​ 토지와 건물 일괄 양도 시 가액 구분이 불분명한 경우

사 건 2019누46093 부가가치세등부과처분취소 원 고 AAA 외 BB 피 고 RR세무서장 변 론 종 결 2020.04.23 판 결 선 고 2020.05.14

1. 제1심 판결을 취소한다.

2. 피고가 2017. 10. 1. 원고들에 대하여 한 2016년 제1기 부가가치세 ×××원(가산세 포함)의 부과처분을 모두 취소한다.

3. 소송총비용은 피고가 부담한다. 청 구 취 지 및 항 소 취 지 주문과 같다.

• 가. 원고들은 서울 OO구 OO동 157-4 대 488.8㎡(이하 '이 사건 토지'라 한다) 및 그 지상 5층 건물 2,060.05㎡(이하 '이 사건 건물'이라 하고, 이 사건 토지와 이 사건 건물을 합하여 '이 사건 부동산'이라 한다)의 공동소유자로서 1995. 1. 3.부터 'DD빌딩'이라는 상호로 이 사건 부동산에서 임대업을 영위하였다.
• 나. 원고들은 2016. 1. 5. EEE 유한회사(변경 전: EEE 주식회사, 이하 ‘EEE’이라 한다) 에게 이 사건 부동산(이 사건 매매계약 체결 당시 원고 AAA 은 이 사건 토지 중183.54/270 지분을, 원고 BB는 86.46/270 지분을 각 소유하고 있었고, 원고 AAA 은 이 사건 건물 중 1400.05/2060.05 지분을, 원고 BB은 660/2060.05 지분을 각 소유하고 있 었다)을 토지 15,500,000,000원, 건물 900,000,000원(부가가치세 별도), 합계 16,400,000,000원에 양도하는 매매계약을 체결하였다(이하 ‘이 사건 매매계약’이라 한 다). 이후 EEE은 2016. 2. 1. 이 사건 부동산에 관하여 소유권이전등기를 마쳤다.
• 다. 원고들은 이 사건 부동산 양도 후 피고에 대하여 이 사건 매매계약에 따른 금액으로 양도소득세 및 부가가치세를 신고하였는데, 피고는 이 사건 부동산의 양도가액 중 건물의 양도가액이 기준시가에 현저하게 미달하는 등으로 구 부가가치세법(2017. 12. 19. 법률 제15223호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제29조 제9항 단서에서 정한 ‘실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 등의 가액 구분이 불분명한 경우’에 해당한다고 보아 이 사건 부동산의 매매가격을 기준시가로 안분계산하여 건물 양도가액을 2,812,600,000원으로 산정하고, 그에 따라 2017. 10. 1. 국세기본법 제25조 제1항 에 따른 연대납세의무자인 원고들에 대하여 2016년 제1기 부가가치세 ×××원(가산세 포함)을 각 경정·고지하였다(이하 ‘이 사건 각 처분’이라 한다).
• 라. 원고들은 2017. 12. 14. 이 사건 각 처분에 대하여 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 2018. 3. 28. 모두 기각되었다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 5, 9 내지 11호증, 을 제1호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

별지 기재와 같다.

• 가. 원고들 주장의 요지 아래와 같은 이유로 이 사건 각 처분은 위법하다.

1. 아래와 같은 사정들을 종합하면, 이 사건 매매계약에 따른 부가가치세 공급가액을 산정함에 있어서 구 부가가치세법 제29조 제9항 단서에서 정한 ‘실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 등의 가액 구분이 불분명한 경우’에 해당한다고 볼 수 없다.

① 원고들과 EEE은 장부가액에 기초하여 이 사건 건물의 매매가격을 정하였다. 또한 이 사건 건물은 1995. 12. 7. 신축된 노후건물에 해당하는 점 등의 사정을 고려하면 원고들과 EEE이 이 사건 매매계약에서 이 사건 건물의 매매대금을 900,000,000원으로 정한 데에는 충분한 근거가 존재한다.

② 이 사건 매매계약에 따른 원고들의 수익은 건물가격을 조정하더라도 동일하고 EEE은 부가가치세법상의 사업자로 건물 부분에 관한 부가가치세 상당액(매입세액)을 조기에 환급받을 수 있어 이 사건 건물의 가격을 낮추어 신고할 이유도 없다.

