비영리법인의 고유목적사업 등에 대한 지출금은 비용으로 볼 수 없음

사 건 2020누42325 법인세경정거부처분취소 원 고 aaaaaaaaa 피 고

○○세무서장 변 론 종 결

2020. 9. 25. 판 결 선 고

2020. 10. 30.

1. 제1심판결을 취소한다.

2. 원고의 청구를 기각한다.

3. 소송 총비용은 원고가 부담한다. 청구취지 및 항소취지

피고가 2014. 5. 15. 원고에 대하여 한 2010 사업연도 법인세 374,972,628원에 대한 경정청구 거부처분을 취소한다.

주문과 같다.

이 법원이 이 부분에 관하여 적을 이유는 제1심 판결문 제2쪽 제19행의 “손금손입”을 “손금산입”으로 고치는 외에는 해당 부분의 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 따라 이를 인용한다.

• 가. 원고의 주장 요지

1. 주위적 주장 원고가 회원들로부터 납부받는 부담금은 이 사건 부가금 지급의 전제가 되고, 이 사건 부가금의 경제적 실질은 차입금의 이자에 해당한다. 이 사건 부가금의 재원은 원고가 회원들로부터 받은 부담금의 운용수익이고, 원고가 회원들에게 지급하여야 하는 이 사건 부가금은 부담금의 운용수익에 대응하는 비용으로서 부담금 운용수익과 부가금은 수익․비용 대응의 관계에 있으므로, 수익사업의 손금에 해당한다. 이 사건 부가금 지급비용은 수익(부담금 운용수익)과 관련된 손비이면서 동시에 비수익사업(고유목적사업)의 지출로서의 성격을 띠고 있는바, 소득과세의 원칙상 수익과 관련된 손비의 공제를 부인할 수 없다. 따라서 이와 다른 전제에서 이루어진 이 사건 거부처분은 위법하다.

• 나) 예비적 주장 ⑴ 이 사건 부가금의 지급은 공제사업(보험의 성격)의 일종인 급여사업(사고나 경사가 발생할 것을 요건으로 하여 일정 금액을 지급하는 것으로서 법인세법 시행령 제2조 제1항 제5호 나목의 비수익사업)에 해당하지 아니하고, 단지 부담금 예치의 대가로 지급되는 이자에 불과한 것이므로, 원고의 수익사업의 손금으로 산입되어야 한다. ⑵ 원고는 회원들로부터 적립금으로 부담금을 납입받아 이를 운용하여 얻은 수익금으로 기금을 조성하고 해당 기금을 회원들에게 지급하는 방식으로 공제업을 운영하였는바, 원고의 부담금 운용은 기금(수익금)을 마련하는 행위로 기금조성사업에 해당한다. 따라서 부담금 운용수익은 원고의 수익사업이 아니라 고유목적사업인 기금조성사업의 수익에 해당한다고 보아야 하므로 법인세 과세대상에서 제외되어야 하고, 이를 수익사업의 익금으로 보아 과세한 것은 위법하다.
• 나. 관계 법령 이 법원이 이 부분에 관하여 적을 이유는 제1심 판결문 이유 중 해당 부분의 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 따라 이를 인용한다.
• 다. 인정사실

