거래순이익률방법 중 하나인 매출총이익법을 적용함에 있어서도 당해 거래에서 매출총이익과 영업비용 사이의 상관관계 등을 엄격하게 분석하여야 함

사 건 2020누61166 법인세부과처분취소 원고, 피항소인

○○○○ 주식회사 피고, 항소인

○○세무서장 제1심 판 결 수원지방법원 2018. 1. 23. 선고 2016구합63157 판결 환송전판결 서울고등법원 2018. 7. 10. 선고 2018누36341 판결 환 송 판 결 대법원 2020. 10. 29. 선고 2018두53221 판결 변 론 종 결 2021.05.06. 판 결 선 고 2021.05.27.

1. 제1심판결을 취소한다.

2. 원고의 청구를 기각한다.

3. 소송 총비용은 원고가 부담한다. 청구취지 및 항소취지

피고가 2015. 9. 4. 원고에 대하여 한 2013 사업연도 법인세 0,000,000,000원(가산세 포함)의 부과처분(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)을 취소한다[원고는 당초 2010 내지 2013 각 사업연도 법인세 부과처분의 취소를 구하였는데, 아래에서 보는 바와 같이 2010 내지 2012 각 사업연도 법인세 부과처분 취소청구 부분은 환송판결로 분리․확정되었고, 2013 사업연도 법인세 부과처분 취소청구 부분 중 일부(이 사건 처분을 초과하는 부분이다)는 환송 후 당심에서의 피고의 직권취소와 원고의 청구취지 감축으로 인하여 이 사건 처분 부분만 남게 되었다].

제1심판결을 취소한다. 원고의 청구를 기각한다.

위에서 본 바와 같이 원고의 당초 청구 중 2010 내지 2012 각 사업연도 법인세 부과처분 취소청구 부분은 환송판결로 분리‧확정되고, 2013 사업연도 법인세 부과처분 취소청구 부분 중 일부(이 사건 처분을 초과하는 부분이다)는 환송 후 당심에서의 피고의 직권취소와 원고의 청구취지 감축으로 인하여 각각 심판범위에서 제외됨으로써, 결국 이 법원의 심판범위는 이 사건 처분 부분으로 한정된다.

이 법원이 이 부분에 적을 이유는, 아래와 같이 제1심 판결문의 해당 부분을 고치거나 추가하는 외에는 제1심 판결문의 이유 중 1.항 부분 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 인용한다.

○ 제1심판결문 제3면 마지막행의 “국제조세조정에 관한 법률”을 “구 국제조세조정에 관한 법률(2014. 1. 1. 법률 제12153호로 개정되기 전의 것,”으로 고친다.

○ 제5면 제14행 및 15행의 “ 국제조세조정법 시행령”을 “구 국제조세조정에 관한 법률 시행령(2014. 2. 11. 대통령령 제25200호로 개정되기 전의 것, 이하 ” 국제조세조정법 시행령“이라 한다)”로 고친다.

○ 제8면 마지막행의 “별지 1. 기재와 같이 이 사건 최초 부과처분에”를 “이 사건 최초 부과처분에”로 고친다.

○ 제9면 1행의 “법인세액을”다음에 “2010사업연도 000,000,000원, 2011사업연도 0,000,000,000원, 2012사업연도 0,000,000,000원, 2013사업연도 0,000,000,000원으로”를 추가한다.

○ 제9면 6행의 “이 사건 처분”을 “이 사건 변경 부과처분”으로 고친다.

