구 법인세법 시행령 제69조 제3항은 2012 사업연도에 분양계약이 체결된 경우부터 적용됨

사 건 2016누50497 법인세부과처분취소 원고, 피항소인 주식회사 AAAA 피고, 항소인 BB 세무서장 원 심 판 결 서울행정법원 2016. 5. 27. 선고 2013구합21472 판결 판 결 선 고

2017. 02. 08.

1. 피고의 항소를 기각한다.

2. 항소비용(보조참가로 인한 비용 포함)은 피고가 부담한다. 청구취지 및 항소취지 청구취지: 피고가 2012. 2. 13. 원고에게 한 2009 사업연도 법인세 oo,ooo,ooo,ooo원 및 2010 사업연도 법인세 oo,ooo,ooo,ooo원의 부과처분을 취소한다. 항소취지: 제1심 판결 중 피고 패소부분을 취소하고, 그 부분에 대한 원고의 청구를 기각한다(제1심 판결이 원고의 청구에 대하여 2009 사업연도 법인세 oo,ooo,ooo,ooo원의 부과처분 중 o,ooo,ooo원을 초과하는 부분과 2010 사업연도 법인세 oo,ooo,ooo,ooo원의 부과처분을 취소하고, 나머지 청구를 기각한 데 대하여, 피고만이 그 패소부분에 대하여 항소하였다).

이 법원이 이 부분에 관하여 설시할 이유는 제1심 판결의 해당부분(제1심 판결 제2쪽 제13행부터 제3쪽 제9행까지) 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 인용한다.

• 가. 인정사실 이 법원이 이 부분에 관하여 설시할 이유는 제1심 판결 해당부분(제3쪽 제12행부터 제4쪽 제14행까지) 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 인용한다.
• 나. 판단

1. 후발적 경정청구사유에 의한 과세처분의 취소청구

• 가) 구 국세기본법(2014. 12. 23. 법률 제12848호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제45조의2 제2항 등이 규정한 후발적 경정청구사유가 존재함에도 과세관청이 당초에 납세의무가 성립하였음을 들어 과세처분을 한 경우 납세자는 항고소송을 통해 그 취소를 구할 수 있을 뿐만 아니라(대법원 2015. 7. 16. 선고 2014두5514 전원합의체 판결 참조), 과세관청의 부과처분이 있은 후에 후발적 경정청구사유가 발생한 경우에도 경정청구와는 별도로 처분 자체에 관하여 그 후발적 경정청구사유를 들어 다툴 수 있다(대법원 2015. 2. 26. 선고 2014두44076 판결 등 참조).
• 나) 피고가 2012. 2. 13. 원고에 대하여 2009 사업연도와 2010 사업연도분 법인세에 대하여 증액경정처분을 한 후 1), 2013. 10. 1. 2009 사업연도분을 oo,ooo,ooo,ooo원으로, 2014. 4. 8. 2010 사업연도분을 oo,ooo,ooo,ooo원으로 각 감액경정한데 대하여 2), 원고가 당초 2008년에서 2010년까지 분양하였던 ‘이 사건 아파트 3) ’ 3,024세대 중 1,281세대가 2013년 12월과 2014년에 해제되자 2014. 2. 3. 피고에게 후발적 경정청구를 하였다가, 피고가 2014. 4. 11. 이 사건 아파트에 대한 분양계약 해제는 후발적 경정청구사유에 해당하지 아니하고 손익의 귀속시기는 계약해제일이 속하는 2013 및 2014 사업연도로 보아야 한다는 이유로 거부처분을 하자, 피고의 2012. 2. 13.자 증액경정처분 중 위와 같은 감액경정을 거쳐 남은 2009 사업연도 및 2010 사업연도분 세액에 대한 이 사건 처분의 취소를 구하는 이 사건에서도, 위와 같은 이 사건 아파트 분양계약의 해제가 후발적 경정청구사유에 해당함을 들어 이 사건 처분의 적법성을 다툴 수가 있다. 4)

