쟁점시스템 위탁개발비가 연구개발비 세액공제 해당하는지 여부

사 건 2020누51053 법인세경정청구거부처분취소 원 고

○○○○은행 피 고

○○○세무서장 변 론 종 결

2025. 6. 13. 판 결 선 고

2025. 8. 22.

1. 원고의 항소를 기각한다.

2. 항소비용은 원고가 부담한다. 청구취지 및 항소취지 제1심판결을 취소한다. 피고가 2018. 7. 2. 원고에 대하여 한 2012사업연도 법인세 1.358.225.150원의 경정거부처분을 취소한다.

• 가. 원고는 @@@@은행법에 근거하여 설립된 회사로서, xxx에 대한 자금의 대출과 어음의 할인, 예금․적금의 수입 및 유가증권이나 채무증서의 발행, 내외국환등 업무를 수행하고 있다. 원고는 2012 사업연도부터 법인세법 제76조의8 제1항 등의 규정에 따라 연결납세방식의 적용을 승인받아 원고의 연결자회사인 주식회사 @@@@@캐피탈(이하 ‘@@@@@캐피탈’이라 한다)의 손익을 합쳐 법인세를 신고․납부하고있다.
• 나. 원고는 2012. 4.경 수탁업체인 한국@@@@ 주식회사(이하 ‘한국@@@@’이라한다)에 대한 위탁개발방식으로, IT기반 서비스 차별화, 사용자 편의성 강화, 시스템 유연성 확보 등을 통하여 더 나은 고객 서비스를 제공하기 위한 차세대 전산시스템(이하 ‘이 사건 시스템’이라 한다)을 개발하는 과정에서 [별지 1] 표 ‘이 사건 연구개발비’란 기재 금원(이하 ‘쟁점 금원’이라 한다)을 지출하였다. 이 사건 시스템의 기본 구조는 [별지 2] 그림과 같다.
• 다. 원고는 2018. 4. 30. 쟁점 금원에 구 조세특례제한법(2013. 1. 1. 법률 제11614호 로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제10조 제1항 제3호에 따른 연구․인력개발비(이하‘연구개발비’라 한다) 세액공제(같은 법 제9조 제2항, 제5항에 의한 연구개발비를 세액공제하는 것으로서 이하 ‘쟁점 세액공제’라 통칭한다)를 적용하여, 피고에게 2012 사업연도 법인세 117,275,590원의 환급을 구하는 경정청구를 하였다.
• 라. 피고는 2018. 7. 2. 쟁점 금원이 구 조세특례제한법 제9조 제2항 제1호, 제5항의위임에 따른 구 조세특례제한법 시행령(2013. 2. 15. 대통령령 제24368호로 개정되기전의 것, 이하 같다) 제8조 제1항 [별표 6] 1. 나. 1) 중 괄호규정인 ‘전사적 기업자원 관리설비 등 시스템 개발을 위한 위탁비용’(이하 ‘위탁비용’이라 하고 위 괄호규정을‘이 사건 예외규정’이라 한다)에 해당하여 쟁점 세액공제의 대상에 해당하지 않는다는이유로 원고의 위 경정청구를 거부하였다(이하 ’이 사건 처분‘이라 한다).
• 마. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2018. 9. 28. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2018. 11. 29. 원고의 위 청구를 기각하였다.
• 바. 한편 @@@@@캐피탈은 2011 내지 2013 사업연도에 @@@@@시스템 등 수탁 업체들과 전산시스템 구축 등을 위탁하는 내용의 계약을 체결한 다음, 2012년 위 수탁 업체들에게 3,983,034,000원을 지급하였다. 원고는 2012 사업연도 법인세 신고 시 @@@@캐피탈의 위 지출비용에 대하여 쟁점 세액공제를 적용한 바가 없고, 이에 대하여 피고에게 경정청구를 구한 바도 없다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 3, 5, 6호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 소 중 @@@@@캐피탈의 2012 사업연도 법인세에 관한 부분의 적법 여부

• 가. 원고의 경정청구금액 추가에 따른 청구취지 확장 원고는 감액경정청구에 대한 거부처분 취소소송에서의 심판 대상은 과세표준 신고 서에 기재된 과세표준 및 세액의 객관적 존부인데, 연결납세제도에 따라 @@@@@캐피탈의 법인세 경정청구의 주체 역시 모법인인 원고로서 일반적인 경정청구와 동일한법리가 적용되어야 하므로, 원고로서는 이 사건 처분의 취소소송 절차에서 당초 경정청구금액을 초과하여 쟁점이 동일한 @@@@@캐피탈의 연구개발비 세액공제 금액1,240,949,560원에 대해서도 다툴 수 있다고 주장하며 이 사건 처분의 경정청구금액외에 위 1,240,949,560원의 경정거부처분의 취소(이하 ‘이 사건 추가청구 부분’이라 한다)도 함께 구하고 있다.
• 나. 피고의 본안전 항변 이 사건 추가청구 부분에 대하여는 원고의 경정청구가 없어 피고의 경정거부처분이 존재하지 않고, 원고가 이에 관한 적법한 전심절차를 거치지도 않아 이 부분 소는 부적법하다.
• 다. 판단

1. 납세의무자가 경정거부처분 취소소송에서 취소를 구할 수 있는 대상은 당초 납세의무자가 과세표준 및 세액에 관하여 경정청구한 것에 대하여 피고가 한 거부처분일뿐이고 그 경정청구한 세액을 초과한 신고·납부세액에 대해서까지 취소를 구하는 것은 당초부터 존재하지 않는 거부처분을 대상으로 하는 것이어서 부적법하다. 원고가 2018. 4. 30. 피고에게 원고의 2012 사업연도 법인세의 경정을 청구하면서 환급받아야 할 세액으로 신고한 금액은 117,275,590원이고, 피고가 2018. 7. 2. 이를 거부하여 이 사건 처분을 한 사실은 앞서 본 바와 같다. 즉, 이 사건 처분은 원고가 당초에 경정을 구한 원고의 2012 사업연도 법인세 117,275,590원에 관한 것이고 피고는 위 117,275,590원을 초과하는 부분 또는 @@@@@캐피탈의 법인세에 대하여는 거부처분을 한 사실이 없다. 따라서 이 사건 소 중 당초의 환급청구세액 117,275,590원을 초과하여 경정청구 거부처분의 취소를 구하는 부분은 존재하지 않는 거부처분의 취소를 구하는 것으로서 취소소송으로서 소의 이익이 없어 그 자체로 부적법하다.

