승계취득한 조합원입주권의 장기보유특별공제 보유기간

서 울 고 등 법 원 제11-2행정부 판 결 사 건 2024누45087 양도소득세부과처분취소 원고, 피항소인 박AA 피고, 항소인 BB세무서장 제1심판결 서울행정법원 2024. 5. 8. 선고 2022구단73331 판결 변론 종결 2024. 11. 13 판결선고 2024. 12. 18

1. 제1심 판결을 취소한다.

2. 원고의 청구를 기각한다.

3. 소송총비용은 원고가 부담한다. 청구취지 및 항소취지 청구취지 피고가 2022. 3. 16. 원고에게 한 2017년 귀속 양도소득세 523,698,890원(가산세 포함) 부과처분을 취소한다. 항소취지 주문과 같다

1. 처분 경위, 당사자들 주장 요지 항소심인 이 법원이 이 부분에 적을 이유는, 제1심 판결 이유 중 제1항 '처분의 경위', 제3의 가항 ‘당사자의 주장 요지’ 부분 각 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 따라 약어를 포함하여 이를 그대로 인용한다.

별지 기재와 같다

• 가. 관계 규정 및 법리

1. 조세법률주의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니한다(대법원 2009. 8. 20. 선고 2008두 11372 판결 등 참조).

2. 장기보유특별공제제도는 자산 보유기간이 3년 이상인 장기보유자산에 대한 양 도소득금액 산정 시 일정액 공제를 통하여 부동산의 건전한 투자 내지 소유를 유도하고, 물가상승에 따른 명목소득 성격이 강한 양도소득에 대하여 물가상승분을 공제하여 주기 위한 취지에서 마련된 것이고, 1세대 1주택을 장기간 보유하는 경우 최대 100분의 80에 이르는 고율의 공제율을 적용하는 취지는 1세대 1주택이 국민 주거생활 안정에 필수적인 요건임을 고려하여 1세대 1주택 장기보유자에 대한 양도소득세 부담을 해소하는 데에 있다(대법원 2015. 4. 23. 선고 2014두36921 판결 등 참조).

3. 구 소득세법 제95조 제1항 에서는 '양도소득금액은 양도가액에서 필요경비를 공제하고, 그 금액(양도차익)에서 장기보유특별공제액을 공제한 금액으로 한다'고 규정하고, 같은 조 제2항에서는 '장기보유특별공제액이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조 제1항 제2호 가목에 따른 자산 중 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양도차익(조합원입주권을 양도하는 경우에는 도시정비법 제48조 에 따른 관리처분계획 인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정한다)에 표 1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 표 2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다'고 규정하고 있다. 구 소득세법(2012. 1. 1. 법률 제11146호로 개정되기 전의 것) 제94조 제1항 제1호, 제95조 제2항, 제4항 본문, 구 소득세법 시행령(2010. 12. 30. 대통령령 제22580호로 개정되기 전의 것) 제154조 제8항 제1호, 제159조의2 등 관계 법령 1) 규정 내용과 1세대 1주택에 대하여 별도로 더 높은 비율의 장기보유특별공제율을 정한 취지 등을 고려하면, 장기보유특별공제를 적용하기 위한 보유기간은 위 법 제94조 제1항 제1호에 규정된 자산을 계속하여 보유한 기간만을 통산하여야 하므로 그것이 멸실되었다가 신축되거나 다른 공제율을 적용하여야 하는 자산으로 변동된 경우에는 그 보유기간을 통산할 수 없음이 원칙이라고 할 것이나, 다만 재건축ㆍ재개발 조합원이 기존주택과 토지를 제공하고 취득한 조합원입주권에 기하여 새로운 주택을 취득한 경우에는 위 시행령 제159조의2에서 정한 1세대 1주택에 해당하면 기존주택과 조합원입주권 등의 보유기간까지 통산하여 위 법 제95조 제2항의 표 2에 규정된 장기보유특별공제율을 적용할 수 있다(대법원 2014. 9. 4. 선고 2012두28025 판결 취지 등 참조).

