우리나라의 부가가치세는 실질적인 소득이 아닌 거래의 외형에 대하여 부과하는 거래세의 형태를 띠고 있으므로, 부가가치세법상 납세의무자에 해당하는지 여부 역시 원칙적으로 그 거래에서 발생한 이익이나 비용의 귀속이 아니라 재화 또는 용역의 공급이라는 거래행위를 기준으로 판단하여야 함

사 건 2021누35133 부가가치세부과처분등취소 원고, 피상고인 AAA 피고, 상 고 인 aa세무서장 원 심 판 결 서울행정법원 2021. 1. 26. 선고 2019구합72090 판결 판 결 선 고 2022.12.16.

1. 제1심판결 중 아래에서 취소를 명하는 부분에 해당하는 원고 패소 부분을 취소한다.

2. 원고의 나머지 항소를 기각한다.

3. 소송 총비용 중 10%는 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

• 가. 원고는 2017. 4. 3. 분할 전 AAA가 BBB로 상호변경하면서 물적분할을 통해 신설된 법인으로, 분할계획서에 따라 분할 전 AAA의 해상운송, 벙커링, 선박관리업 등 해운사업 부문에 관한 권리·의무를 포괄승계하였다(이하 분할 전후를 불문하고 AAA를 ‘원고’라 한다).
• 나. 원고는 2012. 8. 21. 싱가포르에 자회사인 CCC를 설립하였고, CCC는 2012. 9. 13. 원고의 사업장과 동일한 장소에 서울영업소를 설치하였다. 원고는 2012. 10. 1. CCC에 벙커링 사업에 관한 영업권(이하 ‘이 사건 영업권’이라 한다)을 DD감정평가법인의 감정가액인 xx억 x,xxx만 원에, 원고의 선박에 적재되어 있던 재고자산인 벙커유를 장부상 가액인 약 xxx억원에 양도하면서 영세율을 적용하고 세금계산서를 발급하지 않았다.
• 다. 원고는 벙커링 사업과 관련하여 2011년 제1기부터 2012년 제2기까지 부가가치세 과세기간 동안 국내 정유사로부터 구매하여 국내 수산사의 원양어선에 공급한 선박연료유(공급가액 xx,xxx,xxx,xxx원, 이하 ‘이 사건 선박연료유’라 한다)에 대해 영세율을 적용하고 세금계산서를 발급하지 않았다.
• 라. dd지방국세청장은 2016. 2. 25.부터 2016. 7. 15.까지 원고에 대한 법인제세 통합 세무조사를 실시하고 아래와 같은 내용의 과세자료를 통보하였다.

① CCC는 사업의 실질적 관리장소를 국내에 둔 내국법인으로서 이 사건 영업권 양도는 내국법인과의 거래에 해당하고, 이 사건 영업권의 시가는 xxx억 x,xxx만 원이므로 위 양도가액과의 차액인 000억 0,000만 원을 원고의 익금에 산입하여야 한다.

② 이 사건 영업권과 재고자산 양도 중 국내 정유사로부터 공급받은 벙커유(공급가액 xx,xxx,xxx,xxx원, 이하 ‘이 사건 재고자산’이라 한다)의 양도는 내국법인과의 거래로서 국내거래에 해당하므로, 그 공급가액을 과세표준에 포함하고(이 사건 영업권xx,xxx,xxx,xxx원, 이 사건 재고자산 xx,xxx,xxx,xxx원) 세금계산서 미발급 가산세를 부과하여야 한다.

③ 원고가 국내 정유사로부터 구매하여 국내 수산사의 원양어선에 공급한 이 사건선박연료유 거래는 외국항행선박에 공급하는 재화로서 영세율 적용대상이나, 공급받는자가 내국법인으로서 세금계산서 발급 대상이므로 세금계산서 미발급 가산세를 부과하여야 한다.

