원고와 소외업체 사이의 거래를 진정한 거래로 볼 수 있는지 여부

사 건 2022누59457 부가가치세부과처분취소 원 고

○○○○주식회사 피 고

○○세무서장 변 론 종 결

2024. 4. 25. 판 결 선 고

2024. 7. 25.

제1심판결 중 아래에서 취소를 명하는 원고 패소 부분을 취소한다. 피고가 2019. 5. 1. 원고에게 한 별지 1 목록 ‘합계’란 기재 각 부가가치세 부과처분(가산세 포함) 중 별지 4 정당세액표 ‘정당세액(D-E)’란 기재 각 금액을 초과하는 부분을 각 취소한다.

2. 원고의 나머지 항소를 기각한다.

3. 소송총비용 중 70%는 원고가, 나머지는 피고가 부담한다. 청 구 취 지 제1심판결을 취소한다. 피고가 2019. 5. 1. 원고에게 한 별지 1 목록 ‘합계’란 기재 각 부가가치세 부과처분(가산세 포함)을 취소한다.

1. 처분 경위, 관계 법령 이 법원이 이 부분에 관하여 적을 이유는 아래와 같이 고치거나 추가하는 외에는 제1심판결 제1항, 제2의 나항(별지 2 포함) 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 따라 이를 그대로 인용한다.

○ 제1심판결 3쪽 8행의 “원고에 대하여” 뒤에 “별지 1 목록 기재와 같이”를 추가한다.

○ 제1심판결 3쪽 12행의 “(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)”를 “(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다. 그중 본세(부가가치세) 부분은 ‘이 사건 본세’ 또는 ‘이 사건 본세 부과처분’, 가산세 부분을 ‘이 사건 가산세’ 또는 ‘이 사건 가산세 부과처분’이라 한다)”로 고친다.

• 가. 이 사건 본세 부과처분에 관한 주장

1. ‘진정한 거래였다’는 주장 소외 업체는 김

○○ 이 자신 명의로 운영하였거나 송

○○ (원고의 대표이사이다)가 김

○○ 명의를 빌려 운영했던 ‘원고와는 구별된 독립된 사업체’이다. 소외 업체가 실제로 원고에게 용역을 제공하였으므로, 원고와 소외 업체 사이의 거래는 진정한 거래로 보아야 한다. 적어도 그중 일부는 진정한 거래라는 점이 관련 형사판결에서 인정되었으므로, 거래 전체가 가공거래임을 전제로 한 이 사건 본세 부과처분은 위법하다.

2. 부과제척기간 경과 주장 원고는 조세포탈 의도로 허위의 세금계산서를 발행하지 않았고, ‘원고와 소외 업체 사이의 세금계산서 발행으로 인해 조세포탈의 결과가 생긴다’는 점도 인식하지 못했다. 따라서 원고가 구 국세기본법(2019. 12. 31. 법률 제16841호로 개정되기 전의 것, ‘구 국세기본법’) 제26조의2 제1항 제1호에서 정한 ‘사기나 그 밖의 부정한 행위’를 했다고 볼 수 없으므로, 이 사건 본세 부과처분에 관해서는 위 규정에서 정한 ‘10년의 장기 부과제척기간’이 아닌 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제3호 에서 정한 ‘5년의 부과제척기간’이 적용되어야 한다. 이에 반하여 10년의 장기 부과제척기간을 적용한 이 사건 본세 부과처분은 위법하다.

• 나. 이 사건 가산세 부과처분에 관한 주장

1. ‘세금계산서불성실가산세’에 관한 주장 1) 이는 10년의 장기 부과제척기간을 정한 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호 의2에서 열거하는 가산세에 해당하긴 하지만, 다음과 같이 이에 대해서는 위 규정에서 정한 ‘10년의 장기 부과제척기간’이 아닌 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제3호 에서 정한 ‘5년의 부과제척기간’이 적용되어야 한다. 따라서 이는 부과제척기간의 경과로 위법하다.

