면세유 가산세는 관리부실 그 자체에 대하여 가산세를 부과하고자 한다고 봄이 타당함

사 건 2017-누-69696 부가가치세등부과처분취소 원 고 XX협동조합외 피 고 00세무서장 변 론 종 결

2018. 04. 25. 판 결 선 고

2018. 07. 04.

1. 원고들의 피고들에 대한 항소를 모두 기각한다.

2. 항소비용은 원고들이 부담한다. 청 구 취 지 제1심판결을 취소한다. 피고들이 원고들에 대하여 한 제1심판결 별지 1 목록 기재 가산세 부과처분을 취소한다

1. 제1심판결의 인용 등 이 법원의 판결 이유는 제1심판결 중 해당 부분을 다음 2항과 같이 수정하고, 다음 3항과 같이 판단을 보충하거나 추가하는 것 외에는 제1심판결의 이유 기재와 같으므로 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 따라 이를 그대로 인용한다.

○ 3쪽 마지막 행의 “포함”을 “포함, 이하 같다”로 수정

○ 5쪽 아래에서 6행의 ”어선의”를 ”어선이”로 수정

• 가. 원고들의 주장 원고들은 다음과 같이 주장한다. 구 조세특례제한법 제106조의2 제11항 제2호 (이하 ‘이 사건 가산세 부과 규정’이라 한다)는 가산세 부과 사유를 ‘관련 증거서류를 확인하지 아니하는 등 관리 부실이 있고, 그로 인하여 면세유류 구입카드 등이 잘못 발급되거나 농어민 등 외의 자에게 발급되는 경우’로 제한하고 있다. 여기에서 ‘관련 증거 서류를 확인하지 아니한 경우’란 면세유류 구입카드 등을 발급함에 있어서 사무처리절차상 단순한 실수나 오류가 있거나 관리상 하자가 있는 모든 경우를 의미하는 것이 아니라 구 농ㆍ축산ㆍ임ㆍ어업용 기자재 및 석유류에 대한 부가가치세 영세율 및 면세적용 등에 관한 특례규정(2013. 2. 15. 대통령령 제24369호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 특례규정’이라 한다. 제20조 제2항) 및 구 어업용 면세유류 공급 및 사후관리요령(2013. 2. 25. 농림수산식품부훈령 제355호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 공급관리요령‘이라 한다. 제15조)에서 조합이 확인하도록 규정하고 있는 판매서류 사본 또는 선박출(입)항신고서를 확인하지 아니한 경우를 의미하며, 원고들의 내부규정에 불과한 유류공급사업요령을 일부 위반하였다고 하여 곧바로 면세유의 관리를 부실하게 하였다고 볼 수 없다. 그리고 면세유의 부정유통을 방지하기 위한 이 사건 가산세 부과 규정의 입법 취지, 면세유가 부정 유통되었을 경우와의 형평, 사인에 대하여 관리책임을 부과하는 이 사건 가산세 부과 규정의 특수성 등을 고려하면, ‘관리 부실’ 여부를 판단함에는 관련 증거서류를 확인하였는지 여부뿐만 아니라 어민에게 공급된 면세유가 어업용으로 사용되었는지 여부도 고려되어야 한다. 그런데 원고들은 판매서류 사본 또는 선박출(입)항신고서를 통하여 어업경영 사실을 확인하고 출고지시서를 발급하였으며, 원고들이 어민들에게 공급한 면세유는 어업용으로 사용되었다는 점이 확인되었으므로 원고들의 면세유 공급에 관리 부실이 있다고 볼 수 없다. 나아가 면세유 공급 관련 규정이 매우 복잡하고, 조합으로서는 면세유 공급 관련 업무 외에 다양한 업무를 수행하고 있는 등의 사정에 비추어 조합이 면세유류 공급절차와 관련한 규정을 모두 준수할 것을 기대하는 것은 무리이므로 원고들의 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다. 따라서 이 사건 처분은 위법하여 취소되어야 한다.
• 나. 판단 농어촌의 경제적 안정을 지원하기 위한 목적에서 농어업용으로 사용되는 유류에 대하여 교통세 등을 면제하는 특례규정은 조세특례제한법이 2000. 12. 29. 법률 제6297호로 개정되면서 위 법 제106조의2에 신설되었고, 이 사건 가산세 부과 규정은 조세특례제한법이 2001. 12. 29. 법률 제6538호로 개정되면서 신설되었다. 그 위임에 따라 대통령령인 구 특례규정이 제정되었고, 구 특례규정 제27조는 면세유의 공급절차 및 면세유류판매업자의 환급신청절차 등 세부 사항을 다시 국세청 고시에 위임하고 있으며, 이에 따라 ‘농ㆍ임ㆍ어업용면세유 공급절차 및 면세유류판매업자의 환급(면제)신청에 따른 감면세액의 환급절차 등’ 고시가 제정되었다. 