• 마. 이에 따라 피고는 2016. 7. 7. 및 2016. 8. 11. 원고에 대하여 2011, 2012, 2015사업연도 법인세(가산세 포함) 합계 xx,xxx,xxx,xxx원, 2011년 제1기 내지 2012년 제2기 부가가치세(가산세 포함) 합계 xx,xxx,xxx,xxx원을 경정·고지하였다(이하 ‘당초 부과처분’이라 한다).
• 바. 원고는 당초 부과처분에 불복하여 2016. 9. 29. 조세심판원에 심판청구를 제기하고, 2017년 3월경 EE회계법인에 구 상속세 및 증여세법(2014. 1. 1. 법률 제12168호로 개정되기 전의 것) 제64조, 구 상속세 및 증여세법 시행령(2014. 2. 21. 대통령령 제25195호로 개정되기 전의 것) 제59조의 규정에 따라 보충적 평가방법에 의한 이 사건 영업권의 가액 평가를 의뢰하였고, 소득에서 차감할 벙커링 사업 부문의 자기자본 금액을 합병법인의 구분경리에 대한 구 법인세법 시행규칙(2013. 6. 28. 기획재정부령 제355호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제77조 제1항에 따라 산정하는 경우 이 사건 영업권의 보충적 평가가액은 x,xxx,xxx,xxx원이라는 평가보고서를 조세심판원에 제출하였다. 조세심판원은 2019. 4. 15. ‘이 사건 영업권의 시가를 ｢법인세법 시행령｣ 제89조 제2항 제2호 의 규정에 의한 평가액으로 하고, 00중공업 주식회사와의 1차 선박계약 축소에 따른 위약금 xx,xxx,xxx,xxx원을 손금산입하며, 관련 증빙불비가산세를 가산하지 아니하는 것으로 하여 그 과세표준 및 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 기각한다.’는 일부 인용결정을 하였다.
• 사. 이에 따라 피고는 이 사건 영업권의 시가 및 공급가액을 위 x,xxx,xxx,xxx원으로하여, 2011, 2015 사업연도 법인세 부과처분을 전부 취소하고 2012 사업연도 법인세 부과처분 및 2012년 제2기 부가가치세 부과처분 중 별지1 목록 해당 ‘취소세액’란 기재 부분을 취소하였다[이하 당초 부과처분 중 위와 같이 취소되고 남은 별지1 목록 제1항 ‘남은 세액’란 기재 법인세(가산세 1)) 부과처분을 ‘이 사건 법인세 부과처분’이라 하고, 같은 목록 제2항 ‘남은 세액’란 기재 각 부가가치세(가산세 포함 2)) 부과처분을 ‘이 사건 부가가치세 부과처분’이라 한다].

1. 이 사건 영업권 관련 과소신고분 수입금액에 대한 부정과소신고가산세이다.

2. 이 사건 영업권 관련 과소신고분 납부세액에 대하여는 부정과소신고가산세를 부과하였다.

• 가. 원고의 주장 요지

1. 이 사건 법인세 부과처분 이 사건 법인세 부과처분은 아래와 같은 이유로 위법하여 취소되어야 한다.

• 가) 이 사건 영업권의 양도는 거래당사자의 일방인 CCC가 외국법인으로서 국제거래이므로 구 국제조세조정에 관한 법률(2013. 1. 1. 법률 제11606호로 개정되기 전의 것) 제3조 제2항 본문에 따라 구 법인세법(2013. 1. 1. 법률 제11607호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제52조의 부당행위계산 부인규정을 적용할 수 없다.
• 나) 부당행위계산 부인규정을 적용하더라도 감정평가법인의 감정가액에 의하여 시가를 계산하도록 한 구 법인세법 시행령(2013. 2. 15. 대통령령 제24357호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제89조 제2항 제1호를 적용하여 DD감정평가법인의 감정가액을 이 사건 영업권의 시가로 보아야 한다.
• 다) 원고가 부정행위로 이 사건 영업권 양도가액을 과소신고하였다고 볼 수 없다.

2. 이 사건 부가가치세 부과처분 이 사건 부가가치세 부과처분 처분은 아래와 같은 이유로 위법하여 취소되어야 한다.