• 가) 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호 의2는 2011. 1. 1. 이후 최초로 세금계산서를 발급하지 아니하거나 세금계산서를 발급한 분 또는 발급받는 분부터 적용되므로, 그 전에 해당하는 2009년 제1기부터 2010년 제2기까지의 세금계산서불성실가산세에 대하여는 위 규정의 장기 부과제척기간이 적용될 수 없다.
• 나) ① 2011년 제1기․제2기 부가가치세의 경우, 원고와 소외 업체 사이의 일부 거래는 진정한 것이었다. ② 2010년 제1기․제2기 부가가치세와 2011년 제1기 부가가치세의 경우, 산출세액보다 공제세액이 더 많으므로 이 사건 본세가 과소신고되었다고 볼 수 없다. 2) 따라서 이에 관해서는 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호 의2의 ‘사기나 그 밖의 부정한 행위’가 있었다고 볼 수 없으므로, 10년의 장기 부과제척기간이 적용될 수 없다.

2. 나머지 가산세에 관한 주장 나머지 가산세는 10년의 장기 부과제척기간을 정한 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호 의2에서 열거하는 가산세에 해당하지 않으므로, 이에 관해서는 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제3호 에서 정한 5년의 부과제척기간이 적용되어야 한다. 따라서 이는 부과제척기간의 경과로 위법하다.

3. 이 사건 본세 부과처분의 적법 여부에 관한 판단

• 가. ‘진정한 거래였다’는 주장에 관한 판단 이 법원이 이 부분에 관하여 적을 이유는 아래 판단을 추가하는 외에는 제1심판결 이유 제2의 다. 1)항 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 따라 이를 그대로 인용한다.

1. 피고는 2020. 2. 7. 원고에 대하여, 이 사건 처분 사유와 같이 ‘원고와 소외 업체의 거래는 가공거래였다’는 이유로 2009 내지 2011 사업연도 법인세에 관한 증액경정처분 등을 하였다. 이에 대하여 원고가 피고를 상대로 그 취소의 소를 제기하면서 ‘원고와 소외 업체의 거래는 진정한 것이다’라고 주장했지만, 2022. 9. 2. 원고 패소 판결을 선고받았다(서울행정법원 2022. 9. 2. 선고 2021구합56442 판결). 이에 불복하여 원고가 항소를 제기했지만, 2023. 5. 3. 항소기각 판결을 선고받았고(서울고등법원 2023. 5. 3. 선고 2022누60013 판결), 해당 판결은 2023. 7. 30. 그대로 확정되었다(대법원 2023. 7. 23. 자 2023두41628 심리불속행 기각 판결, ‘관련 행정판결’ 또는 ‘관련 행정판결 사건’이라 한다). 원고는 “관련 형사판결과 관련 행정판결에 위법이 있다.”라고 주장하지만, 관련 형사판결과 관련 행정판결의 내용, 관련 형사판결과 관련 행정판결의 사건 진행 경과, 송

○○ ․김

○○ 등이 관련 형사판결 사건 등에서 진술했던 내용을 포함하여 이 법원에 제출된 제반 증거 등에 비추어 볼 때, 원고 주장은 받아들이기 어렵다.

2. 원고는 “김

○○ 이 관련 행정판결 사건에서 ‘자신은 원고 직원이 아니고, 소외 업체는 원고와 구별되는 별개의 개인사업체였다’는 취지로 진술했는데, 이는 관련 형사판결 사건에서 있었던 김

○○ 의 진술보다 더 믿을 수 있다.”라고 주장한다. 김

○○ 이 관련 행정판결 사건에서 원고 주장과 같은 취지의 진술을 한 적이 있더라도, ① 김

○○ 은 관련 행정판결 사건에서 ‘관련 형사판결 사건에 제출된 자신에 관한 피의자신문조서 및 확인서(을 제13호증) 내용은 자신이 진술하거나 작성한 것이 맞다’는 취지로 진술했던 점, ② 김

