공통매입세액 안분 계산식에서 국고보조금과 공공보조금 및 이와 유사한 금액은 면세사업등의 공급가액의 역할을 대체한다고 볼 수 있는 수입금액으로서 출처와 용도 및 금액 등이 객관적으로 확인 가능한 금액을 의미함

사 건 서울고등법원2023누63477 부가가치세등부과처분취소 원 고 AAAA공단 피 고

○○세무서장 변 론 종 결

2024. 4. 19. 판 결 선 고

2024. 5. 17.

1. 원고의 항소를 기각한다.

2. 항소비용은 원고가 부담한다. 청구취지 및 항소취지 제1심판결을 취소한다. 피고가 원고에 대하여 한, 2020. 12. 11.자 2018년 1기분 부가가치세 723,129,810원(가산세 173,245,946원 포함), 2019년 1기분 부가가치세 989,594,530원(가산세 177,237,939원 포함)의 각 부과처분, 2022. 3. 1.자 2018년 2기분 부가가치세1,475,911,550원(가산세 307,843,681원 포함), 2019년 2기분 부가가치세 1,043,084,279원의 각 부과처분, 2020. 12. 11.자 2019년 2기분 부가가치세 가산세 171,689,781원의 부과처분을 모두 취소한다.

1. 제1심판결의 인용 원고가 당심에서 주장하는 내용은 제1심에서의 주장 내용과 크게 다르지 아니한바, 원고의 주장을 제1심과 당심에 제출된 증거들과 함께 다시 살펴보아도 제1심의 사실인정과 판단은 정당하다. 이에 이 법원이 이 판결에 기재할 이유는, 아래 제2항에서 원고가 당심에서 거듭 강조하는 주장에 대한 판단을 추가하는 외에는, 제1심판결의 이유 부분 기재와 같으므로 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 그대로 인용한다.

• 가. 원고의 주장 요지

1. 매입세액 공제 여부의 판단 기준은 ‘사업’이고, ‘재화나 용역’을 기준으로 할 수는 없으므로, 원고의 폐비닐처리사업을 ‘폐비닐·농약용기·가공품’의 재화 판매와 ‘폐비닐 수거·재활용·처리’의 용역 제공으로 구분하여 과세사업과 비과세사업으로 구분할 수 없다.

2. 원고의 폐비닐처리사업은 농경지에 방치되는 폐비닐을 수집·운반하여 즉시 판매가 가능한 폐비닐을 가공 없이 직접 판매하는 과정과 즉시 판매가 불가능한 폐비닐을 자체 공장에서 재활용하여 가공품을 판매하는 과정으로 이루어져 있다. 이 중 폐비닐을 수집·운반·처리하는 활동은 한국표준산업분류상 ‘폐기물 처리업(382)’으로 분류되고, 가공품으로 재활용하는 활동은 ‘비금속류 원료 재생업(38322)’ 또는 ‘재생 플라스틱 소재물질 제조업(20203)’으로 분류된다(이하, ‘비금속류 원료 재생업’과 ‘재생 플라스틱 소재물질 제조업’을 통칭하여 ‘원료 재생업 등’이라 한다). 그런데 폐기물 처리업은 부가가치세가 과세되는 재화를 공급하는 사업이므로 부가가치세법상 과세대상이고, 원료재생업 등 또한 원고가 자체 공장에서 재활용하여 가공품을 판매함으로써 과세대상 매출을 발생시키고 있으므로 부가가치세법상 과세사업에 해당한다.

3. 원고의 폐비닐처리사업은 구 조세특례제한법 시행규칙 제48조 제1항 [별표 10] 제47호 규정의 해석상 명백하게 ‘과세사업’의 범주에 속하고, 구 조세특례제한법 제108조 제1항 의 의제 매입세액 공제 제도에 의하더라도 과세사업임이 명백하다.

4. 결국 원고가 영위하는 폐비닐처리사업은 전체가 부가가치세법상 과세사업에 해당된다고 봄이 타당하다.

