성공불 융자금을 익금에 산입하여 세액을 선정한 것이 선행 행정 판결의 기속력에 위반되어 피고의 추가 환급 의무가 있는지 여부

사 건 2018나2039882 국세환급금등 청구의 소 원 고 AAA 주식회사 피 고 대한민국 변 론 종 결 2018.11.01. 판 결 선 고 2018.11.29.

1. 제1심 판결을 취소한다.

2. 이 사건 소를 각하한다.

3. 소송총비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지

피고는 원고에게 2,266,049,187원과 이 중 1,806,618,149원에 대하여 2017. 6. 23.부터 이 사건 소장 부본 송달일까지는 연 5%의, 그 다음날부터 다 갚는 날까지는 연15%의 각 비율로 계산한 돈을 지급하라.

제1심 판결을 취소한다. 원고의 청구를 기각한다.

• 가. 회생절차의 개시 및 종결 토목, 건축, 건설업 등을 영위하는 회사인 원고에 대하여 2015. 4. 7. 서울중앙지방법원 0000호로 회생절차가 개시되었다가 이 사건 소 제기 이후인 2017. 11. 30. 회생절차가 종결되었다(이하 회생절차의 개시 및 종결 전후를 구분하지 아니하고 ‘원고’라고만 한다).
• 나. 중간배당금의 수령 및 해외 현지법인에 대한 투자

1. 주식회사 PPP(원고가 100% 지분을 보유한 회사이다)는 2008. 10. 7. 이사회에서 ‘주주에 대한 중간배당’을 결의하였고, 2008. 11. 5. 원고에게 중간배당금으로5,000,000,000원(이하 ‘이 사건 중간배당금’이라 한다)을 지급하였으며, 원고는 이를 수령하였다.

2. 원고는 DDD 등과 공동 출자하여 해외현지법인인 KKK(이하 ‘이 사건 해외현지법인’이라 한다)를 설립한 후(원고의 지분 20%), 이 사건 해외현지법인에 8,077,000,000원(2008 사업연도)을 대여하는 등의 투자를 하였다.

3. 원고는 이 사건 해외현지법인을 통하여 아제르바이잔 해상의 OO 광구 탐사사업에 참여하였는데, 이와 관련하여 이 사건 해외현지법인에 DDD로부터 차입한 성공불 융자금1) 5,356,630,312원(이하 ‘성공불 융자금’이라 한다)과 원고의 자금6,262,658,968원의 합계 11,619,289,280원(= 5,356,630,312원 + 6,262,658,968원, 이하 이 사건 투자금’이라 한다)을 투자하였다.

• 다. 원고의 법인세 신고 및 납부 원고는, ① 법인세법 제18조의3 에 근거하여 이 사건 중간배당금 5,000,000,000원을 익금불산입하고, ② 이 사건 해외현지법인에 대한 8,077,000,000원(2008 사업연도)의투자가 조세특례제한법 제104조의15 및 같은 법 시행령 제104조의15 제2항이 정한 투자에 해당하는 것으로 보아 해외자원개발투자에 대한 세액공제를 하였으며, ③ 2008사업연도에 석유탐사 실패를 이유로 이 사건 투자금을 대손금으로 손금처리하고, DDD로부터 차입한 성공불 융자금을 채무면제이익으로 보아 익금에 산입하여, 2008 사업연도의 법인세를 신고한 후 2009. 6. 29.까지 신고한 법인세 7,344,292,210원을 모두 납부하였다.
• 라. UU세무서장의 증액경정처분

1. 이에 대하여 GG국세청장은 2013. 12. 27.부터 2014. 3. 18.까지 원고에 대한 법인세 정기세무조사를 실시하여, ① 이 사건 중간배당금이 상법 제462조의3 을 위반한 위법한 중간배당으로서 법인세법 제18조의3 이 적용되지 아니하고, ② 이 사건 해외현지법인은 조세특례제한법 제104조의15 등이 정하는 ‘내국인의 외국자회사’에 해당하지않아 세액공제 부인대상이 되며, ③ 이 사건 해외현지법인에 대한 청산이 이루어지지않았고 DDD가 성공불 융자금에 대해 채무를 면제한 바 없으므로, 대손처리한 이 사건 투자금을 손금불산입하고 채무면제이익으로 계상한 성공불 융자금을 익금불산입 대상으로 하여, 관련 과세자료를 UU세무서장에게 통보하였다.

