이 사건 거래는 가공거래로서 이 사건 세금계산서가 실제 거래 없이 허위로 작성되었음이 상당한 정도로 증명되었으므로 위장거래(끼워넣기 거래)에 해당하고, 이 사건 각 처분 중 부가가치세 처분은 ‘사기나 그 밖의 부정한 행위’에 해당한다고 볼 수 없으므로 10년의 부과제척기간을 적용할 수는 없으나, 세금계산서미발급가산세 부과제척기간은 10년임
이 사건 거래는 가공거래로서 이 사건 세금계산서가 실제 거래 없이 허위로 작성되었음이 상당한 정도로 증명되었으므로 위장거래(끼워넣기 거래)에 해당하고, 이 사건 각 처분 중 부가가치세 처분은 ‘사기나 그 밖의 부정한 행위’에 해당한다고 볼 수 없으므로 10년의 부과제척기간을 적용할 수는 없으나, 세금계산서미발급가산세 부과제척기간은 10년임
사 건 2023누39658 법인세등부과처분취소 원 고 주식회사 AA 피 고
○○세무서장 변 론 종 결
2024. 3. 15. 판 결 선 고
2024. 5. 17.
1. 제1심판결을 다음과 같이 변경한다.
2. 소송 총비용은 원고가 65%, 피고가 35%를 각 부담한다. 청 구 취 지 및 항 소 취 지
피고가 2019. 7. 1. 원고에 대하여 한 별지 1 목록 제1항 표의 ‘경정 총결정세액(가산세 포함)’란 기재 각 법인세 부과처분(가산세 포함) 중 ‘취소청구세액’란 기재 상당액 부분, 같은 목록 제2항 표의 ‘경정 총결정세액(가산세 포함)’란 기재 각 부가가치세 부과처분(가산세 포함) 중 ‘취소청구세액’ 기재 상당액 부분을 각 취소한다.
2. B은 2010. 9. 30. 원고의 사내이사로 등재되었고(갑 제57호증), 2011. 3. 1.부터 원고의 부사장으로 근무하고 있다.
1. C에 관하여
2. E에 관하여
3. D에 관하여
4. F<각주6>에 관하여
1. G에 관하여
2. H<각주7>에 관하여
2. 이 사건 세무조사 결과, 조사청은 ‘원고가 실제 공급자[I 주식회사(이하 ‘I’이라 하고, 다른 주식회사의 경우에도 주식회사 명칭은 생략하기로 한다) 외 다수 회사<각주8>(이하 통칭하여 ‘이 사건 공급업체’라 한다)]로부터 직접 재화 및 용역을 공급받을 수 있었음에도, B을 통해 이 사건 사업장을 설립 내지 인수하여 아래 그림과 같이 가공거래를 하였고, 이 사건 거래처를 불필요하게 끼워넣기하는 방식으로 공급가액을 3배가량 부풀리고 매출원가를 허위로 과다계상함으로써 해당 금액을 사외유출하였다‘고 보고(이와 관련된 거래를 ‘이 사건 거래’라 한다), 이에 대한 과세자료를 피고에 게 통보하였다.
2. 피고는 2019. 7. 1. 위 공급가액 상당액을 손금불산입하고 일반과소신고가산세, 부정과소신고 가산세, 납부불성실가산세를 적용하여 별지 1 목록 제1항 표의 “경정 총 결정세액(가산세 포함)“란 기재와 같이 각 법인세(가산세 포함)를 재산정하고 원고에게 위 표의 ”고지세액(가산세 포함)“란 기재와 같이 각 법인세(가산세 포함, 이하 같다)를 증액경정·고지하였다(이하 ‘이 사건 법인세 부과처분’이라 하고, 이 사건 부가가치세 부과처분과 합하여 ‘이 사건 각 처분’이라 한다).
별지 3 기재와 같다.
4. 이 사건 각 처분의 적법 여부
1. 관련자들의 지위 등
(1) C 관련
(2) E 관련
(3) D 관련
(4) F 관련
24. 설립되어 2020. 6. 30. 폐업되었다.
2. 이 사건 군 사업의 내용
(2) R사업은 2011. 12.경 완공될 예정이었으나 실제로는 2012. 8.경 완공되었다.
(2) V 사업은 2012. 11.경 완공될 예정이었으나 실제로는 2015. 12.경 완공되었다.