2. 이 사건 추가청구 부분은 아래와 같은 이유로 이 사건 처분과 기본적 사실관계및 법률문제가 다르고 전심절차를 거치게 하는 것이 가혹하다고 볼 이유도 없어 이에 대해 적법한 전심절차를 거친 것으로 볼 수 없으므로, 이 부분 소는 이러한 점에서도 부적법하다.

• 가) 조세행정에 있어서 2개 이상의 같은 목적의 행정처분이 단계적․발전적 과정에서 이루어진 것으로서 서로 내용상 관련이 있다든지, 조세행정소송 계속 중에 그 대상인 과세처분을 과세관청이 변경하였는데 위법사유가 공통된다든지, 동일한 행정처분에 의하여 수인이 동일한 의무를 부담하게 되는 경우에 선행처분에 대하여 또는 그 납세의무자들 중 1인이 적법한 전심절차를 거친 때와 같이, 국세청장과 조세심판원으로 하여금 기본적 사실관계와 법률문제에 대하여 다시 판단할 수 있는 기회를 부여하였을 뿐더러 납세의무자로 하여금 굳이 또 전심절차를 거치게 하는 것이 가혹하다고 보이는 등 정당한 사유가 있는 때에는 납세의무자가 전심절차를 거치지 아니하고도 과세처분의 취소를 청구하는 행정소송을 제기할 수 있다고 할 것이나, 그와 같은 정당한 사유가 없는 경우에는 전심절차를 거치지 아니한 채 과세처분의 취소를 청구하는 행정소송을 제기하는 것은 부적법하다(대법원 2014. 12. 11. 선고 2012두20618 판결 참조).
• 나) 원고와 원고의 자회사인 @@@@@캐피탈은 설립근거와 사업영역 및 인적․물적 구성이 전혀 달라 이 사건 시스템과 아이비캐피탈의 차세대 시스템은 개발목적과 내용, 수탁업체 및 위탁용역의 구체적 내용 등이 전혀 다를 것인바, 각각의 과세표준과 세액이 별도로 산정되어야 함은 물론 각각 시스템 개발을 위해 지출한 위탁비용의 쟁점 세액공제 규정의 적용 여부도 동일하게 판단될 수 없다.
• 다) 원고로서는 쟁점 금원에 쟁점 세액공제를 적용하여 법인세 환급을 구하는 경정청구를 한 것과 마찬가지로 @@@@@캐피탈이 아이비케이시스템 등 수탁업체들에게 지급한 위탁비용에 대해서도 마찬가지로 쟁점 세액공제를 적용하여 법인세 환급을 구하는 경정청구를 한 다음, 만약 피고가 이를 거부할 경우 그 거부처분에 대해 전심절차를 거칠 수 있었고, 이와 같이 원고로 하여금 이 사건 처분에 대한 전심절차 외에 추가로 경정청구 및 그 거부처분에 대한 전심절차를 거치게 하는 것이 가혹하다고볼 만한 사정이 없다.

3. ① 납세자가 경정거부처분에 대한 불복과정에서 일방적으로 경정청구금액을 확장하는 것을 허용하고 행정소송에서 그 금액 전부를 다투는 것을 허용한다면 국세기본법상 경정청구의 요건, 절차에 관한 규정을 몰각시킬 우려가 있는 점, ② 과세처분은 다른 행정처분과는 달리 대량으로 행하여질 뿐만 아니라 전문적이고 기술적인 성질을 가지므로 조세소송에서 필요적으로 전심절차를 거치도록 하는 것은 행정청 내부에서 지시·감독권을 행사하여 스스로 잘못을 시정함으로써 능률적이고 통일적인 과세행정의 확립을 꾀함과 아울러 법원의 부담을 줄이려는 데 그 이유가 있는 점(대법원 1986. 9.9. 선고 86누254 판결, 대법원 1989. 10. 10. 선고 88누11292 판결 등 참조) ③ 이 사건 기록상 원고가 @@@@@캐피탈의 2012 사업연도 법인세에 대하여 경정청구를 함에 장애가 될 만한 사정이 나타나지 않고, 원고는 이 사건 전심에서 @@@@@캐피탈의 연구개발비에 관하여 아무런 주장을 하지 않아 쟁점 금원에 관한 심리만이 이루어진 점 등에 비추어 볼 때, 원고의 주장과 같이 이 부분 소를 각하하는 것이 소송경제에 반한다거나 원고의 권리구제를 현저히 어렵게 한다고 볼 수도 없다.3. 당사자들 주장의 요지

• 가. 피고

1. 이 사건 시스템의 개발에는 불확실성이 존재하지 않았고, 원고는 수탁업체가 기존의 기술을 활용하여 맞춤식으로 개발(이른바 ‘커스터마이징’)한 시스템을 구입한 것에 불과하므로, 이 사건 시스템의 개발은 구 조세특례제한법 제9조 제5항 에서 정한 과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동(이하 ‘과학기술 활동’이라 한다)이라고볼 수 없다.

2. 이 사건 시스템은 구 조세특례제한법 제9조 제5항 의 ‘새로운 서비스 및 서비스전달체계를 개발하기 위한 활동’(이하 ‘서비스 활동’이라 한다)에 해당하므로, 같은 법 제9조 제2항 괄호규정(새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 연구개발의 경우 자체 연구개발에 필요한 비용만 해당한다)에 따라 위탁비용인 쟁점 금원에 대하여는 쟁점 세액공제가 적용될 수 없다.

3. 이 사건 시스템은 기업 전체에 걸쳐 업무를 전자적으로 효율화하기 위한 도구로서 전사적 기업자원 관리설비(Enterprise Resource Planning, 이하 ‘ERP’라고 한다)이거나 적어도 이와 유사한 설비에 해당하므로 쟁점 금원에 대하여 이 사건 예외규정이 적용된다.

• 나. 원고

1. 이 사건 시스템의 개발은 과학기술 활동에 해당하므로 쟁점 금원에 대하여 쟁점 세액공제가 적용되어야 한다.

2. 원고는 직접 구체적인 개발 범위를 정하여 이 사건 시스템을 위탁개발하였으므로 이를 단순한 자산취득행위로 볼 수 없고, 이 사건 시스템은 도입 목적, 개발 과정,소유권 귀속 등의 측면에서 단순한 ERP 시스템과는 본질적인 차이가 있으므로 쟁점금원에 대하여 이 사건 예외규정이 적용되지 않는다.

[별지 3] 기재와 같다.