○ 제9면 7행과 8행 사이에 아래 내용을 추가한다. 바. 이 사건 소의 경과, 피고의 세액 감액경정 및 원고의 청구취지 감축 원고는 2016. 4. 25. 이 사건 변경 부과처분의 취소를 구하는 이 사건 소를 제기하였고, 제1심에서는 ‘제1 과세조정 중 판매지원서비스 및 부푸재판매 거래에 대하여 이 사건 기존 사전승인에 의한 정상가격 산출방법을 적용한 부분은 적법하나, 제1 과세조정 중 부품재판매 거래 부분과 관련하여 재판매부품의 원가를 표시가격의 60%가 아니라 100%로 본 피고의 정상가격 산정은 위법하고 제출된 자료만으로는 그 부분에 관한 정당한 세액을 산출하기 어려우므로, 이 사건 변경 부과처분 중 제1 과세조정에 관한 부분은 전부 취소되어야 하며, 이 사건 변경 부과처분 중 제2 과세조정에 관한 부분은 이 사건 부품 관련 거래와 관련하여 부품원가를 표시가격에 100%에 해당하는 금액으로 보고 정상가격을 산정하여 위법하므로 취소되어야 한다.’는 이유로 원고의 청구를 인용하였다. 이에 대하여 피고가 항소하였으나 환송 전 당심은 피고의 항소를 기각하였다. 이에 대하여 피고가 상고하였는데, 대법원은 ‘피고는 제1 과세조정에서 이 사건 기존 사전승인 방법을 그대로 적용하여 재판매부품의 원가를 표시가격의 60%로 보고 정상가격을 산정한 적이 있으므로, 이것이 정당하다면 그 정당한 세액을 초과하는 부분만 취소되어야 한다.’는 이유로 2013 사업연도 법인세 부과처분에 대하여만 피고의 상고를 받아들여 그 부분에 관한 환송 전 당심판결을 파기환송하였고, 피고의 나머지 상고는 모두 기각하였다. 한편, 피고는 위 파기환송판결의 취지에 따라 2020. 11. 12. 제2 과세조정에 관한 2010 내지 2013 사업연도 법인세 익금산입 부분 각 000,000,000원(2010 사업연도 분, 가산세 포함), 0,000,000,000원(2011 사업연도 분, 가산세 포함), 0,000,000,000원(2012 사업연도 분, 가산세 포함), 0,000,000,000원(2013 사업연도 분, 가산세 포함)을 익금불산입하도록 과세표준 및 세액을 경정하고 이를 환급한다는 결정을 하였으므로, 이 사건 변경 부과처분 중 이 사건 처분 부분(2013 사업연도 법인세 0,000,000,000원, 가산세 포함)만이 남게 되었다. 이에 따라 원고는 이 법원에서 2013 사업연도 법인세 부과처분에 관한 청구취지를 이 사건 처분의 취소만을 구하는 것으로 감축하였다.

○ 제9면 8행과 9행을 아래와 같이 고친다. [인정근거]다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 4, 10, 17호증(가지번호 포함, 이하 같다), 을 제2, 3, 27, 28, 32, 33호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고의 주장 다음과 같은 이유로 이 사건 처분은 위법하므로, 취소되어야 한다.

1. 피고가 판매지원서비스 거래의 정상가격을 산정하기 위해 적용한 국제조세조정법 제5조 제1항 제1호 에 따른 ‘비교가능 제3자 가격방법’은 홍콩 제1 법인과 AA, BB간 2005년 거래가격이 시장환경, 제품, 매출규모의 변화로 더 이상 비교가능 제3자 가격이 될 수 없고, 설령 홍콩 제1 법인과 AA, BB 간 2005년 거래가격이 비교가능 제3자 가격이 될 수 있더라도 차이가 있어 합리적인 조정을 거칠 필요가 있음에도 피고는 이러한 조정을 거치지 아니하였으므로, 국제조세조정법 제4조 제1항 의 가장 합리적인 방법에 해당하지 않는다. 또한, 원고의 판매지원서비스는 영업비용과 매출총이익간 비례관계가 존재하고, 원고가 다른 기능을 함께 수행 중이더라도 기능별 구분손익계산서를 작성하고 있었으므로, 국세조세조정법 제5조 제1항 제5호, 국제조세조정법 시행령 제4조 제2항 제1호 라.목에 ᄄᆞ라 ‘거래순이익률방법 중 매출총이익률법’을 적용하기에 적합하고, 이를 적용한 원고 주장 거래순이익률방법 중 매출총이익률법‘을 적용하기에 적합하고, 이를 적용한 원고 주장 거래순이익률 127%는 국제조세조정에 관한 법령과 OECD 이전가격과세지침에 따른 정당한 통상의 거래순이익률에 해당한다. 따라서 이 사건 처분 중 판매지원서비스 거래와 관련된 부분은 위법하다.