3. 관련 고발사건 경과
4. 이 사건 세무조사 당시 관련자들<각주20>의 진술 내용 등
(2) 한편 조사청의 이 사건 세무조사 당시 이 사건 사업장에 대하여 세금계산서를 발행한 이 사건 공급업체인 I의 대표자는 다음과 같이 진술하였다(을 제2호증). <각주22>
(3) I의 실무 직원(AAG)은 이 사건 세무조사 당시, 다음과 같이 진술하였다(을 제3호증). <각주23>
(1) 대표자로 등재된 J
2. 직원으로 등재된 BV<각주26>
(1) 2007년부터 2015년까지 근무하였던 소외 2(을 제14호증의 2) 각주28><각주29><각주30><각주31><각주32>
(2) ① 2005년부터 2015년까지 근무하였던 소외 1, ② 2005년부터 2013년까지 근무하였던 소외3, ③ 2013. 4.경부터 2015. 9.경까지 근무하였던 소외 4는 모두 소외 2의 위 (1)항 기재 진술과 대체로 동일하거나 유사한 진술을 하였다(을 제14호증의 1, 3, 4).
1. 관련 법리
2. 구체적 판단 위와 같은 법리에 비추어 보건대, 앞서 본 인정사실에다 갑 제9 내지 29, 33 내지 38, 51 내지 56호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들을 종합하면, 이 사건 거래는 실물의 이동을 수반하지 않은 가공거래로서 이 사건 세금계산서가 실제 거래 없이 허위로 작성되었음이 상당한 정도로 증명되었다 할 것이고, 원고가 제출하는 증거들만으로는 그와 달리 이 사건 거래가 실체와 부합하는 진정한 거래라는 사실을 인정하기에 부족하며 달리 이를 인정할 증거가 없다. 따라서 이에 대한 원고의 주장은 이유 없다.
1. 관련 규정 구 국세기본법(2018. 12. 31. 법률 제16097호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제26조의2 제1항은 제3호에서 상속세·증여세를 제외한 나머지 국세의 부과제척기간을 원칙적으로 ‘해당 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년’으로 규정하는 한편, 제1호에서 납세자가 대통령령으로 정하는 사기나 그 밖의 부정한 행위(이하 ‘부정행위’라 한다)로 국세를 포탈하거나 환급·공제를 받은 경우에는 ‘그 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년’으로 규정하고, 제1호의2에서 ‘납세자가 부정행위로 다음 각 목에 따른 가산세 부과대상이 되는 경우 해당 가산세는 부과할 수 있는 날부터 10년간’으로 정하면서, 그 각 목으로 “가. 소득세법 제81조 제3항 제4호, 나. 구 법인세법 제76조 제9항 제4호 (현행 제75조의8 제1항 제4호), 다. 부가가치세법 제60조 제2항 제2호·제3항 및 제4항”을 규정하고 있다.
2. 이 사건 법인세 부과처분의 부과제척기간
(1) 이 사건 법인세 부과처분의 고지세액과 그중 가산세 부분(2015 사업연도까지)은 아래 표 기재와 같다(을 제1, 19, 21호증).
(2) 우선, 이 사건 법인세 부과처분 중 법인세 부분(가산세를 제외한 본세 부분)에 대하여 본다. (가) 앞서 본 인정사실과 앞서 든 증거들 및 변론 전체의 취지에 의하면, 원고는 이 사건 사업장 및 이 사건 거래처로부터 사실과 다른 이 사건 세금계산서를 수취하였고 이를 증빙자료로 하여 법인세를 허위신고한 사실을 알 수 있다. 즉, 원고는 이 사건 세금계산서를 이용하여 부풀려진 공급가액 상당액을 매입으로 손금산입함으로써 손금을 과다계상, 법인세 과세표준을 과소계상하였는바, 이로써 원고에게 법인 소득에 대한 적극적 은닉의도 내지 조세 탈루에 대한 인식이 있었음을 추단할 수 있다. (나) 이에 대하여 원고는, 이 사건 사업장 및 이 사건 거래처가 그에 따른 법인세를 모두 신고·납부한 이상, 이 사건 거래를 통하여 법인세 탈루가 발생할 여지가 없다고 하면서, ① 원고가 이 사건 공급업체로부터 직접 납품을 받은 경우와 ② 이 사건 사업장 및 이 사건 거래처를 거쳐 납품을 받은 경우에 있어 국가에 납부하는 법인세의 총액이 동일하다는 취지로 주장한다. 