기본이주비 이자 상당액은 재건축조합의 공통손금이 아니고, 협약서상 분담금은 공통손금에 해당함

사 건 2023누63170 법인세경정거부처분취소 원 고 A 피 고

○○세무서장 변 론 종 결

2025. 6. 11. 판 결 선 고

2025. 7. 23.

1. 제1심판결 중 피고 패소 부분을 취소하고, 그 취소 부분에 해당하는 원고의 청구를 기각한다.

2. 원고의 항소를 기각한다.

3. 소송 총비용은 원고가 부담한다. 청구취지 및 항소취지

피고가 0000. 00. 00. 원고에 대하여 한 법인세 경정청구 거부처분을 취소한다.

• 가. 원고 제1심판결을 다음과 같이 변경한다. 청구취지와 같은 판결을 구한다[원고는 청구취지에서 피고가 0000. 00. 00. 원고에 대하여 한 법인세 경정청구 거부처분의 취소를 구하였고, 제1심에서는 위 거부처분 중 00 사업연도 및 00 사업연도 부분에 대한 원고의 청구를 전부 받아들였고, 00 사업연도 부분에 대한 원고의 청구를 일부 받아들였다. 그런데 원고 항소장의 항소취지란에는 제1심판결 중 원고 패소 부분의 취소를 구하면서도, 피고가 0000. 00. 00. 원고에 대하여 한 00 사업연도 법인세 경정청구 거부처분 중 0원을 초과하는 부분을 취소한다고 기재되어 있는바(원고가 취소를 구하는 범위에는 제1심에서 원고가 일부 승소한 부분이 포함되어 있다), 제1심에서 원고가 일부 승소한 점을 고려하여 항소취지를 이와 같이 선해한다].
• 나. 피고 주문과 같다.

이 법원이 이 부분에 관하여 기재할 이유는, 제1심판결의 이유 중 제1항 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 따라 약어를 포함하여 이를 그대로 인용한다.

2. 이 사건 거부처분의 적법 여부

• 가. 항(원고의 주장), 나. 항(관계 법령) 이 법원이 이 부분에 관하여 기재할 이유는, 제1심판결문 6쪽 17행의 “공동손금으로”를 “공통손금으로”로 고쳐 쓰는 것 외에는 제1심판결의 이유 중 해당 부분 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 따라 별지를 포함하여 이를 그대로 인용한다.
• 다. 판단

1. 관련 법리

• 가) 구 조세특례제한법 제104조의7 제2항 전단에서는 도시정비법 제35조 에 따라 설립된 조합을 비영리내국법인으로 보도록 규정하고 있고, 구 조세특례제한법 시행령 제104조의4 에서는 ‘ 조세특례제한법 제104조의7 제2항 을 적용할 때 정비사업조합이 도시정비법 및 관리처분계획에 따라 조합원에게 종전의 토지를 대신하여 토지 및 건축물을 공급하는 사업은 법인세법 제3조 제3항 에 따른 수익사업이 아닌 것으로 본다’고 규정하고 있다. 위 각 규정에 따르면 비영리내국법인인 정비사업조합이 조합원이 아닌 일반인에 대하여 한 분양사업만이 수익사업에 해당한다.
• 나) 비영리내국법인에 대하여는 소득이 있더라도 그 소득이 수익사업으로 인한 것이 아닌 이상 법인세를 부과할 수 없는 것이고, 어느 사업이 수익사업에 해당하는지의 여부를 가림에 있어 그 사업에서 얻는 수익이 당해 법인의 고유목적을 달성하기 위한 것인지의 여부 등 목적사업과의 관련성을 고려할 것은 아니나, 그 사업이 수익사업에 해당하려면 적어도 그 사업 자체가 수익성을 가진 것이거나 수익을 목적으로 영위한 것이어야 한다(대법원 2005. 9. 9. 선고 2003두12455 판결 등 참조).
• 다) 구 법인세법 제19조 제1항 에서는 ‘손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비(損費)의 금액으로 한다.’고, 같은 조 제2항에서는 ‘제1항에 따른 손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.’고 각 규정하고 있다. 비영리법인의 경우 수익사업에서 얻은 소득을 고유목적사업 등에 지출한다고 하더라도, 특별한 사정이 없는 한 이는 수익사업의 소득을 얻기 위하여 지출한 비용으로 볼 수 없으므로, 이를 고유목적사업준비금의 손금산입 한도액 범위 안에서 손금에 산입할 수 있을 뿐, 이와 별도로 비영리법인의 선택에 따라 그 지출금을 수익사업의 수익에 대응하는 비용으로 보아 손금에 산입하는 것은 허용될 수 없다고 봄이 타당하다(대법원 2020. 5. 28. 선고 2018두32330 판결 참조).
• 라) 한편 구 법인세법 제113조 는 제1항에서 비영리법인이 수익사업을 하는 경우에는 자산․부채 및 손익을 그 수익사업에 속하는 것과 수익사업이 아닌 그 밖의 사업에 속하는 것을 각각 다른 회계로 구분하여 기록하여야 한다고 규정하고 있고, 같은 법 시행규칙 제76조 제6항 본문은 비영리법인이 구 법인세법 제113조 제1항 에 의하여 수익사업과 기타의 사업의 손익을 구분경리하는 경우 공통되는 익금과 손금은 일정한 기준에 의하여 구분계산하도록 규정하고 있다. 비영리법인이 수익사업을 영위하는 경우에 특정한 수익 또는 비용이 수익사업 또는 비수익사업 중 어디에서 발생하였는지가 분명한 경우에는 개별익금 또는 개별손금으로서 그 발생원천이 되는 수익사업 또는 비수익사업의 회계에 구분하여 경리하여야 하고, 특정한 수익 또는 비용이 수익사업 또는 비수익사업 중 어디에서 발생하였는지가 불분명한 경우에는 공통익금 또는 공통손금으로서 구분경리의 필요 없이 구분계산의 방법에 따라 수익사업과 비수익사업에 안분계산하여야 한다.