③ 이 사건 부동산에 대한 기준시가와 실지거래가액이 차이가 난다는 이유만으로 매매계약서상의 실지거래가액을 인정하지 아니하는 것은 실질과세의 원칙과 근거과세의 원칙에 반한다. 2) 국세기본법 제20조 에 의하면 세무공무원은 납세의무자가 계속하여 적용하고 있는 기업회계의 기준 등을 존중하여야 하는데, 원고들은 장부가액을 기초로 피고로부터 이 사건 건물의 감가상각비를 필요경비로 공제받았으므로, 이 사건 각 처분은 이와 모순되어 신뢰보호원칙에 위배된다.

• 나. 인정사실

1. 이 사건 매매계약서의 주요 내용은 아래와 같다. (표 생략)

2. 이 사건 부동산의 소유권 변동 내역은 아래와 같다.

• 가) 이 사건 토지 (표 생략)
• 나) 이 사건 건물 (표 생략)
• 다) 이 사건 부동산의 기준시가 등은 아래와 같다. (표 생략)

3. 이 사건 부동산에 관한 이 법원의 ㈜FFF감정평가법인에 대한 2016. 1. 5.을 기준으로 한 시가감정 촉탁결과와 기준시가, 장부가액 등은 아래 표의 기재와 같다. (표 생략) [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제2, 3, 11호증, 을 제2, 3, 10호증의 각 기재, 이 법원의 ㈜FFF감정평가법인에 대한 시가감정 촉탁결과, 변론 전체의 취지

• 다. 구체적 판단

1. 관련 법리

• 가) 구 부가가치세법 제29조 제9항 은 ‘사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 또는 구축물 등을 함께 공급하는 경우에는 건물 또는 구축물 등의 실지거래가액을 공급가액으로 한다. 다만, 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 또는 구축물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액을 공급가액으로 한다’고 규정하고, 구 부가가치세법 시행령(2016. 8. 31. 대통령령 제27472호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제64조는 ‘법 제29조 제9항 단서에 따라 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 또는 구축물 등(이하 이 조에서 "건물등"이라 한다)의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 다음 각 호의 구분에 따라 계산한 금액을 공급가액으로 한다’고 규정하면서 제1호 본문은 ‘토지와 건물 등에 대한 소득세법 제99조 에 따른 기준시가(이하 이 조에서 "기준시가"라 한다)가 모두 있는 경우에는 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분 계산한 금액’을 규정하고 있다.
• 나) 구 부가가치세법 제29조 제9항 의 위 단서조항은 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 등을 함께 공급하는 경우에 부가가치세과세대상인 건물 등의 공급가액과 비과세대상인 토지의 공급가액이 구분되어 있지 아니하여 양자의 가액이 불분명한 경우에 과세대상 건물 등의 공급가액을 산출하기 위한 특례규정으로서, 세법에 의한 장부 기타의 증빙서류에 건물의 공급가액이 토지의 가액과 구분 기장되어있는 경우에는, 그 기재가 허위 또는 누락이 있다고 인정되지 아니하는 이상 위 규정의 적용대상이 되지 아니한다고 해석함이 국세기본법 제16조 의 근거과세의 원칙에 비추어 보아도 타당하다(대법원 1989. 12. 26. 선고 89누169 판결 등 취지 참조). 한편 소득세법 제100조 제2항 은 구 부가가치세법 제29조 제9항 과 유사한 취지에서 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명할 때에는 취득 또는 양도 당시의 기준시가 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산하도록 규정하고 있고, 제3항은 ‘토지와 건물 등을 구분 기장한 가액이 같은 항에 따라 안분계산한 가액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우를 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명한 때로 본다’고 규정하고 있으나, 구 부가가치세법에는 위와 같은 규정이 존재하지 아니하였다(다만 2018. 12. 31. 법률 제16101호로 개정된 부가가치세법 제29조 제9항 제2호 에서 그와 유사한 취지의 규정이 신설되었다). 조세법률주의의 원칙상 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하고, 합리적 이유 없이 확장 또는 유추 해석하는 것은 허용되지 아니하는 점, 양도소득세와 부가가치세의 과세표준 계산, 세액 환급 등에 있어서의 차이 등을 고려하면 구 부가가치세법에 따라 토지와 건물 등의 공급가액을 산정함에 있어 소득세법 제100조 제3항 의 규정을 그대로 적용하거나 이를 유추적용할 수는 없다. 그렇다면 구 부가가치세법상 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명한 경우로 인정하기 위해서는 매매가격의 결정 경위, 매매가격상 토지와 건물 등의 가액 비율, 회계장부의 기재, 통상적인 거래가격 등 제반 사정을 고려하여야 하지만, 세무당국이 매매계약서 상에 기재된 총 매매대금은 실지거래가액이라고 인정하면서 그 안에서 토지와 건물 등으로 구분된 각 부동산의 거래가액은 부인하고 거래가액이 불분명하다고 인정하기 위해서는 그 거래가액이 허위이거나 현저히 부당하다는 등의 특별한 사정에 관하여 충분한 주장과 증명이 있어야 한다[양도소득세 부과처분에 관한 대법원 1980. 11. 11. 선고 80누429 판결, 서울고등법원 2016. 6. 17. 선고 2015누60534 판결(대법원 2016. 9. 9.자 2016두44988 판결로 심리불속행 상고기각 확정), 부가가치세 등 부과처분에 관한 서울고등법원 2013누13510 판결(대법원 2014. 3. 14.자 2013두25450 판결로 심리불속행 상고기각 확정) 등 취지 참조].

