비영리내국법인인 원고에게 자경농지감면 규정을 적용할 수 없고, 농지를 고유목적사업에 직접 사용하였다고 볼 수 없음

사 건 2016누78693 법인세등부과처분취소 원고, 항소인 AAAAAAAAAA 피고, 피항소인 BBB세무서장 제1심 판 결 수원지방법원 2016. 12. 6. 선고 2015구합71458 판결 변 론 종 결

2017. 7. 11. 판 결 선 고

2017. 7. 25.

1. 원고의 항소를 기각한다.

2. 항소비용은 원고가 부담한다. 청구취지 및 항소취지 제1심판결을 취소한다. 피고가 2015. 2. 2. 원고에 대하여 한 2009 사업연도 법인세 644,231,067원의 부과처분 중 549,803,067원을 초과하는 부분 및 농어촌특별세 20,984,000원의 부과처분을 각 취소한다.

1. 제1심 판결의 인용 이 법원이 이 사건에 관하여 적을 판결 이유는, 제1심판결서에 다음 내용을 추가하고, 원고가 당심에서 추가한 주장에 관하여 아래 제2항과 같은 판단을 덧붙이는 외에는 제1심판결의 이유 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 따라 이를 인용한다. 〇 제1심 판결서 7쪽 2행 ‘ 때문이다’ 다음에 아래 내용을 추가한다. [한편 피고가 이 사건 농지에 대하여 구 조세특례제한법 제77조 의 공익사업용 토지등에 대한 양도소득세 감면 규정을 적용한 것은 구 조세특례제한법 제77조 가 그 적용대상을 거주자로 한정하고 있지 아니하고, 구 조세특례제한법 시행령(2010. 2. 18. 대통령령 제22037호로 개정되기 전의 것) 제72조 제6항에서 일정한 경우 비영리내국법인의 공익사업용 토지에 대한 양도소득세 감면신청을 허용하는 취지의 규정을 두고 있기 때문이다] 〇 제1심판결서 9쪽 8행 아래에 다음 내용을 추가한다.

⑥ 제1항제1호 또는 제2호에 따라 세액을 감면받으려면 해당 사업시행자가 대통령령으로 정하는 바에 따라 감면신청을 하여야 한다. [구 조세특례제한법 시행령(2010. 2. 18. 대통령령 제22037호로 개정되기 전의 것)] 제72조(공익사업용토지 등에 대한 양도소득세의 감면)

⑥ 법 제77조제6항에 따른 감면신청을 하고자 하는 자는 당해 토지등을 양도한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고(거주자와 법인세법 제62조의2제7항 의 규정에 의하여 예정신고를 한 비영리내국법인의 경우에는 예정신고를 포함한다)와 함께 기획재정부령이 정하는 세액감면신청서에 수용된 사실을 확인할 수 있는 서류(특약체결자의 경우에는 특약체결 사실 및 보상채권 예탁사실을 확인할 수 있는 서류를 포함한다)를 첨부하여 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

○ 제1심판결서 10쪽 밑에서 5행 아래에 다음 내용을 추가한다. [구 법인세법 시행령(2011. 6. 3. 대통령령 제22951호로 개정되기 전의 것)] 제2조(수익사업의 범위)

② 법 제3조제3항제5호에서 "대통령령이 정하는 것"이란 해당 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(제1항에 따른 수익사업은 제외한다)에 직접 사용한 것을 말한다. 이 경우 해당 고정자산의 유지·관리 등을 위한 관람료·입장료수입 등 부수수익이 있는 경우에도 이를 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산으로 본다.

• 가. 원고의 주장 이 사건 농지는 수십 년 전부터 원고가 제사 또는 이와 관련된 사항들을 집행하는데 필요한 비용을 충당하기 위해 사용해 온 위토로서 구 법인세법 제3조 제3항 제5호 소정의 ‘고유목적사업에 직접 사용된 고정자산’에 해당하므로, 이 사건 농지의 처분으로 인하여 생기는 수입은 법인세의 과세소득에 포함되지 않는다. 따라서 비과세소득에 대하여 법인세를 부과한 이 사건 처분은 위법하다.
• 나. 판단 구 법인세법 제3조 제3항 제5호 는 고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령이 정하는 것의 처분으로 인하여 생기는 수입을 법인세의 부과 대상에서 제외하고 있고, 구 법인세법 시행령(2011. 6. 3. 대통령령 제22951호로 개정되기 전의 것) 제2조 제2항은 법인세 과세대상에서 제외되는 고유목적사업에 직접 사용되는 고정자산을 해당 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업에 직접 사용한 것을 말한다고 규정하고 있다. 갑5, 6, 7, 11, 12호증(가지번호 포함)의 각 기재와 당심에서의 원고 대표자 본인신문 결과에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고는 그 정관에서 선조를 숭배하고 친족간에 종의를 돈독히하는 명예와 책무를 지는 것을 목적으로 한다고 정하고 있는 사실, 원고의 종원인 CCC이 1970년경부터 이 사건 농지에서 콩, 깨, 옥수수, 감자 등을 경작하였던 사실은 인정된다. 위 인정사실에 의하더라도, 원고는 공동선조의 후손들에 의하여 자연발생적으로 형성된 종중으로서 선조의 분묘 수호 및 봉제사 등을 고유목적사업으로 하는 것이어서 농업은 고유목적사업에 포함되지 아니하므로, 이 사건 농지는 원고의 고유목적사업에 직접 사용되었다고 할 수 없다. 원고의 종원인 CCC이 원고의 위토로서 이 사건 농지를 경작하고 그 소출을 판매하여 종중시제의 제물을 준비하는 등 원고의 고유목적사업을 집행하는 데 필요한 비용을 충당하였다고 하더라도, 이는 원고의 고유목적사업 수행에 간접적으로 기여한 것에 불과하다. 원고의 위 주장은 이유없다.

그렇다면, 제1심판결은 정당하므로, 원고의 항소는 이유 없어 이를 기각한다.