국내 미등록 특허권 사용료는 국내원천소득에 해당하지 않음 (국패)

사 건 2015누48114 법인세경정거부처분취소 원고, 피항소인 외국법인 000 피고, 피항소인 AA세무서장 제2심 판 결 국패 변 론 종 결 2015.12.11. 판 결 선 고 2016.01.15.

1. 피고가 2012. 8. 27. 원고에 대하여 한, 2009년 7월 귀속 원천징수 법인세액 1,513,440,000원 및 283,770,000원에 관한 경정청구 거부처분을 모두 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다. 청 구 취 지 주문과 같다.

• 가. 원고는 미합중국(이하 ‘미국’이라 한다)의 법인이고, 미국에 등록된 다수의 특허 권(미국 특허번호 제5,235,635호인 특허권 등이다)을 보유하고 있다.
• 나. 원고는 2007. 10. 18.경 00전자 주식회사(이하 ‘00전자’라 한다)와 00전자의 미국 현지법인인 00 일렉트로닉스 유에스에이 인코퍼레이티드(00 Electronics U.S.AInc.) 등이 원고의 미국 특허권(미국 특허번호 제5,592,555호, 제5,771,394호, 제5,502,689호, 제5,247,621호)을 침해하였음을 이유로 미국 텍사스주 동부지방법원(U.SDistrict Court for the Eastern District of Texas)에 00전자와 00 일렉트로닉스 유에스에이 인코퍼레이티드 등을 상대로 특허침해의 금지 및 손해배상 등을 청구하는 소를 제기하였다(이하 ‘이 사건 특허침해소송’이라 한다).
• 다. 원고와 00전자는 2009. 4. 9. 이 사건 특허침해소송의 종료 및 00전자에 대한 특허실시권의 허여를 주된 내용으로 하는 특허권 라이선스 및 화해계약(이하 '이 사건 화해계약‘이라 한다)을 체결하였는데, 주요내용은 별지 ’이 사건 화해계약‘ 기재와 같다.
• 라. 00전자는 2009. 7. 20. 이 사건 화해계약에 따라 원고에 대하여 특허실시권 허여와 면책 및 부제소 특약에 대한 대가로 미화 800만 달러를 지급하면서 그 중 15%인1,513,440,000원(미화 120만 달러)의 법인세를 원천징수하였고, 특허권 양도 등에 대한대가로 미화 150만 달러를 지급하면서 그 중 15%인 283,770,000원(22만 5,000 달러)의법인세를 원천징수하였다(이하 원고가 이 사건 화해계약에 따라 00전자로부터 지급받은 미화 950만 달러를 ‘이 사건 화해대가’라 한다). 00전자는 2009. 8. 10.경 앞서원천징수한 각 법인세를 피고에게 신고,납부하였다.
• 마. 원고는 2012. 4. 12. 이 사건 화해대가가 원고의 국내원천소득에 해당하지 않는다고 주장하면서 피고에게 2009년 7월 귀속 원천징수 법인세 전액을 경정 환급해 달라는 내용의 경정청구를 하였다. 이에 대하여 피고는 2012. 8. 27. ‘2008. 12. 26. 개정된 법인세법 제93조 제9호, 한미 조세협약 제14조 제4항, 제6조 제4항1) 등에 따르면,경정청구 대상인 특허권사용료는 00전자가 국내에서 사용하여 특허권이 등록된 미합중국 등에 수출한 제품에 관련되어 발생되고 국내에서 지급된 사용료로 국내원천소득에 해당된다’는 이유로 경정청구를 거부하는 뜻을 통지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라한다).
• 바. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2012. 11. 16. 조세심판원에 심판청구를 하였으 나, 조세심판원은 2013. 2. 26. 심판청구를 기각하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 11호증(해당 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 피고가 주장하는 이 사건 처분의 근거는 다음과 같다.