• 나. 구체적 판단 1) 부가가치세법 시행령 제4조 제1항 은 “재화나 용역을 공급하는 사업의 구분은 이 영에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 통계청장이 고시하는 해당 과세기간 개시일 현재의 한국표준산업분류에 따른다.”라고 규정하고 있고, 원고가 주장하는 바와 같이 한국표준산업분류에 따른 ‘폐기물 처리업’이나 ‘원료 재생업 등’은 부가가치세법 제26조 제1항 각호의 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급에 해당하지 아니한다.

2. 그러나 원고의 폐비닐처리사업 중 일부가 과세사업인 ‘폐기물 처리업’이나 ‘원료재생업 등’의 사업에 속할 여지가 있더라도, 앞서 본 바와 같이 AAAA공단법에 따라 원고가 그 재산과 권리․의무를 포괄승계한 BBBBBB공사의 설립 목적은 기본적으로 공익적 목적에서 재활용가능자원의 수거·재활용 및 처리 등의 비과세사업을 영위함에 있는 점, 원고의 폐비닐처리사업은 기본적인 ‘폐비닐 수거·재활용·처리’ 사업에 ‘폐비닐·농약용기·가공품’ 판매 사업이 부수적으로 포함되어 있는 형태의 사업에 해당하는 점, 기본적으로 비과세사업을 영위하는 사업자가 그 사업의 수행 과정에서 일부 과세사업을 영위하였다고 하여 사업 전체를 단일한 과세사업으로 보아 매입세액 전부를 공제하는 것은 원칙적으로 과세사업에 관련된 매입세액만을 공제하는 부가가치세제의 기본원리에 반하는 점 등을 종합하여 보면, 재활용가능자원의 수거·재활용 및 처리 등의 비과세사업을 수행하는 과정에서 재활용이 가능한 폐비닐을 판매하는 일부 과세사업을 영위하는 원고는 과세사업과 비과세사업을 겸영하는 것으로 보아야 하므로, 폐비닐을 판매하는 과세사업에 관련되지 아니한 폐비닐 수거·처리 용역에 관한 매입세액은 과세사업에 따른 매출세액에서 공제될 수 없다(대법원 2016. 3. 24. 선고 2013두19875 판결 등 참조).

3. 나아가 위와 같은 원고의 설립 목적 등을 고려할 때 원고의 폐비닐처리사업은 원칙적으로 비과세사업에 해당함에도 불구하고 그 과정에서 폐비닐이나 가공품 등을 판매하는 일부 과세사업을 영위한다고 하여 사업 전체를 단일한 과세사업으로 볼 수는 없는 점, 구 조세특례제한법 시행규칙 제48조 제1항 [별표 10] 제47호 본문에서 ‘원고가 AAAA공단법 제17조에 따른 사업 중 국가 또는 지방자치단체의 업무를 대행하거나 그 위탁을 받아 수행하는 사업’을 ‘면세사업’으로 규정하면서, 그 단서에서 ‘폐비닐처리사업’을 제외한 취지는, 폐비닐처리사업 전체를 단일한 과세사업으로 보아서가 아니라, 원고가 재활용가능자원의 수거․재활용 및 처리 등의 비과세사업을 수행하는 과정에서 재활용이 가능한 폐비닐 등을 판매하는 일부 과세사업을 영위하고, 위 과세사업이 시장에서 민간사업자와의 경합이 발생할 수 있기 때문에 위 부분에 한하여 과세 중립성 유지 등을 위해 폐비닐처리사업을 면세대상에서 제외한 것으로 규정한 것이라고 해석되는 점, 앞서 본 바와 같이 폐비닐처리사업은 부가가치세법상 무상(無償)성과 이를 영위하는 원고의 법률상 설립목적의 공익성으로 인해 원칙적으로 비과세사업에 해당함에도 하위법령인 위 조항 단서에서 과세사업으로 규정하여 그 사업 전체가 과세사업으로 성격이 변경되었다고 해석할 수는 없는 점 등에 비추어 구 조세특례제한법 시행규칙 제48조 제1항 [별표 10] 제47호 본문과 단서의 문언만을 무리하게 단순 반대 해석 하여 이를 폐비닐처리사업 전체를 과세사업으로 보아야 한다는 취지라고 해석하기는 어렵다. 또한 구 조세특례제한법 제108조 제1항 역시 “재활용폐자원 및 중고자동차를 수집하는 사업자가 세금계산서를 발급할 수 없는 자 등 대통령령으로 정하는 자로부터 재활용폐자원을 2021년 12월 31일까지, 중고자동차를 2019년 12월 31일까지 취득하여 제조 또는 가공하거나 이를 공급하는 경우에는 취득가액에 다음 각 호의 값을 곱하여 계산한 금액을 부가가치세법 제37조 제1항 및 같은 법 제38조에 따라 매출세액에서 매입세액으로 공제할 수 있다.”라고 규정하여 특정 요건을 충족하는 경우에 한시적으로 재활용폐자원 등에 대한 부가가치세 매입세액 공제 특례를 허용해주는 규정일 뿐이어서, 원고의 주장과 같이 폐비닐처리사업이 과세사업임을 전제로 한 규정이라고 해석 할 수는 없다.