2. 판단 위와 같은 법리에 비추어 앞서 든 증거와 갑 제13, 18 내지 20호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 인정되는 다음과 같은 사정들을 종합하여 보면, 이 사건 매매계약서에 기재된 이 사건 토지와 이 사건 건물에 대한 각 매매대금이 당사자 사이의 진정한 합의에 의한 것이 아니라거나 통상의 거래관행을 현저히 벗어난 비합리적인 가액 구분이라고 보기 어렵고, 피고가 제출한 증거만으로는 이와 같이 보기에 부족하며, 달리 이를 인정할 증거가 없다. 따라서 이 사건 토지의 가액과 이 사건 건물의 가액의 구분이 불분명한 경우에 해당한다고 볼 수 없으므로, 이와 전제를 달리 하는 이 사건 각 처분은 위법하다. 원고들의 이 부분 주장은 이유 있다(원고들의 이 부분 주장을 받아들이는 이상 원고들의 나머지 주장에 관하여는 더 나아가 살피지 아니한다. 한편 피고가 이 사건 변론종결 이후에 제출한 참고서면과 첨부한 자료만으로는 이와 같은 판단을 뒤집기 어렵다).

① 원고들과 EEE은 공인중개사의 중개에 따라 중개대상물인 이 사건 부동산을 확인하는 등 절차를 거친 다음 이 사건 매매계약을 체결하고, 중개보수료로 90,200,000원을 지급하였다. 이 사건 매매계약서에 의하면, 이 사건 부동산의 매매대금 총액을 16,400,000,000원으로 정하고 있고, 그 중 이 사건 토지의 매매대금은 15,500,000,000원, 이 사건 건물의 매매대금은 900,000,000원으로 구분하고 있으며, 이 사건 건물 매매에 따른 부가가치세 90,000,000원은 잔금 지급일에 별도로 지불하기로 하되, 매도인이 세금계산서를 발행하기로 되어 있다. 이와 같이 처분문서인 이 사건 매매계약서에는 이 사건 토지와 건물의 가액이 분명하게 구분되어 기재되어 있고, 그에 관한 양 당사자의 의사 합치가 구체적으로 이루어진 것으로 판단된다.

