특허권 양도대금을 직무발명보상금으로 보아 한 원천세 부과처분의 적법 여부

1. 원고의 항소를 기각한다.

2. 항소비용은 원고가 부담한다. 청구취지 및 항소취지 제1심판결을 취소한다. 피고가 2021. 11. 2. 원고에 대하여 한 근로소득세 493,162,280원의 징수처분을 취소한다.

• 가. 원고는 수․배전반, 자동제어반 제조업을 목적으로 1996. 2. 9. 설립된 법인이고, AAA은 원고의 대표이사이다.
• 나. 원고는 2018. 11. 30. AAA으로부터 아래와 같은 특허권(이하 ‘이 사건 특허권’이라 하고, 이에 따라 보호되는 발명을 ‘이 사건 발명’이라 한다)을 13억 원(이하 ‘이사건 양도대금’이라 한다)에 양수하는 계약을 체결하고, 2018. 12. 5. 그 대금을 지급하였다. 특허권자 및구분 등록번호 발명의 명칭 출원일 등록일 발명자 내진 수단을 구비하는 수배전반 특허권 제10-ㅇㅇㅇㅇㅇㅇㅇ호 AAA 2017. XX. XX. 2018. XX. XX.
• 다. 원고는 2018. 12.경 이 사건 양도대금을 취득가액으로 하여 이 사건 특허권을 무형자산으로 재무상태표에 계상하고 2018년 사업연도 법인세 과세표준 신고 시 이 사건 특허권에 대한 감가상각비 30,766,666원을 손금으로 산입하였고, 이 사건 양도대금을 AAA의 기타소득으로 원천징수한 후 2019. 1.경 2018년 12월분 법인원천(기타소득)세 7,800만 원을 신고·납부하였다.
• 라. BBB은 2021. 3. 18.부터 2021. 4. 14.까지 피고에 대한 종합감사를 실시한 후, 피고에게 2018년 사업연도 이 사건 특허권 무형자산 감가상각비 30,766,666원을 손금불산입(유보)하여 법인세를 과세하고, 이 사건 양도대금이 발명진흥법에서 규정하고 있는 직무발명보상금에 해당하므로, 이를 소득세법 제20조 제1항 에 따른 AAA의 근로소득으로 보아 원고에게 원천징수분 근로소득세를 과세하도록 처분지시를 하였다.
• 마. 피고는 2021. 11. 2. 원고에게 2018년 사업연도 법인세 8,174,702원과 2018년 12월분 근로소득세 493,162,280원을 각 경정·고지하였다(그중 2018년 12월분 근로소득세부분을 이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).
• 바. 원고는 이에 불복하여 BBB에게 이의신청을 하였는데, BBB은 2018년 사업연도 법인세에 대하여는 이의신청을 인용하였으나, 이 사건 처분에 대하여는 이의신청을 기각하였다. 원고는 2022. 5. 2. 기각된 이 사건 처분에 대하여 국세청장에게 심사청구를 하였으나, 국세청장은 2022. 7. 13.이 사건 양도대금은 발명진흥법에서 정한 직무발명보상금에 해당하므로 이에 대한 근로소득세 부과처분에 잘못이 없다.는 이유로 심사청구를 기각하였다.
• 사. 원고는 2022. 8. 12. 이 사건 양도대금을 조세특례제한법 제10조 제1항, 같은 법시행령 제9조 제9항에 따른 연구 및 인력개발비 세액공제 대상(공제율 25%)으로 보아 법인세 경정청구를 하였고 그에 해당하는 325,000,000원(= 13억 원 × 25%)을 환급받았다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제2 내지 6호증, 을 제1 내지 3호증, 제8, 9호증의 각 기재(가지번호 있는 것은 가지번호 포함), 변론 전체의 취지

별지 기재와 같다.

• 가. 원고의 주장, 나. 관련 법리, 다. 판단 이 법원이 이 부분에 관하여 쓸 이유는 아래 라.항과 같이 추가로 판단하는 외에는 제1심판결의 해당 부분(제3면 제15행~제5면 마지막 행) 이유 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 따라 이를 그대로 인용한다.
• 라. 추가 판단

1. 원고는, 직무발명보상금은 직무발명을 배타적, 독점적으로 실시할 수 있는 지위를 취득함으로써 얻은 이익을 기준으로 산정되어야 하는데 이 사건 특허권에 관한 기술은 공지된 기술로서 사용자가 현실적으로 특허권으로 인한 독점적, 배타적 이익을 얻지 못하는바, AAA이 원고에게 직무발명보상금을 청구할 권리가 없다고 주장한다. 2) 발명진흥법 제15조 제1항 에 따라 종업원 등은 직무발명에 대하여 특허권을 계약에 따라 사용자에게 승계하게 한 경우 정당한 보상을 받을 권리를 가지는바, 앞서 본 바와 같이(제1심판결 제4면 제10행~제5면 마지막 행) 이 사건 특허권에 관한 이 사건 발명은 직무발명에 해당한다고 봄이 타당하고, AAA은 이 사건 특허권을 계약에 따라 원고에게 양도하였으므로 일응 AAA은 그 직무발명에 대하여 정당한 보상을 받을 권리를 가진다. 그리고 이 사건 발명이 출원되고 등록까지 된 점(특허법 제29조 제1항 제1호 는 공지되었거나 공연히 실시된 발명인 경우 특허를 받을 수 없도록 규정하고 있다), AAA과 다른 회사들의 특허출원서(갑 제7 내지 10호증)에 의하면 AAA의 발명과 다른 회사들의 발명이 시기나 구체적인 내용에 있어 동일하거나 유사하다고 보이지 않는 점 등을 고려하면 이 사건 특허권에 관한 기술이 이미 공지된 사실이거나 공연히 실시되었다고 보기 어렵고, 나아가 원고가 이 사건 특허권으로 인하여 독점적, 배타적 이익을 얻지 못한다고 단정할 수는 없다(을 제6호증의 기재 및 변론 전체의 취지에 의하면 이 사건 특허권의 감정평가액은 수익접근법에 따라 특허관련매출, 매출총이익, 산업별 할인율 등이 반영된 사업가치와 무형자산가치비율, 기술자산비중, 개별기술강도 등이 반영된 기술기여도를 기초로 산출되어 이 사건 양도대금과 동일한 13억원인데 이 사건 양도대금은 정당한 보상에 해당한다고 볼 여지가 크다). 설령 이 사건 양도대금이 정당한 보상액이 없음에도 지급되었거나 정당한 보상을 상회하여 지급된 경우에 해당한다면 원고는 경제적 합리적인 이유 없이 원고의 대표자인 AAA에게 13억 원을 지급한 것이 되고, 이는 차액에 해당하는 법인 자금이 사외로 유출된 것으로서 그 대표자에게 귀속된 것이 분명하므로 피고는 AAA에 대한 상여로 처분하게 된다(법인세법 시행령 제106조 참조). 이러한 경우에도 과세관청이 법인에게 소득금액변동통지하고 원천징수하는 근로소득세를 고지할 수 있으므로(피고가 이 사건 양도대금 지급행위를 부당행위 계산부인 대상으로 보아 처분사유를 변경하더라도 원고가 AAA에게 이 사건 양도대금을 지급한 사실과 과세기간에는 변함이 없고 처분의 동일성이 유지된다), 결국 이 사건 세액의 객관적 존부에는 영향이 없다. 원고의 위주장은 받아들일 수 없다.

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하여야 한다. 제1심판결은 이와 결론을 같이하여 정당하므로 원고의 항소는 이유 없어 이를 기각한다.