4. 구 소득세법 시행령(2003. 6. 30. 대통령령 제18044호로 개정되기 전의 것) 제155조 제16항, 구 소득세법 시행령(2005. 5. 31. 대통령령 제18850호로 개정되기 전의 것, 이하 '2005년 개정 전 시행령'이라 한다) 제155조 제16항, 2005. 5. 31 대통령령 제18850호로 개정된 구 소득세법 시행령(이하 '2005년 개정 시행령'이라 한다) 제155조 제16항(이하 2005년 개정 전 및 개정 시행령 제155조 제16항을 통칭하여 '이 사건 조항'이라 한다) 및 그 부칙<대통령령 제18044호, 2003. 6. 30.> 제1조, 소득세법 시행령 부칙(2005. 5. 31.) 제4항(이하 '이 사건 부칙조항'이라 한다)의 규정은 주택재건축사업을 시행하는 정비사업의 조합원이 '당해 조합을 통하여 입주자로 선정된 지위'를 양도하는 경우 1세대 1주택 비과세혜택을 부여함에 있어 위 규정이 적용되는 정비사업의 조합원에 해당하는 자를 ① 2003. 6. 30.까지는 사업계획승인일에, ② 2003. 7. 1.부터 2005. 5. 30.까지는 사업시행인가일에, ③ 2005. 5. 31.부터는 관리처분계획인가일에 각 기존 주택을 소유하는 자로 달리 규정하고 있다.

• 나. 구체적 판단

1. 관계 규정 및 법리에 따르면, 원고가 구 소득세법 제95조 제2항 단서에 따라 종전아파트의 취득 시부터 신축아파트의 양도 시까지의 기간을 통산하여 1세대 1주택 장기보유특별공제 혜택을 받기 위해서는 종전아파트의 소유권이 조합원입주권 및 신축 아파트의 소유권으로 변경되는 과정에서 조합원입주권이 주택으로 의제됨으로써 위 대상 간 동일성이 인정되어야 하고, 조합원입주권의 주택 의제 여부는 이 사건 조항(이 사건 조항은 법률 규정이 아니라 시행령 규정이다)에 의해 결정된다.

• 가) 조합원입주권에 대한 장기보유특별공제 입법 경위 이 사건 조항은 조합원입주권을 주택으로 의제하여 1세대 1주택의 비과세 혜택을 부여하는 규정으로, 장기보유특별공제를 직접적으로 규율하고 있지 아니하다. 그 러나 관계 규정 및 법리에, 아래와 같이 구 소득세법에서 조합원입주권에 대한 장기보유특별공제를 규정하게 된 입법 과정과 그 취지를 아울러 고려하면, 기존주택을 보유하다가 이 사건 조항에 따라 주택으로 의제되는 조합원입주권을 취득한 사람은 기존주택, 조합원입주권, 신규주택의 각 보유기간을 통산하여 장기보유특별공제를 받을 수 있게 된다고 판단함이 정당하다.

(1) 구 소득세법(2005. 12. 31. 법률 제7837호로 개정되기 전의 것) 제95조 제2항에서는 장기보유특별공제를 규정하면서 그 대상을 '제94조 제1항 제1호에 따른 자산', 즉 토지와 건물로 한정하고 있었다. 이에 종래 대법원은 '재건축조합의 조합원이 기존주택과 토지를 재건축조합에 제공하고 승인된 사업계획에 따라 당해 조합을 통하여 취득한 입주자로 선정된 지위를 양도하는 경우 2005년 개정 전 시행령 제154조 제1항 소정의 1세대 1주택 비과세 요건을 갖춘 경우에는 그 분양권은 "부동산을 취득할 수 있는 권리"에 해당함에도 불구하고 2005년 개정 전 시행령 제155조 제16항이 정하는 바에 따라 "주택"으로 의제되고, 그 양도 당시 실지거래가액이 6억 원을 초과하는 고가주택에 해당하여 양도소득세가 부과되는 경우에는 장기보유특별공제를 받을 수 있다(대법원 2007. 6. 14. 선고 2006두16854 판결)'고 판시하여 2005년 개정 전 시행령 제155조 제16항에 따라 1세대 1주택으로 의제되어, 기존주택과 동일성이 인정되는 조합원입주권의 경우 명시적인 규정이 없더라도 장기보유특별공제 대상이 된다고 판단하였다.

