원고가 AAA로부터 발급받은 세금계산서가 ‘사실과 다른 세금계산서’에 해당한다는 사실을 인정하기에 부족함

사 건 2024누39983 부가가치세부과처분취소 원 고 주식회사 ○○○ 피 고

□□세무서장 변 론 종 결 2024. 10. 12. 판 결 선 고 2024. 12. 4.

1. 제1심 판결 중 아래 제2항에서 취소를 명하는 부분에 해당하는 원고 패소 부분을 취소한다.

2. 피고가 원고에 대하여, 2020. 12. 1. 한 2019년 2기분 부가가치세 본세 xxx,xxx,xxx원 부과처분 중 xx,xxx,xxx원을 초과하는 부분, 부당무신고가산세 xxx,xxx,xxx원 부과처분 중 xx,xxx,xxx원을 초과하는 부분, 납부불성실가산세 xx,xxx,xxx원 부과처분 중 x,xxx,xxx을 초과하는 부분 및 2021. 5. 17. 한 2019년 2기분 부가가치세 기타가산세 xxx,xxx,xxx원 부과처분 중 x,xxx,xxx원을 초과하는 부분을 각 취소한다.

3. 소송총비용은 피고가 부담한다. 청구취지 및 항소취지 주문과 같다[원고는 제1심에서 개인사업체인 AAA 및 BBB 관련 과세처분 중 일부의 취소를 구하였다가, 항소심인 이 법원에 이르러 그중 BBB 관련 과세처분 취소를 구하는 부분을 제외하는 것으로 청구취지 및 항소취지를 감축하였다(2024. 8. 2.자 청구취지 및 항소취지 변경신청서)]. 1) 이 유

1. 제1심 판결 부분 인용과 항소심 최종 판단 추가 등 이 사건 변론에 제출된 모든 증거와 소송자료(항소심에 추가로 제출된 서증인 갑 제33 내지 45호증 포함)에 의하면 제1심의 기초사실 등은 정당하지만, 제1심의 주된 쟁점에 관한 판단은 아래 항소심 추가 인정과 최종 판단(주식회사인 원고가 개인사업체인 AAA로부터 발급받은 세금계산서가 ‘사실과 다른 세금계산서’에 해당하는지에 관한 판단 및 원고가 위 세금계산서에 관하여 선의･무과실의 거래당사자에 해당하는지에 관한 가정적 판단 등)으로 고쳐 쓰는 것 외에는 제1심 판결 이유 부분 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 따라 약어 및 별지를 포함하여 이를 인용한다.

2. 항소심 추가 인정과 최종 판단

• 가. 주식회사인 원고가 개인사업체인 AAA로부터 발급받은 세금계산서가 ‘사실과 다른 세금계산서’에 해당하는지에 관한 판단

1. 관계 법령 및 관련 법리 구 부가가치세법(2019. 12. 31. 법률 제16845호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제39조 제1항 제2호 본문에서는 ‘세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다’고 규정하고 있고, 같은 법 제32조 제1항 제1호부터 제4호까지의 기재사항은 ‘공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭’(제1호), ‘공급받는 자의 등록번호’(제2호 본문), ‘공급가액과 부가가치세액’(제3호), ‘작성 연월일’(제4호)이다. 여기서 ‘사실과 다르다’는 의미는 세금계산서의 필요적 기재사항의 내용이 재화 또는 용역에 관한 당사자 사이에 작성된 거래계약서 등의 형식적인 기재내용에 불구하고 그 재화 또는 용역을 실제로 공급하거나 공급받는 주체와 가액 및 시기 등과 서로 일치하지 아니하는 경우를 가리킨다(대법원 1996. 12. 10. 선고 96누617 판결 등 참조). 한편 어느 일련의 거래과정 가운데 특정 거래가 구 부가가치세법에서 정한 재화의 공급에 해당하는지는 각 거래별로 거래당사자의 거래 목적과 경위 및 태양, 이익 귀속주체, 대가 지급관계 등 여러 사정을 종합하여 개별적･구체적으로 판단하여야 하며, 그 특정 거래가 실질적인 재화의 인도 또는 양도가 없는 명목상 거래라는 이유로 그 거래과정에서 발급받은 세금계산서가 ‘사실과 다른 세금계산서’에 해당한다는 점에 관한 증명책임은 과세관청이 부담함이 원칙이다(대법원 2009. 6. 23. 선고 2008두13446 판결 등 참조).

