이 사건 개발사업에 관하여 지분별로 납세의무를 부담하는 공동사업자에 해당한다고 보기 어려움

사 건 2018누35294 법인세부과처분취소 원고, 항소인

○○○○공사 피고, 피항소인

○○세무서장 제1심 판 결 수원지방법원 2018. 1. 9. 선고 2016구합63638 판결 변 론 종 결 2018.12.12. 판 결 선 고 2019.01.30.

1. 원고의 항소를 기각한다.

2. 항소비용은 원고가 부담한다. 청구취지 및 항소취지 제1심판결을 취소한다. 피고가 원고에 대하여 한, 2013. 11. 1.자 2008 사업연도 법인세 *원(가산세 **원 포함) 및 2014. 2. 3.자 2009 사업연도 법인세 **원(가산세 ***원 포함)의 부과처분을 모두 취소한다.

1. 제1심판결의 인용 등 이 법원의 판결 이유는 제1심판결 중 해당 부분을 다음 2항과 같이 수정하고, 다음3항과 같이 판단을 보충하거나 추가하는 것 외에는 제1심판결의 이유(‘4. 결론’ 부분을 제외하고 별지를 포함한다) 기재와 같으므로 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 따라 이를 그대로 인용한다.

○ 5쪽 8행의 “(가지번호 포함)”을 “(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 달리 특정하지 아니하는 한 이하 같다)”로 수정

○ 17쪽 아래에서 5행의 “재투자하여야 의무를”을 “재투자하여야 할 의무를”로 수정

○ 18쪽 마지막 행과 22쪽 아래에서 8행의 “손금에”를 “익금에“로 각각 수정

○ 21쪽 아래에서 5~4행의 “아니하였다.”를 다음과 같이 수정 『아니하였다(원고는 택지개발촉진법 및 관련 법령상의 절차를 준수하였고, 이후 수회에 걸쳐 재검토된 택지조성원가를 포함하여 실시계획 변경승인을 받은 이상, 이와 같이 국토교통부장관의 승인을 받은 택지조성원가는 구 법인세법 시행규칙 제34조 제2항 의 ‘당해 사업연도 말까지의 변동상황을 반영하여 합리적으로 추정한 공사원가’에 해당한다고 주장하나, 국토교통부장관의 승인 등이 있었다는 사정만으로 달리 보기 어렵다)』

• 가. 원고가 이 사건 개발사업의 수탁자에 해당하여 개발이익을 익금에 산입할 수 없다는 주장

1. 원고는 이 사건 개발사업의 총 분양수익에서 총 분양원가를 차감하여 산정한 개발이익(이하 ‘이 사건 개발이익’이라 한다)은 이 사건 개발사업의 공동사업시행자인이 사건 지방자치단체들에 모두 귀속되고, 이 사건 개발사업의 실질적인 수탁자인 원고에게는 사업비용의 정산 외에 아무런 이익도 귀속되지 아니하며, 이 사건 개발이익은 법인세법상 원고의 익금으로 볼 수 없으므로 이 사건 개발이익이 법인세법상 원고의 익금이라는 전제에서 이루어진 이 사건 처분은 위법하다고 주장한다.

2. 다툼 없는 사실, 갑 제2, 3, 4, 8, 10, 12, 19, 20호증, 을 제3, 4호증의 기재, 이 법원의 증인 손**의 증언 및 변론 전체의 취지에 의하면, 이 사건 지방자치단체들과 원고 사이에 이 사건 협약을 체결하기까지의 과정에 관하여 다음과 같은 사실을 인정할 수 있다.