2. UU세무서장은 원고에 대하여 2014. 3. 26. 2008 사업연도 귀속 법인세5,166,121,280원(가산세 포함)을 경정·고지하였다(이하 위 법인세 부과처분을 ‘이 사건 처분’이라 한다). 원고는 2014. 4. 8.부터 2014. 9. 23.까지 위 5,166,121,280원을 모두 납부하였다.

• 마. 관련 행정판결의 확정 및 UU세무서장의 환급

1. 원고가 조세심판원에 심판청구를 하였으나 조세심판원은 2015. 6. 1.자로 2008사업연도 법인세 부과처분에 대한 원고의 조세심판청구를 기각하였고, 이에 원고가 2008 사업연도 법인세 부과처분 취소소송을 제기하여 2017. 1. 19. 항소심에서 ① 이 사건 중간배당금은 구 법인세법 제18조의3 에 따라 익금불산입 대상인 수입배당금액에 해당하고, ② 원고의 해외자원개발 투자금은 구 조세특례제한법에 따른 세액공제 대상이 되며, ③ 이 사건 투자금은 구 법인세법 제34조, 같은 법 시행령 제62조 제1항 제8호에 따른 ‘채무자의 사업의 폐지로 인하여 회수할 수 없는 채권’인 대손금에 해당하여손금에 산입되어야 한다는 등의 이유로 “2008 사업연도 법인세 5,166,121,280원의 이사건 처분 중 137,449,350원2)을 초과하는 부분을 취소한다.”는 취지의 판결(대전고등법원 2016누12057)이 선고되었고, 이후 상고가 기각되어 위 판결이 확정되었다(이하 위 대전고등법원 판결을 ‘이 사건 행정판결’이라 한다).

2. UU세무서장은 2017. 6. 19. 이 사건 처분 당시 손금불산입한 이 사건 투자금을 손금에 산입하고 익금불산입하였던 성공불 융자금을 익금에 산입하여 2008 사업연도 귀속 법인세에 대한 과세표준과 세액을 산정한 후 이 사건 행정판결의 주문에 따라이 사건 처분 중 137,449,350원을 초과하는 5,028,671,930원(= 5,166,121,280원 -137,449,350원) 부분을 취소하고 2017. 6. 20. 원고에게 위 5,028,671,930원 및 그에 대한 환급가산금을 모두 환급하였다.

• 바. 원고의 정정신청 및 UU세무서장의 거부처분 원고는 2017. 6. 22. UU세무서장에게 “성공불 융자금을 익금에 산입한 것은 부당하므로 국세환급금을 추가 지급하라.”는 취지의 경정청구를 하였으나, UU세무서장은2017. 8. 21. 원고의 위 경정청구가 경정청구기한을 도과하였다는 이유로 이를 기각하고 2017. 8. 22. 원고에게 위 경정청구를 거부하는 내용의 경정청구 처리결과 통지 공문을 발송하였으며, 위 통지가 2017. 8. 24. 원고에게 도달하였다. 이에 대하여 원고는심사청구나 심판청구 등 불복을 하지 않았다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 8호증, 을 제1 내지 6호증(가지번호 있는 것은 각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 당사자들의 주장 요지

