적격합병‧분할에 으로 인한 양도자산의 양도가액을 시가로 산정하여 교육세의 과세표준인 수익금액을 산정할 수는 없음

사 건 2020누31677 교육세경정거부처분취소 원 고 주식회사 AAAA 피 고 aaa 변 론 종 결

2020. 8. 19. 판 결 선 고

2020. 11. 4.

1. 제1심판결을 취소한다.

2. 피고가 원고에 대하여 한, 2016. 8. 24.자 2015년 3기 교육세 7,410,852,308원,

2016. 8. 25.자 2014년 3기 교육세 95,277,268원의 각 감액경정청구거부처분을 모 두 취소한다.

3. 소송 총비용은 피고가 부담한다. 청구취지 및 항소취지 주문과 같다.

이 법원이 이 부분에 관하여 설시할 이유는 아래와 같이 고치거나 추가하는 것 외에는 제1심 판결문 2~3쪽에 기재된 ‘1. 처분의 경위’ 항목 부분 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 따라 이를 그대로 인용한다.

○ 2쪽 8행의 “법인세법상 적격분할 방식으로”를 “분할되는 회사가 존속하면서 분할되 는 회사의 주주가 신설회사의 주주가 되는 인적분할의 방식으로”로 고친다.

○ 2쪽 10~11행의 “법인세법상 적격합병 방식으로 흡수합병(이하 ‘이 사건 합병’이라 한다)”을 “흡수합병 방식으로 합병(이하 ‘이 사건 합병’이라 하고, ‘이 사건 분할’과 ‘이 사건 합병’을 통틀어 ‘이 사건 분할․합병’이라 한다)”으로 고친다.

○ 2쪽 본문 아래에서 7행의 “유가증권, 유‧무형 자산”을 “영업권과 유․무형자산”으로 고친다.

○ 2쪽 본문 아래에서 4행의 “이하” 다음에 “이 사건 분할․합병으로 인한 이 사건 양 도자산의 양도차익을”을 추가한다.

2. 이 사건 각 처분의 적법 여부

• 가. 원고의 주장 이 사건 각 처분은 아래와 같은 사정들에 비추어 볼 때, 교육세의 과세요건이 충족 되지 않았음에도 아무런 법적 근거 없이 이루어진 것으로서 위법하다.

1. 교육세의 과세표준인 ‘수익금액’은 개별적인 손익거래에서 발생하는 것인데, 이 사 건 분할․합병은 손익거래가 아닌 자본거래이므로 이를 통해 피합병법인이나 원고에게 수익이 발생하지 않는다. 또한 이 사건 분할․합병으로 인한 자산․부채의 승계는 포괄적 으로 이루어지고 이에 대한 대가도 포괄적으로 지급되므로, 개별적인 자산의 매각 대 가를 확정할 수도 없다. 따라서 이 사건 분할․합병은 교육세 과세 계기가 된다고 볼 수 없다.

2. 법인세법의 합병 및 분할 등에 관한 특례 규정(제44조 내지 제46조의5)을 교육세 에도 준용한다면, 이른바 적격합병․적격분할에 관한 과세표준 산정 규정인 법인세법 제44조 제2항 및 제46조 제2항에 따라 이 사건 양도자산의 양도가액을 장부가액으로 보 아야 하므로 이 사건 양도차익(양도가액과 취득가액의 차액)은 0원이다. 만일 위 규정 들이 교육세에 준용되지 않는다고 보면, 이 사건 양도차익은 일반적으로 공정․타당하다 고 인정되는 기업회계기준이나 관행을 적용하여 평가하여야 하는데, 원고는 기업회계 기준에 따라 이 사건 분할․합병으로 인한 어떠한 손익도 인식하지 않았으므로, 이 경우 에도 이 사건 양도차익은 0원이다.

3. 이 사건 양도차익을 이 사건 양도자산의 시가에서 취득가액을 차감한 액수로 산정 할 아무런 법률적 근거가 없다. 또한 이 사건 분할․합병과 같은 법인세법상 적격합 병․적 격분할로 인한 개별 자산의 양도차익을 해당 자산의 시가에서 취득가액을 차감한 액수 로 산정하고 이에 대하여 교육세를 부과하게 되면, 추후 해당 자산을 양도할 때 동일 한 양도차익에 대하여 교육세가 이중으로 부과되는 결과를 초래하게 되어 부당하다.

