양도소득의 자본적 지출액은 지출사실이 신빙성있는 자료로 입증되어야 함

사 건 2024누32913 양도소득세부과처분취소 원고, 항소인 겸 피항소인 김AA 피고, 피항소인 겸 항소인

○○세무서장 제1심 판 결 인천지방법원 2023. 12. 12. 선고 2021구단50380 판결 변 론 종 결

2025. 5. 8. 판 결 선 고

2025. 7. 17.

1. 제1심판결 중 피고 패소 부분을 취소하고, 그 취소 부분에 해당하는 원고의 청구를 기각한다.

2. 원고의 항소를 기각한다.

3. 소송총비용은 원고가 부담한다. 청구취지 및 항소취지

피고가 2018. 10. 10. 원고에 대하여 한 2017년 귀속 양도소득세 376,506,330원(가산세 포함)의 부과처분을 취소한다.

• 가. 원고 제1심판결 중 아래에서 추가로 취소를 명하는 부분에 해당하는 원고 패소 부분을 취소한다. 피고가 2018. 10. 10. 원고에 대하여 한 2017년 귀속 양도소득세 376,506,330원의 부과처분 중 346,667,126원 부분을 취소한다.
• 나. 피고 주문 제1항과 같다.

• 가. 원고의 토지 취득 및 분할

1. 원고는 2013. 8. 20. 인천 ○○ ○○ ○○ 1519 답 3,164㎡를 2억 1,000만 원에 매수하여 2013. 10. 21. 소유권이전등기를 마쳤고, 2014. 5. 23. 인천 ○○ ○○ ○○ 1520-1 답 2,356㎡를 1억 300만 원에 매수하여 2014. 8. 4. 소유권이전등기를 마쳤다.

2. 원고와 원고가 주요 주주 겸 대표이사로 재직하였던 주식회사 BB개발(이하 ‘BB개발’이라 한다) 사이에, 위 각 토지에 관하여 아래와 같은 내용의 공사계약서(갑 제2, 3호증, 이하 ‘이 사건 공사계약서’라 한다)가 작성되었다.

3. 원고와 BB개발은 2015. 3.경 ○○군수로부터 이 사건 공사와 관련하여 위 ○○ 1519 토지에 관한 개발행위(토지형질변경) 허가를 받았다.

4. 그 후 위 ○○ 1519 답 3,164㎡ 및 같은 리 1520-1 답 2,356㎡는 아래 표와 같이 분할되고 일부 필지의 지목이 변경되었는데, 분할 후 지적도는 아래 그림과 같다(분할된 토지 전체를 이하 ‘이 사건 토지’라 하고, ○○ 1519 토지에서 분할된 1519-1 내지 4 토지를 이하 ‘이 사건 제1토지’라 하며, ○○ 1520-1 토지에서 분할된 1520-1, 5, 6, 7 토지를 이하 ‘이 사건 제2토지’라 한다).

• 나. 이 사건 토지에 관한 교환계약 및 매매계약의 체결

1. 원고는 2017. 7. 21. 박CC을 대리한 김DD, 김EE과 이 사건 토지 중 ○○ 1519 답 674㎡, 1519-1 답 660㎡, 1519-2 답 660㎡, 1519-3 답 660㎡ 합계 2,654㎡ 및 같은 리 1519-4 및 1520-7 중 일부 지분을 인천 ○○ ○○ ○○ 497-2에 위치한 건물(○○ 모텔)과 교환하는 내용의 교환계약을 체결하였다. 위 교환계약은 모텔 건물의 교환가액을 18억 5,000만 원으로, 원고 소유인 위 토지의 가액을 8억 6,000만 원으로 평가하되, 원고가 모텔 건물을 담보로 받은 대출금채무 10억 9,000만 원을 인수하며, 박CC이 원고에게 교환차액 1억 원을 지급하기로 하는 내용이었다.