1. 피고

• 가) 이 사건은 과세처분의 취소를 구하는 행정소송이 아니라 국세환급금을 받을 권리가 있다고 주장하면서 그 반환을 구하는 민사소송이므로 원고는 국세환급금의 존재를 증명하여야 한다. 그리고 정당한 세액에 관하여 세법에 따른 납세자의 청구 및 그에 대한 과세관청의 거부처분이 있는 경우 그 거부처분이 취소되기 전에는 국세환급금이 성립되지 않고 행정쟁송 절차를 거쳐 환급청구권이 확정되기까지는 환급세액의 반환을 청구할 수 없다. 그런데 이 사건에서 원고는 2017. 6. 22. UU세무서장을 상대로 성공불 융자금을 2008 사업연도의 익금에 산입하는 것은 부당하다는 이유로 경정청구를 하였고, UU세무서장은 2017. 8. 22. 원고의 경정청구를 거부하는 내용의 공문을 발송하였으며, 원고는 위 공문을 2017. 8. 24. 송달받았다. 따라서 원고가 자신의 주장과 같은 금액의 지급을 구하려면 먼저 행정쟁송절차를 통하여 위 경정 거부처분의 위법을 먼저 다투어야 하고, 이 사건과 같이 민사소송으로 위 환급금의 지급을 구할수는 없으므로 이 사건 소는 쟁송방법을 잘못 선택한 것으로서 부적법하다.
• 나) 원고가 자신의 경정청구에 대한 UU세무서장의 거부처분을 받아들일 수 없다면 국세기본법 제61조 제1항 및 제68조 제1항에 따라 처분이 있음을 안 날부터 90일 이내에 심사청구 또는 심판청구를 제기하고, 그 결정 또한 받아들일 수 없다면 국세기본법 제56조 제3항 에 따라 그 결정의 통지를 받은 날부터 90일 이내에 행정소송을 제기하였어야 한다. 원고는 위와 같이 제소기간 내에 행정소송을 제기한 바 없으므로 그 이후에 행정소송을 제기했다면 제소기간을 제대로 지키지 못한 것으로서 부적법하여 각하될 운명에 있는데, 이를 피하기 위하여 민사소송으로 이 사건 소송을 제기한 것이므로 이 사건 소는 각하되어야 한다.

