통고처분대상에 해당하지 않는 부분은 과세전적부심사청구 예외사유에 해당하지 아니함

사 건 2023누70062 법인세 부과처분 등 취소청구 원고(항소인) AAA㈜ 피고(피항소인)

○○세무서장 환 송 판 결 대법원 2023. 12. 7. 선고 2022두45968 판결 변 론 종 결

2024. 07. 11. 판 결 선 고

2024. 09. 05.

1. 제1심판결 중 아래에서 취소를 명하는 원고 패소 부분을 취소한다. 피고가 201x. x. 4. 원고에 대하여 한 별지 1. 목록 기재 각 법인세(가산세 포함) 부과처분 중 해당 ‘정당세액’란 기재 세액을 초과하는 부분을 각 취소한다.

2. 원고의 나머지 항소를 기각한다.

3. 소송 총 비용 중 20 % 는 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다. 청구취지 및 항소취지 제1심판결을 취소한다. 피고가 201x. x. 4. 원고에 대하여 한 별지 1. 목록 기재 각 법인세(가산세 포함) 부과처분 중 해당 ‘원고 주장 정당세액’란 기재 세액을 초과하는 부분을 각 취소한다.

• 가. 원고는 설비공사업 등을 영위하는 법인이다.
• 나. cc지방국세청장은 201x. x. 21.부터 원고의 2011 내지 2014 사업연도 법인세제 통 합조사(이하 ‘이 사건 조사’라 한다)를 실시하던 중 2013 사업연도 법인세 관련 조세포탈 혐의금액 및 조세포탈 예상세액이 조세범 처벌절차법 제7조 제1항 제2호, 조세범 처벌절차법 시행령 제6조 제1항 에 따른 조세범칙조사 대상 선정기준에 해당하며 다른 과세기간에도 조세포탈 혐의금액이 확인되자, 201x. x. 21.부터 조사유형을 조세범칙조사로 전환하고 조사범위를 2015 사업연도까지로 확대하였다.
• 다. cc지방국세청장은 201x. x. 29. 이 사건 조사를 종결한 다음, 원고가 2011 내지 2015 사업연도에 가공의 공사원가를 계상하고, 해외공사 수입금액을 신고 누락하였으며, 유가증권 손상차손을 손금에 잘못 산입하였다는 등의 이유로 201x. x. 13. 원고에게 위 각 사업연도의 법인세 등을 부과하겠다는 내용의 세무조사 결과에 대한 서면통지를 하였다(이하 ‘이 사건 세무조사결과통지’라 한다).
• 라. 피고는 원고가 이 사건 세무조사결과통지를 받은 날부터 30일이 지나기 전인 201x. x. 4. 원고에 대하여 2011 내지 2015 사업연도 귀속 법인세(가산세 포함)를 증액경정․고지하였다가, 조세심판원의 결정에 따라 그 일부를 감액경정․고지하였다(이하 위와 같이 감액되고 남은 별지 1. 목록 해당 ‘잔존세액’란 기재 법인세 부과처분을 ‘이 사건 부과처분’이라 한다).
• 마. 한편, cc지방국세청장은 원고의 대표이사 등이 2011 내지 2015 사업연도에 가공의 공사원가를 계상하고 해외공사 수입금액을 누락하여 원고의 법인세를 포탈한 행위 등이 구 조세범 처벌법(2015. 12. 29. 법률 제13627호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제3조 제6항 제4호에 해당하는 사기나 그 밖의 부정한 행위에 해당한다고 보아, 조세범칙조사심의위원회의 심의를 거쳐 201x. x. 26. 원고에게 벌금상당액 등을 납부할 것을 통고하였다가 201x. x. 10. 납부액을 변경하였다(이하 ‘이 사건 통고처분’이라 한다). [인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 4호증, 을 제1 내지 13호증(가지번호 있는 것은 각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 부과처분의 적법 여부