2. 위 교환계약 이후 ○○ 모텔 건물은 2017. 8. 14. 박CC에서 김DD, 김EE에게 소유권이 이전되었다가 2017. 9. 8. 원고가 대표이사로 재직하던 주식회사 FF 앞으로 소유권이전등기가 마쳐졌다.

3. 원고는, 2017. 9. 8. 김DD, 김GG, 김HH, 김JJ와 이 사건 제1토지 및 진입로 부분 토지에 관하여, 2017. 11. 23. 한KK, 한LL과 이 사건 제2토지 및 진입로 부분 토지에 관하여 아래와 같은 내용의 매매계약을 체결하였다(이하 위 매수인들을‘김DD 등’이라 한다).

• 다. 공산대금 정산 합의서 작성 원고와 BB개발 사이에서 2017. 11. 30. 아래와 같은 내용의 공사대금 정산합의서(갑 제4호증, 이하 ‘정산합의서’라 한다)가 작성되었다.
• 라. 원고의 양도소득세 신고 원고는 2017. 11. 30. 이 사건 제1토지의 양도가액을 735,932,000원, 취득가액을 184,060,026원, 토목공사비용을 포함한 필요경비를 490,206,070원으로 하여 산출한 양도소득세 7,499,835원을 신고․납부하였고, 2018. 1. 25. 이 사건 제2토지의 양도가액을 494,243,920원, 취득가액을 98,486,481원, 토목공사비용을 포함한 필요경비를 364,420,768원으로 하여 산출한 양도소득세 5,001,999원을 신고․납부하였다.
• 마. 피고의 양도소득세 부과처분

1. 피고는 2018. 10. 10. 원고가 필요경비로 신고한 토목공사비 821,680,815원 중 8,400만 원을 제외한 나머지 737,680,815원(= 이 사건 제1토지 3억 7,600만 원 + 이 사건 제2토지 361,680,815원)을 인정하지 않고, 원고가 양도소득세를 불성실하게 신고하였다는 이유로 이 사건 토지에 관한 2017년 귀속 양도소득세로 원고에게 376,506,330원2)을 부과․고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).

2. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 2020. 12. 21. 그 청구가 기각되었다. [인정근거] 갑 제1 내지 6, 8 내지 13호증, 을 제1 내지 6호증(가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재 내지 영상, 변론 전체의 취지

별지 기재와 같다.

원고는 BB개발에 이 사건 공사를 10억 원에 도급 주었고, BB개발이 토목공사를 완성하고 10억 원의 전자세금계산서를 발행하였다. 그런데 원고의 자금 사정으로 기지급한 8,400만 원을 제외한 나머지 공사대금 9억 1,600만 원과 지연이자 14,175,920원 합계 930,175,920원을 제때 지급하지 못함에 따라 위 금액의 지급에 갈음하여 이 사건 토지를 BB개발에 대물변제하기로 합의하고, BB개발이 지정하는 김DD 등에게 이 사건 토지의 소유권을 이전하였다. 따라서 이 사건 토지의 양도차익을 산정함에 있어 양도가액에서 미지급 공사대금이 자본적 지출액으로 공제되어야 함에도, 피고는 원고와 BB개발 사이의 대물변제 합의가 허위임을 전제로 원고가 신고한 토목공사비 821,680,815원 중 8,400만 원만을 필요경비로 인정하였다. 그러나 원고가 이 사건 공사를 BB개발에 도급 주어 완공한 이상 원고가 BB개발에 부담하는 공사대금 상당액이 필요경비로 인정되어야 하고, 이와 같이 미지급 공사대금이 존재하는 이상 원고가 양도소득세를 부당하게 과소신고 하였다고 할 수도 없으므로, 이 사건 처분은 위법하다.