1. 원고는 회원들로부터 수취한 퇴직급여 부담금, 한아름목돈예탁 부담금 등을 재원으로 각종 금융상품이나 부동산 등에 투자하고 이로써 얻는 수익으로 회원들에게 부가금을 지급하는 급여사업을 하여 왔고, 그 구체적 내용은 아래와 같다. 퇴직급여의 경우, 원고의 회원으로 가입할 수 있는 자가 가입신청을 하고 최초의 부담금을 납입하면 원고의 회원이 되는데(정관 제5조), 회원은 부담금 납부의무를 부담하고 급여 및 기타 이익을 받을 권리를 갖게 되고(정관 제6조 제1항, 제2항), 100구좌이내에서 원하는 구좌수를 선택하여 1구좌당 매월 10,000원의 부담금을 납입하여야 하며(정관 제36조, 제37조), 회원이 퇴직을 하면 그동안 납부한 부담금에 퇴직급여율로 부리한 부가금을 더하여 계산한 퇴직급여금을 지급받게 되고(정관 제26조 제2항 제1호가목, 공제금 급여규정 제7조 제1항), 회원이 탈퇴, 제명, 계속하여 6개월 이상 부담금을 납부하지 아니한 때에는 중도탈퇴자의 지급률을 적용한 퇴직급여금을 지급받게 된다(정관 제31조, 정관 제7조 제2, 3, 4호, 공제금 급여규정 제2항).한아름목돈예탁급여의 경우, 원고의 회원이거나 회원이었다가 퇴직한 자가 가입신청을 하고 부담금을 납입하면 한아름목돈예탁급여의 회원이 되는데(정관 제26조 제2항제3호, 한아름목돈예탁급여규정 제4조, 제5조 제1항), 회원은 100만 원에서 5억 원 범위 내에서 100만 원 단위로 가입금액을 정하여 일시 납입하고(한아름목돈예탁급여규정제6조, 제7조), 만기지급식의 경우 만기지급일에 부담금과 부가금을 일괄하여 지급받게 되는데 이때 부가율은 국제결제은행기준 자기자본비율순으로 상위 3개 시중은행의 1년만기 정기예금 기본금리의 평균에 1.0%P를 더한 율 이상으로 하며(한아름목돈예탁급여규정 제8조 제1항 제3호, 제15조 제1항), 회원이 만기일 이전에 중도해지한 경우에는납부한 부담금에 중도해지 시의 지급률을 적용한 부가금을 가산한 급여금을 지급받게된다(한아름목돈예탁급여규정 제12조).

2. 원고는 2010 사업연도에 회원부담금 3,557,210,520,351원을 자본금으로, 지급준비금 1,134,870,682,730원을 부채로 각 회계처리(재무상태표)하였고, 원고의 2010 사업연도 지급준비금 전입액(고유목적사업준비금 전입액)은 2010 사업연도 기말 시점 기준부가금 총액(당시 회원에게 지급하여야 할 부가금의 누계액)인 1,375,263,351,128원에서 같은 시점 기준 지급준비금 잔액(회원에게 부가금을 지급하기 위하여 적립하여 둔지급준비금의 잔액) 1,134,870,682,730원을 뺀 240,392,668,398원(이 사건 부가금이포함되어 있다)이고, 위 지급준비금 전입액은 원고의 2010 사업연도 손익계산서에 반영되어 있다. [인정근거] 갑 제3, 13, 15, 21, 27, 28, 29호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 라. 판단

1. 원고의 주위적 주장에 대한 판단

• 가) 구 법인세법(2010. 12. 30. 법률 제10423호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)제3조는 제1항에서 비영리법인에 대하여는 ‘각 사업연도의 소득’ 및 ‘토지 등 양도소득’에 대하여만 법인세를 부과한다고 규정하고 있고, 제3항에서 비영리법인의 각 사업연도 소득은 그 각 호의 사업 또는 수입(이하 ‘수익사업’이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다고 규정하고 있다. 또한 구 법인세법 제113조 제1항 은 비영리법인이 수익사업을 영위하는 경우에는 자산․부채 및 손익을 해당 수익사업에 속하는 것과 수익사업이 아닌 기타의 사업에 속하는 것을 각각 별개의 회계로 구분하여 경리하도록 규정하고 있다.한편 구 법인세법 제29조 제1항 은 비영리법인이 각 사업연도에 그 법인의 고유목적사업 등에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우에 일정 한도액의 범위 안에서 해당 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입하도록 규정하고 있고, 제3항 제4호는 고유목적사업준비금을 손금에 계상한 사업연도의 종료일이후 5년이 되는 날까지 고유목적사업 등에 사용하지 아니한 때에는 그 잔액을 해당사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 익금에 산입하도록 규정하고 있다. 이와 같은 규정들은 비영리법인이 고유목적사업준비금으로 계상한부분에 대하여 고유목적사업 등에 지출하기 전이라도 미리 손금에 산입할 수 있도록 허용하는 대신 고유목적사업준비금을 손금에 계상한 사업연도의 종료일 이후 5년이 되는 날까지는 고유목적사업 등에 지출이 이루어져야 한다는 점을 전제로 하여 위 기간 동안 과세를 이연함으로써 비영리법인이 공익사업을 원활하게 수행할 수 있도록 하기 위한 것이다(대법원 2017. 3. 9. 선고 2016두59249 판결 등 참조). 위와 같은 관련 규정의 문언과 체계, 특히 구 법인세법이 비영리법인에 대하여 수익사업과 고유목적사업 등을 구분하고 수익사업에서 생기는 소득에 대하여만 과세하면서도 고유목적사업 등에 지출하기 위한 고유목적사업준비금을 일정 한도액의 범위 안에서 수익사업의 손금에 산입할 수 있도록 한 취지 등을 종합하면, 비영리법인의 경우 수익사업에서 얻은 소득을 고유목적사업 등에 지출한다고 하더라도, 특별한 사정이 없는 한 이는 수익사업의 소득을 얻기 위하여 지출한 비용으로 볼 수 없으므로, 이를 고유목적사업준비금의 손금산입한도액 범위 안에서 손금에 산입할 수 있을 뿐, 이와 별도로 비영리법인의 선택에 따라 그 지출금을 수익사업의 수익에 대응하는 비용으로 보아 손금에 산입하는 것은 허용될 수 없다고 봄이 타당하다.
• 나) 앞서 처분의 경위에서 본 사실과 위 인정사실 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정들을 종합해 보면, 이 사건 부가금은 원고가 고유목적사업인 급여사업에 지출한 것으로서 수익사업의 소득을 얻기 위해 지출한 비용으로 볼 수 없으므로, 이를 원고의 수익사업에 관한 손금에 산입할 수는 없다. 따라서 이와 전제를 달리하는 원고의 주위적 주장은 받아들일 수 없다.