• 가. 원고의 주장 요지 구 국세기본법(2018. 12. 31. 법률 제16097호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제81조의15 제1항에 따르면 세무조사결과통지 등을 받은 자는 30일 이내에 통지를 한 세무서장이나 지방국세청장에게 통지 내용의 적법성에 관한 심사(이하 ‘과세전적부심사’라 한다) 를 청구할 수 있다. 이 사건 부과처분 중 고발 또는 통고처분의 대상에 해당하지 않는 부분, 즉 ① 본세 중 일반과소신고가산세가 적용된 부분, ② 일반과소신고가산세, ③ 본세 중 일반과소신고가산세가 적용된 부분과 관련한 납부불성실가산세(이하 총칭하여 ‘이 사건 쟁점 부분’이라 한다)는 이 사건 통고처분의 대상이 된 조세범칙행위와 동일성이 인정되지 않아 구 국세기본법 제81조의15 제2항 제2호 (이하 ‘이 사건 예외조항’이라 한다)에 따라 과세전적부심사를 거치지 않고 곧바로 과세처분을 할 수 있는 예외사유가 존재하지 않는다. 그런데도 이 사건 부과처분은 이 사건 세무조사결과통지가 있은 때로부터 30일이 경과하기 전에 이루어졌는바, 과세전적부심사 청구기간이 경과하기 전에 이루어진 이 사건 부과처분 중 이 사건 쟁점 부분(별지 1. 목록 해당 ‘원고 주장 정당세액’란 기재 세액을 초과하는 부분)은 원고의 절차적 권리를 침해하여 이루어진 것으로 중대 ․ 명백한 하자가 있어 취소되어야 한다.
• 나. 관계 법령 별지 2. 기재와 같다.
• 다. 판단

1. 관련 규정 및 법리

• 가) 구 국세기본법 제81조의15 제1항 본문 및 제1호는 ‘세무조사 결과에 대한 서면통지(이하 ’세무조사결과통지‘라 한다)를 받은 자는 통지를 받은 날부터 30일 이내에 통지를 한 세무서장이나 지방국세청장에게 통지 내용의 적법성에 관한 심사(과세전적부심사)를 청구할 수 있다’고 규정하고 있고, 같은 조 제3항은 ‘과세전적부심사 청구를 받은 세무서장․지방국세청장 등은 각각 국세심사위원회의 심사를 거쳐 결정을 하고 그 결과를 청구를 받은 날부터 30일 이내에 청구인에게 통지하여야 한다’고 규정하고 있으며, 같은 조 제8항의 위임에 따른 구 국세기본법 시행령(2019. 2. 12. 대통령령 제29534호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제63조의14 제4항 본문은 ‘과세전적부심사 청구를 받은 세무서장․지방국세청장 등은 그 청구부분에 대한 결정이 있을 때까지 과세표준 및 세액의 결정이나 경정결정을 유보하여야 한다’고 규정하고 있다.
• 나) 사전구제절차로서 과세전적부심사 제도가 가지는 기능과 이를 통해 권리구제가 가능한 범위, 이러한 제도가 도입된 경위와 취지, 납세자의 절차적 권리 침해를 효율적으로 방지하기 위한 통제 방법과 더불어, 헌법 제12조 제1항에서 규정하고 있는 적법절차의 원칙은 형사소송절차에 국한되지 아니하고, 세무공무원이 과세권을 행사하는 경우에도 마찬가지로 준수하여야 하는 점 등을 고려하여 보면, 구 국세기본법 등이 과세전적부심사를 거치지 않고 곧바로 과세처분을 할 수 있거나 과세전적부심사에 대한 결정이 있기 전이라도 과세처분을 할 수 있는 예외사유로 정하고 있다는 등의 특별한 사정이 없는 한, 세무조사결과통지 후 과세전적부심사 청구나 그에 대한 결정이 있기도 전에 과세처분을 하는 것은 원칙적으로 과세전적부심사 이후에 이루어져야 하는 과세처분을 그보다 앞서 함으로써 과세전적부심사 제도 자체를 형해화시킬 뿐만 아니라 과세전적부심사 결정과 과세처분 사이의 관계 및 그 불복절차를 불분명하게 할 우려가 있으므로, 그와 같은 과세처분은 납세자의 절차적 권리를 침해하는 것으로서 그 절차상 하자가 중대하고도 명백하여 무효이다(대법원 2016. 12. 27. 선고 2016두49228 판결, 대법원 2020. 12. 29. 선고 2017두51174 판결 등 참조).
• 다) 한편, 과세전적부심사 제도는 과세처분 이전의 단계에서 납세자의 주장을 반영함으로써 권리구제의 실효성을 높이기 위하여 마련된 사전구제절차이기는 하지만, 국세부과 제척기간이 임박한 경우에는 이를 생략할 수 있는 등 과세처분의 필수적 전제가 되는 것은 아닐 뿐만 아니라 납세자에게 신용실추, 자력상실 등의 사정이 발생하여 납기전징수의 사유가 있는 경우에도 조세징수권의 조기 확보를 위하여 그 대상이나 심사의 범위를 제한할 필요가 있다(대법원 2012. 10. 11. 선고 2010두19713 판결 참조). 이에 따라 구 국세기본법 제81조의15 제2항 은 각 호에서 납세자가 가지는 절차적 권리의 침해를 용인할 수 있는 일정한 사유로서 과세전적부심사를 거치지 않아도 되는 예외사유를 규정하고 있는데, 제2호에서 ‘ 조세범 처벌법 위반으로 고발 또는 통고처분하는 경우‘를 들고 있다. 그리고 구 국세기본법 시행령 제63조의14 제4항 단서는 ‘구 국세기본법 제81조의15 제2항 각 호에서 규정한 과세전적부심사를 거치지 않아도 되는 예외사유에 해당하거나 같은 조 제7항에 따른 신청이 있는 경우에는 과세전적부심사에 대한 결정이 있기 전이라도 과세처분을 할 수 있다’고 규정하고 있다.