1. 이 사건 화해대가 중 미화 800만 달러 부분에 관한 법인세 원천징수가) 주위적 주장: 대한민국과 미합중국간의 소득에 관한 조세의 이중과세 회피와 탈세방지 및 국제무역과 투자의 증진을 위한 협약(이하 ‘한미조세협약’이라 한다)제6조 제3항, 제14조 제4항은 사용료소득의 원천 결정 기준에 관하여 사용지주의를 채택하고 있으나, 국내에 등록되지 않은 국외 등록 특허권의 ‘사용’에 대하여 명시적인 정의 규정을 두고 있지 아니하므로, 한미조세협약 제2조 제2항에 따라 대한민국의 법인세법에 따라 ‘사용’의 의미를 해석하여야 한다. 한편, 2008. 12. 26. 법인세법이 개정되면서 같은 법 제93조 제9호 단서 후문에 ‘특허권 등 권리 행사에 등록이 필요한 권리가 국외에서 등록되었고 국내에서 제조판매 등에 사용된 경우에는 국내 등록 여부에 관계없이 국내에서 사용된 것으로 본다’는 내용을 신설하였는데, 국내에 등록되지 않은 국외 등록 특허권을 국내에서 제조판매 등에 사용한 경우는 국외 등록 특허권의 실시에 해당하지 아니하지만 이러한 경우를 국내에 등록되지 않은 국외 등록 특허권의 ‘사용’ 개념에 포섭되도록 하기 위하여 법인세법에 위 규정을 둔 것이다. 따라서 한미조세협약 제2조 제2항의 규정 내용과 신설된 구 법인세법 제93조 제9호 단서 후문의 내용을 종합하여 볼 때, 미국법인인 원고가 보유한 국내에 등록되지 않은 국외 등록 특허권을 국내에서 제조판매 등에 사용하는 경우 그 사용료소득은 국내원천소득에 해당한다.

• 나) 예비적 주장: 한미조세협약에 따르면 체약국인 대한민국과 미국 외에 등록된 특허권의 사용료소득은 국내원천소득도 아니고 미국의 원천소득도 아니므로, 위 소득의 원천지를 한미조세협약만으로는 결정할 수 없는 공백이 생긴다. 그렇다면 구 법인세법 제93조 제9호 본문에 따라 제3국 등록 특허권 사용료의 원천을 정해야 할 것인데, 위 규정에 의하면 제3국 등록 특허에 대한 사용료를 국내에서 지급하는 경우 이를 국내원천소득으로 구분하여야 한다.

2. 이 사건 화해대가 중 미화 150만 달러 부분에 관한 법인세 원천징수 한미조세협약 제14조는 특허권의 사용대가와 양도대가를 구분하지 아니하고 모두 사용료소득에 포함하고 있으므로, 해당 특허권 관련 기술이 국내에서 제조 등에 사용되는 경우 국내에 등록되지 아니한 미국 또는 제3국 등록 특허권의 양도대가도 구 법인세법 제93조 제9호 에 따라 국내원천소득에 해당한다.

• 나. 관계 법령 별지 ‘관계 법령’ 기재와 같다.
• 다. 판단 구 법인세법 제2조 제1항 제2호 에 의하면, 외국법인은 내국법인과 달리 국내원천소득에 대하여만 법인세를 납부할 의무가 있으므로, 우리나라에 외국법인의 일정한 소득에 대한 과세권이 발생하려면 먼저 구 법인세법 제93조 에 따라 그 소득이 국내원천소득으로 구분되어야 한다. 한편, 우리나라와 외국법인의 거주지국 사이에 조세조약이 체결되어 있는 경우 구 국제조세조정법(2010. 1. 1. 법률 제9914호로 개정되기 전의것) 제28조에 의하면 외국법인의 국내원천소득 구분에 관하여는 법인세법 제93조 에도 불구하고 조세조약을 우선하여 적용하므로, 외국법인의 일정한 소득이 우리나라 법인세법상 국내원천소득에 해당하더라도 조세조약에서도 그 소득이 국내에 원천이 있는 것으로 취급되어야만 우리나라는 외국법인의 거주지국과의 과세권 배분의 결과로 외국법인의 당해 소득에 대하여 과세할 수 있다. 따라서 우리나라가 미국법인인 원고의 소득에 대하여 법인세를 부과하기 위해서는 원고의 소득이 구 법인세법 제93조 및 한미조세협약 제6조에 따른 국내원천소득에 동시에 해당하여야 한다.