2. 피고가 부품재판매 거래의 정상가격을 산정하기 위해 적용한 국제조세조정법 제5조 제1항 제5호, 국제조세조정법 시행령 제4조 제2항 제1호 다.목에 따른 ‘거래순이익률방법 중 총원가가산율법’은 원고의 부품재판매 거래가 일반적인 고객과의 거래와는 달리 계열사 사이에서 재고 관리의 효율성을 목적으로 사업상 아무런 위험부담 없이 이루어져 부품가격 자체에 이익을 가산하는 것은 합리적이지 않으므로 원고의 부품재판매 거래에 적용하기에 적합하지 않다. 또한 구 국제조세조정에 관한 법률 시행규칙(2014. 3. 14. 기획재정부령 제417호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘ 국제조세조정법 시행규칙’이라 한다) 제2조 제3항 제4호에서 거래순이익률방법 중 매출총이익률법을 적용할 수 있는 경우로 ‘특수관계인으로부터 재화를 구입하여 다른 특수관계인에게 판매하는 단순 중개활동을 하는 경우’를 명시하고 있고, 원고의 부품재판매 거래는 이러한 단순 중개활동에 해당하므로 ‘거래순이익률방법 중 매출총이익률법’을 적용할 수 있고, 원고가 주장하는 재판매부품 원가를 제외한 관련비용에 대한 거래순이익률 127%는 국제조세조정에 관한 법령에 따른 정당한 거래순이익률에 해당한다. 따라서 이 사건 처분 중 부품재판매 거래와 관련된 부분은 위법하다.

• 나. 관계법령 별지 기재와 같다.
• 다. 판단

1. 관련 법리 과세관청이 거주자의 국외 특수관계자와의 거래에 대하여 국제조세조정법 제4조 제1항 을 적용하여 정상가격을 기준으로 과세처분을 하기 위해서는 납세의무자에 대한 자료제출 요구 등을 통하여 수집한 자료를 토대로 비교가능성 등을 고려하여 가장 합리적인 정상가격 산출방법을 선택하여야 하고, 비교되는 상황 간의 차이가 비교되는 거래의 가격이나 순이익에 중대한 영향을 주는 경우에는 그 차이를 합리적으로 조정하여 정상가격을 산출하여야 하며, 과세처분의 기준이 된 정상가격이 이와 같은 과정을 거쳐 적법하게 산출되었다는 점에 대한 증명책임은 과세관청에 있다고 할 것이다(대법원 2001. 10. 23. 선고 99두3423 판결 참조). 한편, 국제조세조정법 제11조, 제13조, 국제조세조정법 시행령 제7조, 제23조 등에 의하면, 국외 특수관계자와 국제거래를 행하는 납세의무자는 국제거래명세서를 제출할 의무, 가장 합리적인 정상가격 산출방법을 선택하고 선택된 방법 및 이유를 과세표준 및 세액의 확정신고시 제출할 의무, 정상가격 산출방법과 관련하여 필요한 자료를 비치․보관할 의무 등을 부담한다. 따라서 과세관청이 스스로 위와 같은 정상가격의 범위를 찾아내 고려해야만 하는 것은 아니므로, 국외 특수관계자와의 이전가격이 과세관청이 최선의 노력으로 확보한 자료에 기초하여 합리적으로 산정한 정상가격과 차이를 보이는 경우에는 비교가능성이 있는 독립된 사업자 간의 거래가격이 신뢰할 만한 수치로서 여러 개 존재하여 정상가격의 범위를 구성할 수 있다는 점 및 당해 국외 특수관계자와의 이전가격이 그 정상가격의 범위 내에 들어 있어 경제적 합리성이 결여된 것으로 볼 수 없다는 점에 관한 증명의 필요는 납세의무자에게 돌아간다고 할 것이다(대법원 2001. 10. 23. 선고 99두3423 판결 참조).