2. 구체적 판단 처분 경위, 앞서 든 증거들, 갑 제7 내지 10, 13, 14, 24, 27, 33 내지 35, 44호증, 을 제3, 8, 9, 11, 16호증 각 기재와 변론 전체 취지를 종합하여 인정할 수 있는 다음 사실 및 사정들을 위 법령 및 법리에 따라 판단하면, 피고 제출 증거들 및 그 주장 사정들만으로는 주식회사인 원고가 개인사업체인 AAA로부터 발급받은 세금계산서가 ‘사실과 다른 세금계산서’에 해당한다는 사실을 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 만한 증거나 사정이 없다. 이를 지적하는 원고 주장은 이유 있고, 이 사건 처분 중 개인사업체인 AAA 관련 부분은 이와 다른 전제에서 이루어진 것으로 나머지 점에 관하여 더 나아가 판단할 필요 없이 위법하여 취소되어야 한다.

• 가) 주식회사인 원고가 2019. 7. 23.경 개인사업체인 AAA와 사이에 체결한 물품공급계약서(갑 제4호증), 개인사업체인 AAA의 직원이었던 것으로 판단되는 ccc 또는 ddd이 원고와 주고받았던 ‘물품 주문, 검수 및 물품대금 송금’ 등에 관한 문자메시지 내역(갑 제8호증, 제9호증의 1, 제13호증의 2), 그에 부합하는 ddd의 진술서(갑 제10, 21호증, 을 제16호증), 원고가 개인사업체인 AAA로부터 물품을 공급받고 이를 다시 매출처에 판매하여 물품대금을 지급받은 내역[갑 제27, 35, 44호증. 서울지방국세청도 원고에 대한 부가가치세 조사 당시 원고의 매출거래를 부인하지 않았다(을 제3호증 제1면)], 원고가 개인사업체인 AAA 계좌에 물품대금을 송금한 내역(갑 제7호증, 제13호증의 1, 제24호증) 등을 비롯한 증거들을 종합하면, 원고가 실제로 개인사업체인 AAA로부터 물품을 공급받았다고 판단할 여지가 충분하며(2024. 8. 2.자 원고 준비서면 제9 내지 13면), 달리 개인사업체인 AAA가 아닌 실제 공급자가 따로 있다고 볼만한 사정도 확인되지 않는다(2024. 10. 18.자 원고 준비서면 제9 내지 13면).
• 나) 피고 주장과 같이 원고에 대한 부가가치세 조사 당시 개인사업체인 AAA의 사업장에 빈 책상과 의자만 있었다고 하더라도, 앞서 인정한 것처럼 원고에 대한 위 부가가치세 조사가 이루어진 시기가 2020. 4. 20.부터 2020. 11. 14.까지인 이상(을 제3호증 제1면), 이는 2019년 2기분 부가가치세 과세기간(2019. 7. 1.부터 2019. 12. 31.까지) 이후 사정임이 역수상 명백하다. 따라서 위 사정은 원고가 2019년 2기분 부가가치세 과세기간에 개인사업체인 AAA로부터 발급받은 세금계산서가 ‘사실과 다른 세금계산서’에 해당한다는 점에 대한 직접적인 또는 핵심적인 근거가 될 수 있다고 보기는 어렵다. 나아가 개인사업체인 AAA가 영위하였던 것으로 판단되는 화장품 도매업의 특성상 반드시 특별히 대규모의 물적･인적 시설 등을 요하였을 것으로 판단되지도 않는다.
• 다) 피고는, 개인사업체인 AAA의 대표자인 eee는 당시 만 65세의 중국 외국국적동포로 2019. 6. 3. 한국에 입국하여 2019. 6. 17. 개인사업체인 AAA의 사업자등록을 하고 2019. 7. 2. 사업용 계좌를 개설한 다음 2019. 7. 4. 출국하여 행방이 확인되지 않고, 개인사업체인 AAA가 매입세금계산서를 발급받은 개인사업체인 FFF, GGG 역시 모두 2019년경에 사업자등록이 되었으며 대표자가 고령의 중국 외국국적동포로서 단기간에 거액의 거짓 세금계산서를 발급한 후 부가가치세를 납부하지 않고 폐업한 채 잠적하였으며, 위 업체들은 개인사업체인 AAA와는 소재지가 다름에도 개인사업체인 AAA와 동일한 IP주소를 사용하여 전자세금계산서를 발급하였고, 원고가 개인사업체인 AAA에 송금한 물품대금은 즉시 FFF, GGG의 각 계좌에 이체되었다가 현금으로 출금되었으며, 특히 FFF, GGG의 각 계좌에서 현금이 출금된 같은 시각, 같은 지점의 은행 자동화기기에서 개인사업체인 AAA의 계좌 잔액이 전액 현금으로 출금되었다고 주장한다. 