1. 이 사건 화해대가 중 미화 800만 달러 부분에 대한 법인세 원천징수에 관하여 이 사건 화해대가 중 미화 800만 달러 부분은, 00전자가 이 사건 화해계약 이전에 원고 보유의 국외 등록 특허권을 사용한 것에 관한 면책 및 부제소특약과 결부된대가 부분과 00전자가 이 사건 화해계약 이후 원고 보유의 국외 등록 특허권을 사용하는 데에 대한 대가 부분으로 구성되어 있다. 그렇다면 이 사건 화해대가 중 미화800만 달러 부분은 00전자가 원고에 대하여 원고 보유의 국외 등록 특허권에 대한과거부터 장래까지의 사용료를 지급한 것인바, 아래에서 이러한 사용료소득이 구 법인세법과 한미조세협약에 따라 미국법인인 원고의 국내원천소득에 해당하는지에 관하여 살펴본다.

• 가) 피고의 이 부분 주위적 주장에 관한 판단

(1) 구 법인세법 제93조 제9호 에 따라 우리나라에 과세권이 발생하는지 여부 (가) 구 법인세법 제93조 제9호 본문에 의하면, 특허권을 국내에서 사용하거나 그 대가를 국내에서 지급하는 경우의 당해 대가로 인하여 발생하는 소득은 외국법인의 국내원천소득으로 본다. 다만 같은 호 단서 전문에 의하면, 소득에 관한 이중과세방지협약에서 사용지를 기준으로 하여 당해 소득의 국내원천소득 해당여부를 규정하고 있는 경우에는 국외에서 사용된 특허권 등에 대한 대가는 국내지급 여부에 불구하고 이를 외국법인의 국내원천소득으로 보지 아니하나, 같은 호 단서 후문은 ‘특허권 등 권리의 행사에 등록이 필요한 권리는 해당 특허권 등이 국외에서 등록되었고 국내에서 제조판매 등에 사용된 경우에는 국내 등록 여부에 관계없이 국내에서 사용된 것으로 본다’고 규정하고 있다. 또한 소득에 관한 이중과세방지협약의 일종인 한미조세협약 제6조제3항은 ‘같은 협약 제14조(사용료) 제4항에 규정된 재산(선박 또는 항공기에 관해서 본조 제5항에 규정된 것 이외의 재산)을 사용 또는 사용할 권리에 대한 사용료는 어느 체약국 내 같은 재산의 사용 또는 사용할 권리에 대하여 지급되는 경우에만 그 체약국 내에 원천을 둔 소득으로 취급된다’고 규정하고 있는데, 이는 사용료의 지급대상이 되는 재산의 사용지를 기준으로 하여 사용료소득의 원천지를 우리나라 또는 미국으로 결정한다는 의미이다. 그런데 특허권에 관한 속지주의 원칙상 특허권자가 특허물건을 독점하여 생산, 사용, 양도, 대여, 수입 또는 전시하는 등 특허실시에 관한 권리는 특허권이 등록된 국가 영역 내에서만 효력이 미치므로(대법원 2007. 9. 7. 선고 2005두8641 판결 등 참조), 구 법인세법 제93조 제9호 본문 및 같은 호 단서 전문에서 정한 ‘특허권의 사용’이라 함은 외국법인의 특허권을 당해 특허권이 등록된 국가에서 물품 등의 제조, 판매, 수입 등에 이용하는 등으로 실시하는 것을 의미한다. 