2. 원고

• 가) 2017. 5. 31. 대법원에서 UU세무서장의 상고가 기각됨으로써 이 사건 행정판결이 확정됨에 따라 이 사건 투자금을 손금불산입한 이 사건 처분이 취소된 이상 피고는 이 사건 투자금을 전부 손금산입하여 산정한 법인세 상당 금액을 반환할 의무를 부담하고 이와 같이 확정된 환급세액의 존부나 범위에 관하여는 이 사건 행정판결의 기속력에 따라 더 이상 다툴 수 없으므로, 피고는 원고에게 그 존재와 범위가 확정된 국세환급금 전액을 환급하여야 함에도 불구하고, 이 사건 행정판결에서 판단의 대상이 되지 않았던 성공불 융자금을 익금산입하여야 한다는 이유로 일부 금액의 환급을 거부한 것은 위법하고, 성공불 융자금에 대한 부분은 국세환급금의 존재나 범위에 영향을 미칠 수 없다.
• 나) 한편 원고가 이 사건 행정판결 확정 이후인 2017. 6. 22. UU세무서장을 상대로 성공불 융자금의 익금산입이 부당하다는 이유로 그 취소를 구하는 취지의 경정청구를 하였고, 이에 대하여 UU세무서장이 이에 대한 거부결정을 한 것은 사실이나, 국세환급금결정이나 그 결정을 구하는 신청에 대한 환급거부결정 등은 납세의무자가 갖는 환급청구권의 존부나 범위에 구체적이고 직접적인 영향을 미치는 처분이 아니어서 항고소송의 대상이 되는 처분이 아니므로, 위와 같은 UU세무서장의 환급거부결정은 내부적 사무처리절차에 불과하여 항고소송의 대상이 되는 거부처분이라고 할 수 없어 이를 다투기 위하여 행정소송을 제기할 수 없고, 민사소송으로써 피고에 대하여 부당이득반환을 구하는 이 사건 청구는 적법하다.
• 나. 관련 법리 과세처분이 이루어진 후에 증액경정처분이 있는 경우 그 증액경정처분은 당초 처분을 그대로 둔 채 당초 처분에서의 과세표준과 세액을 초과하는 부분만을 추가로 확정하는 것이 아니라 당초 처분에서의 과세표준과 세액을 포함시켜 전체로서 하나의 과세표준과 세액을 다시 결정하는 것이므로, 당초 처분은 증액경정처분에 흡수되어 당연히 소멸하고 그 증액경정처분만이 항고소송의 대상이 된다. 이는 증액경정 시에 당초 결정분과의 차액만을 추가로 고지한 경우에도 동일하다(대법원 2013. 10. 31. 선고 2010두4599 판결 참조). 그리고 증액경정처분의 취소를 구하는 항고소송에서 증액경정처분의 위법 여부는 그 세액이 정당한 세액을 초과하는지 여부에 의하여 판단하여야 하고당초신고에 관한 과다신고사유나 과세관청의 증액경정사유는 증액경정처분의 위법성을뒷받침하는 개개의 위법사유에 불과한 점, 경정청구나 부과처분에 대한 항고소송은 모두 정당한 과세표준과 세액의 존부를 정하고자 하는 동일한 목적을 가진 불복수단으로서 납세의무자로 하여금 과다신고사유에 대하여는 경정청구로써, 과세관청의 증액경정사유에 대하여는 항고소송으로써 각각 다투게 하는 것은 납세의무자의 권익보호나 소송경제에도 부합하지 않는 점 등에 비추어 보면, 납세의무자는 증액경정처분의 취소를구하는 항고소송에서 과세관청의 증액경정사유뿐만 아니라 당초신고에 관한 과다신고사유도 함께 주장하여 다툴 수 있다고 할 것이다(대법원 2013. 4. 18. 선고 2010두11733 전원합의체 판결 참조). 그러나 구 국세기본법(2010. 1. 1. 법률 제9911호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제22조의2 제1항은 “세법의 규정에 의하여 당초 확정된 세액을 증가시키는 경정은 당초 확정된 세액에 관한 이 법 또는 세법에서 규정하는 권리·의무관계에 영향을 미치지 아니한다.”고 규정하고 있다. 위 규정의 문언 및 위 규정의 입법 취지가 증액경정처분이 있더라도 불복기간이나 경정청구기간의 경과 등으로 더 이상 다툴 수 없게 된 당초신고나 결정에서의 세액에 대한 불복을 제한하려는 데에 있음에 비추어 보면, 증액경정처분이 있는 경우 당초 신고나 결정은 증액경정처분에 흡수됨으로써 독립한 존재가치를 잃게 되어 원칙적으로는 증액경정처분만이 항고소송의 심판대상이 되고 납세자는 그 항고소송에서 당초 신고나 결정에 대한 위법사유도 함께 주장할 수 있으나, 불복기간이나 경정청구기간의 도과로 더 이상 다툴 수 없게 된 세액에 관하여는 그 취소를 구할 수 없고 증액경정처분에 의하여 증액된 세액의 범위 내에서만 취소를 구할 수 있다(대법원 2013. 7. 11. 선고 2011두16971 판결 참조). 한편, 취득세와 등록세는 신고납세방식의 조세로서 이러한 유형의 조세에 있어서는 원칙적으로 납세의무자가 스스로 과세표준과 세액을 정하여 신고하는 행위에 의하여 납세의무가 구체적으로 확정되고, 그 납부행위는 신고에 의하여 확정된 구체적 납세의무의 이행으로 하는 것이며 지방자치단체는 그와 같이 확정된 조세채권에 기하여 납부된 세액을 보유하는 것이므로, 납세의무자의 신고행위가 중대하고 명백한 하자로 인하여 당연무효로 되지 아니하는 한 그것이 바로 부당이득에 해당한다고 할 수 없고, 여기에서 신고행위의 하자가 중대하고 명백하여 당연무효에 해당하는지의 여부에 대하여는 신고행위의 근거가 되는 법규의 목적, 의미, 기능 및 하자 있는 신고행위에 대한 법적 구제수단 등을 목적론적으로 고찰함과 동시에 신고행위에 이르게 된 구체적 사정을 개별적으로 파악하여 합리적으로 판단하여야 한다(대법원 2006. 1. 13. 선고 2004다64340 판결 참조). 이와 같은 법리는 신고납세방식의 대표적 조세인 법인세에 대하여도 그대로 적용된다고 할 것이다.
• 다. 판단

1. 이 사건 행정판결의 확정으로 발생한 환급금의 범위 위와 같은 법리와 앞서 본 기초사실 및 앞서 거시한 증거들에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사실 내지 사정을 종합하면, 이 사건 행정판결의 확정으로 인하여 피고가 원고에게 환급하여야 할 환급금은 5,028,671,280원과 이에 대한 환급가산금으로 한정된다 할 것이다.

