신축주택 취득일부터 5년 경과 후 양도하는 경우 감면은 소득금액 차감 방식으로 산정하여야 함

사 건 2015누44 종합부동산세부과처분취소 원 고 이BB, 이CC 피 고 서초세무서장 변 론 종 결

2015. 6. 3. 판 결 선 고

2015. 6. 24.

1. 제1심 판결 중 아래 제2항에서 취소를 명하는 부분에 해당하는 원고들 패소 부분을 취소한다.

2. 피고가 2010. 6. 8. 망 이AA에 대하여 한 2008년 귀속 xx원, 2009년 귀속 xx원의 각 양도소득세 부과처분을 취소한다.

3. 소송총비용 중 45%는 원고들이, 나머지는 피고가 부담한다. 청 구 취 지 및 항소취지 제1심 판결을 취소한다. 피고가 2010. 6. 8. 망 이AA(이하 ‘망인’이라 한다)에 대하여 한 2008년 귀속 xx원, 2009년 귀속 xx원의 각 양도소득세 부과처분(이하 ‘이 사건 양도소득세 부과처분’이라 한다)과 2010. 8. 1. 망인에 대하여 한 2005년 귀속 xx원, 2006년 귀속 xx원, 2007년 귀속 xx원, 2008년 귀속 xx원의 각 종합부동산세 부과처분(이하 ‘이 사건 종합부동산세 부과처분’이라 한다)을 취소한다.

망 이AA은 제1심에서 피고의 망인에 대한 2010. 6. 8.자 2008년 귀속 원, 2009년 귀속 원의 각 양도소득세 부과처분(이하 ‘이 사건 양도소득세 부과처분’이라 한다)과 2010. 8. 1.자 망인에 대한 2005년 귀속 xx원, 2006년 귀속 xx원, 2007년 귀속 xx원, 2008년 귀속 xx원의 각 종합부동산세 부과처분(이하 ‘이 사건 종합부동산세 부과처분’이라 한다)의 취소를 구하였다. 제1심은 망인의 청구를 모두 기각하였고, 망인이 제1심판결에 대하여 항소를 제기하였으나 환송 전 당심은 망인의 항소를 기각하였다. 이에 망인이 상고를 제기하였는데, 대법원은 상고를 일부 받아들여 이 사건 양도소득세 부과처분에 관한 부분을 파기하고, 이 사건 종합소득세 부과처분에 관한 상고는 기각하였다. 따라서 이 사건 종합소득세에 관한 부분은 대법원에서 확정되었으므로 이 법원이 심판할 범위는 이 사건 양도소득세 부과처분의 취소를 구하는 부분에 한정된다.

이 법원이 이 부분에 관하여 설시할 이유는, 제1심판결의 ‘1.처분의 경위’ 중 ‘원고’를 ‘망인’으로 각 고치고, ‘바.항’을 아래와 같이 변경하며, 별지 ‘관계법령’중 ‘종합부동산세법’이하 부분을 삭제하는 외에 제1심판결의 각 해당부분 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 따라 인용한다. [바. 망인이 2014. 12. 11. 사망함에 따라 원고들이 망인의 재산을 상속하고 이 사건 소송을 수계하였다.]