• 가. 이 사건 토지의 양도에 따른 원고의 양도차익 발생 여부

1. 원고 주장의 요지는 BB개발에 미지급 공사대금의 지급에 갈음하여 BB개발이 지정하는 김DD 등 매수인들에게 이 사건 토지를 직접 매도하는 형태로 대물변제 하였으므로 원고가 이 사건 토지의 양도로 인한 양도차익을 얻지 않았다는 것이다. 원고의 위 주장은 원고와 BB개발 사이에 작성된 이 사건 공사계약서와 정산합의서가 실체에 부합하는 진실한 것임을 전제로 한다.

2. 그러나 앞서 든 증거들에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 아래의 각 사정들을 종합하면, 원고와 BB개발 사이에서 이 사건 공사계약서에 기재된 공사대금으로 공사계약이 체결되었다거나 정산합의서 기재와 같이 대물변제 내지 정산합의가 이루어졌다는 점을 인정하기 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없다. 오히려 BB개발이 아닌 원고가 김DD 등에게 이 사건 토지를 매도하고 매매대금 상당 이익을 취득한 것으로 보이므로, 이 사건 토지의 양도로 인한 양도차익이 발생하지 않았다는 원고의 위 주장은 받아들일 수 없다.

• 가) 이 사건 공사는 ‘답’으로 주변 도로보다 1m 이상 지대가 낮은 5,520㎡(1,672평) 면적의 이 사건 토지에 흙을 쌓아올려 성토한 다음 가장자리를 따라 최고 5~6m 높이의 보강토 옹벽블록을 설치하고 그 위에 벽돌과 철제 파이프를 이용하여 1.4m 높이의 담장을 설치하는 공사이다.
• 나) 원고는 BB개발 외에도 주식회사 FF, ○○중개사, ○○중개사, ○○인테리어 등으로 사업자등록을 하고 20년 이상 농지나 임야를 매입하여 전원주택 부지로 개발하여 분양하는 부동산 개발 사업을 하여 왔다. 이 사건 공사계약서에 기재된 공사대금의 합계가 10억 원에 이르고, 원고가 오랫동안 부동산 개발 사업을 하여 왔음에도 피고 측으로부터 견적서, 시방서 등 이 사건 공사의 구체적 내용과 비용 지출에 관한 객관적 증빙서류를 제출하라는 요구를 받고도 이 사건 공사계약서 외에 다른 증빙자료를 제출하지 않았다. 특히 공사대금 중 가장 큰 비중을 차지하는 성토공사비용 6억 원과 관련해서도 15톤 트럭 5,000대, 25톤 트럭 9,000대분의 토사를 반입하였다고 주장할 뿐, 이 사건 처분 전 세무조사 당시부터 지금까지 성토비용에 관하여 신빙성 있는 자료를 제출하지 않고 있다. 이와 같이 이 사건 공사와 관련하여 원고가 실제 지출하였거나 부담하여야 할 금액이 이 사건 공사계약서 기재 공사대금과 같다는 점을 인정할 수 있는 객관적 자료가 존재하지 않고, 공사 내용과 면적에 비추어 이 사건 공사계약서에 기재된 공사대금은 상당히 과다 책정된 것으로 보여 이 사건 공사계약서 중 공사대금 부분은 그대로 믿기 어렵다.
• 다) BB개발은 본점소재지를 2013. 11. 5. ‘인천 ○○ ○○ ○○ 294’로 이전하였다가 2016. 8. 31. 다시 ‘인천 ○○ ○○ ○○ 5, 401호’로 변경하였다. 그런데 이 사건 제2토지에 관하여 2015. 3. 27. 자로 작성된 공사계약서(갑 제2호증)와 이 사건 제1토지에 관하여 2016. 4. 25. 자로 작성된 공사계약서(갑 제3호증)에는 BB개발의 주소가 모두 위 각 작성일자 이후에 변경된 본점소재지인 ‘인천 ○○ ○○ ○○ 5’로 기재되어 있는바, 이는 이 사건 공사계약서가 작성일자로 기재된 일자가 아닌 사후에 일정한 목적을 위해 소급 작성되었음을 추단케 한다.
• 라) 원고 주장과 같이 미지급 공사대금의 지급에 갈음하여 BB개발에 이 사건 토지의 처분권을 양도하였고 BB개발이 김DD 등에게 토지를 다시 양도하였다면, BB개발과 김DD 등 사이에서 이 사건 토지의 양도와 관련하여 작성한 서류가 존재함이 상당함에도 이에 관하여 작성된 서류가 존재하지 않고, 이 사건 토지에 관한 각 매매계약서에도 매도인이 원고로 기재되어 있을 뿐 원고가 주장하는 대물변제약정의 존재를 인정할 만한 내용이 기재되어 있지 않다. 또한 원고와 부동산 교환계약을 체결하였던 김DD은 세무조사 당시 ‘교환계약은 원고의 대리인 김MM과 체결하였고, BB개발은 알지도 못하고 BB개발에 별도 대금을 지급하지 않았다’는 취지로 진술하였다.
• 마) 만약 정산합의서가 진정한 것이라면 그 기재와 같이 이 사건 제1토지 교환대금 중 435,932,000원이, 제2토지 매매대금 494,243,920원이 BB개발에 귀속되어야 함에도 김DD 등 매수인들이 BB개발에 위 금액 상당을 지급하였음을 인정할 만한 증거가 없다. 오히려 아래와 같은 사실관계에 의하면, 이 사건 토지의 매매대금은 원고에게 귀속된 것으로 보인다.

