구 법인세법 시행령 제11조 제9호 ‘특수관계인’에는 개인 주주도 포함됨

서 울 고 등 법 원 제 3 행 정 부 판 결 사 건 2024누47274 법인세부과처분등취소 원고, 피항소인 주식회사 AA 피고, 항소인 BB세무서장 제 1 심 판 결 서울행정법원 2022. 6. 16. 선고 2021구합53900 판결 환송전 판결 서울고등법원 2023. 3. 21. 선고 2022누53299 판결 환 송 판 결 대법원 2024. 6. 13. 선고 2023두39809 판결 변 론 종 결 2025. 8. 14. 판 결 선 고 2025. 11. 27.

1. 제1심판결을 다음과 같이 변경한다.

• 가. 피고가 2017. 8. 9. 원고에 대하여 한 2014사업연도 법인세 xxx원(가산세 xxx원 포함) 증액경정처분 중 xxx원(가산세 xxx원 포함)을 초과하는 부분을 취소한다.
• 나. 피고가 2017. 10. 24. 원고에 대하여 한 2013사업연도 법인세에 관한 결손금 xxx원 감액경정처분 중 xxx원 부분을 취소한다.
• 다. 원고의 각 나머지 청구를 기각한다.

2. 소송총비용은 각자 부담한다. 청구취지 및 항소취지

피고가 2017. 8. 9. 원고에 대하여 한 2014사업연도 법인세 xxx원(가산세 xxx원 포함)의 증액경정처분 및 2017. 10. 25. 원고에 대하여 한 2013사업연도 법인세에 관한 결손금 xxx원의 감액경정처분을 각 취소한다.

제1심판결 중 피고 패소 부분을 취소하고, 그 취소 부분에 해당하는 원고의 청구를 기각한다[제1심은 청구취지 기재 각 처분의 취소를 구하는 원고의 청구에 대하여, ‘2014사업연도 법인세 xxx원(가산세 xxx원 포함)의 증액경정처분 중 xxx원(가산세 xxx원 포함)을 초과하는 부분과 2013사업연도 법인세에 관한 결손금 xxx원의 감액경정처분 중 xxx원 부분’을 취소하며 원고의 청구 중 일부를 인용하고 나머지를 기각하였으며, 피고는 그중 피고 패소 부분에 대해서만 항소하였다].

이 법원이 이 부분에 관하여 적을 이유는, 아래와 같이 일부 고치는 것 외에는 제1심판결 이유 중 해당 부분 기재(제1심판결 이유 제2면 제9행부터 제7면 제4행까지)와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 따라 약어를 포함하여 그대로 인용한다. 【고치는 부분】

○ 제1심판결 제5면 제7행의 “각 847,748주을”를 “847,748주를”로 고친다.

○ 제1심판결 제5면 제20행부터 제6면 제9행까지를 아래『 』와 같이 고친다. 『자. 한편, 이 사건 세무조사에 앞서 DD지방국세청장은 2016. 5. 2. 원고에게, CC 주식 등의 변동 과정에서 ‘2013년, 2014년 신주인수권 행사시 저가 신주를 사채발행시점 자기지분을 초과하여 인수한 혐의’와 관련하여 사실관계가 미비 또는 불분명한 사항이 있어 정확한 사실관계를 확인하고자, 해명(보완)자료로서 ‘2013년, 2014년 신주인수권증권 행사 관련 서류 일체’를 2016. 5. 13.까지 제출하여 달라는 취지로, “주식등 변동에 관한 해명(보완)자료 제출 안내”라는 제목의 서면을 보냈다(이하 ‘이 사건 자료 제출 요청’이라 한다). 위 서면에는 원고의 “주식등 변동사항에 관한 구체적인 거래내용을 확인하기 위해 실지조사 등의 번거로운 절차 없이 협조를 요청하는 것”이며, “기한 내에 해명(보완)자료를 제출하지 아니하거나 제출한 자료가 사실관계 확인에 충분하지 않을 경우에는 세무조사를 실시할 수 있음”을 알린다는 취지의 문구가 있다.』

○ 제1심판결 제6면 제18행의 “이 사건 1차 조사”를 “이 사건 자료 제출 요청”으로 고친다.

