조세특례제한법 제6조 제2항 창업벤처중소기업 세액감면 적용 요건 관련하여, ‘벤처기업 요건을 결여한 경우’에도 세액감면 배제사유에 해당함 ​

사 건 2020누32433 법인세경정거부처분취소 원고, 항소인 주식회사 ○○헬스케어 피고, 피항소인

○○세무서장 제1심 판 결 서울행정법원 2019. 12. 19. 선고 2019구합60950 판결 변 론 종 결

2020. 7. 10. 판 결 선 고

2020. 8. 28.

1. 원고의 항소를 기각한다.

2. 항소비용은 원고가 부담한다. 청구취지 및 항소취지 제1심판결을 취소한다. 피고가 2017. 7. 25. 원고에 대하여 한 2016 사업연도 법인세 2,755,860,910원의 경정거부처분을 취소한다.

1. 제1심판결 이유의 인용 이 법원이 이 판결에 기재할 이유는 아래에서 추가하거나 고쳐 쓰는 부분 이외에는 제1심 판결문의 이유 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 인용한다. 􎆖 제1심 판결문 제2면 제6, 7행의 “벤처기업육성에 관한 특별조치법(이하 ‘벤처육성법’이라고 합니다)”을 ”구 벤처기업육성에 관한 특별법(2016. 3. 29. 법률 제14127호로 개정되기 이전의 것, 이하 ’구 벤처기업법‘이라 한다)“으로 고쳐 쓴다. 􎆖 제1심 판결문 제6면 제8행의 “규정하고”와 “있는바” 사이에 “있고, 구 조세특례제한법 시행령 제5조 제4항 제1호 는 구 조세특례제한법 제6조 제2항 의 ‘대통령령으로 정하는 기업’이란 구 벤처기업법 제2조 의 요건을 갖춘 ‘중소기업’이라고 규정하고”를 추가한다. 􎆖 제1심 판결문 제7면 제5행(도표는 행수에서 제외한다)의 “제4조”를 “제6조”로 고쳐 쓴다. 􎆖 제1심 판결문 제8면 제2행과 제3행 사이에 아래의 내용을 추가하고, 제3행의“④”를 “⑧”로 고쳐 쓴다. 『④ 한편 원고는 구 조세특례제한법 제6조 제2항 의 중소기업 요건은 최초 벤처기업으로 확인을 받을 때만 필요한 요건으로 벤처기업의 확인을 받은 이후에는 구 조세특례제한법 제6조 제2항 에 의한 세액감면을 받기 위하여 계속하여 중소기업의 요건을 유지할 필요가 없으므로, 세액감면기간 중 규모의 확대 등으로 중소기업의 요건을 갖추지 못하게 되더라도 벤처기업의 확인이 취소되지 않는 한 위 조항에 의하여 세액감면을 받을 수 있다고 주장한다. 그러나 앞서 본 바와 같이 구 조세특례제한법 제6조 제2항 의 적용을 받는 대상은‘중소기업’이어야 하는데, 구 조세특례제한법 시행령 제2조 는 ‘중소기업의 범위’라는 제목 하에 제1항에서 중소기업의 업종, 규모, 독립성 등을 규정하고, 제2항에서 제1항의 중소기업이 향후 그 규모의 확대 등으로 제1항의 중소기업 규모 요건 등을 갖추지 못하게 되는 경우에 원칙적으로 구 조세특례제한법을 일정 기간 적용할 수 있되 위와 같은 유예기간을 배제할 수 있는 사유를 단서에 규정하였다. 한편 구 조세특례제한법 시행령 제2조 제2항 단서 제4호는 유예기간 배제사유로 ‘창업일이 속하는 과세연도 종료일로부터 2년 이내의 과세연도 종료일 현재 중소기업기준을 초과하는 경우’를 들고 있는바, 당초 중소기업 요건을 갖추어 벤처기업의 확인을 받았다고 하더라도 구 조세특례제한법 시행령 제2조 제2항 단서 제4호에 규정하고 있는 사유에 해당하게 되어 ‘중소기업’ 요건을 계속하여 유지하지 못하게 되었다면 구 조세특례제한법 제6조 제2항 에 따른 세액감면 특례를 더 이상 적용 받지 못하게 된다고 봄이 타당하므로, 원고의 위 주장은 이유 없다.

⑤ 구 조세특례제한법 제6조 제2항 은 본문에서 세액감면 대상기업, 감면내용 및 감면기간에 대하여 규정하면서 단서에서 세액감면 대상기업에서 배제되는 경우로 세액감면기간 중 ‘벤처기업의 확인이 취소된 경우’를 들고 있다. 그러나 위 단서 규정은 세액감면기간 중에 구 조세특례제한법 제6조 제2항 의 적용 대상요건 중 ‘벤처기업의 확인’ 요건과 관련하여 ‘벤처기업의 확인이 취소’됨으로써 그 요건을 갖추지 못하게 된 경우에 이를 배제하는 규정이라고 할 것이고, 그 외 '중소기업‘과 관련된 요건을 갖추지 못하게 된 경우에는 구 조세특례제한법의 적용 대상기업인 모든 ’중소기업‘에 적용되는 구 조세특례제한법 시행령 제2조 제2항 이 적용되어야 한다(한편 원고는, 조세특례제한법이 2000. 12. 29. 법률 제6297호로 개정되면서 제6조 제2항 단서에 ’벤처기업확인이 취소된 경우‘ 세액감면 특례를 배제하는 규정이 신설되었으므로 벤처기업의 확인이 취소되는 경우 이외에는 세액감면 특례를 배제할 수 없다고 주장하나, 위와 같은 사유는 ’중소기업‘과 관련된 요건에 대하여 구 조세특례제한법 시행령 제2조 제2항 을 적용함에는 영향을 미치지 아니한다).