2. 이 사건 처분 중 판매지원서비스 거래에 관한 부분

• 가) 피고의 ‘비교가능 제3자 가격방법’에 의한 정상가격 산정의 적법 여부 비교가능 제3자 가격방법은 거주자와 국외특수관계인 간의 국제거래에서 그 거래와 유사한 거래 상황에서 특수관계가 없는 독립된 사업자 간의 거래가격을 정상가격으로 보는 방법으로(국제조세조정법 제5조 제1항 제1호), 이를 적용할 때에는 제품의 동일성, 거래시기의 동일성, 거래시장의 동일성, 거래조건의 동일성, 기타 비교가능성에 영향을 미치는 요소를 고려해야 하고(국제조세조정법 집행기준 5-0-2), 이때 요구되는 비교가능성 수준은 매우 높고, 이는 재화 또는 용역의 특징, 시장수준, 판매지역, 거래일시, 상표, 특허, 계약 및 지불조건, 운송․보험료 포함여부, 수량할인여부, 시장전략 등에 따라 결정된다(국제조세조정법 집행기준 5-6의 2-1 <참고>). 앞서 든 증거, 갑 제14호증, 을 제26호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정 즉, ① 원고의 판매지원서비스 거래와 홍콩 제1 법인과 AA, BB 간 2005년 거래는 동일한 제품, 동일한 복수연도의 거래기간, 동일한 거래처 및 동일한 시장, 동일한 수행 기능 등 고려요소가 본질적으로 동일하고 큰 차이가 없는 점, ② 원고는 스스로 이 사건 기존 사전승인 기간이 지난 2010 사업연도부터 2012 사업연도까지 판매지원서비스 거래에 대하여 이 사건 기존 사전승인에 따른 홍콩 제1 법인과 AA, BB 간 2005년 거래가격을 기준으로 비교가능 제3자 가격방법을 적용한 정상가격을 산정하여 법인세를 신고‧납부하였고 이를 다투지 않고 있는 점, ③ 원고의 판매지원서비스 거래는 2013년에 이르러 기존의 정상가격 산출방법을 변경할 정도로 그 내용, 규모, 거래 횟수 등이 변동되지 아니하였으므로, 홍콩 제1 법인과 AA, BB 간 거래는 여전히 정상가격을 산출함에 있어 비교가 가능한 사례로 보이는 점, ④ 이 사건 기존 사전승인에 따른 정상가격 산출방법은 판매금액에 대한 일정 비율의 수수료율을 기준으로 하고 있어, 시간의 경과에 따른 물가, 판매가격, 매출규모의 변화가 반영되므로, 2005년 이후 물가, 판매가격, 매출규모의 변화가 있었더라도 정상가격 산출 시 반영이 이루어지는 점, ⑤ 이 사건 모회사가 2013년 기준 2005년과 달리 노광장비 판매시장에서 독점적 지위를 구축하였다고 하더라도, 국내 반도체 업체 중 노광장비를 구입하는 업체는 2개 내지 4개 회사에 불과하고 그중 CCCC, SSSS의 매출처 비율이 압도적으로 높아 2개 회사 중 1개 회사라도 거래처를 변경하는 경우에는 곧바로 한국 시장 내에서의 독점적 지위가 변경될 수 있어 원고가 수행하는 한국 시장에서의 수요처 관리 및 연락을 통한 판매지원서비스는 여전히 중요하다고 보이고, 2013년 기준 원고의 판매지원서비스가 매출에 큰 영향을 줄 수 없다거나 이 사건 사전승인 방법에서 정한 수수료율이 과도하다고 단정할 수 없는 점 등을 위 법리에 비추어 보면, 원고의 판매지원서비스 거래와 홍콩 제1 법인과 AA, BB 간 2005년 거래는 유사하여 ‘비교가능 제3자 가격방법’을 적용할 수 있고, 비교되는 상황간의 차이가 비교되는 거래의 가격이나 순이익에 중대한 영향을 준다고 볼 수 없어 별도의 조정을 거칠 필요가 있다고 보기 어려우므로, 피고가 원고의 판매지원서비스 거래에 관하여 이 사건 기존 사전승인 방법에 따라 비교가능 제3자 가격방법으로 산정한 정상가격은 적법하다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 받아들일 수 없다.
• 나) 원고 주장의 ‘거래순이익률방법 중 매출총이익률법’ 적용 가부 거래순이익률방법 중 매출총이익률법은 당사자가 재고에 대한 부담 없이 단순 판매활동을 하는 경우 사용될 수 있는 방법으로서, 영업비용에 대한 매출총이익의 비율인 영업이익률을 지표로 하여 정상가격을 산출하는 방법인바(국제조세조정법 제5조 제1항 제5호, 국제조세조정법 시행령 제4조 제2항 제1호 라.목, 국제조세조정법 시행규칙 제2조 제3항 제4호), 영업비용과 매출총이익 사이에 비례관계가 존재해야 하고, 판매되는 제품가치는 매출총이익에 중대한 영향을 미치지 아니하여야 하며, 다른 정상가격 산출방법이 사용되어야 하는 제조 등 다른 중요한 기능을 수행하지 아니하여야 한다(국제조세조정법 집행기준 5-4-3). 