• 가. 당사자의 주장 요지

1. 원고

• 가) 이 사건 세무조사는 이 사건 자료 제출 요청과 겹치는 것으로서, 구 국세기본법(2017. 12. 19. 법률 제15220호로 개정하기 전의 것, 이하 같다) 제81조의4에서 금지하는 재조사에 해당한다.
• 나) 이 사건 사채는 시가로 발행되었고, 그 발행 및 이 사건 신주인수권의 행사에는 경제적 합리성이 인정된다. 원고가 이 사건 신주인수권을 행사하여 시가보다 낮은 가격에 이 사건 신주를 취득함으로써 이익을 얻었다고 하더라도, 원고에 대하여는 부당행위계산 부인 규정이 적용될 수 없으며, 이 사건 신주인수권의 행사가액과 당시 시가의 차액은 과세대상이 될 수 없다. 또한 원고는 CC ‘법인’이 아닌 CC의 ‘개인 주주들’로부터 이익을 분여받았으므로, 이익 분여자가 법인인 경우에만 적용되는 ‘구 법인세법 시행령 제11조 제9호, 제88조 제1항 제8호의2’가 적용될 수 없다. 피고는 당초 원고가 ‘CC’으로부터 이익을 분여받았다고 주장하면서 이 사건 처분을 하였다가, 이 사건 소송에 이르러 ‘CC’이 아닌 ‘개인 주주들’로부터 이익을 분여받은 것으로 처분사유를 변경하였다. 위와 같이 변경된 처분사유는 당초 처분사유와 동일성이 없으므로 적법한 처분사유의 변경으로 볼 수 없다.

2. 피고

• 가) 이 사건 자료 제출 요청은 소명자료의 제출을 요청하는 1회의 공문 발송에 불과하여 그 실질이 세무조사라고 할 수 없고, 따라서 이 사건 세무조사는 구 국세기본법이 금지하는 재조사에 해당하지 않는다.
• 나) 구 법인세법 시행령 제11조 제9호 는 같은 시행령 제88조 제1항 제8호의2에 따른 자본거래로 특수관계인으로부터 분여받은 이익을 수익으로 보아 익금에 산입할 수 있도록 규정하고 있고, 이때 ‘이익을 분여한 특수관계인’은 법인 주주 뿐 아니라 개인 주주까지 포함한다고 보아야 한다. 원고는 이 사건 신주인수권의 행사로, 지분율에 따라 배정받을 수 있는 수를 초과하여, 시가보다 낮은 가액으로 이 사건 신주를 인수함으로써, 원고와 특수관계에 있는 CC의 개인 주주들로부터 이익을 분여받았고, 이는 구 법인세법 시행령 제88조 제1항 제8호 의2 소정의 ‘ ｢ 상속세 및 증여세법 ｣ 제40조 제1항에 따른 전환사채등에 의한 주식의 전환·인수·교환 등 법인의 자본(출자액을 포함한다)을 증가시키거나 감소시키는 거래를 통하여 법인의 이익을 분여’한 경우에 해당한다. 따라서 이 사건 신주인수권의 행사가액과 당시 시가의 차액은 원고가 분여받은 이익에 해당하며, 익금에 산입하여야 한다.
• 나. 관계 법령 제1심판결의 별지 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 따라 이를 인용한다.
• 다. 판단