① 원고는 BB개발과 정산합의서를 작성하기 전에 이 사건 제1토지의 매수인 중 1인인 김DD과 그가 소유하게 될 ○○ 모텔 건물과 이 사건 제1토지를 교환하면서 그 차액으로 1억 원을 지급받기로 하였다. 김DD은 매수인 겸 다른 매수인(김GG, 김HH, 김JJ)을 대리하여 2017. 9. 8. 원고와 이 사건 제1토지에 관한 매매계약을 체결하였고, 같은 날 ○○ 모텔 건물은 원고가 대표이사로 재직하던 주식회사 FF 앞으로, 이 사건 제1토지는 김DD, 김GG, 김HH, 김JJ 앞으로 각 소유권이전등기가 마쳐진 점, 이 사건 제1토지의 매매대금 합계 735,932,000원이 정산합의서에 기재된 위 토지의 교환대금과 일치하는 점에 비추어 보면, 이 사건 제1토지의 매수인들은 BB개발이 아닌 원고에게 매매대금의 지급에 갈음하여 위 모텔 건물의 소유권을 원고가 지정한 주식회사 FF 앞으로 이전한 것으로 보인다.

② 이 사건 제2토지 역시 원고의 주장대로라면 원고가 BB개발이 지정하는 한KK, 한NN에게 매도하면서 미지급 공사대금에 해당하는 매매대금이 BB개발에 귀속되어야 함에도 그 매매대금이 BB개발에 귀속되었음을 인정할 만한 자료가 없다.

③ 원고는 ‘답’인 이 사건 토지를 매수한 후 토목공사를 하여 7개의 전원주택부지로 개발하였고, 이 사건 토지 일대에 ‘토지주가 직접 토지를 분양한다.’는 내용의 플래카드가 걸려 있었으며, 원고와 김DD 등 매수인들 사이에 이 사건 토지에 관하여 원고를 매도인으로 한 매매계약서가 작성된 점 등에 비추어 이 사건 토지는 BB개발이 아닌 원고가 김DD 등 매수인들에게 직접 매도한 것으로 봄이 타당하다.