4. 원고는, 대법원 2016. 3. 24. 선고 2013두19875 판결은, 원고의 폐비닐 사업을 ① 직접 판매, ② 자체 재활용 처리, ③ 외부 위탁처리로 구분하고, 그 중 외부 위탁처리 사업 방식은 어떠한 과세대상 부가가치를 창출한다고 보기 어렵고, 폐비닐이나 가공품이라는 재화를 판매하는 과세사업과도 아무런 관련이 없었기 때문에, 이 부분에 주목하여 원고의 폐비닐 관련 사업을 ‘폐비닐이나 가공품이라는 재화를 판매하는 사업’과 ‘폐비닐의 수거・재활용 및 처리라는 용역을 제공하는 사업’으로 나누고, 이 중 후자를 비과세사업으로 판단한 것인데, 원고는 현재 모든 폐비닐을 자체 공장에서 재활용처리 하고 있으므로, 위 대법원 판례를 이 사건에 원용할 수 없다는 취지로 주장한다. 그러나 위 대법원 판결은 앞서 본 바와 같이, “BBBBBB공사의 설립 목적 등을 종합하여 보면 재활용가능자원의 수거·재활용 및 처리 등의 비과세사업을 수행하는 과정에서 재활용이 가능한 폐비닐을 판매하는 일부 과세사업을 영위하는 aaa자원공사는 과세사업과 비과세사업을 겸영하는 것으로 보아야 하므로, 폐비닐을 판매하는 과세사업에 관련되지 아니한 폐비닐 수거·처리 용역에 관한 매입세액은 과세사업에 따른 매출세액에서 공제될 수 없다.”라고 전제하면서, “피고들이 불공제 대상으로 삼은 매입세액 중 위탁처리와 관련된 매입세액은 과세사업인 폐비닐이나 가공품의 판매와 관련된 것이 아니므로 이를 매출세액에서 공제할 수 없을 것이나, 직접 판매 및 자체재활용 처리와 관련된 공통매입세액은 그 실지귀속을 구분할 수 없고, 원고가 지급받는 국고보조금 등은 비과세사업에 해당하는 용역의 공급에 대한 대가로 볼 수도 없으므로, 원심으로서는 구 부가가치세법 시행령 제61조 제4항 각 호의 방법 등 다른 합리적인 안분계산방법들 중에서 공통매입세액의 안분계산에 적합한 것을 적용하여 불공제 대상인 매입세액을 계산한 다음, 이 사건 각 처분의 적법 여부를 판단하였어야 할 것이다.”라고 판시하였는바, 이는 “원고가 행하는 폐비닐의 재활용 처리 등의 용역”이 재활용가능자원의 수거·재활용 및 처리 등이라는 원고 스스로의 설립 목적을 달성하기 위하여 행하는 것으로 비과세사업이라고 판단하면서, 외부 위탁처리 사업 방식이 과세사업인 폐비닐이나 가공품의 판매와 관련된 것이 아니어서 이를 매출세액에서 공제할 수 없다고 판단한 것일 뿐 과세대상 부가가치를 창출한다고 보기 어렵기 때문에 이 부분을 비과세사업으로 판단한 것이 아니다.

5. 따라서 원고의 위 주장은 이유 없다.

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하여야 한다. 제1심판결은 이와 결론을 같이 하여 정당하므로, 원고의 항소는 이유 없어 기각한다.