2. 후발적 경정청구사유와 그 적용 범위에 관한 법리, 이 사건의 쟁점

• 가) 그런데 구 국세기본법 제45조의2 제2항 제5호 의 위임을 받은 국세기본법 시행령 제25조의2 제2호 는 후발적 경정청구사유의 하나로 ‘최초의 신고·결정 또는 경정을 할 때 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위 등의 효력에 관계되는 계약이 해제권의 행사에 의하여 해제되거나 해당 계약의 성립 후 발생한 부득이한 사유로 해제되거나 취소된 경우’를 들고 있고, 이러한 사유에 의한 후발적 경정청구제도는 납세의무 성립 후 과세표준 및 세액의 산정기초에 일정한 후발적 변동이 생긴 경우 납세자로 하여금 그 사실을 증명하여 감액을 청구할 수 있도록 함으로써 납세자의 권리구제를 확대하려는 데 그 취지가 있는 것이어서(대법원 2011. 7. 28. 선고 2009두 22379 판결 등 참조), 개별 세법에 다른 규정이 없는 한 그 적용범위를 함부로 제한할 것이 아니다.
• 나) 한편, 법인세법 제40조 제1항 은 “내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속 사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다”고 정함으로써 현실적으로 소득이 없더라도 그 원인이 되는 권리가 확정적으로 발생한 때에는 그 소득이 실현된 것으로 보고 과세소득을 계산하는 이른바 권리확정주의를 채택하고 있다. 이러한 권리확정주의란 소득의 원인이 되는 권리의 확정시기와 소득의 실현시기와의 사이에 시간적 간격이 있는 경우에는 과세상 소득이 실현된 때가 아니라 권리가 확정적으로 발생한 때에 소득이 있는 것으로 보고 당해 사업연도의 소득을 산정하는 방식으로, 실질적으로는 그 수취가 불확실한 소득에 대하여 장래 그것이 실현될 것을 전제로 하여 미리 과세하는 것을 허용하는 것이다. 그러므로 소득의 원인이 되는 권리가 확정적으로 발생하여 과세요건이 충족됨으로써 일단 납세의무가 성립하였다 하더라도 일정한 후발적 사유의 발생으로 말미암아 소득이 실현되지 아니하는 것으로 확정되었다면, 당초 성립하였던 납세의무는 그 전제를 상실하여 원칙적으로 그에 따른 법인세를 부과할 수 없다고 보아야 한다(대법원 2013. 12. 26. 선고 2011두1245 판결 등 참조).
• 다) 따라서 법인세에서도 국세기본법 시행령 제25조의2 제2호 에서 정한 ‘해제권의 행사에 의한 해제나 부득이한 사유로 인한 계약의 해제’는 원칙적으로 후발적 경정청구사유가 되고, ① 법인세법이나 관련 규정에서 일정한 계약의 해제에 대하여 그로 말미암아 실현되지 아니한 소득금액을 그 해제일이 속하는 사업연도의 소득금액에 대한 차감사유 등으로 별도로 규정하고 있거나, ② 경상적·반복적으로 발생하는 상품판매계약 등의 해제에 대하여 납세의무자가 기업회계의 기준이나 관행에 따라 그 해제일이 속한 사업연도의 소득금액을 차감하는 방식으로 법인세를 신고하여 왔다는 등의 특별한 사정이 있는 경우에는 그러한 계약의 해제는 당초 성립하였던 납세의무에 영향을 미칠 수가 없어 예외적으로 후발적 경정청구사유가 될 수 없을 뿐이다(대법원 2014. 3. 13. 선고 2012두10611 판결 참조).
• 라) 이 사건에서 피고는, ① 2012. 2. 2. 대통령령 제23589호 개정에 의하여 신설된 법인세법 시행령 제69조 제3항 의 규정이 적용됨을 들어 2012. 1. 1. 이후에 분양계약이 해제된 세대에 관하여는 후발적 경정청구가 인정되지 아니할 뿐만 아니라, ② 원고 스스로가 이 사건 아파트의 분양계약 해제에 대하여 기업회계기준과 관행에 따라 그 해제일이 속한 사업연도의 소득금액을 차감하는 방식으로 법인세 신고를 해왔다면 이 사건 아파트의 분양계약 해제에 대하여는 위와 같은 후발적 경정청구의 법리가 적용될 수 없다고 주장하고 있으므로, 아래에서 그 타당성을 순차로 살펴본다. 3) 법인세법 시행령 제69조 제3항 5) 5)의 적용 여부 가) 법인세법 시행령 제69조 제3항 (이하 “제69조 제3항”이라고 하면 이를 가리킨다)은 “제1항을 적용할 때 6)