그러나 법인세는 과세표준 금액이 증가함에 따라 적용되는 세율도 점차 높아지는 누진세에 해당하여, 원고가 법인세 과세표준을 이 사건과 같이 과소계상함으로써 과세표준 금액을 낮춤에 따라 그에 따른 적용 세율도 낮아지게 된 것이고, 반대로 만약 원고가 위 ①의 경우에 해당하는 것으로 보아 정확한 과세표준을 계상하였다면 그에 따른 적용 세율도 높아지게 되는 것인바, 이 사건에서 원고가 위 ①에 따라 과세표준을 산정하였어야 함에도 불구하고 그렇게 하지 않고 과소계상함에 따라 2009 사업연도부터 2017 사업연도까지 탈루된 법인세 본세만 하더라도 수십억여 원에 이르는 점 등에 비추어 볼 때, 원고의 이 부분 주장은 법인세의 누진세라는 성격 등을 간과한 주장으로 보일뿐이므로, 받아들일 수 없다. (다) 원고의 경우 사실과 다른 세금계산서 수취 및 그에 따른 법인세 신고가 수년간 지속되어 온 점, 원고의 위와 같은 행위로 인하여 부과되지 못한 법인세액이 가산세를 포함하여 수십억여 원에 이르러 결과적으로 조세 탈루가 이루어진 점, 법인세는 누진세인 점에서 원고의 위와 같은 행위는 이 사건 거래와 같은 가공거래를 통하여 누진세율 회피, 수입의 분산 등과 같이 조세회피의 목적에 서 비롯된 것으로도 볼 수 있는 점 등을 종합하여 보면, 원고가 사실과 다른 세금계산서를 수취하고 이를 증빙자료로 하여 법인세를 허위로 신고한 행위는 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호 의 ‘사기나 그 밖의 부정한 행위’에 해당한다고 보아야 한다. (라) 따라서 이 사건 법인세 부과처분 중 법인세 부분에는 10년의 부과제척기간이 적용된다.
(3) 다음으로, 이 사건 법인세 부과처분 중 가산세 부분에 대하여 본다. (가) 구 국세기본법 제47조 제2항 본문에서 ‘가산세는 해당 의무가 규정된 세법의 해당 국세의 세목으로 한다’고 규정하는 등 가산세는 징수절차상의 편의를 위해 세법이 정하는 국세의 세목으로 세법에 의하여 산출한 본세의 세액에 가산하여 함께 징수하는 행정상 제재의 일종이다(대법원 1995. 11. 7. 선고 95누92 판결 등 참조). (나) 한편, 가산세는 ① 본세 납세의무와 무관하게 별도의 협력의무 위반에 대한 제재로서 부과되는 가산세와 ② 가산세 부과의 근거가 되는 법률규정에서 본세의 세액이 유효하게 확정되어 있을 것을 전제로 납세의무자가 법정기한까지 과세표준과 세액을 제대로 신고하거나 납부하지 않은 것을 요건으로 하는 가산세(무신고, 과소신고, 납부불성실가산세 등)로 분류된다(대법원 2019. 2. 14. 선고 2015두52616 판결 등 참조). 이 사건 법인세 부과처분에서 부과된 가산세(일반과소신고가산세, 부정과소신고가산세, 납부불성실가산세)는 그중 ‘② 가산세 부과의 근거가 되는 법률규정에서 본세의 세액이 유효하게 확정되어 있을 것을 전제로 납세의무자가 법정기한까지 과세표준과 세액을 제대로 신고하거나 납부하지 않은 것을 요건으로 하는 가산세’에 해당한다. 따라서 ‘① 본세 납세의무와 무관하게 별도의 협력의무 위반에 대한 제재로서 부과되는 가산세’가 본세의 납세의무가 성립하지 않는 경우에도 별도로 부과할 수 있는 것과 달리, 일반과소신고가산세, 부정과소신고가산세 및 납부불성실가산세는 본세의 납세의무가 성립하지 않는 경우에 따로 부과할 수 없으므로, 종속성이 더욱 강하게 인정된다. (다) 일반과소신고가산세, 부정과소신고가산세 및 납부불성실가산세의 입법취지가, 납세자가 법정기한까지 과세표준과 세액을 제대로 신고하거나 납부하지 않는 경우 제재를 가하여 의무이행을 확보하려는 데에 있는 만큼, 