• 바) 앞서 본 바와 같이 2017. 11. 30. 자로 원고와 BB개발 사이에서 정산합의서가 작성되었고, BB개발이 2017. 11. 30. 원고에게 이 사건 공사계약서에 기재된 공사대금을 공급가액으로 한 전자세금계산서를 발행하였으며, 원고가 같은 날 이 사건 제1토지에 관한 양도소득세 신고를 하였다. 그러나 위에서 본 바와 같이 이 사건 공사계약서와 정산합의서의 기재내용을 그대로 믿기 어렵고, BB개발이 전자세금계산서를 발행하였을 뿐 그에 따른 부가가치세를 납부하지 않았다. 따라서 BB개발이 이 사건 공사계약서에 부합하는 내용의 전자세금계산서를 발행하였더라도 위 전자세금계산서 기재 공급가액으로 용역을 제공하였다고 믿기 어렵다. 오히려 원고와 BB개발과의 관계, 원고가 주장하는 대물변제약정의 내용이 이례적일 뿐만 아니라 객관적 금융거래자료에 배치되는 점에 더하여 정산합의서 작성, 전자세금계산서의 발행 및 이 사건 제1토지에 관한 양도소득세 신고가 같은 일자에 이루어진 것으로 보아 원고가 이 사건 토지의 양도로 인한 조세 부담을 회피하기 위하여 일련의 서류들을 동시에 작성하였을 가능성이 커 보인다.
• 나. 양도차익에서 공제할 필요경비의 범위

1. 원고의 주장 BB개발이 이 사건 공사를 하였고, 원고와 BB개발이 체결한 공사계약과 정산합의가 실체에 부합하므로, 이 사건 토지의 양도에 따른 양도차익을 계산함에 필요경비로 피고가 공사비로 인정한 8,400만 원 외에도 추가로 737,680,815원(= 이 사건 제1토지 3억 7,600만 원 + 이 사건 제2토지 361,680,815원)이 공사비로 인정되어야 한다.

2. 판단

• 가) 관련 규정 및 법리 (1) 소득세법 제97조 제1항 제2호 는 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비로 ‘자본적 지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것’을 규정하고 있고, 그 위임에 따른 구 소득세법 시행령(2017. 12. 29. 대통령령 제28511호로 개정되기 전의 것) 제163조 제3항 제3호는 위 ‘자본적 지출액 등으로서 대통령령으로 정하는것’의 하나로 ‘양도자산의 용도변경․개량 또는 이용편의를 위하여 지출한 비용’을 들고 있으며, 위 비용에 대한 필요경비의 인정은 ‘ 소득세법 및 법인세법에 따른 계산서, 부가가치세법에 따른 세금계산서, 신용카드매출전표, 현금영수증을 수취․보관한 경우’로 규정하고 있다.

(2) 과세처분의 위법을 이유로 그 취소를 구하는 행정소송에서 과세처분의 적법성 및 과세요건사실의 존재에 대한 증명책임은 원칙적으로 과세관청에 있으므로 과세소득확정의 기초가 되는 필요경비나 손금에 관하여도 원칙적으로 과세관청이 그 증명책임을 부담하지만, 필요경비나 손금에 관한 사항은 일반적으로 납세의무자에게 유리한 것일 뿐 아니라 그 기초가 되는 사실관계도 대부분 납세의무자의 지배영역 안에 있어 과세관청으로서는 그 증명이 곤란한 경우가 있으므로, 그 증명의 곤란이나 당사자 사이의 형평을 고려하여 납세의무자로 하여금 증명하게 하는 것이 합리적인 경우에는 증명의 필요를 납세의무자에게 돌릴 수 있다(대법원 2013. 10. 31. 선고 2010두4599 판결 참조). 필요경비의 구체적인 항목에 대한 증명에 관하여 그 증명의 난이라든가 당사자의 형평 등을 고려하여 납세의무자에게 그 증명의 필요를 돌리는 경우란 과세관청에 의하여 납세의무자가 신고한 어느 비용의 용도와 그 지급의 상대방이 허위임이 상당한 정도로 증명된 경우 등을 가리킨다(대법원 1999. 1. 15. 선고 97누15463 판결, 대법원 2015. 6. 23. 선고 2012두7776 판결 등 참조).