2. 이 사건 기본이주비 이자가 공통손금인지 여부

• 가) 인정사실

(1) 원고 조합 정관 중 원고의 목적 및 조합원의 이주대책에 관한 부분은 아래와 같다. 조합 정관(갑 제12호증) 제2조(목적) 원고는 도시정비법, 도시정비법 시행령, 도시정비법 시행규칙과 이 정관이 정하는 바에 따라 제3조의 사업시행구역 안의 건축물을 철거하고 그 토지 위에 새로운 건축물을 건설하여 도시 및 주거환경을 개선하고 조합원의 주거안정 및 주거생활의 질적 향상에 이바지함을 목적으로 한다. 제37조(이주대책)

① 사업시행으로 주택이 철거되는 조합원은 사업을 시행하는 동안 자신의 부담으로 이주하여야 한다.

② 조합은 이주비의 지원을 희망하는 조합원에게 조합이 직접 금융기관과 약정을 체결하거나, 시공자와 약정을 체결하여 지원하도록 알선할 수 있다. 이 경우 이주비를 지원받은 조합원은 사업시행구역안의 소유 토지 및 건축물을 담보로 제공하여야 한다.

③ 제2항의 규정에 의하여 이주비를 지원받은 조합원 또는 그 권리를 승계한 조합원은 지원받은 이주비를 주택 등에 입주시까지 시공자(또는 금융기관)에게 환불하여야 한다.

(2) 원고는 0000. 00. 0. 임시총회를 개최하여 이 사건 기본이주비 이자에 관하여 아래와 같이 의결하였다. 이주비 대출 금융기관 선정 경과(갑 제4호증)

① 기본이주비는 원고가 정한 이주기간 내 수회 분할하여 취급 불가하므로, 1회에 신청 금액을 확정(※ 기본이주비에 대한 이자는 원고가 부담)

② 추가이주비는 원고가 정한 이주기간 내에 기본이주비와 같이 신청(※ 추가이주비에 대한 원리금은 조합원이 부담)

(3) 원고는 0000. 00. 00. SS물산 주식회사와 재건축사업 관련 공사계약(이하 ‘이 사건 공사계약’이라 한다)을 체결하였다. 이 사건 공사계약에는 이 사건 기본이주비 이자에 관하여 아래와 같이 규정하고 있다. 이 사건 공사계약(갑 제2호증) 제4조(사업시행의 방법)

② 수급인은 도급인의 요청시 사업경비를 도급인에게 대여할 수 있으며, 도급인은 제38조의 규정에 따라 수급인으로부터 차입한 사업경비의 원금과 이자(이하 ‘원리금’이라 한다) 등 대여 원리금을 상환하여야 한다. 다만, 수급인은 본 계약의 관련규정에 의한 ‘도급인’의 사업경비를 직접 또는 도급인에게 금융기관 대출을 주선하여 간접조달할 수 있다. 제14조(사업경비의 대여)

① 본 계약상의 사업경비는 다음 각호와 같으며, 수급인은 제4조 제2항에 따라 도급인에게 사업경비를 대여한다. [무이자 대여금(이자가 공사비에 포함된 대여금): 0000억 한도내]

1. 조합원 기본이주비(이하 ‘기본이주비’) 이자(000억 한도내)

③ 본조 제1항 제1호의 기본이주비 이자 및 제2호 내지 제25호의 대여자금은 무이자로 대여하며, 제26호 내지 제37호의 대여자금은 유이자로 대여한다.