납세자가 본세에 대해 세법에 따라 신고하여야 할 세액을 전액 납부하지 않은 상태가 계속되는 한 그에 따른 가산세를 부과할 수 있는 가능성을 열어두는 것이 위 입법취지에도 부합한다. (라) 장기부과제척기간의 입법취지는, 조세법률관계의 신속한 확정을 위하여 원칙적으로 국세 부과권의 제척기간을 5년으로 하면서도, 국세에 관한 과세요건사실의 발견을 곤란하게 하거나 허위의 사실을 작출하는 등의 부정한 행위가 있는 경우에는 과세관청이 탈루신고임을 발견하기가 쉽지 아니하여 부과권의 행사를 기대하기 어려우므로, 당해 국세의 부과제척기간을 10년으로 연장하는 데에 있는데(대법원 2015. 9. 15. 선고 2014두2522 판결 등 참조), 납세자의 사기나 그 밖의 부정한 행위가 인정됨에도 불구하고 본세만 부과제척기간이 10년으로 연장되고 이를 기초로 하는 가산세의 부과제척기간이 10년으로 연장되지 않는다고 보는 것은, 가산세의 부과 목적이나 그 종속성에 비추어 합리적이라고 보기 어렵고, 장기부과제척기간을 둔 입법취지가 반감될 우려도 있다고 보인다. (마) 위와 같은 사정들을 고려하면, 이 사건 법인세 부과처분에서 부과된 가산세(일반과소신고가산세, 부정과소신고가산세, 납부불성실가산세)의 부과제척기간은 이 사건 법인세 부과처분의 법인세에 대한 부과제척기간과 동일한 기간인 10년으로 봄이 타당하다. (바) 이에 대하여 원고는, 구 국세기본법 제2조 에서도 제1호 각 목에서 ‘국세’를 열거하고 있는 반면, 가산세는 제4호에서 별도의 정의 규정을 두고 있으므로, 국세와 별개인 가산세 부과처분에 대해서는 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호 를 근거로 10년의 부과제척기간을 적용할 수 없다는 취지로 주장한다. 그러나 ① 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호 의 적용대상에서 가산세를 배제한다는 명시적인 규정이 없는 점, ② 구 국세기본법 제26조의2 제1항 은 제1호의2에서 특정 가산세에 대한 장기부과 제척기간을 규정한 것 외에는 모두 국세에 대한 부과제척기간을 규정하고 있어 위 규정상 ‘국세’에 가산세가 포함된다고 해석하는 것이 합리적인 점, ③ 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제3호 도 “제1호·제1호의2 및 제2호에 해당하지 않는 경우 해당 ‘국세’를 부과할 수 있는 날부터 5년”이라고 규정하고 있는바, 원고의 위 주장에 의할 경우 이 사건 법인세 부과처분 중 부정과소신고가산세 부분에 대해서는 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제3호 역시 적용할 수 없는 문제가 발생하는 점, ④국세기본법은 2010. 12. 27. 법률 제10405호로 개정되면서 제26조의2 제1항 제1호의2에 ‘납세자가 사기나 그 밖의 부정한 행위로 다음 각 목에 따른 가산세 부과대상이 되는 경우 해당 가산세는 부과할 수 있는 날부터 10년간’으로 규정하였는데, 이는 본세액의 포탈 없는 자에 대하여 가산세가 부과되는 경우 10년의 부과제척기간을 적용하지 못하는 불균형을 해소하기 위하여 마련된 것인 점 <각주37> 등에 비추어 보면, 원고의 위 주장은 받아들이기 어렵다.
(3) 소결 이 사건 법인세 부과처분은 2019. 7. 1.에 이루어졌는바, 이 사건 법인세 부과처분의 경우 구 법인세법 제60조 제1항, 제64조 제1항에서 법인세 신고납부기한으로 정한 ‘각 사업연도의 종료일이 속하는 달의 말일부터 3개월이 되는 날’의 다음 날(2009 사업연도의 경우 2010. 4. 1.)부터 기산하여 10년이 지나지 아니한 시점에 이루어진 것이 역수상 명백하므로, 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.