6. 작업진행률에 의한 익금 또는 손금이 공사계약의 해약으로 인하여 확정된 금액과 차액이 발생된 경우에는 그 차액을 해약일이 속하는 사업연도의 익금 또는 손금에 산입한다.”고 규정하고 있다. 이는 규정내용으로 볼 때 앞서 본 대법원 2014. 3. 13. 선고 2012두10611 판결 등에서 말하는 ‘법인세법이나 관련 규정에서 일정한 계약의 해제에 대하여 그로 말미암아 실현되지 아니한 소득금액을 해제일이 속하는 사업연도의 소득금액에 대한 차감사유 등으로 별도로 규정한 것’에 해당한다고 볼 수 있다. 7) 따라서 이 규정이 이 사건 처분에도 적용된다면, 그 적용시점 이후에 이루어진 이 사건 아파트의 분양계약 해제에는 앞서 본 후발적 경정청구사유가 인정되지 아니하는 것이 된다.

• 나) 그런데 제69조 제3항이 신설된 2012. 2. 2. 대통령령 제23589호의 부칙 규정을 보면, 제1조에서 “이 영은 공포한 날부터 시행한다.”고 규정하고, 제2조에서 “이 영은 2012년 1월 1일 이후 최초로 개시하는 사업연도 분부터 적용한다.”고 하여 일반적 적용례를 규정한 후, 제3조 이하에서 여러 개별적 적용례를 규정하고 있으나, 제69조 제3항에 대하여는 별도의 개별적 적용례를 규정하고 있지 않다. 이는 부칙 제14조 제1항에서 제69조 제1항 등의 개정 규정에 대하여 ‘이 영 시행 후 최초로 신고하는 분부터 적용한다’는 개별적 적용례를 규정하고, 같은 날 개정된 부가가치세법 시행령(2012. 2. 2. 대통령령 제23595호로 개정된 것) 제59조 제1항 제2호 즉, 계약이 해제되어 재화 또는 용역이 공급되지 않은 경우 당초 재화나 용역을 공급하였던 과세기간의 부가가치세에 대하여 소급하여 경정청구를 하게 되어 있던 종전 규정을 개정하여 계약해제일이 속하는 과세기간의 부가가치세에서 차감하여 수정세금계산서를 발급할 수 있도록 한 규정에 대하여, 그 부칙 제7조가 위 조항의 개정규정은 2012년 7월 1일 이후 최초로 수정세금계산서 발급사유가 생기는 분부터 적용한다고 규정하여 개별적 적용례를 규정하고 있는 것과 대비된다.
• 다) 그런데, 제69조 제3항의 시적 적용범위에 관하여 위와 같은 부칙 제2조의 일반적 적용례만이 적용될 경우, 다음과 같은 점에서, 피고가 주장하는 바와 같이 해제가 이루어진 시기가 2012. 1. 1. 이후 개시되는 사업연도이기만 하면 당초 분양계약에 따라 익금산입이 이루어진 사업연도분 법인세가 그 이전 사업연도분이라고 하더라도 제69조 제3항이 적용되는 것이라고 볼 수 없다. 첫째, 우선 문언상 부칙 제2조는 ‘2012년 1월 1일 이후 최초로 개시되는 사업연도분’부터 적용한다고 규정하여 문제된 법인세가 2012년 1월 1일 이후 개시되는 사업연도 분인 법인세인 경우에 적용된다고 볼 수가 있다. 함께 개정된 여러 규정에 대하여 그 시적 적용범위를 일괄적으로 정하는 일반적 적용례로서의 위 규정의 의미는 개별행위를 기준으로 하는 것이 아니라 당해 사업연도분 법인세 자체를 가리키는 것으로 보아야 각 개정 규정에 공통적으로 적용될 수 있다는 점에서 그렇게 볼 수가 있다. 피고가 주장하는 바와 같이 계약 해제가 2012년 1월 1일 이후 개시되는 사업연도에 이루어진 경우를 가리키는 것으로 보는 것은 일반적 적용례인 위 부칙 규정을 개별적 적용례로 해석하는 것이 된다. 