• 나. 관계 법령 별지 기재와 같다.
• 다. 판단

1. 관련 법리

• 가) 세법이 규정하는 과세요건과 부과징수절차에 관한 규정은 조세법률주의의 원칙상 이를 업격하게 해석적용하여야 하고 행정편의를 위한 확장해석이나 유추적용은 허용되 지 않는다(대법원 1988. 5. 24. 선고 88누1073 판결 등 참조).
• 나) 구 교육세법(2015. 12. 29. 법률 제13620호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)은 ‘금융․보험업자의 수익금액’을 교육세의 과세표준으로 정하면서(제5조 제1항 제1호) 위 수익금액을 금융․보험업자가 수입한 이자, 배당금, 수수료, 보증료, 유가증권의 매각익․ 상환익, 보험료, 그 밖에 대통령령으로 정하는 금액으로 규정하고 있고(제5조 제3항), 위 규정의 위임에 따라 구 교육세법 시행령(2016. 2. 5. 대통령령 제26953호로 개정 되기 전의 것, 이하 같다)은 고정자산처분익, 기타영업수익 및 영업외수익 등을 수익금 액에 포함시키고 있다(제4조 제1항 제7호, 제8호). 또한 구 교육세법은 유가증권의 매 각익․상환익을 ‘유가증권의 매각 또는 상환에 따라 지급받은 금액에서 법인세법 제41조 에 따라 계산한 취득가액을 차감한 금액’으로 정하고 있을 뿐, 교육세 과세표준이 되는 수익금액의 계산에 관하여는 대통령령이 정하도록 위임하고 있는데(제5조 제3항), 구 교육세법 시행령은 유가증권의 매각익, 고정자산처분익, 기타영업수익 및 영업외수익의 구체적인 계산 방법에 관하여는 아무런 규정을 두고 있지 않다.
• 다) 구 교육세법 제7조 는 금융․보험업자의 수익금액의 귀속시기에 관하여 법인세법 제40조 및 제43조를 준용하고 있는데, 구 법인세법(2016. 12. 20. 법률 제14386호로 개 정되기 전의 것, 이하 같다) 제40조는 내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속 사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 하도록 정하면서(제1 항), 익금과 손금의 귀속사업연도의 범위 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정 하도록 위임하고 있고(제2항), 제43조는 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 그 법인이 익금과 손금의 귀속사업연도와 자산․부채의 취득 및 평가에 관하여 일반 적으로 공정․타당하다고 인정되는 기업회계기준을 적용하거나 관행을 계속 적용하여 온 경우에는 구 법인세법 및 조세특례제한법에서 달리 규정하고 있는 경우를 제외하고 는 그 기업회계의 기준 또는 관행에 따른다고 정하고 있다.
• 라) 한편 구 법인세법은 피합병법인이 합병으로 해산하는 경우에는 그 법인의 자산을 합병법인에 양도한 것으로 보고, 이 때 양도에 따라 발생하는 양도손익은 피합병법인 이 합병등기일이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금 또는 손금에 산입하도 록 정하고 있는데, 여기서 말하는 ‘양도손익’은 ‘피합병법인이 합병법인으로부터 받은 양도가액’에서 ‘피합병법인의 합병등기일 현재의 자산의 장부가액 총액에서 부채의 장 부가액 총액을 뺀 가액’(이하 ‘순자산 장부가액’이라 한다)을 뺀 금액을 의미한다(제44 조 제1항 참조). 다만 구 법인세법 제44조 제2항 각호의 요건을 모두 갖춘 합병(이하 ‘적격합병’이라 한다)의 경우에는 ‘피합병법인이 합병법인으로부터 받은 양도가액’을 ‘피합병법인의 합병등기일 현재의 순자산 장부가액’으로 보아 양도손익이 없는 것으로 할 수 있도록 정하고 있다(제44조 제2항 참조). 그리고 구 법인세법 제44조 제4항 은 양도가액 및 순자산 장부가액의 계산, 합병대가의 총합계액의 계산 등에 관하여 필요 한 사항은 대통령령으로 정하도록 위임하고 있는데, 이에 따라 구 법인세법 시행령(20