• 가. 양도소득세액 산정의 위법 신축주택 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례를 둔 규정의 입법취지, 신축주택취득 후 5년 이내 양도 시 양도솓그세 전액의 비과세 취지, 신축주택의 취득일로부터 5년간 발생한 양도소득금액 계산시 구조조정대상부동산 췯그자에 대한 양도소득세의 과세특례규정준용과 그 내용ㅇ 등에 비추어, 거주자가 자기가 건설한 신축주택을 취득한 후 5년이 경과한 시점에서 이를 양도하는 경우에는 종전주택 췯그일부터 신축주택취득일 전날까지 발생한 양도소득 또한 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감하는 것이 타당하다. 그럼에도 이 사건 양도소득세 부과처분은 이와 다른 전제에서 이루어진 것이므로 위법하다.
• 나. 소급과세금지원칙(또는 신뢰보호원칙)위반 과세관청은 2005년에 2명, 2007년에 1명에게 신축주책 취득일 이전의 양도솓그에 대해서도 이를 감면해 줌으로써 신축주택 취득일 이전의 양도소득을 감면하는 관행이 성립하여 비과세 관행이 납세자에게 받아들여진 것이므로, 이제와서 새로운 해석에 따라 과세하는 거으 국세기본법 제18조 제3항 이 정하는 소급과세금지원칙 또는 신뢰보호원칙을 위반한 것이다.
• 다. 불복청구를 받아들여 과세처분 직권취소 후 재처분 금지 법리 위반 과세관청이 이의신청을 받아들여 과세처분을 직권취소한 후 특별한 새로운 사유 없이이 이를 번복하고 종전 처분을 되풀이하는 것은 위법한데, 망인은 이 사건 제6신축주택을 양도한 후 구 조세특례제한법 제99조의3 제1항 을 적용하지 않은채 양도소득세를 신고납부하였다가 위 조항이 적용되어야 한다는 이유로 경정청구를 하였고, 이에 피고는 망인의 경정청구를 받아들여 해당 차액을 환급하여 주었다가 다시 이 사건 양도소득세 부과처분을 하였다. 위 경정청구절차는 신고납부의 적법성을 다시 심사하도록 요청한다는 점에서 이의신청절차와 본질적으로 다르지 아니하므로 이의신청절차에서의 위 법리가 경정청구절차의 경우에도 적용되어야 한다.
• 라. 가산세를 부과할 수 없는 정당한 사유 설령 신축주택 취득일 이전의 양도소득이 감면대상이 아니라고 하더라도, 이와 관련하여 과세관청의 태도에 변화 및 그 해석과 관련한 법원과의 견해의 차이는 단순한 법률의 부지나 오해의 범위를 넘어 해석상 견해의 대립으로 볼 수 있으므로, 그 의무이행을 도저히 원고에게 기대할 수 없어 이를 게을리 한 점을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에 해당한다. 이 사건 양도소득세 부과처분 중 가산세 부분은 위법하다.

• 가. 관련 법령의 내용 구 조세특례제한법(2002.12.11. 법률제6762호로 개정되기 전의것,이하같다)제99조의3제1항본문(이하‘이사건특례조항’이라 한다)은 ‘거주자가 다음 각호의1에 해당하는 신축주택을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의100에 상당하는 세액을 감면하고’(이하 ‘전단’이라한다), ‘당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상 소득금액에서 차감한다’(이하‘후단’이라 한다)고 규정하면서, 제1호에서 ‘주택건설사업자로부터 취득한 신축주택(주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합을 통하여 취득하는 주택을 포함한다)’을, 제2호에서 ‘자기가 건설한 신축주택(주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합을 통하여 취득하는 주택을 포함한다)’을 각각 들고 있다. 그리고 구 조세특례제한법제99조의3제4항의 위임에 따른 구 조세특례제한법 시행령(2010. 2. 18. 대통령령 제22037호로 개정되기 전의것, 이하 같다)제99조의3 제2항, 제40조 제1항에 의하면 ‘신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 5년간 발생한 양도소득금액’은 ‘양도소득금액 × (취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득 당시의 기준시가) / (양도 당시의 기준시가 - 취득 당시의 기준시가)’의 산식(이하 ‘이 사건 산식’이라 한다)에 따라 계산한 금액으로 하도록 되어 있다.
• 나. 양도소득세 산정의 적법 여부