○○ 은 ‘소외 업체가 원고의 현장부서에 불과하냐?’라는 질문에 대해 ’기억이 나지 않는다‘라는 취지로 진술하면서도, “이 사건 나고서부터, 형사 건까지 하다가, 제가 대형 교통사고가 났습니다. 그 상태에서 제가 모든 걸 지금, 기억상실이나 마찬가지예요.”라고 진술했던 점, ③ 관련 행정판결 사건 재판부 역시 “김

○○ 이 경찰 및 검찰 조사과정, 세무조사 과정 및 관련 행정판결 사건에 이르기까지, ’원고 측의 요청으로 소외 업체에 관한 사업자등록을 한 것이고 소외 업체와 관련된 일은 모두 원고의 경리팀에서 처리하였다‘고 일관되게 진술하였던 사정” 등을 고려하여, ‘소외 업체가 원고와 구별되는 독립된 사업체로 보기 어렵다’고 판단했던 점 등을 고려하면, 원고 주장을 받아들이기 어렵다.

3. 원고는 “관련 형사판결에서도 전체 거래 중 일부는 진정한 것으로 인정되었다.”라고 주장한다. 관련 형사판결서(제1심, 을 제15호증)에는 “피해자인 원고가 소외 업체의 계좌에 실제보다 부풀린 용역 대금을 입금한 후 실제 용역 대금에 해당하는 부분을 제외한 나머지를

○○○ 개발에 송금한 내역 등이 기재되어 있고, 계좌거래내역이 이에 부합한다.”라는 취지, 관련 형사판결 사건 기록에 “330만 원에 불과한 용역공사를 원고가 4,500만 원으로 부풀려 허위세금계산서를 작성하였던 것으로”라는 취지가 기재된 사실은 인정된다. 이는 단지 ’원고 대표이사인 송

○○ 가 소외 업체와의 관계에서 원고 자금을 유출하여 횡령하였는지‘에 관한 판단에 불과하다. 여기에 ’소외 업체가 독자적인 별개의 사업자 지위에서 원고와 일부 거래를 진정으로 했다‘는 취지가 포함되었다고 보기 어렵다. 원고의 이 부분 주장도 받아들일 수 없다.

• 나. ‘부과제척기간 경과’ 주장에 관한 판단 이 법원이 이 부분에 관하여 적을 이유는 제1심판결 9쪽 8행의 ”따라서“ 앞에 아래 내용을 추가하는 외에는 제1심판결 이유 제2의 다. 2)항 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 따라 이를 그대로 인용한다. 『구 국세기본법 제26조의2 제6항 은 ”제1항 각 호에 따른 국세를 부과할 수 있는 날은 대통령령으로 정한다.”라고 규정하고, 그 위임에 따라 구 국세기본법 시행령(2020. 2. 11. 대통령령 제30400호로 개정되기 전의 것) 제12조의3 제1항 제1호는 “과세표준과 세액을 신고하는 국세의 경우 해당 국세의 과세표준과 세액에 대한 신고기한 또는 신고서 제출기한의 다음 날부터 부과할 수 있다.”라고 규정한다. 구 부가가치세법 제19조 제1항 은 “사업자는 각 과세기간에 대한 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 그 과세기간이 끝난 후 25일 이내에 사업장 관할 세무서장에게 신고하여야 한다.”라고 규정한다. 위 규정에 의하면, 이 사건 본세(부가가치세)의 부과제척기간은 ’과세관청이 부가가치세를 부과할 수 있는 날‘, 즉 구 부가가치세법 19조 제1항 에서 부가가치세 신고납부기한으로 정한 ’그 과세기간이 끝난 후 25일의 다음 날‘부터 기산된다고 보아야 하므로, 이 사건 본세에 관한 부과제척기간은 ’그 과세기간이 끝난 후 25일의 다음 날‘인 2009. 7. 26.(2009년 제1기의 경우) 내지 2012. 1. 26.(2011년 제2기의 경우)부터 기산한다. 이 사건 본세 부과처분은 이때부터 부과제척기간인 10년이 경과하기 전인 2019. 5. 1. 이루어졌다. 따라서 이 사건 본세에 관한 부과제척기간이 경과했다고 볼 수 없으므로, 원고의 이 부분 주장은 받아들일 수 없다.』