• 가) 원고는 당초 이 사건 중간배당금을 익금불산입하고, 이 사건 해외현지법인에 대한 8,077,000,000원의 투자에 대한 세액공제를 하였으며, 석유탐사 실패를 이유로 이 사건 투자금을 대손금으로 손금처리하고, DDD로부터 차입한 성공불 융자금을 익금에 산입하여 2008 사업연도의 법인세를 신고한 후 2009. 6. 29.까지 신고한 법인세 7,344,292,210원을 모두 납부하였다.
• 나) 원고는 2009년경 UU세무서장에게 2008 사업연도 법인세 7,344,292,210원을 신고·납부한 이후 그에 대한 경정청구 기한 3년을 도과하도록 아무런 경정청구를 하지 않음으로써 위 세액에 관하여는 더 이상 다툴 수 없게 되었다.
• 다) 그런데 그 이후 UU세무서장이 2014. 3. 26. 이 사건 중간배당금은 법인세법 제18조의3 이 적용되지 않고, 이 사건 해외현지법인은 조세특례제한법 제104조의15 등이 정하는 ‘내국인의 외국자회사’에 해당하지 않아 세액공제 부인대상이며, 대손처리한 이사건 투자금을 손금불산입하고 성공불 융자금을 익금불산입대상으로 하여, 2008사업연도 귀속 법인세 5,166,121,280원(가산세 포함)을 경정·고지하는 이 사건 처분을 하였으므로, 원고가 2008 사업연도 법인세 중 불복할 수 있는 범위는 위와 같이 증액경정된 5,166,121,280원으로 한정된다고 봄이 타당하다.
• 라) 원고도 대전지방법원에 2008 사업연도 법인세에 관한 취소소송을 제기하면서 이 사건 처분 중 137,449,350원을 초과하는 부분의 취소만을 청구하였고, 2017. 1.19. 항소심인 대전고등법원 2016누12057호로 원고의 청구를 전부 인용하는 이 사건행정판결이 선고되었으며, 2017. 5. 31. 상고가 기각됨으로써 이 사건 행정판결이 확정되었다.
• 마) 이 사건 행정판결이 확정됨에 따라 UU세무서장은 2017. 6. 19. 이 사건 투자금을 손금에 산입하고 성공불 융자금을 익금에 산입하여 2008 사업연도 귀속 법인세에 대한 과세표준과 세액을 산정한 다음 이 사건 처분 중에서 137,449,350원을 초과하는 5,028,671,930원 부분을 취소하고 2017. 6. 20. 원고에게 위 5,028,671,930원 및 그에 대한 환급가산금을 모두 환급하였다.
• 바) 이 사건 행정판결에서는 성공불 융자금을 익금에 산입할 것인지, 아니면 익금에 불산입할 것인지에 관하여 다투어지지도 않았고 판단하지도 않았다. 따라서 피고가 이 사건 행정판결이 확정됨에 따라 원고의 2008 사업연도 법인세를 산정함에 있어서 성공불 융자금을 이 사건 처분에서와 달리 익금에 산입하더라도 이 사건 행정판결의 기속력에 반한다고 할 수 없다.
• 사) 이 사건 행정판결에서 이 사건 투자금을 손금에 산입하는 것이 정당하다고 판단하였는데, 설령 그에 따라 산정한 법인세가 당초 원고가 신고·납세한 법인세보다 적어지게 되었다고 하더라도, 원고는 당초 2008 사업연도 법인세로 7,344,292,210원을 신고·납부한 이후 경정청구를 함이 없이 경정청구기간인 3년이 경과함으로써 구 국세기본법 제22조 2 제1항의 규정에 따라 위 7,344,292,210원에 대하여는 더 이상 다툴 수없게 되었으므로, 이 사건 행정판결의 확정에 의하여 환급받을 수 있는 금액은 UU세무서장이 증액경정한 금액을 넘을 수는 없다.
• 아) 법인세는 신고납세방식의 조세이므로 원칙적으로 납세의무자인 원고가 스스로 2008 사업연도 법인세의 과세표준과 세액을 정하여 신고한 행위에 의하여 납세의무가 구체적으로 확정되었다 할 것이고, 그 납부행위는 신고에 의하여 확정된 구체적 납세의무의 이행으로 하는 것이며 피고는 그와 같이 확정된 조세채권에 기하여 납부된 세액을 보유하는 것이다. 따라서 원고의 신고행위가 중대하고 명백한 하자로 인하여 당연무효로 되지 아니하는 한 그것이 부당이득에 해당한다고 할 수 없다. 그런데 원고가 당초 2008 사업연도 법인세로 7,344,292,210원 신고한 행위에 중대하고 명백한 하자가 있다는 점에 관하여 원고가 아무런 주장·증명을 하지 못하고 있다.