① 구 대한지방행정공제회법(2012. 10. 22. 법률 제11491호로 개정되기 전의 것,이하 같다)의 규정과 원고의 정관 등에 의하면, 퇴직급여사업과 한아름목돈예탁급여사업은 회원들의 생활안정과 복지증진을 도모할 목적으로 하는 ‘회원에 대한 급여의 지급’을 위한 사업으로서 원고의 고유목적사업에 해당한다. 이 사건 부가금은 이와 같은 원고의 고유목적사업인 급여사업에 지출된 것이므로, 이를 원고가 수익사업과 관련하여 수익을 얻기 위하여 지출한 비용이라고 볼 수 없다.

② 구 법인세법 제29조 제1항 및 구 대한지방행정공제회법의 규정 등에 의하면, 원고는 퇴직급여와 한아름목돈예탁급여에 포함되는 부가금의 지급을 위하여 고유목적사업준비금을 계상․적립하여야 하고, 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우에만 그 한도액의 범위 안에서 수익사업에 관한 손금에 산입할 수 있을 뿐이다. 만약 이사건 부가금을 수익사업의 손금에 모두 산입할 수 있다고 본다면, 이와 같은 고유목적사업준비금에 대한 손금산입한도액 규정을 둘 이유가 없다.

③ 앞서 본 바와 같이 이 사건 부가금은 원고의 고유목적사업인 급여사업에 지출되는 것이므로, 구 법인세법 제113조 제1항 등에서 정한 비영리법인의 구분경리 원칙에 따라 고유목적사업, 즉 비수익사업의 회계에 구분하여 기장되어야 한다. 원고는 2010 사업연도 지급준비금 전입액 240,392,668,398원을 ‘고유목적사업준비금 전입액’으로 수익사업 부문의 비용항목에 회계처리하였을 뿐 수익사업 부문에서 발생하는 별도의 ‘이자비용’ 항목으로 회계처리 하지는 않았다. 그럼에도 위 전입액이 수익사업 부문의 비용항목에 회계처리되었다는 사정만으로 이 사건 부가금을 이자비용과 동일하게보아 수익사업에 관련된 손금에 해당한다고 단정하기 어렵다.

④ 설령 원고의 회원들이 지급받는 이 사건 부가금이 이자소득세의 과세대상에 해당한다고 하더라도, 이 사건 부가금이 이를 지급받는 회원들의 이자소득세의 과세대상에 해당하는지 여부와 이를 지급하는 원고의 수익사업의 손금으로 인정되는지 여부는 별개의 문제이므로, 이를 지급하는 원고의 수익사업의 손금으로 반드시 인정되어야한다고 볼 수 없다.