• 가) 도, 시, **공사(이후 원고로 명칭을 변경하였다. 이하 명칭 변경 전후를 불문하고 ‘원고’라 한다)는 2003. 12. 무렵 도와 시가 시 구 동․동․*동, 구 동 일원, 시 구 동, 읍 리 일원 10,955,000㎡ 택지를 행정타운, 컨벤션센터, 관광위락시설 등으로 개발하여 공급하는 택지개발사업을 공동 시행하되, 사업시행은 원고에게 위․수탁하기로 하는 내용의 협약(이하 ‘2003년 협약’이라 한다)을 체결하였다. 그 주요 내용은 다음과 같다.
• 나) 그 후 도지사, 시장, 시장, 원고는 2004. 11. 무렵 시장을 공동사업시행자로 추가하고, 시 구 **동 일원을 사업시행 구역에 추가하는 내용의 협약(이하 ‘2004년 협약’이라 한다)을 체결하였는데 그 주요 내용은 다음과 같다.
• 다) 그런데 구 지방공기업법(2011. 8. 4. 법률 제10990호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 지방공기업법’이라 한다) 제71조 제1항 및 같은 법 시행령(2011. 3. 29. 대통령령 제22765호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 지방공기업법 시행령‘이라 한다) 제63조 제2항, 도 지방공사의 설립 및 운영조례(2005. 4. 11. 도조례 제33**호로 개정된 것) 제20조, 제26조는 원고가 국가나 지방자치단체의 사업을 대행하는 경우 필요한 비용은 국가 또는 지방자치단체가 부담하도록 규정하고 있었으므로 원고가 이 사건 개발사업의 사업비를 직접 조달하는 것은 위 구 지방공기업법 등에 위반된다는 문제가 지적되었다. 이에 원고와 이 사건 지방자치단체들은 2006. 4. 무렵 원고를 이 사건 개발사업의 공동사업시행자로 변경하는 내용의 협약(이하 ‘이 사건 협약’이라 한다)을 체결하였는데 그 주요 내용은 다음과 같다.

3. 판단 위 인정 사실 및 이 법원이 인용하는 제1심판결에서 인정한 사실관계, 갑 제11, 13, 14, 15, 19, 20, 22호증, 을 제3, 4호증의 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사실 및 사정을 종합적으로 고려하면, 원고를 이 사건 개발사업의 수탁자로 보기는 어려우므로 이와 다른 전제에 있는 원고의 주장은 이유 없다.

① 원고와 이 사건 지방자치단체들은 2003년 협약, 2004년 협약에서는 원고를 이 사건 개발사업의 수탁자 내지 사업대행자로 지정하고 이 사건 개발사업을 위탁시행 내지 대행하도록 하였으나, 수탁자 내지 사업대행자 지위에 있는 원고가 사업비 전액을 부담하는 것이 관계 법령 위반이라는 문제가 제기되자, 위 수탁자 지정 조항을 삭제하고 원고를 이 사건 개발사업의 공동사업시행자로 변경하는 내용의 이 사건 협약을 체결하였다. 이에 따라 원고는 이 사건 개발사업에 관한 각종 계획의 수립, 보상, 사업시행, 사업자금 조달 등 기존 업무에 더하여 이 사건 개발사업의 정책적 사항을 결정하고(제5조 제1항), 이 사건 개발사업에 필요한 토지를 원고 명의로 취득할 수 있게 되었다(제5조 제3항). 이와 같은 이 사건 협약의 체결 경위와 문언, 이 사건 개발사업에서 원고가 맡은 역할 등을 고려하면, 원고를 이 사건 개발사업의 수탁자로 보기는 어렵다.

② 구 지방공기업법 제71조 제1항 은 “공사는 국가 또는 지방자치단체의 사업을 대행할 수 있으며, 이 경우에 필요한 비용은 국가 또는 지방자치단체가 부담한다.”라고 규정하고 있고, 구 지방공기업법 시행령 제63조 제1항 은 “공사가 법 제71조 제1항의 규정에 의하여 국가 또는 지방자치단체의 사업을 대행하고자 하는 때에는 위탁계약에 의한다.”라고 규정하여 위탁계약을 통하여 지방공기업이 지방자치단체의 사업을 대행하는 것이 가능하기는 하나, 이 사건 협약에 의하면 이 사건 개발사업에 필요한 비용은 원고가 전액 부담한 것으로 보이는바(제7조 제1항), 이에 비추어 보아도 원고가 이 사건 지방자치단체들의 사업을 위탁받아 대행한 것으로 보기는 어렵다.