• 가. 이 사건 시스템 개발이 과학기술 활동에 해당하는지

1. 이 사건의 쟁점 구 조세특례제한법 제9조 제2항 제1호 는 ’새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 연구개발의 경우 자체 연구개발에 필요한 비용 중 대통령령으로 정하는 비용만 연구ㆍ인력개발비에 해당한다‘고 규정하고 있으므로, 서비스 활동의 위탁연구개발비는 쟁점 세액공제의 적용대상이 아니다. 그런데 원고는 이 사건 시스템을 한국@@@@에 위탁하여 개발하였으므로, 원고는 이 사건 시스템의 위탁개발이 과학기술활동에 해당하는 경우에 한하여 쟁점 금원에 대하여 쟁점 세액공제를 적용받을 수 있다. 따라서 이 사건의 주된 쟁점은 이 사건 시스템의 개발이 구 조세특례제한법 제9조 제5 항에서 정한 과학기술활동에 해당하는지 여부이다.

2. 관련 규정 및 법리

• 가) 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 2009. 8. 20. 선고 2008두11372 판결 등 참조).나) 구 조세특례제한법 제10조 제1항 은 ’내국인이 각 과세연도에 연구ㆍ인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 해당 과세연도의 소득세 또는 법인세에서 공제한다‘고 규정하여 쟁점 세액공제 등에 관하여 정하고 있고, 같은 법 제9조 제2항 제1호는 ’연구ㆍ인력개발비‘의 의미를 ’연구개발 및 인력개발에 필요한 비용(새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 연구개발의 경우 자체 연구개발에 필요한 비용만 해당한다) 중 대통령령으로 정하는 비용‘으로 정의하고 있다. 그 위임에 따른 구 조세특례제한법 시행령 제8조 제1항 본문은 “법 제9조 제2항 제1호에서 ’대통령령으로 정하는 비용‘이란 법 제9조 제5항에 따른 연구개발 및 인력개발을 위한 비용으로서 별표 6(이하 ’이 사건 별표‘라 한다)의 비용을 말한다”라고 규정하고, 구 조세특례제한법 제9조 제5항 은 ’연구개발은 과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동과 새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 활동을 말하고, 그 구체적인 범위는 대통령령으로 정한다‘고 규정하고 있다.
• 다) 이 사건 별표 제1호는 구 조세특례제한법 제10조 제1항, 제9조 제2항 제1호의 위임에 따라 쟁점 세액공제의 적용대상이 되는 연구개발비(이하 ’적격 연구개발비‘라 한다)의 범위를 ’자체연구개발‘과 ’위탁 및 공동연구개발‘로 나누어 규정하고 있는데, ① 자체연구개발의 경우에는 (가)목에서 연구개발 등을 위한 기획재정부령으로 정하는 연구소 또는 전담부서(이하 ’전담부서 등‘이라 한다)에서 근무하는 직원 등의 인건비 등을 적격 연구개발비로 규정하고, ② 위탁 및 공동연구개발의 경우에는 (나)목에서 전담부서 등을 비롯하여 일정한 요건을 갖춘 기관(이하 ’위탁적격기관‘이라 한다)에 과학기술 분야의 연구개발용역 등을 위탁함에 따른 비용 및 이들 기관과의 공동연구개발을 수행함에 따른 비용을 적격 연구개발비로 규정하고 있다. 그 위임에 따른 구 조세특례제한법 시행규칙(2015. 3. 13. 기획재정부령 제478호로 개정되기 전의 것) 제7조 제1항 제1호는 이 사건 별표 제1호 (가)목에 따른 전담부서 등의 하나로 ‘ 기초연구진흥및 기술개발지원에 관한 법률 시행령 제16조 제1항 및 제2항에 따라 미래창조과학부장관의 인정을 받은 기업부설연구소 또는 연구개발전담부서’를 들고 있다. 구 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 시행령(2016. 9. 22. 대통령령제27506호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 기초연구법 시행령’이라 한다) 제16조는, 제1항 및 제2항에서 기업부설연구소와 연구개발전담부서의 인정기준으로 일정한 요건을 갖춘 ‘연구전담요원’ 및 ‘연구시설’을 갖출 것을 규정하고 있고, 제7항에서 연구전담요원의 자격기준은 미래창조과학부령으로 정한다고 규정하고 있다. 구 기초연구법 시행령 제2조 제6호 에서는 ‘연구시설’이란 ‘연구개발활동을 위하여 배타적으로 사용하는 독립된 연구공간과 연구개발활동에 직접 사용하는 연구 기자재 및 부대시설’을 말한다고 규정하고 있고, 구 기초연구법 시행령 제16조 제7항 의 위임에 따른 구 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 시행규칙(2016. 9. 23. 미래창조과학부령 제81호로 개정되기 전의 것) 제2조 제3항에서는 기업부설연구소 또는 연구개발전담부서의 연구전담요원은 ‘대학에서 기업의 연구개발활동과 관련된 자연계분야를 전공하였거나 해당 연구 분야에서 1년 이상 근무한 사람’ 등 일정한 자격기준을 갖추어야 한다고 규정하고 있다. 이렇듯 구 기초연구법 시행령 제16조 제1항 및 제2항에 따라 기업부설연구소 및 연구개발전담부서로 인정받기 위해서는 ’연구개발활동‘을 위한 연구시설과 연구전담요원을 갖추어야 하는데, 구 기초연구법 시행령 제2조 제5호 는 ’연구개발활동‘의 의미를 ‘과학기술 분야 등의 지식을 축적하거나 새로운 응용방법을 찾아내기 위하여, 축적된 창의적 지식을 활용하는 체계적이고 창조적인 활동으로서 새로운 제품 및 공정(工程)을 개발하기 위한 시제품(試製品)의 설계ㆍ제작 및 시험 등 사업화 전까지의 모든 과정’이라고 정의하고 있다. 이러한 쟁점 세액공제 관련 규정의 문언과 체계, 즉 구 조세특례제한법은 위탁연구개발의 경우 과학기술 분야의 연구개발용역 등을 전담부서 등 위탁적격기관에 위탁한 때에 한하여 그 연구개발에 따른 비용을 쟁점 세액공제의 적용대상인 적격 연구개발비로 인정하는데, 연구개발을 위한 전담부서 등의 인정기준은 구 기초연구법 시행령에서 규정하고 있는 점 등에 비추어 보면, 구 조세특례제한법 제9조 제5항 에서 정한 ‘연구개발’의 의미는 구 기초연구법 시행령 제2조 제5호 에서 정한 ‘연구개발활동’의 의미와 연계하여 이해할 필요가 있다. 종래 조세특례제한법은 쟁점 세액공제에 관하여 규정하면서도 연구개발의 의미에 관하여 별도의 정의규정을 두지 않다가, 2008. 12.26. 법률 제9272호로 개정되면서 연구개발에 관한 정의규정인 제9조 제5항을 신설하였는데, 당시 개정이유는 연구개발의 정의 및 쟁점 세액공제의 적용대상 비용의 범위를 국제적인 기준, 즉 OECD의 연구개발조사를 위한 표준지침인 프라스카티 매뉴얼(Frascati Manual)의 연구개발 개념에 맞게 정비하기 위한 것이었고, 프라스카티 매뉴얼에서 정한 연구개발의 정의가 구 기초연구법 시행령 제2조 제5호 의 내용과 매우 유사한 점도 이를 뒷받침한다.1) 따라서 구 조세특례제한법 제9조 제5항 에서 정한 ‘과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동’이란 ‘과학기술 분야의 지식을 축적하거나 새로운 응용방법을 찾아내기 위하여, 축적된 창의적 지식을 활용하는 체계적이고 창조적인 활동으로서 새로운 제품 및 공정을 개발하기 위한 시제품의 설계ㆍ제작 및 시험 등 사업화 전까지의 모든과정’을 의미한다고 보아야 한다.
• 라) 구 조세특례제한법이나 구 기초연구법 시행령은 ‘과학기술’에 관하여 별도의 정의규정을 두고 있지 않으므로, 원칙적으로 사전적인 정의 등 일반적으로 받아들여지는 의미를 존중하여야 한다. ‘과학’ 및 ‘기술’의 사전적 의미와 앞서 본 관련 규정의 내용 등을 종합하여 보면, 구 조세특례제한법 제9조 제5항 및 구 기초연구법 시행령 제2조 제5호 에서 정한 ‘과학기술’이란 ‘자연과학 및 이를 실제로 적용하여 사물을 인간 생활에 유용하도록 가공하는 수단’을 의미한다고 보아야 한다.
• 마) 연구개발은 그 속성상 기업의 수익 발생과 곧바로 이어지지 않는 경우가 많고 시행착오나 실패의 위험이 따르므로 결과의 불확실성이 내재되어 있다. 기업의 연구개발에 소요된 비용을 손금에 산입하는 것에서 더 나아가 구 조세특례제한법에서 쟁점 세액공제 제도를 둔 것은, 연구개발의 불확실성에 따른 시행착오나 실패로 인하여 기업이 부담하게 되는 손실에 대하여 세제 지원이라는 안전장치 또는 보상책을 마련함 으로써 연구개발에 대한 기업의 투자를 독려하고, 국민경제의 건전한 발전에 이바지함을 목적으로 한다. 따라서 연구개발, 그 중 과학기술활동에 해당하기 위해서는 과학적또는 기술적 불확실성을 체계적으로 해소하기 위한 활동이어야 한다. 결과의 불확실성 은 연구개발활동 자체에 내재된 속성이므로 위탁연구개발의 경우 위탁자뿐만 아니라 연구개발활동을 실제로 수행하는 수탁자의 입장에서도 결과의 불확실성이 있어야 연구 개발로 인정될 수 있다.바) 위와 같이 구 조세특례제한법 제9조 제5항 에서 정한 ‘과학기술활동’은 ‘과학적 또는 기술적 불확실성을 체계적으로 해소하여 과학기술 분야(자연과학 및 그 적용기술)의 진전을 이루기 위한 활동’을 의미하므로, 과학기술활동에 해당하는지 여부는 해당 연구개발활동의 목표와 결과 등을 종합적으로 고려하여 판단하여야 한다(대법원2024. 12. 24. 선고 2021두55203 판결 참조).