4. 이 사건 가산세 부과처분의 적법 여부에 관한 판단

• 가. 판단의 전제

1. 가산세는 징수절차상의 편의를 위해 세법이 정하는 국세의 세목으로 세법에 의하여 산출한 본세의 세액에 가산하여 함께 징수하는 행정상 제재의 일종이다(대법원 1995. 11. 7. 선고 95누92 판결 등 참조). 이와 같은 가산세는 ㉠ 본세 납세의무와 무관하게 납세자의 별도의 협력의무 위반에 대한 제재로서 부과되는 가산세(편의상 ’㉠ 가산세’로 부른다), ㉡ 가산세 부과의 근거가 되는 법률규정에서 본세의 세액이 유효하게 확정되어 있을 것을 전제로 납세의무자가 법정기한까지 과세표준과 세액을 제대로 신고하거나 납부하지 않은 것을 요건으로 하는 가산세(편의상 ’㉡ 가산세’로 부른다)로 분류된다(대법원 2019. 2. 14. 선고 2015두52616 판결 등 참조).

2. 이 사건 가산세는 다음과 같이 분류된다.

• 가) 이 사건 가산세 부과처분은 2009년 제1기부터 2011년 제2기까지의 부당과소신고가산세(구 국세기본법 제47조의3 제1항 제1호), 2009년 제1기부터 2011년 제2기까지의 납부불성실가산세(구 국세기본법 제47조의5 제1항), 2009년 제1기부터 2011년 제2기까지의 사업자미등록가산세(구 부가가치세법 제22조 제1항), 3) 2009년 제1기부터 2011년 제2기까지의 세금계산서불성실가산세(구 부가가치세법 제22조 제3항), 2010년 제1기의 일반과소신고가산세(구 국세기본법 제47조의3 제1항 제2호), 2010년 제1기의 매출처별합계표미제출가산세(구 부가가치세법 제22조 제4항), 2011년 제1기의 세금계산서지연발급가산세(구 부가가치세법 제22조 제2항) 부분으로 이루어져 있다.
• 나) 그중 ① ’세금계산서불성실가산세‘는 세금계산서를 발급하지 않거나 부당하게 발급받은 경우 등에 대한 제재, ② ’사업자미등록가산세‘는 부가가치세법상 기한 내에 사업자등록을 하지 않고 사업을 한 것에 대한 제재, ③ ’매출처별합계표미제출가산세‘는 매출처별세금계산서합계표를 제출하지 않은 것에 대한 제재, ④ ’세금계산서지연발급가산세‘는 세금계산서 등의 발급 시기를 경과하여 발급한 것에 대한 제재로 각각 부과되는 것이다. 이는 모두 본세인 부가가치세의 납세의무와 무관하게 납세자의 협력의무 위반에 대해 부과되는 별도의 가산세로서, ’㉠ 가산세‘에 해당한다.

① ’과소신고가산세‘는 납세자에 의해 신고된 과세표준이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준에 미치지 못하는 것에 대한 제재, ② ’납부불성실가산세‘는 납세자가 세법에 따른 납부기한까지 국세를 납부하지 않거나 납부한 세액이 납부해야 할 세액에 미치지 못하는 것에 대한 제재로 각각 부과되는 것이다. 이는 모두 납세의무자가 법정기한까지 과세표준과 세액을 제대로 신고하거나 납부하지 않은 것을 요건으로 하는 가산세로서, ’㉡ 가산세‘에 해당한다.