16. 2. 12. 대통령령 제26981호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제80조 제1항은 ‘양 도가액’을 △ 적격합병의 경우에는 피합병법인의 합병등기일 현재의 순자산장부가액으 로 하고, △ 그 외의 경우에는 합병으로 인하여 피합병법인의 주주등이 지급받는 합병 법인의 주식등의 가액 및 금전이나 그 밖의 재산가액의 합계액과 합병법인이 납부하는 피합병법인의 법인세 및 그 법인세에 부과되는 국세와 지방세 합계액을 모두 더한 금 액으로 하도록 규정하고 있다. 또한 구 법인세법은 내국법인이 분할(물적분할은 제외한다)한 후 존속하는 경우에도 분할한 사업부문의 자산을 분할신설법인등에 양도함으로써 발생하는 양도손익은 분할 법인이 분할등기일이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금 또는 손금에 산입 하도록 정하고 있는데, 여기서 말하는 ‘양도손익’은 ‘분할법인이 분할신설법인등으로부 터 받은 양도가액’에서 ‘분할법인의 분할한 사업부문의 분할등기일 현재의 순자산 장부 가액’을 뺀 금액을 의미한다(제46조의5 제1항 참조). 다만 구 법인세법 제46조 제2항 각호의 요건을 모두 갖춘 분할(이하 ‘적격분할’이라 한다)의 경우에는 ‘분할법인이 분 할신설법인등으로부터 받은 양도가액’을 ‘분할법인의 분할한 사업부문의 분할등기일 현 재의 순자산 장부가액’으로 보아 양도손익이 없는 것으로 할 수 있다(제46조의5 제2 항, 제46조 제2항 참조). 그리고 구 법인세법 제46조의5 제3항, 제46조 제3항은 양도 가액 및 순자산 장부가액의 계산, 분할대가의 계산 등에 관하여 필요한 사항은 대통령 령으로 정하도록 위임하고 있는데, 이에 따라 구 법인세법 시행령 제82조 제1항 은 ‘양 도가액’을 △ 적격분할의 경우에는 분할법인등의 분할등기일 현재의 순자산장부가액으 로 하고, △ 그 외의 경우에는 분할신설법인등이 분할로 인하여 분할법인의 주주에 지 급한 분할신설법인등의 주식의 가액 및 금전이나 그 밖의 재산가액의 합계액과 분할신 설법인등이 납부하는 분할법인의 법인세 및 그 법인세에 부과되는 국세와 지방세의 합 계액을 모두 더한 금액으로 하도록 규정하고 있다.

2. 구체적 판단 앞서 든 증거와 갑 제6, 9 내지 10호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들을 앞서 본 법리와 관련 법령의 내용에 비추어 살피건대, 적격합병·적격분할에 해당하는 이 사건 분할․합병으로 인하여 이 사건 양도자산이 원고 나 분할신설법인에게 이전된 때를 기준으로 이 사건 양도자산의 양도가액을 법인세법 제52조 제2항이 정한 ‘시가’로 산정하여 교육세의 과세표준인 수익금액을 계산하는 것 은 허용될 수 없다. 따라서 이와 다른 전제에서 이루어진 이 사건 각 처분은 위법하므 로 취소되어야 하고, 이를 지적하는 원고의 주장은 이유 있다.