• 가) 이 사건 영업권 및 이 사건 재고자산은 SK B&T의 싱가포르 본점에 공급되었으므로 재화의 수출이나 외국물품의 국외거래로서 부가가치세 과세거래가 아니다. 이 사건 영업권의 양도가 국내거래로서 부가가치세 과세거래라 하더라도 그 양도가액은 DD감정평가법인의 감정에 의한 것이므로 구 부가가치세법(2013. 1. 1. 법률 제11608호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제13조 제1항 제3호의 ‘부당하게 낮은 대가를 받은 경우’에 해당하지 않는다. 나아가 원고가 부정행위로 이 사건 영업권의 공급가액을 과소신고하였다고 볼 수 없다.
• 나) 이 사건 선박연료유 거래는 수출신고가 수리된 외국물품을 국외인 공해(公海)에서 공급한 것으로 국외거래에 해당하므로 부가가치세 과세대상이 아니어서 세금계산서를 발급할 의무가 없다. 설령 이 사건 선박연료유 거래에 관한 세금계산서 발급의무가 있다고 보더라도 그 의무위반에 정당한 사유가 있으므로 가산세가 면제되어야 한다.
• 나. 관계 법령 별지2 기재와 같다.
• 다. 이 사건 법인세 부과처분에 관한 판단 『가) 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니한다(대법원 2003. 1. 24. 선고2002두9537 판결, 대법원 2009. 8. 20. 선고 2008두11372 판결 등 참조). 구 국제조세조정에 관한 법률(2013. 1. 1. 법률 제11606호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 국제조세조정법’이라고 한다) 제2조 제1항 제1호는 “국제거래”란 ‘거래당사자의 어느 한 쪽이나 양쪽이 비거주자 또는 외국법인(비거주자 또는 외국법인의 국내사업장은 제외한다)인 거래로서 유형자산 또는 무형자산의 매매․임대차, 용역의 제공, 금전의 대출․차용, 그 밖에 거래자의 손익 및 자산과 관련된 모든 거래를 말한다.’고 규정하고 있고, 동조 제2항은 ‘제1항에 규정된 것 외의 용어에 관하여는 이 법에서 특별히 정하는 경우를 제외하고는 조세특례제한법 제2조 제1항 에 따른 용어의 예와 같은 법 제3조 제1항 제1호부터 제12호까지, 제18호 및 제19호에 규정된 법률에 따른 용어의 예에 따른다.’고 규정하고 있다. 그런데 구 국제조세조정법은 국제거래의 당사자인 ‘외국법인’에 대하여 제2조 제1항 제1호에서 ‘비거주자 또는 외국법인의 국내사업장을 제외한다’는 것 외에는 그 의미에 관하여 특별히 정하고 있지 않은바, 구 국제조세조정법상 ‘외국법인’의 의미는 구 국제 조세조정법 제2조 제2항에 따라 구 조세특례제한법(2012. 10. 2. 법률 제11486호로 개정되기 전의 것) 제3조 제1항 제2호에 규정된 “법인세법”에 따른 용어의 예를 따라야 한다. 즉, 구 국제조세조정법상 ‘외국법인’이란 구 법인세법 제1조 제3호 에서 규정한 바와 같이 ‘외국에 본점 또는 주사무소를 둔 법인(국내에 사업의 실질적 관리장소가 소재하지 아니하는 경우에 한한다)’을 의미하는 것으로 보아야 한다. 결국 구 국제조세조정법상 ‘국제거래’란 거래 당사자의 어느 한 쪽이나 양쪽이 외국에 본점 또는 주사무소를 둔 법인(국내에 사업의 실질적 관리장소가 소재하지 아니하는 경우에 한한다)인 거래로서, 유형자산 또는 무형자산의 매매․임대차, 용역의 제공, 금전의 대출․차용, 그 밖에 거래자의 손익 및 자산과 관련된 모든 거래를 말한다. 