또한 구 특례규정 제26조에 의하여 어업용 면세유 제도의 감독기관으로 지정된 구 농림수산식품부(현 해양수산부)는 훈령으로 구 공급관리요령을, 구 공급관리요령 제4조에 의하여 면세유류 관리기관으로 지정된 수산업협동조합은 내규로 유류공급사업요령을 제정하였다. 이처럼 유류공급사업요령은 구 조세특례제한법 제106조의2, 구 특례규정, 구 공급관리요령의 순차적인 위임에 따라 제정되고, 면세유류 공급업무 수행에 필요한 세부요령을 규정하고 있어 일반ㆍ추상적인 성질을 가지고 있다. 유류공급사업요령이 면세유류 공급과 사후관리에 필요한 세부적인 사항을 규정하기 위하여 원고들이 마련한 내부적인 업무처리 기준으로서 행정규칙에 해당하기는 하지만, 상위 법령을 구체화하여 면세유류 공급 및 사후관리의 방법, 절차 등에 관하여 합리적인 기준을 가지고 규정하고 있으므로 원고들은이를 준수하여 면세유를 공급ㆍ관리하여야 하고, 이를 위반하여 출고지시서 등을 발급한 경우 이는 이 사건 가산세 부과 규정의 ‘관리 부실’이 있었는지 여부를 판단할 때당연히 고려되어야 한다(대법원 2012. 11. 29. 선고 2008두21669 판결 참조). 또한 이 법원이 인용하는 제1심판결에서 판단한 것처럼 이 사건 가산세 규정은 면세유 제도 운용의 기초가 되는 면세유류 구입카드 등의 발급 자체에 관한 철저한 관리ㆍ감독을 위하여 조합에 대한 제재를 강화하고, 면세유 부정유통의 소지를 사전에 없애고자 한 것으로서, 실제로 해당 면세유가 어업에 사용되었는지 여부와 관계없이 관리 부실로 인하여 면세유류 구입카드 등을 잘못 발급하는 것 그 자체에 대하여 가산세를 부과하고자 한 것으로 봄이 타당하다. 나아가 면세유류 관리기관인 원고들은 어민으로부터 면세유류 구입카드 등의 발급신청이 있는 경우 발급상대방이 본인인지 여부, 실제 조업 사실이 있는지 여부에 관하여 관련 규정에 따른 증명서류를 제대로 제출받지 아니하였을 뿐만 아니라, 제출받은 증명서류와 본인 확인을 통하여 사망한 어민인지 여부 등과 실제로 조업할 수 없는 어선인지 여부를 충분히 의심할 만한 상당한 이유가 있었음에도 그 사실을 제대로 확인하거나 조회하지 아니한 채 제출된 증명서류만을 형식적으로 확인하여 면세유류 구입카드 등을 발급하였다고 봄이 상당하고, 달리 원고들에게 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다고 보기도 어렵다. [원고 AA수산업협동조합은 위임장, 위임받은 자의 신분증 사본, 가족관계증명서등을 전혀 제출하지 못하였고, 원고 BBBB수산업협동조합은 이 사건 소를 제기한 후 2년이 지난 2016. 10. 5.자 준비서면에서 일부 위임장, 신분증 등을 제출하였으나 본인 해외출국기간 중 면세유류 출고지시서가 발급된 총 291건 가운데 위임장이 제출된 것은 위임인 기준 9건에 불과할 뿐만 아니라 유류공급사업요령 제23조 제3호에 규정된 신분에 관한 증빙은 전혀 제출되지 아니하였다. 한편 수임인의 신분증은 3건 제출되었는데 CCC(갑 제12호증의3 40쪽 참조)의 경우 위임받는 자는 DDD이고 선장이라고 기재되어 있으나 갑 제12호증의3 41쪽에 의하면 선장명은 EEE으로 기재되어 있어 위임받는 자와 사용인이 다르며, FFF(갑 제12호증의3 3쪽)과 GGG(갑 제12호증의3 57쪽)의 경우 위임받는 자가 직원으로 되어 있을 뿐 수임 적격이 있는 선장, 기관장, 사무장 또는 선주의 배우자 또는 직계가족 등으로 기재되어 있지 아니한데다가 그 사용내역도 불명확하다. 한편 GGG이 작성한 HHH의 재직증명서(갑 제19호증)에는 HHH이 2011. 1. 1.부터 2011. 12. 31.까지 제부수산(대표 GGG)에서 사무장으로 재직한 것으로 기재되어 있으나 이는 이 법원 변론종결 무렵인 2018. 3. 14.자로 사후에 작성된 것이고, 원고들이 당초 제출한 갑 제12호증의 3 57쪽의 위임장에는 HHH이 직원이라고만 기재되어 있으며, HHH에 대한 원천징수내역이나 소득지급내역도 확인되지 아니한다.] 따라서 원고들이 이 사건 가산세 규정상의 ‘관리 부실’로 인하여 면세유류 구입카드 등을 잘못 발급하였다고 봄이 타당하다(원고들이 추가로 제출한 갑 제15에서 19호증의 기재를 보태어 보더라도 달리 보기 어렵다). 원고들의 주장은 이유 없다.

그렇다면 원고들의 피고들에 대한 청구는 이유 없어 이를 모두 기각할 것이다. 이와 결론을 같이한 제1심판결은 정당하고, 원고들의 피고들에 대한 항소는 이유 없으므로이를 모두 기각한다.