재조사의 예외적 허용 사유 해당 여부

사 건 2018누182 법인세등부과처분취소 원고, 상고인 주식회사 aa 피고, 피상고인 bb세무서장 원 심 판 결 서울행정법원 2013. 6. 28. 선고 2012구합34594 판결 판 결 선 고

2018. 12. 12.

1. 제1심판결 중 2006, 2007 각 사업연도 법인세에 관한 부분을 다음과 같이 변경한다.

• 가. 피고가 2012.4. 2. 원고에게 한 2007 사업연도 법인세 xxx원(가산세 포함)의 부과처분 중 xxx원을 초과하는 부분을 취소한다.
• 나. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

2. 소송 총비용 중 80%는 원고가，나머지는 피고가 각 부담한다. 청구취지 및 항소취지 제1심판결을 취소한다. 피고가 원고에게 한, ① 2012. 3. 2.자 2006 사업연도 법인세 xxx원(가산세 포함)의 부과처분과, ② 2012. 4. 2.자 2007 사업연도 법인세 xxx원(가산세 포함)의 부과처분 중 xxx원을 초과하는 부분，2008 사업연도 법인세 xxx원(가산세 포함)의 부과처분， 2009 사업연도 법인세 xxx원(가산세 포함)의 부과처분 중 xxx원，2010 사업연도 법인세 xxx원(가산세 포함)의 부과처분 중 xxx원을 각 초과하는 부분，2008년 제1기분 부가가치세 xxx원(가산세 포함)의 부과처분을 각 취소한다.

제1심 법원은 원고의 청구를 모두 기각하였는데，이에 대하여 원고는 전부 불복하여 항소하였다. 제1차 환송 전 판결은 피고가 원고에게 한 2012. 3, 2.자 2006 사업연도 법인세 xxx원(가산세 포함)의 부과처분과 2012. 4. 2.자 2007 사업연도 법인세 xxx원(가산세 포함)의 부과처분 중 xxx원을 초과하는 부분(이하 2006 사업연도 법인세 부분과 2007 사업연도 법인세 부분으로 구분하여 칭하되, 이를 함께 일컬어 '2006, 2007 각 사업연도 법인세 부분’이라 한다)의 취소 청구를 인용하고， 나머지 청구는 기각하였다. 이에 피고만이 상고하였는데(원고는 제1차 환송 전 판결의 원고 패소 부분 중 일부에 대하여 상고하였다가 상고심 계속 중에 상고를 취하하였다), 제1차 환송판결은 제1차 환송 전 판결 중 피고 패소 부분(2006, 2007 각 사업연도 법인세 부분)을 파기 • 환송하였고，제2차 환송 전 판결은 원고의 항소를 기각하였다. 이에 원고만이 상고하였는데, 제2차 환송판결은 제2차 환송 전 판결의 원고 패소 부분 중 2006, 2007 각 사업연도 법인세 부분을 파기 • 환송하였다. 이러한 소송 경과에 비추어 보면，피고가 원고에게 한，2008 사업연도 법인세 xxx원(가산세 포함)의 부과처분, 2009 사업연도 법인세 xxx원(가산세 포함)의 부과처분 중 xxx원, 2010 사업연도 법인세 xxx원(가산세 포함)의 부과처분 중 xxx원을 각 초과하는 부분, 2008년 제1기분 부가가치세 xxx원(가산세 포함)의 부과처분에 대한 각 취소청구 부분(이 사건 청구 중 2006, 2007 각 사업연도 법인세 부분에 대한 취소청구를 제외한 나머지 부분)은 제1차 환송판결의 선고와 동시에 이미 분리，확정되었으므로(대법원 2013. 7. 11. 선고 2011다18864 판결，대법원 2001. 4. 27. 선고 99다30312 판결 등 참조)，이 법원의 심판 범위에서 제외된다. 따라서 이 법원의 심판 범위는 2006, 2007 각 사업연도 법인세 부분에 한정된다.