한편, 거래순이익률방법을 적용할 경우 ‘거래순이익률 지표와 영업활동의 상관관계가 높은지 여부, 이 경우 그 밖의 정상가격 산출방법보다 더 엄격하게 특수관계 거래와 비교가능 거래의 유사성이 확보될 수 있거나 비교되는 상황 간의 차이가 합리적으로 조정될 수 있어야 한다.’는 요건을 고려하여 분석하여야 하는바(국제조세조정법 시행규칙 제2조 제2항 제5호), 거래순이익률방법 중 하나인 매출총이익률법을 적용함에 있어서도 이러한 기준에 따라 당해 거래에서 매출총이익과 영업비용 사이의 상관관계 등을 엄격하게 분석하여야 한다. 원고가 국내 반도체 업체와 홍콩 제1 법인 사이의 연락, 기존 제품에 대한 기술적 마케팅 자료의 제공 및 신제품 소개, 시장조사, 경쟁업체에 대한 정보제공 등을 함으로써 홍콩 제1 법인에 대하여 노광장비 판매지원서비스를 제공하고 있는 사실은 당사자 사이에 다툼이 없고, 이러한 원고의 판매지원서비스는 판매중개용역으로써 이를 재고에 대한 부담이 없는 단순 판매활동에 준하는 것으로 볼 여지는 있다. 그러나 앞서 든 증거, 갑 제21호증의 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정, 즉 ① OECD 이전가격과세지침 2.101은 매출총이익률(Berry Ratio)이 적용되기 위해서는 특수관계거래에서 납세자는 다른 이전가격방법이나 재무지표를 사용하여 보상받아야 하는 다른 중요한 기능(제조기능 등)을 수행하지 않아야 한다고 규정한바, 이는 매출총이익률은 영업비용 및 기타비용 등의 원가구분에 매우 민감하여 이로 인한 비교가능성 문제 및 관련 없는 원가(pass thorough costs) 문제를 야기할 수 있기 때문인 점, ② 거래순이익률방법 중 매출총이익률법을 고안한 Charles H. Berry는 ‘Berry Ratios’ 논문에서 회사가 단순 판매활동 외에 다른 기능을 수행하는 경우에 매출원가와 영업비용의 구분이 불명확하여 매출총이익률이 인위적으로 변동될 수 있으므로 거래순이익률방법 중 매출총이익률법을 적용하기 적합하지 않다는 취지로 저술한 바 있는 점, ③ 원고는 판매지원서비스 사업 외에 설치 및 보증서비스 사업, 부품판매 사업을 함께 영위하고 있고, 설치 및 보증서비스 사업과 부품판매 사업에는 거래순이익률방법 중 매출총이익률법이 아닌 거래순이익률방법 중 총원가가산율법이 적합한 점, ④ 이는 비록 원고가 기능별 구분손익계산서를 작성하였다고 하더라도 비용을 분류하는 단계에서 영업비용과 제조비용의 구분상 왜곡이 발생할 수 있다는 점에서 마찬가지로 보이는 점, ⑤ 원고는 스스로 승인기간이 지난 2010 사업연도부터 2012 사업연도까지 판매지원서비스에 대해 이 사건 기존 사전승인에 따른 정상가격 산출법을 적용하였고, 이 부분에 대해 불복하지도 않은 점 등을 위 법리에 비추어 보면, 원고의 판매지원서비스 거래에 거래순이익률방법 중 매출총이익률법을 적용할 수 있다고 보기 어렵다(설령, 원고의 주장처럼 거래순이익률방법 중 매출총이익률법을 적용할 수 있다고 하더라도, 갑 제18, 19호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정, 즉 ① 원고가 한국표준산업분류의 산업분류 코드에 따라 추출한 508개 회사의 코드는 ‘46539: 기타 산업용 기계 및 장비 도매업, 46592: 의료, 정밀 및 과학기기 도매업, 46594: 전기용 기계장비 및 관련 기자재 도매업, 46599: 그 외 기타 기계 및 장비 도매업’ 등으로서 원고의 판매지원서비스의 코드인 서비스 /기계관련 엔지니어링과 달라 직접 비교가 가능한 업종이라 단정할 수 없는 점, ② 원고는 나름의 방법으로 위 508개 회사 중 다시 14개의 비교가능회사를 선정하였고, 운전자본에 대한 조정을 위해 재고자산, 매출채권 및 매입채무 보유 정도의 차이를 조정하였는데, 재고자산, 매출채권 및 매입채무가 존재하지 않는 원고의 특성을 고려할 때 이러한 조정을 한 것만으로는 일반적으로 받아들여질 수 있는 통상의 거래순이익률이 산정되었다고 보기도 어려운 점 등에 비추어 보면, 원고가 주장하는 127%의 매출총이익률이 일반적으로 받아들여질 수 있는 통상의 거래순이익률이라고 보기도 어렵다). 따라서 원고의 이 부분 주장은 받아들이지 아니한다.