1. 이 사건 세무조사가 중복세무조사에 해당하는지 여부

• 가) 세무공무원의 조사행위가 이후의 재조사를 금지하는 ‘세무조사’에 해당하는지는 조사의 목적과 실시 경위, 질문 조사의 대상과 방법 및 내용, 조사를 통하여 획득한 자료, 조사행위의 규모와 기간 등을 종합 고려하여 구체적 사안마다 개별적으로 판단하여야 한다(대법원 2017. 3. 16. 선고 2014두8360 판결, 대법원 2017. 4. 13. 선고 2016두64043 판결 등 참조).
• 나) 위에서 인정한 사실 및 앞서 든 증거와 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정을 관련 법리에 비추어 살펴보면, 이 사건 자료 제출 요청은 이 사건 사채의 발행이나 이 사건 신주인수권의 행사와 관련하여 세무조사를 실시하기 전에 사실관계 확인 차원에서 자료 협조를 요청한 것으로 봄이 타당하며, 이를 재조사 금지의 전제가 되는 ‘세무조사’로 볼 수 없다. 따라서 이 사건 세무조사는 구 국세기본법 제81조의4 제2항 소정의 재조사에 해당하지 않는다. 이에 반하는 원고의 이 부분 주장은 이유 없다. ⑴ 이 사건 자료 제출 요청과 관련하여, DD지방국세청장이 한 일은 원고 보유 CC 주식의 변동에 관한 사실관계 확인을 위하여 자료의 제출을 요청하는 공문의 1회 발송뿐이고, 원고의 사무실·사업장·공장 또는 주소지 등에서 원고의 대표자, 임직원 등을 직접 접촉하여 과세표준이나 세액 결정에 관련이 있는 질문을 하는 등의 추가적인 조사행위로 나아갔던 것으로 보기는 어렵다(당심 증인 EE의 증언은 당시 CC의 직원이었던 자신이 DD지방국세청이 요구한 자료를 원고를 대신하여 제출하면서 그 기회에 관련 내용을 설명하였다는 취지에 불과하다). ⑵ 이 사건 자료 제출 요청 공문에는 ‘원고 보유 CC 주식의 변동에 관하여 사실관계 확인을 위하여 자료를 요청하는 것으로 실지조사의 절차 없이 협조를 구하는 것’이라는 취지가 명시적으로 기재되어 있다. ⑶ 원고가 이 사건 자료 제출 요청을 받고 DD지방국세청에 제출한 자료는 ‘이 사건 사채 인수계약서, 예상발행가액 산정표, 이 사건 신주인수권 매매계약서 및 매매보고서, 신주인수권 행사 청구서, 행사가액 결정 및 행사결과에 관한 자료’ 등이다. 원고의 주장에 의하더라도 이 사건 사채와 관련한 거래는 경영상의 어려움을 타개하기 위한 중요 거래로서, 원고로서는 이에 관한 핵심 자료를 당연히 보관·관리하고 있었을 것이므로, 원고의 입장에서 그 제출을 준비하면서 감수한 부담이 영업의 자유를 실질적으로 제한할 정도에 이르렀다고 보기도 어렵다. ⑷ 원고가 EE을 통하여 DD지방국세청장에게 요청받은 자료를 제출하면서 그에 관한 간략한 설명을 했다 하여도, 이는 전체적으로 과세관청의 요구에 응하여 자발적으로 해명자료를 제출한 일련의 행위 중 일부로 평가할 수 있을 뿐이다. ⑸ 이 사건 자료 제출 요청의 공문에는 ‘기한 내에 자료를 제출하지 아니하거나 제출한 자료가 확인에 불충분한 경우 세무조사를 실시할 수 있음’을 알리는 취지의 문구가 기재되어 있기는 하나, 이러한 정도의 경고문구가 있다는 것만으로 이 사건 공문이 원고에게 질문·조사·검사에 대한 수인의무를 부여한 것이라고 볼 수 없다.