이에 대하여 원고는, 구 국제조세조정법상 ‘외국법인’이란 법인세법상 ‘외국법인’의 정의와 달리, 외국에 본점 또는 주사무소를 둔 법인을 의미하는 것이라고 주장하나, 이를 받아들일 수 없고, 그 구체적인 이유는 아래와 같다. ⑴ 법인세법이 2005. 12. 31. 법률 제7838호로 개정됨에 따라 법인세법상 ‘외국법인’의 의미는 ‘외국에 본점 또는 주사무소를 둔 법인’에서 ‘외국에 본점 또는 주사무소를 둔 법인(국내에 사업의 실질적 관리장소가 소재하지 아니하는 경우에 한한다)’로 변경되었는데, 국제조세조정법은 위와 같은 법인세법의 개정 전후를 불문하고 ‘외국법인’의 의미를 제2조 제2항, 조세특례제한법 제3조 제1항 제2호 에 따라 법인세법상 ‘외국법인’의 용어의 예에서 차용해왔다. 원고는, 위와 같은 법인세법의 개정에 따라, 부가가치세법의 경우 2013. 6. 7. 법률 제11873호로 개정될 당시 제2조 제9호에서 “‘외국법인’이란 법인세법 제1조 제3호 에 따른 외국법인을 말한다”고 하여 개정 법인세법상 ‘외국법인’의 정의 규정을 원용하였고, 지방세법의 경우 2014. 1. 1. 법률 제12153호로 개정될 당시 제85조 제1항 제7호에서 "‘외국법인’이란 외국에 본점 또는 주사무소를 둔 단체(국내에 사업의 실질적 관리장소가 소재하지 아니하는 경우만 해당한다)로서 대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 법인을 말한다“고 하여 법인세법의 ‘실질적 관리장소’ 개념을 직접 규정한 반면, 국제조세조정법의 경우에는 위와 같이 개정된 법인세법상 ‘외국법인’의 정의 규정을 원용하거나 직접 규정하고 있지 아니하므로, 국제조세조정법상 ‘외국법인’의 의미에는 ‘실질적 관리장소’ 개념이 당연히 적용된다고 볼 수 없다고 주장한다. 그러나 앞서 본 바와 같이 국제조세조정법상 ‘외국법인’의 의미는 제2조 제2항, 조세특례제한법 제3조 제1항 제2호 에 따라 법인세법상 ‘외국법인’의 용어의 예에 따라야하므로, 국제조세조정법은 부가가치세법이나 지방세법 등과 같이 개정 법인세법상 ‘실질적 관리장소’ 개념을 직접 규정하거나 법인세법 제1조 제3호 의 규정을 준용하는 규정을 둘 필요가 없다. 또한 부가가치세법과 지방세법에서 ‘외국법인’에 대한 별도의 정의 규정을 둔 것과 달리 국제조세조정법은 제2조 제1호에서 별도로 ‘외국법인’의 정의에 관하여 규정하고 있지도 아니하므로, 개정된 법인세법상 ‘실질적 관리장소’ 개념을 특별히 직접 규정하거나 준용할 여지가 없다. 따라서 부가가치세법 또는 지방세법 등과 비교하여 국제조세조정법의 경우 ‘실질적 관리장소’의 개념이 명시적으로 드러나지 아니함을 이유로, 국제조세조정법상 ‘외국법인’의 의미에 2005. 12. 31. 개정 법인세법의 ‘실질적 관리장소’ 개념이 적용될 수 없다고 볼 수는 없다. ⑵ 구 국제조세조정법은 제2조 제1항 제1호에서 국제거래의 당사자인 ‘외국법인’에서 ‘외국법인의 국내사업장’을 제외한다고 규정하고 있고, 제2조 제1항 제6호에서 ‘외국법인의 국내사업장’이란 법인세법 제94조 에 따른 ‘외국법인의 국내사업장’을 말한다고 규정하고 있다. 