2. 원고의 예비적 주장에 대한 판단

• 가) 먼저, 이 사건 부가금의 지급이 급여사업에 해당하지 않아 수익사업의 손금으로 산입되어야 한다는 주장에 대하여 본다. 앞서 살핀 바와 같이 구 대한지방행정공제회법의 규정과 원고의 정관 등에 의하면 퇴직급여사업과 한아름목돈예탁급여사업은 원고 회원들의 생활안정과 복지증진을 도모할 목적으로 ‘회원에 대한 급여의 지급’을 위한 사업으로서 원고의 고유목적사업에 해당하고, 이 사건 부가금은 이와 같은 원고의 고유목적사업인 급여사업의 일환으로 지출된 것으로 봄이 타당하므로, 이 사건 부가금의 지급이 급여사업에 해당하지 않는다는 원고의 위 주장은 받아들일 수 없다.
• 나) 다음으로, 이 사건 부담금 운용수익이 기금조성사업의 수익에 해당함에도 이를 수익사업의 익금으로 보아 과세한 것은 위법하다는 주장에 대하여 본다. 비영리법인이 수행하는 어느 사업이 법인세의 비과세대상에서 제외되어 과세되는 구 법인세법 제3조 제3항 소정의 수익사업인지 여부는 당해 사업이 수익성을 가진 것인지 여부에 의하여 판단할 것이므로 그 사업에서 얻는 수익이 종국적으로 고유목적사업의 재원조달에 충당된다고 하여 그 사업 자체의 수익성을 부정할 수는 없다(대법원1991. 5. 10. 선고 90누4327 판결 참조). 구 법인세법 시행령 제2조 제1항 제5호 나목은 ‘기금조성 및 급여사업’을 비수익사업으로 정하여 비영리법인의 목적 달성을 위한 사업의 경우 이를 과세대상에서 제외하고 있다. 또한 구 대한지방행정공제회법 제16조 제2항 은 ‘공제회는 그 목적을 달성하기 위하여 필요한 범위 안에서 수익사업을 할 수 있다’고 정하여 수익사업과 비수익사업을 구분하고 있고, 원고의 감사보고서(갑 제26호증)에 의하면, 원고는 회원급여의 지급을 위한 고유목적사업과 기금조성을 위한 수익사업으로 구분하여 회계처리하고 있으며, 수익사업회계의 수익을 목적사업회계로 전출하여 고유목적사업비용으로 지출하고 있다고 기재되어 있는데, 이는 고유목적사업으로서 과세대상에서 제외되는 사업 범위를 명확히 하려는 취지로 보인다. 한편 원고의 정관(갑 제28호증) 제26조 제5항은 기금조성을 위하여 원고가 부동산의 개발, 취득 처분 및 임대사업이나 유가증권에의 투자 등의 사업을 할 수 있다고 규정하고 있으면서 이를 ‘수익사업’이라는 명칭으로 기재하고 있지는 아니하나, 원고가 회원들로부터 수취한 부담금 등을 재원으로 각종 금융상품이나 부동산 등에 투자하여 수익을 얻는 행위는, 그 자체가 구 법인세법 시행령 제2조 제1항 제5호 나목에서 말하는 ‘기금조성사업’이라고 할 수는 없고, 그러한 기금을 운용하여 수익을 창출한 것으로서 당해 사업 자체가 수익성을 가진 것이거나 수익의 목적으로 영위한 것이므로 수익사업으로 보는 것이 타당하다. 이처럼 관련 법령 등에서 수익사업의 범위를 명확히 규정하고, 비영리법인에 대하여 수익사업과 고유목적사업을 구분하여 수익사업에서 생기는 소득을 그 용도와 무관하게 과세대상으로 정하고 있는 점에 비추어 보면, 비영리법인이 관련 법령 등에서 정한 수익사업을 하거나 기금조성사업의 일환으로 수익창출 행위를 한 경우 그 소득은 주된 목적사업을 위하여 사용하였는지 여부와 관계없이 당연히 과세대상이라고 보는 것이 타당하다. 이와 달리 비영리법인이 고유목적사업의 재원조달을 위하여 수익사업을 한 경우 이를 기금조성사업에 해당하는 것으로 보아 과세를 하지 않는다면 비영리법인이 수익사업의 소득을 고유목적사업에 사용하기만 하면 이에 대하여 과세를 하지 않는 결과를 낳게 되는바, 이는 구 법인세법이 비영리법인에 대하여 수익사업과 고유목적사업 등을 구분하고 수익사업에서 생기는 소득에 대하여만 과세하면서 고유목적사업준비금을 일정 범위 안에서만 수익사업의 손금에 산입할 수 있도록 정한 취지에 반하고, 과세형평에도 맞지 않아 불합리하다. 따라서 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

그렇다면 원고의 청구는 이유 없어 이를 기각하여야 한다. 제1심판결은 이와 결론을 달리하여 부당하므로, 제1심판결을 취소하고 원고의 청구를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.