2. 구체적 판단 앞서 본 과세전적부심사 제도 관련 문언과 체계에다가, 아래와 같은 이 사건 예외조항의 문언과 취지, 고발 또는 통고처분의 대상 및 효력에 관한 법리 등에 비추어 보면, 이 사건 부과처분 중 원고가 취소를 구하는 이 사건 쟁점 부분은 이 사건 통고처분의 대상이 된 조세범칙행위 부분과 동일성이 인정되지 않아 이 사건 예외조항에 따른 과세전적부심사의 예외사유가 존재하지 않는다고 봄이 타당하다.

• 가) 조세범 처벌절차법에 따른 통고처분은 조세범칙행위에 대해 그와 관련된 포탈세액 등을 기준으로 벌금상당액 등을 산정하며(조세범 처벌절차법 제15조 제4항, 조세범 처벌절차법 시행령 제12조 제2항 [별표] 벌금상당액 부과기준), 통고처분의 효력이 미치는 범위는 통고처분의 대상이 된 해당 조세범칙행위 자체 및 그 범칙행위와 동일성이 인정되는 범칙행위로 한정된다(조세범 처벌절차법 제15조 제3항, 대법원 2011. 4. 28. 선고 2009도12249 판결 참조). 또한 조세범 처벌절차법에 따라 조세범칙사건에 대한 고발이 있는 경우에도 그 고발의 효력은 고발의 대상이 된 해당 조세범칙행위 자체 및 그 범칙행위와 동일성이 인정되는 범칙행위에 한하여 미치고, 고발장에 기재된 범칙행위와 동일성이 인정되지 않는 다른 범칙행위에 대해서까지 미칠 수는 없다(대법원 2014. 10. 15. 선고 2013도5650 판결 참조). 이러한 법리를 고려하면, 납세자가 받은 세무조사결과통지 내용 중 그 일부에 대하여 과세관청이 조세포탈 등 조세범칙행위가 인정된다고 보아 조세범 처벌절차법에 따라 고발 또는 통고처분을 하였더라도 그 효력은 고발장 또는 통고서에 기재된 조세범칙행위와 동일성이 인정되는 범위 내에서만 미친다고 보아야 하므로, 세무조사결과통지 내용 중 고발 또는 통고처분의 대상이 된 조세범칙행위와 동일성이 인정되지 않는 부분에 대해서까지 이 사건 예외조항이 규정한 ‘ 조세범 처벌법 위반으로 고발 또는 통고처분하는 경우’에 해당한다고 볼 수는 없다. 나) 구 국세기본법 제81조의15 제1항 에 의하면 과세전적부심사는 세무조사결과통지 내용의 적법성을 심사의 대상으로 하는데, 구 국세기본법 시행규칙(2019. 3. 20. 기획재정부령 제715호로 개정되기 전의 것) 제37조는 ‘세무조사결과통지는 별지 제56호 서식의 세무조사 결과통지서에 따른다‘라고 규정하고 있고, 위 별지 제56호 서식은 세무조사 항목별 조사 결과를 ’세무조사 결과통지서‘에 첨부하도록 기재하고 있다. 그리고 구 국세기본법 제81조의15 제7항 은 ‘세무조사결과통지를 받은 자는 과세전적부심사를 청구하지 아니하고 통지받은 내용의 전부 또는 일부에 대하여 과세표준 및 세액을 조기에 결정하거나 경정결정해 줄 것을 신청할 수 있다’고 규정하고 있는데, 이는 세무조사결과통지 내용의 일부에 대해서만 과세전적부심사를 청구하는 것이 가능함을 전제로 한 규정이다. 그렇다면 세무조사결과통지의 내용 중 고발 또는 통고처분의 대상이 되지 않은 부분에 대해서만 과세전적부심사를 청구하여 그 적법성을 심사하는 것도 충분히 가능하다고 볼 수 있다. 즉, 과세관청은 납세자를 조세범 처벌법 위반으로 고발 또는 통고처분하는 경우 해당 과세처분 중 고발 또는 통고처분 대상이 아닌 부분에 대하여는 과세전적부심사의 기회를 부여하여야 하는 것이다.
• 다) 한편, 과세전적부심사제도는 1999. 8. 31. 법률 제5993호로 국세기본법이 개정되면서 납세자의 권익 향상과 세정의 선진화를 위하여 도입되었다. 과세전적부심사를 거치지 않고 곧바로 과세처분을 할 수 있는 예외사유 중 하나로 2010. 12. 27. 법률 제10405호로 개정되기 전의 국세기본법 제81조의15 제2항 제2호 는 ‘조세범칙사건을 조사하는 경우’를 규정하고 있었는데, 2010. 12. 27. 법률 제10405호로 국세기본법이 개정되면서 위 조항의 문언이 이 사건 예외조항(‘ 조세범 처벌법 위반으로 고발 또는 통고처분하는 경우’)과 같이 변경되었으며, 그 개정취지는 조세범칙사건을 조사한 결과 무혐의 등으로 고발 또는 통고처분을 하지 않는 경우까지 과세전적부심사 청구를 할 수 없는 것으로 오인될 수 있는 문제점을 해소하기 위한 것이다[국세청이 발간한 ‘개정세법 해설(2011)’ 참조]. 만약 이 사건 예외조항의 적용 여부를 과세단위를 기준으로 판단할 경우, 수 개의 조세범칙행위 중 극히 일부 범칙행위에 대해서만 고발 또는 통고처분이 이루어지고, 나머지 범칙행위에 대해서는 무혐의 등으로 고발 또는 통고처분을 하지 않는 경우에도 과세관청은 고발 또는 통고처분이 이루어진 범칙행위와 관련된 과세단위 전체에 대해 과세전적부심사를 거치지 않고 곧바로 과세처분을 할 수 있게 되는 부당한 결론에 이르게 되는바, 이는 앞서 살펴본 이 사건 예외조항의 개정취지에 반하게 된다.