(2) 이후 2013. 1. 1. 법률 제11611호로 개정된 소득세법 제95조 제2항 본문에 서는 조합원입주권에 대해서도 장기보유특별공제 대상이 된다고 명시적으로 규정하였다. 그 개정 취지는 주택이 조합원입주권으로 변환된 것으로 볼 수 있는 경우 양도소득세 장기보유특별공제 적용 대상을 조합원입주권까지 확대하기 위한 것으로, 조합원입주권이 주택으로 의제되어야 함을 전제한다는 점에서 위 종래 대법원 판결의 취지와 같다.

• 나) 이 사건 조항 및 부칙의 내용 앞서 판단한 것과 같이 주택재건축사업을 시행하는 정비사업의 조합원이 '당해 조합을 통하여 입주자로 선정된 지위'를 양도하는 경우 1세대 1주택 비과세혜택을 적용받을 수 있는 대상자 기준은 ① 2003. 6. 30.까지는 사업계획승인일에, ② 2003. 7.1.부터 2005. 5. 30.까지는 사업시행인가일에, ③ 2005. 5. 31.부터는 관리처분계획인가일에 각 기존주택을 소유하는 사람이다. 위와 같이 부칙 규정을 두어 비과세 혜택 대상자가 되는 기준 시점을 달리한 이유는, 주택재개발사업을 규정한 도시재개발법과 재건축사업을 규정한 주택건설촉진법이 2003. 7. 1.부터 시행된 도시정비법으로 통합되면서 주택건설촉진법상 필수적 절차가 아니었던 관리처분계획이 도시정비법상 재건축사업에서는 필수적 절차가 되는 등 차이가 발생하였기 때문이다 2). 즉 2003. 7. 1. 도시정비법 시행 당시 여전히 주택건설촉진법상 정비사업 구역이 남아있고, 구법에 의해 이미 상당히 재건축이 진행된 조합도 도시정비법상 절차를 거쳐야 하는지 명확하지 아니하였던 과도기적 상황에서 도시정비법의 시행 경과에 맞추어 소득세법상 비과세혜택 대상자를 정하는 입법적 결단을 내린 것이다. 입법자는 조합원 재산권 보호를 인식하면서도 재건축사업이 부동산 시장의 투기와 결부될 수 있음을 우려하여, 비과세혜택을 부여하는 시점을 달리 설정하는 정책적 판단을 한 것으로 볼 수 있다.
• 다) 조세법률주의에 부합하는 해석 2005년 개정 전 시행령 제155조 제16항에서 주택재건축사업의 경우 조합원입주권을 1세대 1주택으로 인정받기 위해서는 '사업시행인가일' 이전에 기존주택을 소유하고 있어야 한다. 반면 2005년 개정 시행령 제155조 제16항에서는 기존주택 보유자가 1세대 1주택 특례규정을 적용받기 위한 기준일이 '관리처분계획일'로 변경되었다. 그런데 2003. 7. 1.부터 시행된 도시정비법에서는 조합원입주권 취득시기를 '관리처분계획인가일'로 규정하고 있으므로, 이 사건 조항에서 정하는 1세대 1주택 비과세혜택 적용대상자를 결정하는 기준일과 도시정비법에서 정하는 조합원입주권 취득시기를 동일하게 해석해야 하는 것이 아닌가 하는 의문이 들기도 한다. 그러나 이 사건 부칙조항은 '주택재건축사업의 조합원에 대한 1세대 1주택 특례적용 및 양도차익 산정에 관한 경과조치'라는 제목으로, 2005년 개정 시행령이 시행(2005. 5. 31.)되기 전에 이미 사업시행인가를 받은 주택재건축사업 조합원에 대하여는 2005년 개정 전 시행령을 적용한다고 명시적으로 규정하고 있다. 이 사건 조항이 조합원입주권을 주택으로 취급하여 비과세나 장기보유특별공제 등 혜택을 부여하는 전제가 되는 규정이라는 점에서, 위와 같은 명시적인 경과조치에도 불구하고 이 사건 조항 및 부칙 법문을 그 문언에 반하여 확장하거나 유추하여 해석할 수는 없다.