구 법인세법 제94조 제1항 은 ‘외국법인이 국내에 사업의 전부 또는 일부를 수행하는 고정된 장소를 가지고 있는 경우에는 국내사업장이 있는 것으로 한다’고 규정하고 있고, 위 규정에서 ‘외국법인’은 구 법인세법 제1조 제3호 의 ‘외국법인’을 뜻한다. 따라서 구 국제조세조정법상 ‘외국법인의 국내사업장’이 구 법인세법상 ‘외국법인의 국내사업장’을 의미하는 이상, 구 국제조세조정법상 ‘외국법인’ 역시 법인세법상‘외국법인’을 의미한다고 봄이 국제조세조정법과 법인세법의 통일적 해석에 부합한다. ⑶ 구 국제조세조정법 제17조 제1항 은 ‘법인의 부담세액이 실제발생소득의 100분의 15 이하인 국가 또는 지역에 본점 또는 주사무소를 둔 외국법인에 대하여 내국인이 출자한 경우에는 그 외국법인 중 내국인과 특수관계가 있는 법인(이하 "특정외국법인"이라 한다)의 각 사업연도 말 현재 배당 가능한 유보소득 중 내국인에게 귀속될 금액은 내국인이 배당받은 것으로 본다’고 규정하고 있다. 위 규정은 외국법인, 즉 ‘외국에 본점 또는 주사무소를 두고, 국내에 사업의 실질적 관리장소가 소재하지 아니하는 법인’중에서 특정외국법인, 즉 ‘법인의 부담세액이 실제발생소득의 100분의 15 이하인 국가또는 지역에 본점 또는 주사무소를 두고, 국내에 사업의 실질적 관리장소가 소재하지아니하는 법인’에 대하여, 일정한 경우 그 특정외국법인의 유보소득을 내국인에게 배당한 것으로 간주한다는 의미로 해석함이 타당하고, 위 규정만으로 구 국제조세조정법이 본점 또는 주사무소를 기준으로 내․외국법인을 판정한다고 보기는 어렵다. ⑷ 원고는, 국제조세조정법은 2005. 12. 31. 자 법인세법 개정 이전부터 특정외국법인의 유보소득의 배당간주 적용 범위에 관한 규정인 제18조 제2항에서 ‘실질적 관리장소’의 개념을 사용해왔고, 위 법인세법 개정 이후에도 위 규정에서만 ‘실질적 관리장소’라는 용어를 사용하고 있으므로, 오로지 특정외국법인의 유보소득 배당간주 규정의 적용에 있어서만 예외적으로 ‘실질적 관리장소’를 본점 또는 주사무소로 보아 거주지국을판정할 수 있을 뿐이라고 주장한다. 그러나 특정외국법인의 유보소득 배당간주 규정은 소득의 역외유보를 통한 조세회피를 규제하기 위한 것으로서, 국제조세조정법은 그 규제의 실효성을 높이기 위하여 법인세법이 외국법인의 정의에 ‘실질적 관리장소’의 개념을 포섭하기 이전부터, 외국법인이 사업의 실질적 관리장소를 특정국가등에 두고 있는 경우 사업의 실질적 관리장소를 본점 또는 주사무소로 보아 특정외국법인의 유보소득 배당간주 규정의 적용 범위에 포함시켜온 것으로 보일 뿐이고, 2005. 12. 31. 자 법인세법 개정 이후 국제조세조정법에서 위 규정 외에 다른 규정에서 ‘실질적 관리장소’라는 용어를 사용하지 않았다고 하여, ‘실질적 관리장소’의 개념이 오로지 위 규정에 한하여 적용되는 것이라고 해석할 수는 없다. ⑸ 원고는 국제조세조정법상 내․외국법인의 구별은 ‘실질적 관리장소’와 관계없이 국제조세조정법 고유의 외국법인의 의미인 ‘본점 또는 주사무소의 소재지’를 기준으로 한다고 주장하나, 국제조세조정법상 내․외국법인의 구별을 ‘실질적 관리장소’를 기준으로 하는지 여부는 차치하더라도 ‘본점 또는 주사무소의 소재지’를 기준으로 한다고 인정할 만한 국제조세조정법상 명시적인 근거 역시 전혀 없다.』
• 라. 이 사건 부가가치세 부과처분에 관한 판단