2. UU세무서장이 성공불 융자금을 익금산입한 것에 대한 불복 방법이 사건 행정판결이 확정되자 UU세무서장이 이 사건 투자금을 손금에 산입하고 성공불 융자금을 익금에 산입한 다음 이 사건 행정판결에서 취소한 5,028,671,930원 및 그에 대한 환급가산금을 원고에게 반환하여 준 사실, 이에 대하여 원고는 성공불 융자금을 익금에 산입하는 것은 부당하다는 취지로 경정청구를 하였으나 UU세무서장은 경정청구기간을 도과하였다는 이유로 위 경정청구를 기각하는 처분을 한 사실은 앞서 본 바와 같다. 따라서 원고가 이 사건 확정판결 이후 UU세무서장이 성공불 융자금을 익금산입한 것에 대하여 불복하려고 하였다면 위와 같이 경정청구를 거부한 처분에 대하여 행정쟁송을 제기하였어야 할 것이나, 원고는 그에 대하여 행정쟁송을 제기하지 않았다. 결국 원고는 UU세무서장이 성공불 융자금을 익금산입한 것에 대하여 더 이상 다툴 수 없게 되었다 할 것이다(원고는 이 사건 행정판결이 확정됨으로써 이 사건 투자금을 손금산입하는 것을 전제로 산정한 2008 사업연도 법인세를 초과하는 부분은 위법한 것으로 확정되어 모두 환급대상이 되었으므로, 원고가 UU세무서장에게 성공불 융자금의 익금산입에 대하여 경정청구를 하고 이에 대하여 UU세무서장이 거부의 통지를 하였다고 하더라도 그것이 항고소송의 대상이 되는 처분이 되지 않는다는 취지로 주장하나, 이 사건 행정처분에서 취소한 부분을 초과하는 부분이 환급대상이 되지 않음은 앞서 본 바와 같으므로 이와 다른 전제에 선 원고의 위 주장은 이유 없다).

3. 이 사건 소송의 적법 여부 이 사건 행정판결이 확정됨에 따라 피고가 원고에게 환급하여야 하는 환급대상 금액은이 사건 확정판결에서 취소된 5,028,671,930원 및 그에 대한 환급가산금에 한정됨은 앞서 본 바와 같다. 그런데 원고가 UU세무서장의 경정청구 거부처분에 대하여 행정쟁송을 제기함이 없이 이 사건 행정판결의 기속력에 의하여 이 사건 투자금이 손금산입됨에 따라 2008 사업연도 법인세에 관하여 UU세무서장이 증액경정한 금액인5,166,121,280원 중 이 사건 행정판결에서 취소된 위 5,028,671,930을 초과하는 금액도 환급대상이 됨을 전제로, 곧바로 민사소송으로 부당이득반환을 청구하는 이 사건 소는 쟁송방법을 잘못 선택한 것으로서 위법하다. 따라서 이 점을 지적하는 피고의 본안 전항변은 이유 있다.

그렇다면, 이 사건 소는 부적법하므로 이를 각하여야 할 것인데, 제1심 판결은 이와 결론을 달리하여 부당하므로, 피고의 항소를 받아들여 제1심 판결을 취소하고 이 사건소를 각하하기로 하여 주문과 같이 판결한다.