3. 국세기본법이 2010. 12. 27. 법률 제10405호로 개정되면서 신설된 제26조의2 제1항 제1호의2는 “납세자가 사기나 그 밖의 부정한 행위로 다음 각 목에 따른 가산세 부과 대상이 되는 경우 해당 가산세는 부과할 수 있는 날부터 10년간”의 부과제척기간이 적용되는 것으로 규정하면서, ’구 부가가치세법 제22조 제3항 및 제6항‘ 등을 열거한다. 이는 ’사기나 그 밖의 부정한 행위로 국세를 포탈하는 경우에는 10년의 장기 부과제척기간을 적용하는데, 본세액이 없거나 본세 포탈이 없더라도 자료상 등의 사기나 그 밖의 부정한 행위와 관련하여 구 부가가치세법에 따른 세금계산서교부불성실가산세 등을 부과하는 경우에는 10년의 장기 부과제척기간을 적용하는 것이 조세 정의에 부합한다‘는 데 그 개정 취지가 있다(개정 이유). 본세의 신고 또는 납부와 직접 관련 없는 사항에 대한 제재로 부과되는 가산세를 염두에 두고 특별히 법률의 개정이 이루어졌던 것이다. 이 사건 가산세 중 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호 의2에서 명시적으로 10년의 장기 부과제척기간이 적용되는 것으로 열거된 것은 ’세금계산서불성실가산세‘뿐이다. 4) 여기서는 신설된 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호 의2의 적용 범위, 국세 일반에 관하여 10년의 장기 부과제척기간을 정한 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호 의 적용 범위 등이 문제 된다.

• 나. 부과제척기간에 관한 판단

1. ㉠ 가산세 중 ’세금계산서불성실가산세‘의 부과제척기간

• 가) 2010. 12. 27. 신설되어 2011. 1. 1.부터 시행되는 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호 의2의 적용 범위에 관하여, 구 국세기본법 부칙(2010. 12. 27.) 제2조는 ”개정된 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호 의2는 이 법 시행(2011. 1. 1.) 후 최초로 계산서ㆍ세금계산서를 발급하지 아니하거나 계산서ㆍ세금계산서를 발급한 분 또는 발급받는 분부터 적용한다.”라고 규정한다.
• 나) 위 규정에 의하면, ’원고에 대해 부과된 세금계산서불성실가산세 중 2009년 제1기부터 2010년 제2기까지 부분‘은 구 국세기본법 부칙(2010. 12. 27.) 제2조에 따라 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호 의2가 적용되지 않으므로, 이에 관해서는 종전과 같이 5년의 부과제척기간이 적용되어야 한다. 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호 의2의 신설 취지에 비추어 볼 때, 해당 규정을 소급하여 적용할 수는 없고, 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호 의 적용을 확장하는 것도 허용되지 않는다. 반면, 2011년 제1기․제2기의 세금계산서불성실가산세에 대해서는 신설된 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호 의2에서 정한 10년의 장기 부과제척기간이 적용되어야 하는데, 이에 관한 이 사건 처분이 그 기간 내에 이루어진 것임은 역수상 명백하므로, 이는 적법하다고 보아야 한다.
• 다) 다음과 같은 점에서, 원고의 나머지 주장은 받아들일 수 없다.

(1) 앞서 본 바와 같이 원고와 소외 업체 사이의 거래는 진정한 것으로 볼 수 없다. 또한, ① 원고 대표이사의 행위는 구 부가가치세법 제22조 제3항 제4호 에서 정한 ’재화 또는 용역을 공급하고 실제로 재화 또는 용역을 공급하는 자가 아닌 자 또는 실제로 재화 또는 용역을 공급받는 자가 아닌 자의 명의로 세금계산서를 발급한 경우‘에 해당하는 점, ② 이는 부가가치세(가산세 포함)의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 적극적인 행위로서 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호 의2에서 정한 ’사기나 그 밖의 부정한 행위‘에 해당하는 점은 앞서 본 바와 같으므로, 원고의 이 부분 주장은 받아들이지 않는다.