1. 인정사실

• 가) 원고가 2012. 10. 1. CCC와 체결한 이 사건 영업권 양도계약 및 재고 벙커유 양도계약의 각 내용은 아래와 같다.
• 바) CCC 설립 당시 CCC 싱가포르 본점에는 bbb 부장, ccc 차장 2명이 주재원으로 근무하였고, 그 후 싱가포르 현지인 5명을 추가로 채용하였다.
• 사) 이 사건 영업권 및 재고 벙커유 거래 당시인 2012. 10.경 CCC 싱가포르 본점 직원들은 해̇상유구매업무를 주된 업무로 하여, 싱가포르 현지 회계업무, IPO 또는 지분매각 등 현금화업무를 담당하였고, 위 업무를 제외한 해̇상유판매업무̇, 마케팅업무, 인사업무 등은 CCC 서울영업소에서 주로 수행하였다.
• 아) 원고로부터 해상유를 공급받은 국내 수산사의 원양어선 중 출항 당시에 원고로 부터 공급받는 것이 확정된 비율은 약 10% 정도이고 나머지 약 90%의 원양어선은 출항 후 공해상에서 원고에게 해상유 공급을 요청한 것으로 보이며, 어느 경우에나 원양어선에 대한 해상유의 공급은 공해상에서 이루어졌다.