이 법원이 이 부분에 관하여 설시할 이유는 아래와 같이 고치는 것 외에는 제1심 판결문 2쪽 1의 가.항 첫 행부터 3쪽 9행까지의 '1. 처분의 경위’ 부분 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항 ， 민사소송법 제420조 본문에 따라 이를 그대로 인용한다, O 3쪽 5-6행의 “(이하 이 사건 처분'이라 한다)"를 다음과 같이 고친다. 【 [앞서 본 바와 같이，피고가 원고에게 한，2008 사업연도 법인세 xxx원 (가산세 포함)의 부과처분，2009 사업연도 법인세 xxx원(가산세 포함)의 부과 처분 중 xxx원，2010 사업연도 법인세 xxx원(가산세 포함)의 부과처분 중 xxx원을 각 초과하는 부분，2008년 제1기분 부가가치세 xxx원(가산세 포함)의 부과처분은 제1차 환송판결의 선고와 동시에 이미 분리 • 확정되었다. 이하 2006, 2007 각 사업연도 법인세 부분을 통틀어 '이 사건 처분'이라 한다] 】

이 법원이 이 부분에 관하여 설시할 이유는 아래와 같이 고치는 것 외에는 제1심 판결문 3쪽 11행부터 24쪽 4행까지의 '2. 이 사건 처분의 적법 여부’ 부분 기재(별지 포함)와 같으므로， 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 따라 이를 그대로 인용한다. O 4쪽 5행부터 같은 쪽 아래에서 3행까지의 ”(3) 용역비에 관하여” 부분을 삭제한다. O 6쪽 첫 번째 표 아래 2행의 ”원고가 이 법원에 제출한“을 "원고가 제1심 법원에 제출한”으로 고친다. O 6쪽의 맨 아래 표 위 첫 행의 "이 법원“을 "제1심 법원”으로 고친다. O 12쪽 첫 번째 표 아래 첫 행의 "이 법원“을 "제1심 법원”으로 고친다. O 13쪽 마지막 행부터 17쪽 표까지의 ”(3) 용역비 관련" 부분을 삭제한다. 〇19쪽 7행부터 같은 쪽 아래에서 5행까지를 다음과 같이 고친다. 【2) 예외적 허용사유의 해당 여부

• 가) 구 국세기본법(2013. 1. 1. 법률 제11604호로 개정되기 전의 것，이하 같다) 제81조의4 제1항은 "세무공무원은 적정하고 공평한 과세를 실현하기 위하여 필요한 최소한의 범위에서 세무조사를 하여야 하며, 다른 목적 등을 위하여 조사권을 남용해서는 아니 된다”라고 규정하고, 제2항은 "세무공무원은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우가 아니면 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재조사를 할 수 없다”라고 규정하면서，제3호에서 재조사가 예외적으로 허용되는 경우 중 하나로 ’2개 이상의 사업 연도와 관련하여 잘못이 있는 경우'를 들고 있다. 구 국세기본법 제81조의4 제1항 은 세무조사는 기본적으로 적정하고 공평한 과세의 실현을 위하여 필요한 최소한의 범위 안에서만 행하여져야 함을 규정한 것이고, 제2항은 같은 세목 및 과세기간에 대한 거듭된 세무조사는 납세자의 영업의 자유나 법적 안정성 등을 심각하게 침해할 뿐만 아니라 세무조사권의 남용으로 이어질 우려가 있으므로 재조사를 원칙적으로 금지하는 한편, 조세공평의 원칙에 현저히 반하는 등의 예외적인 경우에는 재조사를 할 수 있도록 규정한 것이다. 이러한 관련 규정들의 문언과 체계 및 입법취지 등에 비추어 보면，구 국세기본법 제81조의4 제2항 제3호 에서 정한 재조사의 예외적인 허용사유 2개 이상의 사업연도와 관련하여 잘못이 있는 경우’란 하나의 원인으로 인하여 2개 이상의 사업연도에 걸쳐 과세표준 및 세액의 산정에 관한 오류 또는 누락이 발생한 경우를 의미한다고 해석함이 타당하다. 따라서 다른 사업연도에 발견된 것과 같은 종류의 잘못이 해당 사업연도에도 단순히 되풀이되는 때에는 이러한 재조사의 예외적인 허용사유에 해당한다고 볼 수 없다. 그런데 완결적인 하나의 행위가 원인이 되어 같은 잘못이 2개 이상의 사업연도에 걸쳐 자동적으로 반복되는 경우는 물론, 하나의 행위가 그 자체로 완결적이지는 아니하더라도 그로 인해 과세표준 및 세액의 산정에 관한 오류 또는 누락의 원인이 되는 원칙이 결정되고，이후에 2개 이상의 사업연도에 걸쳐 그 내용이 구체화되는 후속조치가 이루어질 때에는，이러한 후속조치는 그 행위 당시부터 예정된 것이므로 마찬가지로 하나의 행위가 원인이 된 것으로서 이에 해당한다고 볼 수 있다. 그리고 위법한 세무조사를 금지하고 세무조사권의 남용을 방지하고자 하는 구 국세기본법 제81조의4 의 규정 취지에 비추어 보면, 재조사의 예외적인 허용사유는 재조사 개시 당시에 구비되어야 할 것이므로, 과세관청이 하나의 원인으로 인하여 2개 이상의 사업연도에 걸쳐 과세표준 및 세액의 산정에 관한 오류 또는 누락이 발생한 경우임을 뒷받침할 만한 구체적인 자료에 의하여 재조사를 개시한 경우에 비로소 구 국세기본법 제81조의4 제2항 제3호 에 따른 적법한 재조사에 해당한다고 할 것이다(제1차 환송판결인 대법원 2017. 4. 27. 선고 2014두6562 판결 참조).
• 나) 앞서 든 각 증거에 변론 전체의 취지를 종합하면 다음과 같은 사실을 인정할 수 있다.