한편, 국내에 등록되지 아니한 특허권은 국내에 존재하지 아니하는 것이어서 국내에 등록되지 아니한 ‘특허권’을 사용한다는 것은 상정할 수 없으므로, 구 법인세법 제93조 제9호 단서 후문에서 규정한 ‘국외에서 등록되었고 국내에서 제조 판매 등에 사용된 국내에 등록되지 아니한 특허권’이란 비록 구 법인세법에서 ‘특허권’이라는 용어를 사용하였더라도 특허법상 특허권은 아니고, 국내에서 제품 등의 제조, 판매에 사실상 이용되는 것으로서 국외 등록 특허권의 내용에 포함되어 있는 제조방법, 기술, 정보 등을 일컫는 것으로 보아야 한다(이하 이를 ‘국내 미등록 국외 특허’라 한다). 앞서 본 규정 및 법리를 종합하여 보면, 한미조세협약의 일방 체약국인 미국의 법인이 보유한 국외 등록 특허권이 그 등록지국에서 제조, 판매, 수입 등의 방법으로 사용되는 경우 그 대가를 우리나라의 거주자 또는 내국법인이 지급하더라도 구 법인세법상 당해 특허권에 대한 사용료소득은 미국법인의 국내원천소득이 아니다. 다만, 한미조세협약을 고려하지 않는다면 미국법인이 보유한 국내 미등록 국외 특허가 국내에서 제조판매에 사용되는 경우 그 사용에 대한 대가로 인하여 발생한 소득은 구법인세법상 미국법인의 국내원천소득에 해당할 수 있다. (나) 00전자가 미국법인인 원고의 국내 미등록 국외 특허를 이용하여 국내에서 휴대전화 단말기와 텔레비전을 생산한 사실은 당사자 사이에 다툼이 없다. 따라서 이 사건 화해대가 중 미화 800만 달러 부분이 원고의 국내 미등록 국외 특허가 이 사건 화해계약 이전에 국내에서 휴대전화 단말기 등의 제조,판매 등에 사용된 것과 이 사건 화해계약 이후 국내에서 사용되는 것에 대한 대가로서 지급된 것이라면, 이는 구 법인세법 제93조 제9호 에 따라 원고의 국내원천소득에 해당한다고 할 것이다. 그런데 앞서 든 증거들에 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 다음과 같은 사정을 종합하여 보면, 이 사건 화해대가 중 미화 800만 달러 부분은 00전자가 이 사건 화해계약 이전에 원고의 미국 또는 제3국 등록 특허권을 대한민국을 제외하고 그 특허권이 등록된 지역에서 사용하였거나 이 사건 화해계약 이후 위 특허권을 대한민국 외에 그 특허권의 등록지에서 실시하는 것에 대한 대가로 지급된 것이지 00전자가 이 사건 화해계약 이전에 원고의 국내 미등록 국외 특허를 국내에서 제조판매 등에 사용하였거나 이 사건 화해계약 이후 원고의 국내 미등록 국외 특허를 국내에서 제조판매 등에 사용하는 것에 대한 대가로 지급된 것은 아니라고 할 것이다.

① 이 사건 화해계약은 00전자 등이 미국에 등록된 원고의 특허를 침해하였음을 이유로 원고가 제기한 금지명령 내지 손해배상 등 청구소송을 종료하고, 00전자에 대하여 원고가 보유한 국외 등록 특허권 일부에 대한 특허실시권을 허여하거나 국외 등록 특허권의 일부를 양도하기 위하여 체결되었다.