2. 원고로부터 이 사건 영업권 및 이 사건 재고자산을 공급받은 부가가치세법상 거래당사자의 확정

• 가) 관련 법리 부가가치세법 제8조 제1항 이 사업을 개시하는 자로 하여금 사업장마다 사업자등록을 하도록 규정함으로써 사업장을 실질적인 납세단위로 삼고 있으므로, 동일한 사업자에게 둘 이상의 사업장이 있는 경우 ‘재화 또는 용역을 공급하거나 공급받는 자’라 함은계약상 또는 법률상의 원인에 의하여 재화 또는 용역을 공급하거나 공급받는 사업장을의미한다. 따라서 계약상의 원인에 의하여 재화 또는 용역을 공급하거나 공급받는 사업장이 어느 사업장인가를 결정함에 있어서는 당해 재화 또는 용역 공급의 원인이 되는 계약의 체결과 대금의 지급을 어느 사업장에서 하였으며 재화 또는 용역 공급이 어느 사업장을 위한 것인지, 계약체결의 경위와 각 사업장간의 상호관계는 어떠한지 등의 제반 사정을 고려하여야 한다(대법원 2006. 12. 22. 선고 2005두1497 판결 등 참조). 또한, 납세의무자가 경제활동을 함에 있어서는 동일한 경제적 목적을 달성하기 위하여서도 여러 가지의 법률관계 중 하나를 선택할 수 있는 것이고, 과세관청으로서는 특별한 사정이 없는 한 당사자들이 선택한 법률관계를 존중하여야 할 것이다(대법원1992. 12. 8. 선고 92누1155 판결 등 참조). 나아가 부가가치세는 재화나 용역이 생산․제공되거나 유통되는 모든 단계에서 창출된 부가가치를 과세표준으로 하고 소비행위에 담세력을 인정하여 과세하는 소비세로서의 성격을 가지고 있지만, 앞서 본 바와 같이 부가가치세법은 부가가치 창출을 위한 ‘재화 또는 용역의 공급’이라는 거래 그 자체를 과세대상으로 하고 있을 뿐 그 거래에서 얻은 소득이나 부가가치를 직접적인 과세대상으로 삼고 있지 않다. 이와 같이 우리나라의 부가가치세는 실질적인 소득이 아닌 거래의 외형에 대하여 부과하는 거래세의 형태를 띠고 있으므로, 부가가치세법상 납세의무자에 해당하는지 여부 역시 원칙적으로 그 거래에서 발생한 이익이나 비용의 귀속이 아니라 재화 또는 용역의 공급이라는 거래행위를 기준으로 판단하여야 한다. 그리고 부가가치세의 과세원인이 되는 재화의 공급으로서의 인도 또는 양도는 재화를 사용․소비할 수 있도록 소유권을 이전하는 행위를 전제로 하므로, 재화를 공급하는 자는 위탁매매나 대리와 같이 부가가치세법에서 별도의 규정을 두고 있지 않는 한 계약상 또는 법률상의 원인에 의하여 그 재화를 사용․소비할 수 있는 권한을 이전하는 행위를 한 자를 의미한다고 보아야 한다(대법원2017. 5. 18. 선고 2012두22485 전원합의체 판결 등 참조).
• 나) 구체적 판단 위와 같은 법리에 비추어 이 사건을 살피건대, 앞서 인정한 사실과 앞서 든 증거 및 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 아래와 같은 사정을 모아 보면, 원고로부터 이 사건 영업권 및 이 사건 재고자산을 공급받은 부가가치세법상의 거래당사자는 CCC 싱가포르 본점이라고 봄이 타당하다. ⑴ CCC의 실질적 관리장소가 CCC 서울영업소라 하더라도, 이는 법인세법상 의제규정으로서 내국법인과 외국법인을 구별하는 기준에 해당할 뿐이고, 부가가치세법상 재화나 용역을 공급하거나 재화를 수입한 사업장이 어디인가를 결정하는 기준이 되지는 못한다. ⑵ CCC 싱가포르 본점은 형식상 명의만이 존재하는 사업장이 아니라 실체가 존재하는 사업장으로서 해상유의 구매업무를 담당하였고, CCC의 서울영업소는 싱가포르 본점이 구매한 해상유를 싱가포르 본점으로부터 반출 받아 이를 판매하는 업무를 담당한 것으로 보인다. ⑶ 2012. 10. 12. 작성된 이 사건 영업권 양도계약서와 재고 벙커유 양도계약서에는CCC 싱가포르 본점의 주소가 기재되어 있고, 위 계약에 따른 이 사건 영업권, 이 사건 재고자산의 각 양수대금은 모두 CCC 싱가포르 본점의 영업용 계좌에서 지급되었다. ⑷ 이 사건 영업권 양도계약에는 위 계약 당시의 용선계약상 지위 및 용선권의 양도가 포함되어 있었고, 그 이후 새롭게 체결된 용선계약 역시 CCC 싱가포르 본점이 관리하였던 것으로 보인다. ⑸ 원고가 2012. 12. 27. CCC 서울영업소에 차량 및 사무집기 등의 물품을 양도하는 내용의 물품매매계약서에는 CCC 서울영업소의 주소가 기재되어 있고, CCC 서울영업소가 원고에게 위 물품매매계약에서 정한 임대료 등을 지급한 뒤 원고로부터 세금계산서를 교부받았다. ⑹ CCC 싱가포르 본점과 서울영업소는 각각의 회계장부를 작성하고 보관하였는데, 이 사건 영업권과 이 사건 재고자산은 모두 CCC 싱가포르 본점의 자산으로 계상되었다.