(2) 당사자 사이에 다툼이 없거나, 을 제7호증의 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, ① 원고는 일부 가공거래 등을 기초로 매입세액을 부당하게 공제받는 방법으로 2009년 제2기 부가가치세, 2010년 제1기․제2기 부가가치세, 2011년 제1기 부가가치세 등을 과소 신고․납부하였던 사실, ② 위와 같이 부당하게 매입세액을 공제받은 것에 대한 과세관청의 세무조사결과를 기초로, 피고는 2017. 8. 16.경 원고에 대해 해당 부가가치세(가산세 포함)를 증액하는 증액경정처분을 했고(별지 1 목록의 ’공제세액‘란에 기재된 금액은 이에 따른 금액이다), 이에 대해서는 원고가 불복 또는 경정청구를 제기하지 않아 이미 불가쟁력이 발생했던 사실, ③ 이후 소외 업체에 대한 세무조사결과를 기초로, 피고가 2019. 5. 1. 원고에 대해 해당 부가가치세(가산세 포함)를 다시 증액하는 이 사건 처분(재경정)을 했던 사실을 인정할 수 있다. 위 인정 사실에 의하면, ① 원고가 신고 당시 ’사기나 그 밖의 부정한 행위’를 통해 해당 부가가치세를 과소 신고․납부하였고, 이에 따라 두 차례에 걸쳐 증액경정처분이 있었던 점, ② 별지 1 목록의 ‘공제세액’란에 기재된 금액은 원고가 최초 신고․납부했던 부가가치세가 아니라 피고가 2017. 8. 16.경 증액경정처분 등에 따라 원고에 대해 부과했던 것인 점, ③ 2017. 8. 16.경 증액경정처분에 따라 부과된 공제세액 등을 공제하더라도, 여전히 원고가 추가로 납부해야 할 이 사건 본세와 이 사건 가산세가 남는 점 등에 비추어 볼 때, 원고의 이 부분 주장은 받아들일 수 없다.

2. ’나머지 ㉠ 가산세‘의 부과제척기간 세금계산서불성실가산세를 제외한 나머지 ㉠ 가산세(사업자미등록가산세, 매출처별합계표미제출가산세, 세금계산서지연발급가산세)는 10년의 장기 부과제척기간을 정한 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호 의2에서 열거하는 가산세에 해당하지 않고 별도의 규정도 없으므로, 이에 관해서는 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제3호 에서 정한 5년의 부과제척기간이 적용된다고 보아야 한다(대법원 2019. 8. 30. 선고 2016두62726 판결, 5) 대법원 2021. 12. 30. 선고 2017두75415 판결 6) 의 취지 참조).

3. ’㉡ 가산세‘의 부과제척기간 다음과 같은 이유로 ㉡ 가산세(부당과소신고가산세, 일반과소신고가산세, 납부불성실가산세)에 관해서는 10년의 장기 부과제척기간이 적용된다고 보아야 한다.