① 원고는 부동산임대업 등을 영위하는 법인으로 원고 발행 주식 대부분을 원래 CCC가 보유하고 있었지만, 원고의 자금사정 악화로 인하여 그 주식 일부가 매각되어 2006년 무렵부터 2010년 무렵까지 jj 관련단체인 dd, ee, ff, gg 등 4개 법인이 원고 발행 주식의 xx%를, CCC가 xx%를 각 보유하고 있었다.

② 원고는 2003 사업연도까지 순손실이 발생하였으나 hh과 ii 등을 임차인으로 유치하는 등 그 영업이 정상화됨에 따라 2005 사업연도의 당기 순이익이 xxx 원으로 급증하였다.

③ 2005. 11. 8. 개최된 원고의 이사회에서 ’CCC가 창업주로서 건물을 분양하지 않고 임대시설로 유지하여 지속적인 수익가능모델을 만드는 데 일익하였고，대형 임차인의 유치와 수수료율 인상 등 수익구조 개선에 크게 기여하였으며, 이사회 의장으로서 조달자금의 금리인하와 절제방안을 제시하는 등 경영상 업적이 지대한 점을 감안하여，향후 당기순이익이 발생하는 경우에 한하여 매년 임대수입의 xx% 이내에서 성과상여금을 지급한다. 지급시기 및 금액 등은 원고의 여건，자금사정 등을 고려하여 매년 이사회에서 정한다라는 내용의 이사회 결의가 이루어졌다.

④ 2006 내지 2010 각 사업연도에 원고의 당기순이익으로 각 xxx 원, xxx 원，xxx 원，xxx 원, xxx 원이 발생하자, 원고는 해당 사업연도에 CCC에게 백화점 및 호텔의 임대수입의 xx% 이내의 범위에서 각 xxx 원, xxx 원，xxx 원，xxx 원，xxx 원의 이 사건 성과상여금을 지급하는 한편, 다른 대주주인 jj 관련단체에는 각 해당 사업연도 기간 동안 그 관련단체에 기부금 및 광고선전비 명목으로 xxx 원, xxx 원，xxx 원，xxx 원, xxx 원을 각 지급하였다.

⑤ 이러한 성과상여금과 기부금 등은 당시 원고의 지분율에 따라 배분된 것으로, 원고는 임원 상여금의 지급기준과 산정근거에 관한 규정을 별도로 두고 있지 않아 대표이사가 임의로 판단하여 상여금을 책정하였으며, CCC에게는 다른 임원들과도 차등을 두어 성과상여금을 지급하였고，CCC의 지분율에 변동이 없었다.