그러나 개인사업체인 AAA는 2020. 1. 28. 2019년 2기분 부가가치세를 정상적으로 신고하였고, 2020. 2. 8. 위 신고 세액을 납부하기까지 하였으므로(을 제8, 9, 11호증), 적어도 2019년 2기분 부가가치세 과세기간 당시를 기준으로 개인사업체인 AAA가 부가가치세 부담을 회피할 목적으로 설립된 이른바 ‘폭탄업체’였다거나 그 도관업체였음이 외관상 명백하다고 단정하기는 어렵다(2024. 10. 18.자 원고 준비서면 제7, 8면). 나아가 앞서 판단한 것과 같이 어느 일련의 거래과정 가운데 특정 거래가 구 부가가치세법에서 정한 재화의 공급에 해당하는지는 각 거래별로 판단하여야 하는데, 앞서 인정한 것처럼 원고가 실제로 개인사업체인 AAA로부터 물품을 공급받았다고 판단할 만한 증거들이 충분하고, 달리 실제 공급자가 따로 있다고 볼만한 사정도 확인되지 않는 상황에서 원고가 개인사업체인 AAA에게 물품대금을 송금한 이후 원고와 무관하게 발생한 사정들 또는 개인사업체인 AAA와 FFF, GGG 사이 거래에 관한 사정들 등만으로는 그와 엄연히 별개 거래인 원고와 개인사업체인 AAA 사이 거래가 거짓 거래라고 단정하기 어렵고, 달리 그와 같이 단정할 만한 근거가 부족하다(2024. 10. 18.자 원고 준비서면 제8 내지 13면).
• 라) 서울지방국세청장은 원고와 원고 대표이사인 hhh이 개인사업체인 AAA로부터 거짓 세금계산서를 발급받았다는 등 이유로 서울△△경찰서에 원고와 hhh을 고발하였으나, 서울△△경찰서 소속 사법경찰관은 ‘hhh 제출 자료들을 봤을 때 hhh이 진성 거래를 했다는 점을 배척하기 어렵고, hhh이 거래 행태에 대해서 비교적 구체적으로 진술하고 있으며, 참고인 ddd의 진술도 hhh 진술에 부합하여 hhh이 거짓 세금계산서를 발급받았다는 증거자료가 부족하다’는 등 이유로 2022. 3. 3. 원고와 hhh에 대하여 증거 불충분으로 혐의가 없다는 취지의 불송치 결정을 하였다(갑 제14호증). 이에 대한 서울지방국세청장의 이의신청에 따라 위 고발사건을 송치받은 서울◇◇지방검찰청 소속 검사도 ‘hhh이 제출한 ccc과의 문자메시지 내역, 물품공급계약서, 매입거래처벌 물품 목록 및 매출처 정리 자료 등을 종합하면 hhh이 개인사업체인 AAA의 전단계에 부정거래가 있었음을 알고 있었다거나 미필적으로나마 거짓 세금계산서를 교부받는다는 범의가 있었다고 보기 어렵다’는 등 이유로 2023. 12. 23. 원고와 hhh에 대하여 증거 불충분으로 혐의가 없다는 취지의 불기소 결정을 하였다(갑 제33호증). 이에 대하여 서울지방국세청장이 항고하자, 서울고등검찰청 검사장 역시 ‘위 불기소 결정이 부당하다고 인정할 자료를 발견할 수 없다’는 이유로 2024. 3. 19. 위 항고를 기각하는 결정을 하였다(갑 제34호증).
• 마) 피고의 이 사건 처분 중 확정된 BBB 관련 과세처분의 구체적 사실 등이 원고에게 불리한 사정이 될 수 있으나, 특정 과세처분을 정당화하는 개별 사정이 있다고 하여 원고의 모든 거래에 대한 과세처분이 정당하다고 추정할 수는 없고, 처분의 적법 여부는 각 권리의무주체의 거래별로 개별적으로 판단되어야 하는데, 이 사건에서는 BBB 관련 과세처분과 개인사업체인 AAA 관련 과세처분을 구분하여 판단할 수 있는 개별 사정들이 다수 확인된다.
• 나. 원고가 개인사업체인 AAA로부터 발급받은 세금계산서에 관하여 선의･무과실의 거래당사자에 해당하는지에 관한 가정적 판단