③ 만약 원고가 단순수탁자에 불과하다면, 이 사건 개발이익의 규모 및 이 사건 재투자금액에 관하여 이 사건 지방자치단체들이 일방적으로 결정하여 원고에게 통지하지 아니하고 원고와 협의(제5조 제1항, 제8조 제1항)할 이유를 찾기 어렵다.

④ 원고는 이 사건 협약 제8조 제1항에 따라 이 사건 개발이익 전액을 시 또는 시의 공공사업에 재투자하게 되어 있으므로 이 사건 개발이익은 원고에게 귀속되었다고 볼 수 없다고 주장한다. 그러나 이 법원의 변론종결일까지도 이 사건 개발이익이 모두 얼마인지 구체적으로 확정되지 아니하였을 뿐만 아니라, 위 조항은 이 사건 개발이익의 사용에 관한 대략적인 기준을 정한 것으로서 위 조항에 따라 이 사건 개발이익이 종국적으로는 이 사건 지방자치단체들에 귀속되는 결과가 된다 하더라도 그러한 사정만으로 이 사건 개발이익이 그 발생과 동시에 원고를 제외한 이 사건 지방자치단체들에 곧바로 귀속되었다고 보기는 어렵다.

• 나. 원고와 이 사건 지방자치단체들은 공동사업자에 해당하여 개발이익을 익금에 산입할 수 없다는 주장

1. 원고는 원고와 이 사건 지방자치단체들이 이 사건 개발사업의 공동사업시행자이고, 적어도 이 사건 각 처분에 해당하는 기간인 2008, 2009 사업연도 동안 원고의 수익 분배비율이 0%이어서 이 사건 개발이익은 이 사건 지방자치단체들에 모두 귀속되므로 이 사건 개발이익은 법인세법상 원고의 익금으로 볼 수 없어 이 사건 개발이익이 법인세법상 원고의 익금이라는 전제에서 이루어진 이 사건 처분은 위법하다고 주장한다.

2. 앞서 본 인정 사실, 갑 제5, 6, 7, 11에서 15, 19, 20, 22, 46, 49에서 52호증,을 제2에서 6, 11, 12호증의 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사실 및 사정을 종합적으로 고려하면, 원고가 이 사건 개발사업에 관하여 지분별로 납세의무를 부담하는 공동사업자에 해당한다고 보기 어려우므로 이 사건 개발이익은 법인세법상 원고의 익금에 속한다고 봄이 타당하다. 이와 다른 전제에 있는 원고의 주장은 이유 없다.

① 원고는 이 사건 개발사업을 조달청을 통한 경쟁 입찰 방식으로 하도급 주어 하도급업체들과 단독으로 계약을 체결한 후 그 계약에 따른 권리의무를 부담하는 등 하도급업체와 직접 계약을 체결한 당사자이고, 이 사건 지방자치단체들은 원고와 거래한 하도급업체 등 제3자들과 아무런 권리의무관계가 없다.

② 이 사건 지방자치단체들은 이 사건 개발이익이 있는 경우에만 이익을 분배받는 약정을 하였을 뿐 손해에 대한 위험을 어떻게 분담할 것인가에 관하여 어떠한 합의를 한 적이 없다(원고는 민법 제711조 제2항 을 근거로 손실 발생 시 그 분배비율은 이 사건 협약 제8조에서 정한 이익분배의 기준이 그대로 적용된다고 보아야 한다고 주장하나, 아래에서 보는 바와 같이 이 사건 개발사업에 관하여 원고와 이 사건 지방자치단체들의 지분 또는 이익분배비율에 관한 구체적인 합의가 있었음을 인정하기도 어렵다).