• 다) 이러한 사실관계를 앞서 본 법리에 비추어 살펴보면，원고가 2006 내지 2010 각 사업연도에 이 사건 성과상여금을 지급한 것은 원고의 창업주이자 이사회 의장의 지위에 있었던 CCC에게 매년 임대수입의 xx% 이내에서 상여금을 지급하기로 한 2005. 11. 8.자 이사회결의에 기초한 것이고，이러한 이사회결의는 그 내용 및 전후 경과에 비추어 보면 별다른 지급기준도 없이 실질적으로 잉여금 처분을 위한 분배금을 매년 CCC에게 지급하면서도 명목상으로만 손금산입대상이 되는 상여금의 형식을 갖추기로 한 것으로 볼 수 있으며，비록 CCC에게 지급될 구체적인 성과상여금의 액수 등은 해당 사업연도별로 개최되었던 주주총회와 이사회 등에서 확정되었다고 하더라도 이는 CCC와 jj 관련단체가 원고 지분의 xx% 이상을 차지하고 있는 상황 등을 감안할 때 앞서 2005. 11. 8.자 이사회결의에서 성과상여금을 지급하기로 결정한 후 그 당시 예정한 바대로 각 사업연도별로 후속절차로서 이루어진 것으로서 그와 함께 이 사건 성과상여금의 지급원인이 되었다고 봄이 타당하다. 따라서 위와 같은 사정에 근거하여 이루어진 재조사는 구 국세기본법 제81조의4 제2항 제3호 에서 재조사가 예외적으로 허용되는 경우 중 하나로 규정한 '2개 이상의 사업연도와 관련하여 잘못이 있는 경우’에 해당할 여지가 있고， 다만 이러한 재조사의 예외적인 허용사유를 뒷받침할 만한 구체적인 자료가 재조사 개시 당시에 구비되었는지 여부가 문제되는바, 이에 관하여 사업연도별로 살펴본다,
• 라) 2006 사업연도의 경우 앞서 든 각 증거에 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 아래와 같은 사정들에 비추어 보면, 서울지방국세청장은 2차조사를 하면서 확보한 성과급 내역, KKK의 진술 등을 토대로 이 사건 각 성과상여금이 실질적으로 이익처분에 해당한다는 사실을 인지한 것으로 보이고，이에 따라 2006 사업연도로 그 조사범위를 확대한 것으로 보이므로, 2006 사업연도에 대한 중복세무조사 개시 당시(2012. 2. 14.) 피고 또는 서울지방국세청장은 예외적 허용사유를 뒷받침할 만한 구체적인 자료를 이미 확보하였다고 봄이 타당하고, 2006 사업연도의 경우 하나의 원인으로 인하여 2개 이상의 사업연도에 걸쳐 과세표준 및 세액의 산정에 관한 오류 또는 누락이 발생한 경우임을 뒷받침할만한 구체적인 자료에 의하여 재조사를 개시한 경우에 해당한다. 따라서 2006 사업연도의 경우 구 국세기본법 제81조의4 제2항 제3호 에서 예외적으로 허용하고 있는 재조사에 해당한다고 볼 수 있으므로, 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

① 서울지방국세청장은 1차조사 당시 원고로부터 임원보수，퇴직금，상여금 지급 규정, 2005 ~ 2008년 이사회 회의록을 제출받았고，추가로 2차조사를 하면서 기부금 • 성과급 한도설정 검토，기부금 • 광고선전비 내역, 성과급 내역 등을 확보하였다.

② 2차조사 개시 당시 조사대상 과세기간은 2007 사업연도 ~ 2010 사업연도였다가 2012. 2. 14. 2006 사업연도로 그 조사대상 과세기간이 확대되었다.

③ 원고 회사의 경영지원본부장이자 상무인 KKK은 2차조사 당시인 2011. 12. 6. 서울지방국세청 담당 조사관과의 문답에서 임원의 인별 노력도를 측정할만한 기준은 없고, 공로에 따라 성과급을 지급하였고，CCC는 다른 임원들과 차등을 두어 성과급을 지급하고 있으며，'대주주 주식수 및 성과 • 기부금 배분율’에 매 연도마다 주주들의 지분율에 따라 CCC는 상여금을 지급하고， jj 관련 단체에게는 상대방이 원하는 대로 기부금 또는 광고선전비로 처리하였고，CCC의 상여금이나 jj 관련 단체의 기부금, 광고선전비는 대체로 지분율대로 배부되었다고 진술하였는데, 서울지방국세청장은 이와 같은 KKK의 진술을 확보한 시점에서야 비로소 이 사건 처분의 근거가 되는 CCC에 대한 성과상여금 지급이 법인세법상 손금불산입 대상이라는 사실을 구체적으로 파악하게 된 것으로 보인다.