2. 이 사건 부칙조항의 실효 또는 상위법 우선의 원칙 위반 여부

• 가) 재건축조합의 조합원입주권을 주택으로 보는 기준시점과 관련하여, 2005년 개정 전 시행령 제155조 제16항에서는 이를 사업시행인가일로, 2005년 개정 시행령 제155조 제16항에서는 이를 관리처분계획인가일로 정하였음은 앞서 판단한 것과 같다. 2005년 개정 시행령 제155조 제16항은 2006. 2. 9. 대통령령 제19327호로 다시 개정되었는데, 그 내용은 그대로 유지하면서 제155조 제17항으로 조문의 위치만 이동되었다. 이후 소득세법이 2016. 12. 20. 법률 제14389호로 개정되면서 비과세 양도소득의 유형으로 제89조 제1항 제4호가 신설되었다. 이는 2005년 개정 시행령 제155조 제16항과 같이 '관리처분계획인가일'을 기준으로 그 이전부터 보유하고 있는 조합원입주권은 주택으로 보아 이를 양도하더라도 1세대 1주택의 비과세혜택을 부여하겠다는 것이어서, 결과적으로 2005년 개정 시행령 제155조 제16항이 문구 등을 일부 수정하여 법률로 상향 입법된 것으로 볼 수 있다. 또한 구 소득세법의 양도소득금액(제95조), 양도소득세의 세율(제104조) 등 다른 조항에서도 조합원입주권을 주택으로 볼 것인지에 관한 기준시점을 '관리처분계획인가일'로 정하거나 이를 전제로 '조합원입주권'이라는 용어를 사용하고 있다.
• 나) 그런데 개정 법률이 전부 개정된 경우에는 기존 법률을 폐지하고 새로운 법률을 개정하는 것과 마찬가지여서 종전의 본칙은 물론 부칙 규정도 모두 소멸하는 것으로 보아야 하므로 종전 법률 부칙의 경과규정도 모두 실효되는 것이 원칙이나, 법률을 개정하면서 종전 법률 부칙의 경과규정을 개정하거나 삭제하는 명시적인 조치가 없다면 개정 법률에 다시 경과규정을 두지 않았다고 하여도 부칙의 경과규정이 당연히 실효되는 것은 아니다(대법원 2012. 3. 29. 선고 2011두27919 판결 취지 등 참조).
• 다) 이 사건 부과처분의 근거가 되는 이 사건 부칙조항은 이후 다시 개정되거나 삭제되는 등의 명시적인 조치가 취해지지 아니하였으므로, 앞서 판단한 것과 같이 원고의 신축아파트 양도에 대하여 2005년 개정 전 시행령 제155조 제16항이 적용되는 법적 근거가 된다. 비록 앞서 판단한 것처럼 2005년 개정 시행령 제155조 제16항과 실질적으로 동일한 내용이 구 소득세법,2016. 12. 20. 법률 제14389호로 개정된 것) 제89조 제1항 제4호로 입법되었고, 이후 소득세법에서 '조합원입주권'에 관한 내용을 추가로 규정하였다고 하더라도, 이는 구 소득세법 시행령 부칙<대통령령 제18044호, 2003. 6. 30.> 및 이 사건 부칙조항에 따른 경과규정 기간이 모두 지난 후 도시정비법에 따라 재건축사업이 진행되는 사안에 관한 것으로 판단함이 정당하다. 이와 달리 이 사건 부칙조항이 실효되었다고 해석한다면, 재건축조합이 도시정비법 시행 당시 이미 사업시행계획승인을 받는 등 사업이 상당한 정도로 진행되어 도시정비법상 관리처분계획인가 등에 따른 절차를 진행할 필요가 없는 사안에서 3), 재건축조합원이 신축주택을 양도할 때 1세대 1주택인지 여부를 판단하는 기준이 되는 시점이 존재하지 아니하게 되어 법령 적용에 혼란이 가중될 여지가 있다.