③ 원고는 이 사건 개발사업을 시작한 이래 이 사건 개발이익을 원고의 익금에 산입한 후 그 개발이익과 동일한 금액을 원고의 매출원가 및 장기미지급비용으로 재무제표에 인식하는 것으로 회계처리 및 법인세 신고를 하였고, 원고의 위와 같은 회계처리는 안진회계법인 등 외부감사인들에 의하여 적정한 것으로 평가받았으며, 원고는 제1심법원에 이르기까지 이 사건 개발이익의 사용, 즉 재투자비용의 손금산입만을 주장하였다. 이에 비추어 원고도 이 사건 개발이익을 법인세법상 원고의 익금으로 인식하고 있었던 것으로 보인다. 한편 이 사건 지방자치단체들이 이 사건 개발사업을 공동사업으로 보아 지분별 익금을 계상하였다는 사실을 인정할 아무런 증거도 없다.

④ 이 사건 개발사업에 관한 원고와 이 사건 지방자치단체들의 지분 또는 손익분배비율에 관한 구체적인 약정을 인정할 증거가 없다. 이에 대하여 원고는 다시 이 사건 협약 제8조의 ‘사업지구 내 사용’, ‘당해 시 지역’, ‘사업면적 등 감안’ 등의 문구 및 이 사건 개발이익 중 일부를 지방자치단체 사업 소요비용으로 지원한 내역 등에 비추어 보면 이 사건 개발이익의 실제 분배는 원고를 제외한 이 사건 지방자치단체들 사이에서 사업부지 내 관할 면적비율을 주된 기준으로 하였으므로 손익분배약정을 인정할 수 있다고 주장하나, 이 사건 개발이익을 이 사건 지방자치단체들의 면적 비율로 귀속시키기로 하는 합의의 존재를 인정할 증거도 부족하다.

⑤ 구 택지개발촉진법(2008. 2. 29. 법률 제8852호로 개정되기 전의 것) 제7조 등에 의한 공동사업시행자라고 하여 반드시 민법상 조합 등에 해당하여 각자 지분별로 납세의무를 부담한다고는 볼 수 없고, 정부로부터 공동시행자로 지정을 받았거나 인허가를 받았다는 사실만으로 세법상 공동사업자라고 단정할 수도 없다.

⑥ 결국 원고와 이 사건 지방자치단체들은 이 사건 지방자치단체들의 출자 부담 등 관련 규정상 제한을 회피하기 위하여 이 사건 협약상 공동사업시행자 형식을 취한 것이고, 그 실질은 원고가 재원조달 등 자신의 부담으로 이 사건 개발사업을 진행하여 원고에게 우선 이익과 비용을 모두 귀속시킨 후, 만약 이 사건 개발이익이 발생할 경우 이 사건 지방자치단체들이 부담하여야 할 공공시설에 대한 건립비용 등에 이 사건 개발이익을 전용하는 데 합의한 것으로 보인다.

⑦ 원고는 만약 이 사건 개발이익이 원고에게 귀속된 후 이 사건 협약 제8조에 따라 사후적으로 이 사건 지방자치단체들을 위하여 사용된 것으로 본다면 이는 기부금품의 모집 및 사용에 관한 법률(이하 ‘기부금품법’이라 한다) 제5조 제1항, 민법 제103조 에 반하여 이 사건 협약이 무효가 되어 효력이 없다고 주장한다. 그러나 원고는 2010. 11. 무렵 이 사건 지방자치단체들과의 협의를 통하여 적정투자 수익 규모 등을 고려하여 집행수수료 명목으로 3,036억 원을 우선 지원받기로 하는 등 반대급부가 있으므로 이 사건 개발이익에 관한 재투자 부분을 기부금품법에서 말하는 기부금품으로 보기는 어렵다.