• 마) 2007 사업연도의 경우 서울지방국세청장은 2차조사 개시 당시(2011. 11. 8.) 이 사건 각 성과상여금과 관련하여 1차조사 과정에서 이미 2005. 11. 8.,자 이사회회의록을 제출받았고，1차조사 당시 제출된 자료인 임원보수，퇴직금，상여금 지급규정, 2005 〜 2008년 이사회 회의록을 보유하고 있었던 것으로 보이나，위 자료만으로는 피고 또는 서울지방국세청장이 재조사를 위한 구체적인 근거자료를 확보하였다고 보기 어렵고, 앞서 든 각 증거에 변론전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들，즉 서울지방국세청장은 1차조사 당시 성과상여금을 전혀 문제 삼지 않은 점, 2차조사를 하면서 KKK의 진술을 포함하여 기부금 • 성과급 한도설정 검토，기부금 • 광고선전비 내역，성과급 내역 등을 확보한 것으로 보이고, 2007 사업연도에 관한 중복세무조사 개시 당시인 2011. 11. 8.에는 위 자료를 확보하지 못한 상태였던 것으로 보이는 점，2005. 11, 8. 이사회 회의록에는 “당기순이익이 발생하는 경우에 한하여 (CCC에게) 매년 백화점 및 호텔 임대수입의 xx% 이내에서 성과상여금을 지급한다. 지급시기 금액 등은 원고의 여건，자금사정 등을 고려하여 매년 이사회에서 정한다.”라고만 기재되어 있어 이러한 기재 내용만으로는 구체적인 법인세 부과처분 사유를 발견하지 못하였을 것으로 보이는 점 등에 비추어 보면，2007 사업연도의 경우 2차조사 개시 당시(2011. 11. 8.) 피고 또는 서울지방국세청장은 하나의 원인으로 인하여 2개 이상의 사업연도에 걸쳐 과세표준 및 세액의 산정에 관한 오류 또는 누락이 발생한 경우임을 뒷받침할 만한 구체적인 자료를 확보하였다고 보기 어려우므로, 2007 사업연도 법인세 부분과 관련한 2차조사는 구 국세기본법 제81조의4 제2항 제3호 에서 예외적으로 허용하고 있는 재조사에 해당한다고 볼 수 없어 구 국세기본법 제81조의4 제2항 에서 금지하는 위법한 재조사에 해당하고，2007 사업연도 법인세 부분은 이러한 위법한 재조사에 기초하여 이루어진 처분으로서 더 나아가 살펴볼 필요 없이 위법하다고 할 것이다.】 〇22쪽 9행의 "이루어진" 오른쪽에 "2006 사업연도”를 추가한다. O 22쪽 10행과 같은 쪽 11행 사이에 다음 내용을 추가한다. 【 (3) 소결론 따라서 이 사건 처분 중 2006 사업연도 법인세 부분에는 원고 주장과 같은 위 법이 있다고 할 수 없으나，이 사건 처분 중 2007 사업연도 법인세 부분은 중복세무조사 금지원칙을 위반하여 위법하므로 이를 취소하여야 한다. 】 〇22쪽 11행부터 24쪽 4행까지의 “(3) 용역비에 관하여” 부분을 삭제한다.

그렇다면 이 법원의 심판범위에 속하는 부분 중 2007 사업연도 법인세 부분은 위법하여 취소되어야 하므로 원고의 이 부분 청구는 이유 있어 이를 받아들이고，나머지 청구는 이유 없어 기각하여야 한다. 제1심판결은 이와 일부 결론을 달리하여 부당하므로，제1심판결 중 2006, 2007 각 사업연도 법인세에 관한 부분을 위와 같은 내용으로 변경한다.