3. 판단 쟁점 세액공제의 경우 과세소득 자체에 부수되는 것이 아닐 뿐만 아니라 법인세과세가액결정에 예외적으로 영향을 미치는 특별한 사유에 속하므로 그 존재사실, 즉 쟁점 금원이 세액공제 대상이 되는 연구개발비에 해당한다는 점에 대한 증명책임은 납세의무자인 원고에게 있다(대법원 2008. 10. 23. 선고 2008두7830 판결, 대법원 2009.7. 9. 선고 2007두4049 판결 등 참조). 그런데 앞서 든 증거 및 갑 제7, 9, 18, 22호증 (가지번호 있는 것은 가지번호 포함)의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정들을 위 법리에 비추어 보면, 이 사건 시스템은 원고가 기존의 업무를 효율적으로 운영하고 더 나은 고객 서비스를 제공하기 위하여 그 당시의 정보기술 등을 활용하여 위탁개발한 것으로서, 원고가 제출한 증거들만으로는 이 사건 시스템의 개발이 과학적 또는 기술적 불확실성을 체계적으로 해소하여 과학기술 분야의 진전을 이루기 위한 것으로 구 조세특례제한법 제9조 제5항 에서 정한 과학기술 활동임을 인정하기에 부족하고 달리 이를 인정할 증거가 없으므로, 이와 같은 전제에서 이루어진 이 사건 처분은 적법하다. 따라서 원고의 주장은 이유 없다.