• 다. 부담금을 포함한 공사진행률 재산정 주장

1. 원고는 이 사건 개발사업과 관련하여 2008 사업연도에 각종 부담금 합계 약 1조 3,208억 원, 2009 사업연도에 약 1조 3,383억 원을 지출하였는데 위 부담금은 이 사건 개발사업과 직접적으로 관련이 있는 공사원가에 해당하므로 위 부담금을 반영한 총공사예정비를 기준으로 작업진행률을 산정하여야 하며, 이 경우 이 사건 각 처분은 정당세액을 초과한 범위에 있어 위법하다고 주장한다.

2. 갑 제55호증의 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고가 이 사건 개발사업을 진행하면서 2008 사업연도에 약 1조 3,208억 원, 2009 사업연도에 약 1조 3,383억원을 송전케이블 포설공사, 도시가스 이설공사, 폐기물분담금 등 각종 부담금으로 지출한 사실, 원고와 피고는 위 각종 부담금이 제외된 총공사예정비를 기초로 작업진행률을 산정한 사실을 인정할 수 있다. 살피건대, 구 법인세법 시행령 제69조 제2항, 같은 법 시행규칙 제34조 제1항은 계약 당시 추정한 공사원가를 기준으로 추정한 총공사예정비가 실제 발생한 원가를 기준으로 한 총공사예정비에 최대한 부합하도록 하기 위하여 계약기간이 1년 이상인 건설등의 경우 그 목적물의 착수일이 속하는 사업연도부터 그 목적물의 인도일이 속하는 사업연도까지의 각 사업연도의 익금과 손금은 해당 사업연도 말까지 발생한 총 공사비누적액을 총공사예정비로 나눈 비율, 즉 작업진행률에 따라 수익과 비용을 계산하여 각각 해당 사업연도의 익금과 손금에 산입하도록 규정하고 있다. 위 규정의 입법 취지 및 문언을 고려하면, 공사원가에 포함되는 비용이라 하더라도 공사 진행 정도에 따라 직접 발생한 지출이 아닌 항목은 작업진행률 산정에 있어 고려하지 아니하는 것이 타당하다. 그런데 원고가 지출한 위 각종 부담금은 공사원가에는 포함된다 하더라도 그 지급 시기가 이 사건 개발사업의 실제 진척 정도와는 무관하게 법령 또는 부담금 수령처와의 합의에 의하여 결정되므로 작업진행률 산정에 있어서는 고려하지 아니하여야 한다. 따라서 원고의 위 주장은 받아들일 수 없다.

