심사청구 후 변심하여 심판청구를 제기하였더라도 제소기간계산 시 심사청구를 고려하지 아니함

사 건 2021누42933 양도소득세부과처분취소 원 고 윤AA 피 고

○○세무서장 변 론 종 결

2021. 10. 29. 판 결 선 고

2021. 11. 26.

1. 원고의 항소를 기각한다.

2. 항소비용은 원고가 부담한다. 청구취지 및 항소취지 제1심판결을 취소한다. 주위적으로, 피고가 2019. 6. 3. 원고에게 한 양도소득세 000,000,000원 부과처분을 취소한다. 예비적으로, 피고가 2019. 6. 3. 원고에게 한 양도소득세 000,000,000원 부과처분이 무효임을 확인한다.

1. 제1심판결 이유의 인용 원고가 당심에서 주장하는 내용은 아래 제2항과 같은 추가 주장 외에는 제1심에서의 주장 내용과 크게 다르지 아니한바, 원고의 주장을 제1심과 당심에 제출된 증거들과 함께 다시 살펴보아도 제1심의 사실인정과 판단은 정당하다. 따라서 이 법원이 이 판 결에 기재할 이유는 아래와 같이 추가하거나 고쳐 쓰는 부분과 아래 제2항에서 원고의 추가 주장에 대한 판단을 기재하는 외에는 제1심 판결문의 이유 기재와 같으므로, 행 정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 인용한다. 〇 제1심 판결문 제2면 제13행의 “장기보유특별공제를 적용하지 않고” 다음에 “비사 업용 토지로 보아 구 소득세법 제104조 제1항 제8호 에 따라 중과세율을 적용하여”를 추가한다. 〇 제1심 판결문 제4면 제20행과 제21행 사이에 아래의 내용을 추가한다. 『4) 한편 원고는, 국세기본법 제69조 는 조세심판원장에게 심판청구를 하려는 자는 심판청구서를 처분을 하였거나 하였어야 할 세무서장 또는 그 외의 세무서장, 조세심 판원장 등에게 제출하여야 한다고 규정되어 있는바, 원고가 이의신청 기각결정에 불복 하기 위하여 CC세무서장에게 불복청구서를 제출하였고, 이후 감사원장을 경유하여 조세심판원장에게 불복청구서가 송달되었다면 원고의 조세심판원장에 대한 심판청구는 최초 CC세무서장에게 제출된 시기에 제기되었다고 보아야 할 것이므로, 원고는 제소기간을 준수하였다고 주장한다. 구 감사원법(2020. 10. 20. 법률 제17560호로 개정되기 전의 것) 제43조는 제1항에 서 감사원의 감사를 받는 자의 직무에 관한 처분이나 그 밖의 행위에 관하여 이해관계 가 있는 자는 감사원에 심사를 청구할 수 있도록 규정되어 있고, 제2항에서 그 심사청 구는 감사원규칙이 정하는 바에 따라 청구의 취지와 이유를 적은 심사청구서로 하되 원인이 되는 처분이나 그 밖의 행위를 한 기관을 거쳐 이를 제출한다고 규정하고 있