둘째, 후발적 경정청구를 인정하는 것은 납세자의 권리구제 범위를 확대하려는 것이고(대법원 2011. 7. 28. 선고 2009두22379 판결 등 참조), 실제로 기간과세인 법인세에서 후발적 경정청구가 인정되는지 여부는, 계약해제 등의 후발적 사유가 발생한 사업연도에 세법상 결손이 발생하거나 그렇지 않더라도 후발적 사유에 의하여 차감되어야 할 과세표준만큼의 익금이 없거나 또는 당해 법인 또는 사업체가 해산되거나 폐업이 되는 경우 뿐만 아니라 당초 사업연도의 세율과 후발적 사유가 발생한 사업연도의 세율이 다를 경우에 권리구제 범위에 큰 의미를 지니게 된다. 또 후발적 경정청구에 의하여 구제를 받는 것과 단순히 후발적 사유가 발생한 사업연도의 과세표준에서 차감하는 것과는 국세환급가산금에서도 차이가 있다. 그러므로 당초 법인세 신고시에는 후발적 경정청구사유로 인정되었던 것이 그 이후에 이루어진 법령 개정으로 부정된다면 일반적 견지에서 볼 때 납세자의 권리구제 범위를 제한하는 것이 될 수 있으므로 이를 위해서는 보다 분명한 근거규정이 있어야 할 것인데, 위와 같은 부칙 제2조의 일반적 적용례의 규정은 규정 내용상 그에 대한 분명한 근거규정으로 보기 어렵다. 셋째, 법인세는 국가운영을 위한 재정수입확보와 공평과세의 실현을 위하여 응능과세의 원칙하에 적정한 과세소득을 산출하고자 하는 세법의 하나이고, 이러한 세법적관점에서 보면, 계약해제와 같은 후발적 사유가 발생한 경우에도 해제가 발생한 사업연도가 아니라 계약이 이루어진 당초의 사업연도로 돌아가 그 손익을 경정하는 것이 응능과세의 원칙에 보다 부합하므로, 이와 다른 취지인 제69조 제3항의 규정을 그 시행일 이전 사업연도분 법인세에 대하여 적용하기 위하여는 보다 명확한 적용근거가 필요하다는 점에서도, 위 부칙 제2조의 규정을 그와 같은 적용근거규정이 되는 것으로 해석하기가 어렵다. 넷째, 이에 대하여 피고는 제69조 제3항이 신설된 것은 계속기업을 전제로 하여 전진적으로 회계변경하는 기업회계기준을 존중하고 조세행정의 혼란을 피하기 위하여 해제일이 속하는 사업연도에 해제분을 귀속시키기 위하여 신설된 것으로서, 종래 같은 취지로 규정하고 있던 법인세법 기본통칙(40-69…4)을 그대로 입법화한 것이므로, 해제일이 2012. 1. 1. 이후 사업연도에 속하기만 하면 제69조 제3항을 적용하는 것으로 해석하여야 한다는 취지로도 주장하나, 기업회계란 기본적으로 회사의 경영활동에 관심을 갖는 다양한 이해관계인이 합리적 의사결정을 할 수 있도록 경영활동을 기록하고 추적하여 회사에 관한 유용한 재무적 정보를 측정하여 전달하고자 하는 규칙적 성격을 갖는 것이고, 법인세법 기본통칙 역시 그 법적 성격은 어디까지나 피고의 내부준칙인 점에서, 이를 응능과세의 원리라는 세법상의 원칙보다 우선적으로 고려하여 위 부칙 제2조 규정을 피고 주장과 같이 해석할 수는 없다.
• 라) 결국 위 부칙 제2조의 규정상 제69조 제3항은 그 시행일 이전인 2009 사업연도나 2010 사업연도분 법인세에 대한 후발적 경정청구를 제한하는 규정이 될 수 없다. 이에 반하는 피고 주장은 이유 없다.