3. 이 사건 처분 중 부품재판매 거래에 관한 부분 가) 피고의 ‘거래순이익률방법 중 총원가가산율법’에 의한 정상가격 산정의 적법 여부 거래순이익률방법 중 총원가가산율법은 거래순이익과 매출원가 및 영업비용의 관련성이 높은 경우에 사용될 수 있는 방법으로, 매출원가 및 영업비용에 대한 거래순이익의 비율을 지표로 하여 정상가격을 산출하는 방법이다(국제조세조정법 제5조 제1항 제5호, 국제조세조정법 시행령 제4조 제2항 제1호 다.목, 국제조세조정법 시행규칙 제2조 제3항 조3호). 한편, 거래순이익률방법은 매출원가 및 판매비와 일반관리비 등 영업비용이 반영된 순이익률지표 또는 영업이익률에 기초하여 정상가격을 산정하므로, 다른 정상가격 산출방법 중 거래가격에 기초하는 비교가능 제3자 가격방법이나 매출총이익률에 기초하는 재판매가격방법이나 원가가산방법과 달리 상품의 차이나 거래단계 등 사업활동의 기능상 차이 등에 의한 영향이 적다. 따라서 정상가격 산출 시 거래순이익률방법을 적용하는 경우 과세관청이 당해 거래의 조건과 상황이 유사한 거래를 행하는 비교대상업체를 선정하고 최선의 노력으로 확보한 자료에 기하여 합리적으로 정상가격을 산출하였다면, 특별한 사정이 없는 한 거래품목이나 비교대상업체와의 거래단계 등의 차이에 따른 별도의 조정을 하지 아니하였다는 이유만으로 그와 같이 산출한 정상가격이 틀렸다고 단정할 수는 없다(대법원 2014. 9. 4. 선고 2012두1747, 1754 판결 등 참조). 앞서 든 증거에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정, 즉 ① 원고의 부품재판매 거래는 이 사건 모회사와 계열사 관계에 있는 법인 사이의 거래라고 하더라도 이는 별개 회사 사이의 거래로서 하나의 회사 내부에서의 단순한 자산의 이동 또는 조정이라고 볼 수는 없으므로, 부품원가가 총발생원가에 포함된다고 봄이 타당한 점, ② 원고의 부품재판매거래는 거래순이익이 부품원가 및 영업비용에 따라 달라지는 구조이므로, 거래순이익과 부품원가 및 영업비용 사이의 관련성이 높다고 볼 수 있는 점, ③ 원고가 부품재판매 거래에서 이 사건 모회사의 가격정책에 따라 이 사건 부품의 구입 가격인 표시가격의 60% 가격 그대로 재판매함으로써 별도의 이익이 발생하지 않았다고 하더라도, 이는 원고가 이 사건 부품의 재판매 가격을 이 사건 모회사의 가격정책에 따라 정한 결과일 뿐 그러한 거래의 성격이 ‘구입 및 판매’에서 ‘단순 중개활동’으로 바뀌는 것은 아닌 점, ④ 원고 스스로도 승인기간이 지난 2010 사업연도부터 2012 사업연도까지 부품재판매 거래에 관하여 총원가가산율법을 적용하였고, 이를 다투지 않고 있는 점 등을 위 법리에 비추어 보면, 원고의 부품재판매 거래는 거래순이익과 매출원가 및 영업비용의 관련성이 높은 경우에 해당하여 거래순이익률방법 중 총원가가산율법을 적용할 수 있다고 보이므로, 피고가 원고의 부품재판매 거래에 관하여 이 사건 기존 사전승인 방법에 따라 거래순이익률방법 중 총원가가산율법으로 산정한 정상가격은 적법하다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 받아들일 수 없다.