3. 종전아파트 재건축사업의 사업시행인가일은 2005. 5. 16.이고, 관리처분계획인가일이 2010. 8. 24.임은 앞서 인정한 것과 같다. 이 사건 부칙조항에 따라, 2005년 개정 시행령의 시행일인 2005. 5. 31. 이전에 이미 도시정비법에 의하여 사업시행인가를 받은 주택재건축사업의 조합원인 원고에게는 2005년 개정 전 시행령이 적용된다. 원고는 사업시행인가일 이후인 2009. 10. 6. 종전아파트를 취득하였으므로, 신규아파트 보유기간 외에 종전아파트와 조합원입주권의 보유기간을 통산하여 장기보유특별공제를 받을 수 없다.

• 다. 소결론 따라서 종전아파트와 조합원입주권의 보유기간까지 통산하여 장기보유특별공제 혜택이 주어져야 한다는 취지의 원고 주장은 받아들일 수 없으므로(법률 문언 자체 해석으로는 원고의 양도소득 비과세 요건인 1세대 1주택 보유 등을 인정할 수 없고, 시행령 문언과 부칙 규정 등을 종합하더라도 원고의 양도소득 비과세 요건을 인정할 수 없으므로), 장기보유특별공제를 배제하고 내려진 이 사건 부과처분에 어떠한 위법이 있다고 평가하기 어렵다.

원고의 청구는 이유 없어 이를 기각하여야 하고, 제1심 판결은 이와 결론이 달라 부당하다. 이에 피고의 항소를 받아들여 제1심 판결을 취소하고 원고의 청구를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다. 1) 구 소득세법(2012. 1. 1. 법률 제11146호로 개정되기 전의 것) 제95조(양도소득금액)

② 제1항에서 "장기보유 특별공제액"이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제1항 제4호부터 제10호까지의 규정에 따른 세율을 적용받는 자산 및 제104조 제6항을 적용받는 자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것에 대하여 그 자산의 양도차익에 다음 표 1에 규정된 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2에 규정된 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. (표 생략) 구 소득세법 시행령.2010. 12. 30. 대통령령 제22580호로 개정되기 전의 것) 제159조의2(장기보유특별공제) 법 제95조 제2항 표 외의 부분 단서에서 "대통령령으로 정하는 1세대 1주택"이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 소유하고 있는 경우의 그 주택(제155조ㆍ제155조의 2ㆍ제156조의 2 및 그 밖의 규정에 의하여 1세대 1주택으로 보는 주택을 포함한다)을 말한다. 2) 도시재개발법상 주택재개발사업의 경우에는 관리처분계획을 필수적 절차로 정하고 있고, 도시정비법도 같은 입장을 취하고 있으나[구 도시정비법(2002. 12. 30. 법률 제6852호로 제정되어 2003. 7. 1. 시행된 것) 제48조], 주택건설촉진법(2002. 12. 30. 법률 제6836호로 개정된 것)상 재건축사업은 법 제44조의3 제5항에 의해 도시재개발법2002. 28. 4. 법률 제6656호로 개정된 것) 제33조 내지 36조에서 정한 관리처분계획 인가 및 그에 따른 분양처분 고시 등의 절차를 준용하기는 하되, 임의적인 절차로 규정하고 있었다. 3) 대법원 2013. 7. 25. 선고 2011다19768, 19775 판결은 도시정비법이 시행되기 전의 재건축사업에 대하여 사업계획승인을 얻으면 원칙적으로 행정청의 관여는 종료되고 조합원은 이로써 분양받을 권리(입주자로 선정된 지위)를 취득하게 되므로, 위와 같은 재건축조합에 대해서는 도시정비법에 따른 절차나 방식에 따라 잔존 사업을 시행할 필요성이 없다고 보아, 도시정비법 시행에도 불구하고 도시정비법의 적용이 배제된다는 취지로 판시하였다.