② 이 사건 부동산에 대한 매매대금 구성 비율은 이 사건 토지 가액 94.51%, 이 사건 건물 가액 5.29%로 2015년 말 기준 장부가액에 따른 구성 비율(이 사건 토지 74.69%, 이 사건 건물 25.31%), 기준시가로 안분계산한 구성 비율(이 사건 토지 82.85%, 이 사건 건물 17.15%)에 대비하여 이 사건 토지의 가액비율은 높고, 이 사건 건물의 가액비율은 낮은 편이기는 하다. 그러나 다음과 같은 사정들을 고려하면 이러한 가액 비율의 차이 때문에 이 사건 토지의 가액과 이 사건 건물의 가액 구분이 통상의 거래관행을 현저히 벗어나 비합리적이라거나 당사자들의 진정한 의사 합치에 따른 것이 아니라고 단정하기는 어렵다. ㉠ 이 사건 토지는 서울 ◌◌구 ◌◌동 ◌◌사거리에 위치하고 있고, 지목은 ‘대지’, 용도지역은 ‘일반상업지역’에 해당하여 매우 높은 가치형성 요소를 갖추고 있다. 이 사건 매매계약상 이 사건 토지의 ㎡당 가액은 약 31,710,310원(= 15,500,000,000원 ÷ 488.8㎡)인데, 이 사건 매매계약일 이전 2012년부터 2017년 사이에 이 사건 토지가 위치한 서울 강남구 삼성동 일반상업지역 토지의 ㎡당 실제 거래가격은 최소 29,963,592원 내지 최고 82,339,449원에서 형성되었으므로(갑 제18호증 기재 참조), 이 사건 토지의 매매대금은 위 실거래가의 범위를 벗어나지 아니한다. 또한 이 법원의 시가감정 촉탁에 따른 2016. 1. 5.을 기준으로 한 이 사건 토지의 감정평가액도 15,201,680,000원(㎡당 약 31,100,000원)으로, 이 사건 토지의 매매대금과 큰 차이가 없다(한편 피고는 위 감정평가는 구 부가가치세법 시행령 제64조 제1호 단서에서 허용하는 범위에 속하지 아니하는 소급감정이므로 객관적인 가격이라고 볼 수 없다는 취지로 주장하나, 구 부가가치세법 시행령 제64조 제1호 단서는 토지의 가액과 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우 그 안분계산에 사용할 수 있는 감정평가액을 정하고 있을 뿐이고, 이 법원은 이 사건에서 이 사건 토지 가액과 이 사건 건물 가액의 구분이 불분명한 경우에 해당하는지를 판단하기 위하여 위 감정평가액을 참작하는 것이므로, 그것이 소급감정이라는 사정만으로 객관적인 가격이 아니라고 볼 수는 없다). ㉡ 이 사건 건물의 매매대금은 이 사건 건물의 기준시가(1,271,893,160원)나 이 법원의 시가감정 촉탁에 따른 2016. 1. 5.을 기준으로 한 감정평가액(1,207,393,920원)에 비하여 다소 낮은 가격이기는 하다. 그러나 원고들은 이 사건 건물의 매매대금을 장부가액을 기초로 정하였다는 취지로 주장하고 있는데, 2015년 말을 기준으로 한 이 사건 건물의 장부가액은 929,737,040원으로서 원고들의 주장을 뒷받침하고 있는 점[2015년 말 기준 장부가액은 1996. 12. 31.을 기준으로 한 장부가액 1,536,132,987원(이는 이 사건 건물의 신축비용 또는 그에 근접한 금액인 것으로 보인다)에서 매년 회계기준에 따른 감가상각을 거친 금액이고, 원고들은 위 감가상각비를 소득세법에 따른 필요경비로도 인정받아 온 것으로 보인다], 실제 이 사건 건물은 1995. 12. 7. 신축되어 이 사건 매매계약 당시 20년이 경과된 상태이고, 이 사건 매매계약의 중개인들이 작성한 이 사건 건물에 대한 중개대상물 확인ㆍ설명서에 의하면, 이 사건 건물에는 벽면(5층 계단 내벽)에 균열이 있는 등 노후화가 상당히 진행된 것으로 보이는 점, 통상 건물만의 매매가 이루어지는 경우는 흔하지 아니하고 그 대지와 함께 매매가 이루어지게 되고, 토지와 달리 건물은 그 규모나 형태, 자재 등이 제각각이므로 특정 건물만의 거래시세를 확인하기는 쉽지 않은 점, 이 사건 건물의 매매대금과 이 사건 건물의 기준시가 및 위 감정평가액과의 차이(이 사건 건물의 기준시가와는 약 3억 7,000만 원, 위 감정평가액과는 약 3억 원의 차이)는 이 사건 부동산 전체 매매대금(164억 원)과 대비하여 큰 금액이라고 보기 어려운 점, 이 사건 건물의 기준시가는 소득세법 제99조 제1항 제1호 나목에 따라 용도별 건물의 신축가격기준액, 구조지수, 용도지수, 위치지수 등을 고려하여 국세청장이 산정․고시한 가액으로, 이 사건 건물과 유사한 건물의 가치형성 요소를 고려한 유형적 가격일 뿐이어서 실제 거래에서 당사자 사이의 협상 과정을 통하여 정하여진 이 사건 건물의 매매대금과 차이가 발생할 수 있는 점 등을 고려하면, 위와 같은 이 사건 건물의 매매대금과 기준시가 등과의 차이가 있다는 사정만으로는 이 사건 건물의 매매대금이 현저히 불합리하다거나 당사자 사이의 진정한 의사에 따른 것이 아니라고 단정할 수는 없다(오히려 피고의 주장에 따라 기준시가에 의하여 안분계산하면 이 사건 건물의 가액이 2,812,600,000원으로 되어, 위 감정평가액과도 현저히 동떨어진 금액을 이 사건 건물의 공급가액으로 보게 됨으로써 불합리한 결론에 이른다). ㉢ 이 사건 토지의 매매대금(15,500,000,000원)이 2015년도 말 기준 이 사건 토지의 장부가액(2,734,939,702원)에 비하여 현저하게 높기는 하지만, 이는 위 장부가액이 기본적으로 회계기준에 의하여 역사적 원가주의에 따라 기장된 것이기 때문에 그때까지의 가치증가액에 따른 평가차액이 반영되지 않았기 때문인 것으로 보인다(실제 위 2015년 말 기준 장부가액은 1996. 12. 31. 기준 이 사건 토지의 장부가액 2,624,856,000원 대비 변동액이 상대적으로 근소하다). 앞서 본 이 사건 토지 일대의 최근 거래가격과 이 사건 토지의 감정평가액, 이 사건 토지의 위치와 그 주변의 개발이력 내지 개발현황 등에 비추어 보면 이 사건 건물이 신축된 이래 이 사건 토지의 가치는 현저히 증가한 것이 분명하고, 따라서 위 2015년 말 기준 이 사건 토지의 장부가액이 그 당시의 실제 가치를 제대로 반영한 금액이 될 수 없다. 마찬가지로 이 사건 토지의 기준시가액(소득세법 제99조 제1항 제1호 가목에서 정한 바에 따라 부동산 가격공시에 관한 법률에 따른 개별공시지가에 의한 금액으로 보인다)이 이 사건 토지 매매금액에 현저히 미달하는 것도 위와 같은 가치 증가를 제대로 반영하지 못한 것에서 비롯된 것으로 판단된다. 따라서 이 사건 토지 매매대금이 위 기준시가액을 초과한다는 사정만으로 이 사건 토지 매매대금이 현저히 불합리하다거나 당사자의 진정한 의사를 반영하지 않은 것이라고 볼 수는 없다.