• 나) 구체적 판단

(1) 위 관련 법령과 법리에 의하면, 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제되는 필요경비로 인정되는 자본적 지출액으로서의 공사비는 거주자가 양도자산의 용도변경․개량 또는 이용편의를 위하여 실제 지출한 비용으로서 그 지출사실이 객관적으로 신빙성 있는 자료에 의하여 입증된 경우에만 인정할 수 있다고 보아야 한다.

(2) 이 사건 토지에 관하여 이 사건 공사가 이루어졌고, BB개발이 원고에게 이 사건 공사계약서에 기재된 공사대금을 공급가액으로 한 전자세금계산서를 발행한 사실은 앞서 본 바와 같다. 그러나 필요경비로 공제되어야 할 공사비에 관한 원고의 주장은 이 사건 공사계약서에 기재된 공사대금으로 실제 공사계약이 체결되었고, 정산합의서에 기재된 내용으로 대물변제 내지 정산합의가 이루어졌음을 전제로 하는데, 위에서 본 바와 같이 이 사건 공사계약서 및 정산합의서가 실체에 부합하게 유효하게 성립하였다는 점을 인정할 증거가 부족하다. 이와 같이 이 사건 공사계약서와 정산합의서의 기내내용을 신빙하기 어려운 이상 이를 전제로 하는 원고의 위 주장은 더 나아가 살펴볼 필요 없이 이유 없다.

(3) 원고가 이 사건 공사비가 10억 원이라는 점에 대한 자료로 제출한 이 사건 공사계약서와 정산합의서를 신빙할 수 없으므로, 앞서 본 법리에 따라 이 사건 공사를 위한 공사비가 지출되었다는 점은 원고로 하여금 입증하게 하는 것이 합리적이다. 또한 이 사건 공사계약서와 정산합의서의 기재내용을 신빙할 수 없더라도, 원고가 이 사건 토지의 용도변경․개량 또는 이용편의를 위하여 실제 지출한 비용을 입증하면 필요경비로 인정될 여지가 있으므로, 이 점에 관하여 살펴본다. 원고는 BB개발이 이 사건 공사 즈음에 지출한 금액이 모두 이 사건 공사와 관련된 것이라는 전제에서 원고 주장과 같은 규모의 이 사건 공사가 실제 진행되었으므로, BB개발이 이 사건 공사에 지출한 공사비를 원고가 지출한 비용으로 인정되어야 한다고 주장한다. 그러나 앞서 든 증거들에다가 을 제7 내지 19호증, 을 제21 내지 24호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 보태어 인정할 수 있는 다음과 같은 사정들을 종합하여 보면, 원고가 이 사건 공사와 관련하여 기지급한 8,400만 원 외에 BB개발에 대하여 추가 공사대금을 지급하였거나 부담한다고 볼 수 없으므로, 원고의 위 주장도 받아들이기 어렵다.

① 거주자의 양도차익을 계산할 때에 양도가액에서 공제되는 필요경비로서의 자본적 지출액은 양도자인 거주자가 실제 지출한 비용을 의미하고, 원고가 이 사건 토지를 김DD 등에게 양도한 이상 양도자인 원고가 이 사건 공사와 관련하여 지출했음이 객관적으로 확인되는 금액만을 공사비로 인정할 수 있다. 따라서 BB개발이 이 사건 공사와 관련하여 지출한 추가 비용이 있더라도 원고가 이를 실제 부담하지 아니한 이상 BB개발의 지출액을 원고의 공사비에 포함시킬 수 없다.

② 그런데 원고가 이 사건 공사와 관련하여 BB개발에 실제 지급한 공사비는 8,400만 원에 불과하고, 원고가 공사비로서 필요경비에 포함되어야 한다고 주장하는 공사비는 모두 원고가 아닌 BB개발이 지출한 내역에 불과하다. 나아가 BB개발이 이 사건 공사 즈음에 이 사건 현장 외에 다른 곳에서 부동산 개발 사업을 하고 있었던 것으로 보이므로, 원고가 제출한 증거들만으로 BB개발이 이 사건 공사 무렵 지출한 금액 전부가 이 사건 공사에 투입된 비용이라고 보기도 어렵다.