3. 부가가치법상 수출의 의미, 수출 이후의 재화의 거래 및 공해상의 재화의 거래에 관한 판단

• 가) 관련 규정 부가가치세법 제9조 는 재화의 공급은 계약상․법률상의 모든 원인에 따라 재화를 인도하거나 양도하는 것으로 한다고 규정하고, 같은 법 제21조 제1항은 재화의 공급이 수출에 해당하면 그 재화의 공급에 대하여는 영퍼센트의 세율을 적용하며, 같은 조 제2항 제1호는 내국물품을 외국으로 반출하는 것을 수출 중 하나로 규정하고 있고, 같은법 제15조 제1항 제1호는 재화의 이동이 필요한 경우에는 재화가 인도되는 때가 재화의 공급시기라고 규정하면서 같은 법 시행령 제28조 제6항 제1호는 수출의 경우에는수출재화의 선(기)적일을 재화의 공급시기로 본다고 규정하고 있다. 또한 부가가치세법제13조는 ‘외국으로부터 국내에 도착한 물품으로서 수입신고가 수리되기 전의 것’ 과 ‘수출신고가 수리된 물품(수출신고가 수리된 물품으로서 선적되지 아니한 물품을 보세구역에서 반입하는 경우는 제외)’을 국내에 반입하는 것을 재화의 수입에 해당하는 것으로 규정하고 있고, 관세법 제2조 제1호 는 수입이란 외국물품을 우리나라에 반입하거나 우리나라에서 소비 또는 사용하는 것(우리나라의 운송수단 안에서의 소비 또는 사용을 포함하며, 제239조 각 호의 어느 하나에 해당하는 소비 또는 사용은 제외한다.)을 말한다고 규정하고 있다. 한편, 부가가치세의 납세의무는 우리나라의 주권이 미치는 범위 내에서 적용되므로, 사업자가 우리나라의 주권이 미치지 아니하는 외국에서 재화를 공급하는 경우에는 납세의무가 없고, 대외무역법 시행령 제2조 제1호 및 제2호는 국내란 대한민국의 주권이 미치는 지역을, 외국이란 국내 이외의 지역을 말한다고 규정하고 있다. 위와 같은 관련 규정에 따르면, 부가가치세법상의 수출이란 계약상 원인에 따라 내국물품을 대한민국의 주권이 미치지 않는 외국으로 반출하는 재화의 공급을 의미하고, 비록 수출재화가 외국으로 반출되기 전이라 하더라도 수출재화가 선(기)적되면 수출이라는 재화의 공급이 완료된다고 봄이 상당하다. 부가가치세법상 수출과 수입은 부가가치세 과세권의 끝점과 시작점으로서 과세관청은 재화의 공급이 수출에 해당하여 선(기)적되는 경우 영세율 적용을 통하여 사실적으로 부가가치세를 부과하지 아니하고, 선(기)적된 물품이 국내로 다시 반입이 되거나 외국으로부터 국내에 도착한 물품이 수입신고가 되어 국내에 반입되는 경우 세관장이 수입세금계산서를 발급하는 방법으로 부가가치세 과세권 행사를 시작하게 되며, 수출재화의 선(기)적일, 즉 수출이라는 재화의 공급이 완료된 이후 거래에 대하여는 국내에서의 거래라 하더라도 위와 같이 선(기)적된 물품이 국내로 다시 반입되거나 우리나라에서 소비 또는 사용되어 수입에 해당하지 않는 한 부가가치세를 부과할 수 있는 법률상 규정은 존재하지 않는 것으로 보인다. 또한 공해는 대한민국의 주권이 미치지 않는 지역으로서 외국 내지 국외에 해당하고, 공해상의 거래에 대하여는 대한민국의 부가가치세 과세권이 미치지 않는다고 해석함이 상당하다.
• 나) 구체적 판단 이 사건 영업권 거래의 부가가치세법상 거래당사자가 원고와 CCC의 싱가포르 본점인 것은 앞서 본 바와 같으므로, 이 사건 영업권 양도는 부가가치세법상 수출에 해당하여 영세율을 적용받고 원고에게는 이 사건 영업권의 양도에 관한 세금계산서 발급의무가 존재하지 않는다. 또한, 이 사건 재고자산이 양도계약 당시 우리나라 영해 밖으로 반출되어 공해상에 존재하는 상태에서 CCC 싱가포르 본점에 양도된 사실은 앞서 본 바와 같다. 따라서 이 사건 재고자산이 수출신고 수리 후 원고의 선박에 선적된 때 수출하는 재화의 공급이 이루어졌다고 할 것이고, 외국물품인 이 사건 재고자산이 국외인 공해상에서 양도되었으므로 위 거래는 외국물품의 국외거래에 해당하여 대한민국의 부가가치세 과세권이 미치지 않는다. 나아가 이 사건 선박연료유의 공급 역시 우리나라 영해 밖으로 반출되어 공해상에서 이루어진 사실은 앞서 본 바와 같다. 이 사건 선박연료유가 수출신고 수리 후 원고의 선박에 선적된 때 수출하는 재화의 공급이 이루어졌다고 할 것이고, 외국물품인 이 사건 선박연료유가 국외인 공해상에서 양도되었으므로, 원고의 국내 수산사에 대한 이 사건 선박연료유 공급은 외국물품의 국외거래에 해당하여 대한민국의 부가가치세 과세 권이 미치지 않는다.

4. 소결론 원고의 CCC 싱가포르 본점에 대한 이 사건 영업권 양도는 수출하는 재화의 공급에 해당하여 영세율을 적용하고 원고에게는 이에 관한 세금계산서 발급의무가 없다. 원고의 CCC에 대한 이 사건 재고자산의 양도 및 원고의 국내 수산사에 대한 이 사건 선박연료유 공급은 수출된 재화인 외국물품의 국외거래로서 부가가치세 과세대상이 아니므로, 원고에게는 이에 대하여 영세율과세표준 신고 및 세금계산서 발급의무가 없다. 이를 지적하는 원고의 이 부분 주장은 이유 있고, 원고의 나머지 주장에 대하여는 더 나아가 판단할 필요 없이 이 사건 부가가치세 부과처분은 위법하여 취소되어야 한다.

그렇다면 원고의 이 사건 부가가치세 부과처분 취소 청구는 이유 있어 이를 인용하여야 하고, 이 사건 법인세 부과처분 취소 청구는 이유 없어 이를 기각하여야 한다. 제1심판결 중 각 부가가치세 부과처분 취소 청구 부분은 이와 결론을 달리하여 부당하므로, 이를 취소하고 이 사건 부가가치세 부과처분을 취소하며, 법인세 부과처분 취소 청구 부분은 이와 결론을 같이하여 정당하므로, 원고의 이 부분 항소는 이유 없어 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.