3. 취소의 범위

• 가) 과세처분취소소송에 있어 처분의 적법 여부는 정당한 세액을 초과하느냐의 여부에 따라 판단되는 것이다. 당사자는 사실심 변론종결 시까지 객관적인 과세표준과 세액을 뒷받침하는 주장과 자료를 제출할 수 있고, 이러한 자료에 의하여 적법하게 부과될 정당한 세액이 산출되는 때에는 그 정당한 세액을 초과하는 부분만 취소하여야 한다(대법원 1992. 7. 24. 선고 92누4840 판결 등 참조).
• 나) 앞서 본 바와 같이 피고는 이 사건 쟁점 부분이 이 사건 통고처분의 대상이 된 부분과 동일성이 인정되지 않아 이 사건 예외조항에 규정된 예외사유가 존재하지 않음에도 불구하고 원고가 이 사건 세무조사결과통지를 받은 날부터 30일 이내에 이 사건 부과처분을 하였다. 따라서 피고가 201x. x. 4. 원고에 대하여 한 이 사건 부과처분 중 이 사건 쟁점 부분은 납세자의 절차적 권리를 침해하는 것으로 위법하므로 취소되어야 한다.
• 다) 한편, 당사자 사이에 다툼이 없거나 을 제17호증의 기재 및 변론 전체의 취지에 의하면, 이 사건 쟁점 부분에 대한 소득을 취소하여 2011 내지 2015 사업연도 법인세를 산정할 경우 그 정당세액(가산세 포함)은 별지 1. 목록 기재 각 법인세(가산세 포함) 부과처분 중 해당 ‘정당세액’란 기재 세액(합계 0,000,000,000원)이라 할 것이므로 그 세액을 초과하는 부분(합계 0,000,000,000원)은 취소되어야 한다.

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 위 인정 범위 내에서 이유 있어 이를 인용하고, 나머지 청구는 이유 없어 이를 기각하여야 한다. 제1심판결은 이와 일부 결론을 달리하여 부당하므로 원 고의 항소를 일부 받아들여 제1심판결 중 위 인정 범위에 해당하는 원고 패소 부분을 취소하고, 원고의 나머지 항소는 이유 없어 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.