③ 나아가 제1심법원의 각 사실조회 결과와 금융거래정보제출명령 결과에 의하면, BB개발이 이 사건 공사와 관련하여 다른 공사업체(사단법인 ○○협회, ○○중기, 허○○ 등)에 지급한 사실이 금융거래내역에 의하여 인정되는 금액은 제1심판결에서 인정한 82,451,664원과 이 법원에서 제출된 갑 제50호증의 기재에 의하여 인정되는 강○○(○○판넬)에 대한 공사대금 480만 원에 불과한 것으로 보인다. 그런데 위 각 금액의 합계액은 원고가 BB개발에 이 사건 공사와 관련하여 지급한 8,400만 원과 큰 차이가 없고, 이 사건 공사 당시 공사비용이 증가함에 따라 원고가 8,400만 원을 초과하여 BB개발에 추가 공사비를 지급해야만 했음을 뒷받침할 수 있는 객관적 자료도 존재하지 않는다.

• 다) 소결 이 사건 토지의 양도에 따른 양도차익을 계산함에 필요경비로 인정될 수 있는 공사비는 8,400만 원에 불과하므로, 원고의 이 부분 주장은 이유 없다. 따라서 원고가 자본적 지출액으로 추가 인정되어야 한다고 주장하는 공사비 737,680,815원을 필요경비로 인정하지 아니한 이 사건 처분은 적법하다.
• 다. 과소신고에 따른 가산세 부과의 적법 여부 국세기본법 제47조의3 제1항 이 부정행위로 인한 과소신고의 경우 가산세를 중과하는 이유는 국세의 과세표준 또는 세액 계산의 기초가 되는 사실의 전부 또는 일부를 은폐하거나 가장하는 경우에는 조세의 부과와 징수가 불가능하거나 현저히 곤란하므로 납세의무자로 하여금 성실하게 과세표준을 신고하도록 유도하기 위하여 부정행위에 의하지 아니한 일반 과소신고의 경우보다 훨씬 높은 세율의 가산세를 부과하는 제재를 가하려는 것이다. 따라서 국세기본법 제47조의3 제1항 제1호 가 규정하는 ‘부정행위로 과소신고한 경우’에 해당하기 위해서는 국세에 관한 과세요건사실의 발견을 곤란하게 하거나 허위의 사실을 작출하는 등의 부정한 적극적인 행위에 의하여 과세표준을 과소신고하는 경우에 해당하여야 하고, 또한 국세 납부의무를 면탈함으로써 결과적으로 국가의 조세수입 감소를 가져오게 될 것이라는 점에 대한 인식이 있어야 한다(대법원 2013. 11. 28. 선고 2013두12362 판결, 대법원 2015. 1. 15. 선고 2014두11618 판결 등 참조). 이 경우 허위의 세금계산서를 수취하는 방법으로 경비를 허위계상하여 과세표준을 과소신고한 경우는 부정 과소신고 가산세의 대상이 될 수 있다. 앞서 본 사실 및 사정들에 의하면, 원고는 자신이 대표이사로 있던 BB개발과 이 사건 공사계약서, 정산합의서를 허위로 작성한 다음 이를 이용하여 양도소득세를 감면받으려 과소신고 하였음이 분명하므로, 피고가 이 사건 처분을 함에 있어 이를 이유로 가산세를 부과한 것은 적법하다. 따라서 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없어 이를 기각하여야 한다. 제1심판결은 이와 결론을 일부 달리하여 부당하므로, 피고의 항소를 받아들여 제1심판결 중 피고 패소 부분을 취소하고, 그 취소 부분에 해당하는 원고의 청구를 기각하며, 원고의 항소는 이유 없어 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.