• 가) ㉠ 가산세가 본세의 납세의무가 성립하지 않는 경우에도 별도로 부과되는 것과 달리, ㉡ 가산세는 본세의 납세의무가 성립하지 않는 경우에는 따로 부과될 수 없는 것이다. 이처럼 ㉡ 가산세는 본세에 대한 종속성이 강한 가산세에 해당한다. 앞에서 본 바와 같이 ㉡ 가산세는 모두 ’납세자가 세법에 따라 정당하게 납부해야 할 본세를 신고하지 않거나 납부하지 않는 행위에 대해 제재를 가함으로써 납세자의 본세 납부의무의 이행을 강제․확보하려는 데‘ 그 취지가 있는 만큼, 본세의 신고 및 납부에 관한 납세자의 의무 불이행 상태가 계속되는 한 그에 상응하여 ㉡ 가산세도 역시 계속 부과될 필요가 있다. 여기에 더하여 ’㉠ 가산세와 같이 본세 납부의무가 없는 사안‘ 등에 대한 국가의 조세징수권을 강화하기 위해 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호 의2가 신설된 경위 및 입법적 배경 등을 고려하면, ㉡ 가산세가 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호 의2에서 10년의 장기 부과제척기간이 적용되는 가산세로 열거되지 않았더라도, 이 사건 본세(부가가치세)에 관한 부과제척기간과 동일하게 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호 에 따라 10년의 장기 부과제척기간이 적용된다고 보아야 한다. ㉡ 가산세에 대해서는 본세에 관한 부과제척기간이 그대로 적용되어야 하는 것이다. ㉡ 가산세에 해당하는 ’신고․납부불성실가산세‘에 대해 10년의 장기 부과제척기간 적용 여부가 문제 된 사안에서 서울고등법원 2023. 6. 1. 선고 2022누55592 판결(대법원 2023. 9. 21. 자 2023두44870 심리불속행 기각 판결로 확정), ’부당과소신고가산세‘에 대해 10년의 장기 부과제척기간 적용 여부가 문제 된 사안에서 서울고등법원 2023. 6. 21. 선고 2022누56342 판결(대법원 2023. 11. 22. 자 2023두48155 심리불속행 기각 판결로 확정) 역시 모두 같은 취지에서 ㉡ 가산세에 관해서는 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호 에 따라 10년의 장기 부과제척기간을 적용하는 것이 타당하다고 판시하였다.
• 나) 이에 대하여 원고는 “구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호 에서 정한 ‘국세’는 본세만을 의미하고 가산세는 포함하지 않으므로, ㉡ 가산세에 관해서는 해당 규정이 적용되지 않는다.”라고 주장하지만, 받아들일 수 없다. ㉠ 가산세와 구별되는 ’㉡ 가산세‘의 본질적 특성과 함께, ① 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호 의 적용 대상에서 가산세를 배제해야 한다는 명문 규정을 찾을 수 없는 점, ② 구 국세기본법 제26조의2 제1항 은 제1호의2에서 특정 가산세에 대한 장기 부과제척기간을 규정한 외에는 모두 국세에 관한 부과제척기간을 규정하고 있고, ‘국세’에서 가산세를 제외해야 하는 합리적인 이유를 찾기 어려운 점, ③ 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제3호 는 ”제1호ㆍ제1호의2 및 제2호에 해당하지 않는 경우 해당 ‘국세’를 부과할 수 있는 날부터 5년간”의 부과제척기간이 적용된다고 규정하는데, 원고 주장에 따를 경우 다른 가산세에 관해서도 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제3호 가 적용될 수 없는 입법적 결함이 생기는 점에서 그렇다.
• 다) 이 사건 본세의 부과제척기간은 부가가치세 신고납부기한인 ‘그 과세기간이 끝난 후 25일의 다음 날’부터 기산하고, 가산세의 부과제척기간은 ‘가산세를 부과할 수 있는 날’부터 기산한다. 구 국세기본법 제47조의3, 구 국세기본법 제47조의4 규정 내용에 비추어 보면, 부가가치세의 과소신고가산세와 납부불성실가산세는 부가가치세 신고납부기한의 다음 날에 성립하고 부과제척기간 또한 같은 날부터 기산한다고 보는 것이 타당하다(대법원 2014. 12. 24. 선고 2014두40791 판결의 취지 참조). 따라서 ㉡ 가산세의 부과제척기간은 본세(부가가치세)의 신고납부기한으로 정한 ’그 과세기간이 끝난 후 25일의 다음 날‘인 ’2009. 7. 26.(2009년 제1기의 경우) 내지 2012. 1. 26.(2011년 제2기의 경우)‘부터 기산한다고 보아야 하는데, 이 사건 처분(2019. 5. 1. 자)은 그때부터 10년이 지나지 않은 시점에 이루어졌음이 역수상 명백하다. 따라서 이에 관해서는 부과제척기간이 경과했다고 볼 수 없다.
• 다. 취소 범위

1. 이 사건 가산세 중 ’㉡ 가산세 부분(부당과소신고가산세, 일반과소신고가산세, 납부불성실가산세) 및 ㉠ 가산세 일부인 2011년 제1기․제2기의 세금계산서불성실가산세‘에 대해서는 10년의 장기 부과제척기간이 적용된다. 이 사건 처분(2019. 5. 1. 자)이 그 기간 내에 이루어졌음이 역수상 명백한 이상, 이에 관한 이 사건 가산세 부과처분은 적법하다. 나머지 ㉠ 가산세 부분(사업자미등록가산세, 매출처별합계표미제출가산세, 세금계산서지연발급가산세, 2009년 제1기부터 2010년 제2기까지의 세금계산서불성실가산세)에 대해서는 5년의 부과제척기간이 적용된다. 이 사건 처분(2019. 5. 1. 자)이 그때부터 5년 경과 후에 이루어졌음은 역수상 명백하므로, 각 가산세별로 부과제척기간 경과 여부 등을 따질 필요가 있다.