1. 관련 법리 실제 공급자와 세금계산서상 공급자가 다른 세금계산서는 공급받는 자가 세금계산서의 명의위장사실을 알지 못하였고 알지 못한 데에 과실이 없다는 특별한 사정이 없는 한 그 매입세액을 공제 내지 환급 받을 수 없으며, 공급받는 자가 위와 같은 명의위장사실을 알지 못한 데에 과실이 없다는 점은 매입세액 공제 내지 환급을 주장하는 자가 이를 증명하여야 한다(대법원 2002. 6. 28. 선고 2002두2277 판결 등 참조). 그러나 재화나 용역을 공급받는 자에게는 상대방이 위장사업자인지를 적극적으로 조사할 의무는 없으므로, 그 상대방이 거래적격자에 해당하는지를 판단하기 위한 자료를 수집하는 과정에서 밝혀진 사실관계를 기초로 하여 판단할 때 위장사업자라고 의심할 만한 충분한 사정이 있어야만, 그 상대방이 위장사업자라는 사실을 알지 못한 데에 과실이 있다고 보아야 한다(대법원 1997. 9. 30. 선고 97누7660 판결 등 참조).

2. 구체적 판단 피고 제출 증거들 및 그 주장 사정들만으로는 주식회사인 원고가 개인사업체인 AAA로부터 발급받은 세금계산서가 ‘사실과 다른 세금계산서’에 해당한다는 사실을 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 만한 증거나 사정이 없으므로, 이 사건 처분 중 개인사업체인 AAA 관련 부분은 나머지 점에 관하여 더 나아가 판단할 필요 없이 위법하여 취소되어야 함은 앞서 판단한 것과 같다. 그러나 이와 달리 설령 피고 주장과 같이 위 세금계산서가 ‘사실과 다른 세금계산서’에 해당한다고 가정하더라도, 처분 경위, 앞서 든 증거들, 갑 제3, 5, 6, 11, 39호증 각 기재와 변론 전체 취지를 종합하여 인정할 수 있는 다음 사실 및 사정들을 위 법령 및 법리에 따라 판단하면, 원고는 위 세금계산서에 의한 거래가 명의위장거래라는 사실을 알지 못하였고, 그러한 사정을 알지 못한 데에 과실 또한 없었던 것으로 판단된다. 이를 지적하는 원고 주장은 이유 있고, 이 사건 처분 중 개인사업체인 AAA 관련 부분은 역시 나머지 점에 관하여 더 나아가 판단할 필요 없이 어느 모로 보나 위법하여 취소되어야 한다.

