세액공제 대상이 되는 과학기술활동에 해당하기 위해서는 그것이 과학적 또는 불확실성을 체계적으로 해소하기 위한 활동이어야 하고, 결과의 불확실성은 연구개발활동 자체에 내재된 속성이므로 위탁연구개발의 경우 위탁자뿐만 아니라 연구개발활동을 실제로 수행하는 수탁자의 입장에서도 결과의 불확실성이 있어야 함

사 건 서울고등법원2020누43281 법인세경정청구거부처분취소 원 고 주식회사 A 피 고 BB세무서장 변 론 종 결

2025. 9. 25. 판 결 선 고

2025. 10. 16.

1. 원고의 항소를 기각한다.

2. 항소비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 및 항 소 취 지 제1심판결을 취소한다. 피고가 20XX. X. XX. 원고에 대하여 한 20XX 사업연도 법인세 X원, 20XX 사업연도 법인세 X원의 환급을 구하는 경정거부 처분을 각 취소한다(원고가 이 법원에서 위와 같이 청구취지를 감축함으로써 항소취지도 동일한 범위 내에서 감축되었다).

1. 제1심판결의 인용 원고의 항소이유는 제1심에서의 주장과 크게 다르지 않고, 제1심법원이 적법하게 채택하여 조사한 증거들과 이 법원이 추가로 조사한 증거들을 원고의 주장에 비추어 다시 살펴보더라도 제1심의 사실인정과 판단은 정당한 것으로 인정된다. 이 법원이 이 사건에 관하여 적을 이유는, 제1심판결의 이유에 아래와 같은 기재를 추가하는 외에는 제1심판결의 이유와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 따라 별지와 약어 포함하여 이를 그대로 인용한다.

○ 12면 9행과 10행 사이에 아래와 같은 기재를 추가한다. 이에 대하여 원고는, 이 사건 시스템의 자체적인 연구개발 과정에서 원고 명의로 3건의 특허를 출원·등록하였는데 이는 이 사건 시스템이 유통업계에서 신규성과 진보성을 갖추었음을 보여주므로 이 사건 시스템의 개발이 구 조세특례제한법 제9조 제5항 에서 정한 과학기술 활동에 해당한다고 주장한다. 살피건대, 구 조세특례제한법 제9조 제5항 에서 정한 ‘과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동’, 즉 과학기술 활동이란 과학기술 분야의 지식을 축적하거나 새로운 응용방법을 찾아내기 위하여, 축적된 창의적 지식을 활용하는 체계적이고 창조적인 활동으로서 새로운 제품 및 공정을 개발하기 위한 시제품의 설계·제작 및 시험 등 사업화 전까지의 모든 과정을 의미한다고 보아야 한다. 연구개발은 그 속성상 시행착오나 실패의 위험이 따르므로 결과의 불확실성이 내재되어 있다. 기업의 연구개발에 소요된 비용을 손금에 산입하는 것에서 더 나아가 쟁점 세액공제 제도를 둔 것은, 연구개발결과의 불확실성에 따른 시행착오나 실패로 인하여 기업이 부담하게 되는 손실에 대하여 세제 지원이라는 안전장치 또는 보상책을 마련함을 목적으로 한다. 따라서 연구개발, 그중 과학기술 활동에 해당하기 위해서는 그것이 과학적 또는 기술적 불확실성을 체계적으로 해소하기 위한 활동이어야 한다. 결과의 불확실성은 연구개발활동 자체에 내재된 속성이므로 위탁연구개발의 경우 위탁자뿐만 아니라 연구개발활동을 실제로 수행하는 수탁자의 입장에서도 결과의 불확실성이 있어야 연구개발로 인정될 수 있다. 결국 구 조세특례제한법 제9조 제5항 에서 정한 과학기술활동에 해당하는지 여부는 해당 연구개발활동의 목표와 결과 등을 종합적으로 고려하여 판단하여야 한다(대법원 2024. 12. 24. 선고 2021두55951 판결 등 참조). 위와 같은 법리를 바탕으로 제1심 및 이 법원에 제출된 증거들은 원고 주장과 함께 다시 살펴보더라도, 이 사건 시스템은 원고의 기존 업무를 보다 효율적으로 처리하고 더 나은 고객 서비스를 제공하기 위하여 그 당시의 정보기술 등을 활용하여 주식회사 XXXX 등 수탁업체에 위탁개발한 것으로 보이고, 그 목표와 결과 등에 비추어 볼 때 이 사건 시스템의 위탁개발이 과학적 또는 불확실성을 체계적으로 해소하여 정보기술 등 과학기술 분야의 진전을 이루기 위한 활동으로 보기는 어렵다. 이는 원고가 취득한 특허의 내용(갑 제7 내지 9호증)을 고려하더라도 마찬가지이다. 원고의 위 주장은 받아들일 수 없다.

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하여야 한다. 제1심판결은 이와 결론을 같이 하여 정당하므로, 원고의 항소를 기각하기로 한다.