• 가) 구 교육세법령은 금융․보험업자의 수익금액에 해당하는 항목을 열거하면서, 각 과 세기간분의 수익금액의 총액을 교육세의 과세표준으로 삼고 있는데, 합병․분할로 인하 여 발생하는 자산의 이전을 통해 발생하는 양도차익은 구 교육세법령에서 열거하고 있 는 수익금액의 항목으로 별도로 명시되어 있지는 않다.
• 나) 원고는 이 사건 분할로 분할신설법인에 승계시킨 자산 중 유․무형자산, 신용카드채 권, 기타 부채의 시가 평가액과 세무상 장부가액의 차액이 각각 교육세 과세표준인 수 익금액에 포함되는 고정자산처분익, 기타영업수익, 기타영업외수익에 해당하고, 이 사 건 합병을 통해 피합병법인으로부터 승계한 자산 중 유가증권, 유․무형자산, 대출채권 이 각각 유가증권매각익, 기타영업수익에 해당함을 전제로, 위 자산들의 가액을 시가로 평가한 금액에서 위 자산들의 장부가액을 뺀 금액을 교육세 과세표준에 합산하여 이 사건 분할․합병에 관한 교육세를 신고․납부하였다(갑 제10호증 참조). 그런데 자산의 이전에 따른 양도차익은 이자, 배당금, 수수료, 보증료 등의 항목과 달 리 양도차익을 산정하는 기준을 반드시 필요로 하는데, 구 교육세법령은 유가증권매각 익을 ‘유가증권의 매각에 따라 지급받은 금액에서 법인세법 제41조 에 따라 계산한 취 득가액을 차감한 금액’으로 규정하는 것 외에는(구 교육세법 제5조 제3항 참조), 유가 증권매각익, 고정자산처분익, 기타영업수익 및 영업외수익 등 이 사건 양도차익이 해 당한다고 전제한 항목들의 계산에 관하여 다른 규정을 두고 있지 않다.
• 다) 구 교육세법 제7조 에 의하여 준용되는 구 법인세법 제43조 는 내국법인의 각 사업 연도의 소득금액을 계산할 때 자산․부채의 취득 및 평가에 관하여 일반적으로 공정․타 당하다고 인정되는 기업회계기준을 적용하거나 관행을 계속 적용하여 온 경우에는 다 른 법률에서 달리 규정하고 있는 경우를 제외하고는 그 기업회계의 기준 또는 관행에 따르도록 규정하고 있다. 원고는 적격합병․적격분할에 해당하는 이 사건 분할․합병을 할 당시 한국채택국제회계기준(K-IFRS)에 따라 이 사건 양도자산을 장부가액으로 이전 하는 것으로 회계처리를 함으로써 이 사건 양도자산의 처분손익을 인식하지 않았는데 (갑 제6, 8호증 참조), 앞서 본 바와 같이 구 교육세법은 합병․분할로 인한 자산의 양 도차익에 대하여 아무런 규정을 두고 있지 않고, 원고는 일반적으로 공정․타당하다고 인정되는 기업회계기준을 적용하여 이 사건 양도자산의 처분손익을 인식하지 않았으므 로, 이 사건 양도차익을 0원이라고 보는 것이 구 교육세법 제7조, 구 법인세법 제43조 에도 부합한다.
• 라) 나아가 이 사건 양도차익을 이 사건 양도자산의 ‘시가’에서 그 취득가액을 차감하 는 방법으로 계산함으로써 교육세 과세표준을 산정할 법률적 근거를 찾기 어렵다. 그 구체적인 이유는 다음과 같다.

① 이 사건 분할․합병은 적격합병 또는 적격분할에 해당하고, 구 법인세법은 적격합병․ 적격분할의 경우에는 양도가액을 취득가액과 동일한 순자산 장부가액으로 보아 양도손 익이 없는 것으로 하여 합병법인 또는 분할법인이 해당 자산을 처분하는 시점까지 그 에 대한 과세를 이연하도록 정하고 있으므로(구 법인세법 제44조 제2항, 제46조의5 제2항, 제46조 제2항 참조), 위 규정들에 의하면 이 사건 분할․합병으로 인한 이 사건 양도차익은 0원으로 봄이 타당하다. 이에 대해 피고는 구 법인세법 제44조 제1항 및 제46조의5 제1항은 법인세법상 손익 귀속시기에 관한 원칙인 권리의무확정주의에 부 합하는 일반규정이지만, 구 법인세법 제44조 제2항 및 제46조의5 제2항, 제46조 제2 항은 적격합병․적격분할에 대한 과세를 이연하는 정책적 특례를 제공하는 특례규정이 므로 명문의 규정이 없는 한 교육세에 관하여 준용 또는 유추적용될 수 없다는 취지로 주장하나, 위 규정들은 모두 합병․분할로 인한 자산의 양도손익의 산정방법에 관한 구 법인세법 규정들로서 이를 원칙과 예외규정으로 나누어 준용 또는 유추적용 여부를 달 리 볼 이유가 없다.

② 구 법인세법령은 적격합병․적격분할이 아닌 경우에 합병․분할로 인한 양도손익을 계 산하기 위한 자산의 양도가액을 ‘피합병법인 또는 분할법인의 주주 등이 지급받는 주 식등의 가액 및 금전이나 그 밖의 재산가액의 합계액’과 ‘합병법인 또는 분할신설법인 등이 납부하는 피합병법인 또는 분할법인의 법인세 등의 합계액’을 더한 금액으로 규 정하고 있고(구 법인세법 제44조 제1항, 제46조의5 제1항, 같은 법 시행령 제80조 제1항 제2호, 제82조 제1항 제2호 참조), 구 교육세법도 유가증권의 매각익․상환익에 관 하여 ‘유가증권의 매각 또는 상환에 따라 지급받은 금액’을 유가증권의 양도가액으로 정하고 있을 뿐이다(제5조 제3항 참조).