• 다. 따라서 원고가 감사원에 심사청구를 하려고 한다면 이 사건 처분을 하였거나 그 밖의 행위를 한 세무서장에게 감사원규칙에 규정된 심사청구서를 제출하여야 한다. 그 런데 감사원심사규칙 제3조 제1항은 심사청구서의 양식을 별지서식1에 규정하고 있고 별지서식1은 원고가 CC세무서장에게 제출한 을 제2호증과 동일한 양식으로 기재되어 있다. 한편 국세기본법 제69조 제1항, 제2항에 의하면 국세심판원에 심판청구를 하려는 자는 대통령령에 정하는 바에 따라 심판청구서를 처분을 하였거나 처분을 하였어야 할 세무서장이나 조세심판원장에게 제출하도록 되어 있고, 국세기본법 시행령 제55조 에 의하여 위임받은 국세기본법 시행규칙 제26조 는 조세심판청구서의 서식을 별지 제35호서식에 규정하고 있는데 그 서식의 내용은 감사원심사규칙 제3조 제1항 별지서식1과 다른 형식으로 규정되어 있다. 따라서 조세심판원장에 대한 심판청구와 감사원장에 대한 심사청구를 함에 있어 제출하는 청구서는 그 양식이 서로 다르므로, 감사원 심사규칙 제3조 제1항 별지서식1에 따라 불복하는 청구서를 제출하였다면 이는 감사원에 심사청구를 한 것이라고 할 것이어서 이와 다른 전제에 선 원고의 주장은 이유 없다.』 〇 제1심 판결문 제5면 제13행의 “비사업용 토지”부터 제15행까지를 “비사업용 토지에 해당하지 아니하므로, 구 소득세법 제104조 제1항 제8호 에 규정된 비사업용 토지 중과세율을 적용할 수 없고, 구 소득세법 제95조 제4항 단서에 규정된 비사업용 토지 에 해당되지 아니하므로 같은 조 제1, 2항에 따라 장기보유 특별공제액을 공제받을 수 있음에도, 피고는 이 사건 토지를 비사업용 토지로 간주하여 비사업용 중과세율을 적 용하고 장기보유 특별공제액의 공제를 배제하였다.”로 고쳐 쓴다. 〇 제1심 판결문 제7면 제19행부터 제8면 제14행까지를 아래와 같이 고쳐 쓴다. 『2) 관련인 세무조사 절차 위반 여부 국세기본법 제81조의6 제1항 은 본문에서 세무조사는 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장이 수행하도록 규정하면서, 단서에서 납세자의 주된 사업장 등이 납세지 와 관할을 달리하거나 세무서장 또는 지방국세청장이 세무조사를 수행하는 것이 부적 절한 경우 등 대통령령으로 정하는 사유에 해당하는 경우 중 같은 지방국세청 소관 세 무서 관할 조정의 경우에는 지방국세청장이 그 관할을 조정할 수 있도록 규정하고 있
• 다. 한편 국세기본법 제81조의6 제1항 단서에 의하여 위임받은 국세기본법 시행령 제63조의3은 제3호에서 세무조사 대상 납세자와 출자관계에 있는 자, 거래가 있는 자 또 는 특수관계인에 해당하는 자 ‘등’에 대한 세무조사가 필요한 경우를, 제4호에서 세무 관서별 업무량과 세무조사 인력 ‘등’을 고려하여 관할을 조정할 필요가 있다고 판단되 는 경우를 각 관할을 조정할 수 있는 사유로 규정하고 있다. 한편 양도소득세 사무처 리규정은 제33조 제2항에서 지방국세청장은 세무관서별 업무량과 조사인력 등을 고려 하여 조사관할을 조정할 수 있다고 규정하고 있고, 제41조 제1항에서 조사의 효율성, 납세자 편의 등을 감안하여 조사대상 납세자와의 거래가 있는 자 또는 납세자와 특수 관계에 있는 자 ‘등’ 관련인이 조사대상자로 선정되었거나 조세 누락혐의가 있으면 그 관련인을 동시에 조사할 수 있도록 규정하고 있다. 따라서 국세기본법 시행령 제63조의3 제3호 와 제4호 및 양도소득세 사무처리규정 제41조 제1항은 조사관할을 조정할 수 있는 사유를 예시하고 있는 규정이라고 할 것이어서 이와 유사한 사유에 대하여도 세무조사 관할을 조정할 수 있다고 할 것이다. 그런데 갑 제14호증의 1, 2의 각 기재에 의하면, 이 사건 토지의 양도와 관련하여 곽BB에 대한 세무조사를 하던 CC세무서장은 중부지방국세청장에게 ‘원고가 이 사건 토지의 주조사자인 곽BB과 공동지분권자로서 이 사건 토지의 필요경비 및 비사 업용 토지와 관련하여 검토가 필요하며 곽BB과 원고 간의 혐의에 대한 양도소득세 조사 실익을 높이고자 양도소득세 사무처리규정 제15조 및 국세기본법 제81조의6 제1 항에 따라 조사관할조정’을 신청하여, 중부지방국세청장으로부터 세무조사관할조정 승 인을 받은 사실이 인정된다. 따라서 CC세무서장이 원고의 경우 국세기본법 시행령 제63조의3 제3호와 제4호 및 양도소득세 사무처리규정 제33조 제2항, 제41조 제4항에 예시된 사유에 해당한다거나 이와 유사한 사유에 해당한다고 보아 중부지방국세청장으로부터 원고에 대한 세무조사관할조정 승인을 받아 세무조사를 한 것이, 관련 법령을 위반하여 중대하고 명백한 위법이 있어 무효라고 볼 수 없으므로 원고의 주장은 이유없다.』 〇 제1심 판결문 제9면 제3행의 “피고”를 “CC세무서장”으로 고쳐 쓰고, 제8행 다 음에 아래의 내용을 추가한다. 『한편 원고는 세무조사관할조정의 위법을 전제로 CC세무서장이 원고에게 한 세 무조사 결과 서면통지가 위법하므로 서면에 의한 세무조사 결과통지는 부존재하고, 그 밖에 원고에 대하여 과세예고 통지도 하지 않았으므로 이러한 절차를 이행하지 아니하고 한 이 사건 처분은 원고의 과세전적부심사 청구 기회를 박탈한 위법한 처분이라고 주장한다. 그러나 앞서 본 바와 같이 CC세무서장의 과세조사관할조정 신청과 중부지방국세청장의 그 승인에 중대하고 명백한 위법이 있다고 할 수 없으므로, 원고에 대한 세무조사 권한이 있는 CC세무서장이 원고에게 한 세무조사 결과 서면통지도 중대하고 명백한 위법이 있다고 할 수 없다. 따라서 이에 반하는 원고의 주장은 이유 없다』 〇 제1심 판결문 제14면 제12행 다음에 이 법원의 별지로 ‘추가 법령’을 추가한다.