• 가) 이 사건 시스템의 개발이 과학적 또는 기술적 불확실성을 체계적으로 해소하기 위한 활동인지(1) 원고는 이 사건 시스템을 개발하기 위하여 수탁사인 한국@@@@과 ‘서비스 제공을 위한 $$$ 작업명세서’라는 제목의 계약(이하 ’이 사건 계약‘이라 한다)을 체결하였는데, 그 주요 내용은 다음과 같다. 제1조 작업명세서 작업명세서에는 고객에게 ‘POST 차세대 전행 아키텍처 설계 프로젝트(이하 프로젝트‘)를 제공하기 위하여 $$$이 수행할 서비스의 내용, 고객과 $$$의 책임, 프로젝트 추진 일정, 제공할 인도 품목,인수 조건, 완료조건, 변경관리 절차 등이 기술되어 있다. 제1항 프로젝트 작업 범위 작업명세서 하의 프로젝트 작업 범위는 다음과 같다. (생략) 제2조 $$$의 책임 제1항 프로젝트 관리 $$$은 작업명세서에 기술된 작업을 수행하며, 인도 품목이 적기에 인도되기 위해 필요한 프로젝트 관리 업무를 담당할 프로젝트 관리자를 임명한다. 제3조 인도 품목 작업명세서의 조건에 따라 아래에 명시된 인도품목을 고객에게 인도한다. (생략) 제4조 인수 및 프로젝트의 종료 제1항 인수 $$$은 작업명세서 제3조에 명시된 기계, 프로그램 및 자료를 명시된 인도시기에 따라 고객의 검수를 위하여 고객에게 제출하며, 고객은 5 영업일 이내에 검토하여 그 결과를 $$$에게 서면으로 통보한다. (생략) 제6조 예상 일정 POST 차세대 전행 아키텍처 설계는 프로젝트 착수 후 8개월 동안 수행하며, 이후 통합 논리 데이터 모델에 대한 지원을 4개월 동안 수행한다 부록 B. 지급 일정 2 차 중도금, 3차 중도금, 4차 중도금, 5차 잔금은 해당 청구일 2주 이전에 완료 예정된 산출물에 대한 검수 절차를 완료한 후 대금을 청구한다. 제2조 지급 조건 제4항 계약보증금
• 가. $$$은 작업명세서 체결 전까지 계약금액의 100분의 10 이상의 정액계약 보증금을 현금으로고객에게 납부하여야 한다. 다만, $$$은 고객을 피보험자로 하고 보증금액 이상의 정액보상특약 조항이 있는 이행보증보험증권을 고객에게 제출함으로써 현금납부에 갈음할 수 있다.
• 나. $$$이 작업명세서 상의 의무를 이행하지 않을 때에는 계약보증금은 고객에게 귀속된다. 제6항 지체상금
• 가. 제6조에 명시된 프로젝트 종료 기한 내에 $$$의 사유로 납품하지 못할 경우 매 지체일수마다 1000분의 2.5에 해당하는 율을 계약금액에 곱하여 산출한 금액(이하 ‘지체상금’)으로 고객에게 현금으로 납부하여야 한다. (생략) 부록 C. 인도자료 검수절차 C-1: 인도자료 검수절차 각 인도 자료는 다음 절차에 따라 검토 및 검수를 받는다. a. 인도 자료의 초안 사본 1부를 고객 프로젝트 관리자에게 제출한다. (생략) b. 사본을 받은 날로부터 5 영업일 내에, 고객 프로젝트 관리자는 인도 자료를 검수하거나 또는 $$$ 프로젝트 관리자에게 서면으로 수정 요청 목록을 제공한다. $$$이 고객 프로젝트 관리자로부터 5 영업일 내에 아무런 응답을 받지 못하면 인도 자료는 검수된 것으로 간주되고 $$$은 이에 근거하여 해당 서비스 및 인도 자료에 대해 대금을 청구할 수 있다. c. $$$ 프로젝트 관리자는 고객의 상기 시한 내 수정 요청이 있을 경우 이에 대해 $$$의 의무범위 내에서 검토한다. d. $$$이 동의한 고객 수정 요청이 수행되고, 인도 자료가 고객 프로젝트 관리자에게 다시 제출된 때에 인도 자료는 검수된 것으로 간주되고 $$$은 이에 근거하여 해당 서비스 및 인도 자 료에 대해 대금을 청구할 수 있다.

(2) ① 이 사건 계약은 계약기간을 8개월의 확정기한으로 정하였고, 만약 한국@@@@@이 그 기한 내에 이 사건 시스템을 납품하지 못할 경우 원고에게 지체상금을지급할 의무가 있었던 점(위 계약서 제6조, 부록 B. 제2조 제6항), ② 원고는 작업명세서를 통하여 $$$이 수행할 서비스의 내용, 원고와 $$$의 책임, 이 사건 시스템의 개발일정, $$$이 원고에게 제공할 인도 품목, 인수 조건, 완료조건, 변경관리 절차 등을 구체적으로 정한 점(위 계약서 제1조), ③ 위 작업명세서는 $$$이 이 사건 시스템을 개발하기 위하여 수행할 작업을 1. 데이터 모델링 영역, 2. 데이터 표준화 영역, 3. 데이터 거버넌스 영역, 데이터 관리 시스템 재구축 영역 등 총 4개의 영역으로 세분화하여정한 점(위 계약서 제1조 제1항) 등에 비추어 보면, 이 사건 계약 체결 당시에는 이 사건 시스템의 개발과 관련하여 이미 상세한 계획이 수립되어 있었고, 원고나 한국$$$$의 입장에서 이 사건 시스템의 개발이 전면적으로 실패할 가능성이 크지 않았던 것으로 보인다.

(3) ① 한국@@@@은 총 8개월에 걸쳐 이 사건 시스템을 개발하였고 원고는 매 2개월마다 한국@@@@의 용역업무 수행과정을 검수하였으며 한국@@@@은 원고의 검수가 완료된 이후에 중도금 및 잔금을 청구할 수 있었던 점(부록 B. 제1조, 부록C. C-1), ② 한국@@@@은 원고에게 이 사건 계약의 이행을 보증하는 계약보증금을 지급하여야 하고(부록 B. 제2조 제4항), 이 사건 시스템의 개발과 관련하여 수행한 용역업무의 최종 결과물을 원고에게 제출하여야 하며, 원고는 그 결과물을 검수하여 한국@@@@에 수정을 요구할 수 있고 한국@@@@은 이를 이행하여야 원고에게 대금을 청구할 수 있는 점(부록 C. C-1.) 등에 비추어 보면, 이 사건 시스템의 개발 과정에서 발생할 수 있는 시행착오나 실패에 따르는 손실 대부분은 원고가 아닌 한국@@@@이 부담하였다.

(4) 이 사건 시스템과 유사한 성질을 갖는 금융기관의 차세대시스템 개발이실패하거나 지연된 사례가 존재하기는 하나, 원고가 제출한 언론보도(갑 제24호증) 내용에 의하더라도 그 실패의 주된 원인은 대규모 프로젝트 경험의 부족, 프로젝트 요구사항에 대한 분석의 미비, 발주처의 추가 개발 요구, 프로젝트 일정 관리의 소홀, 인력수급의 어려움, 자본시장법 등 법·제도의 변화, 카드 승인시스템의 오류, 서버 용량의 부족 또는 메인프레임 용량 계산의 착오 등으로 연구개발활동 자체에 내재된 과학적또는 기술적 불확실성과 큰 관련이 없고, 실패의 위험이나 비효율을 감수한 활동을 전제로 하는 연구개발비 세액공제제도의 근본 취지와 다소 거리가 있다.

(5) 조세법률주의 원칙상 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하고 합리적 이유없는 확장해석이나 유추해석은 허용되지 않으나 법규 상호간의 해석을 통하여 그 의미를 명백히 할 필요가 있는 경우에는 조세법률주의가 지향하는 법적 안정성 및 예측가능성을 해치지 않는 범위 내에서 입법취지 및 목적 등을 고려한 합목적적인 해석을 하는 것은 허용되는바(대법원 2017. 9. 7. 선고 2016두35083 판결 등 참조), 구 조세특례제한법 제9조 제5항 이 정하는 ‘연구개발’의 정의(과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동과 새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 활동)는 다소 추상적이어서 법규 상호간의 해석을 통하여 그 의미를 명백히 할 필요가 있고, 앞서 살펴본 구 조세특례제한법의 규정 체계 및 개정 취지에 비추어 볼 때 이 사건 시스템의 개발이 구 조세특례제한법상 연구개발활동에 해당하는지 여부를 판단함에 있어 구 기초연구법 시행령 제2조 제5호 의 규정 및 OECD 표준지침인 프라스카티 매뉴얼에 명시된 연구개발의 개념을 일부 참고하는 것이 조세법률주의에 위반된다고 볼 수 없다.