4. 법인세 신고에 의한 후발적 경정청구사유의 예외적 불인정 여부

• 가) 앞서 본 바와 같이, 해제권의 행사나 부득이한 사유로 인한 계약의 해제는 원칙적으로 후발적 경정청구사유가 되지만, 경상적·반복적으로 발생하는 상품판매계약 등의 해제에 대하여 납세의무자가 기업회계의 기준이나 관행에 따라 그 해제일이 속한 사업연도의 소득금액을 차감하는 방식으로 법인세를 신고하여 왔다는 등의 특별한 사정이 있는 경우에는 예외적으로 후발적 경정청구사유가 인정되지 아니한다(대법원 2014. 3. 13. 선고 2012두10611 판결 등 참조).
• 나) 그런데 이 사건에서, 우선 원고가 이 사건 아파트에 대한 분양계약 체결 후 그 해제가 있으면 그 해제일이 속하는 사업연도에 소득금액을 차감하는 방식으로 신고하였다고 볼 아무런 자료가 없다.
• 다) 그리고 위와 같이 후발적 경정청구사유가 예외적으로 인정되지 않기 위하여는 이 사건 아파트에 대한 분양계약과 그 해제가 경상적·반복적으로 발생하는 상품판매계약의 해제에 해당하는 것으로서 그 해제일이 속하는 사업연도의 소득금액에 차감하는 방식의 법인세 신고가 기업회계기준이나 관행에 따른 것이어야 할 것인데, 기업회계기준상으로는 회계추정의 변경이나 전기오류수정의 경우에 전진법으로 회계처리가 이루어지지만, 계약 해제로 인하여 익금과 손금이 변경되는 것은 분양금액이 변경되는 경우에 해당할 뿐, 작업진행률이라는 추정치가 변경되거나 재무제표 표시상의 누락 또는 왜곡표시의 수정에 해당하지 아니하여 회계추정의 변경이나 전기오류수정으로 볼 수 없고 8) 따라서 당연히 전진법에 의한 회계처리의 대상이 되는 것이라고 볼 수가 없다.
• 라) 나아가 기업회계기준상 매출에누리나 환입 또는 매출할인은, 그 성격이 거래상의 필요에 따라 이루어지는 대금감액 혹은 반품에 해당하는 것으로서 계속적·반복적인 사업활동의 수행에 따라 통상적으로 발생하는 경미한 항목에 속하는 것이라는 점에서 기간대응의 면에서 그와 같은 사유가 발행한 사업연도 매출액에서 차감하는 것이 기업의 경영성과를 회계기간별로 정확하게 분석·측정하고자 하는 기업회계의 관점에서도 타당하다고 볼 수 있으나, 이 사건 아파트 등의 분양계약 해제와 같이 수분양자의집중적인 잔금지체와 제3채권자에 의한 대위해제(갑나 제3호증)와 같은 특수한 사정에 의하여 야기된 비교적 다액의 변동사항은 그렇게 볼 요인이 없다. 9) 그리고 이러한 분 양계약의 해제가 갖는 소급적 권리 소멸 등의 법률적 효과에 비추어 볼 때 이를 전진법에 의한 회계처리를 하는 채권의 회수불능이라는 사실상의 사유에 기한 대손금과 같이 볼 수도 없다.
• 마) 결국 기업회계기준과 관행에 따른 법인세 신고라는 면에서도 이 사건 아파트에 대한 분양계약 해제가 원고의 이 사건 2009 사업연도 및 2010 사업연도분 법인세에 대한 후발적 경정청구사유가 되지 않는다고 볼 수 없다. 이에 반하는 피고 주장도 이유 없다.