2. 구 법인세법 시행령 제11조 제9호, 제88조 제1항 제8호의2의 적용 여부

• 가) 이익 분여자인 ‘특수관계인’이 법인으로 한정되는지 여부 ⑴ 원고는 구 법인세법 시행령 제11조 제9호 (이하 ‘이 사건 규정’이라 한다)를 적용함에 있어 이익 분여자인 ‘특수관계인’에 법인 주주만 포함된다는 전제에서, 이 사건 처분이 위법하다는 취지로 주장한다. ⑵ 구 법인세법 제15조 제1항 은 익금을 ‘자본 또는 출자의 납입 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 수익의 금액’으로 규정하고, 같은 조 제3항의 위임에 따른 이 사건 규정은 그러한 수익의 하나로 ‘구 법인세법 시행령 제88조 제1항 제8호 각 목의 어느 하나 및 같은 항 제8호의2에 따른 자본거래로 인하여 특수관계인으로부터 분여받은 이익’을 들고 있다. 그리고 구 법인세법 시행령 제88조 제1항 제8호 의2(이하 ‘제8호의2’라고만 한다)는 부당행위계산의 유형으로 ‘제8호 외의 경우로서 증자·감자, 합병·분할, ｢ 상속세 및 증여세법 ｣ 제40조 제1항에 따른 전환사채 등에 의한 주식의 전환·인수·교환 등 법인의 자본을 증가시키거나 감소시키는 거래를 통하여 법인의 이익을 분여하였다고 인정되는 경우’를 들고 있다. ⑶ 이러한 관련 규정의 문언과 체계, 개정연혁 등에 비추어 보면, 이 사건 규정에서 말하는 ‘특수관계인’은 법인 주주뿐만 아니라 개인 주주도 포함한다고 해석하여야 한다. 구체적인 이유는 다음과 같다. ㈎ 이 사건 규정은 ‘제8호의2에 따른 자본거래로 인하여 특수관계인으로부터 분여받은 이익’을 수익의 하나로 규정하면서 이익을 분여한 ‘특수관계인’을 ‘주주 등인 법인’과 같이 법인 주주로 한정하고 있지 않다. ㈏ 이 사건 규정의 ‘제8호의2에 따른 자본거래’는, 제8호의2의 ‘제8호 외의 경우로서 증자·감자, 합병·분할, ｢ 상속세 및 증여세법 ｣ 제40조 제1항에 따른 전환사채 등에 의한 주식의 전환·인수·교환 등 법인의 자본을 증가시키거나 감소시키는 거래’와 대응되므로, 이 사건 규정은 제8호의2에서 규정한 자본거래의 유형만 인용한 것으로 해석함이 자연스럽다. ㈐ 당초 구 법인세법 시행령 제11조 제9호 는 수익의 하나로 ‘제88조 제1항 제8호의 규정에 의하여 특수관계자로부터 분여받은 이익’을 규정하였는데, 법인세법 시행령이 2000. 12. 29. 대통령령 제17033호로 개정되면서 위 규정은 ‘제88조 제1항 제8호 각 목의 규정에 의한 자본거래로 인하여 특수관계자로부터 분여받은 이익’으로 개정되었다. 그 취지는 자본거래의 유형만을 인용함으로써 이익 분여자가 개인 주주인 경우에도 그 분여받은 이익이 수익에 포함된다는 것을 명확히 하려는 데 있다. ㈑ 이 사건 규정은 일정한 유형의 자본거래로 인하여 특수관계인으로부터 분여받은 이익을 법인세 과세대상으로 포착하여 과세하는 규정으로, 이익 분여자가 법인 주주인지 개인 주주인지에 따라 과세 여부가 달라진다고 보기 어렵다. ⑷ 따라서 이익 분여자가 법인 주주인 경우에만 이 사건 규정이 적용된다는 전제에서 특수관계인인 개인 주주들로부터 분여받은 이익은 이 사건 규정의 적용대상이 아니라는 취지의 원고 주장은 이를 그대로 받아들일 수 없다.
