1. 제1심판결의 인용 원고의 항소이유는 제1심에서의 주장과 크게 다르지 않고, 제출된 증거들을 다시 살펴보더라도 제1심의 사실인정과 판단은 정당한 것으로 인정된다. 이에 이 법원이 이 사건에 관하여 적을 이유는, 아래와 같이 일부 고치거나 추가하는 것 외에는 제1심판결 이유 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 그대로 인용한다.
○ 2쪽 16줄의 “구소득세법(2016. 1. 19. 법률 제13796호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)”을 ”구 소득세법(2016. 12. 20. 법률 제14389호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)”으로, 18줄의 ”소득세법”을 “구 소득세법”으로, 20줄의 ”구 소득세법 시행령”을 “구 소득세법”으로 각 고친다.
○ 4쪽 16줄의 “규정하고 있는데”부터 18줄까지를, “규정하고 있다. 사전구제절차로서 과세전적부심사 제도가 가지는 기능과 이를 통해 권리구제가 가능한 범위, 이러한 제도가 도입된 경위와 취지, 납세자의 절차적 권리 침해를 효율적으로 방지하기 위한 통제 방법과 더불어, 헌법 제12조 제1항에서 규정하고 있는 적법절차의 원칙은 형사소송절차에 국한되지 아니하고, 세무공무원이 과세권을 행사하는 경우에도 마찬가지로 준수하여야 하는 점 등을 고려해 보면, 과세예고 통지 후 과세전적부심사 청구나 그에 대한 결정이 있기도 전에 과세처분을 하는 것은 원칙적으로 과세전적부심사 이후에 이루어져야 하는 과세처분을 그보다 앞서 함으로써 과세전적부심사 제도 자체를 형해화시킬 뿐만 아니라 과세전적부심사 결정과 과세처분 사이의 관계 및 불복절차를 불분명하게 할 우려가 있으므로, 그와 같은 과세처분은 납세자의 절차적 권리를 침해하는 것으로서 절차상 하자가 중대하여 위법하다고 보아야 한다. 그러나 국세기본법 및 국세기본법 시행령이 과세전적부심사를 거치지 않고 곧바로 과세처분을 할 수 있거나 과세전적부심사에 대한 결정이 있기 전이라도 과세처분을 할 수 있는 예외사유로 정하고 있다는 등의 특별한 사정이 있는 경우에는, 과세예고 통지 후 과세전적부심사 청구나 그에 대한 결정이 있기 전에 과세처분을 하였다 하더라도 이를 위법하다고 볼 수 없고(대법원 2016. 12. 27. 선고 2016두49228 판결 등 참조), 국세기본법 제81조의15 제3항 제3호 의 예외사유 존부를 판단하는 데 과세관청의 귀책사유 유무나 정도를 고려하는 것도 적절하지 않다(대법원 2025. 2. 13. 선고 2023두41659 판결 참조).”로 고친다.
○ 5쪽 3줄부터 7줄까지를, “가) 피고가 2022. 5. 6. 원고에게 과세예고 통지를 한 직후인 2022. 5. 9. 과세전적부심사를 생략하고 이 사건 처분을 한 사실은 인정할 수 있다. 그러나 과세전적부심사제도는 조세 부과의 제척기간이 임박한 경우 등에는 생략할 수 있어 과세처분의 필수적 전제가 되는 것은 아니다. 이 사건 사업에 관한 2014년 귀속 종합소득세 부과제척기간은 이를 부과할 수 있는 날부터 5년인 2022. 5. 31.까지인바(구 소득세법 제110조 제1항, 국세기본법 제26조의2 제1항), 이 사건 처분일인 2022. 5. 9. 기준으로 위 제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우이므로 국세기본법 제81조의15 제3항 제3호 에 따라 과세전적부심사를 거치지 않고 곧바로 과세처분을 할 수 있는 예외사유에 해당한다. 또한 부과제척기간은 과세관청과 납세의무자 간 조세 채권․채무 관계를 조속히 종결지어 납세의무자의 법적 안정성을 보장하려는 데 그 취지가 있고, 국세기본법은 과세전적부심사의 예외와 관련하여 그에 해당하는 일정한 사유의 발생 경위, 과세관청의 고의 또는 과실 여부 등의 다른 요건을 규정하지 않고 있다. 따라서 과세관청으로서는 부과제척기간을 도과하지 않는 한 제척기간 내에서 언제든지 부과권을 행사할 수 있으므로, 이러한 부과제척기간 제도의 취지나 특성상 단지 부과권 행사가 제척기간이 얼마 남지 않은 상태에서 이루어졌다는 사정만으로 이를 두고 위법하다고 할 수 없다.”로 고친다.
○ 12쪽 25줄부터 13쪽 마지막 줄까지를 아래와 같이 고친다. “■ 구 소득세법(2016. 12. 20. 법률 제14389호로 개정되기 전의 것) 제96조(양도가액)
① 제94조 제1항 각 호에 따른 자산의 양도가액은 그 자산의 양도 당시의 양도자와 양수자 간에 실제로 거래한 가액(이하 "실지거래가액"이라 한다)에 따른다. 제99조(기준시가의 산정)
① 제96조 제2항, 제97조 제1항 제1호 가목 단서, 제100조 및 제114조 제7항에 따른 기준시가는 다음 각 호에서 정하는 바에 따른다. 1. 제94조 제1항 제1호에 따른 토지 또는 건물
- 가. 토지 부동산 가격공시에 관한 법률에 따른 개별공시지가(이하 “개별공시지가”라 한다). 다만, 개별공시지가가 없는 토지의 가액은 납세지 관할 세무서장이 인근 유사토지의 개별공시지가를 고려하여 대통령령으로 정하는 방법에 따라 평가한 금액으로 하고, 지가가 급등하는 지역으로서 대통령령으로 정하는 지역의 경우에는 배율방법에 따라 평가한 가액으로 한다.
- 나. 건물 건물(다목 및 라목에 해당하는 건물은 제외한다)의 신축가격, 구조, 용도, 위치, 신축연도 등을 고려하여 매년 1회 이상 국세청장이 산정ㆍ고시하는 가액 제100조(양도차익의 산정)
① 양도차익을 계산할 때 양도가액을 실지거래가액(제96조 제3항에 따른 가액 및 제114조 제7항에 따라 매매사례가액ㆍ감정가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액ㆍ감정가액 등을 포함한다)에 따를 때에는 취득가액도 실지거래가액(제97조 제7항에 따른 가액 및 제114조 제7항에 따라 매매사례가액ㆍ감정가액ㆍ환산가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액ㆍ감정가액ㆍ환산가 등을 포함한다)에 따르고, 양도가액을 기준시가에 따를 때에는 취득가액도 기준시가에 따른다.
② 제1항을 적용할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명할 때에는 취득 또는 양도 당시의 기준시가 등을 고려하여 대통령 령으로 정하는 바에 따라 안분계산한다. 이 경우 공통되는 취득가액과 양도비용은 해당 자산의 가액에 비례하여 안분계산한다.
③ 제2항을 적용할 때 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우로서 그 토지와 건물 등을 구분 기장한 가액이 같은 항에 따라 안분계산한 가액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우에는 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명한 때로 본다.
④ 양도차익을 산정하는 데에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.”.