중복세무조사 해당 여부

사 건 2023누69352 부가가치세부과처분취소 원 고 aa 주식회사 피 고 bb세무서장 변 론 종 결

2024. 8. 28. 판 결 선 고

2024. 9. 25.

1. 원고의 항소를 기각한다.

2. 항소비용은 원고가 부담한다. 청구취지 및 항소취지 제1심 판결을 취소한다. 피고가 2022. 7. 1. 원고에게 한 2016년 1기분 부가가치세 xx,xxx,xxx원, 2016년 2기분 부가가치세 xx,xxx,xxx원(각 가산세 포함)의 부과처분을 모두 취소한다.

1. 정당한 제1심 판결 인용과 추가 등 원고 항소이유는 제1심에서의 주장과 크게 다르지 아니하고, 이 사건 변론에 제출된 모든 증거와 소송자료(항소심에 추가로 제출된 서증인 갑 제9, 10호증 포함)를 원고 주장(2024. 1. 16.자 항소이유서 기재 주장 포함)과 함께 다시 살펴보더라도 제1심의 사실인정과 판단은 정당한 것으로 인정된다. 이에 항소심인 이 법원이 이 사건에 관하여 적을 이유는, 제1심 판결문 제3면 제14행의 “국세기본법”을 “구 국세기본법”으로, “개정되기 전의 것”을 “개정되기 전의 것, 이하 같다”로 각 고쳐 쓰고, 원고가 이 법원에서 강조하거나 추가하는 주장에 관하여 제2항 기재와 같은 판단을 추가하는 것 외에는 제1심 판결의 이유 부분 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 따라 약어를 포함하여 이를 인용한다(별지 제외).