• 나) 부당행위계산 부인 규정의 적용이 필요한지 여부 ⑴ 원고는, 이 사건 사채가 시가로 발행되었고 그 발행 및 이 사건 신주인수권 행사에 경제적 합리성이 인정되므로 부당행위계산 부인 규정이 적용될 수 없으며, 부당행위계산 부인의 적용을 전제로 하는 이 사건 규정 역시 적용될 수 없다는 취지로 주장한다. ⑵ 살피건대, 원고의 주장은 이 사건 사채 발행이 시가로 이루어진 이상 제8호의2의 부당행위계산 부인 규정이 적용될 수 없고 제8호의2를 전제로 하는 이 사건 규정에 따라 이 사건 신주인수권 행사 시점의 이익 분여에 대하여 과세할 수 없다는 것이다. 그러나 위에서 인정한 사실 및 앞서 든 증거와 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정을 종합적으로 살펴보면, 이 사건 규정의 익금에 해당하기 위해 이익 분여자의 입장에서 부당행위계산 부인 규정이 적용되어 그 요건이 충족되어야 한다고 볼 수 없다. 이와 다른 전제에 선 원고의 위 주장도 이유 없다. ㈎ 앞서 본 바와 같이 이 사건 규정은 제8호의2에서 정한 자본거래의 행위태양만을 인용한 것으로 보아야 한다. 이 사건 규정 및 제8호의2는 그 문언해석상 ‘제8호 외의 경우로서 상속세 및 증여세법 제40조 제1항 에 따른 신주인수권부사채에 의한 주식의 인수 등 법인의 자본을 증가시키는 거래를 통하여 법인의 이익을 분여하였다고 인정되는 경우’에 적용되는 것일 뿐, 이익 분여자의 입장에서 부당행위계산 부인 대상을 전제로 한다고 볼 수 없다. ㈏ 이 사건 규정의 입법취지는 이익을 분여받은 개인 주주에 대한 증여의제 과세와 형평을 맞추기 위함에 있고, 다만 입법형식상 부당행위계산 부인 규정을 매개로 한 것이어서 이익 분여자의 입장에서 부당행위계산 부인 규정이 적용되어야 할 필연적인 이유를 찾기 어렵다. ㈐ 주식 전환에 따른 증여의제 과세에는, 기업의 내부정보에 접근이 용이한 자가 주가가 상승할 때 주식으로 전환하여 시세차익을 얻는 것을 과세하려는 그 취지가 있다. 설령 이 사건 사채 발행이 시가로 이루어졌다고 하더라도, 이 사건 사채의 발행 이후 CC의 주가가 지속적으로 상승한 이상, 이익 분여자의 입장에서 저평가된 신주인수권을 포기한 것은 부당행위계산 부인 대상에 해당하며, 원고가 CC의 개인 주주들로부터 분여받은 이익은 이 사건 규정에 따라 익금에 산입된다.
• 다) 소결론 결국 이익 분여의 주체가 개인 주주인 경우에도 그 분여받은 이익은 이 사건 규정의 ‘제8호의2의 자본거래로 인하여 특수관계인으로부터 분여받은 이익’에 해당한다고 봄이 타당하다. 원고는 이 사건 신주인수권의 행사로, 지분율에 따라 배정받을 수 있는 수를 초과하여, 시가보다 낮은 가액으로 이 사건 신주를 인수함으로써, 원고와 특수관계에 있는 CC의 개인 주주들로부터 이익을 분여받았다. 따라서 이 사건 신주인수권의 행사 가액과 당시 시가의 차액은 원고가 분여받은 이익으로 익금에 산입되어야 한다. [원고는 피고의 이 사건 처분사유 변경이 위법하다는 취지로 주장한다. 그러나 이 사건 처분사유 변경을 전후하여 법률상 판단의 기초가 되는 사실관계에 아무런 변동이 없는 데다가, 이 법원은 피고의 처분사유 변경을 전제로 한 환송판결의 사실상 및 법률상 판단에 기속되므로(대법원 2012. 3. 29. 선고 2011다106136 판결의 취지 참조), 원고의 위 주장 역시 더 나아가 살필 필요 없이 이유 없다.]