2. 증액경정처분이 있는 경우 당초 신고나 결정은 증액경정처분에 흡수됨으로써 독립한 존재가치를 잃게 되어 원칙적으로는 증액경정처분만이 항고소송의 심판대상이 되고 납세자는 그 항고소송에서 당초 신고나 결정에 대한 위법사유도 함께 주장할 수 있다. 다만 불복기간이나 경정청구기간의 경과로 더 이상 다툴 수 없게 된 세액에 관하여는 그 취소를 구할 수 없고, 증액경정처분에 의하여 증액된 세액의 범위 내에서만 취소를 구할 수 있다(대법원 2012. 3. 29. 선고 2011두4855 판결 등 참조). 원고가 최초 신고한 과세표준 및 세액과 2017. 8. 16.경 증액경정된 과세표준 및 세액 등의 경우 불복기간이나 경정청구기간의 경과로 이미 불가쟁력이 발생한 상태이다. 따라서 위 법리에 의하면, 원고로서는 이 사건 처분에 따라 새롭게 증액된 이 사건 가산세 중 부과제척기간이 경과된 부분만 취소를 구할 수 있다. 이를 특정하면 별지 3 가산세별 취소세액표 및 별지 4 정당세액표 중 ’취소세액’란 기재와 같다(별지 1 목록에 기재된 각 가산세는 이 사건 처분에 따라 새롭게 부과 또는 증액된 것이 아니라, 신고 → 경정 → 재경정 등을 통해 원고에게 최종적으로 부과된 것을 의미한다. 그중에서 이 사건 처분을 통해 새롭게 증액된 부분이 있는지, 있다면 5년의 부과제척기간이 경과했는지를 따져 취소 여부를 판단해야 한다).

3. 부과제척기간 경과 후에 이루어진 조세부과처분은 무효이긴 하지만(대법원 2004. 6. 10. 선고 2003두1752 판결, 대법원 2018. 12. 13. 선고 2018두128 판결 등 참조), 무효를 선언하는 의미에서 취소소송을 제기하는 것도 가능하다(대법원 1993. 3. 12. 선고 92누11039 판결 등 참조). 따라서 이 사건 처분 중 별지 4 정당세액표 ’정당세액‘란에 기재된 부분을 초과하는 부분은 부과제척기간의 경과에 따라 위법한 것으로 평가되므로, 취소되어야 한다.

이 사건 청구는 위 인정 범위에서 이유 있어 인용하고, 나머지 청구는 이유 없어 기각해야 하는데, 제1심판결은 이와 결론을 일부 달리하여 부당하다. 원고의 항소를 일부 받아들여 제1심판결 중 위 인정 범위에 해당하는 원고 패소 부분을 취소하고, 취소 부분에 해당하는 이 사건 처분을 취소하며, 원고의 나머지 항소는 이유 없어 기각한다. 1) 별지 1 목록 2009년 1기분부터 2010년 2기분까지 및 2011년 2기분 ‘세금계산서미발급등 가산세’란 기재 가산세, 2011년 1기분 ‘세금계산서미발급등’란 기재 가산세를 의미한다. 2) 해당 부가가치세와 관련하여, 별지 1 목록 중 ‘본세’란에 기재된 금액보다 ‘공제세액’란에 기재된 금액이 더 많다는 점을 근거로 위와 같이 주장하는 것으로 보인다. 3) 별지 1 목록 ‘미등록(일반) 가산세’란 기재 가산세를 의미한다. 4) 구 부가가치세법 제22조 제3항 에서 정한 가산세이다. 5) 구 부가가치세법 제22조 제1항 제2호 에서 정한 명의위장등록가산세에 관한 판단 6) 구 법인세법(2018. 12. 24. 법률 제16008호로 개정되기 전의 것) 제76조 제5항에서 정한 증명서류수취불성실가산세에 관한 판단