② 이 사건 화해계약 제2.1항은 이 사건 화해대가가 지급되는 것을 조건으로 원고는 00전자와 그 계열사에 대한민국을 제외한 전세계 어디서든 원고의 특허권을 사용하여 일체의 제품을 제조하거나, 사용, 판매, 판매 제안 또는 다른 방법으로 처리할 수 있으며 이미 제조한 것에 이의를 제기하지 아니하는 비독점적이고 취소불가능한 실시권을 부여한다고 규정하여 명시적으로 원고가 보유한 국외 등록 특허권을 대한민국에서 제품의 제조, 판매 등에 사용하는 경우를 사용료 지급 대상에서 배제하고 있다. 기록상 이와 같은 이 사건 화해계약의 문언을 무시하고 00전자가 원고 보유 국외 등록 특허권을 국내에서 제품의 제조, 판매 등에 사용하는 대가를 지급하기로 약정하였다고 볼 만한 사정을 찾아볼 수 없다.

③ 특허권에 관한 속지주의 원칙상 특허실시권은 특허권이 등록된 국가 영역 내에서만 효력이 미치므로, 00전자가 국내에 등록되지 아니한 원고의 국내 미등록 국외 특허를 국내에서 제품의 제조판매 등에 사용한다고 하더라도 원고는 특허권 침해를 주장하지 못하고, 00전자는 아무런 제한 없이 이를 사용할 수 있다. 따라서 00전자가 굳이 원고에 대하여 국내 미등록 국외 특허를 국내에서 제품의 제조판매 등에 사용하는 것에 대하여 사용료를 지급할 이유가 없다. (다) 그렇다면 이 사건 화해대가 중 미화 800만 달러 부분은 국외에서 사용된 특허권에 대한 대가이므로 구 법인세법 제93조 제9호 에 따르더라도 미국법인인 원고의 국내원천소득에 해당하지 아니한다. 따라서 이 사건 화해대가 중 미화 800만 달러 부분에 대하여 우리나라에 과세권이 발생하지 아니하므로 피고의 이 부분 주위적 주장은 더 나아가 살필 필요 없이 이유 없다.

(2) 한미조세협약 제6조 제3항 등에 따라 우리나라에 과세권이 존재하는지 여부 설령 이 사건 화해대가 중 미화 800만 달러 부분이 미국법인인 원고의 국내 미등록 국외 특허에 대한 사용료소득이어서 구 법인세법 제93조 제9호 에 따른 국내원천소득에 해당하고 이에 따라 우리나라에 위 소득에 대한 과세권이 발생한다고 하더라도, 구 국제조세조정법 제28조 에 의하면 위 소득의 지역적 원천을 정하는 데에는 한미조세협약이 우선하여 적용되므로 우리나라가 위 소득을 원고의 국내원천소득으로 보아 위 소득에 대하여 과세할 수 있는지 여부는 한미조세협약에 따라 판단하여야 한다. 한미조세협약 제14조 제4항은 “본 조에서 사용되는 ‘사용료’라 함은 다음의 것을 의미한다”고 하면서 제a호에서 ‘문학,예술,과학작품의 저작권 또는 영화필름,라디오 또는 텔레비전 방송용 필름 또는 테이프의 저작권, 특허, 의장, 신안, 도면, 비밀공정 또는 비밀공식, 상표 또는 기타 이와 유사한 재산 또는 권리, 지식, 경험, 기능,선박 또는 항공기의 사용 또는 사용권에 대한 대가로서 받는 모든 종류의 지급금’을 규정하고 있고, 같은 협약 제6조 제3항의 내용은 앞서 본 바와 같다. 그런데 한미조세협약 제6조 제3항, 제14조 제4항은 특허권의 속지주의 원칙상 특허권자가 특허물건을 독점적으로 생산, 사용, 양도, 대여, 수입 또는 전시하는 등의 특허실시에 관한 권리는 특허권이 등록된 국가의 영역 내에서만 그 효력이 미친다고 보아 미국법인이 국내에 특허권을 등록하여 국내에서 특허실시권을 가지는 경우에 그 특허실시권의 사용대가로 지급받는 소득만을 국내원천소득으로 정하였을 뿐이고, 한미조세협약의 해석상 특허권이 등록된 국가 외에서는 특허권의 침해가 발생할 수 없어 이를 사용하거나 그 사용의 대가를 지급한다는 것을 관념할 수도 없다(대법원 2014. 11. 27. 선고 2012두18356 판결 등 참조). 또한 한미조세협약 제14조 제4항 제a호에서 정한 ‘기타 유사한 재산 또는 권리’는 같은 협약 제14조 제4항 제a호의 문언과 그 앞에 열거된 저작권,특허,의장,신안,상표 등의 성질 등에 비추어 보면 권리자에 의한 배타적,독점적 사용 및 자유로운 처분이 가능한 무형자산에 한정된다고 할 것이므로, 국내 미등록 국외 특허를 국내에서 제조판매 등에 사용하는 데 대한 대가는 한미조세협약상 ‘특허와 유사한 재산 또는 권리에 대한 사용료’에 해당하지도 아니한다. 따라서 이 사건 화해대가 중 미화 800만 달러 부분이 00전자가 미국법인인 원고의 국내 미등록 국외 특허를 국내에서 제조 판매 등에 사용하는 데 대한 대가로서 지급된 것이라고 하더라도 이를 한미조세협약에 따른 사용료소득으로서 국내원천소득에 해당한다고 볼 수 없다. 이러한 점에서도 피고의 이 부분 주위적 주장은 이유 없다.