3. 취소의 범위

• 가) 과세처분 취소소송의 소송물은 정당한 세액의 객관적 존부이므로 사실심 변론종결 시까지 제출된 자료에 의하여 정당한 세액이 산출되는 경우에는 그 정당한 세액을 초과하는 부분만 취소하여야 하고 그 전부를 취소할 것은 아니다(대법원 1997. 3. 28. 선고 96누15022 판결 참조).
• 나) 앞서 본 바와 같이 원고가 특수관계에 있는 CC의 개인 주주들로부터 분여받은 이익은 익금에 산입되어야 한다. 을 제5, 14, 15호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하면, 원고와 특수관계에 있는 CC의 주주는 JJ, FF, GG, HH, II 등 5명인 사실, 이 사건 신주인수권 행사 전후로 위 특수관계인의 실권주식수는 아래 [표]의 실권주식수 기재란 합계 xxx주(= FF xxx주 + GG xxx주 + HH xxx주 + II xxx주)인 사실, 원고가 자신의 지분율을 초과하여 행사한 주식수는 xxx주이고, 실권주식수의 전체 합계는 xxx주인 사실, 원고는 특수관계에 있는 CC 주주들로부터 xxx주[= xxx주 × (xxx주 / xxx주)]를 분여받은 사실, 원고의 2013, 2014 각 사업연도 특수관계인 분여주식수는 xxx주(= xxx × 50%)인 사실, 특수관계인 분여주식수를 기초로 산출한 원고의 분여이익(증여재산가액)은 2013년 xxx원, 2014년 xxx원인 사실을 각 인정할 수 있다. 한편, 위와 같이 산출된 분여이익(증여재산가액)을 각 사업연도 익금에 산입하는 경우 2013사업연도 법인세 과세표준은 -xxx원이고, 2014사업연도 법인세 과세표준은 xxx원인 사실은 당사자 사이에 다툼이 없다.
• 다) 먼저 원고의 2013사업연도 법인세에 관하여 보건대, 2013사업연도 법인세 과세표준은 xxx원이 차감되어야 하는데(을 제15호증의 1), 피고는 이 사건 처분을 통해 2013사업연도 법인세에 관한 결손금 xxx원을 감액하였으므로, 그 중 xxx원(= xxx원 –xxx원) 부분은 위법하므로 취소되어야 한다. 제1심에서 이를 초과하여 xxx원에 해당하는 부분을 취소하였음은 앞서 본 바와 같으므로, 제1심판결 중 xxx원(= xxx원 –xxx원)에 해당하는 부분은 취소되어야 한다.
• 라) 다음으로 원고의 2014사업연도 법인세에 관하여 보건대, 2014사업연도의 소득금액은 xxx원이고(을 제15호증의 2), 공제가능한 이월결손금은 xxx원이며, 이에 따른 과세표준 xxx원(= xxx원 –xxx원)이다. 여기에 구 법인세법(2017. 12. 19. 법률 제15222호로 개정되기 전의 것) 제55조에 따른 법인세율(20%)을 적용하여 산출한 법인세 본세는 xxx원, 이에 대한 가산세액은 xxx원이 된다(본세 및 가산세 합계액 xxx원). 피고는 이 사건 처분을 통해 2014사업연도 법인세 xxx원(가산세 xxx원 포함)을 증액경정하였으므로, 그 중 xxx원(= xxx원 –xxx원) 부분은 위법하므로 취소되어야 한다. 제1심에서 xxx원(가산세 xxx원 포함)을 초과하는 부분을 취소하였음은 앞서 본 바와 같으므로, 제1심판결 중 xxx원(= xxx원–xxx원)에 해당하는 부분은 취소되어야 한다.

그렇다면 원고의 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있으므로 이를 인용하고, 나머지 청구는 이유 없으므로 이를 기각하여야 한다. 제1심판결은 이와 결론이 달라 부당하므로, 피고의 항소를 일부 받아들여 제1심판결을 위와 같이 변경하되, 소송비용에 관하여는 소송의 경위와 결과 등을 참작하여 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제99조, 제101조에 따라 각자 부담하는 것으로 정하기로 하여 주문과 같이 판결한다.