① 이 사건 특례조항은 ‘취득일부터 5년 이내’에 신축주택을 양도하였는지를 기준으로 전단과 후단으로 나누어 과세특례의 내용을 다르게 규정하면서 그 전단에서는 감면대상이 되는 양도소득의 발생 기산일을 특별히 명시하고 있지 않다. 또한 이 사건 특례조항은 재건축․재개발을 통하여 취득한 신축주택의 양도와 같이 ‘신축주택 취득일 전의 양도소득’이 양도소득세의 과세대상에 포함되는 경우를 감면대상으로 정하면서도 그 전단에서는 후단과 달리 감면되는 세액을 안분하는 산식을 별도로 마련하지 아니한 채 양도소득세를 전액 감면한다고 규정하고 있을 뿐이다. 이러한 이 사건 특례조항의 문언과 체계, 주택의 신축과 분양 및 거래를 장려하여 침체된 건설경기와 부동산시장을 활성화하려는 입법 취지 등에 비추어 보면, 이 사건 특례조항은 신축주택을 취득하여 5년 이내에 양도하면 양도소득세를 전액 감면하되, 그 후에 양도하는 경우에는 ‘신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액’에 대해서만 제한적인 과세특례를 부여하려는 규정으로 이해된다. 따라서 이 사건 특례조항 전단의 적용대상인 ‘신축주택 취득일부터 5년 이내 양도’의 경우에는 ‘기존 주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전까지의 양도소득’과 ‘신축주택의 취득일부터 양도일까지의 양도소득’을 구분할 필요 없이 신축주택의 양도에 따른 양도소득세 전액이 감면되어야 한다. 한편, 이 사건 특례조항 후단의 적용대상인 ‘신축주택 취득일부터 5년이 경과된 후의 양도’의 경우에는 이 사건 특례조항 후단에서 ‘신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액’의 구체적인 계산방법을 정하지 아니한 채 대통령령으로 정하도록 위임하고 있으므로(구 조세특례제한법 제99조의3 제4항), 그 위임에 따른 구 조세특례제한법 시행령 제99조의3 제2항, 제40조 제1항의 규정에 따라야 할 것이다. 그런데 구 조세특례제한법 시행령 제99조의3 제2항, 제40조 제1항은 전체 양도소득금액 중 신축주택의 취득일 이후에 발생한 양도소득금액, 즉 ‘신축주택의 취득일부터 양도일까지 발생한 양도소득금액’을 구분하여 산정하는 방법을 별도로 정하지 아니한 채 단지 ‘양도소득금액’에 ‘신축주택의 취득일부터 5년이 되는 날까지의 기준시가 상승분’이 ‘신축주택의 취득일부터 양도일까지의 기준시가 상승분’에서 차지하는 비율을 곱하여 ‘신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액’을 계산하도록 규정하고 있을 뿐이다. 그리고 소득세법상으로도 양도소득금액은 원칙적으로 양도자산을 보유하는 전 기간을 통하여 전체로서 산정되고, 보유기간별로 안분하여 산정하는 경우에는 별도로 그 방법을 정하고 있다. 이 사건 산식을 비롯한 관련 규정의 문언 및 체계, 앞서 본 이 사건 특례조항의 취지 등에 비추어 보면, 이 사건 산식 중 ‘양도소득금액’은 ‘전체 양도소득금액’을 의미하고, ‘취득일’이나 ‘취득 당시’ 또는 ‘양도 당시’는 모두 신축주택의 ‘취득일’이나 ‘취득 당시’ 또는 ‘양도 당시’를 의미한다고 봄이 타당하다. 따라서 이 사건 특례조항 후단에 따라 양도소득세 과세대상 소득금액에서 차감하는 ‘신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액’은 ‘전체 양도소득금액 × (신축주택 취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 – 신축주택 취득 당시의 기준시가) / (신축주택 양도 당시의 기준시가 – 신축주택 취득 당시의 기준시가)’의 산식에 따라 계산하여야 한다.

② 피고는 법령상의 아무런 근거 없이 임의로 선택한 방법에 따라 전체 양도소득금액 중 이 사건 각 신축주택의 취득일부터 양도일까지 발생한 양도소득금액을 구분하여 산정한 다음, 이를 이 사건 산식의 ‘양도소득금액’에 대입하여 ‘이 사건 각 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액’을 계산하여 양도소득세액을 산정하여 자진신고납부 세액(또는 경정청구에 따른 세액)을 차감한 나머지 세액을 추가로 부과처분한 것이므로, 이 사건 양도소득세 부과처분은 위 법령의 규정에 따른 양도소득세 산정방법을 위반하여 위법하다.

• 다. 소결 따라서 이 사건 양도소득세 부과처분은 원고들의 나머지 주장에 관하여 더 나아가 살필 필요 없이 위법하다.

그렇다면, 원고들의 청구는 이유있어 이를 인용할 것인바, 제1심판결 중 이와 결론을 달리한 부분은 부당하므로 제1심판결중 이 사건 양도소득세 부과처분에 관한 원고들 패소부분을 취소하여 이 사건 양도소득세 부과처분을 취소한다.