원고가 법인으로 보는 단체에 해당하는지 여부

사 건 2020누61203 양도소득세부과처분취소 등 원 고 AAA 피 고 FF세무서장 변 론 종 결

2021. 08. 27. 판 결 선 고

2021. 10. 01.

1. 원고의 항소를 기각한다.

2. 항소비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 및 항 소 취 지 제1심판결을 취소한다. 피고가 2019. 3. 20. 원고에 대하여 한 2011년 귀속 양도소득세 436,169,700원(가산세 포함)의 부과처분을 취소한다.

1. 제1심판결의 인용 이 법원이 이 사건에 관하여 쓸 이유는, 아래 2.항 기재와 같이 제1심판결문 중 해당 부분을 고치거나 추가하고, 아래 3.항 기재와 같이 원고가 새로 추가한 주장에 관한 판단을 추가하는 외에는, 제1심판결의 이유 부분 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 따라 이를 그대로 인용한다.

○ 제1심판결문 제8쪽 제20행을, “3) 신의․성실의 원칙 및 신뢰보호의 원칙 위반등의 주장에 관한 판단”으로 고친다.

○ 제1심판결문 제9쪽 제7, 8행의 “갑 제16호증(사실확인서)의 기재만으로는” 부분을, “갑 제17호증의 민원명에 ‘법인설립신고 및 사업자등록신청’으로 기재되어 있는 점 및 갑 제16, 25, 26호증의 각 기재만으로는”으로 고친다.

○ 제1심판결문 제9쪽 제18행 다음에 아래와 같은 내용을 추가한다. 『다) 나아가 원고는, 이 사건 부동산에 대하여 재산세가 부과되지 않은 것은 선행조치에 해당하고, 또한 이 사건 부동산을 처분하고 교회를 옮기기 위해 토지를 구입할때 취득세도 면제되었는바, 원고는 이러한 선행조치를 신뢰하여 이 사건 부동산을 양도하더라도 양도소득세가 부과되지 아니할 것으로 신뢰하였다는 취지로 주장한다. 그러나 원고에게 부동산에 대한 재산세 및 취득세가 면제되는 것은 지방세특례제한법 제50조 제1항 및 제2항에 따른 것이고 1), 반면 원고에 대하여 이 사건 처분이 내려진 것은 소득세법령에 따른 것으로, 특히 소득세법 제2조 제3항 은 ‘ 국세기본법 제13조제1항 에 따른 법인이 아닌 단체 중 같은 조 제4항에 따른 법인으로 보는 단체(이하“법인으로 보는 단체”라 한다) 외의 법인 아닌 단체는 국내에 주사무소 또는 사업의 실질적 관리장소를 둔 경우에는 1거주자로 보아 이 법을 적용한다’라고 규정하고 있는데, 원고는 앞서 본 바와 같이 “법인으로 보는 단체”의 요건을 갖추지 못하여 소득세법상 1거주자로 분류되었고, 이에 따라 양도소득세가 부과된 것이다. 이와 같이 원고에 대한 재산세, 취득세의 부과 주체 및 부과․면제의 근거와 양도소득세의 부과 주체 및 부과 근거가 전혀 다르므로, 원고에게 이 사건 부동산에 대한 재산세 및 새로 취득한 토지 관련 취득세가 부과되지 않았다고 하여, 피고가 이 사건 부동산에 관한 양도소득세를 부과하지 않는다는 공적인 견해표명을 하였다거나, 원고에게 양도소득세가 면제된다는 점에 대한 정당한 신뢰가 형성되었다고 볼 수 없다. 따라서 원고의 이 부분 주장도 받아들일 수 없다.』

○ 제1심판결문 제10쪽 제8행 다음에 아래와 같은 내용을 추가한다. 『[원고는, 피고가 양도소득세 신고납부 기한이 지났음에도 수년간 원고에게 양도소득세를 부과하지 않았고, 원고는 이 사건 부동산의 재산세도 납부하지 않았으며, 새로 취득한 부동산의 취득세도 납부하지 않았는바, 이러한 점을 감안하면, 원고에게 양도 소득세를 납부하여야 하는 것을 알지 못한 것에 귀책사유가 없다는 취지로도 주장한

• 다. 그러나 앞서 본 바와 같이 재산세, 취득세와 양도소득세는 그 부과 주체 및 부과․면제의 근거가 전혀 다르고, 이 사건 처분은 부과제척기간 이내에 이루어졌는바, 원고가 든 위와 같은 사정만으로 원고에게 양도소득세를 납부하지 않은 데 정당한 이유가 있다고 볼 수 없다.]』

• 가. 원고의 주장 요지 이천세무서는 원고와 같은 상황인 00교회에 대하여 양도소득세를 부과하지 않았는바, 이 사건 처분은 평등의 원칙에 위반된다.
• 나. 판단 갑 제19, 20, 22, 23호증의 각 기재에 따르면, 00교회의 경우 당초 법인으로 보는 단체의 승인신청을 하였으나, 세무공무원의 착오로 개인 고유번호가 발급되었고, 이에 따라 관할 세무서가 새롭게 발급한 법인 고유번호증의 발급일을 최초 고유번호증 발급일로 소급하여 정정 발급한 사실을 알 수 있다. 반면 앞서 인정한 바와 같이 원고는 당초 “법인이 아닌 단체의 납세번호 신청서”를 제출하였고, 교회의 정관을 제출하지 않는 등 법인으로 보는 단체 신청에 필요한 서류를 구비하지 않았다. 따라서 원고가 드는 00교회의 경우와 원고의 경우는 그 사안이 다르므로, 평등원칙 위반이라는 취지의 원고 주장도 받아들일 수 없다.

그렇다면 원고의 청구는 이유 없어 이를 기각하여야 한다. 제1심판결은 이와 결론을 같이하여 정당하므로, 원고의 항소는 이유 없어 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다. 1) 지방세특례제한법 제50조 (종교단체 또는 향교에 대한 면제)

① 종교단체 또는 향교가 종교행위 또는 제사를 목적으로 하는 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 면제한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 면제된 취득세를 추징한다. (각호 생략)

② 제1항의 종교단체 또는 향교가 과세기준일 현재 해당 사업에 직접 사용(종교단체 또는 향교가 제3자의 부동산을 무상으로 해당 사업에 사용하는 경우를 포함한다)하는 부동산(대통령령으로 정하는 건축물의 부속토지를 포함한다)에 대해서는 재산세(지방세법 제112조 에 따른 부과액을 포함한다) 및 지방세법 제146조제3항 에 따른 지역자원시설세를 각각 면제한다. 다만, 수익사업에 사용하는 경우와 해당 재산이 유료로 사용되는 경우의 그 재산 및 해당 재산의 일부가 그 목적에 직접 사용되지 아니하는 경우의 그 일부 재산에 대해서는 면제하지 아니한다.