부외비용 수입누락 부분에 대응하는 손금만을 실지조사가 아닌 추계조사방법에 의하여 산출·공제할 수는 없음

사 건 2018누56611 법인세부과처분취소 원고, 항소인

○○종합건설 주식회사 피고, 피항소인

○○세무서장 제1심 판 결 수원지방법원 2018. 6. 28. 선고 2017구합60827 판결 변 론 종 결

2019. 4. 3. 판 결 선 고

2019. 4. 24.

1. 원고의 항소를 기각한다.

2. 항소비용은 원고가 부담한다. 청구취지 및 항소취지 제1심판결을 취소한다. 피고가 2016. 5. 2. 원고에게 한 2012년 사업연도 법인세343,771,570원(가산세 포함)의 부과처분을 취소한다.

1. 제1심판결의 인용 등 이 법원이 이 사건에 관하여 설시할 이유는 제1심판결 중 해당 부분을 다음 2항과 같이 수정하는 것 외에는 제1심판결의 이유 부분(그 별지 ‘관계 법령’을 포함하되, ‘4.결론’ 부분은 제외) 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 따라 이를 그대로 인용한다.

○ 5쪽 마지막 행의 “증거가 없다.” 오른쪽에 다음 내용을 추가한다. 【 나아가 법인세법 제112조 는 “납세의무가 있는 법인은 장부를 갖추어 두고 복식부기 방식으로 장부를 기장하여야 하며, 장부와 관계있는 중요한 증명서류를 비치ㆍ보존하여야 한다.”라고 규정하고 있는바, 앞서 인정한 사실관계 및 원고가 제출한 증거들에 변론 전체의 취지를 종합하면, 이 사건 공사계약의 수급인으로서 법인인 원고가 천재·지변 등 불가항력이나 원고 자신에게 책임을 돌릴 수 없는 사유로 인해 누락수입에 관련된 비용의 존재 및 그 신고 누락 여부 등을 입증할 수 없게 된 상황이라고 보기 어렵고, 오히려 하수급인에 대한 추가적인 과세 문제 등을 회피하기 위하여 원고가 관련 비용에 관하여 보다 적극적인 입증을 하는 대신 추계조사방법에 의한 과세를 주장하고 있는 것으로 볼 여지도 있다. 】

○ 6쪽 아래에서 8행의 “2005두14561 판결).” 오른쪽에 다음 내용을 추가한다. 【 과세관청이 실지조사방법에 의하여 법인의 소득에 대한 과세표준과 세액을 결정하면서 당해 법인의 당초 신고에서 누락된 수입금액을 발견한 경우에 이에 대응하는 매입원가 등의 손금이 별도로 지출되었음이 장부 기타 증빙서류에 의하여 밝혀지는 등 특별한 사정이 없는 이상 이는 총수입금에 대응하는 총손금에 이미 포함되어 있는 것으로 볼 것이고, 이 경우 누락수입에 대응하는 비용에 관한 신고를 누락하였다고 하여 그 공제를 받고자 한다면 그 비용의 손금 산입을 구하는 납세의무자가 스스로 그 누락사실을 주장·입증하여야 하며, 이 경우 총손금의 결정방법과는 달리 그 수입누락 부분에 대응하는 손금만을 실지조사가 아닌 추계조사방법에 의하여 산출·공제할 수는 없다(대법원 2003. 11. 27. 선고 2002두2673 판결 참조). 】

○ 6쪽 아래에서 2행의 “없다.” 오른쪽에 다음 내용을 추가한다. 【 (설령 추계조사방법에 의하여 과세표준 및 세액을 산정하여야 한다고 하더라도, 관련 법인세법령과 위 법리에 따라 원고의 2012 사업연도 전체 과세표준 및 세액을 기준경비율법에 의해 산정하면 피고는 원고에게 이 사건 처분액보다도 더 큰 액수를 부과 처분하여야 하는 것으로 보이므로, 피고가 추계조사방법에 의해 과세표준 및 세액을 산정하지 않았다고 하여 추계조사방법에 따른 추가 부과세액 범위 내인 이 사건 처분이 위법한 처분으로서 취소되어야 한다고 할 수는 없다) 】

그렇다면 원고의 청구는 이유 없어 이를 기각하여야 한다. 제1심판결은 이와 결론을 같이하여 정당하므로, 원고의 항소는 이유 없어 이를 기각한다.