• 가) 주식회사인 원고는 개인사업체인 AAA와 거래를 시작할 무렵 개인사업체인 AAA의 직원이었던 것으로 판단되는 ccc의 명함(갑 제3호증), 개인사업체인 AAA의 사업자등록증(갑 제6호증), 통장 사본(갑 제7호증)과 그 대표자인 eee의 외국국적동포 국내거소신고증(갑 제5호증) 등을 모두 확인하였고, 개인사업체인 AAA의 사업장 소재지 등에 직접 방문하기도 하였던 것으로 판단된다(원고의 2024. 4. 24.자 준비서면 제5면, 2024. 8. 2.자 준비서면 제23면).
• 나) 원고는 개인사업체인 AAA로부터 물품을 공급받는 과정에서 운송기사의 이름, 연락처와 자동차등록번호 등을 확인하여 장부에 기재해 놓았고(갑 제35호증), 공급받은 물품을 검수하여 하자가 있는 경우에는 개인사업체인 AAA의 직원이었던 것으로 판단되는 ddd에게 교환을 요청하는 등 조치를 취하였으며(갑 제9호증의 1, 제13호증의 2), 개인사업체인 AAA 계좌에 물품대금을 송금하고(갑 제13호증의 1, 제24호증) 세금계산서와 거래명세표를 발급받았는데(갑 제11호증), 위 세금계산서와 거래명세표에는 개인사업체인 AAA의 상호, 사업자등록번호, 대표자 성명, 사업장 소재지, 전화번호 등이 원고가 파악한 것과 동일하게 기재되어 있다. 달리 원고가 위 거래 당시 개인사업체인 AAA의 실체가 없다거나 실제 공급자가 따로 있다고 의심할 만한 충분한 사정이 있었다고 판단되지 않는다.
• 다) 원고와 개인사업체인 AAA 사이 거래가 화장품 도매업과 관련한 통상적인 거래방식과 비교하여 유독 이례적인 것으로 판단되지는 않고, 중국 구매대행업자들의 면세상품 유통과 관련이 있다고 볼 만한 증거나 소송자료도 부족하다(2024. 10. 18.자 원고 준비서면 제3 내지 6면).
• 라) 원고가 개인사업체인 AAA와의 거래와 같은 형태로 다른 사업체들과 거짓 거래를 반복하였다고 단정할 만한 근거가 없으며 2) (2024. 10. 18.자 원고 준비서면 제20 내지 22면), 설령 피고 주장(2024. 9. 20.자 답변서 제21 내지 23면)과 같이 원고가 다른 사업체들과 거짓 거래를 하였다고 가정하더라도 이는 원고와 개인사업체인 AAA 사이 거래가 이루어진 2019년 2기분 부가가치세 과세기간 이후인 2020년, 2021년경에 발생한 사정에 불과하여 이 부분 판단에 영향을 미칠 만한 사항에 해당한다고 보기도 어렵다.
• 마) 원고에게 개인사업체인 AAA의 명의위장 사실을 알았거나 알 수 있었는데도 향후 조세법상 해당 매입세액 공제가 부인되어 부가가치세를 이중으로 부담할 위험 또는 형사법상 처벌을 받게 될 위험을 감수하면서까지 거래에 임할 동기가 있었다고 볼 만한 추가 증거나 소송자료가 없다.
• 바) 화장품 도매업을 영위하는 원고가 자신과 직접 거래하는 개인사업체인 AAA가 정상적인 업체인지를 확인하는 것에서 더 나아가 개인사업체인 AAA의 영업비밀에 해당할 여지가 있는 화장품 매입경로까지 확인하는 것은 현실적으로 매우 어려울 것으로 판단된다.
• 사) 원고 대표이사인 hhh이 원고 설립 이전인 2013년 2월경부터 약 5년 동안 화장품 도매업 등을 영위한 경력이 있다고 하더라도 그러한 사정만으로 원고가 거래상대방의 운영관계 등 내부적인 사정까지 조사하고 확인할 주의의무를 부담한다고 판단하기도 어렵다.
• 아) 그 밖에 원고가 개인사업체인 AAA 대표자와 직접 연락하지 않은 채 여러 차례에 걸쳐 고액의 거래를 하였다는 등 사정들만으로는 위 판단을 뒤집기 어렵다.
• 다. 취소 범위