3. 이 사건 부가가치세 부과처분의 부과제척기간
(1) 납세자가 사실과 다른 세금계산서를 교부받아 매입세액의 공제 또는 환급을 받은 경우, 그러한 행위가 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호 에서 규정한 ‘사기나 그 밖의 부정한 행위로 국세를 포탈하거나 환급·공제받은 경우’에 해당한다고 하기 위해서는 납세자에게 사실과 다른 세금계산서에 의하여 매입세액의 공제 또는 환급을 받는다는 인식 외에, 사실과 다른 세금계산서를 발급한 자가 그 세금계산서상의 매출세액을 제외하고 부가가치세의 과세표준 및 납부세액을 신고·납부하거나 또는 그 세금계산서상의 매출세액 전부를 신고·납부한 후 경정청구를 하여 이를 환급받는 등의 방법으로 그 세금계산서상의 부가가치세 납부의무를 면탈함으로써 납세자가 그 매입세액의 공제를 받는 것이 결과적으로 국가의 조세수입 감소를 가져오게 될 것이라는 점에 대한 인식이 있어야 한다(대법원 2015. 1. 15. 선고 2014두11618 판결, 대법원 2019. 9. 9. 선고 2019두31730 판결 등 참조).
(2) 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호 의 규정형식, 입법취지 및 엄격해석의 원칙상 법정신고기한 내에 과세표준신고서를 제출한 납세자가 사기 기타 부정한 행위를 하였다고 하더라도 그로 인하여 국세를 포탈하거나 환급·공제받지 아니하는 경우에는 원칙으로 돌아가 그 부과제척기간은 5년이 되고, 이는 당해 납세자가 다른 납세자의 조세포탈 등에 가담하였더라도 자신의 포탈세액 등이 없는 이상 달리 볼 것은 아니다. 신고납세방식의 국세에 있어서 당해 국세의 포탈이나 부정 환급·공제가 있었는지 여부는 가산세를 제외한 본세액을 기준으로 판단하여야 하며, 재화나 용역을 공급하는 사업자가 가공의 매출세금계산서와 함께 가공의 매입세금계산서를 기초로 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 신고한 경우에는 그 가공의 매출세금계산서상 공급가액에 대하여는 부가가치세의 과세대상인 재화나 용역의 공급이 없는 부분으로서 이에 대한 추상적인 납세의무가 성립하였다고 볼 수 없으므로, 비록 공제되는 매입세액이 가공이라고 하더라도 이러한 경우에는 가공의 매출세액을 초과하는 부분에 한하여 그 가공거래와 관련된 부가가치세의 포탈이나 부정 환급·공제가 있었다고 보아야 한다(대법원 2009. 12. 24. 선고 2007두16974 판결 등 참조).
(1) 이 사건 부가가치세 부과처분의 고지세액과 그중 가산세 부분(2015년 2기까지)은 아래 표(이하 ‘이 사건 표’라 한다) 기재와 같다(을 제1, 20호증).
(2) 우선, 이 사건 부가가치세 부과처분 중 부가가치세(가산세를 제외한 본세 부분)에 대하여 본다. (가) ① 앞서 인정한 사실들에 비추어 보면, 원고는 이른바 ‘끼워넣기 거래’에 해당하는 이 사건 거래라는 외형을 작출함으로써 세금계산서의 필요적 기재사항의 내용이 그 재화를 실제로 공급하거나 공급받는 주체와 가액 및 시기 등과 서로 일치하지 아니하는 경우에 해당하게 되었다고 할 것이므로, 납세자인 원고가 이 사건 거래를 통해 사실과 다른 세금계산서를 교부받아 매입세액의 공제를 받은 경우에 해당한다고 할 것이다.
② 또한 앞서 본 바와 같이 이 사건 거래는 원고 측 B 부사장의 주도 하에 위와 같은 매입거래와 매출거래가 각 이 사건 공급업체별로 원고와 사이에 실질적으로 하나의 거래에 해당한다고 볼 수도 있다.
③ 위와 같은 사정 등에 비추어 보면, 원고의 위와 같은 행위는 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호 에서 규정한 ‘사기나 그 밖의 부정한 행위’에 해당한다고 보아야 할 뿐만 아니라, 원고 측 B 부사장의 주도 하에 이루어진 이 사건 거래에 있어서 납세자인 원고에게 사실과 다른 세금계산서에 의하여 매입세액의 공제를 받는다는 인식이 있었다고 할 것이다. (나) 그러나, 나아가 다음과 같은 사정들까지 종합하여 볼 때, 위와 같은 인식 이외에, 원고에게 사실과 다른 이 사건 세금계산서로 매입세액을 공제받는 것이 결과적으로 국가의 조세수입 감소를 가져오게 될 것이라는 점에 대한 인식까지 있었다고 보기는 어렵다고 판단된다.