⑥ 구 조세특례제한법 제6조 제2항 단서 및 구 벤처기업법 제25조의2 제1항 제2호 및 제2조의2에 의하면 벤처기업의 확인을 받은 창업벤처중소기업이 ‘중소기업’의 요건을 갖추지 아니하게 되어 벤처기업의 확인이 취소되면 구 조세특례제한법 제6조 제2항 의 세액감면을 받을 수 없도록 규정되어 있으나, 한편 구 벤처기업법 제25조의2 제1항 제2호 는 ‘중소기업’의 요건을 갖추지 못하게 되더라도 반드시 그 취소를 하도록 규정되어 있는 것이 아니라 재량에 의하여 취소를 할 수 있도록 규정하고 있다. 이에 반하여 구 조세특례제한법 시행령 제2조 제2항 은 중소기업이 그 규모의 확대 등으로 중소기업의 요건을 갖추지 못하게 된 경우에도 그 단서에 해당하지 아니하면 원칙적으로 일정한 유예기간 동안에는 계속하여 구 조세특례제한법에서 정한 세액감면의 특례를 적용 받을 수 있다고 규정하고 있다. 따라서 창업벤처중소기업이 그 규모의 확대 등으로 중소기업의 요건을 갖추지 못한 경우라도 구 벤처기업법 제25조의2 제1항 제2호 에 의하여 벤처기업의 확인이 취소될 때까지는 구 조세특례제한법 제6조 제2항 에 의하여 조감면의 특례를 적용받을 수 있고, 구 조세특례제한법 시행령 제2조 제2항 단서에 규정된 요건을 구비하지 않는 한 본문에 해당되면 세액감면의 특례를 받을 수 있으므로, 위 두 조항이 서로 충돌하거나 모순된다고 할 수 없다.

⑦ 구 조세특례제한법 시행령(2003. 12. 30. 대통령령 제18176호로 개정되기 이전의 것, 이하 ‘2003년 개정 전 조세특례제한법 시행령’이라 한다) 제5조 제4항은 법 제6조 제2항에서 규정한 “대통령령이 정하는 기업”에 관하여, ‘벤처기업법(2002. 8. 26. 법률 제6723호로 개정되기 이전의 것, 이하 ’2002년 개정 전 벤처기업법‘이라 한다) 제2조 제1항 제1호, 제3호, 제4호의 규정에 의한 중소기업(제1호)’과 ‘연구개발 및 인력개발을 위한 비용 중 재정경제부령이 정하는 비용이 당해 과세연도의 수입금액의 100분 의 5 이상인 중소기업(제2호)’으로 규정하면서, 제5항에서 위 제2호의 규정은 2002년 개정 전 벤처기업법 제25조 의 규정에 의한 벤처기업 해당 여부의 확인을 받은 날이 속하는 과세연도부터 계속하여 유지되는 경우에 한하여 적용한다고 규정하고 있다. 그런데 2003년 개정 전 조세특례제한법 시행령 제2조 제2항 은 본문에서 규모의 확대 등으로 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 경우 등에도 일정 기간 조세특례제한법을 적용할 수 있도록 규정하면서 단서에서 본문의 유예규정이 배제되는 경우를 규정하고 있어, 2003년 개정 전 조세특례제한법 시행령 제2조 제2항 단서에 해당하는 중소기업의 경우에는 조세특례제한법령의 세액감면 특례를 적용 받을 수 없었다. 따라서 2003년 개정 전 조세특례제한법 시행령 제5조 제4항, 제5항에서 구 조세특례제한법 제6조 제2항 에 의한 세액감면을 받을 수 있는 창업벤처중소기업을 규정하고 있다고 하더라도 그 당시에도 2003년 개정 전 조세특례제한법 시행령 제2조 제2항 단서에 해당하는 경우 조세특례제한법령의 세액감면 특례를 적용 받을 수 없으므로, 연혁적인 이유에 의하더라도 ‘중소기업’과 관련된 요건에 대하여는 구 조세특례제한법 시행령 제2조 를 적용하는 것이 타당하다.』 􎆖 제1심 판결문 별지 ‘관계 법령’에 이 판결의 별지 ‘추가 관계 법령’을 추가하고,제1심 판결문 제12면 제26행의 “벤처기업육성에 관한 특별조치법”을 “구 벤처기업육성에 관한 특별조치법(2016. 3. 29. 법률 제14127호로 개정되기 이전의 것)”으로 고쳐 쓴다.

원고의 이 사건 청구는 이유 없어 기각한다. 제1심판결은 이와 결론을 같이하여 정당하므로, 원고의 항소는 이유 없어 기각한다.