• 가. 취득가격 주장에 대한 판단

1. 원고의 주장 원고의 피상속인은 1979. 2. 28. 김DD으로부터 이 사건 토지를 매수하여 최EE에 게 명의신탁하였다. 원고가 피상속인의 사망 이후 이 사건 토지에 관하여, 매도인 김FF을 대위하여 최EE를 상대로 명의신탁 무효를 원인으로 한 소유권이전등기말소 청 구와 매도인 김DD을 상대로 매매를 원인으로 한 소유권이전등기 청구 소송을 제기하 여 원고 승소판결이 확정된 2016. 2. 20. 비로소 이 사건 토지에 대한 소유권을 취득하게 되었다. 따라서 이 사건 토지에 대한 원고의 취득가액은 원고가 소유권을 취득한 2016. 2. 20.의 기준시가로 산정되어야 함에도, 원고가 피상속인으로부터 이 사건 토지를 상속받은 1997. 7. 17.의 기준시가로 산정한 이 사건 처분은 위법하다.

2. 구체적 판단 구 소득세법은 제88조 제1항에서 ‘양도’란 자산에 대한 등기 또는 등록과 관계없이 매도, 교환, 법인에 대한 현물출자 등을 통하여 그 자산이 유상으로 사실상 이전되는 것을 말한다고 규정하고 있고, 제98조에서 자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 대통령령이 정하는 경우 를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한 날로 한다고 규정하고 있으며, 그 위임을 받은 구 소득세법 시행령 제162조 제1항 제5호 는 상속 또는 증여에 의하여 취득한 자 산에 대하여는 그 상속이 개시된 날 또는 증여한 날을 자산의 양도 또는 취득의 시기 로 규정하고 있다. 따라서 원고가 이 사건 토지에 대한 소유권이전등기를 경료한 시기와 무관하게 실 질적으로 피상속인으로부터 이 사건 토지를 양도받은 날을 이 사건 토지의 취득시기라 고 할 것이다. 그런데 앞서 인정한 사실관계 및 갑 제2호증의 4, 5, 6의 각 기재에 의 하면, 피상속인은 1979. 2. 20. 김DD으로부터 이 사건 토지를 매수하는 계약을 체결 한 후 1979. 2. 26. 김DD에게 매매대금을 모두 지급한 사실, 원고가 1997. 7. 17. 피 상속인으로부터 자산을 상속받은 사실이 인정된다. 따라서 피상속인은 이 사건 토지에 대한 대금을 청산한 날인 1997. 2. 26. 김DD으로부터 구 소득세법 제88조 제1항 에 따라 이 사건 토지를 양도받아 취득하였고(대법원 2018. 11. 9. 선고 2015두41630 판결 취지 참조), 원고는 피상속인의 사망일인 1997. 7. 17. 피상속인으로부터 위와 같이 양도받아 취득한 이 사건 토지를 상속받았으므로, 구 소득세법 제98조, 구 소득세법 시행령 제162조 제1항 제5호 에 따라 1997. 7. 17. 이 사건 토지를 취득하였다고 할 것이다. 그렇다면 이를 전제로 한 피고의 이 사건 처분은 적법하고, 이에 반하는 원고의 주장은 이유 없다.

