 용역의 공급에 대한 대가가 없다고 할지라도 부가가치세법 시행령 제81조 제1항 에 따라 공급가액 비율에 의한 공통매입세액 안분기준을 적용할 수 없는 경우에는, 같은 시행령 제81조 제4항 제1호에 따라 총매입가액에 대한 면세사업등에 관련된 매입가액의 비율로 안분할 수 있다고 주장한다. 2) 그러나 제출된 자료에 의하여 적법하게 부과할 정당한 세액을 산출할 수 없는 경우에는 과세처분 전부를 취소할 수밖에 없으며, 그 경우 법원이 직권에 의하여 적극적으로 납세의무자에게 귀속할 세액을 찾아내어 부과할 정당한 세액을 계산할 의무까지 지는 것은 아닌바, 경정거부취소소송에서도 적법하게 부과할 정당한 세액을 산출할 만한 자료가 없는 이상, 위 법리에 따라 법원은 원칙적으로 과세처분 전부를 취소할 수밖에 없다고 할 것인데, 피고가 부가가치세법 시행령 제81조 제4항 에 근거하여 매입가액 비율 안분계산으로 제시한 내역은 면세사업등에 관련된 매입가액이 불분명하여 이를 그대로 받아들일 수 없다. 피고의 이 부분 주장도 이유 없다.