1. 관련 법리 과세처분 취소소송에서 그 과세처분이 적법한지는 정당한 세액을 초과하는지에 따라 판단되는 것으로서, 당사자는 사실심 변론종결 시까지 객관적인 과세표준과 세액을 뒷받침하는 주장과 소송자료를 제출할 수 있고, 이러한 소송자료에 의하여 적법하게 부과될 정당한 세액이 산출되는 때에는 그 정당한 세액을 초과하는 부분만 취소하여야 하나, 그렇지 않은 경우에는 그 과세처분 전부를 취소할 수밖에 없으며, 그 경우 법원이 직권에 의하여 적극적으로 부과할 정당한 세액을 계산할 의무까지 지는 것은 아니다(대법원 2015. 9. 10. 선고 2015두622 판결 등 참조).

2. 구체적 판단 앞서 판단한 것처럼 이 사건 처분 중 개인사업체인 AAA 관련 부분은 위법하여 취소되어야 하는데, 원고는 2024. 8. 2.자 청구취지 및 항소취지 변경신청서를 통해 이 사건 처분 중 개인사업체인 AAA 관련 부분은 ‘2019년 2기분 ①부가가치세 본세 xxx,xxx,xxx원 부과처분 중 xx,xxx,xxx원을 초과하는 부분, ② 부당무신고가산세 xxx,xxx,xxx원 부과처분 중 xx,xxx,xxx원을 초과하는 부분, ③ 납부불성실가산세 xx,xxx,xxx원 부과처분 중 x,xxx,xxx원을 초과하는 부분 및 ④ 기타가산세 xxx,xxx,xxx원 부과처분 중 x,xxx,xxx원을 초과하는 부분’이라며 그 구체적인 내역을 제시하였고(위 청구취지 및 항소취지 변경신청서 제4, 5면), 이에 대하여 피고도 구체적으로 다투고 있지 않다. 따라서 이 사건 처분 중 개인사업체인 AAA 관련 부분에 대하여는 원고의 위 산출내역 및 납세고지서 등의 기재에 따라 원고의 위 산출내역대로 개인사업체인 AAA 관련 부분을 특정할 수 있고, 위 부분에 한하여 이를 취소하여야 한다. 결국 원고에게 피고가 2020. 12. 1. 한 2019년 2기분 부가가치세 본세 xxx,xxx,xxx원 부과처분 중 xx,xxx,xxx원을 초과하는 부분, 부당무신고가산세 xxx,xxx,xxx원 부과처분 중 xx,xxx,xxx원을 초과하는 부분, 납부불성실가산세 xx,xxx,xxx원 부과처분 중 x,xxx,xxx원을 초과하는 부분 및 2021. 5. 17. 한 2019년 2기분 부가가치세 기타가산세 xxx,xxx,xxx원 부과처분 중 x,xxx,xxx원을 초과하는 부분은 위법하여 각 취소되어야 한다.

항소심인 이 법원에서 감축된 원고의 청구는 이유 있어 이를 모두 인용하여야 하고, 제1심 판결 중 위 부분은 이와 결론이 달라 부당하다. 이에 원고의 항소를 받아들여 제1심 판결 중 위 부분을 취소하고 이 사건 처분 중 해당 부분을 각 취소하기로 하여 주문과 같이 판결한다. 1) 원고가 항소심인 이 법원에서 BBB 관련 과세처분 취소를 구하는 부분을 제외하는 것으로 청구취지 및 항소취지를 감축하여 BBB 관련 과세처분 부분은 이 법원 심판범위에서 제외되었다. 2) 이에 대하여는 원고가 피고를 상대로 관련 부가가치세 부과처분 취소를 구하는 소를 제기하여 현재 서울행정법원 xxxx구합xxxxx 사건으로 제1심 소송이 계속 중인 것으로 보인다(2024. 9. 20.자 피고 답변서 제23면).