③ 한편 구 법인세법령은 합병법인 또는 분할신설법인이 적격합병․적격분할이 아닌 합 병․분할로 자산을 이전받은 경우에는 그 자산을 현재의 시가로 양도받은 것으로 보도 록 정하고 있고(구 법인세법 제44조의2 제1항, 제46조의2 제1항), 적격합병․적격분할 을 통해 자산을 이전받은 경우에도 양도받은 자산의 가액을 시가로 계상하되, 시가에 서 장부가액을 뺀 금액을 자산조정계정으로 계상하는 방법으로 처리하도록 규정하고 있기는 하나(구 법인세법 시행령 제80조의4 제1항, 제82조의4 제1항), 위 규정들은 합병․분할로 인하여 자산을 양수받는 합병법인 또는 분할신설법인의 합병매수차익 또 는 분할매수차익의 처리에 관한 규정으로서 합병․분할을 통해 이전되는 자산의 양도차 익을 산정하는 근거로 삼을 수 없다.

④ 피고는 대법원 2019. 1. 31. 선고 2014두41411 판결 등의 취지에 비추어 보면, 과 세표준에 관한 직접적인 계산 규정이 없더라도 그 산정방식이 객관적이고 합리적이라 면 위법하지 않다는 취지로 주장하나, △ 위 대법원 판결은 구 상속세 및 증여세법(20

10. 1. 1. 법률 제9916호로 개정되기 전의 것) 제2조 제3항, 제4항 1) 에 따라 증여세 과세대상인 ‘증여’행위에 해당하는 것으로 인정된 사안에서 해당 증여이익의 산정방식 이 결과적으로 위법하지 않다고 판단한 것에 불과할 뿐, 과세표준에 관한 직접적인 계 산 규정이 없는 경우 그 산정방식이 객관적이고 합리적이라면 위법하지 않다는 취지의 판결로 보기 어렵고, △ 피고의 위 주장은 조세법률주의에 위반되는 것이므로 받아들 일 수 없다.

• 마) 이 사건 분할․합병과 같이 적격합병․적격분할에 해당하여 구 법인세법 제44조 제2 항, 제46조의5 제2항, 제46조 제2항 등에 따라 자산의 양도손익이 없는 것으로 보는 경우에도 해당 자산의 양도로 인하여 교육세 과세표준인 수익금액이 발생한 것으로 보 아 교육세를 과세한다면, 추후에 해당 자산이 재차 양도되는 경우 합병법인 또는 분할 법인은 동일한 자산에 대하여 이중으로 교육세를 납부할 위험을 부담하게 되어 부당하
• 다. 이에 대해 피고는 일부 양도차익에 대하여 교육세가 이중으로 부과되는 결과가 발 생하더라도, 이는 이 사건 각 처분의 위법사유가 아니라 추후에 신고․납부한 교육세에 대한 경정사유가 될 뿐이고, 교육세의 목적이나 낮은 세율 등을 고려할 때 위법하다고 볼 수 없다고 주장하나, △ 위와 같은 사유가 국세기본법 제45조의2 에서 정하는 경정 청구 사유에 해당한다고 단정하기 어려울 뿐만 아니라, 설령 추후 이중으로 납부한 교 육세에 대하여 경정청구가 가능하다고 보더라도, 납세의무자로 하여금 법률의 명시적 인 규정이 없음에도 해석을 통해 교육세를 이중으로 부담하도록 하는 것이 정당화된다 고 볼 수는 없으며, △ 부가가치세의 납부가 면제되는 금융․보험업자에게 교육재정 확 충에 드는 재원을 확보하는 것을 목적으로 하는 교육세의 입법목적이나 부가가치세․법 인세 등 다른 세금에 비하여 낮은 세율(0.5%)이 적용되므로 원본잠식의 우려가 없다 는 사정만으로는 동일한 과세대상에 대한 교육세의 이중과세를 용인하는 것이 교육세 법을 제정한 입법자의 의사라고 보기 어려우므로, 피고의 위 주장은 받아 들일 수 없다.

그렇다면 원고의 청구는 이유 있어 이를 인용하여야 한다. 제1심판결은 이와 결론을 달리하여 부당하므로, 원고의 항소를 받아들여 제1심판결을 취소하고, 이 사건 각 처 분을 취소한