• 나) 원고 주장의 ‘거래순이익률방법 중 매출총이익률법’적용 가부 거래순이익률방법 중 매출총이익률법은 당사자가 재고에 대한 부담 없이 단순 판매활동을 하는 경우 사용될 수 있는 방법으로서, 영업비용에 대한 매출총이익의 비율인 영업이익률을 지표로 하여 정상가격을 산출하는 방법인바(국제조세조정법 제5조 제1항 제5호, 국제조세조정법 시행령 제4조 제2항 제1호 라.목, 국제조세조정법 시행규칙 제2조 제3항 제4호), 영업비용과 매출총이익 사이에 비례관계가 존재해야 하고, 판매되는 제품가치는 매출총이익에 중대한 영향을 미치지 아니하여야 하며, 다른 정상가격 산출방법이 사용되어야 하는 제조 등 다른 중요한 기능을 수행하지 아니하여야 한다(국제조세조정법 집행기준 5-4-3). 앞서 든 증거에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정, 즉 ① 원고의 부품재판매거래는 구입 및 판매 거래로서, 원고가 구입가격 그대로 이 사건 모회사와 계열사 관계에 있는 법인들에게 부품을 재판매하여 이익이 발생하지 않는다고 하더라도, 이는 이 사건 모회사의 가격정책에 의한 결과일 뿐 그러한 거래의 성격이 단순 중개활동으로 변하는 것은 아닌 점, ② 단순 판매활동을 하는 회사가 그 외에 다른 기능을 수행하는 경우 영업비용과 제조원가 등이 혼재되는 등 비용의 혼재 가능성으로 인해 매출총이익률이 왜곡될 수 있으므로, 경제순이익률방법 중 매출총이익률법을 적용하기에 부적합한 점, ③ 원고는 부품재판매사업 외에 판매지원서비스 사업, 설치 및 보증서비스 사업을 함께 영위하고 있는 점 등에 비추어 보면, 원고의 부품 재판매 거래에 거래순이익률방법 중 매출총이익률법을 적용할 수 있다고 보기 어렵다(설령, 원고의 주장처럼 거래순이익률방법 중 매출총이익률법을 적용할 수 있다고 하더라도, 원고가 제출한 증거들만으로는 원고가 주장하는 재판매부품 원가를 제외한 관련 비용에 대한 127%의 매출총이익률이 일반적으로 받아들여질 수 있는 통상의 거래순이익률이라고 보기도 어렵다). 따라서 원고의 이 부분 주장은 받아들이지 아니한다.

그렇다면 원고의 청구를 기각하여야 한다. 제1심판결은 이와 결론을 달리하여 유지될 수 없으므로, 피고의 항소를 받아들여 이를 취소하고 원고의 청구를 기각한다.