① 원고와 이 사건 사업장, 이 사건 거래처는 모두 이 사건 거래에 따른 부가가치세를 신고하며 그 납부까지 모두 완료하였고 이후 피고에 의해 이 사건 거래가 부인되기 전까지 이를 환급받은 바도 없으므로 이 사건 거래 전체 과정에서 부가가치세의 세수 일실은 발생하지 않았다고 보인다.
② 한편, 이 사건 사업장은 2019. 7. 2.경 이 사건 거래와 관련하여 당초 납부한 부가가치세 납부세액 중 상당 부분을 환급받은 것으로 보이나,<각주38> 이 사건 사업장에 대한 위와 같은 환급은 과세관청이 사후에 스스로 한 것으로 보일 뿐이므로, 이러한 사정만으로는 원고가 이 사건 거래에 대한 부가가치세 신고 당시 국가의 조세수입 감소를 가져오게 될 것이라는 점을 인식하였는지 여부를 판단하는 데 영향을 미칠 수 없다고 할 것이다(대법원 2019. 9. 9. 선고 2019두31730 판결 참조).
③ 또한 원고의 이 사건 거래 중 공제되는 매입세액이 가공에 해당하기는 하지만, 원고에게 가공의 매출세액이 있다고 볼 수는 없으므로(피고의 2023. 1. 4.자 참고자료 6), 그 가공거래와 관련된 부가가치세의 포탈이나 부정 환급·공제가 있었다고 보기도 어렵다. (다) 따라서 원고는 위와 같은 행위를 통하여 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호 의 ‘사기나 그 밖의 부정한 행위’를 하였다고 인정되지만, 나아가 그로 인하여 국세를 포탈하거나 환급·공제받지 아니하는 경우에 해당한다고 할 것이므로, 원칙으로 돌아가 그 부과제척기간은 5년이 된다고 할 것이다. (라) 구 국세기본법 제26조의2 제5항 및 구 국세기본법 시행령 제12조의3 제1항 제1호 는 “과세표준과 세액을 신고하는 국세는 해당 국세의 과세표준과 세액에 대한 신고기한 또는 신고서 제출기한의 다음 날부터 부과할 수 있다.”고 규정하고 있고, 구 부가가치세법 제49조 제1항 은 “사업자는 각 과세기간에 대한 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 그 과세기간이 끝난 후 25일 이내에 납세지관할 세무서장에게 신고하여야 한다.”고 규정하고 있다. 따라서 부가가치세의 부과제척기간은 특별한 사정이 없는 한 구 부가가치세법 제49조 제1항 에서 부가가치세 신고납부기한으로 정한 ’그 과세기간이 끝난 후 25일‘의 다음 날부터 기산된다고 봄이 타당하다. (마) 이 사건 부가가치세 부과처분은 2019. 7. 1.에 이루어졌는바, 이 사건 부가가치세 부과처분 중 2009년 제1기부터 2013년 제2기까지에 해당하는 부가가치세 부분의 경우 부가가치세 신고납부기한으로 정한 ’그 과세기간이 끝난 후 25일‘의 다음 날(2009년 제1기의 경우 2009. 7. 26. 내지 2013년 제2기의 경우 2014. 1. 26.)부터 기산하여 5년이 경과하였음이 역수상 명백하다. 따라서 이 사건 부가가치세 부과처분 중 이 사건 표 순번 1 내지 10(2009년 제1기 내지 2013년 제2기)의 부가가치세 합계 1,257,364,178원(고지세액 합계 3,028,260,150원 - 가산세 합계 1,770,895,972원) 부분은 위법하다고 할 것이므로, 원고의 이 부분 주장은 이유 있다.