• 나) 이 사건 시스템의 개발이 과학기술 분야의 진전을 이루기 위한 활동인지

(1) 아래와 같은 이 사건 시스템의 구축배경, 구축목표, 기대효과, 주요 기능,구 시스템과 대비한 이 사건 시스템의 개선사항 등에 비추어 보면, 원고는 이 사건 시스템을 개발하기 이전에 이미 한차례 차세대 시스템을 개발한 사실이 있으나 IT 기술의 발달로 인하여 변화된 환경에서 새로운 시스템이 필요해지자 이 사건 시스템의 개발을 재차 추진하였고, 한국@@@@은 그 당시의 기술과 노하우 등을 활용하여 원고의 구체적인 요구사항과 실정에 맞추어 이 사건 시스템을 개발한 것으로 보인다. 즉, 이 사건 시스템은 원고가 IT 기술을 활용함으로써 보다 효율적이고 신속한 업무수행을 도모하고 서비스의 질을 향상시켜 더 많은 수익을 창출하기 위한 것으로서, 그 목표와 결과 등에 비추어 볼 때 과학기술(자연과학 및 이를 실제로 적용하여 사물을 인간 생활에 유용하도록 가공하는 것) 분야의 진전을 이루기 위한 활동으로 볼 수 없다. (가) 이 사건 시스템의 구축배경(갑 제6호증) 지난 2004년 차세대시스템을 가동한 이후 당행 외형의 급속한 성장과 차별화된 고객서비스 제공요구 증가, 금융지주 전환 대비, 스마트폰과 같은 새로운 IT환경의 등장은 유연하고 차별화된 IT시스템을 통해 은행의 지속적인 성장 지원을 위한 기반마련을 요구하고 있음. (나) 이 사건 시스템의 구축목표(갑 제6호증) ◯ IT기반 서비스 차별화

• 영업지원 강화를 위한 Smart IT환경 구축

• 차별화된 실시간 마케팅정보 및 경영정보의 제공

• 융·복합 상품 등 진화된 상품 판매 시스템 구현 ◯ 사용자 편의성 강화

• 사용자 경험 중심 단일화면 기반 구축

• 신 채널을 활용한 대 고객서비스 제공 기반 구축

• 정보 조회 및 활용체계의 단순화 ◯ 시스템 유연성 확보

• 비즈니스 허브 구현을 통한 시스템 유연성 확보

• 지주사 지원을 위한 확장성 확보

• 개방형 플랫폼 도입 (다) 이 사건 시스템의 기대효과(갑 제6호증) ◯ 고객

• 다양한 채널을 통한 서비스의 일원화로 고객 편리성 증대

• 고객별 분석정보를 기반으로 한 차별화된 고객별 맞춤 서비스를 제공 ◯ 영업점

• 복잡한 여러 거래를 하나의 화면에서 처리

• 실시간 정보제공 확대 및 교차판매 지원으로 마케팅 역량 제고

• 개선된 사용자 중심 업무환경 제공 ◯ 본부

• 정보 일관성 및 정합성 유지에 따른 신속, 정확한 정보 제공

• 다양한 은행정보의 조회 및 활용환경 획기적 개선 ◯ IT

• 다양한 비즈니스 환경 변화에 대응을 위한 유연한 IT체계 마련

• 계정 플랫폼의 Open환경 전환으로 개발환경 개선 및 운영비용 절감 (라) 이 사건 시스템의 주요 기능(원고의 2021. 7. 26. 자 준비서면) 고객이 평소 관심을 보였던 상품 정보를 체계적으로 관리하여 추후 유사상품이 출시되는 경우 적시에 고객에게 이를 권유함

• 최근 3개월간 신규 가입 비율이 높은 상품유형을 자동으로 분석하여 고객에게 최적의 정보를 제공함

• 최근 출시되어 은행이 전략적으로 판매하고자 하는 상품을 고객에게 제시함

• 다양한 채널의 실시간 정보를 기반으로 고객의 요구사항을 신속하게 파악하고 이를 반영한 고객맞춤 상품을 경쟁력 있는 가격에 제공함

• 개인여신, 개인수신, 개인카드, 기업여신, 기업수신, 기업카드, 방카, 국내펀드, 해외펀드 등의 업무를 통합적으로 관리함

• 개인의 생애주기 또는 기업의 성장단계별로 맞춤형 상품을 개발하여 제시함

• 보이스피싱 범죄 관련 계좌의 신속한 지급정지, 피해자 구제신청 통합관리, 보이스피싱 범죄의통합관리 (마) 구 시스템과 대비한 이 사건 시스템의 개선사항(갑 제9호증)

• 통합 업무화면 제공 → 신속한 업무처리 지원

• 거래 통합 및 자동화 처리 → 간편한 업무처리 지원

• 실시간 마케팅 수행 및 상담판매 프로세스化 → 마케팅 고도화

• 여신업무 프로세스 통합 → 효율적, 일관적인 여신업무 가능

• 획기적인 대량처리 업무시간 단축 → 고객 만족도 향상

• 신속한 상품 개발 지원

• 마케팅 수행 지원 및 실시간 분석정보 제공 강화

• 본부 업무의 간소화 및 업무처리 시간 단축

3. 시스템 유연성 확보를 통한 선도 은행시스템 구축

• 시스템 단일 기술구조 구현

• 유연한 시스템 구조 확보

• 온라인시스템 상시 안정적 운영체계 마련

• 타행 POST 차세대의 구축 참조 모델

(2) 원고는 이 법원에 이르러 이 사건 시스템의 개발이 창의적이고 체계적인연구개발에 해당한다는 취지의 전문가 보고서(갑 제26호증)를 제출하였으나, ① 위 보고서는 차세대 시스템 전반에 관한 일반적인 내용이 주를 이루고 이 사건 시스템 자체의 특성에 관한 검토는 다소 부족한 점, ② 이 사건 시스템의 개발에 어떤 불확실성이 내재되어 있었고 이 사건 시스템의 개발로 과학기술 측면에서 어떤 진전이 이루어졌는지에 관한 구체적인 내용이 나타나 있지 않은 점, ③ 일부 구체적인 검토가 이루어진 부분은 원고의 주장 및 원고가 기존에 제출한 증거들과 대동소이하고 그러한 검토 의견을 뒷받침할 만한 객관적인 근거가 첨부되어 있지 아니하여 작성자 개인의 주관적인 견해로 볼 여지가 많은 점 등에 비추어 보면, 위 보고서만으로는 원고의 주장 사실을 인정하기에 부족하다.