④ 도급인이 본조 제1항에 의하여 차입한 금액에 대해 수급인은 금융기관에 이자를 납부하며, 본조 제3항에 명기한 무이자대여금에 대한 이자는 제7조 제1항의 공사도급액으로 회수한다. 금융기관으로부터 차입금의 수령, 관리 및 상환, 조합원에 대한 지급 및 상환액 수령 등의 제반업무는 수급인이 도급인에게 위임받아 수급인이 관리하며, 수급인이 금융기관으로부터 차입금을 수령하여 도급인에게 지급할 경우에 그 지급시기와 방법은 도급인과 수급인이 협의하여 정한다. 제15조(이주비의 대여)

① 도급인은 조합원의 이주에 필요한 자금을 도급인 또는 도급인의 조합원이 금융기관으로부터 직접 차입하기로 하되, 기본이주비에 대한 금융이자는 수급인이 도급인에게 대여하고 이는 조합원 분담금으로 회수한다. 세대당 기본이주비 차입금 한도는 아래와 같으며 기본이주비 이외의 추가이주비(유이자이주비) 이자는 금융기관의 대출약정에 따라 도급인의 조합원이 금융기관에 별도로 납부한다. 제17조(대여금의 상환 및 이자 부담)

② 도급인은 이주비를 대여받은 도급인의 조합원이 이주비를 상환하지 않을 경우에는 해당 조합원에게 아파트의 입주 및 소유권 보존등기에 따른 제반사항을 이행하여서는 아니되며, 도급인의 조합원은 이에 대하여 이의제기 및 민 ․ 형사상의 청구를 할 수 없다. 제20조(조합원 분양)

③ 도급인의 조합원의 권리가액이 분양받은 건축시설의 가액을 미달하는 경우에는 그 차액(분양대금)은 원고의 주택재건축정비사업에 필요한 비용이며 관리처분계획에 의거 해당 조합원이 부담해야 할 분담금으로써 이를 정산하여야 하며, 조합원분담금의 납부시점 및 납부방법은 아래와 같으며, 계획된 공사일정이 현저히 늦어지는 경우 도급인과 수급인은 협의하여 중도금 납부일정을 조정할 수 있다.

⑧ 도급인의 조합원이 관리처분계획으로 분담금이 발생하지 않을 경우 그 환불금(교부금등)은 본조 제3항을 기준으로 정산한다. 단, 환불금(교부금 등)은 도급인의 조합수입재원등(도급인의 조합원의 분담금, 추가부과금, 일반 분양대금, 부대복리시설의 수입금, 보류지 분양대금, 해약세대 매각대금, 부지 매각대금, 재건축소형주택 매각대금, 기타 수입금 등 도급인의 모든 수입금을 의미하여 이하 ‘조합수입재원등’이라 한다)으로 입금된 금액 내에서만 지급하는 것을 원칙으로 하며, 도급인의 요청에 따라 수급인은 도급인을 대행하여 집행하고 도급인의 조합수입재원등과 정산한다.

(4) 원고는 0000. 0. 0. GG은행과 이주비대출 업무협약서를 체결하였는데, 그에 첨부된 이주비대출 업무협약 일반조건은 아래와 같다. 이주비대출 업무협약 일반조건(을 제4호증) 제2조(대출대상자 및 과목)

① 대출대상자는 원고의 조합원으로 원고가 확인하여 은행에게 통지한 조합원 중 은행이 대출적격자로 인정하는 자로 한다. 단, 조합원 여부는 원고가 확인하고 작성한 대출 관련 조합원명부를 은행으로 송부하여야 하며, 조합원명부에 소유부동산, 성명 등이 포함되어야 한다. 제3조(대출한도 및 기한)

① 은행이 조합원에게 지원하는 대출금은 아래와 같다. 다만, 금융관계법 및 은행 내규가 허용하는 범위 내에서 조정이 가능하다.