(3) 다음으로, 이 사건 부가가치세 부과처분 중 부정과소신고가산세, 납부불성실가산세 부분에 대하여 본다. (가) 앞서 본 바와 같이 가산세는 ① 본세 납세의무와 무관하게 별도의 협력의무 위반에 대한 제재로서 부과되는 가산세와 ② 가산세 부과의 근거가 되는 법률규정에서 본세의 세액이 유효하게 확정되어 있을 것을 전제로 납세의무자가 법정기한까지 과세표준과 세액을 제대로 신고하거나 납부하지 않은 것을 요건으로 하는 가산세로 분류된다. 이 사건 부가가치세 부과처분에서 부과된 부정과소신고가산세, 납부불성실가산세는 그중 ‘② 가산세 부과의 근거가 되는 법률규정에서 본세의 세액이 유효하게 확정되어 있을 것을 전제로 납세의무자가 법정기한까지 과세표준과 세액을 제대로 신고하거나 납부하지 않은 것을 요건으로 하는 가산세’에 해당한다고 봄이 상당하다. (나) 위와 같은 사정 등을 고려하면, 이 사건 부가가치세 부과처분에서 부과된 부정과소신고가산세, 납부불성실가산세의 부과제척기간은 이 사건 부가가치세 부과처분의 부가가치세에 대한 부과제척기간과 동일한 기간인 5년으로 봄이 타당하다. (다) 이 사건 부가가치세 부과처분은 2019. 7. 1.에 이루어졌는바, 이 사건 부가가치세 부과처분 중 2009년 제1기부터 2013년 제2기까지에 해당하는 부정과소신고가산세, 납부불성실가산세 부분의 경우 부가가치세 신고납부기한으로 정한 ’그 과세기간이 끝난 후 25일‘의 다음 날(2009년 제1기의 경우 2009. 7. 26. 내지 2013년 제2기의 경우 2014. 1. 26.)부터 기산하여 5년이 경과하였음이 역수상 명백하다. 따라서 이 사건 부가가치세 부과처분 중 이 사건 표 순번 1 내지 10(2009년 제1기 내지 2013년 제2기)의 부정과소신고가산세 합계 502,949,692원, 납부불성실가산세 합계 1,016,471,437원 부분은 모두 위법하다고 할 것이므로, 원고의 이 부분 주장은 이유 있다.
(4) 마지막으로, 이 사건 부가가치세 부과처분 중 세금계산서미발급가산세 부분에 대하여 본다. (가) 위 세금계산서미발급가산세의 경우 세금계산서 발급을 강제하여 거래를 양성화하고 세금계산서를 발급하지 않아 조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 것을 막고자 하는 데에도 그 제도적 취지가 있다고 보이는 점 등에 비추어 보면, 위 세금계산서미발급가산세는 납세자인 원고가 부정행위로 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호 의2 다목 ‘ 부가가치세법 제60조제2항 제2호 ’에 따른 가산세 부과대상이 되는 경우에 해당한다고 봄이 상당하다. (나) 이 사건 부가가치세 부과처분 중 세금계산서미발급가산세 부분에는 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호 의2에 따라 10년의 부과제척기간이 적용된다. (다) 이 사건 부가가치세 부과처분은 2019. 7. 1.에 이루어졌는바, 이 사건 부가가치세 부과처분 중 세금계산서미발급가산세의 경우 부가가치세 신고납부기한으로 정한 ’그 과세기간이 끝난 후 25일‘의 다음 날(2009년 제1기의 경우 2009. 7. 26.)부터 기산하여 10년이 지나지 아니한 시점에 이루어진 것이 역수상 명백하므로, 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.
1. 앞서 본 바와 같이 이 사건 법인세 부과처분 및 이 사건 부가가치세 부과처분 중 2014년 제1기 이후의 부가가치세, 부정과소신고가산세, 납부불성실가산세와 전체 세금계산서미발급가산세 부분은 부과제척기간 내에 이루어진 것으로서 적법하나, 이 사건 부가가치세 부과처분 중 2009년 제1기부터 2013년 제2기까지의 부가가치세, 부정과소신고가산세, 납부불성실가산세 부분은 처분 당시 이미 부과제척기간을 도과하였으므로 위법하다.
2. 국세부과의 제척기간이 경과한 후에 이루어진 부과처분은 무효인바,<각주39> 무효를 선언하는 의미에서 취소소송을 제기하는 것도 가능하므로,<각주40> 결국 원고의 주장 중에서 이 사건 부가가치세 부과처분 중 2009년 제1기부터 2013년 제2기까지의 부가가치세, 부정과소신고가산세, 납부불성실가산세 부분의 취소를 구하는 부분에 한하여 이유 있다고 할 것이다.
그렇다면 원고의 청구는 위 인정 범위 내에서 이유 있어 이를 인용하고, 나머지 청구는 이유 없어 이를 기각하여야 한다. 이와 결론을 일부 달리하는 제1심판결은 부당하므로, 피고의 항소를 일부 받아들여 제1심판결을 위와 같이 변경하기로 하여 주문과 같이 판결한다.
판결 내용은 붙임과 같습니다.