③ 이 사건 부동산의 매도인인 원고들의 입장에서는 이 사건 건물의 매매대금에 상응하는 부가가치세 상당액을 매수인인 EEE로부터 거래징수하여 이를 납부하게 되므로 이 사건 건물의 매매가격을 낮추려는 특별한 동기가 존재한다고 보기 어렵다. 또한 이 사건 부동산의 매수인인 EEE 역시 법인사업자로서 원고들에게 지급한 이 사건 건물에 대한 부가가치세 상당액을 매입세액공제로 환급받음으로써 실질적으로 부가가치세 부담이 발생하지 않을 것으로 보이므로, EEE에게 적극적으로 이 사건 건물의 매매대금을 허위로 낮출 동기가 있다고 보기 어렵다.

④ 이 사건 매매계약서 제3조 제1호 부분에는 매매금액에 관하여 “건물 매매 금액이 변동 시 조정할 수 있다.”라는 문구가 기입되어 있다. 위 문구는 잔금 지급시까지 이 사건 건물의 매매금액이 변동되는 경우 전체 매매금액을 변경할 가능성에 대비한 조항인 것으로 보이나, 그 의미가 반드시 명확하지는 아니하다. 그러나 이 사건 매매계약서에서 이 사건 토지의 매매대금과 이 사건 건물의 매매대금을 명시하여 구분하고 있는 점을 비롯한 앞의 여러 사정들에 비추어 보면, 위 문구만으로 원고들과 EEE 사이에 이 사건 부동산의 전체 매매대금에 관한 합의만이 존재할 뿐 이 사건 토지와 이 사건 건물의 각 매매대금에 관한 진정한 합의는 존재하지 않는다는 취지의 피고의 주장을 수용하기는 어렵고, 그 밖에 피고가 제출한 다른 증거들을 모두 살펴보더라도 위와 같은 피고의 주장을 인정할 만한 증거를 발견할 수 없다.

그렇다면 원고들의 청구는 이유 있어 이를 인용할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 달리 하여 부당하므로, 원고들의 항소를 받아들여 주문과 같이 판결한다.