1. 대출종류: 이주비대출(가계일반자금대출)로 하며, ‘기본이주비’ 및 ‘추가이주비’로 구분하여 취급할 수 있다.

2. 대출금액: 총 이주비대출의 한도는 금 0억 원 이내로 한다.

3. 세대당 이주비한도: 조합원별 기본이주비대출 및 추가이주비대출의 합계는 조합원 종전자산 감정평가금액의 70% 이내

4. 기본이주비의 평형별 최고 한도는 다음과 같다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제2, 4, 12호증, 을 제4호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 나) 구체적 판단 위 인정사실, 앞서 든 증거들 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사실 및 사정들을 종합하면, 이 사건 기본이주비 이자는 수익사업이 아닌 원고의 고유목적사업에 속하는 비용으로서 비수익사업의 개별손금에 해당한다고 봄이 타당하고, 이를 비수익사업과 수익사업의 공통손금에 해당한다고 볼 수 없다. 이와 다른 전제에 선 원고의 이 부분 주장은 받아들일 수 없다.

(1) 원고는 ‘도시정비법과 정관이 정하는 바에 따라 사업시행구역 안의 건축물을 철거하고 그 토지 위에 새로운 건축물을 건설하여 도시 및 주거환경을 개선하고 조합원의 주거안정 및 주거생활의 질적 향상에 이바지함’을 목적으로 설립되었고 고유목적사업인 ‘조합원에 대한 분양사업’과 수익사업인 ‘조합원이 아닌 일반인에 대한 분양사업’을 함께 시행하였다. 그런데 원고는 사업시행구역 안에 거주하고 있는 다수의 조합원들(또는 세입자들)이 다른 지역으로 이주하는 것을 지원하기 위해 시공사 및 금융기관과 연계하여 그 이주비 대출이자를 지출하였는바(조합원들이 이 사건 기본이주비를 무이자로 대여 받을 수 있도록 하면서 그 이자를 부담하였다), 이는 어디까지나 원고의 고유목적사업인 ‘조합원에 대한 분양사업’을 위한 지출 등에 해당하고, 그 행위자체가 수익성을 가진 것이라거나 수익을 목적으로 한 것이라고 보기는 어렵다.