• 라. 재조사결정의 기속력 위반 주장 원고는 이 사건 각 처분 중 피고가 2013. 11. 1. 원고에 대하여 한 증액경정처분은 재조사결정의 취지에 위반하여 위법하다고 주장한다. 살피건대 구 국세기본법(2016. 12. 20. 법률 제14382호로 개정되기 전의 것)은 제81조에서 ‘심판청구에 관하여는 심사청구에 관한 제65조를 준용한다’고 규정하고, 제80조 제1항, 제2항에서 심판청구에 대한 결정의 효력에 관하여 ‘제81조에서 준용하는 제65조에 따른 결정은 관계 행정청을 기속하고, 심판청구에 대한 결정이 있으면 해당 행정청은 결정의 취지에 따라 즉시 필요한 처분을 하여야 한다’고 규정하고 있으며, 제65조 제1항 제3호에서 ‘심사청구가 이유 있다고 인정될 때에는 그 청구의 대상이 된 처분의 취소ㆍ경정 결정을 하거나 필요한 처분의 결정을 한다’고 규정하고 있다. 심판청구 등에 대한 결정의 한 유형으로 실무상 행해지고 있는 재조사결정은 재결청의 결정에서 지적된 사항에 관하여 처분청의 재조사결과를 기다려 그에 따른 후속 처분의 내용을 심판청구 등에 대한 결정의 일부분으로 삼겠다는 의사가 내포된 변형결정에 해당하므로(대법원 2010. 6. 25. 선고 2007두12514 전원합의체 판결 참조) 처분청은 재조사결정의 취지에 따라 재조사를 한 후 그 내용을 보완하는 후속 처분만을 할 수 있다고 보아야 한다(대법원 2017. 5. 11. 선고 2015두37549 판결 참조). 이 법원이 인용하는 제1심판결에 인정한 처분의 경위, 갑 제1, 2호증, 을 제11호증의 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 조세심판원은 2015. 12. 16. ‘이 사건 협약서 제8조에 따라 이 사건 개발이익이 분양매출에 대응되는 손금에 해당되는지 여부를 재조사하여 그 결과에 따라 해당 사업연도의 과세표준 및 세액을 각 경정한다’는 취지의 재조사결정을 한 사실, 이에 중부지방국세청은 2016. 1. 22.부터 2016. 2. 5.까지 재조사를 거친 뒤 2016. 2. 19. 원고에게 재조사 결과 당초 처분이 정당하다고 통지한 사실을 인정할 수 있다. 나아가 재조사종결보고서(을 제11호증)에 의하면, 중부지방국세청은 재조사를 통하여 ① 원고가 2008, 2009년에는 이 사건 개발이익을 사용수익이 가능한 토지의 매출이익을 진행률로 인식하여 매출이익의 80%를 개발이익으로 추정하였고, ② 2010, 2011년에는 공동시행자 회의(2010. 11. 4.) 결과에 따라 이 사건 개발이익을 4,410억 원으로 자체 추정하였으며, ③ 2012년에는 2012. 6. 무렵 외부용역보고서의 8가지 안 중 제1안인 3,967억 원을 선택하는 등 이 사건 개발이익 산정방법이 시기별로 변동되었음을 확인하였다. 중부지방국세청은 이러한 원고의 이 사건 개발이익 산정과정 및 금액의 합리성을 검토하면서, ① 2008년부터 2012년까지 5년간 개발이익 추정방법 3회 변경, ② 2012년 외부용역보고서의 개발이익금 산정액은 885억 원에서 8,475억 원까지 8가지 안을 제시, ③ 소송 및 예비비의 변동가능성으로 3,000억 원에서 4,000억 원 가량 변동가능성이 존재, ④ 도는 개발이익금을 1,177억 원, 시는 3,500억 원으로 주장하는 등 이 사건 지방자치단체들 사이에서도 이견이 존재, ⑤ 개발이익 산정에 앞서 공사에 귀속될 집행수수료에 대한 변동가능성이 존재, ⑥ 공사 내부적으로도 매출원가로 인식한 이 사건 개발이익의 산정금액에 대한 구체적인 합의가 있었다고 볼 수 없음 등의 조사 내용을 바탕으로 하여, ‘수익비용 대응의 원칙은 합리적 측정과 실현가능의 성숙․확정성이 전제되어야 하는 것이나 원고는 이러한 전제조건을 간과하였고, 권리의무 확정주의에 측면에서 원고가 2012년까지 산정한 이 사건 개발이익은 그 시기와 가액이 확정되었다고 보기 어려우므로 원고가 임의로 추정하여 매출원가로 과다계상한 개발이익금을 부인하여 결정한 당초 처분은 정당하고, 다만 2012년 산정한 이 사건 개발이익 중 2,790억 원은 2012. 6. 무렵 사업시행자 사이 중간정산에 따라 구체적인 사용처와 금액이 합의되었다고 보아 이 부분에 한하여 매출원가를 인정하는 것이 타당하다고 결론 내린 사실을 인정할 수 있다. 위 인정 사실을 앞서 본 법리에 비추어 살펴보면, 피고는 조세심판원의 재조사결정 취지에 따라 재조사하여 그 결과에 따라 당초 처분을 유지하였다고 봄이 타당하므로 이 사건 처분이 재조사결정의 기속력에 반한다는 원고의 주장은 이유 없다.

그렇다면 원고의 청구는 이유 없어 이를 모두 기각할 것이다. 이와 결론을 같이한제1심판결은 정당하고, 원고의 항소는 이유 없으므로 이를 기각한다.