• 나) 피고의 이 부분 예비적 주장에 관한 판단 한미조세협약은 미국법인의 일정한 소득에 대하여 우리나라의 과세권이 발생 하였음을 전제로 적용되는 것이다. 그런데 구 법인세법 제93조 제9호 본문 및 단서 전문에 의하면, 앞서 본 바와 같이 내국법인이 사용지를 기준으로 사용료소득의 원천지를 정하는 한미조세협약의 체약국인 미국의 법인에 대하여 그 법인이 보유한 국외 등록 특허권에 대한 사용 대가를 지급하더라도 당해 특허권에 대한 사용료소득은 ‘국외에서 사용된 특허권에 대한 대가’에 해당하므로 미국법인의 국내원천소득으로 보지 아니한다. 여기서 특허권의 사용지, 즉 특허권의 등록지인 ‘국외’가 한미조세협약의 체약국인 미국으로 한정되는 것은 아니므로, 이 사건 화해대가 중 미화 800만 달러 부분 중에서 원고가 보유한 제3국등록 특허권에 대한 사용대가에 상응하는 금액을 내국법인인 00전자가 지급하였다고 하더라도 이를 구 법인세법에 따른 국내원천소득으로 볼 수 없어 우리나라에 위 소득에 대한 과세권이 발생하지 아니한다. 따라서 한미조세협약에 의하여 00전자가 미국법인인 원고 보유의 제3국 등록 특허권에 대하여 지급한 사용료소득의 원천지를 특정할 수 없다고 하더라도 우리나라가 위 소득에 대하여 과세할 수 없다는 결론에는 변함이 없다. 피고의 이 부분 예비적 주장도 이유 없다.