(2) 또한 원고가 고유목적사업인 ‘조합원에 대한 분양사업’과 수익사업인 ‘조합원이 아닌 일반인에 대한 분양사업’을 함께 시행하였고, 원고의 조합원들 이주비 대출이자 지출이 수익사업을 포함한 전체 재건축사업의 원활한 진행을 위한 필수적인 지출이라는 사정만으로 그중 일부가 수익사업에 속하는 비용에 바로 해당한다고 보기도 어렵다. 구 법인세법에서 비영리법인이 수익사업을 하는 경우의 구분경리에 관하여 규정한 취지나 구 법인세법령 및 구 조세특례제한법령 등에서 비영리법인의 수익사업과 비수익사업을 구분하여 그중 수익사업에서 생기는 소득에 대하여만 과세하는 취지를 고려하면, 재건축사업에서 수익사업인 일반분양 사업을 함께 하는 경우에, 원고의 주장과 같이 비수익사업과 관련된 특정 비용 지출이 결과적으로 공사 원가에 포함되어 일반분양분의 분양단가 산정의 고려요소가 된다거나 또는 그 지출이 수익사업을 포함한 전체 재건축사업의 원활한 진행을 위하여 필수적이라는 등으로 수익사업과의 관련성도 인정된다는 사정만으로 이를 모두 수익사업과 비수익사업의 공통손금에 해당한다고 볼 수는 없다. 결국 이 사건 기본이주비 이자의 지출이 수익사업에 속하는 비용에 해당하기 위해서는 원칙적으로 구 법인세법 제19조 제2항 에서 규정한 손금의 기본 개념에 따라 위 지출이 원고의 수익사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것이라고 인정될 수 있어야 하는데, 다음과 같은 사정들에 비추어 볼 때 이를 인정하기 어렵다[한편, 구 법인세법 제29조 에서는 이와 같은 익금과 손금의 엄격한 대응(원칙)에 대한 예외로서 비영리법인이 수익사업에서 생긴 소득을 고유목적사업 등에 지출하기 위해 그 준비금을 설정한 경우에 일정한 한도 내에서 손금산입을 할 수 있게 하는 고유목적사업준비금제도를 규정하고 있다]. (가) 앞서 본 원고의 0000. 00. 00.자 임시총회 의결, 이 사건 공사계약 및 원고와 GG은행 사이에 체결된 이주비대출 업무협약서의 각 내용에 의하면, 이 사건 기본이주비는 조합원이 금융기관으로부터 직접 차입하되 이 사건 기본이주비 이자는 원고가 시공사로부터 차용(사업경비로 처리)하여 금융기관에 상환하고, 원고는 위 이자 상당 비용을 조합원 분담금으로 회수하게 되는바, 이 사건 기본이주비 이자의 실질적이고 최종적인 부담주체는 원고의 조합원들이라고 보인다(앞서 본 바와 같이 원고의 정관에서도 ‘사업시행으로 주택이 철거되는 조합원은 사업을 시행하는 동안 자신의 부담으로 이주하여야 한다’고 규정하고 있다). (나) 이처럼 이 사건 기본이주비 이자는 그 발생원천 및 최종적인 부담 주체의 측면 모두에서 기본적으로 원고의 고유목적사업에 대응하는 것(고유목적사업을 위하여 지출된 비용)으로 보이고, 개별 조합원들의 이주에 소요되는 비용이자 개별 조합원들이 최종적으로 부담하여야 할 비용을 원고가 사업 시행 과정에서 대신 부담한 주된 목적도 개별 조합원들의 원활한 이주를 지원하기 위한 것이며, 그것이 결과적으로 수익사업을 포함한 원고의 전체 재건축사업의 원활한 진행에 직·간접적인 영향을 미쳤다는 사정만으로 이를 수익사업인 일반분양을 위하여 지출된 비용이라고 볼 수는 없다. 원고가 이 사건 기본이주비 이자를 부담함으로 인하여 전체 재건축사업의 일부인 수익사업 부분(일반분양 사업)에도 신속하고 원활한 사업 진행과 같은 효과가 발생하였다고 하더라도, 이는 고유목적사업을 위한 비용 지출로 인한 반사적이고 부수적인 이익에 불과하다고 보인다. (다) 일반적으로 주택재건축정비사업에 있어서 구체적으로 사업을 어떻게 진행할 것인지, 즉 일반분양을 할 것인지 여부 및 한다면 어느 정도의 규모로 할것인지 등은 재건축사업을 진행하는 조합 혹은 조합원들의 자율적인 의사결정 내지 선택의 문제이다(도시정비법은 제79조 제4항에서 토지등소유자의 분양신청을 받은 후 잔여분이 있는 경우 정관등 또는 사업시행계획으로 정하는 목적을 위하여 그 잔여분을 일반분양할 수 있다고 정하고 있을 뿐, 사업시행자에게 일정 규모의 일반분양을 강제하고 있지도 않다). 그런데 주택재건축정비사업을 함에 있어서 사업시행구역 안에 거주하고 있는 조합원들이 다른 지역으로 이주하는 것과 그에 따른 기본이주비 및 기본이주비 이자 지출은 일반분양의 시행 여부나 그 시행 규모에 상관없이 당연히 발생하는것이고, 당해 사업에서 일반분양의 규모를 어느 정도로 예정하는지에 따라 그 지출 비용이 달라지지도 않는다(재건축사업으로 인하여 다른 지역으로 이주하게 되는 조합원의 수는 고정되어 있다). 이 사건 기본이주비 이자 역시 원고가 조합원이 아닌 일반인에 대한 분양사업을 하지 않았더라도 조합원 분양사업을 위해 당연히 지출되었어야 할 비용이고, 이 사건과 같이 원고가 조합원이 아닌 일반인에 대한 분양사업을 한 경우라 하더라도 그로 인하여 원고에게 이 사건 기본이주비 이자 상당의 비용이 추가적으로 소요된 것도 아닌바, 그렇다면 이를 수익사업인 일반분양 사업에 있어서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것이라고 볼 수 없다. 이러한 점에 비추어 보더라도 이 사건 기본이주비 이자 상당 비용은 원고의 고유목적사업인 조합원 분양사업에서 발생한 것이라 봄이 타당하다. (라) 더욱이 실제 주택재건축사업에서 기본이주비 이자를 조합이 대신 부담하지 않고 개별 조합원이 직접 부담하는 경우도 다수 존재하는 것으로 보이는데(한편 이 사건 기본이주비 이자 역시 그 실질적, 최종적 부담 주체는 개별 조합원이라는 점은 앞서 본 바와 같다), 이러한 점에서도 조합인 원고의 이 사건 기본이주비 이자 지출을 수익사업에 있어서 일반적으로 인정되는 통상적인 비용이라 보기 어려울 뿐만 아니라, 개별 조합원이 애초부터 기본이주비 이자를 직접 부담하는 경우와 조합이 이를 대신 부담하고 조합원 분담금으로 회수하는 경우 양자 사이에 본질적인 차이가 있다고 보기 어려움에도 후자의 경우에만 조합이 부담한 기본이주비 이자 상당액을 법인세 산정에서 수익사업의 손금으로 인정해주어야 할 특별한 이유를 찾아볼 수도 없다(전자의 경우 개별 조합원이 자신의 기본이주비 이자 상당액을 직접 부담하게 되므로, 그 비용이 조합에 대한 법인세 산정에서 손금으로 고려될 여지 자체가 없다).