따라서 위와 다른 전제에 서서 제1심 판결의 결론을 다투는 피고의 항소는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다. 1) 2009 사업연도분 oo,ooo,ooo,ooo원, 2010 사업연도분 oo,ooo,ooo,ooo원(을 제1, 2호증의 각 1) 2) 을 제1호증의 2, 을 제2호증의 2, 갑 제11, 12호증 3) oo 시 ooo구 oo동 산 ooo-o 일원에 소재한 ooooooo oooooo 아파트 4) 이 사건 처분은 2009 사업연도 및 2010 사업연도분 법인세에 대한 경정청구기간이 경과하기 전인 2012. 2. 13. 증액경정처분이 이루어져 그에 대하여 적법한 소 제기가 이루어진 사안이고, 이 사건 변론종결일 현재 달리 중복하여 계속중인 소가 없으므로, 잔존 세액 전체를 다툴 수 있다(대법원 2012. 3. 29. 선고 2011두4855 판결 참조). 5) 이 조항은 2012. 2. 2. 대통령령 제23589호 개정에서 신설된 후 변동이 없다. 2013. 2. 15. 대통령령 제24357호 개정에서도 제1항과 제2항만 개정되었다. 6) 제1항은, 건설·제조 기타 용역의 제공으로 인한 익금과 손금은 그 목적물의 건설등의 착수일이 속하는 사업연도부터 그 목적물의 인도일이 속하는 사업연도까지 건설등을 완료한 정도 즉 “작업진행률”을 기준으로 하여 계산한 수익과 비용을 각각 해당 사업연도의 익금과 손금에 산입하는 것을 원칙으로 하면서 그 일부 예외를 규정한 조항이다. 7) 국세기본법 제3조 제1항 에서도 후발적 경정청구에 관한 같은 법 제45조의2에 대하여 개별 세법에서 특례규정을 두고 있는경우에는 그 개별 세법에서 정하는 바에 따라야 하는 것으로 규정하고 있다. 8) 즉 아파트를 건설하여 분양하는 것과 관련하여 분양계약을 해제하는 경우는, 우선 손익의 변동을 가져오는 새로운 사건이 발생한 것일 뿐 어떠한 회계적 추정치를 바꾸는 것이 아니어서 회계추정의 변경에 해당하지 않고, 재무제표를 작성할 때 신뢰할 만한 정보를 이용하지 못했거나 잘못 이용하여 발생한 재무제표에의 누락이나 왜곡표시를 가리키는 전기오류에 해당하지도 않는 것이다. 9) 앞서 든 대법원 2013. 12. 26. 선고 2011두1245 판결도, 매출에누리나 매출환입과 같은 후발적 사유에 대하여 납세의무자가 기업회계의 기준이나 관행에 따라 그러한 사유가 발생한 사업연도의 소득금액을 차감하는 방식으로 법인세를 신고해 온 경우를 후발적 경정청구가 인정되지 않는 예외적인 경우로 보고 있는데, 이 역시 매출에누리나 매출환입과 같은 비교적 경미한 사항의 경우에 그와 같은 예외가 인정될 수 있다는 입장으로 볼 수 있다.