2. 이 사건 화해대가 중 미화 150만 달러 부분에 대한 법인세 원천징수에 관하여

• 가) 구 법인세법 제93조 제9호 에 따라 우리나라에 과세권이 발생하는지 여부 구 법인세법 제93조 제9호 본문에 의하면, 특허권 기타 이와 유사한 자산이 나 권리 등의 양도로 인하여 발생하는 소득은 외국법인의 국내원천소득으로 구분된다. 위 인정사실에 의하면, 이 사건 화해대가 중 미화 150만 달러 중에서 원고의 미국 또는 제3국 등록 특허권에 대한 양도대가 부분은 ‘특허권의 양도로 인하여 발생하는 소득’에 해당하고, 위 미화 150만 달러 중에서 00전자가 코닥 및 히타치를 상대로 원고의 미국 등록 특허권(미국 특허번호 제5,608,873호이다)의 실시권을 부여할 수 있는 권리에 대한 대가 부분은 ‘특허권과 유사한 권리의 양도로 인하여 발생하는 소득’에 해당한다. 따라서 이 사건 화해대가 중 미화 150만 달러 부분은 구 법인세법 제93조 제9호 본문에 따른 국내원천소득에 해당하므로 우리나라에 원고의 위 소득에 대한 과세권이 발생한다.
• 나) 한미조세협약 제6조 제3항 등에 따라 우리나라에 과세권이 존재하는지 여부 이 사건 화해대가 중 미화 150만 달러 부분이 구 법인세법에 따른 국내원천소득에 해당한다고 하더라도, 앞서 본 바와 같이 우리나라가 미국법인인 원고의 위 소득에 대하여 과세할 수 있는지 여부는 구 국제조세조정법 제28조 에 따라 구 법인세법 제93조 에 우선하여 적용되는 한미조세협약에 따라 최종적으로 결정할 문제이다. 한미조세협약 제14조 제4항 제b호에 의하면, 특허권의 매각, 교환 또는 기타의 처분에서 발생한 소득 중에서 같은 매각, 교환 또는 기타의 유상처분으로 취득된 금액이 특허권의 생산성, 사용 또는 처분에 상응하는 부분도 ‘사용료’에 해당하고, 같은협약 제6조 제3항, 제7항에 의하면, 특허권의 매각 또는 기타의 처분으로 인한 사용료소득도 특허권의 사용으로 인한 사용료소득의 원천지를 결정하는 것과 마찬가지로 그 사용료가 우리나라 또는 미국에 등록된 특허권에 대하여 지급되는 경우에만 양국에 원천을 둔 것으로 취급된다. 위 인정사실에 의하면, 이 사건 화해대가 중 원고의 미국 또는 제3국 등록특허권에 대한 양도대가 부분은 ‘특허권의 매각에서 발생한 소득 중에서 매각으로 인하여 취득된 금액이 특허권의 생산성, 사용 또는 처분에 상응하는 부분’에 해당하고, 이 사건 화해대가 중 00전자가 코닥 및 히타치를 상대로 원고의 미국 등록 특허권(특허번호 제5,608,873호)의 실시권을 부여할 수 있는 권리에 대한 대가 부분은 ‘특허권의 기타 처분에서 발생한 소득 중에서 기타 유상처분으로 인하여 취득된 금액이 특허권의 생산성, 사용 또는 처분에 상응하는 부분’에 해당하므로, 이 사건 화해대가 중 미화 150만 달러 부분은 한미조세협약 제14조 제4항 제b호에 따른 사용료에 해당한다. 그런데 이 사건 화해계약을 통한 양도 또는 기타 처분의 대상이 되는 특허권이 미국 또는 제3국에 등록되었을 뿐 우리나라에 등록되어 있지 아니하므로, 원고의 이 사건 화해대가 중 미화 150만 달러 부분에 해당하는 소득도 한미조세협약에 따른 국내원천소득에 해당하지 아니하여 우리나라는 이를 법인세의 과세 대상으로 삼을 수 없다.

3. 소결 이 사건 화해대가는 미국법인인 원고의 국내원천소득에 해당하지 아니하므로, 그에 관하여 00전자가 신고납부한 원천징수법인세는 구 국세기본법(2013. 1. 1. 법률 제11604호로 개정되기 전의 것) 제45조의2 제4항 제3호, 제1항 제1호에 따라 ‘원천징수영수증에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때’에 해당하여 경정의 대상이 되고, 00전자가 신고․납부한 원천징수법인세는 모두 원고에게 환급되어야 한다. 그런데도 피고는 이 사건 화해대가를 구 법인세법 및 한미조세협약에 따른 국내원천소득으로 보아 그에 관한 원고의 경정청구를 거부하였으므로, 이 사건 처분은 모두 위법하다.

그러므로 원고의 이 사건 청구는 이유 있으므로 이를 모두 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.