• 가. 원고 주장 요지 과세관청은 제1차 세무조사 당시 원고 법인, 대표자 및 그 배우자인 ccc의 계좌내역과 각 거래처들을 철저히 조사하였고, 여기에는 당연히 원고가 ddd에게, ddd이 ccc에게 이체한 각 자금 내역이 모두 포함되어 있으므로, 원고와 ddd 사이 입출금계좌내역 자료는 제1차 세무조사에서 이미 조사된 자료에 포함되어 있다. 과세관청은 제1차 세무조사에서 계좌내역 및 거래처 조사 등을 통해 얼마든지 원고가 ddd으로부터 수취한 세금계산서의 허위 여부에 대한 세무조사를 할 수 있었고, 제1차 세무조사 당시 ddd과 관련한 세무조사를 하는 것이 무리였다는 등의 특별한 사정이 있었다고도 볼 수 없다. 따라서 제2차 세무조사를 구 국세기본법 제81조의4 제2항 제1호 에서 정한 ‘조세탈루 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우’에 예외적으로 허용되는 재조사라고 볼 수 없고, 이 사건 처분은 위법한 재조사에 기초한 것으로서 위법하다. 이와 달리 만약 제2차 세무조사가 허용된다고 본다면 이는 사실상 무제한의 중복세무조사가 가능하다는 것으로서, 종전 세무조사 과정에서 착오나 과실로 인해 혐의 중 일부를 발견하지 못한 과세관청의 책임을 납세자에게 전가하는 결과가 되어 부당하다.
• 나. 관련 법리 구 국세기본법 제81조의4 제2항 에서는 ‘세무공무원은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우가 아니면 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재조사를 할 수 없다’고 규정하여 세목과 과세기간을 기준으로 재조사에 해당하는지를 판단하도록 하고 있다. 또한 같은 법 제81조의7 제1항 본문에서는 세무조사를 시작하기 전에 통지하여야 할 사항의 하나로 ‘조사대상 세목’을 들고 있으며, 제81조의9 제1항에서는 ‘세무공무원은 구체적인 세금탈루 혐의가 여러 과세기간 또는 다른 세목까지 관련되는 것으로 확인되는 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 조사 진행 중 세무조사의 범위를 확대할 수 없다’고 규정하여 세무조사의 단위를 구분하는 원칙적인 기준이 과세기간과 세목임을 밝히고 있다. 나아가 같은 법 제81조의11 제1항, 제2항에서는 ‘세무조사는 특정한 세목만을 조사할 필요가 있는 일정한 경우를 제외하고는 납세자의 사업과 관련하여 세법에 따라 신고·납부의무가 있는 세목을 통합하여 실시하는 것을 원칙으로 한다’는 취지로 규정하고 있다. 이러한 관련 규정의 문언과 체계, 같은 세목 및 과세기간에 대한 거듭된 세무조사는 납세자의 영업의 자유나 법적 안정성 등을 심각하게 침해할 뿐만 아니라 세무조사권의 남용으로 이어질 우려가 있으므로 조세공평 원칙에 현저히 반하는 예외적인 경우를 제외하고는 금지될 필요가 있는 점, 재조사를 금지하는 입법 취지에는 세무조사기술의 선진화도 포함되어 있는 점 등을 종합하면, 세무공무원이 어느 세목의 특정 과세기간에 대하여 모든 항목에 걸쳐 세무조사를 한 경우는 물론 그 과세기간의 특정 항목에 대하여만 세무조사를 한 경우에도 다시 그 세목의 같은 과세기간에 대하여 세무조사를 하는 것은 구 국세기본법 제81조의4 제2항 에서 금지하는 재조사에 해당하고, 세무공무원이 당초 세무조사를 한 특정 항목을 제외한 다른 항목에 대하여만 다시 세무조사를 함으로써 세무조사의 내용이 중첩되지 아니하였다고 하여 달리 판단할 것은 아니다. 다만 당초의 세무조사가 다른 세목이나 다른 과세기간에 대한 세무조사 도중에 해당 세목이나 과세기간에도 동일한 잘못이나 세금탈루 혐의가 있다고 인정되어 관련 항목에 대하여 세무조사 범위가 확대됨에 따라 부분적으로만 이루어진 경우와 같이 당초 세무조사 당시 모든 항목에 걸쳐 세무조사를 하는 것이 무리였다는 등의 특별한 사정이 있는 경우에는 당초 세무조사를 한 항목을 제외한 나머지 항목에 대하여 향후 다시 세무조사를 하는 것은 구 국세기본법 제81조의4 제2항 에서 금지하는 재조사에 해당하지 아니한다(대법원 2015. 2. 26. 선고 2014두12062 판결 등 참조).
• 다. 판단 서울지방국세청장이 원고에 대하여 2013 내지 2015 각 사업연도 법인세에 대한 통합세무조사를 실시하다가, 2017. 2. 16. 2016년 1, 2기분 부가가치세로 조사 범위를 확대하여 제1차 세무조사를 한 사실은 앞서 인정한 것과 같고, 앞서 든 증거들과 변론 전체의 취지에 의하면 서울지방국세청장이 2017. 2. 16. 원고에게 발송한 ‘조사 범위 확대 통지’ 문서에는 그 확대 사유가 ‘명백한 세금탈루 혐의 또는 세법 적용의 착오 등이 있는 조사 대상 과세기간의 특정 항목이 다른 과세기간에도 있어 그 항목에 대한 조사가 필요한 경우에 해당(국세기본법 제81조의9 및 같은 법 시행령 제63조의11)’이라고 기재되어 있다(갑 제4호증 제1면). 이러한 사실을 위 법리에 따라 판단하면, 제1차 세무조사는 당초의 2013 내지 2015 각 사업연도 법인세에 대한 통합세무조사 도중에 2016년 1, 2기분 부가가치세에도 동일한 잘못이나 세금탈루 혐의가 있다고 인정되어 관련 항목에 대하여 세무조사 범위가 확대됨에 따라 부분적으로만 이루어진 경우에 해당하고, 이는 제1차 세무조사 당시 모든 항목에 걸쳐 세무조사를 하는 것이 무리였다는 등의 특별한 사정이 있는 경우에 해당한다. 따라서 설령 과세관청이 제1차 세무조사 당시 원고 주장 입출금계좌내역 자료를 확보하고 있었다고 하더라도 그러한 사실만으로는 과세관청이 부분적으로만 이루어진 제1차 세무조사 당시 모든 항목에 걸쳐 세무조사를 할 수 있었을 것이라고 단정하기 어려우므로, 그 후 앞서 인정한 것처럼 ee세무서장이 피고에게 ‘ddd이 원고에게 실물거래 없이 거짓세금계산서를 발급하였다’는 내용의 과세자료를 통지함에 따라 이루어진 제2차 세무조사는 구 국세기본법 제81조의4 제2항 제1호 에서 정한 ‘조세탈루 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우’에 해당하여 허용된다고 판단함이 타당하고(대법원 2009. 8. 20.자 2009두8298 판결로 확정된 부산고등법원 2009. 4. 24. 선고 2008누5100 판결 등 취지 참조), 원고 주장 입출금계좌내역 자료가 제1차 세무조사에서 ‘이미 조사된 자료’에 해당한다고 판단하기 어렵다. 원고 주장과 같은 각 세무조사를 하여야 한다면 이 사건의 제1차 세무조사와 같은 세무조사를 할 당시에도 따라야 하는 ‘필요한 최소한의 범위’ 원칙에 반하는 결과가 초래될 수도 있다. 이와 다른 전제에 선 원고의 위 주장은 받아들이지 아니한다.

원고의 청구는 이유 없어 이를 모두 기각하여야 하고, 제1심 판결은 이와 결론이 같아 정당하다. 원고의 항소는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.