• 나. 비사업용 토지에 해당하지 않는다는 주장에 대한 판단

1. 원고의 주장 구 소득세법 제104조의3 제1항 에서 규정하고 있는 비사업용 토지란 같은 법 제94 조 제1항 제1호에서 규정하고 있는 ‘토지’만을 의미할 뿐 같은 항 제2호 가목에서 규정하고 있는 ‘부동산을 취득할 수 있는 권리’는 제외된다. 그런데 원고는 최EE 및 김FF을 상대로 제기한 민사소송이 승소․확정된 2016. 2. 20. 비로소 이 사건 토지를 취득하였으므로, 그 날부터 양도일인 2016. 12. 31.까지 9개월만 이 사건 토지를 소유한 것이다. 한편 구 소득세법 제104조의3 제1항 및 구 소득세법 시행령 제168조의6 제1호 에 의하면 5년 이상 논․밭, 과수원을 소유한 경우 양도일 직전 5년 중 2년을 초과하는 기간, 양도일 직전 3년 중 1년을 초과하는 기간, 토지의 소유기간의 100분의 40에 상당하는 기간을 초과하는 기간 모두 소재지에 거주하지 아니하거나 경작하지 아니한 경우에만 ‘비사업용 토지’에 해당하도록 규정하고 있다. 따라서 구 소득세법 제104조의3 제1항 및 구 소득세법 시행령 제168조의6 제1호 에 따른 기간 요건을 충족하지 못하였으므로, 이 사건 토지는 비사업용 토지에 해당하지 않는다.

2. 구체적 판단 구 소득세법 제95조 는 제1항에서 ‘양도소득금액은 양도소득의 총수입금액에서 필요 경비를 공제하고 그 금액에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다’고 규정하 고 있고, 제2항에서 ‘장기보유 특별공제액이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산인 토 지의 경우는 보유기간이 3년 이상으로서 다음 표1에 따른 공제기간별 공제율을 계산한 금액을 말한다’고 규정하고 있다. 또한 구 소득세법 제95조 제4항 에서 ‘제2항에서 규정하는 자산의 보유기간은 그 자산의 취득일로부터 양도일까지로 한다’고 규정하고 있고, 제98조에서 ‘자산의 양도차익을 계산할 때 자산의 양도 및 취득시기에 대하여 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령이 정하는 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한 날로 한다’고 규정하면서, 그 위임을 받은 구 소득세법 시행령 제162조 제1항 제5호 는 ‘상속 또는 증여에 의하여 취득한 자산에 대하여는 그 상속이 개시된 날 또는 증여한 날을 자산의 양도 또는 취득의 시기’로 규정하고 있다. 따라서 앞서 본 바와 같이 원고가 피상속인으로부터 이 사건 토지를 상속받았으므로 구 소득세법 제95조, 제104조 제1항 제8호 및 제104조의3 제1항에 따라 장기보유 특별공제액 및 토지 중과세율이 적용되는 비사업용 자산의 취득일도 원고가 피상속인으로부터 자산을 상속받은 1997. 7. 17.로 산정하여야 한다고 봄이 상당하므로, 이와 다른 전제에 선 원고의 주장은 이유 없다(한편 원고의 주장과 같이 이 사건 토지의 취득일을 2016.2. 20.로 보더라도, 원고가 이 사건 토지에 대한 양도소득금액을 산정함에 있어 장기보유 특별공제액을 공제받으려면 구 소득세법 제95조 제2항 에 따라 적어도 이 사건 토지를 3년 이상 보유하고 있어야 한다. 그런데 원고의 주장에 의하면 원고는 이 사건 토지를 9개월만 보유하고 있었던 것이 되므로, 원고는 구 소득세법 제95조 제1항 및 제2항에 따른 장기보유 특별공제액을 공제받을 수 없게 된다. 또한 구 소득세법 제104조 제1항 제8호, 제104조의3 제1항 제1호 및 구 소득세법 시행령 제168조의6 제3호 나목에 의하면, 소유기간이 2년 미만인 농지의 경우는 소유지간 중 100분의 40에 상당하는 기간을 초과하는 기간 농지 소재지에 거주하지 아니하거나 자경하지 않았다면 양도소득세 중과세율이 적용되는 비사업용 토지에 해당되게 되는데, 원고의 주장에 따르더라도 원고의 경우 보유기간이 2년 미만으로 위 요건에 해당되어 양도소득세 중과세율이 적용된다).

원고의 주위적 청구의 소는 부적법하여 각하하고, 예비적 청구는 이유 없어 기각한

• 다. 제1심판결은 이와 결론을 같이하여 정당하므로, 원고의 항소는 이유 없어 기각한