(3) 원고는 정비사업조합이 부담한 기본이주비 이자가 일반분양분에 대한 지방세법상 취득가격에 포함되어 취득세 과세표준을 이루므로, 이를 법인세법상으로도 수익사업(일반분양분)의 수익에 대응하는 비용으로 보아 손금에 산입되어야 한다는 취지로 주장한다. 그러나 설령 정비사업조합이 부담하는 기본이주비 이자가 일반분양분에 대한 지방세법상 취득세의 과세표준에 포함된다고 하더라도[원고가 근거로 든 서울고등법원 2022. 5. 20. 선고 2021누63497 판결(대법원 2022. 9. 29.자 2022두45944 심리불속행기각 판결로 확정) 및 서울고등법원 2024. 6. 20. 선고 2023누70383 판결(현재 상고심 계속 중)에서는 정비사업조합인 원고가 금융기관 등과 사이에 체결한 업무협약에 따라 부담한 기본이주비 이자를 지방세법 시행령 제18조 제1항 제5호 에서 정한 ‘취득대금 외에 당사자의 약정에 따른 취득자 조건 부담액’에 해당한다고 보아 이를 취득가격에 포함되는 간접비용으로 보았다], 지방세법상 취득세는 본래 재화의 이전이라는 사실 자체를 포착하여 거기에 담세력을 인정하고 부과하는 유통세의 일종으로서 어떠한 비용이 취득가격에 포함되는지는 일종의 소득과세인 법인세법상 법인이 지출한 특정 손실 또는 비용을 손금으로 인정할지의 문제와 차원을 달리한다[앞서 본바와 같이 법인세법상 손금으로 인정되기 위해서는 원칙적으로 ‘그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것’이라는 요건을 갖추어야 하는 반면, 지방세법상 취득세의 과세표준인 사실상의 취득가격이라 함은 과세대상물건의 취득의 시기를 기준으로 그 이전에 당해 물건을 취득하기 위하여 거래상대방 또는 제3자에게 지급하였거나 지급하여야 할 직접·간접으로 소요되는 일체의 비용을 포함한다(대법원 2010. 2. 11. 선고 2007두17373 판결 참조)는 점에서 그 판단 기준도 다르다]. 따라서 이 사건 기본이주비 이자가 지방세법상 취득세의 과세표준에 포함된다는 사정만으로 이를 원고의 수익사업에 대응하는 비용으로서 수익사업과 비수익사업의 공통손금에 해당한다고 볼 수는 없고, 이와 다른 전제에 선 원고의 이 부분 주장은 받아들일 수 없다.

3. 이 사건 분담금이 수익사업의 개별손금에 해당하는지 여부 이 법원이 이 부분에 관하여 기재할 이유는 제1심판결의 이유 중 해당 부분 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 따라 약어를 포함하여 이를 그대로 인용한다.

4. 소결 결국 이 사건 기본이주비 이자는 원고의 고유목적사업에 속하는 비용으로서 비수익사업의 개별손금에 해당하고, 이 사건 분담금은 원고의 수익사업과 비수입사업 중 어디에서 발생하였는지 불분명한 비용으로서 공통손금에 해당한다고 봄이 타당하므로, 이 사건 거부처분은 적법하고 이와 다른 전제에 선 원고의 주장은 받아들일 수 없다.

원고의 청구는 이유 없어 기각할 것인데, 제1심판결 중 피고 패소 부분은 이와 결론이 달라 부당하므로 피고의 항소를 받아들여 제1심판결 중 피고 패소 부분을 취소하고 그 취소 부분에 해당하는 원고의 청구를 기각하며, 제1심판결 중 원고 패소 부분에 대한 원고의 항소는 이유 없으므로 이를 기각한다.