(3) 한편, 원고가 주장하는 바와 같이 연구개발에 해당하기 위하여 특허의 요건인 ‘신규성’과 ‘진보성’까지 갖추어야 하는 것은 아니라고 하더라도, 프라스카티 매뉴얼에 제시된 은행과 보험 분야의 연구개발 사례들[① 재무위험도 분석과 관련된 수학적 연구, ② 신용정책을 위한 리스크 모델 개발, ③ 홈뱅킹을 위한 신규 소프트웨어의개발연구, ④ 신규 유형의 계좌 및 은행 서비스 창출을 목적으로 한 소비자 행위 조사기법 개발, ⑤ 보험계약에서 고려되어야 하는 신규 위험이나 위험의 새로운 특징을 파악하기 위한 연구, ⑥ 새로운 유형의 보험(건강, 연금 등)에 영향을 미치는 사회현상연구, ⑦ 전자뱅킹, 보험, 인터넷 서비스 및 전자상거래 응용에 대한 연구개발(예를 들어 비흡연자에 대한 보장내역에 영향을 미치는 사회현상 탐구), ⑧ 새로운 혹은 근본적으로 개선된 금융서비스와 관련된 연구개발(예를 들어 계좌, 대출, 보험, 저축상품의 새로운 개념 등)]은 모두 기존의 기술과 차별화되는 독창성과 신규성을 주된 특징으로 하고 있고, 이와 달리 이미 알려진 방법들이나 기존 소프트웨어 도구를 이용한 기업용응용소프트웨어나 정보시스템의 개발 등과 같이 과학적 혹은 기술적 진보나 기술적 불확실성의 해결을 포함하지 않는 통상적 성격의 소프트웨어 관련 활동은 연구개발에 포함되지 않는다고 하였다. 그런데 앞서 든 각 증거에 의하여 인정되는 다음 사정들 즉, ① 이 사건 시스템은 그와 유사한 시기에 다수의 금융기관 및 보험사들이 위탁개발방식으로 개발한 차세대 시스템들과 크게 다르지 않은 역할을 수행하는 점, ② 이 사건시스템은 이를 구축하기 위한 개별적인 솔루션(비즈니스 또는 고객의 문제점을 해결할수 있는 제품이나 서비스의 조합)이 이미 개발되어 있는 상태에서 축적된 경험을 이용하여 개별 솔루션들을 조합하고 연계하는 과정[이른바 Customizing(커스터마이징)]을 통해 만들어진 결과물인 점 등을 고려할 때, 이 사건 시스템의 개발은 과학적 혹은 기술적진보나 기술적 불확실성의 해결을 포함하지 않는 통상적 성격의 소프트웨어 관련 활동이라고 판단된다.

(4) 설령 이 사건 시스템의 위탁개발로 인하여 기존에 수립된 원고의 업무 절차, 시스템 및 서비스의 주요한 개선이 이루어졌다고 하더라도, 이는 원고가 영위하는은행업 분야에서 새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 활동에 해당할여지가 있을 뿐인데, 서비스 활동의 위탁연구개발비는 쟁점 세액공제의 적용대상이 아니다.

• 나. 이 사건 예외규정의 적용 여부 구 조세특례제한법 제9조 제2항 제1호 는 ‘연구․인력개발에 필요한 비용 중 대통령령으로 정하는 비용’을 연구개발비로 규정하고 있고, 그 위임을 받은 구 조세특례제한법 시행령 제8조 제1항 [별표 6]은 세액공제의 대상이 되는 연구개발비를 구체적으로 규정하고 있다. 따라서 구 조세특례제한법 제9조 제5항 이 규정한 과학기술 활동이나 서비스 활동의 요건을 충족한다 하더라도 구 조세특례제한법 시행령 제8조 제1항 [별표 6]에 부합하지 않는 비용은 세액공제의 대상이 될 수 없다. 그런데 이 사건 예외규정은 ‘ERP 등 시스템’ 개발을 위한 위탁비용은 연구·인력개발비 세액공제 대상에서 제외한다고 정하고 있으므로 ERP 자체는 물론 그와 유사한시스템 또한 이 사건 예외규정에 의하여 세액공제 대상에서 제외되는데, 구 조세특례제한법 제5조의2 제1호 는 ERP를 ‘구매·설계·건설·생산·재고·인력 및 경영정보 등 기업의 인적·물적 자원을 전자적 형태로 관리하기 위하여 사용되는 컴퓨터와 그 주변기기,소프트웨어, 통신설비, 그 밖의 유형·무형의 설비’라고 정의하고 있다. 이 사건 예외규정의 개정 연혁 및 입법 취지를 비롯하여 앞서 든 증거의 각 기재및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정들을 종합하여 보면, 이 사건 시스템은 원고의 인적·물적 자원을 전자적 형태로 관리하여 원고의 업무수행을 효율화하기 위하여 사용되는 소프트웨어의 일종으로서 이 사건 예외규정에 의하여 세액공제 대상에서 제외되는 ERP 또는 그와 유사한 시스템에 해당한다. 따라서 설령 이사건 시스템의 개발이 과학기술 활동에 해당한다고 하더라도 쟁점 금원은 이 사건 예외규정에 의하여 쟁점 세액공제 대상에서 제외된다.

1. 이 사건 예외규정이 도입되기 이전에는 금융․보험업을 영위하는 법인의 ERP에 대한 연구개발비 세액공제를 인정하는 과세관청의 유권해석 사례가 있었으나, 2009년경부터 금융․보험업 이외의 다른 사업을 영위하는 법인에 대하여 전사적 기업자원관리설비가 연구개발비 세액공제의 대상이 되지 않는다는 유권해석이 나오기 시작하였고, 2010. 2. 18. 대통령령 제22037호로 개정된 조세특례제한법 시행령은 이 사건 예외규정을 도입하여 모든 업종의 ‘전사적 기업자원 관리설비 등 시스템 개발을 위한 위탁비용’을 세액공제 대상에서 제외하였다. 국세청이 발간한 ‘개정세법 해설’에 의하면 위 시행령의 개정 취지는 “ERP 등시스템개발 위탁비용이 제외된다는 것을 ‘명문화’하였다”는 것이고, 기획재정부가 발간한 ’2010년 세제개편 주요내용‘에 의하면 ‘ERP 도입비용에 대하여는 명확한 규정이 없어 실무상으로는 위탁 R&D 비용의 일종으로 해석하여 운용해 왔으나, ERP 도입비용은 소프트웨어 구입비용의 일종인 단순 자산취득비용으로서 R&D 비용으로 보기 곤란하고, ERP 위탁비용은 생산성향상투자세액공제(2010. 12. 27. 법률 제10406호로 개정되기 전의 구 조세특례제한법 제24조 제1항 제4호)의 적용 대상이므로 R&D 세액공제대상으로 보는 경우 중복지원 결과를 초래하게 되어 이를 세액공제 대상에서 제외한다’는 것이다.

2. 2000. 12. 29. 법률 제6297호로 개정되어 2001. 1. 1. 시행된 조세특례제한법 제24조 제1항 은 전사적 기업자원 관리설비(제4호), 전자상거래설비(제5호)2)를, 2002. 12.11. 법률 제6762호로 개정되어 2003. 1. 1. 시행된 조세특례제한법 제24조 제1항 은 공급망관리 시스템설비(제6호), 고객관계관리 시스템설비(제7호)3)를 각 세액공제의 대상이 되는 생산성향상시설로 추가하였는데, 위 법률 제6762호의 개정 취지는 ‘ERP(전사적 기업자원 관리설비)와 유사한 정보화투자인 SCM(공급망관리 시스템설비), CRM(고객관계관리시스템설비)을 동일하게 세제지원하여 생산성 및 투명성을 제고’하기 위함이었다.

2010. 12. 27. 법률 제10406호로 개정되기 전의 조세특례제한법 제24조 는 생산성 향상시설로 전사적 기업자원 관리설비(제4호), 전자상거래설비(제5호), 공급망관리시스템설비(제6호), 고객관계관리 시스템설비(제7호), 구매․주문관리․수송․생산․창고운영․재고관리․유통망 등 물류 프로세스를 전략적으로 관리하고 효율화하기 위하여 사용되는 컴퓨터와 그 주변기기, 소프트웨어, 통신설비, 그 밖의 유형․무형의 설비로서 감가상각 기간이 2년 이상인 설비(제8호), 내국인이 고용하고 있는 임원 또는 사용인이 보유하고 있는 지식을 체계화하고 공유하기 위한 지식관리시스템 등 대통령령으로 정하는 시스템(제9호) 등에 투자하는 경우에 대한 세액공제를 규정하고 있었는데,2010. 12. 27. 법률 제10406호로 개정되면서 제4호와 제5호가 삭제되었다. 위 개정 취지는 ‘전사적 기업자원 관리설비 및 전자상거래설비는 2001년 지원대상에 포함되어 금융․유통․제조업 등에 상용화된 설비이므로 지원 목적이 달성되어 지원을 중단’한 것이다.

3. 2019. 2. 12. 대통령령 제29527호로 개정되기 이전의 구 조세특례제한법 시행령 제9조 제1항 제2호 는 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제에 관한 사항을 정하면서 ‘전사적 기업자원 관리설비 등 시스템 개발을 위한 위탁비용은 제외한다’는 괄호 규정을 두고 있었는데, 2019. 2. 12. 대통령령 제29527호로 개정된 구 조세특례제한법 시행령 제9조 제1항 제2호 에서는 위 괄호 규정이 ‘전사적 기업자원 관리설비, 판매시점 정보관리 시스템 설비 등 기업의 사업운영ㆍ관리ㆍ지원 활동과 관련된 시스템 개발을 위한 위탁비용은 제외한다’로 개정되었는바, 구 조세특례제한법 제5조의2 제1호 의 정의규정에 같은 법 시행령의 위와 같은 개정 연혁을 더하여 보면, ‘ERP 등 시스템’이란 구매·설계·건설·생산·재고·인력 및 경영정보 등 기업의 사업운영ㆍ관리ㆍ지원 등에 필요한 각종 인적·물적 자원을 전자적 형태로 관리할 수 있는 유형·무형의 설비를 폭넓게 지칭하는 것으로 볼 수 있고, 이와 같은 시스템을 위탁 및 공동연구개발한 경우에는 그에 관한 연구 및 인력개발비를 세액공제의 대상에서 배제하겠다는 것이 입법자의 의사이다.

4. 한편, ’2010년 세제개편 주요내용‘에 나타난 이 사건 예외규정의 개정이유 중 ‘ERP 위탁 도입비용은 Software 구입비용의 일종인 단순 자산취득행위로서 R&D 비용으로 보기 곤란하다’는 기재는 이 사건과 같이 ERP 등 시스템을 스스로 개발하지 아니하고 수탁업체에 비용을 지급하고 그 개발을 위탁하는 것은 단순한 자산취득행위와 마찬가지이고 그 과정에서 지출한 ERP 위탁 도입비용은 Software 구입비용의 일종이므로 이를 연구개발비로 볼 수 없다는 취지로서, 이미 완성된 시스템을 구입한 것이 아니라 각 기업의 구체적인 요구사항과 실정을 반영한 맞춤형 시스템을 새로 개발한 경우에도 그 개발을 수탁업체에 위탁한 경우에는 모두 이 사건 예외규정이 적용된다고할 것이다.

5. 이 사건 시스템의 구축배경, 구축목표, 기대효과, 주요 기능, 구 시스템과 대비한 이 사건 시스템의 개선사항 등에 비추어 보면, 이 사건 시스템은 IT 기술을 도입하여 원고가 관리하는 자원(정보)을 통합․연계하여 원고 직원들의 업무수행을 효율화하고 고객들에게 더 나은 맞춤형 서비스를 제공할 수 있도록 한 것이지, 원고가 종래에 전혀 수행하지 못하던 업무를 수행할 수 있게 하거나 원고가 은행업 업무를 처리하는 메커니즘에 근본적인 변화를 가져온 것은 아니다.

• 다. 소결 이 사건 시스템 개발은 과학기술 활동에 해당하지 않고, 설령 이에 해당한다고 하더라도 이 사건 예외규정으로 인해 쟁점 세액공제의 대상에서 제외된다. 따라서 원고의 주장은 세액공제액에 관한 쟁점에 나아가 더 살필 것 없이 이유 없다.

그렇다면 이 사건 소 중 이 사건 추가청구 부분은 부적법하여 각하하고, 원고의 나머지 청구는 이유 없어 기각하여야 한다. 제1심판결은 이와 결론을 같이하여 정당하므로 원고의 항소는 이유 없어 이를 기각한다.